单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1921	2024-11-21	Unraveling the landscape of non-melanoma skin cancer through single-cell RNA sequencing technology 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1500300 PMID:39558960	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序技术揭示非黑色素瘤皮肤癌的肿瘤内异质性和药物耐药机制的研究进展	利用单细胞RNA测序技术全面分析非黑色素瘤皮肤癌的基因表达异质性，揭示肿瘤内异质性和药物耐药机制	文章主要为综述性质，未提供新的实验数据或模型	探讨非黑色素瘤皮肤癌的肿瘤内异质性和药物耐药机制，并提出未来研究方向	非黑色素瘤皮肤癌，包括基底细胞癌、皮肤鳞状细胞癌和默克尔细胞癌	数字病理学	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1922	2024-11-21	Single-cell RNA sequencing analysis identifies acute changes in the tumor microenvironment induced by interferon α gene therapy in a murine bladder cancer model 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1387229 PMID:39559365	研究论文	研究了在小鼠膀胱癌模型中，干扰素α基因疗法对肿瘤微环境的影响，并通过单细胞RNA测序分析了急性变化	首次在小鼠膀胱癌模型中使用单细胞RNA测序分析干扰素α基因疗法对肿瘤微环境的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	探讨干扰素α基因疗法对膀胱癌肿瘤微环境的影响，并寻找提高患者选择和治疗效果的机制	小鼠膀胱癌模型中的肿瘤细胞和肿瘤微环境	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠膀胱组织中的单个细胞
1923	2024-11-21	Single-cell sequencing unveils mitophagy-related prognostic model for triple-negative breast cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1489444 PMID:39559367	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据构建了一个与三阴性乳腺癌相关的线粒体自噬相关基因的预后模型	首次构建了基于线粒体自噬相关基因的三阴性乳腺癌预后模型，并验证了其在多个独立队列中的预测准确性	NA	研究线粒体自噬在三阴性乳腺癌中的预后意义	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	多个独立队列的数据
1924	2024-11-21	Dissecting mammalian reproduction with spatial transcriptomics 2023-11-02, Human reproduction update IF:14.8Q1 DOI:10.1093/humupd/dmad017 PMID:37353907	综述	本文综述了空间转录组学技术在哺乳动物生殖系统研究中的应用，重点介绍了其在配子发生、胚胎发生和生殖病理学方面的生物学新见解	空间转录组学技术通过保留细胞在原生组织环境中的空间背景，揭示了细胞状态如何通过与邻近体细胞的相互作用进行调控	当前的空间转录组学技术在应用于生殖研究时仍面临实验和计算上的挑战	综述空间转录组学技术在哺乳动物生殖系统研究中的最新进展，并讨论其在未来的应用前景	哺乳动物生殖系统中的配子发生、胚胎发生和生殖病理学	空间转录组学	生殖系统疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
1925	2024-11-20	Research progress and the prospect of using single-cell sequencing technology to explore the characteristics of the tumor microenvironment 2025-Jan, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101239 PMID:39552788	综述	本文综述了单细胞测序技术在肿瘤微环境研究中的进展和应用前景	本文提出了单细胞多组学测序技术的整合，并探讨了其在生物研究和医学调查中的潜力	本文讨论了使用单细胞测序技术探索肿瘤微环境的优缺点	解决肿瘤内异质性问题，为精准癌症治疗提供支持	肿瘤微环境中的细胞异质性	数字病理学	NA	单细胞测序技术	NA	基因组和转录组数据	NA
1926	2024-11-20	Machine learning based analysis of single-cell data reveals evidence of subject-specific single-cell gene expression profiles in acute myeloid leukaemia patients and healthy controls 2024-Dec, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms DOI:10.1016/j.bbagrm.2024.195062 PMID:39366464	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据和机器学习方法，分析了急性髓系白血病（AML）患者和健康对照者的单细胞基因表达谱	发现AML患者和健康对照者的基因表达谱可以在个体水平上以高准确率（>70%）进行分类，表明存在个体特异性的单细胞转录组学特征	NA	探索急性髓系白血病患者和健康对照者的单细胞基因表达谱的个体特异性	急性髓系白血病患者和健康对照者的单细胞基因表达谱	机器学习	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	公开可用的单细胞RNA测序数据
1927	2024-11-20	Local Controlled Delivery of IL-4 Decreases Inflammatory Bone Loss in a Murine Model of Periodontal Disease 2024-Dec-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2400332 PMID:39465979	研究论文	研究通过局部控制释放IL-4来减少牙周疾病小鼠模型中的炎症性骨损失	使用生物可降解聚合物载体局部持续释放IL-4，以靶向口腔内的巨噬细胞，减少炎症性骨损失并促进骨再生	研究仅在牙周疾病小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	评估使用控制药物释放策略靶向口腔内巨噬细胞的可行性	牙周疾病小鼠模型中的巨噬细胞	NA	牙周疾病	单细胞RNA测序技术	NA	RNA	小鼠样本
1928	2024-11-20	Landscape of multiple tissues' gene expression pattern associated with severe sepsis: Genetic insights from Mendelian randomization and trans-omics analysis 2024-Dec-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123181 PMID:39471899	研究论文	研究了与严重脓毒症相关的多组织基因表达模式，并使用孟德尔随机化和跨组学分析方法揭示了ST7L作为泛组织风险因子的作用	首次揭示了ST7L作为泛组织风险因子在严重脓毒症中的作用，并通过跨组学分析验证了其在树突状细胞中的表达和功能	研究主要基于基因表达数据和跨组学分析，缺乏对临床治疗的直接指导	揭示与严重脓毒症相关的多组织基因表达模式，并识别潜在的治疗靶点	严重脓毒症患者的基因表达模式和跨组织风险因子	基因组学	脓毒症	孟德尔随机化、全基因组关联研究、表达数量性状位点分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	26个队列中的12种组织类型
1929	2024-11-20	Integrated analysis of multi-omics data for the discovery of biomarkers and therapeutic targets for juvenile idiopathic arthritis 2024-Dec, Journal of translational autoimmunity IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.jtauto.2024.100256 PMID:39554251	研究论文	本研究通过多组学数据的综合分析，发现了青少年特发性关节炎的生物标志物和治疗靶点	首次使用两样本孟德尔随机化分析方法，揭示了血浆蛋白与青少年特发性关节炎之间的因果关系	研究仅限于血浆蛋白的分析，未涉及其他可能的生物标志物	识别和开发青少年特发性关节炎的新药物靶点和生物标志物，以提高治疗效果	青少年特发性关节炎及其相关血浆蛋白	生物信息学	风湿性疾病	两样本孟德尔随机化分析、共定位分析、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq	NA	蛋白质组学、转录组学	未具体说明样本数量
1930	2024-11-20	All the single cells: Single-cell transcriptomics/epigenomics experimental design and analysis considerations for glial biologists 2024-Nov-19, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24633 PMID:39558887	review	本文为胶质生物学家提供单细胞转录组学和表观组学实验设计与分析的入门指南	本文针对胶质生物学领域，介绍了单细胞'组学实验的设计和分析方法，旨在帮助生物学家更好地理解和解读这些大型数据集	NA	提高胶质生物学家对单细胞RNA-seq数据集的分析和解读能力，确保单细胞'组学实验在胶质生物学领域严谨且可重复地推进	单细胞转录组学和表观组学数据集	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
1931	2024-11-20	Storm: Incorporating transient stochastic dynamics to infer the RNA velocity with metabolic labeling information 2024-Nov-18, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012606 PMID:39556617	研究论文	本文提出了一种名为Storm的新方法，通过解决基因表达动力学的随机微分方程，结合代谢标记信息来推断RNA速度	Storm方法克服了以往利用确定性动力学和稳态假设的不足，能够处理涉及瞬态过程的数据，并揭示时间依赖和细胞状态特异性的转录调控	NA	开发一种新的方法来推断RNA速度，并揭示基因表达动力学中的瞬态和随机特性	RNA速度、基因表达动力学、转录调控	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机微分方程	RNA测序数据	NA
1932	2024-11-20	Deficiency of FABP7 Triggers Premature Neural Differentiation in Idiopathic Normocephalic Autism Organoids 2024-Nov-18, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406849 PMID:39556706	研究论文	研究探讨了FABP7缺乏在自闭症谱系障碍（ASD）患者脑类器官中引发的神经干细胞过早分化现象	揭示了FABP7/MEK通路在ASD患者神经干细胞异常分化中的作用，并提出了潜在的治疗靶点	NA	探究FABP7缺乏在ASD患者脑类器官中引发的神经干细胞过早分化的分子机制	自闭症谱系障碍（ASD）患者的脑类器官	数字病理学	自闭症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个细胞系和时间序列样本
1933	2024-11-20	PD-L1 promotes tumor metastasis by regulating the infiltration of FGFBP2(+)Tm cells in colorectal cancer 2024-Nov-18, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-03223-w PMID:39558101	研究论文	研究探讨了PD-L1在结直肠癌中通过调节FGFBP2(+)Tm细胞的浸润促进肿瘤转移的作用	首次揭示了PD-L1通过抑制CXCL9和CXCL10的分泌，减少记忆T细胞的浸润，从而促进结直肠癌的转移	研究主要基于小鼠模型和临床样本，缺乏更大规模的人类临床试验验证	探讨PD-L1在结直肠癌中的作用及其对肿瘤转移的影响	PD-L1、FGFBP2(+)记忆T细胞、结直肠癌及其转移	NA	结直肠癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	包括外周血、淋巴结、结肠息肉、原发肿瘤和肝转移样本
1934	2024-11-20	Novel integrated multiomics analysis reveals a key role for integrin beta-like 1 in wound scarring 2024-Nov-18, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-024-00322-3 PMID:39558136	研究论文	本文开发了一种新型的高分辨率空间多组学方法，结合空间转录组学和单细胞RNA测序，揭示了整合素β样1在伤口瘢痕形成中的关键作用	本文创新性地开发了一种高分辨率的空间多组学方法，结合空间转录组学和单细胞RNA测序，揭示了细胞间通信和信号传导在修复过程中的新特征	NA	研究伤口修复过程中分子和空间组织的单细胞水平关系，揭示炎症相关瘢痕形成的分子机制	伤口微环境中的纤维母细胞及其在炎症介导的遗传变化后的瘢痕形成作用	数字病理学	NA	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了PU.1小鼠模型和人类及小鼠的初级纤维母细胞
1935	2024-11-20	scCancerExplorer: a comprehensive database for interactively exploring single-cell multi-omics data of human pan-cancer 2024-Nov-18, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1100 PMID:39558175	研究论文	开发了一个名为scCancerExplorer的综合数据库，用于交互式探索人类泛癌的单细胞多组学数据	填补了缺乏专门用于交互式探索人类泛癌单细胞多组学数据的数据库的空白	NA	开发一个用户友好的数据库，促进对单细胞基因组、表观基因组和转录组数据的探索	人类泛癌的单细胞基因组、表观基因组和转录组数据	数字病理学	泛癌	单细胞多组学	NA	基因组、表观基因组和转录组数据	50种癌症类型
1936	2024-11-20	Single-cell expression and immune infiltration analysis of polyamine metabolism in breast cancer 2024-Nov-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01524-w PMID:39549127	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和系统免疫学方法分析了乳腺癌中多胺代谢与免疫浸润的关系	首次结合单细胞RNA测序和系统免疫学方法，探讨了乳腺癌中多胺代谢与免疫微环境的相互作用	研究样本主要来自TCGA和GEO数据库，可能存在数据偏差	探讨乳腺癌中多胺代谢与免疫浸润的关系，为个性化治疗提供新思路	乳腺癌样本中的多胺代谢与免疫细胞浸润	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	46个乳腺癌增殖相关共表达模块
1937	2024-11-20	Single-cell data revealed the regulatory mechanism of TNK cell heterogeneity in liver metastasis from gastric cancer 2024-Nov-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01528-6 PMID:39549183	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析了胃癌肝转移中TNK细胞异质性的调控机制	首次揭示了TNK细胞亚群在胃癌肝转移中的关键作用及其调控机制	NA	分类与胃癌肝转移相关的细胞亚群，并探讨其与其他免疫细胞亚群的相互作用机制	胃癌肝转移中的TNK细胞亚群及其调控机制	数字病理学	胃癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	GSE163558数据集中的胃癌患者及其转移组样本
1938	2024-11-20	Temporal single-cell RNA sequencing dataset of gastroesophagus development from embryonic to post-natal stages 2024-Nov-16, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-04081-7 PMID:39550363	研究论文	本文介绍了从胚胎到出生后阶段的小鼠胃食管发育的单细胞RNA测序数据集的技术质量	提供了全面的单细胞RNA测序数据集，捕捉了食管、胃和胃食管鳞柱交界处（GE-SCJ）在胚胎、新生儿和成年阶段的转录动态	未提及	研究胃食管交界处的发育和稳态失调，以阐明癌症发病机制	小鼠的食管、胃和胃食管鳞柱交界处（GE-SCJ）	数字病理学	食管腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个胚胎、新生儿和成年阶段的小鼠样本
1939	2024-11-20	Single cell and spatial transcriptomics highlight the interaction of club-like cells with immunosuppressive myeloid cells in prostate cancer 2024-Nov-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54364-1 PMID:39550375	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，研究了前列腺癌微环境中俱乐部样细胞与免疫抑制性髓系细胞的相互作用	首次揭示了俱乐部样细胞在前列腺癌微环境中的关键作用，及其与免疫抑制性髓系细胞的关联	研究样本仅限于120名患者，可能无法全面代表所有前列腺癌患者的情况	探讨前列腺癌治疗耐药性的机制及其与肿瘤微环境的关系	前列腺癌中的俱乐部样细胞和免疫抑制性髓系细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	转录组数据	120名前列腺癌患者
1940	2024-11-20	GPRC5A promotes lung colonization of esophageal squamous cell carcinoma 2024-Nov-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54251-9 PMID:39550386	研究论文	研究揭示了GPRC5A在食管鳞状细胞癌早期肺转移中的作用及其分子机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了食管鳞状细胞癌早期肺转移细胞的滋养层样'肿瘤植入'表型，并发现GPRC5A通过与WWP1相互作用促进LATS1的泛素化和降解，从而激活YAP1信号通路，促进肿瘤的植入和生长	研究样本量较小，仅涉及148例食管鳞状细胞癌患者，可能影响结果的普适性	探讨食管鳞状细胞癌早期肺转移的机制及潜在治疗靶点	食管鳞状细胞癌的早期肺转移细胞及其分子机制	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	148例食管鳞状细胞癌患者