单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19341	2024-08-08	NF-κB drives epithelial-mesenchymal mechanisms of lung fibrosis in a translational lung cell model 2023-02-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.154719 PMID:36520540	研究论文	研究探讨了在特发性肺纤维化进展阶段，肺上皮细胞和肺间质细胞在共培养模型中的相互作用及其对纤维化的影响	首次揭示了NF-κB信号通路在肺上皮细胞和肺纤维细胞共培养模型中的活性，及其在纤维化过程中的潜在介导作用	NA	研究肺上皮细胞和肺间质细胞在特发性肺纤维化中的相互作用及NF-κB信号通路的角色	人原代气道上皮细胞和肺纤维细胞的共培养模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及人原代气道上皮细胞和肺纤维细胞的共培养样本
19342	2024-08-05	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Decodes Wharton's Jelly-Derived Mesenchymal Stem Cells Heterogeneity and a Subpopulation with Wound Repair Signatures 2023-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202204786 PMID:36504438	研究论文	本研究系统分析了脐带胶（WJ-MSCs）来源的间充质干细胞的高度异质性	通过单细胞转录组学分析，识别出四种WJ-MSC亚群及其独特的愈合特性	尚未提及具体的局限性	探索WJ-MSC的异质性，建立精准的MSC亚型分类	脐带胶来源的间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞和空间转录组测序	NA	基因组数据	NA
19343	2024-08-08	Manf Enhances the Pyroptosis Inhibition of Bone Marrow-derived Mesenchymal Stem Cells to Relieve Cerebral Infarction Injury 2023-02-01, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2022.11.002 PMID:36529294	研究论文	本研究通过构建大脑中动脉闭塞（MCAO）动物模型，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）比较假手术组和MCAO组的差异表达基因（DEGs），探讨脑梗死中潜在的细胞死亡相关通路，并通过慢病毒将Manf转染到骨髓间充质干细胞（BMSCs）中，评估其对MANF含量、凋亡、细胞焦亡、脑梗死体积和神经功能的影响。	本研究首次通过基因修饰的细胞疗法，特别是通过转染Manf到BMSCs中，显著增加了MANF的表达和分泌，从而有效抑制了凋亡和细胞焦亡相关分子的表达，减少了脑梗死体积，改善了神经功能。	研究主要集中在动物模型上，尚未在临床试验中验证其疗效和安全性。	探讨基因修饰的细胞疗法在脑梗死治疗中的潜在机制和疗效。	骨髓间充质干细胞（BMSCs）及其转染Manf后的效果。	细胞生物学	脑梗死	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及多个细胞集群和动物模型
19344	2024-08-08	Immune response and homeostasis mechanism following administration of BBIBP-CorV SARS-CoV-2 inactivated vaccine 2023-Jan-30, Innovation (Cambridge (Mass.)) DOI:10.1016/j.xinn.2022.100359 PMID:36506806	研究论文	本研究使用单细胞转录组测序技术，分析了BBIBP-CorV灭活疫苗接种后的免疫反应和稳态机制	发现灭活疫苗不仅诱导了预期的体液免疫，还引发了多种全面的免疫反应，包括单核细胞和T细胞的激活，以及细胞间通信的增强	NA	旨在全面理解BBIBP-CorV灭活疫苗引发的系统性免疫反应，以促进更好的疫苗接种策略和新疫苗的设计	BBIBP-CorV灭活疫苗接种后的免疫反应和稳态机制	疫苗学	COVID-19	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
19345	2024-08-05	Improving the performance of single-cell RNA-seq data mining based on relative expression orderings 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac556 PMID:36528803	研究论文	本文构建了一种新的特征矩阵，称为delta rank matrix (DRM)，用于分析单细胞RNA测序数据	首次将基因层面的特征转化为相互作用/边缘层面的特征以进行单细胞RNA测序数据分析	NA	提升单细胞RNA测序数据挖掘的性能	单细胞RNA测序数据及相应的基因交互网络	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	单细胞基因表达数据	多种单细胞RNA-seq数据集
19346	2024-08-08	RefTM: reference-guided topic modeling of single-cell chromatin accessibility data 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac540 PMID:36513377	研究论文	本文介绍了一种名为RefTM的参考引导主题模型，用于分析单细胞染色质可及性数据	RefTM模型不仅利用现有的大量染色质可及性和注释的scCAS数据，还利用单细胞数据分析的主题模型，同时建模参考数据和目标scCAS数据之间的共享生物学变异、scCAS数据的独特生物学变异以及其他已知协变量引起的变异	NA	开发一种新的方法来分析单细胞染色质可及性数据，以更好地识别细胞类型并揭示调控机制	单细胞染色质可及性数据	生物信息学	NA	单细胞染色质可及性测序（scCAS）	主题模型	单细胞数据	数千个单细胞
19347	2024-08-08	Direct Reprogramming Improves Cardiac Function and Reverses Fibrosis in Chronic Myocardial Infarction 2023-01-17, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.121.058655 PMID:36503256	研究论文	本文研究了通过直接重编程技术改善慢性心肌梗死后的心脏功能并逆转纤维化的效果	首次证明了在体内通过心脏重编程修复慢性心肌梗死并减少纤维化的能力	尚未确定该技术在临床应用中的安全性和有效性	探索通过心脏重编程技术修复慢性心肌梗死的可能性	慢性心肌梗死后的心脏功能和纤维化	心血管疾病	心血管疾病	直接重编程技术	NA	基因表达数据	使用转基因小鼠模型进行实验
19348	2024-08-05	What has single-cell transcriptomics taught us about long non-coding RNAs in the ventricular-subventricular zone? 2023-01-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.11.011 PMID:36525965	研究论文	这篇文章分析了单细胞转录组学如何揭示心室-旁脑室区中的长非编码RNA的作用	通过对单细胞RNA-seq数据的汇总，发现了与神经干细胞激活和分化相关的长非编码RNA	大多数长非编码RNA的功能尚未被深入研究	探究长非编码RNA在心室-旁脑室区的功能及其在神经发育和病理中的作用	心室-旁脑室区中的长非编码RNA	数字病理学	脑病	RNA-seq	NA	转录组数据	通过汇总当前的单细胞RNA-seq数据分析
19349	2024-08-05	Single-cell transcriptomic and spatial landscapes of the developing human pancreas 2023-01-03, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2022.11.009 PMID:36513063	研究论文	本文展示了正在发育的人类胰腺中各种细胞类型的详细转录组分析以及其空间基因模式	整合了单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了不同发育时间点的时空基因级联	尚未提及具体的局限性	理解人类胰腺发育的过程以及如何生成功能性β细胞	发育中的人类胰腺细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
19350	2024-08-05	Benchmarking and integration of methods for deconvoluting spatial transcriptomic data 2023-01-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac805 PMID:36515467	研究论文	本文对14种去卷积方法进行了全面评估，探讨其在空间转录组数据分析中的表现.	提出了一种新的集成学习去卷积方法EnDecon，通过整合多个个体方法以实现更精准的去卷积.	本文未涉及不同类型细胞的具体生物学机制分析.	研究空间转录组数据的去卷积方法的评估与整合.	对四个数据集上的去卷积方法进行评估和比较.	数字病理学	NA	空间转录组学	集成学习	基因表达数据	四个数据集
19351	2024-08-05	Integrated single-cell transcriptome analysis of CD34 + enriched leukemic stem cells revealed intra- and inter-patient transcriptional heterogeneity in pediatric acute myeloid leukemia 2023-Jan, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-022-05021-4 PMID:36527458	研究论文	本研究通过单细胞测序分析儿童急性髓性白血病中CD34+富集白血病干细胞的转录异质性	首次揭示了儿童急性髓性白血病白血病干细胞的患者间和患者内转录异质性	样本量有限，结果需要在更大队列中验证	探索儿童急性髓性白血病中白血病干细胞的转录异质性	CD34+富集的白血病干细胞	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞测序	NA	转录组数据	28029个急性髓性白血病单细胞
19352	2024-08-05	Cross-species cell-type assignment from single-cell RNA-seq data by a heterogeneous graph neural network 2023-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.276868.122 PMID:36526433	研究论文	本文提出了一种异构图神经网络模型CAME，用于跨物种单细胞RNA测序数据的细胞类型分配。	CAME模型利用了非一对一同源基因映射，显著提高了细胞类型特征化的准确性。	对非模型物种的细胞身份分配仍然受到基因组注释不足和已知生物标志物有限的限制。	探讨跨物种细胞多样性的起源及其进化机制。	单细胞RNA测序数据中的细胞类型分配和基因模块提取。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	异构图神经网络	RNA-seq数据	大规模基准研究中涉及多个物种的细胞类型
19353	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing provides a high-resolution roadmap for understanding the multicellular compartmentation of specialized metabolism 2023-01, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-022-01291-y PMID:36522449	研究论文	本文利用单细胞转录组学探讨了Catharanthus roseus叶片中单萜吲哚生物碱的代谢空间组织	首次定位了20个单萜吲哚生物碱基因的转录本，更新了单萜吲哚生物碱合成模型	NA	探究单细胞分辨率下生物过程的时空分布	分析Catharanthus roseus叶片中的单萜吲哚生物碱代谢	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
19354	2024-08-08	Analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq demonstrates the effects of EVI2B or CD361 on CD8+ T cells in osteosarcoma 2023-01, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.1177/15353702221142607 PMID:36511103	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，探讨了EVI2B和CD361基因对骨肉瘤中CD8+ T细胞的影响	首次揭示了EVI2B基因在骨肉瘤中通过提高CD8 T细胞的浸润比例和促进其杀伤功能，对患者预后有积极作用	研究样本量有限，且仅基于免疫评分分组进行分析，可能存在一定的偏倚	探讨EVI2B和CD361基因在骨肉瘤中的作用及其对CD8+ T细胞的影响	骨肉瘤中的EVI2B和CD361基因及其对CD8+ T细胞的影响	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA序列数据	85个骨肉瘤样本
19355	2024-08-08	scWECTA: A weighted ensemble classification framework for cell type assignment based on single cell transcriptome 2023-01, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106409 PMID:36512878	研究论文	提出了一种名为scWECTA的加权集成分类框架，用于基于单细胞转录组的细胞类型注释	scWECTA使用五个信息基因集和五个分类器，通过软加权集成框架提高细胞类型识别的准确性	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	NA	scRNA-seq	加权集成分类框架	转录组数据	多个单细胞RNA测序数据集
19356	2024-08-08	A novel Boolean network inference strategy to model early hematopoiesis aging 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.10.040 PMID:36514338	研究论文	本文开发了一种新颖的布尔网络推理策略，用于模拟早期造血干细胞（HSC）分化的老化过程	提出了一种基于scRNA-seq数据构建布尔模型的原创策略，用于解释HSC早期激活的动态变化	NA	更好地理解控制HSC老化过程中变化机制和因素	造血干细胞（HSC）的老化过程及其对早期造血作用的影响	生物信息学	NA	scRNA-seq	布尔模型	转录模块或调控网络	15个涉及过程动态的选定成分
19357	2024-08-08	Single-cell transcriptomic analysis of the role of HPV16-positive macrophages in cervical cancer prognosis 2023-01, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.28410 PMID:36519591	研究论文	本文通过单细胞转录组分析探讨了HPV16阳性巨噬细胞在宫颈癌预后中的作用	首次发现HPV16基因在宫颈癌中的巨噬细胞和CD8 T细胞中表达，并探讨了这些细胞在宫颈癌预后中的潜在价值	需要进一步的实验研究来探索HPV免疫细胞的特征和功能	研究HPV16阳性巨噬细胞在宫颈癌预后中的作用	宫颈癌及其邻近组织的单细胞转录组	数字病理学	宫颈癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
19358	2024-08-08	Comparative single-cell transcriptomic analysis reveals differences in signaling pathways in gonadal primordial germ cells between chicken (Gallus gallus) and zebra finch (Taeniopygia guttata) 2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202201569R PMID:36520042	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术比较了鸡和斑胸草雀的生殖细胞在早期胚胎发育中的信号通路差异	首次针对鸟类进行的跨物种单细胞转录组分析，揭示了在亲缘关系较远的鸟类中生殖细胞发育的差异	NA	探讨不同鸟类生殖细胞在早期胚胎发育中的信号通路差异	鸡和斑胸草雀的原始生殖细胞及其周围细胞	生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	鸡和斑胸草雀的生殖细胞及其周围细胞
19359	2024-08-08	A single-cell transcriptomic atlas characterizes cell types and their molecular features in yak ovarian cortex 2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202201176RR PMID:36527406	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术构建了牦牛卵巢皮质的细胞图谱，揭示了不同细胞类型的分子特征	首次在牦牛卵巢皮质中构建了包含多种细胞类型的细胞图谱，并确定了各细胞类型的特异性基因	NA	阐明牦牛卵巢皮质中不同细胞类型的分子特征，并探讨细胞间的通信网络	牦牛卵巢皮质中的细胞类型及其分子特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多种细胞类型，包括内皮细胞、自然杀伤细胞、基质细胞、平滑肌细胞、卵母细胞、巨噬细胞、上皮细胞和颗粒细胞
19360	2024-08-08	Global Characteristics and Dynamics of Single Immune Cells After Myocardial Infarction 2022-12-20, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.122.027228 PMID:36515244	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了心肌梗死后小鼠心脏中CD45阳性免疫细胞的异质性和动态变化	首次揭示了心肌梗死后免疫细胞亚群的复杂转录谱、通路、细胞相互作用网络及转录调控因子，并发现Fos/AP-1调控网络在炎症反应中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	探究心肌梗死后免疫细胞的异质性和动态变化，并寻找潜在的治疗干预靶点	小鼠心脏中的CD45阳性免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	30,135个CD45免疫细胞