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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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19301 | 2024-08-07 |
"The Good, the Bad, and the Ugly" - About Diverse Phenotypes of Hepatic Stellate Cells in the Liver
2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.01.002
PMID:38216053
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research paper | 本文探讨了肝星状细胞(HSCs)及其激活衍生物在慢性肝损伤进展中的多样性表型及其作用 | 利用遗传谱系追踪模型和单细胞转录组及蛋白质组分析技术,揭示了HSC和MF群体在健康状态及慢性肝损伤各阶段组织变形中的隐藏异质性 | NA | 识别HSC/MF轴上的不同表型,为针对特定MF表型作为慢性肝损伤潜在治疗方法奠定基础 | 肝星状细胞(HSCs)及其激活衍生物,即肌成纤维细胞(MFs) | NA | 肝病 | 遗传谱系追踪模型,单细胞转录组及蛋白质组分析 | NA | 转录组,蛋白质组 | NA | NA | NA | NA | NA |
19302 | 2024-08-07 |
Identifying biomarkers of heterogeneity and transplantation efficacy in retinal pigment epithelial cells
2023-12-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20230913
PMID:37728563
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研究论文 | 本文通过批量和单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了成人RPE干细胞衍生的RPE细胞产品,评估了其在体外和体内的功能细胞整合及视觉恢复效果 | 本文首次鉴定了lncRNA(TREX)作为体内疗效的预测标记物,并通过敲低和过表达实验验证了其在细胞整合和视觉恢复中的作用 | NA | 提高视网膜色素上皮细胞移植疗法的疗效和安全性 | 视网膜色素上皮细胞的异质性和移植效果的生物标志物 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及Royal College of Surgeons大鼠 | NA | NA | NA | NA |
19303 | 2024-08-05 |
Tumor macrophage functional heterogeneity can inform the development of novel cancer therapies
2023-12, Trends in immunology
IF:13.1Q1
DOI:10.1016/j.it.2023.10.007
PMID:37995659
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研究论文 | 本文讨论了肿瘤相关巨噬细胞的功能异质性及其对癌症新疗法开发的影响 | 识别出巨噬细胞的分子亚型和功能,从而发现新的治疗靶点 | 传统治疗方法未能提供改变临床实践的突破性进展 | 提高对肿瘤微环境中巨噬细胞作用的理解,并推动新型靶向治疗的发展 | 聚焦于肿瘤微环境中的巨噬细胞功能及其潜在治疗靶点 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
19304 | 2024-08-07 |
A single-cell atlas of immunocytes in the spleen of a mouse model of Wiskott-Aldrich syndrome
2023 Nov-Dec, Cellular immunology
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.cellimm.2023.104783
PMID:37944382
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,对Wiskott-Aldrich综合征小鼠模型的脾脏免疫细胞进行了全面的转录组分析 | 首次在单细胞分辨率下揭示了WAS-KO小鼠脾脏免疫细胞的转录特征,并鉴定了与疾病病理相关的新基因 | NA | 探究Wiskott-Aldrich综合征小鼠模型脾脏免疫细胞的免疫缺陷机制 | WAS-KO小鼠脾脏的免疫细胞 | 数字病理学 | 免疫缺陷疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 11,269个细胞 | NA | NA | NA | NA |
19305 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals subtype-specific molecular profiles in Nrf2-deficient macrophages from murine atherosclerotic aortas
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1249379
PMID:37965327
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研究论文 | 本研究分析了小鼠动脉粥样硬化主动脉中缺乏Nrf2的巨噬细胞亚群的转录组 | 揭示了Nrf2缺乏导致的巨噬细胞亚型特异性转录组变化与炎症、铁稳态和细胞损伤或死亡途径之间的联系 | 仅使用了特定的小鼠模型,可能限制了结果的普遍适用性 | 研究Nrf2在小鼠动脉粥样硬化中的具体作用 | 来自小鼠动脉粥样硬化主动脉的不同Nrf2缺乏的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA表达数据 | 实验中使用了Cdh5表达细胞中的Nrf2失活小鼠和适当的对照小鼠 | NA | NA | NA | NA |
19306 | 2024-08-07 |
Modeling gene expression cascades during cell state transitions
2024-Apr-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109386
PMID:38500834
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据和贝叶斯推理方法,对细胞状态转换过程中的基因表达动态变化进行建模 | 提出了一种贝叶斯推理方法来推断伪时间序列中细胞的转录动态,从而能够对基因表达的时序差异和调控基因相互作用进行分析 | NA | 研究细胞在分化或对外界刺激响应过程中的基因表达动态变化 | 小鼠胚胎前脑和胰腺样本的单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 贝叶斯推理模型 | 基因表达数据 | 小鼠胚胎前脑和胰腺样本的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
19307 | 2024-08-07 |
Colorectal Cancer-Associated Myofibroblasts Exhibit Enhanced Angiogenin Expression and Signaling via the PLXNB2 Receptor
2024-Apr, The Journal of surgical research
IF:1.8Q2
DOI:10.1016/j.jss.2023.12.036
PMID:38295715
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研究论文 | 本文研究了结直肠癌相关肌成纤维细胞中血管生成素表达及通过PLXNB2受体的信号传导 | 首次在人类结直肠癌组织中发现肌成纤维细胞中血管生成素和PLXNB2受体表达上调,并探讨了其在肿瘤-基质细胞通讯中的作用 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据,未涉及临床样本的直接验证 | 探讨血管生成素在人类结直肠癌中的作用及其与肌成纤维细胞的通讯机制 | 结直肠癌组织及其周围的肌成纤维细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 配对的正常人类结肠和结直肠癌组织样本 | NA | NA | NA | NA |
19308 | 2024-08-07 |
IDO1 Inhibition Promotes Activation of Tumor-intrinsic STAT3 Pathway and Induces Adverse Tumor-protective Effects
2024-Apr-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300545
PMID:38391297
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探讨IDO1抑制剂在肿瘤微环境中的作用及其对肿瘤细胞的影响 | 发现IDO1抑制剂不仅激活肿瘤内免疫细胞,还促进M2巨噬细胞的浸润和IL-6的分泌,进而激活JAK2/STAT3信号通路,导致肿瘤细胞在高度免疫活性下仍能存活 | 研究主要集中在小鼠模型上,尚未在人类临床试验中验证这些发现 | 探究IDO1抑制剂在癌症治疗中的临床失败原因及其对肿瘤微环境的影响 | IDO1抑制剂对肿瘤内免疫细胞和肿瘤细胞的影响 | 癌症治疗 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠结肠癌细胞CT26移植于BALB/C小鼠 | NA | NA | NA | NA |
19309 | 2024-08-04 |
Identification of macrophage-related genes correlated with prognosis and immunotherapy efficacy in non-small cell lung cancer
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27170
PMID:38500993
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研究论文 | 本文研究了与非小细胞肺癌预后及免疫疗效相关的巨噬细胞相关基因 | 本研究首次识别出与非小细胞肺癌患者预后和免疫疗效相关的特定巨噬细胞相关基因 | 缺乏临床验证和更大规模的样本确认 | 探索能预测非小细胞肺癌预后和药物有效性的基因标志物 | 非小细胞肺癌及其周围组织中的细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
19310 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing unveils the hidden powers of zebrafish kidney for generating both hematopoiesis and adaptive antiviral immunity
2024-Mar-18, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.92424
PMID:38497789
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术,揭示了斑马鱼肾脏在造血和适应性抗病毒免疫中的双重功能 | 首次全面展示了斑马鱼肾脏中59种造血干细胞/祖细胞和免疫细胞类型,并揭示了其在抗病毒免疫中的多样性功能 | NA | 阐明斑马鱼肾脏在造血和免疫系统中的功能 | 斑马鱼肾脏中的造血干细胞/祖细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 59种造血干细胞/祖细胞和免疫细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
19311 | 2024-08-07 |
scRNA-seq analysis discovered suppression of immunomodulatory dependent inflammatory response in PMBCs exposed to silver nanoparticles
2024-Mar-17, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-024-02364-0
PMID:38494495
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研究论文 | 本研究通过scRNA-seq分析揭示了银纳米颗粒暴露下PBMCs中免疫调节依赖性炎症反应的抑制 | 本研究首次深入分析了单细胞水平上细胞与金属离子的关联以及特定的免疫反应 | 研究主要集中在体外模型,未涉及体内模型的验证 | 探究银纳米颗粒对PBMCs的免疫毒性 | 银纳米颗粒对PBMCs的免疫反应 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | PBMCs样本 | NA | NA | NA | NA |
19312 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics and single-nucleus RNA sequencing reveal a transcriptomic atlas of adult human spinal cord
2024-Jan-30, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.92046
PMID:38289829
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研究论文 | 该文章揭示了成人人体脊髓的转录组图谱,分类了脊髓神经元并分析了其空间分布 | 首次利用单细胞RNA测序和空间转录组技术对成人脊髓神经元进行详细分类和空间分布研究 | 成人脊髓的细胞异质性的分子证据相对有限 | 研究成人脊髓神经元的类型和功能异质性 | 来自九名人类供体的脊髓神经元 | 数字病理学 | 神经疾病 | 单核RNA测序和空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | 来自九名人类供体的样本 | NA | NA | NA | NA |
19313 | 2024-08-07 |
Opportunities and tradeoffs in single-cell transcriptomic technologies
2024-01, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2023.10.003
PMID:37953195
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review | 本文综述了单细胞转录组技术的最新进展及其优缺点 | 介绍了长读长测序方法在单细胞转录组分析中的应用,突破了以往全转录组表征的障碍 | 单细胞转录组分析中仍存在细胞数量与全长转录本覆盖度之间的权衡问题 | 全面概述单细胞转录组分析的可用选项,并强调每种方法的关键优缺点 | 单细胞转录组技术及其应用 | NA | NA | 长读长测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
19314 | 2024-08-04 |
mitoSplitter: A mitochondrial variants-based method for efficient demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq
2023-09-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2307722120
PMID:37725654
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研究论文 | 本文开发了一种基于线粒体变体的方法‘mitoSplitter’,用于高效地解混合池化的单细胞RNA-seq数据 | 提出利用线粒体RNA变体进行解混合的新算法,从而克服传统方法的局限 | 在多样本和大规模细胞数据的情况下,仍可能存在一定的挑战与限制 | 旨在提高单细胞RNA-seq数据分析的效率,减少批次效应 | 研究五种非小细胞肺癌细胞系对BET化学降解的反应 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | RNA数据 | 10个样本,60000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
19315 | 2024-08-07 |
A Refined Single Cell Landscape of Haematopoiesis in the Mouse Foetal Liver
2023-Mar-23, Journal of developmental biology
IF:2.2Q3
DOI:10.3390/jdb11020015
PMID:37092477
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,对小鼠胎肝中的造血细胞进行了精细的细胞图谱构建 | 发现了小鼠胎肝中一种类似于人类已知的胎盘中等血红蛋白特征,以及一种先前未被识别的原始红细胞群 | NA | 获得胎肝中造血细胞的精细单细胞图谱 | 小鼠胎肝中的造血细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括了比先前数据集更多的细胞的E12.5小鼠胎肝样本 | NA | NA | NA | NA |
19316 | 2024-08-07 |
Smoking induces shifts in cellular composition and transcriptome within the bronchial mucus barrier
2023-02, Respirology (Carlton, Vic.)
DOI:10.1111/resp.14401
PMID:36414410
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研究论文 | 本研究评估了吸烟对支气管黏液屏障细胞组成和基因表达的影响,并探讨了基于单细胞RNA测序的细胞解卷积方法在预测RNA测序数据中细胞类型组成的能力 | 研究首次使用细胞解卷积方法预测RNA测序数据中的细胞类型组成,并验证了该方法的有效性 | 研究样本量相对较小,且仅限于特定的疾病和吸烟状态群体 | 理解吸烟暴露对支气管黏液屏障黏膜损伤的机制 | 支气管黏液屏障的细胞组成和基因表达 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | 细胞解卷积 | RNA测序数据 | 共149名参与者,包括56名慢性阻塞性肺疾病患者,77名无慢性阻塞性肺疾病参与者,以及16名停止吸烟一年的参与者 | NA | NA | NA | NA |
19317 | 2024-08-04 |
Single-cell and bulk RNA sequencing analysis of B cell marker genes in TNBC TME landscape and immunotherapy
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1245514
PMID:38111587
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研究论文 | 本研究旨在通过分析三阴性乳腺癌(TNBC)患者的B细胞标记基因来调查其预后特征 | 建立了基于B细胞标记基因的肿瘤微环境预测模型,以预测TNBC患者的预后和免疫治疗反应 | 鉴于样本量仅限于四个TNBC患者,可能限制了结果的普遍适用性 | 探索三阴性乳腺癌患者的预后特征 | 四名TNBC患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | RNA测序 | NA | 细胞和基因表达数据 | 参与研究的样本量为四名TNBC患者的22,106个细胞和20,556个基因 | NA | NA | NA | NA |
19318 | 2024-08-07 |
Loss of CFTR function in macrophages alters the cell transcriptional program and delays lung resolution of inflammation
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1242381
PMID:38035088
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研究论文 | 本文研究了囊性纤维化(CF)中CFTR基因功能丧失对巨噬细胞的影响及其对肺部炎症消退的延迟作用 | 首次报道了CFTR功能丧失在巨噬细胞中引起的细胞转录程序改变,以及这种改变对肺部炎症消退的影响 | NA | 探讨CFTR功能丧失与中性粒细胞性炎症之间的关系 | CFTR基因功能丧失对巨噬细胞和肺部炎症的影响 | NA | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
19319 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies G-protein coupled receptor 87 as a basal cell marker expressed in distal honeycomb cysts in idiopathic pulmonary fibrosis
2022-06, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.02373-2021
PMID:35604813
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
19320 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomics of Regulatory T Cells Reveals Trajectories of Tissue Adaptation
2019-02-19, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2019.01.001
PMID:30737144
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了小鼠皮肤和结肠中的CD4调节性T细胞和记忆T细胞,揭示了这些细胞在非淋巴组织中的适应性轨迹 | 首次详细描述了调节性T细胞在非淋巴组织中的亚群及其在不同组织中的适应性轨迹,并通过体内模型验证了预测的基因动力学 | NA | 探讨调节性T细胞在非淋巴组织中的表型和发育 | 小鼠皮肤和结肠中的CD4调节性T细胞和记忆T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 35,000个CD4调节性T细胞和记忆T细胞 | NA | NA | NA | NA |