单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19261	2024-08-08	Mechanisms of Panax Ginseng on Treating Sepsis by RNA-Seq Technology 2022, Infection and drug resistance IF:2.9Q2 DOI:10.2147/IDR.S393654 PMID:36582454	研究论文	本研究利用网络药理学和RNA-seq技术探讨人参治疗脓毒症的潜在活性靶点和机制	通过RNA-seq分析和网络药理学方法，首次揭示了人参中的特定成分如何通过调节关键基因的表达来影响脓毒症的治疗	研究主要基于数据库分析和RNA-seq数据，未来需要更多的临床试验来验证这些发现	探索人参在治疗脓毒症中的作用机制	脓毒症患者和健康志愿者的外周血	NA	脓毒症	RNA-seq	NA	RNA	4521个与脓毒症相关的基因，86个人参活性成分及其294个活性靶点
19262	2024-08-08	Identification of PTPN22 as a potential genetic biomarker for abdominal aortic aneurysm 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.1061771 PMID:36588574	研究论文	本文通过综合生物信息学和细胞模型验证，揭示了PTPN22基因作为腹主动脉瘤潜在的遗传生物标志物	首次发现PTPN22基因在腹主动脉瘤患者中的表达上调，并验证了其在细胞模型中的表达增加	研究仅限于临床样本和细胞模型，未涉及更大规模的人群验证	识别腹主动脉瘤的遗传生物标志物，以预测高风险人群	PTPN22基因及其在腹主动脉瘤中的表达	遗传学	腹主动脉瘤	综合生物信息学分析，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自腹主动脉瘤患者的主动脉组织和外周血单个核细胞
19263	2024-08-08	Potential biomarkers and immune cell infiltration involved in aortic valve calcification identified through integrated bioinformatics analysis 2022, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2022.944551 PMID:36589450	研究论文	通过综合生物信息学分析，识别与主动脉瓣钙化相关的潜在生物标志物和免疫细胞浸润	识别了SCG2和CCL19作为主动脉瓣钙化的新型潜在生物标志物，并探讨了它们与免疫细胞类型的关系	NA	深入理解主动脉瓣钙化的发病机制，并为未来的诊断和免疫治疗提供有价值的信息	主动脉瓣钙化疾病及其潜在的生物标志物和免疫细胞浸润	数字病理学	心血管疾病	机器学习算法（LASSO和SVM-RFE），CIBERSORT算法	NA	基因表达数据，单细胞测序数据，免疫组织化学染色数据	使用了三个公开的基因表达数据集（GSE12644，GSE51472，GSE77287）和一个外部数据集（GSE83453），以及单细胞测序数据集（SRP222100）和人类临床组织样本
19264	2024-08-05	The second heart field: the first 20 years 2023-Jun, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-022-09975-8 PMID:36550326	综述	本文回顾了第二心场（SHF）在心脏发育中的贡献和信号调控网络	文章总结了第二心场研究20年的进展，并提出了单细胞测序和精确谱系追踪的新技术应用	需要进一步研究SHF的细胞异质性及其复杂的调控网络和未确定机制	探讨第二心场在心脏发育中的作用及其临床应用	主要研究对象为第二心场及其在心脏发育中的作用	NA	先天性心脏病	单细胞测序	NA	NA	NA
19265	2024-08-05	Single-cell and spatial multi-omics in the plant sciences: Technical advances, applications, and perspectives 2023-05-08, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2022.100508 PMID:36540021	综述	本文概述了植物科学中单细胞和空间多组学的技术进展、应用和前景.	提出了将单细胞转录组学、空间转录组学和空间代谢组学结合以分析植物发育的创新方法.	没有提及具体的实验数据和案例研究来支持论点.	研究和概述单细胞和空间多组学在植物科学中的应用和未来发展.	植物组织中的转录组和代谢组.	数字病理学	NA	单细胞转录组学, 空间转录组学, 空间代谢组学	NA	转录组数据, 代谢组数据	NA
19266	2024-08-05	Single-cell RNA-seq of Lotus japonicus provide insights into identification and function of root cell types of legume 2023-May, Journal of integrative plant biology IF:9.3Q1 DOI:10.1111/jipb.13435 PMID:36537698	研究论文	该文章研究了莲池豆根部不同细胞类型的转录组及其功能	首次提供了豆科植物根尖的单细胞分辨率转录组	研究主要集中在一种豆科植物，可能无法普遍适用于所有豆科植物	探讨豆科植物根部不同细胞类型的转录组和功能	莲池豆的根尖单细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	超过22000个单细胞
19267	2024-08-05	Privacy-preserving integration of multiple institutional data for single-cell type identification with scPrivacy 2023-05, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2224-4 PMID:36543995	研究论文	本研究提出了一个名为scPrivacy的原型，用于在数据隐私保护的情况下实现单细胞类型的自动识别	该研究是首个通用的自动化单细胞类型识别原型，能在保护数据隐私的前提下促进单细胞注释	该方法的有效性主要依赖于所使用的公共基准数据集	研究旨在推动在多机构数据隐私保护下的单细胞类型识别	研究对象为来自多个机构的大规模单细胞RNA-seq数据集	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	综合公开可用的基准数据集
19268	2024-08-08	scRNA-seq profiling of neonatal and adult thymus-derived CD4+ T cells by a T cell origin-time tracing model 2023-04-20, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjac072 PMID:36542462	研究论文	本研究通过T细胞起源时间追踪模型，对新生和成年胸腺来源的CD4+ T细胞进行单细胞RNA测序分析，揭示了新生胸腺来源的调节T细胞（Treg）在免疫抑制功能上的增强特性。	首次通过单细胞RNA测序技术，详细比较了新生和成年胸腺来源CD4+ T细胞的分子特征和功能差异，特别是在免疫稳态维持方面的能力。	研究主要依赖于动物模型，且追踪时间有限，可能未能完全反映长期环境影响下的T细胞动态变化。	探讨新生和成年胸腺来源CD4+ T细胞在分子水平和功能上的差异，特别是在免疫稳态维持方面的能力。	新生和成年胸腺来源的CD4+ T细胞，特别是调节T细胞（Treg）。	免疫学	NA	单细胞RNA测序	T细胞起源时间追踪模型	RNA	新生和成年胸腺来源的CD4+ T细胞样本，追踪时间为9周和12天
19269	2024-08-05	Novel insights into Hodgkin lymphoma biology by single-cell analysis 2023-04-13, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2022017147 PMID:36548960	研究论文	通过单细胞分析对霍奇金淋巴瘤生物学的新见解	使用单细胞技术揭示了霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中细胞间相互作用和异质性的独特特点	未提及具体的限制因素	深入理解霍奇金淋巴瘤中的免疫生物学	霍奇金淋巴瘤及其肿瘤微环境	数字病理学	霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序和多重成像技术	NA	血液样本、新鲜组织和福尔马林固定样本	NA
19270	2024-08-08	Single-Cell Analysis Reveals Transcriptomic Features of Drug-Tolerant Persisters and Stromal Adaptation in a Patient-Derived EGFR-Mutated Lung Adenocarcinoma Xenograft Model 2023-04, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2022.12.003 PMID:36535627	研究论文	本研究使用患者来源的EGFR突变肺腺癌异种移植模型，通过单细胞RNA测序分析了药物耐受持久细胞（DTP）和基质适应的转录组特征。	首次在患者来源的肺腺癌异种移植模型中进行单细胞RNA测序，揭示了DTP细胞的转录组特征和基质适应的变化。	研究仅限于特定的EGFR突变肺腺癌模型，结果的普遍性有待进一步验证。	探讨靶向治疗中断后肿瘤复发的原因，特别是药物耐受持久细胞（DTP）的作用。	药物耐受持久细胞（DTP）和癌症相关成纤维细胞（CAF）的转录组特征。	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	使用EGFR抑制剂erlotinib治疗5至6周的肿瘤 bearing 小鼠模型
19271	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing combined with single-cell proteomics identifies the metabolic adaptation of islet cell subpopulations to high-fat diet in mice 2023-04, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-022-05849-5 PMID:36538064	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序结合单细胞蛋白质组学，识别了小鼠胰岛细胞亚群在高脂饮食下的代谢适应性	首次结合单细胞RNA测序和蛋白质组学技术，深入解析了胰岛细胞亚群在高脂饮食诱导的葡萄糖不耐受中的代谢适应机制	NA	探索肥胖进展和糖尿病发病过程中胰岛细胞亚群的组成变化及其对高脂饮食诱导的胰岛代谢适应机制	小鼠胰岛细胞亚群	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	共分析了33,999个细胞
19272	2024-08-08	RIPK1 kinase-dependent inflammation and cell death contribute to the pathogenesis of COPD 2023-04, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.01506-2022 PMID:36549711	研究论文	本文研究了受体相互作用蛋白激酶1（RIPK1）依赖的细胞死亡和炎症在慢性阻塞性肺病（COPD）发病机制中的作用	首次详细探讨了RIPK1激酶抑制在实验性COPD模型中的保护作用，并提出其作为一种新型治疗策略的潜力	NA	旨在定义RIPK1激酶依赖的细胞死亡和炎症在COPD发病机制中的贡献	RIPK1在COPD患者肺组织中的表达及其激酶活性抑制的影响	数字病理学	慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	包括人类和鼠类的肺组织样本，以及COPD患者和对照组的肺组织
19273	2024-08-08	Protocol to dissociate healthy and infected murine- and hamster-derived lung tissue for single-cell transcriptome analysis 2023-03-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101957 PMID:36542521	研究论文	本文提供了一种将健康和感染的小鼠及仓鼠肺组织转化为具有代表性的多样性、存活的单细胞悬液的协议，用于单细胞转录组分析	本文介绍了一种新的肺组织处理方法，包括血管灌注、肺切除、酶消化和机械分离，以及红细胞裂解和分离细胞计数	目前仍需进一步提高肺内皮细胞的比例，同时不损害细胞的存活率	研究传染病中的宿主-病原体相互作用	小鼠和仓鼠的肺组织	数字病理学	传染病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
19274	2024-08-05	Stromal Reprogramming through Dual PDGFRα/β Blockade Boosts the Efficacy of Anti-PD-1 Immunotherapy in Fibrotic Tumors 2023-03-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1890 PMID:36543251	研究论文	研究探讨双重PDGFRα/β阻断如何增强抗PD-1免疫疗法在纤维化肿瘤中的疗效	揭示了间质重编程在免疫再激活中的影响，并结合免疫疗法提高纤维化癌症患者的治疗潜力	未提及具体的临床试验数据和长期效果	阐明间质重编程和改进癌症免疫治疗的潜在途径	胃癌患者中的间质及其对免疫微环境的影响	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	组织样本	涉及胃癌的纤维化肿瘤异种移植模型
19275	2024-08-05	Hepatic TREM2+ macrophages express matrix metalloproteinases to control fibrotic scar formation 2023-03, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12616 PMID:36529983	研究论文	本研究探讨了肝脏TREM2+巨噬细胞通过表达基质金属蛋白酶（MMP）来控制纤维化瘢痕形成的机制	首次系统地描述了肝脏巨噬细胞的异质性，特别是TREM2+巨噬细胞在肝纤维化中的作用	对异质性SAMac群体的表征仍不够全面，需要进一步研究	研究肝脏巨噬细胞在肝纤维化中的作用及其潜在治疗途径	主要研究TREM2+巨噬细胞及其在肝纤维化过程中的表达特征	数字病理学	肝硬化	单细胞转录组学	NA	公共数据库的单细胞转录组数据	人类肝硬化样本及饮食诱导的非酒精性脂肪性肝炎模型
19276	2024-08-05	Immunohistochemical characterization of bipolar cells in four distantly related avian species 2023-03, The Journal of comparative neurology IF:2.3Q1 DOI:10.1002/cne.25443 PMID:36550622	研究论文	该研究系统性测试了12种抗体在鸟类视网膜中标记双极细胞的能力	首次提供了不同鸟类双极细胞的免疫组化标记物目录	部分标记物不仅标记双极细胞，还标记了其他细胞类型	分析各种鸟类视网膜中双极细胞的特征和标记物	家鸡、家鸽、普通秃鹰和欧洲知更鸟等四种远缘鸟类	数字病理学	NA	免疫组化	NA	视网膜样本	研究涉及四种鸟类的八种最适合的抗体
19277	2024-08-05	RIIβ-PKA in GABAergic Neurons of Dorsal Median Hypothalamus Governs White Adipose Browning 2023-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202205173 PMID:36529950	研究论文	本研究探讨了RIIβ-PKA在背侧中间下丘脑GABA能神经元中对白色脂肪组织变褐的调控作用	揭示了RIIβ-PKA在背侧中间下丘脑GABA能神经元中调节白色脂肪组织变褐的机制	在该研究中没有直接阐明白色脂肪组织变褐是否导致了体重减少	研究RIIβ-PKA对白色脂肪组织变褐的影响及其在肥胖和代谢疾病治疗中的潜在应用	研究对象为RIIβ缺失小鼠及其在背侧中间下丘脑GABA能神经元中的表现	数字病理学	肥胖症	单细胞测序，转录组测序，电生理研究	NA	NA	RIIβ-KO小鼠
19278	2024-08-08	Single-cell analysis reveals the chemotherapy-induced cellular reprogramming and novel therapeutic targets in relapsed/refractory acute myeloid leukemia 2023-02, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-022-01789-6 PMID:36543880	研究论文	利用单细胞RNA测序技术分析了原发性难治性或短期复发急性髓系白血病患者的骨髓样本，揭示了化疗诱导的细胞重编程及新的治疗靶点	发现了化疗过程中增殖性干细胞/祖细胞样细胞向静止干细胞样细胞的表型转变，并确定了CD52和LGALS1的上调	NA	揭示急性髓系白血病化疗耐药机制，开发新的治疗策略	急性髓系白血病患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
19279	2024-08-08	Identification of Cell Types and Transcriptome Landscapes of Porcine Epidemic Diarrhea Virus-Infected Porcine Small Intestine Using Single-Cell RNA Sequencing 2023-02-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2101216 PMID:36548460	研究论文	本研究首次使用单细胞RNA测序技术系统分析了感染猪流行性腹泻病毒（PEDV）的猪空肠细胞类型和转录组景观	首次使用单细胞RNA测序技术系统分析PEDV感染的猪空肠，并鉴定了一种新的绒毛细胞标记物DNAH11	NA	研究PEDV感染后猪空肠不同细胞类型的反应，加深对病毒发病机制的理解	猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染的猪空肠细胞类型和转录组景观	数字病理学	猪病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
19280	2024-08-05	Class switch toward noninflammatory, spike-specific IgG4 antibodies after repeated SARS-CoV-2 mRNA vaccination 2023-01-27, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.ade2798 PMID:36548397	研究论文	该研究报道了在重复接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后，特异性IgG4抗体的增加.	该研究发现，在第二次接种几个月后，SARS-CoV-2特异性抗体主要由非炎症性IgG4组成，并且第三次接种进一步增加了IgG4抗体的比例.	该研究没有探讨亚型IgG4的长期免疫影响及其在不同人群中的表现.	研究mRNA疫苗接种后特定IgG4抗体的变化及其对疫苗接种策略的影响.	研究对象为接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的抗体反应变化.	免疫学	NA	单细胞测序和流式细胞术	NA	抗体反应数据	在三次免疫接种后分析了与IgG4相关的B细胞频率.