单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27648 篇文献，本页显示第 19081 - 19100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 19081 | 2024-08-08 |
Inferring cell developmental stage-specific lncRNA regulation in the developing human neocortex with CDSlncR
2022, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2022.1037565
PMID:36710930
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CDSlncR的新型计算方法，用于推断人类新皮质发育中特定细胞发育阶段的lncRNA调控 | CDSlncR结合了潜在的lncRNA-目标结合信息与单细胞转录组数据，以推断特定细胞发育阶段的lncRNA调控 | 先前的批量数据驱动方法主要限于探索所有细胞的lncRNA调控，而不是特定于细胞发育阶段的lncRNA调控 | 研究特定细胞发育阶段的lncRNA调控 | 人类新皮质发育中的lncRNA调控 | 生物信息学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞测序 | CDSlncR | 转录组数据 | 涉及人类新皮质不同发育阶段的单细胞转录组数据 |
| 19082 | 2024-08-05 |
Identification of long noncoding RNA NEAT1 as a key gene involved in the extramedullary disease of multiple myeloma by bioinformatics analysis
2023-Dec, Hematology (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1080/16078454.2022.2164449
PMID:36657019
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析确定长非编码RNA NEAT1在多发性骨髓瘤的髓外疾病中作为关键基因 | 研究发现长非编码RNA NEAT1可能成为髓外疾病的潜在生物标志物 | 本研究未能确定NEAT1基因表达与多发性骨髓瘤患者的总生存期和无进展生存期的关系 | 探讨长非编码RNA在多发性骨髓瘤髓外疾病中的作用 | 多发性骨髓瘤患者的髓内和髓外细胞样本 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6个多发性骨髓瘤患者（3对） |
| 19083 | 2024-08-08 |
CTLA-4 inhibition facilitates follicular T and B cell interaction and the production of tumor-specific antibodies
2023-05-01, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.34438
PMID:36650700
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了CTLA-4抑制剂在小鼠同基因肿瘤移植模型中对免疫细胞景观的影响 | 首次全面展示了CTLA-4抑制后肿瘤内免疫微环境的改变，并揭示了肿瘤特异性B细胞在抗肿瘤免疫中的作用 | NA | 探讨CTLA-4抑制剂对肿瘤内免疫细胞相互作用及肿瘤特异性抗体产生的影响 | 小鼠同基因肿瘤移植模型中的免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠同基因肿瘤移植模型 |
| 19084 | 2024-08-05 |
High-Resolution Analysis of Mononuclear Phagocytes Reveals GPNMB as a Prognostic Marker in Human Colorectal Liver Metastasis
2023-04-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0462
PMID:36652202
|
研究论文 | 本研究通过对单核吞噬细胞的高分辨率分析，揭示了GPNMB作为人类结直肠肝转移的预后标志物。 | 本研究识别了与结直肠肝转移相关的两种具有不同临床相关性的巨噬细胞标志物，并揭示了它们在免疫基于患者分层工具中的潜在应用。 | 本研究的局限性在于尚未深入探讨这些巨噬细胞标志物的生物学机制。 | 研究的目的在于改善结直肠肝转移患者的分类和治疗效果。 | 研究对象为人类结直肠肝转移中的单核吞噬细胞及其标志物。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞分析 | NA | NA | 在患者队列中高浸润的SERPINB2+细胞及GPNMB+细胞的分析 |
| 19085 | 2024-08-05 |
Intermittent protein restriction improves glucose homeostasis in Zucker diabetic fatty rats and single-cell sequencing reveals distinct changes in β cells
2023-04, The Journal of nutritional biochemistry
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jnutbio.2023.109275
PMID:36669706
|
研究论文 | 本文探讨了间歇性蛋白限制（IPR）对Zucker糖尿病肥胖大鼠的糖尿病干预效果 | 研究表明IPR可以改善糖尿病大鼠的血糖调节，并促进β细胞的增殖和保护 | 没有提及具体的临床试验数据或与人类患者的比较 | 研究间歇性蛋白限制在糖尿病管理中的效果 | Zucker糖尿病肥胖（ZDF）大鼠 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 使用了ZDF大鼠的分离胰岛 |
| 19086 | 2024-08-05 |
DIST: spatial transcriptomics enhancement using deep learning
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad013
PMID:36653906
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研究论文 | 此文章提出了一种基于深度学习的DIST方法，用于增强空间转录组学的基因表达测量 | 文章创新地利用自监督学习和迁移学习来改善基因表达的表达质量和深度 | 文章未提及特定的限制条件 | 研究旨在通过新的方法提升空间转录组学的基因表达数据的质量 | 研究对象为转录组测量中的基因表达数据 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 19087 | 2024-08-08 |
Context-dependent gene regulatory network reveals regulation dynamics and cell trajectories using unspliced transcripts
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac633
PMID:36653899
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研究论文 | 本文提出构建基于单细胞RNA测序数据的上下文依赖基因调控网络（CDGRNs），利用剪接和未剪接转录本的表达水平，揭示基因调控动态和细胞分化轨迹 | 本文创新性地将基因调控网络分解为对应不同转录组上下文的子网络，并通过高斯混合模型推断转录因子和目标基因的共识活性调控对 | NA | 研究目的是揭示基因调控网络在不同细胞类型中的动态变化及其与细胞分化的关系 | 研究对象包括基因调控网络、转录因子和目标基因、细胞分化轨迹 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型 | 转录本表达数据 | NA |
| 19088 | 2024-08-08 |
Length biases in single-cell RNA sequencing of pre-mRNA
2023-Mar-08, Biophysical reports
IF:2.4Q3
DOI:10.1016/j.bpr.2022.100097
PMID:36660179
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序数据中前体mRNA长度的偏差问题，并提出了一种基于长度的捕获偏差模型来解释这一现象 | 提出了一个基于长度的捕获偏差模型，用于解释单细胞RNA测序数据中前体mRNA长度的偏差 | 需要仔细评估噪声源以进行定量推断 | 研究单细胞RNA测序数据中的前体mRNA长度偏差及其对数据解释的影响 | 单细胞RNA测序数据中的前体mRNA长度偏差 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 马尔可夫链 | RNA测序数据 | NA |
| 19089 | 2024-08-05 |
CHRNA1 and its correlated-myogenesis/cell cycle genes are prognosis-related markers of metastatic melanoma
2023-Mar, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2023.101425
PMID:36654921
|
研究论文 | 研究发现与转移性黑色素瘤相关的CHRNs及其基因在预后中起重要作用 | 通过生物信息学分析识别出与转移性黑色素瘤相关的重要CHRNs及其相关基因 | 未具体说明具体样本数量及研究范围的限制 | 探讨CHRNs及其相关基因在转移性黑色素瘤中的作用 | 转移性黑色素瘤样本及相关基因 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA |
| 19090 | 2024-08-08 |
Systematic single-cell dissecting reveals heterogeneous oncofetal reprogramming in the tumor microenvironment of gastric cancer
2023-Mar, Human cell
IF:3.4Q3
DOI:10.1007/s13577-023-00856-z
PMID:36662371
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研究论文 | 本研究利用非负矩阵分解（NMF）算法对胃癌（GC）的单细胞RNA测序数据进行分析，揭示了肿瘤微环境中不同细胞类型的异质性癌胎儿重编程。 | 首次系统地分析了胃癌肿瘤微环境中癌胎儿重编程的异质性，并确定了新的癌胎儿细胞亚型作为胃癌患者的预后因子和免疫检查点阻断的预测因子。 | NA | 研究胃癌肿瘤微环境中癌胎儿重编程的异质性及其对细胞功能和患者预后的影响。 | 胃癌肿瘤微环境中的癌相关成纤维细胞（CAFs）、肿瘤相关内皮细胞（TECs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解（NMF） | RNA测序数据 | 大样本量的胃癌患者 |
| 19091 | 2024-08-05 |
Integrated single-cell profiling dissects cell-state-specific enhancer landscapes of human tumor-infiltrating CD8+ T cells
2023-02-16, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2022.12.029
PMID:36657444
|
研究论文 | 本文通过单细胞染色质分析揭示了人类肿瘤浸润CD8+ T细胞的细胞状态特异性增强子景观 | 本研究识别了四种癌症类型中功能性和功能障碍CD8 TIL状态的基因调控景观，并揭示了增强子-启动子相互作用及其在TIL功能障碍中的共同染色质轨迹 | 对人类肿瘤浸润淋巴细胞的异质性功能和功能障碍状态的转录调控仍未完全了解 | 本研究旨在揭示人类肿瘤浸润淋巴细胞中的细胞状态特异性基因调控线索 | 研究对象为人类肿瘤浸润的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肿瘤 | CRISPR | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 覆盖四种癌症类型的多个肿瘤实体匹配样本 |
| 19092 | 2024-08-05 |
Type 2 diabetes candidate genes, including PAX5, cause impaired insulin secretion in human pancreatic islets
2023-02-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI163612
PMID:36656641
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研究论文 | 本研究识别了与2型糖尿病（T2D）相关的人类胰腺岛候选基因，揭示了其对胰岛素分泌的影响 | 首次发现PAX5等新基因在2型糖尿病的胰岛素分泌损伤中的关键作用 | 研究主要基于人类胰腺岛细胞，缺乏对其他组织或细胞类型的验证 | 研究识别与2型糖尿病相关的候选基因及其在病理生理学中的作用 | 约300个个体的人类胰腺岛 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠基因敲除模型 | 基因表达数据 | 约300个个体的人类胰腺岛样本 |
| 19093 | 2024-08-08 |
Efficacy, Mechanism, and Structure-Activity Relationship of 6-Methoxy Benzofuran Derivatives as a Useful Tool for Senile Osteoporosis
2023-02-09, Journal of medicinal chemistry
IF:6.8Q1
DOI:10.1021/acs.jmedchem.2c01377
PMID:36662031
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research paper | 本研究探讨了6-甲氧基苯并呋喃衍生物对老年骨质疏松症的治疗和预防效果及其作用机制和结构活性关系 | 发现6-甲氧基苯并呋喃衍生物在促进骨形成方面比传统药物和特立帕肽更有效 | NA | 研究6-甲氧基苯并呋喃衍生物作为老年骨质疏松症治疗药物的效能和机制 | 老年骨质疏松症 | NA | 老年疾病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用了老年C57和SAMP-6小鼠模型以及斑马鱼骨质疏松模型 |
| 19094 | 2024-08-05 |
Adversarial dense graph convolutional networks for single-cell classification
2023-02-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad043
PMID:36661313
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研究论文 | 本文提出了一种对抗稠密图卷积网络架构用于单细胞分类 | 引入了稠密连接机制和基于注意力的特征聚合以增强特征学习，并使用特征重建模块来保持原始数据的特征 | NA | 在单细胞转录组学应用中有效识别多细胞生物中的细胞类型及基因关系的深入研究 | 单细胞分类 | 数字病理学 | NA | 对抗学习 | 稠密图卷积网络 | NA | NA |
| 19095 | 2024-08-08 |
Matching queried single-cell open-chromatin profiles to large pools of single-cell transcriptomes and epigenomes for reference supported analysis
2023-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277015.122
PMID:36653120
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研究论文 | 本文介绍了scEpiSearch工具，该工具能够搜索、比较和独立分类单细胞开放染色质 profiles，与大量单细胞表达和开放染色质数据集进行匹配 | scEpiSearch在搜索准确性和单细胞 profiles 的低维共嵌入方面优于多种方法，不受平台和物种限制 | NA | 开发新的方法和搜索工具，以实现对单细胞 transcriptome 和 epigenome 数据集的真正利用 | 单细胞开放染色质 profiles 与大量参考细胞的匹配 | 生物信息学 | 急性白血病 | NA | NA | 单细胞数据 | 包括K562细胞、急性白血病患者样本和胚胎干细胞(ESCs)的单细胞开放染色质 profiles |
| 19096 | 2024-08-05 |
Spatial and single-cell transcriptomics decipher the cellular environment containing HLA-G+ cancer cells and SPP1+ macrophages in colorectal cancer
2023-01-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111929
PMID:36656712
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研究论文 | 本研究探讨了结直肠癌（CRC）肿瘤微环境中HLA-G+癌细胞和SPP1+巨噬细胞的细胞相互作用 | 结合空间转录组学和单细胞转录组学分析揭示了在侵袭前沿发生的重要细胞间相互作用 | 对CRC治疗策略中侵袭前沿事件的重要性尚需进一步验证 | 研究CRC肿瘤微环境中细胞相互作用及其对治疗策略的影响 | 对CRC组织进行空间转录组学和单细胞转录组学分析 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | NA |
| 19097 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals vascular endothelial cell heterogeneity and potential vascular dysfunction in hypertrophic scars
2023-01-25, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2023001
PMID:36655484
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19098 | 2024-08-08 |
3D osteogenic differentiation of human iPSCs reveals the role of TGFβ signal in the transition from progenitors to osteoblasts and osteoblasts to osteocytes
2023-01-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-27556-w
PMID:36658197
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研究论文 | 本研究使用三维培养系统诱导人诱导多能干细胞进行成骨分化，揭示了TGFβ信号在从祖细胞到成骨细胞以及成骨细胞到成骨细胞的转变中的作用 | 首次使用三维培养系统和快速诱导方法研究人诱导多能干细胞的成骨分化过程，并通过单细胞RNA测序分析揭示了TGFβ信号在成骨细胞到成骨细胞转变中的作用 | NA | 研究成骨分化过程中从干细胞到成骨细胞的精确生物学事件，特别是TGFβ信号的作用 | 人诱导多能干细胞的成骨分化过程及TGFβ信号的作用 | 干细胞生物学 | NA | 三维培养系统，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 19099 | 2024-08-05 |
Probabilistic embedding, clustering, and alignment for integrating spatial transcriptomics data with PRECAST
2023-01-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-35947-w
PMID:36653349
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研究论文 | 本文介绍了一种整合空间转录组数据的PRECAST方法 | PRECAST方法能有效整合多个具有复杂批次效应和生物效应的空间转录组数据，且仅需部分共享的细胞/领域聚类 | 样本中未提及对特定疾病的应用或评价 | 研究多种空间转录组数据的整合方法 | 多个空间转录组数据集，包括模拟数据和真实数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | 空间因子分析 | 数据集 | 四个真实数据集及模拟数据 |
| 19100 | 2024-08-08 |
Establishment of an efficient cotton root protoplast isolation protocol suitable for single-cell RNA sequencing and transient gene expression analysis
2023-Jan-18, Plant methods
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s13007-023-00983-6
PMID:36653863
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研究论文 | 本文建立了一种高效的棉花根原生质体分离协议，适用于单细胞RNA测序和瞬时基因表达分析 | 开发了一种稳定、多功能且省时的原生质体分离和转染协议，适用于棉花的功能基因组学和分子育种 | NA | 加速棉花的功能基因组学和分子育种 | 棉花根原生质体 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 原生质体 | 最高产量为3.55×10^5/g，存活率为93.3%的原生质体 |