单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24304 篇文献，本页显示第 1881 - 1900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1881 | 2024-11-22 |
Latent human herpesvirus 6 is reactivated in CAR T cells
2023-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06704-2
PMID:37938768
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研究论文 | 研究通过大规模病毒基因组挖掘，揭示了人类潜伏性病毒再激活的现状，并发现HHV-6B可以在人类CD4 T细胞培养中重新激活 | 首次通过单细胞测序技术识别出HHV-6的'超级表达者'，并证明这些细胞在CAR T细胞治疗产品中的存在 | 研究主要集中在实验室培养的细胞和已批准或正在进行临床试验的产品，未涵盖所有可能的细胞治疗产品 | 探讨细胞治疗产品中潜伏性人类疱疹病毒6的再激活机制及其对临床的影响 | 人类CD4 T细胞和CAR T细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 涉及研究级同种异体嵌合抗原受体T细胞和接受细胞治疗产品的患者 |
| 1882 | 2024-11-22 |
Single-Cell Analysis Reveals Distinct Immune and Smooth Muscle Cell Populations that Contribute to Chronic Thromboembolic Pulmonary Hypertension
2023-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202203-0441OC
PMID:36803741
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压中不同的免疫和肌细胞群体及其功能障碍 | 首次通过单细胞RNA测序技术，全面分析了慢性血栓栓塞性肺动脉高压中的多种细胞类型及其功能，并识别出潜在的治疗靶点PAR1 | 研究样本量较小，仅涉及五名患者，可能影响结果的普适性 | 识别构成慢性血栓栓塞性肺动脉高压血栓的多种细胞类型，并研究其功能障碍 | 慢性血栓栓塞性肺动脉高压中的免疫细胞和肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 五名患者 |
| 1883 | 2024-11-22 |
Enteroendocrine Cells Protect the Stem Cell Niche by Regulating Crypt Metabolism in Response to Nutrients
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.12.016
PMID:36608902
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研究论文 | 研究探讨了肠内分泌细胞在调节隐窝代谢和肠道干细胞功能中的作用 | 首次揭示了肠内分泌细胞在传递营养信息至干细胞微环境中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和人类肠道类器官，可能无法完全代表所有物种的肠道生理 | 探讨肠内分泌细胞在调节隐窝代谢和肠道干细胞功能中的作用 | 肠内分泌细胞、肠道干细胞、隐窝代谢 | NA | NA | 间接量热法、1H-核磁共振代谢组学、线粒体活体成像、Seahorse生物分析仪、10x Genomics单细胞测序 | NA | 代谢数据、单细胞转录组数据 | 小鼠模型和人类肠道类器官 |
| 1884 | 2024-11-22 |
A structural equation model for imaging genetics using spatial transcriptomics
2018-Nov-02, Brain informatics
DOI:10.1186/s40708-018-0091-0
PMID:30390165
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研究论文 | 本文提出了一种结合遗传标记和影像特征的结构方程模型，利用空间转录组学数据来解释疾病背景下脑体积变化及其与遗传变异的关系 | 本文的创新点在于将空间转录组学数据引入结构方程模型，以减少噪声并提高模型的解释性 | NA | 研究遗传变异与影像变量之间的关系，特别是在疾病背景下的脑体积变化 | 脑体积变化及其与遗传变异的关系 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 结构方程模型 | 结构方程模型 | 影像数据 | NA |
| 1885 | 2024-11-21 |
Spatial Transcriptomics in Inflammatory Skin Diseases Using GeoMx Digital Spatial Profiling: A Practical Guide for Applications in Dermatology
2025-Jan, JID innovations : skin science from molecules to population health
DOI:10.1016/j.xjidi.2024.100317
PMID:39559817
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研究论文 | 本文讨论了使用NanoString的GeoMx数字空间分析仪进行炎症性皮肤病空间转录组分析的技术和用户体验 | 提供了制造商指南中未包含的优化RNA捕获方法和潜在陷阱 | NA | 提供一个框架，帮助其他皮肤生物学研究人员使用数字空间分析技术 | 炎症性皮肤病，包括银屑病、扁平苔藓和盘状红斑狼疮 | 数字病理学 | 皮肤病 | GeoMx数字空间分析 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未提及 |
| 1886 | 2024-11-21 |
Investigating biological nitrogen fixation via single-cell transcriptomics
2024-Nov-20, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/erae454
PMID:39563004
|
综述 | 本文综述了通过单细胞转录组学研究生物固氮机制的最新进展 | 利用单细胞转录组学技术揭示了根瘤共生过程中的分子机制，并识别出新的根瘤共生基因 | NA | 探索可持续的氮肥替代方案，特别是通过工程化根瘤共生 | 研究了苜蓿、百脉根和黄豆等植物的根瘤共生机制 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及苜蓿、百脉根和黄豆等多个物种的单细胞数据 |
| 1887 | 2024-11-21 |
Distinct Inflammatory Programs Underlie the Intramuscular Lipid Nanoparticle Response
2024-Nov-20, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c08490
PMID:39563529
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研究论文 | 评估mRNA/脂质纳米颗粒（LNP）在肌肉组织中的佐剂效应及其对免疫细胞的影响 | 揭示了两种不同类型的炎症基因表达程序，并发现肌肉注射空LNPs（eLNPs）能诱导中性粒细胞浸润和多种髓系细胞的激活 | NA | 研究mRNA/LNP技术在疫苗和基因治疗中的免疫原性 | mRNA/脂质纳米颗粒（LNP）及其在肌肉组织中的免疫反应 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9种化学性质不同的LNPs |
| 1888 | 2024-11-21 |
sc2GWAS: a comprehensive platform linking single cell and GWAS traits of human
2024-Nov-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1008
PMID:39565208
|
研究论文 | 开发了一个名为sc2GWAS的平台，用于整合单细胞RNA测序和全基因组关联研究数据，以识别与疾病风险变异相关的细胞群 | 首次开发了一个综合平台，将单细胞RNA测序数据与全基因组关联研究数据相结合，提供大规模的特征-细胞调控对及其注释和富集分析 | NA | 揭示驱动疾病发展和进展的细胞特异性机制 | 与疾病风险变异相关的细胞群 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），全基因组关联研究（GWAS） | NA | 基因组数据 | 超过630万个单细胞，共15,078,310个候选特征-细胞对 |
| 1889 | 2024-11-21 |
E2F1 Promotes the Occurrence of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma and Serves as a Prognostic Biomarker
2024-Nov-20, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-024-05097-w
PMID:39565537
|
研究论文 | 研究探讨了E2F1在头颈部鳞状细胞癌中的生物学功能及其作为预后生物标志物的价值 | 首次揭示了E2F1在头颈部鳞状细胞癌中的独立预后作用，并构建了基于E2F1表达的风险模型和诺模图模型 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏体内实验验证 | 探讨E2F1在头颈部鳞状细胞癌中的生物学功能及其预后价值 | 头颈部鳞状细胞癌患者及其肿瘤组织 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Lasso-Cox回归模型 | 转录组数据 | 使用了来自TCGA和GEO数据库的头颈部鳞状细胞癌患者的转录组和单细胞测序数据 |
| 1890 | 2024-11-21 |
CH6824025, Potent and Selective Discoidin Domain Receptor 1 Inhibitor, Reduces Kidney Fibrosis in Unilateral Ureteral Obstruction Mice
2024-Nov-19, The Journal of pharmacology and experimental therapeutics
IF:3.1Q2
DOI:10.1124/jpet.124.002330
PMID:39379147
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研究论文 | 研究探讨了新型DDR1抑制剂CH6824025在单侧输尿管梗阻小鼠模型中对肾脏纤维化的影响 | 首次开发并验证了DDR1抑制剂CH6824025在肾脏纤维化中的治疗潜力 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证其疗效 | 评估CH6824025在单侧输尿管梗阻小鼠模型中对肾脏纤维化的抑制作用 | 单侧输尿管梗阻小鼠的肾脏 | NA | 肾脏疾病 | 10x Visium空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 单侧输尿管梗阻小鼠 |
| 1891 | 2024-11-21 |
scPharm: Identifying Pharmacological Subpopulations of Single Cells for Precision Medicine in Cancers
2024-Nov-19, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202412419
PMID:39560158
|
研究论文 | 介绍了一种名为scPharm的计算框架，该框架整合了药物反应数据和单细胞RNA测序数据，用于识别肿瘤内的药物反应亚群并优先考虑个性化药物 | scPharm通过基因集富集分析的归一化富集分数（NES）评估细胞身份基因在药物反应基因列表中的分布，成功识别了ER阳性和HER2阳性乳腺癌组织中的敏感亚群，并揭示了PC9细胞在埃罗替尼治疗后耐药亚群的动态变化 | NA | 提高癌症治疗效果，通过单细胞分辨率揭示治疗异质性 | ER阳性和HER2阳性乳腺癌组织，PC9细胞，小鼠模型 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因数据 | ER阳性和HER2阳性乳腺癌组织，PC9细胞，小鼠模型 |
| 1892 | 2024-11-21 |
Repurposing large-format microarrays for scalable spatial transcriptomics
2024-Nov-19, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02501-5
PMID:39562752
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Array-seq的方法，通过改造经典寡核苷酸微阵列用于空间转录组学分析 | 开发了一种新的方法Array-seq，将经典DNA微阵列与下一代测序技术结合，创建了一个简单且灵活的平台，用于大规模的空间分子研究 | NA | 开发一种易于采用、低成本且可扩展的空间转录组学分析工具 | 小至大型样本的空间转录组学分析 | 基因组学 | NA | 下一代测序 | NA | 转录组数据 | 使用小鼠组织和整个人体器官的组织切片进行测试 |
| 1893 | 2024-11-21 |
WEST is an ensemble method for spatial transcriptomics analysis
2024-Nov-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100886
PMID:39515332
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研究论文 | 本文提出了一种名为WEST的集成方法，用于空间转录组数据分析 | WEST方法利用集成技术提高了空间转录组数据分析的性能和鲁棒性 | NA | 提高空间转录组数据分析的准确性和灵活性 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 集成方法 | 基因表达数据 | 合成数据集和真实世界数据集 |
| 1894 | 2024-11-21 |
Integrated single-cell analysis reveals distinct epigenetic-regulated cancer cell states and a heterogeneity-guided core signature in tamoxifen-resistant breast cancer
2024-Nov-18, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01407-3
PMID:39558215
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序，揭示了在乳腺癌内分泌抵抗中不同表观遗传调控的癌细胞状态和异质性引导的核心特征 | 首次展示了整合单细胞分析在乳腺癌内分泌抵抗中的转录组和染色质可及性的特征 | NA | 探索乳腺癌内分泌抵抗中的肿瘤异质性 | 乳腺癌组织中的细胞状态和核心特征 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和单细胞ATAC测序 (scATAC-seq) | NA | 单细胞数据 | 超过80,000个乳腺组织细胞 |
| 1895 | 2024-11-21 |
Uncovering disease-related multicellular pathway modules on large-scale single-cell transcriptomes with scPAFA
2024-Nov-16, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07238-7
PMID:39550507
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scPAFA的Python库，用于在大规模单细胞转录组数据中快速计算细胞水平通路活性评分（PAS），并揭示与疾病相关的多细胞通路模块 | scPAFA能够在大规模单细胞数据中实现PAS计算的40倍加速，并识别出可靠且可解释的多细胞通路模块，捕捉疾病异质性和转录异常 | NA | 开发一种高效的工具，用于在大规模单细胞转录组数据中识别与疾病相关的多细胞通路模块 | 大肠癌和狼疮患者的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 大肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 超过120万个细胞 |
| 1896 | 2024-11-21 |
Aberrant activation of wound healing programs within the metastatic niche facilitates lung colonization by osteosarcoma cells
2024-Nov-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0049
PMID:39540841
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研究论文 | 研究揭示了骨肉瘤细胞如何通过激活肺部微环境中的伤口愈合程序促进肺转移，并探讨了尼达尼布作为抗纤维化药物在抑制骨肉瘤肺转移中的作用 | 首次揭示了骨肉瘤细胞通过诱导肺部微环境中的慢性非愈合性伤口愈合表型促进肺转移，并证明了尼达尼布通过抑制纤维化阻止骨肉瘤的肺转移 | 研究主要基于小鼠和人类异种移植模型，尚未在临床试验中验证尼达尼布的疗效 | 探讨骨肉瘤细胞如何诱导肺部微环境支持转移性生长，并寻找针对转移性微环境的潜在治疗靶点 | 骨肉瘤细胞、肺部微环境、尼达尼布 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学（scRNA-seq）、单核和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个小鼠和人类异种移植模型 |
| 1897 | 2024-11-21 |
MVCLST: A spatial transcriptome data analysis pipeline for cell type classification based on multi-view comparative learning
2024-Nov-13, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.001
PMID:39542071
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研究论文 | 提出了一种基于多视角对比学习的空间转录组数据分析管道MVCLST，用于细胞类型分类 | MVCLST通过构建基于基因表达谱、细胞坐标和图像特征的两个视角，显著增强了特征提取的有效性，并避免了图像或基因表达数据中错误信息的影响 | NA | 开发一种有效的计算方法，用于整合空间转录组数据中的基因表达数据、空间位置信息和组织图像，以进行细胞分类 | 空间转录组数据中的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 空间转录组测序 | 多视角对比学习 | 基因表达数据、图像 | 人类背外侧前额叶皮质数据和老鼠脑组织数据 |
| 1898 | 2024-11-21 |
Enhanced purification of uterine smooth muscle cells from adenomyosis using a novel dual-enzyme digestion method
2024-Nov-07, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2024.11.001
PMID:39521046
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研究论文 | 研究了一种新的双酶消化方法，用于从子宫腺肌症中高效纯化子宫平滑肌细胞 | 提出了双酶消化方法DM4，相比传统组织粘附方法，能更有效地生成高纯度的成熟平滑肌细胞 | 未提及 | 开发一种高效的方法来收集高纯度的子宫平滑肌细胞，以研究子宫腺肌症的病因和机制 | 子宫平滑肌细胞 | NA | 子宫腺肌症 | 双酶消化 | NA | 单细胞RNA测序 | 未提及 |
| 1899 | 2024-11-21 |
Integration of single-cell and spatial transcriptome sequencing identifies CDKN2A as a senescent biomarker in endothelial cells implicating hepatocellular carcinoma malignancy
2024-Nov-06, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-06017-5
PMID:39503880
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研究论文 | 本研究整合单细胞和空间转录组测序数据，揭示了CDKN2A作为内皮细胞衰老标志物在肝细胞癌恶性进展中的作用 | 首次整合单细胞和空间转录组测序数据，全面阐明肝细胞癌中衰老相关特征，并识别CDKN2A作为独立的预后风险因子 | NA | 全面阐明肝细胞癌中衰老相关特征 | 肝细胞癌中的内皮细胞衰老 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq), 空间转录组RNA测序 (stRNA-Seq), 批量测序 (bulk-Seq) | NA | 转录组数据 | 多个细胞类型和肝细胞癌样本 |
| 1900 | 2024-11-21 |
Overcoming Low mRNA Expression in White Matter: A Protocol for RNA Extraction From the Optic Nerve in Large Animals for Transcriptomic Analysis
2024-Nov-04, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.65.13.25
PMID:39540862
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研究论文 | 本文开发了一种从大型动物视神经中提取高质量RNA的协议，用于转录组分析 | 首次发现白质中的mRNA表达水平显著低于灰质，并开发了一种专门用于大型动物视神经的RNA提取协议 | NA | 研究白质异常与中枢神经系统疾病的关系，并开发适用于大型动物视神经的RNA提取方法 | 大型动物视神经中的RNA提取 | 数字病理学 | NA | 原位杂交和单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | RNA | NA |