单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24273 篇文献，本页显示第 1861 - 1880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1861 | 2024-11-21 |
Repurposing large-format microarrays for scalable spatial transcriptomics
2024-Nov-19, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02501-5
PMID:39562752
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Array-seq的方法，通过改造经典寡核苷酸微阵列用于空间转录组学分析 | 开发了一种新的方法Array-seq，将经典DNA微阵列与下一代测序技术结合，创建了一个简单且灵活的平台，用于大规模的空间分子研究 | NA | 开发一种易于采用、低成本且可扩展的空间转录组学分析工具 | 小至大型样本的空间转录组学分析 | 基因组学 | NA | 下一代测序 | NA | 转录组数据 | 使用小鼠组织和整个人体器官的组织切片进行测试 |
| 1862 | 2024-11-21 |
WEST is an ensemble method for spatial transcriptomics analysis
2024-Nov-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100886
PMID:39515332
|
研究论文 | 本文提出了一种名为WEST的集成方法，用于空间转录组数据分析 | WEST方法利用集成技术提高了空间转录组数据分析的性能和鲁棒性 | NA | 提高空间转录组数据分析的准确性和灵活性 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 集成方法 | 基因表达数据 | 合成数据集和真实世界数据集 |
| 1863 | 2024-11-21 |
Integrated single-cell analysis reveals distinct epigenetic-regulated cancer cell states and a heterogeneity-guided core signature in tamoxifen-resistant breast cancer
2024-Nov-18, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01407-3
PMID:39558215
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序，揭示了在乳腺癌内分泌抵抗中不同表观遗传调控的癌细胞状态和异质性引导的核心特征 | 首次展示了整合单细胞分析在乳腺癌内分泌抵抗中的转录组和染色质可及性的特征 | NA | 探索乳腺癌内分泌抵抗中的肿瘤异质性 | 乳腺癌组织中的细胞状态和核心特征 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和单细胞ATAC测序 (scATAC-seq) | NA | 单细胞数据 | 超过80,000个乳腺组织细胞 |
| 1864 | 2024-11-21 |
Uncovering disease-related multicellular pathway modules on large-scale single-cell transcriptomes with scPAFA
2024-Nov-16, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07238-7
PMID:39550507
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scPAFA的Python库，用于在大规模单细胞转录组数据中快速计算细胞水平通路活性评分（PAS），并揭示与疾病相关的多细胞通路模块 | scPAFA能够在大规模单细胞数据中实现PAS计算的40倍加速，并识别出可靠且可解释的多细胞通路模块，捕捉疾病异质性和转录异常 | NA | 开发一种高效的工具，用于在大规模单细胞转录组数据中识别与疾病相关的多细胞通路模块 | 大肠癌和狼疮患者的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 大肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 超过120万个细胞 |
| 1865 | 2024-11-21 |
Aberrant activation of wound healing programs within the metastatic niche facilitates lung colonization by osteosarcoma cells
2024-Nov-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0049
PMID:39540841
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研究论文 | 研究揭示了骨肉瘤细胞如何通过激活肺部微环境中的伤口愈合程序促进肺转移，并探讨了尼达尼布作为抗纤维化药物在抑制骨肉瘤肺转移中的作用 | 首次揭示了骨肉瘤细胞通过诱导肺部微环境中的慢性非愈合性伤口愈合表型促进肺转移，并证明了尼达尼布通过抑制纤维化阻止骨肉瘤的肺转移 | 研究主要基于小鼠和人类异种移植模型，尚未在临床试验中验证尼达尼布的疗效 | 探讨骨肉瘤细胞如何诱导肺部微环境支持转移性生长，并寻找针对转移性微环境的潜在治疗靶点 | 骨肉瘤细胞、肺部微环境、尼达尼布 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学（scRNA-seq）、单核和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个小鼠和人类异种移植模型 |
| 1866 | 2024-11-21 |
MVCLST: A spatial transcriptome data analysis pipeline for cell type classification based on multi-view comparative learning
2024-Nov-13, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.001
PMID:39542071
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研究论文 | 提出了一种基于多视角对比学习的空间转录组数据分析管道MVCLST，用于细胞类型分类 | MVCLST通过构建基于基因表达谱、细胞坐标和图像特征的两个视角，显著增强了特征提取的有效性，并避免了图像或基因表达数据中错误信息的影响 | NA | 开发一种有效的计算方法，用于整合空间转录组数据中的基因表达数据、空间位置信息和组织图像，以进行细胞分类 | 空间转录组数据中的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 空间转录组测序 | 多视角对比学习 | 基因表达数据、图像 | 人类背外侧前额叶皮质数据和老鼠脑组织数据 |
| 1867 | 2024-11-21 |
Enhanced purification of uterine smooth muscle cells from adenomyosis using a novel dual-enzyme digestion method
2024-Nov-07, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2024.11.001
PMID:39521046
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研究论文 | 研究了一种新的双酶消化方法，用于从子宫腺肌症中高效纯化子宫平滑肌细胞 | 提出了双酶消化方法DM4，相比传统组织粘附方法，能更有效地生成高纯度的成熟平滑肌细胞 | 未提及 | 开发一种高效的方法来收集高纯度的子宫平滑肌细胞，以研究子宫腺肌症的病因和机制 | 子宫平滑肌细胞 | NA | 子宫腺肌症 | 双酶消化 | NA | 单细胞RNA测序 | 未提及 |
| 1868 | 2024-11-21 |
Integration of single-cell and spatial transcriptome sequencing identifies CDKN2A as a senescent biomarker in endothelial cells implicating hepatocellular carcinoma malignancy
2024-Nov-06, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-06017-5
PMID:39503880
|
研究论文 | 本研究整合单细胞和空间转录组测序数据，揭示了CDKN2A作为内皮细胞衰老标志物在肝细胞癌恶性进展中的作用 | 首次整合单细胞和空间转录组测序数据，全面阐明肝细胞癌中衰老相关特征，并识别CDKN2A作为独立的预后风险因子 | NA | 全面阐明肝细胞癌中衰老相关特征 | 肝细胞癌中的内皮细胞衰老 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq), 空间转录组RNA测序 (stRNA-Seq), 批量测序 (bulk-Seq) | NA | 转录组数据 | 多个细胞类型和肝细胞癌样本 |
| 1869 | 2024-11-21 |
Overcoming Low mRNA Expression in White Matter: A Protocol for RNA Extraction From the Optic Nerve in Large Animals for Transcriptomic Analysis
2024-Nov-04, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.65.13.25
PMID:39540862
|
研究论文 | 本文开发了一种从大型动物视神经中提取高质量RNA的协议，用于转录组分析 | 首次发现白质中的mRNA表达水平显著低于灰质，并开发了一种专门用于大型动物视神经的RNA提取协议 | NA | 研究白质异常与中枢神经系统疾病的关系，并开发适用于大型动物视神经的RNA提取方法 | 大型动物视神经中的RNA提取 | 数字病理学 | NA | 原位杂交和单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 1870 | 2024-11-21 |
Annexin A1: a key regulator of T cell function and bone marrow adiposity in aplastic anaemia
2024-Nov, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP286148
PMID:39373986
|
研究论文 | 研究探讨了Annexin A1在调节T细胞功能及其在再生障碍性贫血（AA）中骨髓脂肪生成中的作用 | 发现Annexin A1在AA中的显著下调，并揭示了其在疾病进展中的关键作用，为AA治疗提供了新的分子靶点 | NA | 研究Annexin A1在再生障碍性贫血中的作用及其对T细胞功能和骨髓脂肪生成的影响 | 再生障碍性贫血患者的骨髓组织和健康个体的骨髓组织 | NA | 再生障碍性贫血 | 单细胞测序分析 | NA | 组织 | 再生障碍性贫血患者和健康个体的骨髓组织样本 |
| 1871 | 2024-11-21 |
Construction and Validation of a Novel T/NK-Cell Prognostic Signature for Pancreatic Cancer Based on Single-Cell RNA Sequencing
2024-Nov, Cancer investigation
IF:1.8Q3
DOI:10.1080/07357907.2024.2424328
PMID:39523741
|
研究论文 | 本文基于单细胞RNA测序构建并验证了一种新的胰腺癌T/NK细胞预后标志物 | 首次基于单细胞RNA测序数据构建了胰腺癌T/NK细胞的预后模型，并在外部队列中验证了其稳定性 | 研究样本量较小，仅包括3名患者的配对原发和转移肿瘤组织 | 构建并验证一种新的胰腺癌T/NK细胞预后标志物 | 胰腺癌患者的原发和转移肿瘤组织中的T/NK细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 预后模型 | 基因表达数据 | 3名胰腺癌患者的配对原发和转移肿瘤组织 |
| 1872 | 2024-11-21 |
Cell type-specific weighting-factors to solve solid organs-specific limitations of single cell RNA-sequencing
2024-Nov, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011436
PMID:39556600
|
研究论文 | 本文提出了一种计算方法，通过引入细胞类型特异性权重因子（cWF）来解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）在分析复杂实体器官时的问题 | 本文的创新点在于提出了细胞类型特异性权重因子（cWF），并通过计算方法解决了scRNA-seq在分析实体器官时的局限性 | 本文的局限性在于仅针对10种实体器官的76种细胞类型进行了验证，可能不适用于所有器官和细胞类型 | 本文的研究目的是解决单细胞RNA测序在分析复杂实体器官时的局限性 | 本文的研究对象是10种实体器官中的76种细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 10种实体器官中的76种细胞类型 |
| 1873 | 2024-11-21 |
Sex-Based Differences in Thyroid Plasma B Cell Infiltration: Implications for Autoimmune Disease Susceptibility
2024-Oct-30, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqae148
PMID:39487734
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研究论文 | 研究探讨了甲状腺中浆细胞浸润的性别差异及其对自身免疫疾病易感性的影响 | 首次研究了女性甲状腺中浆细胞的浸润情况，并揭示了CXCL13-CXCR5信号轴在浆细胞招募和组织中的关键作用 | 研究仅限于女性甲状腺，未涉及男性甲状腺的对比分析 | 探讨甲状腺中浆细胞浸润的性别差异及其对自身免疫疾病易感性的影响 | 女性甲状腺中的浆细胞浸润情况 | 免疫学 | 自身免疫疾病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 1874 | 2024-11-21 |
New insight into the development of synpolydactyly caused by expansion of HOXD13 polyalanine based on weighted gene co-expression network analysis
2024-10-29, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-024-01974-9
PMID:39472920
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研究论文 | 本研究通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）探讨了HOXD13多聚丙氨酸扩展引起的并指多指畸形（SPD）的分子机制 | 首次通过WGCNA分析揭示了HOXD13多聚丙氨酸扩展对免疫反应、破骨细胞分化和DNA复制的调控作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探讨HOXD13多聚丙氨酸扩展引起的并指多指畸形的分子机制 | HOXD13多聚丙氨酸扩展小鼠模型的肢芽细胞 | NA | 先天性畸形 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 单细胞RNA测序数据 | HOXD13+7A杂合子并指多指畸形小鼠模型的肢芽细胞 |
| 1875 | 2024-11-21 |
PD-L1 restrains PD-1+Nrp1lo Treg cells to suppress inflammation-driven colorectal tumorigenesis
2024-Oct-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114819
PMID:39368087
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研究论文 | 研究报告了PD-L1在抑制炎症驱动的结直肠癌中的作用，通过单细胞RNA测序分析揭示了PD-L1抑制PD-1Nrp1调节性T细胞和IL-6中性粒细胞的机制 | 首次揭示了PD-L1在结直肠癌中通过抑制PD-1Nrp1调节性T细胞和IL-6中性粒细胞来抑制炎症驱动的肿瘤发生 | 研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨PD-L1在结直肠癌中的免疫调节作用 | PD-L1、PD-1Nrp1调节性T细胞、IL-6中性粒细胞 | 免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 老鼠模型 |
| 1876 | 2024-11-21 |
Synergic activity of FGFR2 and MEK inhibitors in the treatment of FGFR2-amplified cancers of unknown primary
2024-Oct-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.07.011
PMID:39033323
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研究论文 | 研究探讨了FGFR2和MEK抑制剂在治疗FGFR2扩增的未知原发癌中的协同作用 | 首次在未知原发癌模型中验证了FGFR2和MEK抑制剂的协同治疗效果 | 研究仅限于两个CUP细胞系和相应的患者来源的异种移植模型 | 探索FGFR2和MEK抑制剂在治疗FGFR2扩增的未知原发癌中的潜在疗效 | 未知原发癌的细胞系和患者来源的异种移植模型 | 癌症研究 | 未知原发癌 | 荧光原位杂交分析 | NA | 基因表达数据 | 两个CUP细胞系和相应的患者来源的异种移植模型 |
| 1877 | 2024-11-21 |
Stiff Hydrogel Encapsulation Retains Mesenchymal Stem Cell Stemness for Regenerative Medicine
2024-Oct-02, Matter
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.matt.2024.05.041
PMID:39553898
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研究论文 | 研究通过微流控技术制备薄壳海藻酸盐水凝胶微胶囊，探讨其对间充质干细胞（MSC）增殖和干性的影响 | 首次通过调整海藻酸分子量控制水凝胶壳的机械性能，发现较硬的水凝胶壳能促进MSC的增殖和干性维持 | 未详细探讨不同机械性能水凝胶对MSC亚群的具体影响机制 | 探讨水凝胶封装对MSC在再生医学中应用的潜力 | 间充质干细胞（MSC）和水凝胶封装技术 | 再生医学 | NA | 微流控技术、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 |
| 1878 | 2024-11-21 |
Non-genetic differences underlie variability in proliferation among esophageal epithelial clones
2024-Oct, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012360
PMID:39466790
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研究论文 | 研究了食管上皮细胞克隆在体外培养中的增殖变异性，发现非遗传因素在不同克隆的增殖能力中起重要作用 | 通过成像和细胞条形码技术追踪克隆，结合单细胞RNA测序，揭示了与高增殖克隆相关的细胞状态和基因通路 | 研究仅限于体外模型，未涉及体内环境的影响 | 探讨食管上皮细胞克隆在体外培养中的增殖变异性和相关细胞状态 | 食管上皮细胞（EPC2-hTERT）的克隆增殖行为 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 数学模型 | 图像数据和基因表达数据 | 涉及约10%的指数增长克隆和其余的非增殖克隆 |
| 1879 | 2024-11-21 |
BFAST: joint dimension reduction and spatial clustering with Bayesian factor analysis for zero-inflated spatial transcriptomics data
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae594
PMID:39552067
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研究论文 | 本文提出了一种名为BFAST的新方法，结合贝叶斯因子分析进行零膨胀空间转录组数据的降维和空间聚类 | BFAST方法在降维和空间聚类方面展示了卓越的性能，能够提取更多生物学上有意义的低维特征，从而提高聚类的准确性和精确度 | NA | 开发一种有效的方法来处理高噪声和缺失事件的空间转录组数据聚类问题 | 零膨胀空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 贝叶斯因子分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1880 | 2024-11-21 |
FixNCut: A Practical Guide to Sample Preservation by Reversible Fixation for Single Cell Assays
2024-Sep-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5063
PMID:39315321
|
研究论文 | 本文介绍了FixNCut协议的优化和实用指南，用于通过可逆固定保存单细胞样本 | FixNCut协议通过可逆固定策略，实现了样本采集与下游应用的分离，避免了应激或坏死相关的人工痕迹 | NA | 提供FixNCut协议的优化指南，以促进该方法的全面应用 | 单细胞样本的保存和分析 | NA | NA | 可逆固定 | NA | NA | NA |