单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 40084 篇文献，本页显示第 1841 - 1860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1841 | 2026-05-17 |
Therapy-driven clonal dynamics in chronic lymphocytic leukemia
2026-May, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2026.04.001
PMID:42002058
|
综述 | 综述了慢性淋巴细胞白血病中治疗驱动的克隆动态变化及耐药机制 | 聚焦于靶向治疗时代下CLL克隆演变的新机制，如BTK和PLCG2突变，并整合单细胞测序和多组学等新兴技术视角 | 未提供原始实验数据，主要基于已发表文献的总结，缺乏前瞻性临床验证 | 总结CLL中克隆进化与耐药机制的最新认知，并展望未来研究方向 | 慢性淋巴细胞白血病患者的克隆进化与治疗耐药 | 机器学习 | 慢性淋巴细胞白血病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞测序, 整合多组学 | NA | NA |
| 1842 | 2026-05-17 |
Spatial transcriptomics maps host-gut microbiome biogeography at high resolution
2026-May, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-026-02286-7
PMID:41792309
|
研究论文 | 该研究开发了一种高分辨率空间转录组学方法，用于绘制宿主-肠道微生物组生物地理学图谱 | 通过酶促原位多聚腺苷酸化结合空间RNA测序，提高了细菌RNA回收率，实现了对低丰度和空间受限微生物类群的转录组分析，首次在亚微米分辨率下研究肠道微生物组的空间组织 | 文章中未明确提及局限性 | 开发一种在肠道中以高分辨率广泛空间采样微生物组-宿主相互作用的方法 | 小鼠肠道微生物组及宿主组织 | 数字病理学 | 肠道肿瘤 | 空间RNA测序、酶促原位多聚腺苷酸化 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠肠道肿瘤模型样品 | Illumina | 空间转录组学 | 空间RNA测序平台 | 采用商业空间RNA测序平台进行高分辨率（1 µm）分析 |
| 1843 | 2026-05-17 |
RELB Overexpression Induced by DNA Hypomethylation Contributes to Perioperative Immunotherapy Resistance in Resectable Esophageal Squamous Cell Carcinoma by Modulating the mregDC-Treg Axis
2026-May, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71863
PMID:42130013
|
研究论文 | DNA低甲基化诱导的RELB过表达通过调节mregDC-Treg轴导致可切除食管鳞癌围手术期免疫治疗耐药 | 首次发现RELB通过mregDC-Treg轴介导食管鳞癌围手术期免疫治疗耐药，并揭示DNA低甲基化是其过表达的调控机制 | NA | 识别可切除食管鳞癌围手术期免疫治疗疗效的预测生物标志物，并阐明非应答者治疗耐药的机制 | 可切除食管鳞癌患者组织样本及Eca109和KYSE450细胞系 | 数字病理学 | 食管癌 | 亚硫酸盐测序、甲基化特异性PCR、单细胞RNA测序、批量RNA测序、三重免疫荧光染色 | NA | 组织样本、单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 59例接受围手术期免疫治疗的食管鳞癌患者组织样本，以及组织微阵列样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1844 | 2026-05-17 |
osr1 as a Novel Marker for ICC-Like Cells Development in Zebrafish
2026-May, Cell biology international
IF:3.3Q3
DOI:10.1002/cbin.70162
PMID:42132003
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现osr1作为ICC样细胞的新型标志基因，并在斑马鱼中验证其对肠道发育的关键作用 | 首次发现osr1是ICC样细胞的新型标志基因，并揭示其通过调控yap1影响肠道发育的机制 | 未提及具体局限性 | 探究osr1在肠道发育和疾病中的功能 | 人类和斑马鱼的肠道组织及ICC样细胞 | 数字病理学 | 肠道疾病 | 单细胞转录组测序、转基因技术 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类IBD患者活检组织和斑马鱼样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1845 | 2026-05-17 |
scHilda: Hierarchical Integration of LLM with KG database for single cell type annotation
2026-May, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014291
PMID:42113882
|
研究论文 | 提出scHilda框架，将大型语言模型与知识图谱分层集成，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释 | 提出层次化仲裁注释策略，先识别主要细胞谱系再动态检索子图领域信息以精确解析细胞亚型，有效约束LLM决策空间、降低幻觉风险并减轻知识库缺陷导致的误导 | 未提及具体限制，但依赖外部知识库质量且仅验证于基准数据集 | 开发一种集成外部知识图谱与大型语言模型的鲁棒框架，提升单细胞注释的准确性、可解释性和泛化能力 | 单细胞RNA测序中的细胞类型注释任务 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 大型语言模型（LLM） | 基因表达数据 | 多个基准数据集，具体样本量未说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1846 | 2026-05-17 |
Single-Cell Sequencing Analysis Reveals Dysregulated Energy Metabolism and Altered Synaptic Connectivity in the Mouse Retina Following Dark Rearing
2026-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.5.35
PMID:42138518
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示暗饲养小鼠视网膜中能量代谢失调及突触连接改变 | 首次在单细胞分辨率下揭示暗饲养小鼠视网膜中能量代谢失调及突触重塑，并发现Müller胶质细胞来源的DIO2作为关键的补偿机制 | 未提及 | 解析视觉剥夺下视网膜各细胞类型的转录变化及其对视觉功能和结构的影响 | 暗饲养和正常饲养的C57BL/6J小鼠视网膜 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠视网膜样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1847 | 2026-05-17 |
Stromal NNMT overexpression as an independent prognostic biomarker in lung adenocarcinoma and breast carcinoma
2026-Apr-09, Carcinogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/carcin/bgag020
PMID:41913584
|
研究论文 | 研究了烟酰胺N-甲基转移酶在泛癌基质中的表达谱及其预后意义，并在肺腺癌和乳腺癌中进行了验证 | 首次揭示基质NNMT过表达作为肺腺癌和乳腺癌的独立预后生物标志物，并利用单细胞RNA测序和多个数据库进行多层面验证 | 数据主要来自公共数据库，独立临床队列样本量可能有限，未深入探讨NNMT的分子机制 | 探究基质NNMT在多种癌症中的表达模式及其对肺腺癌和乳腺癌患者的预后价值 | 肺腺癌和乳腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌， 乳腺癌 | RNA-seq， 单细胞RNA测序， 定量免疫组织化学 | Cox回归模型 | 基因表达数据， 蛋白质表达数据， 组织样本图像 | 多个公共数据库和独立临床队列 | NA | 单细胞RNA测序， 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1848 | 2026-05-17 |
Generation of biologically responsive colon-like intestinal tissue patches from human induced pluripotent stem cells using a rapid co-differentiation platform
2026-Apr-09, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-026-05006-4
PMID:41957847
|
研究论文 | 利用人诱导多能干细胞快速共分化平台，生成具有生物学响应性的结肠样肠道组织补片 | 开发了一种新型早期人诱导多能干细胞共分化平台，能在8天内生成多种肠道细胞谱系（上皮、间质和内皮），该方法无血清、动物产品使用大幅减少，且能形成结肠样肠道组织补片 | 仍处于早期阶段 | 开发一种可移植的肠道黏膜组织移植物，用于促进肠道损伤愈合 | 人诱导多能干细胞 | 数字病理学 | 肠道疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 多个hiPSC细胞系，并在独立中心重复 | NA | 单细胞RNA-seq, 大量RNA-seq | NA | NA |
| 1849 | 2026-05-17 |
A zero-inflated hierarchical generalized transformation model to address non-normality in spatially-informed cell-type deconvolution
2026-Apr-09, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujag055
PMID:41994891
|
研究论文 | 提出一种零膨胀分层广义变换模型，用于解决空间转录组学中细胞类型解卷积的非正态性问题，并在口腔鳞状细胞癌数据上验证其优越性能 | 首次将零膨胀分层广义变换模型应用于条件自回归解卷积框架，解决口腔鳞状细胞癌空间转录组数据的高度零膨胀问题，提高细胞类型解卷积的准确性并量化不确定性 | 未提及具体局限性 | 改进空间转录组学中细胞类型解卷积方法，处理数据非正态性和高度零膨胀问题 | 口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境中的细胞类型解卷积 | 机器学习 | 口腔癌 | 空间转录组学 | 零膨胀分层广义变换模型、条件自回归模型 | 空间转录组数据 | 口腔鳞状细胞癌样本（具体数量未提及） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1850 | 2026-05-17 |
Benchmarking tools for deciphering cellular crosstalk in spatially-resolved transcriptomics
2026-Apr-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04063-5
PMID:41952215
|
研究论文 | 该论文对九种计算细胞间相互作用推断方法在空间转录组学数据上进行了系统评估 | 首次针对空间转录组学应用场景对细胞间相互作用推断工具进行全面基准测试，涵盖多个平台和真实数据集 | 工具性能在不同空间分辨率、组织背景和平台间存在显著差异；应用于真实空间转录组学数据时面临关键挑战 | 评估空间转录组学中用于解析细胞间通讯的计算工具的性能和适用性 | 九种计算细胞间相互作用推断方法 | 空间转录组学 | 不适用 | 空间转录组学 | 不适用 | 空间转录组数据 | 九组来自三项独立研究的真实空间转录组学数据集 | 10x Genomics, BGI | 空间转录组学 | 10x Visium, MGI Stereo-seq, 10x Xenium | Visium平台、Stereo-seq平台、Xenium平台 |
| 1851 | 2026-04-04 |
Global scientific growth and thematic development of spatial transcriptomics in oncology research
2026-Apr-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04937-x
PMID:41931230
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1852 | 2026-05-17 |
A Tissue Virus Microenvironment with Activated Stress Responses Underlies Durable SIV Persistence
2026-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.02.716177
PMID:41959291
|
研究论文 | 通过对比早期与晚期抗逆转录病毒治疗后的SIV感染恒河猴，结合免疫PET/CT引导采样和空间转录组学，定义了组织病毒微环境（VME）在病毒持久性和反弹中的作用 | 首次利用免疫PET/CT引导的空间转录组学揭示病毒微环境（VME）的结构和功能特征，并发现其与肿瘤微环境的相似性，为HIV治愈策略提供新视角 | 未提及具体局限性 | 探究SIV在抗逆转录病毒治疗下的病毒持久性机制及其对病毒反弹的影响 | 早期与晚期启动抗逆转录病毒治疗的SIV感染恒河猴组织样本 | 数字病理学 | 艾滋病 | 空间转录组学、免疫PET/CT | NA | 影像数据, 空间转录组数据 | SIV感染的恒河猴（早期治疗组与晚期治疗组） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1853 | 2026-05-17 |
PMEPA1 modulates YAP1 nuclear translocation to disrupt EMT subtypes and promote metastasis in Biliary tract cancer
2026-Apr-03, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08684-3
PMID:41932868
|
研究论文 | 通过整合分析胆道癌单细胞RNA测序数据，揭示PMEPA1通过调控YAP1核转位影响EMT亚型并促进转移的分子机制 | 首次鉴定PMEPA1作为胆道癌EMT关键调控因子，阐明其通过抑制LATS1/2激酶活性绕过Hippo抑癌通路、释放YAP1入核启动促EMT基因程序的机制，并发现拓扑异构酶抑制剂SN-38可靶向该通路抑制转移 | 未明确描述研究局限性 | 探究胆道癌中EMT的关键调控因子及其分子机制，寻找潜在治疗靶点 | 47例胆道癌样本的单细胞RNA测序数据及多组学分析 | 数字病理学 | 胆道癌 | 单细胞RNA测序、多组学分析 | NA | 基因表达数据 | 47例胆道癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1854 | 2026-05-17 |
Depletion of Fibrinogen Suppresses Growth of Primary Tumors and Metastasis of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2026-Apr, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.09.024
PMID:41432649
|
研究论文 | 消耗纤维蛋白原抑制胰腺导管腺癌原发性肿瘤生长和转移 | 首次使用临床上正在测试的反义寡核苷酸或含小干扰RNA的脂质纳米颗粒来消耗纤维蛋白原，并揭示了纤维蛋白原在胰腺癌早期（而非晚期）转移步骤中的差异作用以及通过空间转录组学鉴定了基质成分的变化 | 纤维蛋白原敲低在脾内注射模型中不影响肝定植，提示该研究主要针对早期转移而非晚期转移步骤，且机制研究依赖于体内模型和蛋白组学、空间转录组学方法 | 探究消耗纤维蛋白原对胰腺导管腺癌肿瘤生长和转移的影响及其潜在机制 | 胰腺导管腺癌患者异种移植模型小鼠 | 机器学习 | 胰腺癌 | 反义寡核苷酸、脂质纳米颗粒、蛋白组学、空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | 3个患者来源的异种移植模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1855 | 2026-05-17 |
RNF128 aggravates metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease progression via stabilization of SCD1
2026-Mar-30, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001757
PMID:41911552
|
研究论文 | 本研究揭示了RNF128通过稳定SCD1加重代谢功能障碍相关脂肪性肝病进展的机制 | 首次发现E3泛素连接酶RNF128通过催化SCD1的K63连接泛素化并阻断其自噬溶酶体降解，促进脂质积累，并验证了靶向RNF128的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类MASLD的异质性和复杂性可能限制其直接临床转化 | 阐明RNF128在MASLD进展中的功能及其分子机制，并评估其治疗靶点潜力 | 人类MASLD肝脏组织、饮食诱导的MASLD小鼠模型、肝细胞特异性RNF128敲除和过表达模型 | 分子生物学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 泛素组学分析 | NA | RNA序列数据, 蛋白质组学数据, 泛素组学数据 | 未明确说明具体样本量，涉及人类肝脏样本和小鼠模型 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1856 | 2026-05-17 |
KIF11 prevents retinal endothelial ferroptosis in familial exudative vitreoretinopathy by inhibiting phosphorylation-driven PRDX1 phase separation
2026-Mar-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71009-7
PMID:41872221
|
研究论文 | 通过bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析，发现KIF11是家族性渗出性玻璃体视网膜病变中视网膜内皮细胞的关键下游效应因子，并通过抑制磷酸化驱动的PRDX1相分离来阻止铁死亡 | 首次揭示β-catenin/KIF11/PRDX1轴依赖的铁死亡机制在家族性渗出性玻璃体视网膜病变中的作用，并强调铁死亡靶向和抗氧化策略作为潜在疗法 | 未提及 | 探究家族性渗出性玻璃体视网膜病变的发病机制，特别是下游致病机制 | 视网膜内皮细胞和小鼠模型 | 数字病理学 | 家族性渗出性玻璃体视网膜病变 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠组织样本（具体数量未提及） | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | 使用bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析视网膜内皮细胞 |
| 1857 | 2026-05-17 |
Pseudomonas plecoglossicida disrupts intestinal homeostasis through manipulation of palmitoleic acid microbial metabolism
2026-Mar-24, NPJ biofilms and microbiomes
IF:7.8Q1
DOI:10.1038/s41522-026-00963-3
PMID:41876561
|
研究论文 | 本研究利用单细胞测序、16S rDNA测序和代谢组学方法，探究非肠道病原菌Pseudomonas plecoglossicida通过调控棕榈油酸微生物代谢破坏斜带石斑鱼肠道稳态并导致疾病相关厌食症的机制 | 首次揭示非肠道病原菌通过消耗棕榈油酸破坏肠道稳态并诱导厌食症的机制，提出外源补充棕榈油酸可作为恢复鱼类食欲的治疗策略 | 未检测到与色氨酸衍生代谢物相关的关键细菌，且研究仅在鱼类模型中进行，其机制在其他物种中的通用性有待验证 | 阐明非肠道病原菌感染如何通过肠道微生物代谢紊乱引发厌食症的机制 | 感染Pseudomonas plecoglossicida的斜带石斑鱼 | 机器学习 | 感染性疾病 | 单细胞测序, 16S rDNA测序, 代谢组学 | NA | 测序数据, 代谢物数据 | 感染组和对照组的斜带石斑鱼肠道样本 | NA | 单细胞RNA测序, 16S rDNA测序 | NA | NA |
| 1858 | 2026-05-17 |
Asymmetric histone inheritance regulates olfactory stem cell fates during regeneration
2026-Mar-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70987-y
PMID:41872193
|
研究论文 | 本文揭示了小鼠嗅觉上皮再生过程中水平基底细胞（HBCs）的不对称组蛋白遗传模式及其对干细胞命运和功能恢复的影响 | 首次在哺乳动物成体干细胞中证明组蛋白H4、H3和H3.3的不对称遗传，并揭示其通过p63转录因子调控细胞命运和神经组织再生的机制 | 未明确说明限制 | 探究嗅觉干细胞在再生过程中的组蛋白不对称遗传及其生物学意义 | 小鼠嗅觉上皮中的水平基底细胞（HBCs）及其子代细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠嗅觉上皮组织和培养的HBC子代细胞对 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1859 | 2026-05-17 |
Ganglioside-Mediated Neural-Acinar Crosstalk Facilitates Pancreatic Carcinogenesis via Metaplastic Niche Remodeling
2026-Mar-16, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2026.02.033
PMID:41850539
|
研究论文 | 本研究揭示了神经-腺泡细胞间通过神经节苷脂介导的相互作用在胰腺癌发生中的作用机制 | 首次阐明神经节苷脂GM3在腺泡-导管化生与神经重塑双向串扰中的关键作用，发现β-1,4-半乳糖基转移酶5在胰腺癌早期病变中的过表达及其作为治疗靶点的潜力 | 未提供具体局限性信息 | 系统研究胰腺导管腺癌发生过程中腺泡-导管化生与神经重塑之间的相互作用机制 | 小鼠ADM模型、胰腺上皮内瘤变病变、PDAC病变、小鼠及人类细胞系和组织标本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 质谱脂质组学分析、单细胞RNA测序、基因过表达/敲低、免疫组化、免疫印迹 | NA | 转录组数据、脂质组数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1860 | 2026-05-17 |
Integrated multi-omics analysis reveals that MARCKS reprograms the immunosuppressive microenvironment to drive hepatocellular carcinoma progression
2026-Mar-11, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01372-7
PMID:41813922
|
科研论文 | 通过多组学综合分析揭示MARCKS在肝细胞癌中重编程免疫抑制微环境以驱动肿瘤进展的机制 | 首次整合批量转录组学、单细胞RNA测序和空间转录组学，系统阐明MARCKS在肝细胞癌免疫微环境中的调控作用及其通过JAK/STAT3信号通路促进M2型巨噬细胞极化的新机制 | 主要依靠临床样本和细胞系实验，缺乏大规模前瞻性队列验证，MARCKS作为治疗靶点的体内药效学验证尚不充分 | 阐明MARCKS在肝细胞癌免疫抑制微环境中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力 | 肝细胞癌患者肿瘤组织样本和肝癌细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多免疫荧光 | NA | 转录组数据， 单细胞转录组数据， 空间转录组数据， 免疫荧光图像 | 多组肝细胞癌临床样本（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |