单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 44757 篇文献，本页显示第 1841 - 1860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1841 | 2026-10-01 |
μCB-seq: microfluidic cell barcoding and sequencing for high-resolution imaging and sequencing of single cells
2020-11-07, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d0lc00169d
PMID:32931539
|
研究论文 | 本文报道了一种名为μCB-seq的微流控细胞条形码和测序平台，结合高分辨率成像和单细胞测序 | μCB-seq通过一种新颖的制造方法，在微流控设备的可寻址反应室中预加载具有已知条形码序列的引物，实现了单细胞的高分辨率成像和测序的结合 | 未明确提及 | 结合单细胞RNA测序与光学成像，提供全面的单细胞分析，实现基因表达谱和细胞状态表征的功能整合 | 单细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 微流控设备 |
| 1842 | 2026-10-01 |
A Bayesian framework for inter-cellular information sharing improves dscRNA-seq quantification
2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa450
PMID:32657394
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研究论文 | 本文提出了一种贝叶斯框架，通过在样本内跨细胞或跨多种数据模态共享信息，改进液滴式单细胞RNA测序数据的基因定量估计 | 引入基于锚点的方法连接具有相似基因表达模式的细胞，学习有信息的经验先验，并将其提供给alevin的基因多比对位点解析算法，从而改进无唯一比对reads基因的定量估计，并提供了跨多种模态信息共享的原则性框架 | 未明确提及 | 改进液滴式单细胞RNA测序数据的基因水平丰度定量估计 | 液滴式单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 贝叶斯框架 | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1843 | 2026-10-01 |
Single-cell sequencing of genomic DNA resolves sub-clonal heterogeneity in a melanoma cell line
2020-06-25, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-1044-8
PMID:32587328
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研究论文 | 通过对黑色素瘤细胞系COLO829的1475个细胞进行浅层单细胞基因组DNA测序，解析其亚克隆异质性 | 首次利用浅层单细胞基因组DNA测序在COLO829细胞系中识别出至少四个主要亚克隆，并通过判别分析、断点分析和杂合性缺失分析揭示了经典Dutrillaux单体型/三体型核型演化模式 | 采用浅层测序，覆盖度有限，可能遗漏低频率亚克隆或精细的基因组变异信息 | 解析黑色素瘤细胞系COLO829的总体复杂性和克隆性，解决既往研究中拷贝数结果不一致或不确定的问题 | 黑色素瘤细胞系COLO829的1475个单细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 浅层单细胞基因组DNA测序 | NA | 基因组DNA测序数据 | 1475个来自COLO829细胞系的单细胞 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | NA |
| 1844 | 2026-10-01 |
A Quantitative Framework for Evaluating Single-Cell Data Structure Preservation by Dimensionality Reduction Techniques
2020-05-05, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107576
PMID:32375029
|
研究论文 | 本文提出了一个无偏的定量框架，用于评估降维技术对单细胞RNA测序数据全局和局部结构保留的性能 | 定义了降维变换中全局和局部结构保留的量化指标，并系统比较了11种常见降维方法 | 未明确提及 | 建立定量评估降维技术性能的框架，以解决高维单细胞数据解释和可视化的挑战 | 单细胞RNA测序数据（包括真实和合成的离散与连续数据集） | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1845 | 2026-09-30 |
SpaceX: gene co-expression network estimation for spatial transcriptomics
2022-11-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac645
PMID:36179087
|
研究论文 | 开发了一种名为SpaceX的贝叶斯统计框架，用于在空间转录组数据中识别共享和簇特异性的基因共表达网络 | 提出了SpaceX方法，使用过度分散空间泊松模型结合高维因子模型和降维技术，能够同时识别共享和簇特异性的基因共表达网络，并考虑空间相关性和适当的噪声分布 | 摘要中未明确提及研究的具体局限性 | 开发统计框架以检测空间结构化组织（由细胞类别或组织域组成的不同簇）中的基因共表达模式 | 小鼠下丘脑和人类乳腺癌的空间转录组数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 贝叶斯过度分散空间泊松模型、高维因子模型 | 空间基因表达数据 | 两个空间转录组数据集（小鼠下丘脑和人类乳腺癌） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1846 | 2026-09-30 |
Multi-omic analyses of changes in the tumor microenvironment of pancreatic adenocarcinoma following neoadjuvant treatment with anti-PD-1 therapy
2022-11-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2022.10.001
PMID:36306792
|
研究论文 | 该研究通过对接受GVAX疫苗±nivolumab新辅助治疗的胰腺导管腺癌患者治疗前后配对标本进行多组学分析，揭示了PD-1调控的免疫通路及免疫治疗敏感性和耐药机制 | 首次在平台新辅助研究中前瞻性收集配对治疗前后PDAC标本并进行多组学分析，发现GVAX诱导的三级淋巴聚集体在联合nivolumab后转变为免疫调节位点，揭示了肿瘤相关中性粒细胞密度与总生存期负相关、CD137+ T细胞与细胞毒性效应T细胞特征及总生存期正相关的新机制 | 研究样本量有限，属于平台新辅助研究的探索性分析，需要更大规模的验证队列来确认这些免疫标志物和治疗靶点的临床转化价值 | 揭示胰腺导管腺癌对新辅助GVAX疫苗联合抗PD-1治疗的敏感性和耐药机制，为优化PDAC免疫治疗组合提供依据 | 接受GVAX疫苗±nivolumab新辅助治疗的胰腺导管腺癌患者的配对治疗前和治疗后肿瘤标本 | 肿瘤免疫学, 多组学分析 | 胰腺癌 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 多组学分析 | NA | RNA测序数据, 临床数据 | 配对治疗前后PDAC标本（GVAX±nivolumab新辅助治疗平台研究的患者样本） | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1847 | 2026-09-30 |
Ornithine decarboxylase supports ILC3 responses in infectious and autoimmune colitis through positive regulation of IL-22 transcription
2022-Nov-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2214900119
PMID:36279426
|
研究论文 | 该研究发现ILC3通过多胺生物合成途径（关键酶ODC1）正向调控IL-22转录，从而影响肠道抗菌防御和自身免疫性结肠炎 | 首次揭示ILC3存在多胺生物合成的代谢特化，并证明ODC1介导的多胺合成通过调控IL-22转录影响肠道感染防御和自身免疫性结肠炎 | 摘要中未说明具体研究局限性 | 探究ILC3是否具有与Th17细胞类似的独特代谢适应，并阐明多胺生物合成在ILC3功能及肠道疾病中的作用 | 肠道3型先天淋巴细胞（ILC3s）及其亚群、小鼠模型 | 机器学习 | 自身免疫性结肠炎 | 单细胞RNA测序，代谢组学分析 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1848 | 2026-09-30 |
Estimation of tumor cell total mRNA expression in 15 cancer types predicts disease progression
2022-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01342-x
PMID:35697807
|
研究论文 | 本文提出一种从bulk测序数据中量化肿瘤特异性总mRNA表达（TmS）的方法，并在15种癌症类型的6,590例患者肿瘤中验证其与疾病进展和死亡的关联 | 首次实现在泛癌尺度上从bulk测序数据估计肿瘤特异性总mRNA表达，方法考虑了肿瘤转录本比例、纯度和倍性，并通过转录组/基因组去卷积进行估计 | 方法依赖于bulk测序数据的去卷积准确性，可能受肿瘤纯度、样本质量及数据类型的限制 | 开发一种从bulk测序数据中量化肿瘤细胞总mRNA表达的方法，并评估其与肿瘤表型和临床结局的关联 | 15种癌症类型的肿瘤样本 | 数字病理学 | 泛癌种 | bulk RNA-seq | NA | 文本 | 6,590例患者肿瘤，涵盖15种癌症类型 | NA | bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1849 | 2026-09-30 |
Probabilistic boolean networks predict transcription factor targets to induce transdifferentiation
2022-Sep-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104951
PMID:36093045
|
研究论文 | 开发了一种基于概率布尔网络的计算方法，通过单细胞RNA测序数据预测转录因子靶点，以实现转录因子介导的转分化 | 采用采样网络方法构建大规模概率布尔网络，通过稳态概率转移评估转录因子干预效果，支持差异表达转录因子作为最佳干预点的假设 | 未明确说明 | 寻找实现转录因子介导转分化的最佳干预策略 | 两种不同细胞状态（祖B细胞和单核细胞）的转录因子串扰 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 概率布尔网络 | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1850 | 2026-09-30 |
Physioxia-induced downregulation of Tet2 in hematopoietic stem cells contributes to enhanced self-renewal
2022-09-15, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2022015499
PMID:35772013
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序发现生理氧浓度下造血干细胞Tet2下调增强自我更新能力 | 首次揭示生理氧浓度通过下调Tet2调控造血干细胞自我更新的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类造血干细胞中验证 | 探究生理氧浓度与常氧条件下造血干细胞功能差异的分子机制 | 小鼠造血干细胞和造血祖细胞 | 机器学习 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1851 | 2026-09-30 |
Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development
2021-06, Nature structural & molecular biology
IF:12.5Q1
DOI:10.1038/s41594-021-00590-w
PMID:34045724
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研究论文 | 该研究通过小分子筛选发现视黄酸信号通路是调控小鼠胚胎干细胞向2细胞样细胞（全能性样细胞）重编程的关键通路，并利用单细胞RNA测序揭示了其转录动态，证实在早期胚胎中内源性视黄酸活性对合子基因组激活和发育进程至关重要 | 首次通过小分子筛选发现视黄酸是2细胞样细胞（2CLCs）的强效诱导剂，揭示了视黄酸信号通路是全能性细胞调控回路的关键组成部分，并发现内源性视黄酸活性在早期胚胎合子基因组激活中不可或缺 | 研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型和2细胞样细胞，其对人类全能性细胞的适用性尚需进一步验证，且小分子筛选的化合物库覆盖范围有限 | 鉴定调控2细胞期程序的新通路，揭示全能性细胞的基因调控网络及视黄酸信号在早期胚胎发育中的作用 | 小鼠胚胎干细胞（ES细胞）、2细胞样细胞（2CLCs）、早期胚胎 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1852 | 2026-09-30 |
The liver as an immunological barrier redefined by single-cell analysis
2020-06, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13193
PMID:32176810
|
综述 | 本文综述了单细胞技术（特别是scRNA-seq）如何推进或重新定义我们对肝脏免疫屏障的理解 | 系统总结了新兴单细胞技术在肝脏免疫屏障研究中的应用，并提出了该领域的新见解 | 作为综述，未提供原始实验数据，且主要基于已有研究，可能未涵盖所有相关技术 | 总结单细胞技术如何推进或重新定义对肝脏免疫屏障的理解 | 肝脏中的免疫细胞，包括小鼠和人类肝脏中的免疫细胞 | 单细胞生物学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1853 | 2026-09-29 |
3C suppresses PINK1-mediated mitophagy and contributes to coxsackievirus B3 replication
2026-Dec, Virulence
IF:5.5Q1
DOI:10.1080/21505594.2026.2662767
PMID:42035472
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了CVB3感染抑制PINK1介导的线粒体自噬并促进病毒复制的分子机制 | 首次揭示CVB3非结构蛋白3C通过FOSL1/PINK1/MAVS信号轴抑制线粒体自噬从而促进病毒复制的新机制 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究CVB3感染中PINK1介导的线粒体自噬的调控机制及其对病毒复制的影响 | CVB3诱导的病毒性心肌炎中的心肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1854 | 2026-09-29 |
NR4A1-Driven Granulosa Cell Ferroptosis Contributes to Obesity-Related Ovarian Dysfunction and Metformin-Mediated Ovarian Protection
2026-Oct-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202603415R
PMID:42789330
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研究论文 | 该研究揭示了NR4A1作为肥胖诱导颗粒细胞铁死亡的关键介质，并阐明二甲双胍通过PI3K/AKT-NR4A1通路发挥卵巢保护作用的机制 | 首次发现NR4A1是肥胖诱导颗粒细胞铁死亡的关键介质，位于PI3K/AKT信号下游，并揭示二甲双胍通过调节PI3K/AKT-NR4A1通路抑制铁死亡从而保护卵巢功能的新机制 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究肥胖相关卵巢功能障碍中颗粒细胞铁死亡的分子机制及二甲双胍的卵巢保护作用 | 高脂饮食肥胖小鼠、肥胖不孕患者原代人颗粒细胞及KGN细胞系 | 机器学习 | 卵巢功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1855 | 2026-09-29 |
Intron retention as a hub for splicing regulation in plant environmental adaptation and developmental programming
2026-Oct, Journal of plant physiology
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/j.jplph.2026.154868
PMID:42664886
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综述 | 本文综述了植物内含子保留（IR）在环境适应和发育编程中的调控作用，涵盖长读长和单细胞测序技术进展、顺式和反式调控机制、表观遗传偶联及信号整合通路 | 系统整合了植物IR作为转录后调控枢纽的最新研究进展，提出将IR从剪接噪音重新定义为精确调控机制，并展望了单细胞时空动态、相分离和合成IR模块用于作物改良的未来方向 | 作为综述文章，未提供原始实验数据；单细胞时空动态、相分离及合成IR模块等方向尚处于展望阶段，相关技术仍不成熟 | 综述植物内含子保留（IR）研究的最新进展，构建IR作为植物转录后调控核心枢纽的整合框架 | 植物内含子保留（IR）现象及其在环境适应和发育编程中的调控功能 | 机器学习 | NA | 长读长测序, 单细胞测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 长读长测序 | NA | NA |
| 1856 | 2026-09-29 |
HIV-1 Vpr Drives a B Cell-Like Phenotype in Primary CD4+ T Cells
2026-Oct, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.71018
PMID:42802798
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研究论文 | 该研究通过多组学方法发现HIV-1 Vpr蛋白驱动原代CD4+ T细胞获得B细胞样表型并发生转录和表观遗传重编程 | 首次揭示HIV-1 Vpr蛋白能够诱导成熟CD4+ T细胞表达B细胞相关基因（CD19、MS4A1、CD22、PAX5）并发生谱系相关的转录重编程 | 该B细胞样转录程序是短暂的，在长期培养中逐渐消失；研究仅关注Vpr单一蛋白的作用 | 探究HIV-1感染过程中病毒蛋白如何重塑CD4 T细胞的转录身份 | 原代CD4+ T细胞及HIV-1病毒蛋白Vpr | 多组学 | 艾滋病 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、ATAC-seq | NA | 转录组数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1857 | 2026-09-29 |
Mapping Embryonic Mouse Lung Development Using Enhanced Spatial Transcriptomics
2026-Sep-27, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.77678
PMID:42801530
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研究论文 | 本文应用增强的空间转录组学技术（DBiT-seq）绘制了早期小鼠胚胎肺的发育图谱，揭示了上皮祖细胞定位和一种新的间充质细胞群 | 优化了基于微流控的确定性条形码测序（DBiT-seq）工作流程，将平均转录本回收率提高了两倍，并发现了一种先前未识别的间充质细胞群，该细胞群表达高水平细胞外基质蛋白并可能促进胚胎肺神经支配 | 研究仅基于小鼠胚胎肺模型，未在人类样本中验证；且空间转录组学技术可能受限于检测通量和分辨率 | 研究早期胚胎小鼠肺发育过程中空间模式的建立机制，并优化空间转录组学方法以提高检测灵敏度 | 早期胚胎小鼠肺组织 | 空间转录组学 | 肺癌 | DBiT-seq（确定性条形码测序） | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | DBiT-seq | 基于微流控的确定性条形码测序工作流程 |
| 1858 | 2026-09-29 |
T-Cell Remodeling in Renal Fibrosis: From Acute Injury to Chronic Kidney Disease
2026-Sep-27, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.78008
PMID:42801536
|
综述 | 本综述整合实验性肾损伤模型、人体活检、单细胞RNA测序、空间转录组学和生物标志物分析证据，提出T细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中的三阶段重塑框架 | 提出T细胞重塑的三阶段框架，将免疫重塑与结构性纤维化通过PI3K/Akt/mTORC1、TGF-β/Smad3、IFN-γ/STAT1和IL-15/CD122等通路联系起来，并强调时序、细胞类型和组织背景的依赖性 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 建立T细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中的三阶段重塑框架，以完善基于生物标志物的分期并指导与主导免疫程序匹配的疗法开发 | 肾脏纤维化过程中的T淋巴细胞，包括效应T细胞、辅助性T细胞17、调节性T细胞、耗竭T细胞和组织驻留记忆T细胞 | 单细胞组学，空间转录组学 | 慢性肾病，急性肾损伤，肾纤维化 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，生物标志物分析 | NA | 文本，图像，基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 1859 | 2026-09-29 |
Ilexoside K Ameliorates Atherosclerosis by Suppressing CD72hi Macrophages and Blocking CXCL12-CXCR4 Axis to Inhibit Endothelial Pyroptosis
2026-Sep-27, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.77982
PMID:42801532
|
研究论文 | 本研究鉴定了一种由c-Rel驱动的CD72hi巨噬细胞亚群，该亚群在动脉粥样硬化斑块中富集并通过CXCL12-CXCR4轴诱导内皮细胞焦亡，同时发现天然三萜皂苷Ilexoside K可靶向CXCR4改善动脉粥样硬化。 | 首次鉴定CD72hi巨噬细胞是驱动内皮细胞焦亡的关键促动脉粥样硬化亚群；首次发现Ilexoside K作为靶向CXCR4的双重抗动脉粥样硬化和抗焦亡先导化合物。 | 摘要未明确说明研究局限性 | 探究CD72hi巨噬细胞在动脉粥样硬化中的作用机制，并寻找靶向该机制的治疗药物 | 人及小鼠动脉粥样硬化斑块、高脂饮食喂养的ApoE小鼠、内皮细胞 | 机器学习, 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学, 分子对接, 分子动力学模拟, 表面等离子共振 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1860 | 2026-09-29 |
Grtp1 Safeguards Against Paternal Reproductive Aging and Intergenerational Behavioral Deficits by Preserving Redox Homeostasis
2026-Sep-27, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.77463
PMID:42801556
|
研究论文 | 该研究通过单细胞转录组学和跨性别比较，揭示Grtp1通过维持生殖系氧化还原稳态和精子DNA甲基化稳定性，保护雄性生殖衰老及子代行为缺陷 | 首次发现Grtp1是抵抗雄性生殖衰老的关键氧化还原保护因子，揭示GH-GRTP1轴作为年龄相关生殖和跨代行为缺陷的潜在治疗靶点 | 未明确说明 | 探究雄性增强的抗氧化能力和持续生育力机制，以及Grtp1在雄性生殖衰老和子代行为保护中的作用 | 雄性生殖系、精子、子代小鼠 | 单细胞组学、生殖生物学 | 生殖衰老、焦虑症、社交缺陷 | 单细胞转录组学、DNA甲基化测序 | NA | 转录组数据、甲基化数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |