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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1761 | 2026-03-02 |
ATM-dependent DNA damage response constrains cell growth and drives clonal hematopoiesis in telomere biology disorders
2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI181659
PMID:40179146
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研究论文 | 本研究通过分析166名端粒生物学疾病患者的造血细胞,揭示了ATM依赖的DNA损伤应答在疾病发病机制中的关键作用,并提出了潜在的治疗干预策略 | 首次在端粒生物学疾病患者中系统性地描述了克隆性造血的特征,并利用单细胞测序等多模态方法证明了端粒功能障碍通过激活ATM依赖的DDR通路导致细胞衰老和凋亡,同时发现ATM抑制能选择性改善TBD细胞适应性 | 研究样本主要来自患者队列,缺乏大规模前瞻性验证;ATM抑制剂的长期安全性和对染色体不稳定的潜在影响仍需进一步评估 | 探究端粒生物学疾病中造血结局的分子机制,特别是克隆性造血的驱动因素 | 166名儿科和成人端粒生物学疾病患者的造血细胞 | 基因组学 | 血液系统疾病 | 单细胞测序,端粒功能障碍诱导灶分析,细胞生长测定 | NA | 基因组数据,单细胞数据 | 166名患者 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1762 | 2026-03-02 |
EcDNA-borne PVT1 fusion stabilizes oncogenic mRNAs
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.01.646515
PMID:40236070
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研究论文 | 本研究揭示了染色体外DNA(ecDNA)扩增通过结构变异产生基因融合,特别是PVT1与致癌基因的融合,增强RNA稳定性并促进癌症进展 | 首次发现ecDNA上的PVT1融合通过SRSF1蛋白相互作用稳定致癌mRNA,并证明其在MYC成瘾癌症模型中的关键作用 | 未明确提及具体癌症类型或样本量限制,机制细节可能需进一步验证 | 探究ecDNA结构变异如何通过基因融合驱动癌症发展 | 人类癌症中的染色体外DNA(ecDNA)及其基因融合事件 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组和转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1763 | 2026-03-02 |
Timing neural development and regeneration
2025-Apr, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2025.102976
PMID:40010202
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综述 | 本文综述了哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制的最新进展,及其在胶质细胞向神经元重编程策略中的潜在应用 | 整合时间身份调控与促神经因子过表达以增强重编程效率和扩展神经元亚型生成谱系 | NA | 探讨神经祖细胞时间身份的调控机制及其在神经发育与再生治疗中的应用 | 哺乳动物中枢神经系统中的神经祖细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1764 | 2026-03-02 |
A Single-Cell Transcriptome Atlas of Epithelial Subpopulations in HPV-Positive and HPV-Negative Head and Neck Cancers
2025-03-24, Viruses
DOI:10.3390/v17040461
PMID:40284904
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研究论文 | 本文通过分析已发表的单细胞RNA测序数据,揭示了HPV阳性和阴性头颈癌中上皮细胞亚群的转录组特征,旨在为优化治疗策略提供新见解 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统比较HPV阳性和阴性头颈癌中的上皮细胞亚群,识别了共享或富集的转录组特征和候选生物标志物 | 研究基于已发表数据,可能受样本来源和技术异质性限制,且未进行实验验证 | 区分HPV阳性和阴性头颈癌中的上皮肿瘤细胞亚群,以识别新的生物标志物和治疗靶点 | HPV阳性和阴性头颈鳞状细胞癌(HNSCC)中的上皮细胞 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1765 | 2026-03-02 |
A single-cell atlas of circulating immune cells over the first 2 months of age in extremely premature infants
2025-Mar-05, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adr0942
PMID:40043141
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研究论文 | 本研究通过纵向多组学分析,描绘了极早产儿出生后前两个月外周免疫细胞的动态变化图谱 | 首次利用微量血液(仅250μl)对极早产儿进行纵向单细胞多组学分析,结合单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序和磷蛋白质谱流式技术,系统揭示了其外周免疫发育轨迹 | 样本量较小(仅10名极早产儿),且未涉及更长期或更广泛的临床结局关联分析 | 探究极早产儿出生后早期外周免疫系统的发育轨迹及其与足月儿的差异 | 极早产儿(孕周<30周)、健康成人、早产及足月脐带血样本 | 单细胞组学 | 早产相关免疫异常 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, B细胞受体测序, 磷蛋白质谱流式 | NA | 单细胞转录组数据, 受体序列数据, 蛋白质磷酸化数据 | 10名极早产儿(在1周、1个月、2个月时间点采样),并包括健康成人、早产及足月脐带血对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞免疫组库测序, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 1766 | 2026-03-02 |
Deep learning in single-cell and spatial transcriptomics data analysis: advances and challenges from a data science perspective
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf136
PMID:40185158
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综述 | 本文从数据科学角度系统回顾了深度学习在单细胞和空间转录组学数据分析中的进展与挑战 | 通过整理来自九个基准测试的21个数据集,评估了58种计算方法的性能,揭示了模型性能在不同基准数据集和评估指标间的显著差异 | 高质量标注数据集仍然有限,且生物组织的复杂相关性使得准确重建细胞状态和空间背景具有挑战性 | 探讨深度学习如何有效应用于生物、医学和临床环境中的转录组学数据分析 | 单细胞和空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序,空间转录组学 | 深度学习 | 基因表达,表观遗传修饰,代谢物水平,空间位置等多模态数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 1767 | 2026-03-02 |
Single-cell RNA sequencing in autoimmune diseases: New insights and challenges
2025-03, Pharmacology & therapeutics
IF:12.0Q1
DOI:10.1016/j.pharmthera.2025.108807
PMID:39894174
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综述 | 本文探讨了单细胞RNA测序(scRNA-seq)在自身免疫性疾病研究中的应用,包括其在理解细胞异质性、病因、诊断、治疗和预后方面的潜力 | 利用scRNA-seq技术在单细胞水平揭示自身免疫性疾病中的转录多样性,提供全面的细胞图谱,并识别诊断、预后标志物及潜在治疗靶点 | scRNA-seq技术本身存在局限性,需要进一步解决以推动研究进展 | 探讨scRNA-seq如何增强对自身免疫性疾病中细胞异质性的理解及其在临床实践中的应用潜力 | 自身免疫性疾病中的多种细胞类型 | 自然语言处理 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1768 | 2026-03-02 |
Dissecting tumor cell programs through group biology estimation in clinical single-cell transcriptomics
2025-Mar-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57377-6
PMID:40025015
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BEANIE的非参数统计方法,用于临床单细胞转录组学中基因签名差异表达分析,以解决现有方法假阳性高、结构表示不足和混杂因素处理不当的问题 | BEANIE方法创新性地解决了临床单细胞RNA测序数据中患者特异性层次结构和样本驱动混杂因素的问题,在特异性上优于现有方法同时保持敏感性 | NA | 开发一种稳健的差异表达分析方法,用于临床癌症单细胞RNA测序研究中的病例/对照分析 | 乳腺癌、肺癌和黑色素瘤的临床单细胞转录组学数据 | 自然语言处理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 非参数统计方法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1769 | 2026-03-02 |
Endogenously generated Dutch-type Aβ nonfibrillar aggregates dysregulate presynaptic neurotransmission in the absence of detectable inflammation
2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.25.639746
PMID:40060689
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研究论文 | 本研究探讨了荷兰型Aβ非纤维聚集物在转基因小鼠中如何影响突触前神经传递,而不引发可检测的炎症反应 | 揭示了非纤维Aβ聚集物在无斑块形成的情况下,通过干扰线粒体功能和突触传递导致认知缺陷,挑战了传统Aβ毒性主要源于纤维斑块的观点 | 研究基于转基因小鼠模型,可能不完全反映人类疾病情况,且未详细探讨其他细胞类型如星形胶质细胞的潜在作用 | 探究荷兰型Aβ突变导致的非纤维聚集物对突触功能和线粒体活性的影响,以理解Aβ毒性的非炎症机制 | 携带荷兰型Aβ突变的转基因小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、免疫组化、显微镜成像、电子传递链催化测量 | 转基因小鼠模型 | RNA序列数据、图像数据、生理测量数据 | 未明确指定样本数量,但涉及转基因小鼠群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1770 | 2026-03-02 |
Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model
2025-Feb-19, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387
PMID:39970235
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研究论文 | 本研究通过抑制YAP蛋白在红杜洛克猪伤口模型中实现无疤痕再生,揭示了YAP/IL-33信号轴在大型动物伤口愈合中的作用 | 首次在大型动物(猪)模型中验证YAP抑制剂维替泊芬能实现无疤痕伤口再生,并利用单细胞RNA测序结合空间蛋白质组学解析细胞动态 | 研究主要基于动物模型,人类临床转化效果需进一步验证;未涉及慢性伤口或老年个体等复杂情况 | 探究机械转导抑制剂在大型动物伤口愈合中预防疤痕形成并促进再生的机制 | 红杜洛克猪伤口模型、移植人类新生儿包皮的裸鼠异种移植模型 | 数字病理学 | 皮肤疤痕 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 红杜洛克猪伤口样本、人类新生儿包皮移植样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1771 | 2026-03-02 |
HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200
PMID:39680021
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研究论文 | 本研究旨在确立HMGA2作为胰腺导管腺癌基底样疾病的标志物,并探索其作为预后和治疗抵抗生物标志物的应用 | 首次将HMGA2蛋白表达与基底样PDAC细胞关联,并通过多路免疫组化结合单细胞RNA测序数据,证明HMGA2与GATA6联合状态能预测生存期、化疗反应和肿瘤微环境特征 | 研究基于回顾性队列,样本量虽大但可能存在选择偏差,且未进行前瞻性验证 | 探索HMGA2在胰腺导管腺癌中的表达模式及其作为预后和治疗反应生物标志物的价值 | 胰腺导管腺癌患者样本,包括单细胞RNA测序数据和免疫组化分析的组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,多路免疫组化 | NA | RNA测序数据,图像数据 | 172例单细胞RNA测序样本,580例多路免疫组化样本,外加30例多样化患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1772 | 2026-03-02 |
Single-Cell Transcriptome Decoding Umbilical Cord-Derived Mesenchymal Stem Cell Heterogeneity Reveals a Unique IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSC With Osteogenesis and Chondrogenesis Signatures
2025-02, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.70004
PMID:39956958
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了人脐带间充质干细胞在不同培养系统中的异质性,并鉴定出一个具有高成骨和软骨生成潜能的IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSC亚群 | 首次创建了hUC-MSC在不同培养系统中的单细胞转录组图谱,鉴定出具有独特IL1R1和PDGFRA高表达的Ultroser-G-MSC亚群,并发现其在骨关节炎模型治疗中的优势 | 研究主要基于体外培养系统,临床转化效果需进一步验证 | 阐明hUC-MSC在不同培养系统中的异质性来源,以指导其精准临床应用 | 人脐带间充质干细胞 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1773 | 2026-03-02 |
Transcriptional determinants of goal-directed learning and representational drift in the parahippocampal cortex
2025-01-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.115175
PMID:39792551
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研究论文 | 本研究通过双光子钙成像和空间转录组学技术,揭示了海马旁皮层在目标导向学习中的转录决定因素和表征漂移机制 | 首次结合双光子钙成像与空间转录组学,识别了IEG定义的网络在刺激-结果关联形成中的作用,并发现脑源性神经营养因子在任务学习中的关键调控功能 | 研究主要聚焦于海马旁皮层,未全面探索其他脑区在表征漂移中的作用,且样本规模可能有限 | 探究目标导向学习中表征漂移的电路和分子机制 | 海马旁皮层的神经元,特别是兴奋性和抑制性亚型 | 神经科学 | NA | 双光子钙成像,空间转录组学 | NA | 钙成像数据,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1774 | 2026-03-02 |
Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria
2025-Jan-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr0932
PMID:39847624
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研究论文 | 本文介绍了一种名为bacterial-MERFISH的新方法,通过结合1000倍体积扩展与多重错误鲁棒荧光原位杂交技术,实现了细菌中数千个操纵子的高通量空间解析分析 | 开发了bacterial-MERFISH方法,首次将MERFISH技术应用于细菌,克服了细菌mRNA高密度的挑战,实现了单细菌水平的高通量空间转录组分析 | 未明确提及具体限制,但可能涉及技术复杂性、成本或适用范围 | 研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为,特别是空间结构环境下的异质性 | 细菌,包括对碳饥饿的响应、亚细胞RNA组织以及肠道共生菌在哺乳动物结肠微米级生态位中的适应 | 空间转录组学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交(MERFISH) | NA | 图像 | 未明确指定样本数量,但涉及个体细菌和肠道共生菌的微环境分析 | NA | 空间转录组学 | NA | bacterial-MERFISH(结合1000倍体积扩展与MERFISH) |
| 1775 | 2026-03-02 |
Serinc5 Regulates Sequential Chondrocyte Differentiation by Inhibiting Sox9 Function in Pre-Hypertrophic Chondrocytes
2025-01, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31490
PMID:39568258
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析,揭示了Serinc5作为前肥大软骨细胞标记基因,通过抑制Sox9功能调控软骨细胞从增殖到肥大的顺序分化过程 | 首次将Serinc5鉴定为前肥大软骨细胞的标记基因,并阐明其通过抑制Sox9转录活性来调控软骨细胞分化的新机制 | 研究主要基于体外实验和测序分析,体内功能验证和临床相关性有待进一步探索 | 探究前肥大软骨细胞的分子基础及其在生长板软骨细胞分化中的作用机制 | 生长板软骨细胞,特别是前肥大软骨细胞 | 发育生物学 | NA | scRNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, 荧光标记, 组织学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 染色质免疫沉淀测序数据, 染色质可及性测序数据, 组织学图像 | 荧光标记的生长板软骨细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 1776 | 2026-03-02 |
Single-Cell RNA-Seq and Histological Analysis Reveals Dynamic Lrig1 Expression During Salivary Gland Development
2025-01, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31487
PMID:39587709
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和组织学分析,揭示了Lrig1在小鼠颌下腺发育过程中的动态表达模式及其功能 | 首次结合单细胞RNA测序与组织学技术,系统性地研究了Lrig1在唾液腺发育中的时空表达及其调控机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类细胞系实验的生理相关性可能有限 | 探究Lrig1在唾液腺发育和成熟过程中的表达模式及功能 | 小鼠颌下腺及人类唾液腺细胞系 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 免疫荧光染色, RNAscope染色 | NA | 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | 不同发育阶段的小鼠颌下腺样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1777 | 2026-03-02 |
Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions
2025-Jan, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-02031-y
PMID:39753771
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研究论文 | 本研究通过多祖先精细定位分析,细化了192个乳腺癌风险区域,揭示了新的关联信号和候选易感基因 | 整合多祖先数据,识别了131个先前未报告的关联信号,并将50个信号的因果变异缩小至单个变异,通过功能基因组学数据鉴定了195个假定的易感基因 | 因果变异和目标基因的验证仍需进一步实验,部分关联信号的生物学机制尚未完全阐明 | 精细定位已知的乳腺癌风险位点,以揭示因果变异和目标基因 | 172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照,涵盖非洲、亚洲和欧洲祖先 | 基因组学 | 乳腺癌 | 全基因组关联研究(GWAS),单细胞RNA测序,体外实验 | NA | 基因组关联数据,功能基因组学数据 | 414,746名参与者(172,737例病例和242,009名对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1778 | 2026-03-02 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Biomechanical Loading-Induced Imbalance in Bone and Fat, Leading to Ossification in Lumbar Intervertebral Disc Nucleus Pulposus Degeneration
2025-01, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31506
PMID:39854079
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了生物力学负荷如何导致腰椎间盘退变中髓核的骨化和骨-脂肪失衡 | 首次在单细胞水平上识别出受生物力学负荷影响的CITED4+METRN+软骨细胞亚群,并揭示了其在椎间盘退变骨化中的关键作用 | 样本量较小(仅5例新鲜组织),且为回顾性分析,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探究生物力学负荷对腰椎间盘退变中髓核骨化的影响机制 | 腰椎间盘退变患者的髓核组织 | 单细胞转录组学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5例新鲜髓核组织(L3-S1节段)及回顾性石蜡包埋样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1779 | 2026-03-02 |
Single-cell analysis of CD14+CD16+ monocytes identifies a subpopulation with an enhanced migratory and inflammatory phenotype
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1475480
PMID:40051633
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人CD14+CD16+单核细胞,识别出一个具有增强迁移和炎症表型的亚群,并探讨其在神经炎症疾病中的作用 | 首次在CD14+CD16+单核细胞中通过单细胞RNA测序识别出九个异质性簇,并定义了一个具有增强迁移和炎症表型的Group 1单核细胞亚群 | 研究主要基于体外实验和单细胞测序数据,缺乏体内功能验证,且样本来源和数量未明确说明 | 探究CD14+CD16+单核细胞的异质性及其在神经炎症疾病中的潜在作用 | 人CD14+CD16+单核细胞 | 单细胞组学 | 神经炎症疾病,包括HIV相关神经认知障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1780 | 2026-03-02 |
Enhanced resistance to Listeria infection in mice surviving sepsis: the role of lipid metabolism and myeloid cell reprogramming
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1588987
PMID:40520167
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研究论文 | 本研究探讨了败血症存活小鼠通过脂质代谢和髓系细胞重编程增强对李斯特菌感染的抵抗力 | 揭示了败血症存活后髓系细胞的脂质代谢重编程如何增强对细胞内病原体的免疫保护,为败血症幸存者的免疫恢复提供了新机制 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;未深入探讨脂质代谢变化的具体分子通路 | 探究败血症存活后免疫系统如何通过脂质代谢和髓系细胞重编程增强对二次感染的抵抗力 | 败血症存活小鼠及其脾脏CD11b+Ly6Chigh髓系细胞 | 免疫学 | 败血症 | 单细胞RNA测序、定量RT-PCR、免疫组化、血清细胞因子检测、血浆脂质组学 | NA | RNA序列数据、脂质组学数据、细胞表型数据 | 小鼠模型(具体数量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |