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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1741 | 2026-03-02 |
Disrupted developmental signaling induces novel transcriptional states
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2418351122
PMID:41118206
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研究论文 | 本研究提出了一种名为DAISEE的新算法,用于在复杂实验设计下分析单细胞数据中的信号扰动响应,并应用于斑马鱼胚胎的psMEK激活ERK信号通路研究 | 开发了DAISEE算法,能更有效地从单细胞数据中分离扰动响应与混杂变异,并首次在斑马鱼胚胎中应用psMEK技术揭示ERK信号过激活诱导新型转录状态 | 研究主要基于斑马鱼胚胎模型,结果可能不直接适用于其他生物系统;算法性能依赖于实验设计,可能受数据质量影响 | 开发新算法以分析单细胞数据中的信号扰动响应,并探索发育信号通路异常对胚胎细胞状态的影响 | 斑马鱼胚胎的单细胞转录组数据,特别是表达优化光开关MEK(psMEK)的5小时龄胚胎 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解框架 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1742 | 2026-03-02 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Depletion and Dysregulation of Mycobacterium tuberculosis-Specific Th1 and Th17 Cells Early After Acquisition of Human Immunodeficiency Virus
2025-Oct-15, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiaf354
PMID:40605619
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了HIV感染早期对结核分枝杆菌特异性Th1和Th17细胞的耗竭与功能失调 | 首次在HIV感染前后对结核分枝杆菌特异性CD4 T细胞进行纵向单细胞RNA测序分析,揭示了早期耗竭模式及转录调控通路的改变 | 样本量有限,且为观察性研究,无法确定因果关系 | 探究HIV感染如何影响结核分枝杆菌特异性CD4 T细胞的频率与功能 | HIV感染者和未感染者的结核分枝杆菌特异性CD4 T细胞 | 单细胞组学 | 结核病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | HIV感染前后个体的结核分枝杆菌特异性CD4 T细胞亚群 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1743 | 2026-03-02 |
Profibrotic monocyte-derived alveolar macrophages as a biomarker and therapeutic target in systemic sclerosis-associated interstitial lung disease
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.07.669006
PMID:40832362
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研究论文 | 本文探讨了系统性硬化症相关间质性肺病中促纤维化单核来源肺泡巨噬细胞作为生物标志物和治疗靶点的作用 | 首次在SSc-ILD患者中通过流式细胞术和单细胞RNA测序分析BAL液中的MoAM和间质巨噬细胞,并发现其丰度与肺纤维化严重程度相关 | 样本量较小(仅9名SSc-ILD患者和13名健康对照),且为前瞻性研究,需更大规模验证 | 评估MoAM在SSc-ILD中的生物标志物潜力和治疗靶点价值 | SSc-ILD患者和健康对照的BAL液样本及肺移植组织 | 数字病理学 | 间质性肺病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 细胞计数数据, 转录组数据, 空间转录组数据 | 9名SSc-ILD患者和13名健康对照的BAL液样本,以及SSc-ILD肺移植组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1744 | 2026-03-02 |
Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers
2025-Oct-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64259-4
PMID:41057352
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Transformer的自监督工作流程CellTransformer,用于在小鼠脑部空间转录组数据中发现细粒度区域 | 提出了一种可扩展至数百万细胞数据集的自我监督空间域检测工作流程,使用编码器-解码器架构CellTransformer分层学习组织特征,并耦合GPU加速聚类算法 | NA | 解决器官尺度空间转录组数据分析中的关键瓶颈,实现细粒度组织域检测 | 小鼠脑部 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | Transformer, 编码器-解码器架构 | 空间转录组数据 | 四只小鼠,超过200个组织切片,九百万个细胞 | NA | 空间转录组学 | MERFISH, Slide-seqV2 | 多百万细胞MERFISH数据集,全脑Slide-seqV2数据集 |
| 1745 | 2026-03-02 |
Deconvoluting single-cell transcriptomics reveals cellular programs regulated by cell-cell communication in colorectal cancer
2025-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.09.648030
PMID:40321215
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荟萃分析 | 本研究通过整合八个单细胞队列数据,开发了一种新颖的分析框架,以揭示结直肠癌中细胞间通讯网络及其调控的细胞程序 | 采用分层主题建模识别反映单细胞信号状态的基因表达模块,并结合因果发现方法系统揭示可能受配体-受体信号和跨细胞类型通讯调控的模块,通过空间转录组学验证了这些模块在空间域中的共定位 | NA | 深入理解结直肠癌中细胞间通讯网络的复杂性及其在肿瘤微环境中的作用 | 结直肠癌患者样本中的单细胞转录组数据 | 单细胞转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 分层主题建模,因果发现方法 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 153名患者,279个样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 1746 | 2026-03-02 |
Interferon Epsilon Loss Is Elusive 9p21 Link to Immune-Cold Tumors, Resistant to Immune Checkpoint Therapy, and Endogenous CXCL9/10 Induction
2025-Sep, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2024.12.020
PMID:39725169
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研究论文 | 本研究揭示了9号染色体短臂(9p)缺失通过干扰素ε(IFNϵ)信号通路导致免疫冷肿瘤及免疫检查点疗法(ICT)耐药性的机制 | 首次将9p缺失与IFNϵ信号联系起来,并证明IFNϵ是调控CXCL9/10表达和免疫细胞浸润的关键因子 | IFNϵ在肿瘤免疫微环境中的作用具有显著的组织特异性,且部分肿瘤类型中相关性较弱 | 探究9p缺失导致免疫冷肿瘤和ICT耐药的分子机制 | 人类肿瘤样本、细胞系及小鼠模型,涵盖头颈鳞癌、非鳞非小细胞肺癌、黑色素瘤等多种癌症类型 | 肿瘤免疫学 | 多种癌症(头颈鳞癌、非鳞非小细胞肺癌、黑色素瘤等) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、拷贝数变异分析、介导分析 | 小鼠基因工程模型(ΔS与ΔL缺失模型) | 基因组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 13项研究报告、36个ICT队列数据,涵盖多种肿瘤类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1747 | 2026-03-02 |
Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues
2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000961
PMID:40626838
|
综述 | 本文概述了空间转录组学平台及其在HIV组织持久性研究中的应用,包括工作流程和质量控制 | 提出了空间转录组学在HIV组织研究中的路线图,强调高分辨率(<1 μm)和全基因组覆盖(约20,000基因)的创新应用 | 目标捕获中目标数量增加常降低灵敏度,且分析需确保严谨性以避免报告无生物学意义的特征 | 探索HIV在组织中的持久性机制,并为治疗策略提供信息 | HIV感染细胞、周围微环境及组织样本 | 空间转录组学 | HIV感染 | 空间转录组学、ATAC-seq、蛋白质捕获、T细胞受体测序 | NA | RNA分子、空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、单细胞多组学 | NA | NA |
| 1748 | 2026-03-02 |
Nerve-associated macrophages control adipose homeostasis across lifespan and restrain age-related inflammation
2025-Sep, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00952-9
PMID:40897908
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和流式细胞术,揭示了神经相关巨噬细胞在脂肪组织稳态和年龄相关炎症中的关键作用 | 首次定义了神经相关巨噬细胞作为脂肪组织巨噬细胞的一个特殊亚群,并发现其随年龄减少会加剧炎症和脂解功能障碍 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性尚需进一步验证 | 探究脂肪组织巨噬细胞在年龄相关炎症中的作用机制 | 小鼠脂肪组织中的巨噬细胞亚群 | 单细胞生物学 | 年龄相关炎症 | 单细胞测序,多参数流式细胞术,血管内标记 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞术数据 | 小鼠脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1749 | 2026-03-02 |
Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling
2025-Aug-21, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031
PMID:40541184
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研究论文 | 本研究揭示了中脑胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号通路促进弥漫性中线胶质瘤生长的机制 | 首次发现中脑胆碱能长程投射通过M1/M3受体依赖的方式促进弥漫性中线胶质瘤的活性依赖性生长,并揭示了其与健康少突胶质前体细胞增殖的平行效应 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证相对有限;胆碱能神经元亚型特异性作用机制有待进一步阐明 | 探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的影响及其分子机制 | 弥漫性中线胶质瘤细胞、少突胶质前体细胞、中脑胆碱能神经元 | 神经肿瘤学 | 弥漫性中线胶质瘤 | 光遗传学刺激、单细胞RNA测序、药理学阻断、遗传学阻断、共培养实验 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据、细胞增殖数据、神经活动数据 | 未明确样本数量,使用DMG荷瘤小鼠模型和原代DMG样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1750 | 2026-03-02 |
Dynamic GLUT trafficking at high glucose levels enhances insulin secretion: Dysregulation leads to decreased insulin secretion during type 2 diabetes
2025-Aug-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2425955122
PMID:40811462
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研究论文 | 本研究揭示了葡萄糖转运蛋白(GLUT)在高葡萄糖浓度下的动态转运机制及其在胰岛素分泌中的作用,并发现2型糖尿病中该过程的失调 | 首次阐明了GLUT在β细胞质膜上的招募与网格蛋白介导的内存作用之间的动态耦合关系,并揭示了其在2型糖尿病胰岛素分泌缺陷中的作用 | 研究主要基于体外细胞模型和人类胰岛组织,体内生理环境下的验证尚需进一步研究 | 探究葡萄糖刺激下GLUT转运的动态调控机制及其在2型糖尿病胰岛素分泌障碍中的作用 | 胰腺β细胞、人类胰岛组织(来自非糖尿病和2型糖尿病供体) | 细胞生物学与糖尿病研究 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序、分子生物学技术 | NA | 基因表达数据、细胞成像数据 | 人类胰岛组织(非糖尿病与2型糖尿病供体) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1751 | 2026-03-02 |
Persistent type I interferon signaling within the brain of people with HIV on ART with cognitive impairment
2025-Aug, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013411
PMID:40833988
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研究论文 | 本研究通过分析HIV感染者大脑蛋白质谱和单细胞RNA测序,揭示了I型干扰素信号在神经胶质和内皮细胞中的持续激活,这可能与神经炎症和认知障碍相关 | 首次结合蛋白质组学和单细胞RNA测序技术,在HIV感染者大脑中系统性地识别了I型干扰素信号的持续激活,并发现其可由内源性逆转录病毒触发,即使在有效抗逆转录病毒治疗下仍持续存在 | 样本量相对较小(27个HIV感染者大脑和9个对照),且主要基于快速尸检组织,可能限制了结果的普遍性 | 探究HIV感染者神经炎症的分子机制,特别是I型干扰素信号在认知障碍中的作用 | HIV感染者的大脑组织、迷你脑类器官模型以及对照样本 | 数字病理学 | HIV相关神经认知障碍 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、蛋白质谱分析 | NA | 蛋白质数据、单细胞RNA测序数据 | 27个HIV感染者大脑和9个对照大脑 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1752 | 2026-03-02 |
From preneoplastic lesion to heterogenous tumor: recent insights into hepatoblastoma biology and therapeutic opportunities
2025-Jul-19, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02405-8
PMID:40684183
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综述 | 本文综述了肝母细胞瘤生物学的最新发现,包括肿瘤异质性、肿瘤微环境及治疗机会 | 整合单细胞RNA-seq、多组学、空间转录组学和功能基因组学筛查,揭示了肝母细胞瘤的细胞亚群、WNT信号通路、发育途径及肿瘤免疫微环境的复杂性 | NA | 综述肝母细胞瘤生物学进展,以推动治疗策略 | 肝母细胞瘤细胞、肿瘤相关细胞类型及遗传依赖性 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA-seq, 多组学, 空间转录组学, 功能基因组学筛查 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1753 | 2026-03-02 |
Cell type-specific master metabolic regulators of Alzheimer's disease
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.11.664443
PMID:40791427
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研究论文 | 本研究开发了一种名为scFUMES的算法,用于识别阿尔茨海默病中细胞类型特异性的主要代谢调控因子,并揭示了神经元和小胶质细胞在疾病中的代谢异质性 | 开发了scFUMES算法,首次整合单细胞RNA测序、相互作用组学、基因组学、转录组学和代谢组学数据,系统性地绘制了AD中细胞类型特异性的主要代谢调控因子网络 | 研究主要基于人类脑库的组学数据,实验验证部分有限,且算法在更广泛疾病类型中的应用效果尚待检验 | 揭示阿尔茨海默病中细胞类型特异性的代谢异质性及其调控机制,并寻找潜在的治疗靶点 | 人类大脑组织(来自脑库),重点关注神经元和小胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,相互作用组学,基因组学,转录组学,代谢组学 | scFUMES算法(整合多组学数据的计算模型) | 多组学数据(包括RNA-seq、基因组、转录组、代谢组数据) | 来自两个AD易感区域(颞中回和背外侧前额叶皮层)的人类脑组织样本,具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1754 | 2026-03-02 |
Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins
2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624562
PMID:39605372
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研究论文 | 本研究探讨了双特异性磷酸酶1(DUSP1)在伯氏疏螺旋体脂蛋白调控的巨噬细胞炎症通路中的作用 | 应用单细胞RNA测序和多组学方法,首次揭示了DUSP1在调节NLRP3炎症信号和线粒体变化中的双重作用,并提出了其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠骨髓来源巨噬细胞模型,在人体或体内环境中的适用性尚需验证 | 阐明DUSP1在莱姆病病原体脂蛋白诱导的宿主免疫反应中的调控机制 | 小鼠骨髓来源巨噬细胞(BMDMs) | NA | 莱姆病 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq),无偏蛋白质组学分析 | NA | RNA测序数据,蛋白质组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1755 | 2026-03-02 |
Patient phenotyping for molecular profiling of neck and low back pain - Study protocol
2025 Jul-Dec, Neurobiology of pain (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1016/j.ynpai.2025.100186
PMID:40501484
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研究论文 | 本文概述了针对颈部和下背痛患者进行分子特征分析的研究方案,旨在通过表型分析促进慢性疼痛相关转录特征的识别 | 结合表型复杂性研究慢性疼痛的分子神经生物学机制,并应用bulk、单细胞和空间转录组学技术分析患者组织样本 | NA | 通过表型患者来识别与慢性颈部和下背痛相关的表型特异性转录特征,以揭示新的神经生物学和/或神经免疫学机制 | 颈部和下背痛患者,包括接受C1-2和腰椎融合手术的患者,以及器官捐赠者的对照组织 | 数字病理学 | 慢性疼痛 | bulk转录组学, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 组织样本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1756 | 2026-03-02 |
Preterm birth increases susceptibility to hyperglycemia induced glomerular alterations in male mice
2025-May-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-00103-5
PMID:40442182
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研究论文 | 本研究探讨了早产如何增加雄性小鼠在高血糖条件下发生肾小球和肾小管损伤的易感性 | 首次研究了早产对糖尿病肾病进展的影响,并利用单细胞RNA测序揭示了早产糖尿病小鼠内皮细胞与足细胞相互作用的特异性改变 | 研究仅使用雄性小鼠,未探讨性别差异;样本量未明确说明;研究结果基于动物模型,需在人类中进一步验证 | 确定早产对暴露于高血糖后肾脏健康的影响 | CD-1品系的早产(19天受孕后)和足月产(20天受孕后)雄性小鼠 | NA | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序,组织学分析,分子技术,成像技术 | NA | 基因表达数据,组织图像,生理指标数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1757 | 2026-03-02 |
Emerging Techniques in Spatial Multiomics: Fundamental Principles and Applications to Dermatology
2025-May, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.09.006
PMID:39503694
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综述 | 本文综述了新兴的空间多组学技术的基本原理及其在皮肤病学研究中的应用 | 介绍了空间多组学技术如何同时捕获DNA、基因组可及性、组蛋白修饰和蛋白质,并在单细胞分辨率下保留空间背景,为皮肤病研究提供新视角 | NA | 概述空间多组学技术的原理、优势、局限性及其在皮肤病学中的研究潜力 | 皮肤组织切片 | 数字病理学 | 皮肤病 | 空间多组学技术 | NA | 基因组、蛋白质组、表观基因组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间多组学 | NA | NA |
| 1758 | 2026-03-02 |
Citrullination of NF-κB p65 by PAD2 as a Novel Therapeutic Target for Modulating Macrophage Polarization in Acute Lung Injury
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413253
PMID:40087815
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研究论文 | 本文发现PAD2通过瓜氨酸化NF-κB p65的R171位点调控巨噬细胞极化,并开发了一种基于金纳米颗粒的靶向治疗策略,用于治疗铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤 | 首次鉴定出NF-κB p65的R171瓜氨酸化位点及其在巨噬细胞极化中的作用,并创新性地设计了靶向M1巨噬细胞的纳米药物治疗策略 | 研究主要聚焦于PA诱导的ALI模型,其他病原体或损伤类型中的适用性未验证,纳米药物的长期安全性和临床转化潜力需进一步评估 | 探究PAD2介导的瓜氨酸化在巨噬细胞极化中的作用机制,并开发针对急性肺损伤的靶向治疗策略 | 巨噬细胞极化过程、NF-κB p65蛋白、铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤小鼠模型 | 生物医学研究 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序、基于质谱的蛋白质组学、纳米药物递送 | NA | RNA测序数据、蛋白质组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1759 | 2026-03-02 |
STAT3 signaling enhances tissue expansion during postimplantation mouse development
2025-Apr-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115506
PMID:40188437
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研究论文 | 本研究探讨了STAT3信号在小鼠胚胎植入后发育过程中对组织扩张的增强作用 | 揭示了STAT3在胚胎植入后发育中的时间控制作用,特别是在需要快速细胞分裂的组织中,如植入后外胚层和造血谱系 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性仅通过突变与矮小症的关联间接提及 | 研究STAT3信号在小鼠胚胎植入后发育过程中的功能 | 小鼠胚胎、胚胎干细胞、植入后外胚层和造血谱系 | 发育生物学 | NA | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 小鼠胚胎和胚胎干细胞样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1760 | 2026-03-02 |
Single cell RNA sequencing after moderate traumatic brain injury: effects of therapeutic hypothermia
2025-Apr-18, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03430-6
PMID:40251570
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,探究了中度创伤性脑损伤后治疗性低温对脑皮层细胞类型特异性转录反应的影响 | 首次在创伤性脑损伤模型中应用单细胞RNA测序技术,全面评估治疗性低温对不同细胞亚型的特异性调控作用,揭示了温度敏感的胶质细胞和血管细胞过程在神经保护中的重要性 | 研究仅关注了损伤后24小时的时间点,未评估长期效应;样本来源于小鼠模型,可能无法完全反映人类疾病情况 | 探究治疗性低温在创伤性脑损伤后的细胞类型特异性保护机制 | C57BL/6小鼠的脑皮层组织,包括损伤周围区域 | 单细胞转录组学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | C57BL/6小鼠的脑皮层组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |