单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24273 篇文献，本页显示第 1741 - 1760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1741 | 2024-11-25 |
MCGAE: unraveling tumor invasion through integrated multimodal spatial transcriptomics
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae608
PMID:39576225
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MCGAE的多视角对比图自编码器，用于整合多模态空间转录组数据，以揭示肿瘤侵袭区域 | MCGAE通过创建多视角表示和整合基因表达、空间邻接矩阵及形态学图像特征，显著提升了多模态数据处理能力 | NA | 开发一种先进的深度计算框架，用于复杂的空间转录组数据分析 | 空间转录组数据，特别是结直肠癌肝转移中的肿瘤侵袭区域 | 生物医学研究 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | 多视角对比图自编码器 | 基因表达数据、空间坐标数据、形态学信息 | 模拟数据集和真实空间转录组数据集 |
| 1742 | 2024-11-25 |
Roles of cathepsin S expression levels on the prognosis and tumour microenvironment in clear cell renal cell carcinoma
2024-Nov-21, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01547-3
PMID:39570472
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研究论文 | 研究了组织蛋白酶S在透明细胞肾细胞癌中的表达水平及其对预后和肿瘤微环境的影响 | 首次探讨了组织蛋白酶S在透明细胞肾细胞癌中的潜在作用及其分子功能，并发现其作为预后生物标志物和免疫相关治疗靶点的潜力 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据分析，体外实验验证较少 | 探讨组织蛋白酶S在透明细胞肾细胞癌中的表达及其对预后和肿瘤微环境的影响 | 透明细胞肾细胞癌患者的组织样本和相关数据 | 数字病理学 | 肾癌 | qRT-PCR, IHC | NA | 基因表达数据, 免疫细胞浸润数据, 单细胞测序数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多个透明细胞肾细胞癌样本 |
| 1743 | 2024-11-25 |
Peripheral nerve-derived CSF1 induces BMP2 expression in macrophages to promote nerve regeneration and wound healing
2024-Nov-21, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-024-00379-7
PMID:39572537
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研究论文 | 研究揭示了周围神经来源的CSF1通过诱导巨噬细胞中BMP2表达促进神经再生和伤口愈合的机制 | 首次验证了神经与巨噬细胞之间的相互作用在去神经伤口愈合中的关键作用，并揭示了CSF1诱导BMP2表达的神经免疫调节途径 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证其有效性和安全性 | 探讨炎症和修复性巨噬细胞的调控机制及其在伤口愈合中的作用 | 巨噬细胞、神经元、伤口愈合过程 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 小鼠早期和晚期皮肤伤口样本 |
| 1744 | 2024-11-25 |
Single-cell sequencing of full-length transcripts and T-cell receptors with automated high-throughput Smart-seq3
2024-Nov-21, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-11036-0
PMID:39574011
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研究论文 | 开发了一种自动化高通量Smart-seq3工作流程，用于单细胞全长转录本和T细胞受体的测序 | 提出了自动化高通量Smart-seq3工作流程，显著提高了细胞捕获效率、基因检测灵敏度和T细胞受体重建的准确性 | NA | 开发和优化单细胞测序技术，以提高数据质量和细胞异质性解析能力 | 人类初级CD4+ T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录本 | 人类初级CD4+ T细胞 |
| 1745 | 2024-11-25 |
High content of nuclei-free low-quality cells in reference single-cell atlases: a call for more stringent quality control using nuclear fraction
2024-Nov-21, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-11015-5
PMID:39574015
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研究论文 | 本文探讨了现有单细胞RNA测序数据集中存在的低质量细胞污染问题，并呼吁采用更严格的质控标准 | 提出了将细胞内含子分数或MALAT1表达纳入质控标准，以提高细胞图谱数据的可靠性 | 未详细描述具体实施这些质控标准的步骤和方法 | 揭示现有单细胞RNA测序数据集中的低质量细胞污染问题，并提出改进建议 | 人类细胞图谱、Tabula Sapiens和Tabula Muris等大型单细胞RNA测序数据集 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及多个组织和器官的数据集 |
| 1746 | 2024-11-25 |
Wnt 3a-Modified Scaffolds Improve Nerve Regeneration by Boosting Schwann Cell Function
2024-Nov-20, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.4c15013
PMID:39520323
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研究论文 | 研究通过单细胞测序分析探讨了Wnt信号通路和施万细胞在周围神经再生中的作用，并开发了一种含有Wnt3a蛋白的聚己内酯电纺纤维支架，用于改善大鼠坐骨神经缺损模型的神经修复效果 | 首次将Wnt3a蛋白整合到聚己内酯电纺纤维支架中，显著提高了神经修复效果和施万细胞的功能 | 研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类中验证其有效性 | 探讨Wnt信号通路和施万细胞在周围神经再生中的作用，并开发新型神经修复支架 | 施万细胞、Wnt信号通路、周围神经再生 | 生物医学工程 | NA | 单细胞测序分析、电纺技术 | NA | 单细胞数据 | 大鼠坐骨神经缺损模型 |
| 1747 | 2024-11-25 |
The establishment of the anther somatic niche with single-cell sequencing
2024-Nov-14, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2024.11.004
PMID:39547468
|
研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了玉米花药的体细胞微环境发育过程 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了玉米花药体细胞类型的发育轨迹，并鉴定了先前未知的体细胞类型的潜在标记基因 | NA | 研究玉米花药体细胞微环境的发育过程及其基因表达特征 | 玉米花药的体细胞类型及其发育轨迹 | 植物科学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1748 | 2024-11-25 |
A human embryonic limb cell atlas resolved in space and time
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06806-x
PMID:38057666
|
研究论文 | 本文详细描述了人类胚胎肢体在空间和时间上的发育过程 | 首次使用单细胞和空间转录组学技术全面解析人类胚胎肢体发育过程，并发现了新的细胞群体和肌肉发育的两个波次 | 研究主要集中在胚胎肢体发育，未涉及其他器官或组织的发育 | 深入了解人类胚胎肢体发育的基因表达调控机制 | 人类胚胎肢体细胞及其发育过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个解剖连续的空间转录组样本和鼠胚胎肢体样本 |
| 1749 | 2024-11-25 |
Molecular and cellular neurocardiology in heart disease
2024-May-22, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP284739
PMID:38778747
|
研究论文 | 本文更新并扩展了之前关于心脏病分子和细胞基础的白皮书，重点关注心脏自主神经发育、新型细胞内途径和神经可塑性的最新发现 | 引入患者特异性干细胞以更好地理解交感神经功能障碍，并利用新型成像技术和空间转录组学来发现潜在的治疗靶点 | 本文强调了未解决的问题和争议领域 | 探讨心脏病的分子和细胞神经生理学基础，并寻找潜在的治疗靶点 | 心脏自主神经发育、细胞内途径、神经可塑性以及交感神经功能障碍 | NA | 心血管疾病 | 成像技术、空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 1750 | 2024-11-25 |
Spatial transcriptomics reveals distinct tissue niches linked with steroid responsiveness in acute gastrointestinal GVHD
2023-11-23, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023020644
PMID:37699201
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研究论文 | 研究利用空间转录组技术揭示了急性胃肠道GVHD中与类固醇反应性相关的不同组织微环境 | 首次利用空间转录组技术分析了急性胃肠道GVHD患者的组织微环境，并发现了与类固醇反应性相关的独特基因表达特征 | 样本量较小，仅包括32名患者，可能影响结果的普适性 | 揭示急性胃肠道GVHD中与类固醇反应性相关的组织微环境，并识别潜在的预后生物标志物 | 急性胃肠道GVHD患者的组织样本 | 数字病理学 | 造血系统疾病 | 空间转录组技术 | NA | 基因表达数据 | 32名急性胃肠道GVHD患者 |
| 1751 | 2024-11-25 |
Temporal regulation of neural diversity in Drosophila and vertebrates
2023-06, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2022.05.011
PMID:35623984
|
综述 | 本文综述了果蝇和脊椎动物神经多样性的时间调控机制 | 本文通过比较果蝇和脊椎动物的脑发育程序，揭示了神经多样性生成中的时间模式机制的共性 | NA | 探讨果蝇和脊椎动物神经多样性的时间调控机制 | 果蝇和脊椎动物的神经多样性生成 | 发育生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | 大量单细胞样本 |
| 1752 | 2024-11-24 |
Using Callus as an Ex Vivo System for Chromatin Analysis
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4228-3_18
PMID:39576610
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综述 | 本文综述了下一代测序技术在表观遗传学研究中的应用，并探讨了使用子叶衍生愈伤组织作为体外系统进行染色质分析的优势 | 本文提出了使用子叶衍生愈伤组织作为简单、易获取且稳健的平台，用于高通量多组学分析 | 本文未提及具体的实验数据或结果，主要集中在方法论的讨论上 | 探讨表观遗传机制的复杂性及其在基因调控中的作用 | DNA甲基化和组蛋白修饰谱 | 表观遗传学 | NA | 下一代测序 | NA | 多组学数据 | NA |
| 1753 | 2024-11-24 |
EfficientNet-resDDSC: A Hybrid Deep Learning Model Integrating Residual Blocks and Dilated Convolutions for Inferring Gene Causality in Single-Cell Data
2024-Nov-22, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00667-2
PMID:39578307
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研究论文 | 提出了一种名为EfficientNet-resDDSC的混合深度学习模型，用于推断单细胞数据中的基因因果关系 | 模型结合了残差块和扩张卷积，能够在不增加计算负担的情况下扩展模型的感受野，从而更全面地揭示高维高噪声单细胞数据中不同基因之间的潜在关系 | NA | 推断基因因果关系，构建基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据中的基因 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | EfficientNet-resDDSC | 基因数据 | 涉及四个数据集和乳腺癌患者的基因调控网络构建 |
| 1754 | 2024-11-24 |
Macrophage depletion in inflamed rat knees prevents the activation of synovial mesenchymal stem cells by weakening Nampt and Spp1 signaling
2024-Nov-20, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-024-00361-2
PMID:39563425
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研究论文 | 研究探讨了在炎症状态下，通过清除巨噬细胞来抑制滑膜间充质干细胞的激活 | 首次揭示了巨噬细胞通过Nampt和Spp1信号通路调控滑膜间充质干细胞的激活 | 研究仅在急性炎症模型中进行，未探讨慢性炎症情况下的效果 | 探究巨噬细胞在炎症和组织再生中的作用及其与滑膜间充质干细胞的相互作用 | 滑膜间充质干细胞和巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及大鼠膝关节样本，具体数量未明确提及 |
| 1755 | 2024-11-24 |
Divergent WNT signaling and drug sensitivity profiles within hepatoblastoma tumors and organoids
2024-Nov-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52757-w
PMID:39567475
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研究论文 | 研究分析了肝母细胞瘤及其肿瘤衍生类器官的分子异质性和药物敏感性 | 通过单细胞RNA测序/ATAC测序、空间转录组学和高通量药物筛选，揭示了肝母细胞瘤中两种不同的肿瘤上皮特征及其药物敏感性 | NA | 研究肝母细胞瘤的分子异质性和药物敏感性，以开发靶向疗法 | 肝母细胞瘤及其肿瘤衍生类器官 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序/ATAC测序、空间转录组学、高通量药物筛选 | NA | 基因表达数据 | 肝母细胞瘤及其肿瘤衍生类器官 |
| 1756 | 2024-11-24 |
A developmental biliary lineage program cooperates with Wnt activation to promote cell proliferation in hepatoblastoma
2024-Nov-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53802-4
PMID:39567523
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研究论文 | 研究使用组织学引导和空间转录组学技术，分析了肝母细胞瘤中胚胎胆道谱系程序与Wnt激活的相互作用，揭示了非遗传机制对肿瘤进化的影响 | 揭示了胚胎胆道谱系程序与Wnt/β-catenin信号通路的合作，通过FGF19作为旁分泌生长信号促进肿瘤细胞增殖的机制 | NA | 探讨肝母细胞瘤中胚胎胆道谱系程序与Wnt激活的相互作用及其对肿瘤细胞增殖的影响 | 肝母细胞瘤 | 数字病理学 | 儿童疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 患者来源的肿瘤细胞 |
| 1757 | 2024-11-24 |
Pulrodemstat, a selective inhibitor of KDM1A, suppresses head and neck squamous cell carcinoma growth by triggering apoptosis
2024-Nov-20, BMC pharmacology & toxicology
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40360-024-00807-w
PMID:39567962
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研究论文 | 研究了一种名为Pulrodemstat的选择性KDM1A抑制剂，通过触发凋亡来抑制头颈鳞状细胞癌的生长 | Pulrodemstat在临床试验中显示出比传统化疗药物5-Fu更强的抗肿瘤活性，并且对正常细胞无毒性 | NA | 寻找更精确和有效的头颈鳞状细胞癌治疗方案 | 头颈鳞状细胞癌 | NA | 头颈鳞状细胞癌 | 高通量筛选、单细胞测序、CCK-8检测、流式细胞术 | NA | 基因组数据 | NA |
| 1758 | 2024-11-24 |
KanCell: dissecting cellular heterogeneity in biological tissues through integrated single-cell and spatial transcriptomics
2024-Nov-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2024.11.009
PMID:39577768
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研究论文 | KanCell模型通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，增强细胞异质性分析 | KanCell模型基于Kolmogorov-Arnold网络，能够有效捕捉非线性关系并优化计算效率，提供了一种准确且高效的空间转录组学分析工具 | NA | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，增强细胞异质性分析 | 人类淋巴结、心脏、黑色素瘤、乳腺癌、前额叶皮层和鼠胚脑等组织 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST） | Kolmogorov-Arnold网络（KAN） | 基因表达数据 | 涉及多种技术和组织的模拟和真实数据集 |
| 1759 | 2024-11-24 |
TNFR2 blockade promotes antitumoral immune response in PDAC by targeting activated Treg and reducing T cell exhaustion
2024-Nov-19, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-008898
PMID:39562007
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研究论文 | 研究通过阻断TNFR2受体来增强胰腺导管腺癌（PDAC）的抗肿瘤免疫反应 | 提出了一种新的治疗策略，即结合CD40激动剂和TNFR2拮抗剂来治疗PDAC | 单独使用TNFR2阻断剂对CD8+ T细胞的激活效果有限，肿瘤生长抑制效果不显著 | 探讨TNFR2阻断剂在PDAC中的抗肿瘤免疫反应机制 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者和免疫活性小鼠模型 | NA | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞分析数据 | 24名PDAC患者和免疫活性小鼠模型 |
| 1760 | 2024-11-24 |
Prediction of single-cell RNA expression profiles in live cells by Raman microscopy with Raman2RNA
2024-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-02082-2
PMID:38200118
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Raman2RNA的方法，通过拉曼显微镜图像预测活细胞中的单细胞RNA表达谱 | Raman2RNA方法通过无标记的超光谱拉曼显微镜图像和领域翻译技术，实现了对活细胞中单细胞RNA表达谱的非破坏性预测 | NA | 开发一种非破坏性的方法来预测活细胞中的单细胞RNA表达谱 | 活细胞中的单细胞RNA表达谱 | 数字病理学 | NA | 拉曼显微镜 | 对抗自编码器 | 图像 | 涉及小鼠成纤维细胞和胚胎干细胞的活细胞追踪 |