单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 39398 篇文献，本页显示第 1721 - 1740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1721 | 2026-04-25 |
Transcriptomic and single-cell analyses reveal the prognostic value of ETV4 and its role in shaping the immune landscape of colorectal cancer
2026-Apr-15, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102775
PMID:41997046
|
研究论文 | 通过转录组和单细胞分析揭示了ETV4在结直肠癌中的预后价值及其通过诱导M2巨噬细胞极化重塑免疫微环境的作用 | 首次综合转录组和单细胞RNA测序数据，明确ETV4通过WNT/β-catenin通路调控，促进M2型巨噬细胞极化，进而塑造结直肠癌免疫抑制微环境 | 未在更大规模独立队列中验证，且ETV4与其他免疫细胞亚群的直接相互作用机制尚需进一步探索 | 研究ETV4在结直肠癌中的预后价值及其对肿瘤免疫微环境的影响机制 | 结直肠癌肿瘤组织及HCT-116细胞系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫组化, Q-PCR, Western blot | CIBERSORT, GSVA, GSEA | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 650例CRC肿瘤组织和51例癌旁正常组织（TCGA队列） | NA | 转录组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1722 | 2026-04-25 |
Advances and limitations in angiogenesis assays: Integrating in vitro, in vivo, and emerging technologies
2026-Apr-13, Vascular pharmacology
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.vph.2026.107607
PMID:41985854
|
综述 | 该综述综合探讨了血管生成实验方法的进展与局限，包括体外、体内模型及前沿技术整合，并提供了基于应用驱动的决策框架 | 创新点在于引入综合决策矩阵和算法选择指南，平衡生理保真度、实验约束与3R伦理原则，实现个性化实验设计 | 依赖现有技术综述，未涉及实际实验验证；技术整合的长期有效性尚未评估 | 提供血管生成实验方法的选择框架，优化实验设计的可重复性与转化相关性 | 血管生成实验技术，包括体外、体内模型及新兴技术 | 机器视觉 | NA | NA | NA | 图像、文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1723 | 2026-04-11 |
Integrating machine learning and spatial transcriptomics uncovers shared immunomodulatory deubiquitinases in MAFLD and HCC
2026-Apr-10, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-026-02833-6
PMID:41961303
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1724 | 2026-04-25 |
Linking Genetic Risk to Disease-Relevant Cellular States via Metacell-Informed Modeling with ICePop
2026-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.01.715877
PMID:41959181
|
研究论文 | 提出ICePop框架，通过元细胞分辨率进行疾病-细胞类型关联分析，平衡统计功效与异质性检测能力 | 首次实现元细胞分辨率下进行疾病-细胞类型关联分析，在保持细胞类型级别统计功效的同时检测细胞类型内部的异质性疾病信号 | 依赖单细胞转录组数据质量和注释准确性，对罕见细胞状态的检测可能受样本量限制 | 解决GWAS关联信号向特定细胞状态映射的挑战，建立遗传风险与细胞状态的因果关系 | 81种性状和120种细胞类型（Tabula Muris数据集），包括肠道上皮细胞、肺毛细血管内皮细胞、肠神经元等 | 机器学习 | 溃疡性结肠炎、自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | ICePop（元细胞建模框架） | 单细胞转录组数据 | Tabula Muris数据集（包含多种组织类型） | 未提及 | 单细胞RNA-seq | 未提及 | NA |
| 1725 | 2026-04-25 |
RNA m6A methylation regulates CDH6 to promote epithelial-to-mesenchymal transition in cholangiocytes of biliary atresia
2026-Apr, Journal of pediatric surgery
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.jpedsurg.2025.162492
PMID:40774478
|
research paper | 本研究探讨了RNA m6A甲基化通过调控CDH6促进胆道闭锁胆管细胞上皮-间质转化的机制 | 首次揭示了m6A甲基化通过METTL3/YTHDF2轴调控CDH6表达，进而促进胆道闭锁胆管细胞上皮-间质转化的新机制 | 研究主要基于公开单细胞RNA测序数据集和体外实验，缺乏体内动物模型验证及临床样本的大规模验证 | 探究m6A修饰在胆道闭锁胆管细胞上皮-间质转化中的参与作用及其机制 | 胆道闭锁患者的胆管细胞 | machine learning | 胆道闭锁 | 单细胞RNA测序, RNA-seq, RNA免疫沉淀 | NA | 单细胞RNA测序数据, RNA-seq数据 | 公开单细胞RNA测序数据集HRA003163 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1726 | 2026-04-25 |
Mapping the zygote-to-adult developmental cell phylogeny in Arabidopsis thaliana reveals a three-cell rule of branching
2026-Apr, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-026-02264-1
PMID:41975122
|
研究论文 | 通过开发e-SMALT系统整合单细胞RNA测序，绘制拟南芥从合子到成体的发育细胞系统发育树，揭示三分枝规则 | 首次在高等植物中实现从合子到成体的全发育追踪，发现每个枝条起源于三个创始细胞的三细胞规则，并通过单细胞转录组解析三层胚层起源 | 当前仅分析两个个体，且barcode序列长度与突变率的依赖性可能限制更复杂组织的解析能力 | 阐明多细胞生物从单细胞合子到成体组织的发育细胞谱系及其分支规则 | 拟南芥（Arabidopsis thaliana）的枝条、花和果实组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、细胞谱系追踪 | 系统发育树重建 | 单细胞转录组数据、突变条形码数据 | 两株3月龄拟南芥个体，数千个细胞来自多个枝条分支 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组建库方法 |
| 1727 | 2026-04-25 |
A Novel CRYBB2 Splicing Mutation Is Associated With Lens Extracellular Matrix Remodeling and Vascular Alterations in Congenital Cataract
2026-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.4.36
PMID:41989229
|
研究论文 | 该研究在一个先天性白内障家系中发现CRYBB2基因的新剪接突变，并通过体内外实验揭示该突变导致晶状体细胞外基质重塑和血管异常 | 首次发现CRYBB2剪接突变与晶状体血管相互作用异常相关，并通过单细胞转录组分析揭示了晶状体对邻近血管的非细胞自主性影响 | 研究主要基于家系样本和斑马鱼模型，人类样本数量有限，且血管表型的分子机制尚需进一步验证 | 鉴定先天性白内障的遗传病因并阐明CRYBB2剪接突变对晶状体发育及相关眼部表型的影响 | 一个常染色体显性遗传先天性白内障大家系中的患者及斑马鱼模型 | 数字病理学 | 先天性白内障 | 全外显子测序，Sanger测序，RNA测序，定量逆转录PCR，单细胞RNA测序，免疫染色，细胞粘附实验，斑马鱼晶状体结构检测，血管成像 | NA | DNA序列数据，RNA测序数据，图像数据（免疫荧光、血管成像） | 一个先天性白内障家系中的多名成员及斑马鱼胚胎（具体数量未明确） | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序在斑马鱼48小时受精卵阶段进行 |
| 1728 | 2026-04-25 |
High ALG1 Expression Is Correlated With Poor Prognosis and the Immune Microenvironment in Glioma
2026-Apr, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71142
PMID:42002825
|
研究论文 | 本研究探讨ALG1在胶质瘤中的表达及其临床意义，发现ALG1高表达与不良预后和免疫微环境改变相关 | 首次系统揭示ALG1在胶质瘤中的过表达及其通过促进细胞迁移、调控上皮间充质转化和改变免疫抑制微环境促进肿瘤恶性的机制 | 未提及具体局限性 | 探究ALG1在胶质瘤中的表达模式、预后价值及其与免疫微环境的关系 | ALG1基因在胶质瘤中的表达和功能 | 机器学习 | 胶质瘤 | RNA-seq, RT-qPCR, Western blotting, 免疫组化/免疫荧光, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 临床样本数据 | TCGA和CGGA数据库中的胶质瘤样本，以及临床样本 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | TCGA和CGGA数据库来源的转录组测序数据，具体平台细节未明确 |
| 1729 | 2026-04-25 |
M6A demethylase ALKBH5 mediated Igfbp4 mRNA m6A modification drives fibroblast activation and pathological upper airway fibrosis
2026-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70656
PMID:42015658
|
研究论文 | 发现M6A去甲基化酶ALKBH5通过介导Igfbp4 mRNA的m6A修饰驱动成纤维细胞活化和上气道病理性纤维化 | 首次阐明ALKBH5-IGFBP4调控轴在喉气管狭窄中驱动成纤维细胞活化和气道纤维化的作用机制 | NA | 探究ALKBH5在喉气管狭窄中对成纤维细胞活化和纤维化的作用及其分子机制 | 喉气管狭窄大鼠模型及成纤维细胞 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序, RNA测序, MeRIP测序, RNA免疫沉淀定量PCR, 双荧光素酶报告实验 | NA | 基因表达数据 | 喉气管狭窄大鼠模型及体外细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序, 标准RNA测序, MeRIP测序 | NA | NA |
| 1730 | 2026-04-25 |
Cellular stress-induced eccrine gland dysfunction as a potential mechanism in acquired idiopathic generalized anhidrosis
2026-Apr-01, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2026.03.022
PMID:41933877
|
研究论文 | 通过组织学和单细胞RNA测序分析，探究获得性特发性全身性无汗症（AIGA）的发病机制及糖皮质激素脉冲疗法的治疗作用 | 首次发现未折叠蛋白反应相关的细胞应激导致外泌腺功能障碍是AIGA的潜在发病机制，并阐明糖皮质激素脉冲疗法通过减轻细胞应激而非仅靠免疫抑制发挥作用 | 样本量较小，仅对少数病例进行详细分析；缺乏功能性验证实验 | 阐明获得性特发性全身性无汗症的潜在机制及糖皮质激素脉冲疗法的作用原理 | 获得性特发性全身性无汗症（AIGA）患者的皮肤病变组织 | 数字病理学 | 获得性特发性全身性无汗症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学 | NA | 基因表达数据、组织病理图像 | 多例AIGA患者的皮肤样本，具体数量未说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1731 | 2026-04-25 |
Decoding NK Cell Subset Dysregulation in SARS-CoV-2 Infection: Phenotypic, Functional, and Transcriptomic Insights Into COVID-19 Pathogenesis
2026-Apr, Scandinavian journal of immunology
IF:4.1Q2
DOI:10.1111/sji.70115
PMID:41981866
|
综述 | 综述了SARS-CoV-2感染中NK细胞亚群的表型、功能和转录组学失调及其在COVID-19发病机制中的作用 | 整合多组学和表型方法，全面解析NK细胞亚群失调与疾病严重程度的关联，并提出潜在生物标志物和治疗靶点 | 未提供原始实验数据，可能依赖已有研究的局限性，如样本异质性和技术差异 | 阐明SARS-CoV-2感染中NK细胞亚群的失调机制及其在COVID-19免疫病理学中的作用 | 自然杀伤细胞（NK细胞）亚群 | 数字病理学 | 新型冠状病毒肺炎 | 流式细胞术,单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 1732 | 2026-04-25 |
Cell type-specific inflammatory response of ischemia-reperfusion injury in lung transplantation
2026-Mar-30, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1016/j.ajt.2026.02.007
PMID:41921751
|
综述 | 本文以细胞类型特异性方式综述了肺移植中缺血再灌注损伤的炎症反应机制，重点关注基础研究发现向临床应用的转化 | 首次从细胞类型特异性角度系统梳理肺移植缺血再灌注损伤中多种细胞类型（肺泡巨噬细胞、肺上皮细胞、内皮细胞等）的炎症调控机制，并整合转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序等新技术带来的动态基因表达与代谢变化新见解 | 未明确讨论不同细胞类型间交叉调控网络的复杂性以及现有治疗方法的具体局限性 | 总结肺移植缺血再灌注损伤的细胞特异性炎症机制，促进基础发现向改善移植预后的临床转化 | 肺移植缺血再灌注损伤中的肺泡巨噬细胞、中性粒细胞、单核细胞、淋巴细胞、肺上皮细胞、内皮细胞和免疫抑制细胞 | 数字病理学 | 肺移植缺血再灌注损伤 | 转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序 | 不适用 | 文本 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 1733 | 2026-04-25 |
Comprehensive bioinformatics analysis and experimental validation reveal the role of circadian rhythm-related genes in the crosstalk between osteoporosis and atherosclerosis
2026-Mar-27, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-026-10216-5
PMID:41896290
|
研究论文 | 通过综合分析生物信息学和实验验证，揭示昼夜节律相关基因在骨质疏松与动脉粥样硬化共病中的关键作用 | 首次鉴定出AEBP1作为骨质疏松和动脉粥样硬化共病的关键共享标志基因，并揭示昼夜节律在骨髓基质细胞和血管平滑肌细胞中的调控机制 | 尚需进一步验证AEBP1作为治疗靶点的具体功能机制，且动物模型可能不完全模拟人类疾病复杂性 | 探索骨质疏松和动脉粥样硬化共存的共享标志基因及细胞机制 | 骨质疏松和动脉粥样硬化相关的单细胞RNA测序数据和mRNA表达谱，自然衰老小鼠和腺嘌呤诱导小鼠模型 | 生物信息学 | 骨质疏松, 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序, mRNA表达谱分析 | hdWGCNA, AUCell | 基因表达数据 | 人类骨髓样本（9种细胞系17个亚群）和颈动脉样本（6种细胞系18个亚群），小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1734 | 2026-04-25 |
Scalable nonparametric clustering with unified marker gene selection for single-cell RNA-seq data
2026-Mar-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101329
PMID:41825449
|
研究论文 | 提出一种可扩展的非参数聚类方法NCLUSION，用于单细胞RNA-seq数据的统一标记基因选择与聚类分析 | 利用贝叶斯稀疏先验的非参数无限混合模型，同时实现标记基因识别和聚类，并采用变分推理算法支持百万级细胞规模 | 未明确说明局限性，但可能依赖公开数据集验证，需进一步评估在多样化样本中的泛化能力 | 开发一种无需用户预定义参数的聚类方法，以鲁棒统计方式同时识别标记基因并降低假发现率 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 非参数无限混合模型 | 基因表达数据 | 模拟数据及公开scRNA-seq数据集（未提供具体数量） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1735 | 2026-04-25 |
Interpretable learning of temporal cellular dynamics from single-cell data
2026-Mar-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101342
PMID:41875867
|
研究论文 | 提出NeuroVelo方法，通过结合最优线性投影和非线性神经常微分方程，从静态单细胞转录组数据中重建时间细胞动态 | 将动力学系统理论应用于优化潜在空间，同时确定细胞转变和识别驱动基因表达时间动态的基因相互作用 | 未提及明确局限性 | 从静态单细胞数据中重建时间细胞动态并识别驱动细胞命运的基因调控网络 | 单细胞转录组数据中的细胞动态变化 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 神经常微分方程 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq） | NA | NA |
| 1736 | 2026-04-25 |
Comparative analysis of nuclei isolation methods for brain single-nucleus RNA sequencing
2026-Mar-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101337
PMID:41875869
|
研究论文 | 比较三种不同的细胞核分离方法在脑组织单细胞核RNA测序中的效果 | 首次系统评估不同细胞核分离策略对核完整性和snRNA-seq数据质量的影响，填补了该领域的方法学空白 | 仅针对脑组织进行测试，其他组织类型的适用性尚需验证 | 评估不同细胞核分离方法对snRNA-seq数据质量的影响 | 脑组织中的细胞核 | 数字病理学 | 未指定 | 单细胞核RNA测序 | 未指定 | RNA测序数据 | 未详细说明 | 未指定 | 单细胞核RNA测序 | 未指定 | 未指定 |
| 1737 | 2026-04-25 |
From a Multi-Omics Signature to a Therapeutic Candidate: Computational Prediction and Experimental Validation in Liver Fibrosis
2026-Mar-17, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph19030495
PMID:41901341
|
研究论文 | 通过多组学特征开发肝纤维化进展标志物，并验证候选药物Withaferin A的抗纤维化活性 | 提出了一个跨病因稳健的六基因肝纤维化进展标志物，结合单细胞RNA测序和药物重定位方法发现并验证了Withaferin A的抗纤维化作用 | 研究仅基于公开数据集和动物模型验证，缺乏大样本临床队列的进一步评估 | 开发跨病因的肝纤维化进展预测标志物并发现潜在治疗药物 | 肝纤维化患者样本、小鼠模型及肝星状细胞系LX-2 | 计算机视觉 | 肝纤维化 | RNA-seq， 单细胞RNA测序（scRNA-seq）， 机器学习 | 随机森林， XGBoost， LASSO， Boruta | 基因表达数据， 单细胞转录组数据 | 训练队列368例，外部验证队列4个独立数据集，共涉及数百例样本；动物实验使用CCl4诱导小鼠模型 | Illumina | bulk RNA-seq， 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 1738 | 2026-03-18 |
A cross-scale multimodal framework identifies clinically actionable immunotherapy biomarkers in melanoma through bulk to single-cell and spatial transcriptomics integration
2026-Mar-16, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-026-00919-w
PMID:41840725
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1739 | 2026-04-25 |
Identification of a putative progenitor-like chondrocyte subpopulation in osteoarthritic human cartilage
2026-Mar-14, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-026-04969-8
PMID:41827033
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示骨关节炎软骨中一种疑似祖细胞样软骨细胞亚群 | 首次在骨关节炎软骨中鉴定出一个表达祖细胞相关基因特征的软骨细胞亚群（PLC），并基于伪时间轨迹分析推测其处于分化层次的上游位置 | 功能性验证和空间定位验证仍需进一步开展，当前结论基于转录组推断 | 解析骨关节炎软骨的单细胞转录组图谱并鉴定具有再生潜能的祖细胞样软骨细胞亚群 | 6名终末期骨关节炎患者的膝关节软骨细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6名终末期骨关节炎患者，约14,000个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞RNA测序（10x Chromium平台） |
| 1740 | 2026-04-25 |
Integrated transcriptomics and single-cell analysis identify ITGAX⁺ macrophages as key immunosuppressive factors in the prostate cancer tumor microenvironment
2026-Mar-13, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04737-3
PMID:41824168
|
研究论文 | 整合转录组学和单细胞分析揭示ITGAX+巨噬细胞是前列腺癌肿瘤微环境中的关键免疫抑制因子 | 首次通过整合TCGA转录组数据和单细胞RNA测序，鉴定出ITGAX+巨噬细胞在前列腺癌中作为关键免疫抑制因子，并揭示其与T细胞的抑制性相互作用 | 基于单一TCGA队列，缺乏独立的外部验证；还需要进一步的功能实验验证ITGAX+巨噬细胞的免疫抑制机制 | 识别前列腺癌肿瘤微环境中新的生物标志物，并阐明其免疫调控机制 | 前列腺癌患者肿瘤样本（499例肿瘤和52例正常前列腺样本） | 数字病理学 | 前列腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 499例肿瘤样本和52例正常前列腺样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |