单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 44757 篇文献，本页显示第 1701 - 1720 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1701 | 2026-10-01 |
Identification of Heme Metabolism-Related Biomarkers in Keloids Using Transcriptomic Analysis and Cultured Human Fibroblasts
2026-Sep-29, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/73889
PMID:42813658
|
研究论文 | 该研究通过转录组分析和培养的人成纤维细胞，鉴定了瘢痕疙瘩中与血红素代谢相关的生物标志物，并探讨了FLVCR1在瘢痕疙瘩发病机制中的诊断和治疗潜力 | 首次将瘢痕疙瘩重新定义为代谢-纤维化谱系疾病，发现FLVCR1相关的血红素代谢与免疫改变之间的关联，并通过分子对接鉴定出(+)-没食子儿茶素作为FLVCR1的高亲和力配体 | 生物标志物组合仅显示探索性诊断潜力，(+)-没食子儿茶素作为FLVCR1相互作用化合物需要进一步验证 | 研究血红素代谢（特别是FLVCR1）在瘢痕疙瘩发病机制中的作用，并探索其诊断和治疗潜力 | 瘢痕疙瘩患者样本及培养的人成纤维细胞 | 机器学习 | 瘢痕疙瘩 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO, 随机森林 | 转录组数据（文本/数值） | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1702 | 2026-10-01 |
Eicosanoid niche stratification in psoriatic lesions captures severity-linked inflammatory-regulatory divergence
2026-Sep-28, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112918
PMID:42805447
|
研究论文 | 该研究通过重新分析公开的空间转录组和CITE-seq数据集，揭示了银屑病皮损中类花生酸（eicosanoid）相关炎症-调控轴的组织生态位分层及其与疾病严重程度的关联 | 首次在银屑病皮损中系统性地对类花生酸轴相关生态位进行空间分层，区分了类花生酸非依赖性炎症生态位和类花生酸炎症性生态位，并揭示了其与临床严重程度相关的炎症-调控分歧 | 本研究为公共数据集的二次计算再分析，缺乏实验验证；样本来源和平台异质性可能影响结果可比性；未进行功能性验证实验 | 解析银屑病皮损中类花生酸介导的炎症-调控脂质轴所处的组织环境及其与疾病严重程度的关系 | 银屑病皮损组织及外周血样本 | 空间转录组学 | 银屑病 | 空间转录组学、CITE-seq | NA | 空间转录组数据、单细胞多组学数据 | 两个空间转录组数据集分别包含42和30个样本，一个CITE-seq数据集包含63个样本 | 10x Genomics | 空间转录组学、单细胞多组学 | 10x Visium、CITE-seq | 10x Visium空间转录组平台及CITE-seq单细胞多组学检测 |
| 1703 | 2026-10-01 |
Targeting Macrophage-Mediated Lymphatic Immunosuppression to Prevent Tumor Recurrence After Microwave Ablation
2026-Sep-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.78058
PMID:42806500
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序揭示不完全微波消融后肿瘤引流淋巴结中巨噬细胞介导的免疫抑制机制，并开发白蛋白基脂蛋白纳米系统共递送紫杉醇和CSF1R抑制剂BLZ945以防止肿瘤复发 | 首次揭示不完全微波消融后肿瘤引流淋巴结中Folr2和Apoe巨噬细胞亚群增多及其Csf1r高表达介导的免疫抑制，开发了共载紫杉醇和BLZ945的白蛋白基脂蛋白纳米系统靶向淋巴结和肿瘤免疫抑制微环境 | 未明确提及研究局限性 | 探究微波消融后肿瘤引流淋巴结在免疫调节中的作用，并开发防止消融后肿瘤复发的免疫治疗策略 | 不完全微波消融后的肿瘤引流淋巴结、巨噬细胞、残留肿瘤组织及多种肿瘤模型小鼠 | 数字病理学, 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1704 | 2026-10-01 |
A neutralizing epitope within the VP1 protein of duck hepatitis A virus type 3: From single-cell BCR discovery to in vivo protection
2026-Sep-26, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.154654
PMID:42800522
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA和BCR测序从VP1免疫小鼠中筛选出针对鸭甲肝病毒3型的中和抗体，并鉴定其识别的线性表位，在鸭胚模型中验证了保护效果 | 首次利用高通量单细胞BCR测序技术从VP1免疫小鼠中快速发现针对DHAV-3的中和抗体，并精确鉴定出位于VP1高变区的线性表位DNLTS，首次报道该表位及其关键残基N99和T101 | 仅获得27个功能验证的抗体克隆，最终仅鉴定出3个中和抗体，样本量有限；表位验证主要基于小鼠免疫模型，与自然感染鸭的免疫应答可能存在差异 | 系统解析DHAV-3 VP1蛋白免疫后小鼠B细胞免疫库，快速发现中和抗体并鉴定其识别的表位，评估抗体在鸭胚感染模型中的保护效果 | VP1蛋白免疫的小鼠B细胞及DHAV-3感染的鸭胚 | 免疫学 | 鸭甲肝病毒3型感染 | 单细胞RNA测序, 单细胞BCR测序, 丙氨酸扫描, 同源建模 | NA | 序列数据, 结构数据 | 27个功能验证的抗体克隆，3个中和抗体，鸭胚感染模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞BCR-seq | 10x Chromium | 高通量单细胞RNA测序和BCR测序，对抗原富集的B细胞进行分析 |
| 1705 | 2026-10-01 |
The Role of Angiopoietin-Like Proteins 3 and 4 and Their Target Lipases in CKD: A Drug-Target Mendelian Randomization Study
2026-Sep-22, American journal of kidney diseases : the official journal of the National Kidney Foundation
IF:9.4Q1
DOI:10.1053/j.ajkd.2026.06.015
PMID:42772348
|
研究论文 | 该研究采用药物靶点孟德尔随机化方法和单细胞RNA测序分析，探讨血管生成素样蛋白3和4及其靶标脂肪酶与慢性肾脏病之间的因果关系 | 首次通过药物靶点孟德尔随机化方法系统性地研究ANGPTL3、ANGPTL4及其靶标脂肪酶对慢性肾脏病的因果效应，并结合单细胞RNA测序分析验证了这些基因在肾脏细胞类型和CKD患者中的差异表达 | 孟德尔随机化假设的严格性限制；工具变量非肾脏特异性选择；CKD潜在的错误分类 | 研究ANGPTL3、ANGPTL4及其靶标脂肪酶与人类慢性肾脏病之间的因果关系 | 欧洲、东亚和非洲血统的参与者（来自All of Us、Penn Medicine Biobank和全基因组关联研究），以及Susztaklab肾脏生物库的肾脏样本 | 机器学习 | 慢性肾脏病 | 药物靶点孟德尔随机化，单细胞RNA测序 | 孟德尔随机化模型 | 基因组数据，基因表达数据 | 2,369,738名个体中包括186,388例CKD病例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1706 | 2026-10-01 |
IRF7 Protects Against Severe Influenza A Infection Independently of TLR7 Recognition in Mice
2026-Sep-20, Viruses
DOI:10.3390/v18091042
PMID:42797873
|
研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序和基因敲除小鼠模型，揭示了IRF7不依赖TLR7识别即可保护小鼠免受重症甲型流感感染的机制 | 首次在鼠模型中直接证明IRF7不依赖TLR7识别即可独立保护机体抵抗重症甲型流感，同时发现IRF7和TLR7均为产生最佳抗HA抗体所必需 | 研究仅基于小鼠模型，结论是否适用于人类IAV感染尚需进一步验证 | 探究TLR7及其下游信号介质IRF7在甲型流感病毒感染中的具体作用 | 野生型小鼠、Tlr7缺陷小鼠和Irf7缺陷小鼠（感染鼠适应性IAV毒株PR8） | 机器学习 | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1707 | 2026-10-01 |
spaGFM is a scalable graph foundation model for spatial transcriptomics analyses
2026-Sep-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-11012643/v1
PMID:42779937
|
研究论文 | 该文章提出了spaGFM，一种基于随机游走序列化细胞邻域的可扩展图基础模型，用于空间转录组学分析，并在大规模数据集上预训练以捕获组织空间上下文 | 用增强自监督邻域重建替代经典图消息传递，通过随机游走将细胞邻域序列化为Transformer兼容表示，从而在细胞图上捕获高阶空间上下文并实现图谱级规模扩展 | 未明确提及该研究的局限性 | 建模空间转录组数据中的组织上下文和细胞组织，学习细胞组织及其功能后果 | 来自132个基于图像的空间转录组数据集的4390万个细胞，涵盖多种组织、疾病背景和空间技术 | 空间转录组学 | 肺癌, 前列腺癌, 糖尿病肾病 | 空间转录组学 | 图基础模型, Transformer | 图像, 空间转录组数据 | 4390万个细胞，来自132个基于图像的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | 基于图像的空间转录组技术 |
| 1708 | 2026-10-01 |
Characterization of Resolved, Localized, and Progressing Infections at the Maternal-Fetal Interface in a Nonhuman Primate Model
2026-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.09.15.751503
PMID:42779953
|
研究论文 | 本文利用怀孕猪尾猕猴模型，研究了B族链球菌感染在母胎界面的进展、局限和消退三种结局的宿主基因表达和先天免疫因子变化 | 首次在非人灵长类模型中通过空间转录组学和RNA测序揭示了母胎界面B族链球菌感染不同结局的宿主反应特征，发现消退感染与无菌性羊膜腔内炎症和子宫肌层炎症反应相关 | 样本量较小，仅使用非人灵长类模型，结果向人类临床转化的适用性需进一步验证 | 确定区分母胎界面B族链球菌感染进展与消退的宿主基因表达和先天免疫因子变化 | 怀孕猪尾猕猴（Macaca nemestrina）的母胎界面组织，包括绒毛膜羊膜、蜕膜和子宫肌层 | 转录组学 | 早产 | 总RNA测序, Nanostring nCounter, 空间转录组学, 多重蛋白检测 | NA | RNA表达数据, 蛋白质数据, 空间转录组数据, 组织病理图像 | 共19只怀孕猪尾猕猴：进展性感染5只，低滴度局限性感染6只，消退性感染5只，生理盐水对照3只 | Nanostring | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | Nanostring nCounter, 数字空间分析平台 | Nanostring nCounter用于基因表达分析，数字空间分析用于空间转录组学 |
| 1709 | 2026-10-01 |
Multi-Omics Analysis and Experimental Validation Uncover Neddylation-Associated Biomarkers and Cellular Landscape in Lung Adenocarcinoma
2026-Sep-17, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL52485
PMID:42811976
|
研究论文 | 该研究整合单细胞RNA测序与批量RNA测序数据，结合组织芯片、免疫组化和功能实验，揭示肺腺癌中与neddylation相关的生物标志物及细胞图谱 | 首次系统整合单细胞和批量转录组数据解析肺腺癌中neddylation相关的细胞亚群和调控网络，并通过组织芯片与功能实验验证DNAJB1作为不良预后标志物和潜在治疗靶点 | 单细胞数据来源于公共数据库，样本量有限；功能实验仅在A549和NCI-H1975两种细胞系中进行，缺乏体内动物实验验证 | 探究neddylation在肺腺癌中的生物学功能与调控机制，识别相关生物标志物和细胞图谱 | 肺腺癌患者组织样本及A549、NCI-H1975细胞系 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫组化, 组织芯片 | Seurat, 伪时间轨迹推断, 转录因子调控网络 | 图像, 文本 | GEO单细胞RNA测序数据集和TCGA批量RNA测序数据，具体样本量未在摘要中明确；组织芯片样本及两种细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1710 | 2026-10-01 |
The role of spatial transcriptomics in exploring the tumor microenvironment in neuroblastoma
2026-Sep-15, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2026.118474
PMID:42744278
|
综述 | 本文综述了空间转录组学（ST）技术在神经母细胞瘤肿瘤微环境（TME）研究中的应用，从空间生物学历史基础、单细胞技术应用到ST的未来前景进行了讨论 | 系统阐述了新兴空间转录组学技术如何在保留组织天然空间结构的前提下实现单细胞水平分析，并首次全面探讨其对神经母细胞瘤肿瘤微环境研究的革命性意义 | 早期空间转录组学平台分辨率有限，且现有单细胞技术需要将组织解离为单细胞悬液，牺牲了肿瘤的关键空间组织信息 | 探讨空间转录组学在神经母细胞瘤肿瘤微环境研究中的应用价值与未来前景 | 神经母细胞瘤肿瘤微环境中的肿瘤细胞及免疫和基质细胞 | 空间转录组学 | 神经母细胞瘤 | 空间转录组学，单细胞分析 | NA | 文本 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1711 | 2026-10-01 |
SSMGCN: Multi-View Graph Clustering with Shared-Specific Information Modelling for Spatially Resolved Transcriptomics
2026-Sep-15, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3733661
PMID:42743021
|
研究论文 | 该文章提出了一种基于共享-特异信息建模的多视图图聚类网络SSMGCN，用于空间转录组数据的空间域识别 | 设计了共享-特异信息解耦自编码器框架，结合零膨胀负二项解码器和结构解码器，并采用学生t分布聚类进行自训练 | 摘要中未明确提及 | 有效整合空间和转录信息以识别空间域 | 空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 图卷积网络 | 图像和文本 | 多个空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1712 | 2026-10-01 |
Domain Elastic Transform: Bayesian Function Registration for High-Dimensional Scientific Data
2026-Sep-15, IEEE transactions on pattern analysis and machine intelligence
IF:20.8Q1
DOI:10.1109/TPAMI.2026.3733393
PMID:42743026
|
研究论文 | 提出无网格概率框架Domain Elastic Transform (DET)，将高维空间转录组数据视为不规则域上的函数，在广义贝叶斯框架下联合建模几何与功能对齐，实现直接配准而无需体素化或分箱 | 提出首个无网格函数配准框架DET，将域变形建模为弹性运动并由联合空间功能似然引导，支持在采样点上配准并通过位移插值扩展到全数据，完全无监督，可直接配准高维向量值函数而无需分箱 | 在加速PASTE2变体的标签传递ARI指标上未取得最优；在无跨阶段真值的MOSTA可行性研究中仅改善部分指标，缺乏全面基准验证 | 解决空间转录组等高维科学数据中图像配准与点集配准二分法造成的瓶颈，实现高维功能信号在稀疏不规则域上的直接非刚性配准 | MERFISH小鼠脑切片、Stereo-seq小鼠胚胎图谱空间转录组数据 | 计算生物学、空间转录组学 | NA | 空间转录组学、MERFISH、Stereo-seq | 贝叶斯弹性运动模型、概率函数配准模型 | 空间转录组高维基因表达数据、空间坐标数据 | 90例MERFISH基准测试，以及图谱规模的Stereo-seq小鼠胚胎图谱 | Vizgen, BGI | 空间转录组学、单细胞空间转录组学 | MERFISH, Stereo-seq | MERFISH小鼠脑切片, Stereo-seq小鼠胚胎图谱 |
| 1713 | 2026-10-01 |
Molecular Disambiguation of Heart Rate Control by the Nucleus Ambiguus
2026-Sep-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0398-26.2026
PMID:42736025
|
研究论文 | 该研究通过单细胞转录组学、解剖学示踪和生理学实验，对小鼠疑核（nAmb）神经元进行分子、解剖和功能分类，发现表达特定基因的nAmb神经元亚型特异性支配心脏并控制心率，且在水下潜水时被激活 | 首次结合单核RNA测序、轴突投射映射和化学遗传学刺激，鉴定出以特定基因表达为标志的nAmb神经元亚型，该亚型特异性支配心脏而不支配上气道或食管，并证明其在哺乳动物潜水反射中激活 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类或其他物种中验证；未明确该特定基因的具体身份；样本量未详细说明；未探讨该神经元亚型在疾病状态下的变化 | 解析成年小鼠疑核神经元的分子组织及其对心率的控制机制，特别是区分心脏迷走神经元与其他nAmb神经元 | 成年雄性和雌性小鼠的疑核神经元 | 机器学习, 数字病理学, 神经科学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 解剖学示踪, 化学遗传学, 生理学实验 | NA | 图像, 文本, 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1714 | 2026-10-01 |
Integrated Transcriptomic and Functional Analyses Identify SERPINE1 as a Ferroptosis-Associated Mediator of Glioblastoma Radioresistance
2026-Sep-14, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL53668
PMID:42811984
|
研究论文 | 该研究通过整合转录组学与功能实验分析，鉴定SERPINE1为胶质母细胞瘤放疗抵抗中铁死亡相关的介导因子 | 首次将SERPINE1与铁死亡相关脂质过氧化防御联系起来，揭示其作为胶质母细胞瘤放疗抵抗中介导间充质适应与氧化还原应激调控的关键角色 | 研究主要基于公共数据集分析和两种细胞系的功能验证，缺乏体内动物模型和临床前瞻性验证 | 探究SERPINE1是否通过调控铁死亡相关脂质过氧化参与胶质母细胞瘤放疗抵抗 | 胶质母细胞瘤患者肿瘤样本及U87和U251胶质母细胞瘤细胞系 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | 机器学习特征选择, 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 图像 | TCGA队列93例（56例放疗敏感和37例放疗抵抗）、CGGA-325队列100例、CGGA-693队列193例、CPTAC蛋白质数据、GEO单细胞数据集GSE131928、原发GBM肿瘤199例和正常组织18例、两种细胞系U87和U251 | Illumina, Thermo Fisher | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 1715 | 2026-10-01 |
AMnESTI reverses age-associated lung immune decline to drive heterosubtypic protection by inactivated influenza vaccines
2026-Sep-11, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adz5242
PMID:42726884
|
研究论文 | 该研究开发了一种靶向肺泡上皮细胞的锰复合脂质体AMnESTI，通过激活STING通路逆转衰老相关的肺部免疫衰退，从而增强灭活流感疫苗的异亚型保护效果 | 首次开发了靶向肺泡上皮细胞的STING激动剂递送系统AMnESTI，通过短暂重编程衰老肺部免疫微环境，使老年小鼠对流感疫苗产生完全的异亚型保护 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证AMnESTI的安全性和有效性 | 开发一种黏膜佐剂靶向肺泡上皮细胞，逆转衰老相关的肺部免疫衰退，增强老年人对流感疫苗的异亚型保护 | 老年小鼠和年轻小鼠的肺部免疫系统及流感疫苗接种反应 | 免疫学 | 流感 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1716 | 2026-10-01 |
DMGRN: Enhancing Diffusion Models for Gene Regulatory Network Inference
2026-Sep-10, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3731227
PMID:42721176
|
研究论文 | 提出DMGRN框架，基于改进的去噪扩散概率模型（DDPM）进行基因调控网络推断，结合结构方程模型和基因相似性对齐损失，在BEELINE基准上取得优异性能 | 1. 首次将改进的DDPM应用于GRN推断，通过前向扩散和反向过程结合SEM预测噪声；2. 引入基因相似性对齐损失，在基因水平上鼓励预测噪声与扰动数据之间的相关性一致性，同时捕获细胞级噪声残差和基因级调控共表达模式 | 摘要中未明确提及 | 从单细胞RNA测序数据中准确推断基因调控网络，克服数据高噪声和稀疏性问题 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 去噪扩散概率模型（DDPM）、结构方程模型（SEM） | 基因表达数据 | 28个BEELINE基准数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1717 | 2026-10-01 |
ScGraphTrans: Pathway-Guided Graph Learning and Domain Adaptation for Cell Type Annotation in Single-Cell RNA-seq
2026-Sep-10, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3733126
PMID:42721175
|
研究论文 | 提出scGraphTrans框架，通过通路引导的图学习和域适应改进单细胞RNA测序中的细胞类型注释和细胞间通讯推断 | 首次将功能状态伪标签、图结构学习和图域适应相结合，利用14种癌症相关通路的活性评分作为伪标签细化细胞图，无需配体-受体先验监督即可恢复疾病特异性基因相互作用 | 未明确提及研究限制 | 从非空间单细胞RNA测序数据中推断细胞间相互作用，改进细胞类型注释和通讯推断 | 来自15个个体、三种癌症的38,667个细胞 | 机器学习 | 乳腺癌, 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 38,667个细胞，来自15个个体，涵盖三种癌症 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1718 | 2026-10-01 |
Multi-omics mapping of TIMP1-associated stromal-myeloid remodeling in autoimmune gastritis and gastric cancer
2026-Sep-10, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-026-00736-0
PMID:42806423
|
研究论文 | 通过整合自身免疫性胃炎和胃癌的多组学数据，识别共享差异表达基因，并验证TIMP1在基质-髓系重塑中的关键作用 | 首次整合自身免疫性胃炎和胃癌多组学数据，通过机器学习筛选和PPI网络分析识别共享关键基因，并利用单细胞和空间转录组技术揭示TIMP1在基质-髓系重塑中的空间定位和细胞通讯特征 | 研究为假设生成框架，需要进一步实验验证；TIMP1作为生物标志物的临床实用性尚需前瞻性研究确认；样本来源和队列异质性可能影响结果普遍性 | 探索自身免疫性胃炎相关黏膜重塑与胃癌相关基质-髓系微环境是否共享基质程序，并识别关键调控基因 | 自身免疫性胃炎患者和胃癌患者的组织及血清样本，以及单细胞和空间转录组数据 | 多组学分析 | 胃癌, 自身免疫性胃炎 | bulk RNA-seq, RT-qPCR, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | LASSO, 随机森林, 蛋白质-蛋白质相互作用网络, inferCNV, CellChat | 转录组数据, 血清数据, 图像数据, 文本数据 | 一个自身免疫性胃炎bulk转录组队列，三个胃癌队列，160812个胃癌单细胞，以及血清样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | 10x Chromium, 10x Visium | NA |
| 1719 | 2026-10-01 |
Integrative plasma proteomic network analysis identifies physical activity-associated protein modules potentially mediating type 2 diabetes risk
2026-09-09, Cardiovascular diabetology
IF:8.5Q1
DOI:10.1186/s12933-026-03363-1
PMID:42778924
|
研究论文 | 该研究利用英国生物银行的血浆蛋白质组学数据，通过整合性网络分析识别与中高强度体力活动相关的蛋白质模块，并探究这些模块在介导2型糖尿病风险中的作用 | 首次采用多尺度嵌入基因共表达网络分析（MEGENA）识别血浆蛋白质共表达模块，从系统层面揭示体力活动通过协调蛋白质网络而非单个蛋白质降低2型糖尿病风险的机制 | 研究仅基于英国生物银行队列，可能存在人群特异性；血浆蛋白质组学覆盖范围有限（2910个蛋白质）；观察性设计无法完全排除残余混杂因素 | 识别介导中高强度体力活动与2型糖尿病风险关联的血浆蛋白质模块，并解析其生物学基础 | 28842名无糖尿病的英国生物银行参与者 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 血浆蛋白质组学，全基因组测序，单细胞RNA测序，孟德尔随机化 | MEGENA（多尺度嵌入基因共表达网络分析） | 数值数据，文本数据 | 28842名参与者，其中1225名在随访期间发展为2型糖尿病 | NA | 血浆蛋白质组学，全基因组测序，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1720 | 2026-10-01 |
Graph-Attentional Deep Sparse Subspace Clustering for Single-Cell Transcriptomics
2026-Sep-07, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3731206
PMID:42704804
|
research paper | 提出了一种名为scGADSSC的图注意力深度稀疏子空间聚类端到端框架，用于单细胞转录组数据的细胞类型聚类 | 创新性地将图注意力学习与子空间自表示相结合，实现联合优化和相互增强；结合去噪自编码器和图注意力自编码器，端到端完成聚类任务 | 未明确说明方法在大规模数据集上的可扩展性以及计算复杂度方面的限制 | 解决单细胞测序数据中高噪声和高维度特征给聚类任务带来的挑战，实现准确的细胞类型识别 | 单细胞转录组测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 图注意力自编码器, 去噪自编码器, 子空间聚类 | 基因表达矩阵 | 15个生物学数据集 | NA | NA | NA | NA |