单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1701	2024-11-27	A single-cell analysis of thymopoiesis and thymic iNKT cell development in pigs 2022-07-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111050 PMID:35793622	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了猪胸腺中的胸腺生成和iNKT细胞发育	揭示了猪胸腺细胞与人类胸腺细胞的保守特征和物种特异性差异，并描述了几种具有先天效应功能的非传统T细胞类型	NA	研究猪免疫系统的特征，以改善猪的健康并利用猪作为临床前模型	猪胸腺中的胸腺生成和iNKT细胞发育	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	超过11,000个分化中的不变自然杀伤T (iNKT) 细胞
1702	2024-11-26	Identification of Nfel1a and Nfel3 as novel regulators for zebrafish thrombopoiesis 2025-Feb, Blood cells, molecules & diseases DOI:10.1016/j.bcmd.2024.102897 PMID:39413675	研究论文	研究揭示了Nfe2I1a和Nfe2l3作为斑马鱼血栓生成的新调控因子	发现Nfe2I1a和Nfe2l3是斑马鱼血栓生成的新型转录因子，并证明了它们在血栓生成中的正调控作用	NA	探讨斑马鱼血栓生成过程中Nfe2相关基因的作用	斑马鱼的血栓生成和Nfe2相关基因	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
1703	2024-11-26	Unraveling immune cell heterogeneity in autoimmune arthritis: insights from single-cell RNA sequencing 2024-Dec, Immunological medicine IF:2.7Q2 DOI:10.1080/25785826.2024.2388343 PMID:39120105	综述	本文综述了单细胞RNA测序在自身免疫性关节炎（包括类风湿性关节炎和脊柱关节炎）发病机制和临床应用中的关键发现和进展	单细胞RNA测序揭示了炎症部位成纤维细胞和免疫细胞亚群的异质性，提供了对疾病机制和治疗反应差异的见解	成本和样本量限制是当前面临的挑战，但合作努力和利用公共数据库有望克服这些障碍	探讨单细胞RNA测序在自身免疫性关节炎中的应用，揭示细胞异质性并推动精准医学	类风湿性关节炎和脊柱关节炎中的成纤维细胞和免疫细胞亚群	数字病理学	关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本量未在摘要中提及
1704	2024-11-26	Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing reveals sphingolipid metabolism and immune landscape in clear cell renal cell carcinoma 2024-Dec, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24319 PMID:39230203	研究论文	本研究利用批量和单细胞RNA测序数据，全面分析了透明细胞肾细胞癌中的鞘脂代谢和免疫微环境	开发了一种风险评分模型，用于增强透明细胞肾细胞癌患者的预后预测	依赖于公共来源的观察数据，主要关注RNA测序数据，未涵盖蛋白质表达、翻译后修饰和全面代谢谱等关键方面	揭示透明细胞肾细胞癌中鞘脂代谢和肿瘤微环境的复杂性	透明细胞肾细胞癌样本	数字病理学	肾细胞癌	RNA测序	风险评分模型	RNA数据	来自公共数据库的透明细胞肾细胞癌样本
1705	2024-11-26	Ischemia-reperfusion responses in human lung transplants at the single-cell resolution 2024-Dec, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2024.08.019 PMID:39197591	研究论文	研究了人类肺移植中缺血-再灌注反应在单细胞分辨率下的表现	首次在单细胞分辨率下分析了人类肺移植中的缺血-再灌注反应，揭示了不同细胞类型的炎症反应差异	样本量较小，仅包括6例肺移植病例	加速肺移植中肺损伤治疗的发展	人类肺移植中的缺血-再灌注反应	数字病理学	肺移植	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6例肺移植病例的供体肺活检样本
1706	2024-11-26	The contribution of the sphingosine 1-phosphate signaling pathway to chronic kidney diseases: recent findings and new perspectives 2024-Dec, Pflugers Archiv : European journal of physiology DOI:10.1007/s00424-024-03029-5 PMID:39384640	综述	本文深入分析了鞘氨醇-1-磷酸（S1P）信号通路在慢性肾脏疾病（CKD）发病机制和肾纤维化中的关键作用	强调了S1P信号通路作为CKD治疗策略的潜在靶点，并探讨了新兴技术如空间转录组学在S1P研究中的应用	NA	探讨S1P信号通路在慢性肾脏疾病中的作用及其作为治疗靶点的潜力	S1P信号通路在不同类型慢性肾脏疾病中的作用，包括糖尿病肾病、狼疮性肾炎、局灶节段性肾小球硬化、法布里病和IgA肾病	NA	慢性肾脏疾病	空间转录组学	NA	NA	NA
1707	2024-11-26	Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease 2024-Nov-25, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877241299119 PMID:39584353	研究论文	研究阿尔茨海默病早期模型中背侧中缝核基因表达的空间差异	首次在阿尔茨海默病早期模型中使用Visium空间基因表达平台分析背侧中缝核的转录组变化，并发现长非编码RNA Map2k3os在tau病理中的潜在调节作用	需要进一步的验证和数据整合以克服大规模空间转录组技术的局限性	识别与5-HT神经元对阿尔茨海默病病理的易感性或抗性相关的潜在遗传成分	背侧中缝核的基因表达和tau病理	数字病理	阿尔茨海默病	Visium空间基因表达平台	NA	基因表达数据	人源tau过表达小鼠模型
1708	2024-11-26	RETRACTION: Prognostic Value and Potential Mechanism of Cellular Senescence and Tumor Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma: Insights From Bulk Transcriptomics and Single-Cell Sequencing Analysis 2024-Nov-25, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24453 PMID:39584580	correction	该文章因同行评审过程被破坏而被撤回	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1709	2024-11-26	CRISPR-based genetic screens in human pluripotent stem cells derived neurons and brain organoids 2024-Nov-25, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-024-03934-2 PMID:39585363	综述	本文总结了基于CRISPR的基因筛选技术在人多能干细胞衍生的神经元和脑类器官中的应用	结合CRISPR基因筛选和单细胞RNA测序，揭示了人类神经细胞中受遗传变异影响的下游基因和细胞通路，为神经发育障碍的病理机制提供了新见解	尽管CRISPR基因筛选技术具有巨大潜力，但仍面临挑战，如技术复杂性和数据解释的困难	探讨CRISPR基因筛选技术在神经系统疾病研究和潜在治疗策略开发中的应用	人多能干细胞衍生的神经元和脑类器官	基因组学	神经发育障碍	CRISPR基因筛选技术	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1710	2024-11-26	High CD44 expression and enhanced E-selectin binding identified as biomarkers of chemoresistant leukemic cells in human T-ALL 2024-Nov-24, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02473-7 PMID:39580584	研究论文	研究识别了CD44高表达和E-选择素增强结合作为化疗耐药白血病细胞的生物标志物	通过单细胞RNA测序揭示了化疗耐药白血病细胞的特征，并发现了CD44表达与E-选择素结合的关联	NA	研究T-ALL中化疗耐药机制，并寻找新的治疗选项	T-ALL中的化疗耐药白血病细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	39个T-ALL样本
1711	2024-11-26	Upregulation of CD244 promotes CD8+ T cell exhaustion in patients with alveolar echinococcosis and a murine model 2024-Nov-23, Parasites & vectors IF:3.0Q1 DOI:10.1186/s13071-024-06573-2 PMID:39578914	研究论文	研究CD244在肺吸虫病患者和鼠模型中促进CD8+ T细胞耗竭的作用	首次揭示了CD244在介导CD8+ T细胞耗竭中的作用，并探讨了其在肺吸虫病恶性进展中的机制	研究主要基于体外和体内模型，缺乏对人类患者的长期随访数据	探讨CD244在肺吸虫病患者中促进CD8+ T细胞耗竭的作用及其机制	肺吸虫病患者的CD8+ T细胞和鼠模型	免疫学	寄生虫病	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术	NA	RNA序列、图像	肺吸虫病患者的肝组织样本和CD244缺陷小鼠
1712	2024-11-26	Single-cell sequencing reveals PTX3 involvement in ovarian cancer metastasis 2024-Nov-23, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-024-01558-2 PMID:39580424	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化技术，揭示了PTX3在卵巢癌腹膜转移中的作用及其机制	首次证实PTX3在卵巢癌转移病灶中的表达高于原发病灶，并发现PTX3通过激活EMT和NF-κB信号通路促进卵巢癌细胞的转移能力	NA	探讨PTX3在卵巢癌腹膜转移中的作用及其分子机制	卵巢癌细胞、PTX3表达及其功能	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、共免疫沉淀	NA	RNA	NA
1713	2024-11-26	Single-cell analysis uncovers liver susceptibility to pancreatic cancer metastasis via myeloid cell characterization 2024-Nov-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01566-0 PMID:39578286	研究论文	通过单细胞RNA测序分析胰腺癌肝转移的肿瘤免疫微环境特征	发现了与胰腺癌肝转移相关的特定巨噬细胞亚群Mph_SPP1，并揭示了其在调节血管生成和肿瘤侵袭中的作用	研究仅限于单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证	探究胰腺癌肝转移的肿瘤免疫微环境特征	胰腺癌和结直肠癌的肝转移样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括胰腺癌肝转移、结直肠癌肝转移、原发性胰腺癌、原发性结直肠癌以及外周血单核细胞和邻近正常胰腺组织样本
1714	2024-11-26	Immunotherapy that improves response to chemotherapy in high-grade serous ovarian cancer 2024-Nov-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54295-x PMID:39578450	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了高级别浆液性卵巢癌中的肿瘤浸润免疫细胞，发现了一些可以增强新辅助化疗反应的潜在靶点	本文首次在高级别浆液性卵巢癌中发现新辅助化疗诱导的stabilin-1和FOXP3表达上调，并通过体外实验和动物模型验证了这些靶点的有效性	本文主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床试验中验证这些靶点的效果	研究如何通过免疫疗法增强高级别浆液性卵巢癌患者对化疗的反应	高级别浆液性卵巢癌中的肿瘤浸润免疫细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	64,097个细胞样本和69,781个细胞样本分别来自患者和同基因小鼠模型
1715	2024-11-26	Lenalidomide-induced pure red cell aplasia is associated with elevated expression of MHC-I molecules on erythrocytes 2024-Nov-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54571-w PMID:39578482	研究论文	研究揭示了来那度胺诱导的纯红细胞再生障碍与红细胞上MHC-I分子高表达的关联	首次揭示了来那度胺治疗后红细胞上MHC-I分子异常高表达与纯红细胞再生障碍的关系	研究仅基于单一病例，需要更多病例验证	探讨来那度胺治疗后纯红细胞再生障碍的机制	多发性骨髓瘤患者及其红细胞和T细胞	NA	多发性骨髓瘤	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	单一病例
1716	2024-11-26	VGAE-CCI: variational graph autoencoder-based construction of 3D spatial cell-cell communication network 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae619 PMID:39581873	研究论文	提出了一种基于变分图自编码器的深度学习框架VGAE-CCI，用于构建三维空间细胞间通信网络	该方法能够识别跨多层组织的细胞间通信，并适用于具有缺失或部分不完整数据的空间转录组数据	未提及	解决空间转录组数据中的不完整性和系统偏差问题，以及跨多层组织的细胞间通信分析	细胞间通信网络	生物信息学	NA	空间转录组测序 (ST-seq)	变分图自编码器 (VGAE)	空间转录组数据	六个数据集
1717	2024-11-26	BioDSNN: a dual-stream neural network with hybrid biological knowledge integration for multi-gene perturbation response prediction 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae617 PMID:39584702	研究论文	本文提出了一种双流神经网络架构BioDSNN，用于预测多基因扰动响应	结合生成模型和生物知识网络，实现了对单细胞RNA-seq数据的双模态深度理解	NA	研究基因扰动对细胞的影响，并提出一种新的计算模型来预测未见过的基因扰动组合	单细胞RNA-seq数据和基因扰动响应	机器学习	NA	生成模型、图网络、掩码变换器	双流神经网络	基因数据	NA
1718	2024-11-26	ETV2 transcriptionally activates Rig1 gene expression and promotes reprogramming of the endothelial lineage 2024-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78115-w PMID:39562637	研究论文	研究探讨了ETV2转录因子通过激活Rig1基因表达促进成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制	首次揭示了ETV2通过直接激活Rig1基因表达来促进成纤维细胞向内皮细胞的重编程	研究主要集中在体外实验，缺乏体内验证	揭示ETV2介导的成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制	ETV2转录因子和Rig1基因在成纤维细胞重编程中的作用	NA	心血管疾病	ChIP-seq、电泳迁移率变动分析、转录分析	NA	RNA-seq	使用了携带可诱导ETV2表达系统的鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）
1719	2024-11-26	Tissue factor pathway inhibitor 2 (TFPI2) is a potential serum biomarker for clear cell renal carcinoma 2024-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80248-x PMID:39562727	研究论文	研究评估了组织因子途径抑制剂2（TFPI2）作为透明细胞肾细胞癌（RCC）的潜在血清生物标志物的有效性	TFPI2作为透明细胞肾细胞癌的潜在血清生物标志物，提供了改进检测和预后评估的途径	NA	评估TFPI2作为透明细胞肾细胞癌的生物标志物的有效性	透明细胞肾细胞癌患者的血清样本和健康志愿者的血清样本	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	血清	肾细胞癌患者和健康志愿者的血清样本
1720	2024-11-26	Sample multiplexing for retinal single-cell RNA sequencing 2024-Nov-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111250 PMID:39569377	研究论文	本文介绍了一种用于视网膜单细胞RNA测序的样本多重化方法	本文提出了一种样本多重化方法，通过使用胆固醇修饰的寡核苷酸对每个样本进行唯一序列条形码标记，从而在生物信息学上解析样本来源	本文未详细讨论该方法在其他细胞类型或物种中的适用性	研究目的是开发一种能够在单细胞RNA测序中解析样本来源的方法	研究对象是视网膜神经节细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	小鼠视网膜样本