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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1701 | 2026-04-25 |
MMP9 in macrophages: A pivotal biomarker associated with immune dysregulation in interstitial cystitis/bladder pain syndrome
2026-Apr-24, Urologia
DOI:10.1177/03915603261440236
PMID:42028601
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,揭示MMP9在巨噬细胞中作为间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征的关键生物标志物,并与免疫失调相关 | 首次通过整合单细胞与批量转录组数据,明确MMP9在IC/BPS巨噬细胞中高表达并增强吞噬活性,筛选出潜在的靶向药物 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量有限、缺乏功能验证实验等 | 探索间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征中关键的免疫靶点和生物标志物 | IC/BPS患者来源的单细胞和批量RNA测序数据 | 机器学习 | 间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 二元分类机器学习模型(14种算法) | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量(涉及GSE164557等数据集) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1702 | 2026-04-25 |
Distinct fibrosis-associated macrophage subsets coordinate iron metabolism in pulmonary fibrosis
2026-Apr-24, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxag017
PMID:42028853
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析间质性肺病患者的支气管肺泡灌洗液,发现与纤维化相关的巨噬细胞亚群通过协调铁代谢促进肺纤维化进展 | 鉴定了SPP1和APOE表达的共同存在的巨噬细胞群体,并进一步细分为SLC40A1+和HAMP+两个亚群,揭示了它们通过铁代谢调控成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的新机制 | 研究基于样本量有限的临床数据,体外机制验证可能需更深入的动物模型在体验证 | 阐明肺纤维化中巨噬细胞与成纤维细胞相互作用的分子机制 | 间质性肺疾病患者的支气管肺泡灌洗液细胞及肺组织 | 单细胞组学 | 间质性肺疾病、特发性肺纤维化、进行性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、转录组分析、组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据、组织切片图像 | 间质性肺疾病患者的支气管肺泡灌洗液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒进行单细胞RNA测序 |
| 1703 | 2026-04-25 |
NMB+ CXCL13+ CD4+ T cells -derived neuromedin-B promotes neuropeptide S receptor 1 positive malignant cells senescence and malignancy
2026-Apr-24, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-1081
PMID:42029557
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据和实验验证,发现NMB+ CXCL13+ CD4+ T细胞通过NMB-NPSR1轴促进结直肠癌肝转移中肿瘤细胞的衰老-恶性转化 | 首次鉴定出促转移的NMB⁺CXCL13⁺CD4⁺ T细胞亚群,并揭示其通过NMB-NPSR1轴调控肿瘤细胞“衰老-恶性转变”的新机制 | 作为概念验证研究,需在更大样本和临床环境中进一步验证NPSR1抑制剂SHA68联合抗PD1的疗效 | 阐明CXCL13+ CD4+ T细胞亚群在结直肠癌肝转移中的功能异质性及其调控肿瘤转移的机制 | NMB+ CXCL13+ CD4+ T细胞和NPSR1+ 恶性细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 结直肠癌临床样本及泛癌数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3' 测序平台 |
| 1704 | 2026-04-25 |
Fibrotic differentiation profile of skeletal and cardiac muscle fibroadipogenic progenitors in D2-mdx mouse
2026-Apr-24, Journal of neuromuscular diseases
IF:3.2Q2
DOI:10.1177/22143602261441956
PMID:42029670
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研究论文 | 通过双报告基因小鼠模型研究D2-mdx小鼠骨骼肌和心肌纤维脂肪生成祖细胞的纤维化分化特征 | 首次利用双报告基因小鼠(PRURD2)揭示纤维脂肪生成祖细胞(FAPs)在杜氏肌营养不良症(DMD)中纤维化的动态和谱系分化机制,并通过单细胞RNA测序鉴定出与纤维化相关的CD55簇 | 文章未提供具体局限性信息,可能涉及小鼠模型与人类DMD的差异或样本量等问题 | 探究DMD中肌肉纤维化的病理机制,特别是FAPs的动态变化和谱系分化 | D2-mdx小鼠的骨骼肌(膈肌和胫骨前肌)和心肌组织 | 数字病理学 | 杜氏肌营养不良症 | 单细胞RNA测序、流式细胞术(FACS)、组织学分析 | NA | 基因表达数据 | 12月龄PRURD2和对照PRURDBA小鼠的心肌、膈肌和胫骨前肌样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序用于FAPs亚群分析 |
| 1705 | 2026-04-25 |
Perspectives on human adipose tissue: from cellular mechanisms to clinical complications
2026-Apr-24, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-026-06735-0
PMID:42029708
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综述 | 基于2025年Camillo Golgi奖讲座,综述了人类白色脂肪组织从细胞机制到临床并发症的研究进展,重点阐述了脂肪细胞更新、脂质周转、脂肪记忆和细胞异质性在肥胖相关疾病中的作用 | 利用碳定年与临床研究揭示了脂肪细胞持续更新及脂质周转受损导致体重增加与胰岛素抵抗的机制;发现肥胖诱导的持续性转录和结构改变即'脂肪记忆'解释了减重维持困难;通过空间转录组学鉴定出人类WAT中至少三种主要脂肪细胞状态,其胰岛素反应性和脂质处理能力存在差异 | 主要基于作者及其合作者的研究成果,可能未全面涵盖该领域所有重要工作;综述性质限制了对具体机制的深度实验验证 | 重新定义人类白色脂肪组织作为心血管代谢疾病的主动驱动者,并突出靶向脂肪细胞可塑性和免疫-代谢相互作用的治疗策略 | 人类白色脂肪组织 | 机器学习 | 肥胖, 2型糖尿病, 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1706 | 2026-04-25 |
Macrophage signaling associates with fibrogenic program activation in periductal fibroblasts in pediatric primary sclerosing cholangitis
2026-Apr-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.199226
PMID:42024458
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研究论文 | 该研究通过整合空间转录组学、RNA测序和蛋白质组学,揭示了儿童原发性硬化性胆管炎(PSC)中巨噬细胞信号与导管周围成纤维细胞纤维化程序激活的关联 | 首次采用多组学方法(空间转录组、RNA-seq和蛋白质组学)全面描绘PSC纤维化导管区域的细胞间通讯,并鉴定出巨噬细胞亚群与肝星状细胞之间涉及17个纤维化驱动基因和6个效应基因的潜在相互作用 | 文中未明确提及该研究的具体局限性 | 阐明儿童原发性硬化性胆管炎中驱动导管周围纤维化的细胞间相互作用机制 | 儿童原发性硬化性胆管炎(PSC)患者的肝脏组织样本 | 数字化病理学 | 肝胆疾病 | 空间转录组学, RNA-seq, 蛋白质组学, 免疫荧光, 二次谐波成像 | NA | 组织切片图像, 转录组数据, 蛋白质组数据 | 包括PSC患者(早发性和已形成纤维化阶段)和健康对照者的肝脏活检样本,具体样本量文中未明确给出 | NA | 空间转录组学, 批量RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 1707 | 2026-04-25 |
Mechanical load inhibits cancer growth in mouse and human hearts
2026-Apr-23, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.ads9412
PMID:42024763
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research paper | 研究了机械负荷如何抑制小鼠和人类心脏中的癌症生长,揭示了机械力通过影响表观遗传机制保护心脏的机制 | 首次揭示了机械负荷通过减少组蛋白甲基化和染色质压缩来抑制心肌中癌细胞增殖的机制,并识别Nesprin-2为关键机械传感器 | NA | 探究机械负荷在心脏抗癌症中的作用及其分子机制 | 小鼠心脏和人类心脏转移瘤样本 | NA | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类心脏转移瘤样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1708 | 2026-04-25 |
Targeting PTDSS1 to modulate GSH synthesis triggers mitophagy and induces ferroptosis in esophageal squamous cell carcinoma cells
2026-Apr-23, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08702-4
PMID:42026035
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析,发现PTDSS1高表达恶性上皮亚群具有铁死亡和线粒体自噬抗性,揭示了PTDSS1通过调节GSH合成和线粒体自噬促进食管鳞癌细胞存活的机制 | 首次阐明PTDSS1通过调控GSH合成和线粒体自噬保护食管鳞癌细胞免于死亡的分子机制,包括TRIM21与SLC3A2相互作用及MFN2转位等新发现 | NA | 探究PTDSS1在食管鳞癌中的调控机制和治疗潜力 | 食管鳞癌细胞 | 癌症生物学 | 食管鳞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1709 | 2026-04-25 |
Charting the transition from in vitro gliogenesis to the in vivo maturation of human glial progenitor cells transplanted into the hypomyelinated mouse brain
2026-Apr-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71803-3
PMID:42026046
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和CUT&TAG技术,追踪人多能干细胞来源的胶质祖细胞在体外生成和体内分化过程中的分子特征 | 首次结合scRNA-seq、scATAC-seq和CUT&TAG技术,系统描绘了人胶质祖细胞从体外生成到体内成熟的全过程分子图谱,并揭示了宿主环境通过激活不同的基因调控网络促进细胞命运决定的机制 | 仅使用小鼠模型(shiverer小鼠),可能无法完全模拟人脑微环境;未评估移植细胞的长期功能整合和安全性 | 阐明人胶质祖细胞从体外生成到体内分化为星形胶质细胞和少突胶质细胞的分子调控机制 | 人多能干细胞来源的胶质祖细胞及其在体外和体内(小鼠脑内)的分化产物 | 数字病理学 | 髓鞘发育不良性疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq, CUT&TAG | NA | 单细胞基因表达数据,染色质可及性数据,组蛋白修饰数据 | 未明确提及具体样本数量,涉及体外培养细胞和移植后小鼠脑组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序平台 |
| 1710 | 2026-04-25 |
Mapping glioblastoma's isoform diversity using long-read single-cell analysis
2026-Apr-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72258-2
PMID:42026049
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研究论文 | 利用长读单细胞RNA测序技术构建胶质母细胞瘤的异构体图谱,揭示肿瘤特异性异构体及其作为潜在新抗原和治疗靶点的价值 | 首次应用单细胞长读RNA测序构建胶质母细胞瘤的异构体分辨率图谱,鉴定出大量未被注释的肿瘤特异性异构体,并提出基于肿瘤限制性异构体的双特异性靶向治疗策略 | 未提及具体的局限性,但可能包括样本量有限、长读测序技术成本高、验证实验不足等 | 解析胶质母细胞瘤中RNA剪接异构体的多样性及其在肿瘤异质性和治疗耐药中的作用 | 胶质母细胞瘤患者肿瘤组织中的细胞群体 | 生物信息学, 癌症基因组学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞长读RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 来自7名胶质母细胞瘤患者的肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞长读RNA测序 |
| 1711 | 2026-04-25 |
Multiomics immune profiling of a patient-relevant orthotopic lung cancer model using SEPARATE-Seq
2026-Apr-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72247-5
PMID:42026061
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研究论文 | 利用SEPARATE-Seq技术对与患者相关的原位肺癌模型进行多组学免疫分析 | 开发了一种可注射的原位肺腺癌模型,结合SEPARATE-Seq和空间转录组学,实现了血管内和血管外免疫细胞的分离及空间定位分析 | 未提及 | 建立更贴近人类肺癌患者的临床前小鼠模型,并利用多组学方法全面解析其肿瘤免疫微环境 | 原位肺腺癌小鼠模型中的肿瘤及非肿瘤相邻组织中的免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | SEPARATE-Seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 小鼠模型,具体样本数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1712 | 2026-04-25 |
Oocyte-specific acylglycerol kinase loss leads to infertility in mice via mitochondrial dysfunction
2026-Apr-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10073-7
PMID:42026151
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研究论文 | 通过卵母细胞特异性敲除AGK的小鼠模型,揭示AGK缺失导致线粒体功能障碍,进而引起不孕 | 首次在卵母细胞中揭示AGK通过维持线粒体功能调控卵泡发育及卵母细胞成熟,并识别AGK为女性不孕的潜在诊断标志物和治疗靶点 | 未在人类卵母细胞中验证AGK功能,且机制探索主要依赖转录组和代谢组学,缺乏更直接的蛋白互作或信号通路验证 | 探究AGK在卵母细胞发育及卵巢功能中的作用,并为女性不孕提供潜在生物标志物和治疗靶点 | 卵母细胞特异性敲除Agk的小鼠 | 机器学习 | 女性不孕 | 单细胞RNA测序、空间代谢组学 | NA | 基因表达数据、代谢物数据 | 卵母细胞特异性Agk敲除小鼠样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间代谢组学 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序使用10x Chromium平台,空间代谢组学未指定具体产品 |
| 1713 | 2026-04-25 |
Geometry-aware graph attention networks to explain single-cell chromatin states and gene expression with SEAGALL
2026-Apr-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04066-2
PMID:42026624
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研究论文 | 提出SEAGALL深度学习方法,基于几何正则化自编码器和可解释图注意力网络,量化分子特征对细胞表型的影响 | 首次将几何正则化自编码器与可解释图注意力网络结合,用于揭示驱动细胞身份的分子特征,超越传统差异标志基因分析 | 未提及具体局限性 | 解释单细胞染色质状态和基因表达,量化分子特征对细胞表型的影响 | 单细胞测序数据中的细胞身份和分子特征 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 几何正则化自编码器,可解释图注意力网络 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1714 | 2026-04-25 |
Trajectory-guided dimensionality reduction for multi-sample single-cell RNA-seq data reveals biologically relevant sample-level heterogeneity
2026-Apr-22, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag192
PMID:42024616
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研究论文 | 提出一种名为MUSTARD的轨迹引导降维方法,用于多样本单细胞RNA-seq数据,以揭示具有生物学意义的样本异质性 | 创新性地将伪时间信息整合到降维过程中,同时捕获沿伪时间轨迹和跨多个样本的主要基因表达变异模式,实现无监督的样本异质性发现 | 尚未明确讨论方法在高度复杂或大规模数据集上的计算效率及参数敏感性 | 开发适用于多条件单细胞RNA-seq数据的轨迹引导降维方法,以发现样本异质性及其相关基因标记 | 多条件单细胞RNA-seq数据中的生物样本 | 机器学习 | 新冠肺炎、结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个新冠肺炎数据集和一个结核病数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1715 | 2026-04-25 |
Immune modulation promotes heart regeneration through macrophage and Granulin functions in medaka
2026-Apr-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2524705123
PMID:41980096
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research paper | 本研究通过bulk和单细胞转录组学结合功能实验,探究免疫调节如何通过巨噬细胞和颗粒蛋白前体功能加速非再生性的青鳉心脏修复 | 首次揭示免疫调节通过重塑巨噬细胞功能状态以促进心脏再生的机制,并发现巨噬细胞相关的颗粒蛋白前体表达与再生结局的关联 | 研究限于青鳉模型,未在哺乳动物中验证,且未完全明确巨噬细胞亚群特异的再生机制 | 探究免疫调节在促进心脏再生中的作用及其分子机制 | 非再生性的青鳉 | machine learning, 数字病理学 | 心血管疾病 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 杂交链式反应空间分析 | NA | 转录组数据 | 青鳉心脏样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1716 | 2026-04-25 |
Clonal analysis for understanding fate biases in developing embryos
2026-Apr-21, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2026.102475
PMID:42025228
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综述 | 本文综述了利用克隆分析理解发育胚胎中命运偏倚的实验与计算方法 | 强调空间和基于扰动的策略在克隆生物学中的新兴应用 | 未明确提及局限性 | 总结当前用于理解发育胚胎中克隆多样性的前沿实验与计算方法 | 发育胚胎中的多能祖细胞及其命运偏倚 | 机器学习和数字病理学 | NA | 谱系追踪、单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1717 | 2026-04-25 |
Single-cell transcriptomic analysis unveils dysregulated macrophage-podocyte crosstalk in membranous nephropathy
2026-Apr-21, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2026.106958
PMID:42025748
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示膜性肾病中巨噬细胞与足细胞通讯失调的机制 | 首次构建膜性肾病单细胞转录组图谱,发现并验证了致病性巨噬细胞-足细胞轴的双重失衡机制 | 基于小鼠模型,结果是否完全适用于人类膜性肾病需要进一步验证 | 解析膜性肾病中驱动肾损伤的细胞网络机制 | 阳离子牛血清白蛋白诱导的膜性肾病小鼠模型肾细胞 | 数字化病理学 | 膜性肾病 | scRNA-seq, 细胞通讯分析(CellChat) | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠肾组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1718 | 2026-04-25 |
Macrophage heterogeneity governs the balance between fibrosis and tissue protection in systemic sclerosis
2026-Apr-20, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/kfkfod
PMID:42024552
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综述 | 本文综述了巨噬细胞异质性如何超越传统的M1/M2范式,作为连接血管损伤、免疫失调和成纤维细胞介导纤维化的“纤维-免疫轴”的核心调控因子,在系统性硬化症(SSc)及其间质性肺病(SSc-ILD)中发挥作用 | 利用单细胞RNA测序和空间多组学技术,揭示了SSc组织中不同巨噬细胞亚群(如SPP1+、FCGR3A+、TREM2+)的独特角色和功能,并发现“纤维化生态位”中巨噬细胞与成纤维细胞的致病性互作机制,为靶向治疗提供了新视角 | 对时间动态变化和空间信号分辨率的研究仍存在挑战 | 阐明巨噬细胞异质性在系统性硬化症进展中的核心作用,为开发机制导向的治疗策略奠定基础 | 系统性硬化症患者及其间质性肺病中的巨噬细胞亚群 | 机器学习 | 肺病 | 单细胞RNA测序、空间多组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1719 | 2026-04-25 |
Single-cell transcriptomic atlas of shrimp hepatopancreas reveals an endoplasmic reticulum stress-dependent immune response to Vibrio parahaemolyticus infection
2026-Apr-16, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2026.111364
PMID:42000089
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研究论文 | 利用单细胞核测序技术构建了凡纳滨对虾肝胰腺响应副溶血弧菌感染的细胞图谱,揭示了内质网应激依赖性免疫反应 | 首次通过单细胞核测序技术绘制虾类肝胰腺的细胞图谱,并发现内质网应激在甲壳动物抗菌免疫中的关键作用,提示免疫调节机制的进化保守性 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量有限、缺乏功能验证实验以及对免疫反应动态变化的时间分辨率不足 | 探究甲壳动物肝胰腺在细菌感染下的单细胞免疫响应机制 | 凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肝胰腺细胞 | 数字病理学 | 细菌感染 | 单细胞核测序(snRNA-Seq)、Western blot、免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据 | 超过20000个高质量细胞 | NA | 单细胞核RNA测序 | NA | NA |
| 1720 | 2026-04-25 |
Protocol for isolating stromal cells from lymphoid tissue for performing scRNA-seq
2026-Apr-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2026.104501
PMID:41989919
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protocol | 提供从淋巴组织中分离基质细胞以进行单细胞RNA测序的协议 | 专门针对低丰度基质细胞(占比小于2%)的分离和纯化步骤优化 | 未提及 | 建立从淋巴组织中纯化成纤维细胞用于单细胞RNA测序分析的标准化流程 | 淋巴组织中的基质细胞(成纤维细胞) | NA | NA | scRNA-seq | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |