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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1661 | 2024-08-07 |
Recommendations on single-cell RNA sequencing of skin xenografts in the study of genetic skin diseases
2024-02, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.15036
PMID:38389155
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1662 | 2026-08-23 |
Digital spatial profiling of segmental outflow regions in trabecular meshwork reveals a role for ADAM15
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0298802
PMID:38394161
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学方法,鉴定小梁网中与高或低流出区域相关的基因,并发现ADAM15在分段流出中的作用 | 首次将数字空间 profiling 技术应用于小梁网分段流出区域,识别出多个可能与分段流出相关的新基因 | 研究基于器官培养前段,可能不能完全代表体内情况,且样本量有限 | 阐明小梁网分段流出相关的分子机制,特别是基因表达差异 | 人眼前段器官培养组织中的小梁网高、低流出区域 | 空间转录组学 | 青光眼(相关) | 空间转录组学 | NA | 组织切片转录组数据 | 器官培养人眼前段样本(具体数量未提供) | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | NanoString GeoMx数字空间 profiling 平台 |
| 1663 | 2026-08-23 |
The use of single-cell RNA-seq to study heterogeneity at varying levels of virus-host interactions
2024-01, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1011898
PMID:38236826
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在研究病毒感染异质性中的应用,覆盖从单个病毒颗粒到个体间免疫反应的各个层面,并讨论了关键实验局限性和分析方法。 | 系统性地阐述了scRNA-seq在病毒感染研究中的多尺度应用,从病毒颗粒到宿主免疫反应,并重点强调了不同尺度下的实验设计和方法学决策。 | 指出了scRNA-seq在病毒感染研究中的实验局限性,如低捕获效率、技术噪音、数据分析复杂性等。 | 总结单细胞RNA测序技术在研究病毒感染异质性中的应用,并为相关研究提供方法论指导。 | 病毒感染过程中的病毒群体和宿主细胞群体。 | 单细胞测序、病毒学 | 病毒感染相关疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据(转录组) | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1664 | 2026-08-23 |
Keystone pathobionts associated with colorectal cancer promote oncogenic reprograming
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0297897
PMID:38363784
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序探究了具核梭杆菌和产肠毒素脆弱拟杆菌对结直肠癌小鼠模型及野生型小鼠上皮和免疫细胞的影响,揭示其促进致癌重编程的机制 | 首次通过单细胞RNA测序在体内模型上比较两种病原体对肠道上皮和免疫微环境的具体作用,发现其诱导癌症干细胞样细胞群并破坏CTL功能 | 主要基于小鼠模型,未在人类样本中验证,且未深入探究其他潜在病原体 | 阐明具核梭杆菌和产肠毒素脆弱拟杆菌在结直肠癌发生中的具体分子机制及其对上皮和免疫细胞的调控 | 野生型小鼠及结直肠癌小鼠模型的肠道组织细胞 | 单细胞转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 无特定模型,应用了小鼠模型(CRC模型) | 单细胞基因表达数据 | 未明确提供小鼠数量,但涉及野生型和CRC模型小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1665 | 2026-08-23 |
BHLHE40 drives protective polyfunctional CD4 T cell differentiation in the female reproductive tract against Chlamydia
2024-01, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1011983
PMID:38271477
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子BHLHE40在女性生殖道抗衣原体感染中对CD4 T细胞分化和多功能反应的调控作用。 | 首次揭示BHLHE40在调控女性生殖道内CD4 T细胞多能性分化中的关键作用,通过单细胞RNA测序和TCR分析发现其缺失导致干细胞样T细胞特征富集,抑制了效应功能的分化。 | 研究主要基于小鼠模型,需进一步在人类样本中验证;机制研究可能未完全阐明BHLHE40调控IL-10和T细胞分化的完整信号通路。 | 探究BHLHE40在抗衣原体感染的女性生殖道中对保护性CD4 T细胞分化和功能的作用。 | 小鼠CD4 T细胞,特别是女性生殖道内的T细胞亚群。 | 免疫学 | 衣原体感染 | 单细胞RNA测序、TCR谱分析 | NA | 单细胞转录组数据、TCR序列数据 | 使用Bhlhe40缺陷小鼠和野生型小鼠,样本数量未明确。 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'和V(D)J解决方案 |
| 1666 | 2026-08-23 |
Single cell RNA sequencing reveals endothelial cell killing and resolution pathways in experimental malaria-associated acute respiratory distress syndrome
2024-01, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1011929
PMID:38236930
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了实验性疟疾相关急性呼吸窘迫综合征中内皮细胞杀伤和消退通路 | 首次利用单细胞RNA测序和MultiNicheNet相互作用分析,详细描述了MA-ARDS消退过程中抗炎通路和内皮细胞增殖的动态变化,为设计辅助治疗提供了新靶点 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类MA-ARDS,且需要进一步探索验证特定的配体-受体相互作用 | 研究疟疾相关急性呼吸窘迫综合征在抗疟治疗后恢复(消退)的机制,特别是内皮细胞的损伤与修复过程 | 感染伯氏疟原虫NK65的C57BL/6小鼠的肺部组织 | 单细胞测序、病理学 | 疟疾相关急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序、微型计算机断层扫描、全身体积描记法 | MultiNicheNet(配体-受体相互作用分析) | 单细胞基因表达数据、影像数据、呼吸功能数据 | 未明确说明具体样本量,涉及感染组和药物处理组小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1667 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the underlying mechanism of folliculotropism in folliculotropic mycosis fungoides
2024-01, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.14992
PMID:38284188
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1668 | 2026-08-23 |
From womb to wellness: early environmental exposures, cord blood DNA methylation and disease origins
2024, Epigenomics
IF:3.0Q2
DOI:10.1080/17501911.2024.2390823
PMID:39263926
|
综述 | 本文综述了胎儿期环境暴露如何通过脐带血DNA甲基化影响个体长期健康,并探讨相关技术挑战与未来研究方向。 | 系统整合了母体营养、吸烟和毒素暴露对脐带血甲基化的影响,并展望单细胞测序等新兴技术及个性化医疗前景。 | 技术挑战包括组织特异性问题、现有甲基化芯片覆盖度有限以及细胞组成变异的混杂因素。 | 阐明产前暴露与脐带血表观基因组相互作用,为疾病预防和早期干预提供依据。 | 胎儿脐带血DNA甲基化及其与母体环境暴露的关联。 | 表观遗传学 | 肥胖、神经发育障碍等 | DNA甲基化分析、单细胞测序 | NA | 甲基化数据、单细胞数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1669 | 2026-08-23 |
Spatial transcriptomics and in situ immune cell profiling of the host ectocervical landscape of HIV infected Kenyan sex working women
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1483346
PMID:39687623
|
研究论文 | 通过空间转录组学和原位免疫细胞分析,揭示HIV感染肯尼亚女性性工作者的宫颈外口免疫微环境变化 | 首次结合空间转录组学和MELC技术,全面刻画慢性HIV感染下宫颈外口的免疫景观,揭示组织特异性的免疫激活和结构改变 | 样本量较小且来自特定人群,可能限制结果的普遍性;未进行功能验证实验 | 研究慢性HIV感染对宫颈外口组织免疫景观的影响,揭示局部免疫激活的机制 | 肯尼亚女性性工作者的宫颈外口组织样本,包括HIV血清阳性和阴性个体 | 空间转录组学 | HIV感染 | 空间转录组学、MELC、基因集富集分析 | NA | 空间转录组数据、原位蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本量,但为肯尼亚女性性工作者宫颈外口组织样本 | NA | 空间转录组学、MELC | NA | NA |
| 1670 | 2026-08-23 |
A new perspective on macrophage-targeted drug research: the potential of KDELR2 in bladder cancer immunotherapy
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1485109
PMID:39691708
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和临床数据,构建膀胱癌RNA转录组图谱,发现KDELR2在膀胱癌免疫治疗中的潜在作用 | 首次揭示KDELR2在膀胱癌中促进细胞增殖、侵袭和迁移,并与巨噬细胞浸润及免疫治疗反应相关 | 研究主要基于体外实验,缺乏体内验证和临床样本的大规模验证 | 探究膀胱癌的分子靶点,特别是KDELR2在免疫治疗中的潜力 | 膀胱癌细胞系及临床数据 | 基因组学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、临床数据 | 未知 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1671 | 2026-08-23 |
Unique lymphocyte transcriptomic profiles in septic patients with chronic critical illness
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1478471
PMID:39691721
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析脓毒症患者慢性危重症(CCI)的外周血淋巴细胞转录组,发现T细胞和NK细胞存在耗竭和免疫抑制特征。 | 首次在单细胞水平揭示CCI患者淋巴细胞亚群的独特转录组特征,特别是CD8+ TEM细胞和NK细胞的耗竭状态,并提出急性期IFN-γ产生减少作为早期预测指标。 | 样本量较小,尤其是急性期患者数量有限,可能限制统计效力;功能验证在独立队列中进行,但未进行机制探讨。 | 阐明脓毒症后慢性危重症患者外周血淋巴细胞的转录组特征及其与临床轨迹的关系。 | 脓毒症患者(急性期、快速恢复、CCI)和健康对照者的外周血淋巴细胞。 | 单细胞转录组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序、ELISpot、细胞因子分析、T细胞增殖试验 | NA | 单细胞转录组数据、功能实验数据 | scRNA-seq:健康12例、急性脓毒症4例、快速恢复4例、CCI 5例;功能验证:健康19例、急性脓毒症68例、快速恢复27例、CCI 20例 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 1672 | 2026-08-23 |
Transcription factor NFYa controls cardiomyocyte metabolism and proliferation during mouse fetal heart development
2023-12-18, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.012
PMID:37972593
|
研究论文 | 本研究探讨转录因子NFYa在小鼠胎儿心脏发育过程中调控心肌细胞代谢与增殖的机制 | 首次揭示NFYa与辅因子SP2相互作用,在转录水平激活连接代谢与增殖的基因,从而调控产前心脏生长,并发现一种此前未被认识的心脏代谢转录控制机制 | 具体限制信息未在标题和摘要中提供 | 阐明NFYa在小鼠心脏发育中对心肌细胞代谢和增殖的调控作用及其机制 | 小鼠胚胎心脏中的心肌细胞 | 转录组学 | NA | 单细胞转录组测序、空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 1673 | 2026-08-23 |
BHLHE40 drives protective polyfunctional CD4 T cell differentiation in the female reproductive tract against Chlamydia
2023-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.02.565369
PMID:37961221
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子BHLHE40在女性生殖道针对衣原体感染的保护性CD4 T细胞分化中的作用,发现其缺陷导致细菌控制能力下降和多功能T细胞减少 | 首次揭示BHLHE40作为驱动女性生殖道中CD4 T细胞分化和多功能反应的关键分子,并通过单细胞RNA测序结合TCR分析发现其调控干细胞样T细胞特征 | 未提及具体局限,摘要中不包含相关信息 | 阐明BHLHE40在女性生殖道针对衣原体感染的T细胞免疫应答中的作用机制 | BHLHE40缺陷小鼠和野生型小鼠的CD4 T细胞 | 免疫学 | 衣原体感染 | 单细胞RNA测序,TCR分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠样本,具体数量未提供 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1674 | 2026-08-23 |
Dissecting the spermatogonial stem cell niche using spatial transcriptomics
2023-07-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112737
PMID:37393620
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研究论文 | 本研究结合空间转录组学、计算分析和功能实验,系统解析了小鼠和人类睾丸中精原干细胞微环境的分子、细胞和空间组成,并揭示了其在健康和疾病状态下的作用 | 首次利用空间转录组学全面绘制小鼠和人类睾丸中配体-受体相互作用图谱,并识别出多效蛋白和肝配蛋白-A1作为新的微环境因子,同时揭示了糖尿病引起的睾丸损伤中炎症相关配体-受体相互作用的空间重分布机制 | 摘要未提及具体局限性 | 系统解析精原干细胞微环境的分子、细胞和空间组成,并探究其在健康和疾病中的作用 | 小鼠和人类睾丸中的精原干细胞及其微环境 | 空间转录组学 | 糖尿病相关睾丸损伤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1675 | 2026-08-23 |
Keystone pathobionts associated with colorectal cancer promote oncogenic reprograming
2023-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.03.535410
PMID:37066368
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究具核梭杆菌和产肠毒素脆弱拟杆菌对结直肠癌小鼠模型及野生型小鼠肠道上皮和免疫的影响,揭示其促进肿瘤发生的机制 | 首次利用单细胞RNA测序解析Fn和ETBF在CRC小鼠模型中对肠上皮细胞亚群及T细胞的具体影响,发现它们可诱导癌症干细胞样瞬时扩增细胞和成熟肠上皮细胞,并破坏CTL细胞毒功能 | 研究基于小鼠模型,可能不完全代表人类CRC微环境的复杂性;未对相关免疫细胞进行全面分析;未涉及人类样本验证 | 阐明Fn和ETBF在结直肠癌发生中通过影响上皮和局部免疫细胞促进肿瘤发生的分子机制 | 肠上皮细胞(特别是瞬时扩增细胞和成熟肠上皮细胞)以及T细胞(包括CTL) | 微生物组, 单细胞转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 小鼠模型(野生型及结直肠癌模型) | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及野生型小鼠和结直肠癌小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1676 | 2026-08-23 |
Endothelial and Leptin Receptor+ cells promote the maintenance of stem cells and hematopoiesis in early postnatal murine bone marrow
2023-03-13, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.02.003
PMID:36868235
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序,分析了出生后不同时间点小鼠骨髓基质细胞的变化,揭示了LepR细胞和内皮细胞在早期出生后骨髓中维持造血干细胞和造血功能的关键作用 | 首次系统描绘了早期出生后骨髓微环境中LepR细胞和内皮细胞的动态变化及其在造血调控中的具体功能,发现内皮细胞通过膜结合型SCF维持造血干细胞,而LepR/Prx1基质细胞通过SCF支持髓系和红系祖细胞 | 研究基于小鼠模型,未在人类样本中验证;具体分子机制和信号通路尚未完全阐明 | 阐明早期出生后骨髓微环境中LepR细胞和内皮细胞对造血干细胞和造血的维持作用 | 小鼠骨髓基质细胞,包括LepR细胞和内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 单细胞转录组数据 | 出生后4天、14天和8周的小鼠骨髓基质细胞 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 1677 | 2026-08-23 |
Mesenchymal cell replacement corrects thymic hypoplasia in murine models of 22q11.2 deletion syndrome
2022-11-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI160101
PMID:36136514
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型探索22q11.2缺失综合征中胸腺发育不全的分子机制,发现间充质细胞异常是主因,并可通过正常间充质细胞替代或抑制胶原交联来纠正。 | 首次揭示间充质细胞而非上皮或造血细胞是22q11.2DS胸腺发育不全的关键,并通过单细胞RNA测序明确差异主要存在于间充质亚群,且提出通过替代间充质或抑制胶原交联的治疗策略。 | 研究基于小鼠模型,其与人类22q11.2DS的差异可能限制直接转化;未深入探讨间充质细胞异常的上下游分子机制;未进行长期功能验证。 | 阐明22q11.2缺失综合征导致胸腺发育不全的分子机制,并探索潜在的治疗干预方法。 | 小鼠胚胎胸腺组织,包括间充质、上皮和造血细胞,以及Tbx1neo2/neo2小鼠模型。 | 发育生物学、分子生物学 | 22q11.2缺失综合征、胸腺发育不全、唐氏综合征样免疫缺陷 | 单细胞RNA测序、器官培养、集落形成实验、胶原染色 | 小鼠基因敲除模型(Tbx1neo2/neo2) | 单细胞转录组数据、组织学图像、生长测量数据 | 小鼠胚胎胸腺,具体数量未在标题和摘要中说明。 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 1678 | 2026-08-23 |
Integration of Multiple, Diverse Methods to Identify Biologically Significant Marker Genes
2022-10-15, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2022.167754
PMID:35868363
|
研究论文 | 本研究通过整合多种差异表达分析方法,构建集成策略来识别具有生物学意义的标记基因,以提高单细胞RNA测序数据中细胞类型标记基因的可靠性。 | 提出了一种集成多种差异表达分析方法的技术,该技术能够稳健地识别标记基因,并通过反义mRNA原位杂交和免疫荧光验证其限制性表达,且易于扩展至更多方法。 | 验证结果成本高,且集成方法的效果依赖于所选方法的多样性,可能仍有改进空间。 | 开发一种集成方法,以更可靠地识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型标记基因。 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型标记基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1679 | 2026-08-23 |
Single-cell mapping of regenerative and fibrotic healing responses after musculoskeletal injury
2022-10-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.08.011
PMID:36150381
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序比较了肌肉骨骼损伤后再生、纤维化和异位骨化三种愈合反应,揭示了共同及特异性的分子通路 | 首次在单细胞水平上比较再生(P3截指)与纤维化(P2截指)及创伤性异位骨化模型,发现纤维化组织在转录水平上与异位骨化更相似,而非再生组织 | 摘要未提及具体局限性,可能包括样本量有限、模型仅涉及小鼠等 | 探究肌肉骨骼损伤后再生与纤维化愈合反应的分子机制,以指导未来的伤口再生策略 | 小鼠第三指节(P3)和第二指节(P2)截指模型及创伤性异位骨化组织 | 单细胞测序 | 肌肉骨骼损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未提及具体样本量,涉及P3、P2截指模型及异位骨化组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1680 | 2026-08-23 |
Adipocyte mesenchymal transition contributes to mammary tumor progression
2022-09-13, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111362
PMID:36103820
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研究论文 | 本研究探讨脂肪细胞间质转化在乳腺肿瘤进展中的作用,发现肿瘤浸润脂肪组织中的脂肪细胞去分化成成纤维细胞样前体细胞并促进肿瘤生长 | 首次揭示肿瘤细胞与脂肪细胞的代谢相互作用诱导脂肪细胞间质转化,并证明去分化脂肪细胞转化为多种细胞类型,且干预这一过程可影响肿瘤进展 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究肥胖与癌症关联的机制,特别是脂肪细胞在肿瘤微环境中通过间质转化促进肿瘤进展的机制 | 乳腺肿瘤中的脂肪细胞及其去分化过程 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |