单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 44757 篇文献,本页显示第 1661 - 1680 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1661 2026-10-03
Establishment of a tumor-associated fibroblast associated gene score based on scRNA-seq to predict prognosis in patients with triple-negative breast cancer
2024, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 基于三阴性乳腺癌单细胞测序数据集,建立肿瘤相关成纤维细胞相关基因评分(CAFs Score),用于预测患者预后 首次基于scRNA-seq数据识别TNBC中CAFs相关的四个基因(CERCAM、KLF10、ECM1、HGF),并建立CAFs Score预后模型,同时揭示其与免疫浸润、免疫检查点、EMT、干性评分及吉西他滨药物敏感性的相关性 样本量相对有限,CAFs Score的临床适用性仍需更大规模的前瞻性研究验证,四个基因在TNBC中的具体调控机制(如吉西他滨耐药)尚未通过功能实验深入验证 从肿瘤微环境中肿瘤相关成纤维细胞的角度解读TNBC的异质性,建立CAFs相关基因评分以预测TNBC患者预后,为个体化治疗提供帮助 三阴性乳腺癌(TNBC)患者及其肿瘤微环境中的肿瘤相关成纤维细胞(CAFs) 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qRT-PCR、Western Blot、免疫组化 相关性一致性聚类分析、Seurat分析 单细胞转录组数据、基因表达数据、文本 GSE118389 TNBC单细胞测序数据集、TCGA数据库、GSE103091数据集、GSE128099数据集 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、bulk RNA-seq NA NA
1662 2026-10-03
Applying causal discovery to single-cell analyses using CausalCell
2023-05-02, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本文报道了一个用于单细胞因果发现的流程和平台 CausalCell,通过对四类因果发现方法进行基准测试,并在多个 scRNA-seq 数据集上验证,为单细胞因果推断提供了实践指南 开发了 CausalCell 平台和工作流程,首次系统性地对四类因果发现方法在单细胞数据上进行基准测试,并发现基于约束的 PC 算法配合基于核的条件独立性检验在大多数情况下表现最佳 不同情况需要不同的因果发现方法,尚无一种方法适用于所有场景,且评估和选择因果发现方法以及开发和执行适当的工作流程仍存在挑战 将因果发现应用于单细胞分析,推断单细胞中的因果相互作用,为研究分子相互作用和基因调控提供线索 单细胞 RNA 测序数据中的基因和分子对象 机器学习 NA 单细胞 RNA 测序 基于约束的 PC 算法、基于核的条件独立性检验 文本 多个单细胞 RNA 测序数据集 NA 单细胞 RNA 测序 CausalCell CausalCell 是一个用于执行单细胞因果发现的流程和平台,基于四类因果发现方法的基准测试开发
1663 2026-10-03
Nonnegative spatial factorization applied to spatial genomics
2023-02, Nature methods IF:36.1Q1
研究论文 本文提出了非负空间因子分解(NSF)模型,一种基于变换高斯过程的概率降维方法,用于空间转录组数据分析,并在小鼠脑和肝脏数据集上验证了其性能。 NSF 是一种空间感知的概率降维模型,基于变换高斯过程,自然鼓励稀疏性,可扩展到数万个观测值。此外,还提出了混合扩展,结合空间和非空间成分,量化观测和特征的空间重要性。 摘要中未明确提及限制。 开发一种空间感知的降维方法,用于分析空间基因组学数据,特别是空间转录组数据。 空间转录组数据,来自小鼠脑和肝脏。 机器学习 NA 空间转录组学 非负空间因子分解(NSF),基于变换高斯过程 计数数据,空间转录组数据 三个空间转录组数据集(来自小鼠脑和肝脏) NA 空间转录组学 NA NA
1664 2026-10-03
High-frequency and functional mitochondrial DNA mutations at the single-cell level
2023-01-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 该研究开发了一种成本效益高的单细胞线粒体DNA靶向测序方法scSTAMP,并应用于一位76岁女性的B淋巴细胞和单核细胞,揭示了单细胞水平上高频且功能相关的线粒体DNA突变 开发了scSTAMP方法,一种通过多重探针靶向扩增进行单细胞测序的成本效益高的线粒体DNA靶向测序方案,并首次在单细胞水平上大规模评估了衰老过程中线粒体DNA突变的功能意义 研究仅基于一位76岁女性的样本,样本量有限,未涉及不同年龄段或疾病状态的比较,且未验证预测的高致病性突变的功能影响 探究单细胞水平上线粒体DNA突变的模式及其与衰老相关的致病效应 76岁女性的B淋巴细胞和单核细胞 机器学习 老年疾病 单细胞线粒体DNA靶向测序 NA 文本 768个B淋巴细胞和768个单核细胞,其中632个B淋巴细胞和617个单核细胞具有中等线粒体DNA覆盖度超过100× NA 单细胞DNA测序 NA scSTAMP(通过多重探针靶向扩增的单细胞测序)
1665 2026-10-03
Identification of prognostic biomarkers in papillary renal cell carcinoma and PTTG1 may serve as a biomarker for predicting immunotherapy response
2022-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1
研究论文 该研究通过生物信息学分析鉴定乳头状肾细胞癌的预后生物标志物,并发现PTTG1可作为预测免疫治疗反应的标志物 首次发现PTTG1在乳头状肾细胞癌中与肿瘤微环境中的淋巴细胞、免疫调节因子和趋化因子显著相关,并通过单细胞RNA测序揭示PTTG1与T细胞增殖密切相关,同时在FUSCC队列中验证了PTTG1作为免疫检查点阻断反应预测标志物的潜力 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,样本量有限,PTTG1作为免疫治疗反应预测标志物的机制尚未完全阐明,需要更大规模的前瞻性临床队列验证 鉴定乳头状肾细胞癌中潜在的预后和治疗生物标志物 乳头状肾细胞癌患者及其肿瘤组织样本 机器学习, 数字病理学 肾癌 微阵列芯片, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 NA 基因表达数据, 图像, 文本 两个来自GEO数据库的微阵列数据集,TCGA队列数据,FUSCC队列样本 NA 单细胞RNA-seq, 微阵列 NA NA
1666 2026-10-03
Vemurafenib acts as a molecular on-off switch governing systemic inflammation in Langerhans cell histiocytosis
2022-02-08, Blood advances IF:7.4Q1
研究论文 本文通过一例接受维莫非尼联合挽救性化疗的朗格汉斯细胞组织细胞增生症患者的全面分析,揭示了维莫非尼作为分子开关可逆性抑制系统性炎症的作用机制 首次发现维莫非尼治疗期间外周血BRAFV600E水平与临床表现无关,但维莫非尼可快速、有效且可逆地抑制系统性炎症的临床表现,且血清炎症细胞因子水平精确反映维莫非尼给药情况;通过单细胞转录组分析揭示RAF抑制可消除IL1B和CXCL8等炎症因子的表达,并发现BRAFV600E突变存在于多种造血细胞类型中 研究仅基于单例患者的分析,样本量有限,需要更大规模的队列研究来验证结论 全面分析维莫非尼联合挽救性化疗治疗朗格汉斯细胞组织细胞增生症的疗效及作用机制 一例接受维莫非尼联合挽救性化疗的朗格汉斯细胞组织细胞增生症患者 数字病理学 朗格汉斯细胞组织细胞增生症 单细胞转录组测序,基因分型分析 NA 文本,图像 1例患者的治疗前及治疗期间外周血和骨髓样本 NA 单细胞RNA测序,基因分型 NA NA
1667 2026-10-03
Sex-Stratified Single-Cell RNA-Seq Analysis Identifies Sex-Specific and Cell Type-Specific Transcriptional Responses in Alzheimer's Disease Across Two Brain Regions
2022-Jan, Molecular neurobiology IF:4.6Q1
研究论文 利用两个公开的单细胞RNA测序数据集,对阿尔茨海默病患者和对照的 prefrontal 和 entorhinal cortex 样本进行性别分层分析,揭示性别特异性和细胞类型特异性的转录反应 首次在单细胞水平上对两个脑区进行性别分层的差异基因表达和通路网络富集分析,发现阿尔茨海默病中性别差异主要体现在前额叶皮层的胶质细胞,且在内嗅皮层中相同基因和网络在男女之间表现出相反方向的扰动 仅基于两个公开数据集,样本量有限,未涉及其他脑区或验证实验,可能无法完全代表所有人群 探究阿尔茨海默病中性别特异性和细胞类型特异性的转录组变化,为开发针对不同性别的有效疗法提供依据 人类前额叶皮层和内嗅皮层的单细胞 数字病理学, 机器学习 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序 NA 文本, 图像 近74,000个细胞,来自两个公开的单细胞RNA测序数据集的人类前额叶和内嗅皮层样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1668 2026-10-03
Identification of HSC/MPP expansion units in fetal liver by single-cell spatiotemporal transcriptomics
2022-01, Cell research IF:28.1Q1
研究论文 构建小鼠胎肝的时空转录组图谱,揭示HSC/MPP扩增单元及其调控机制 首次鉴定出HSC/MPP“口袋样”单元(HSC PLUS),发现巨噬细胞富集11倍,并验证MDK、PTN和IGFBP5的支持作用 主要基于小鼠模型,人类胎肝HSC/MPP转录组特征存在差异,需进一步验证 理解胎肝中HSC/MPP扩增的细胞和分子机制 小鼠胎肝中的造血干细胞和多能祖细胞(HSC/MPP)及其微环境细胞 单细胞时空转录组学 血液恶性肿瘤 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA 转录组数据、空间转录组数据 未明确提及具体样本数量 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
1669 2026-10-03
An Overview of Algorithms and Associated Applications for Single Cell RNA-Seq Data Imputation
2021-Dec-30, Current genomics IF:1.8Q3
综述 本文综述了单细胞RNA测序数据插补的可用算法、工作流及相关软件,旨在为进行单细胞RNA-Seq数据分析的科研社区提供目录 系统性地汇编了单细胞RNA-Seq数据插补的算法、工作流和软件,为相关研究提供了全面的参考目录 未提及具体的实验验证或比较分析,可能缺乏对算法性能的定量评估 总结和分类单细胞RNA-Seq数据插补的算法、工作流和软件,以帮助科研人员选择合适的方法 单细胞RNA-Seq数据插补算法、工作流和软件 机器学习 NA 单细胞RNA测序 深度学习 文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1670 2026-10-03
Statistical tests for intra-tumour clonal co-occurrence and exclusivity
2021-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 该文章开发了一种名为GeneAccord的新型统计检验框架,用于识别同一肿瘤不同亚克隆中改变的基因对,这些基因对在患者队列中呈现克隆性共现或克隆性互斥 提出了GeneAccord统计检验框架,首次系统性地考虑克隆间的进化依赖关系以控制假阳性率,从而识别具有克隆性共现或互斥的基因对 在123例急性髓系白血病患者中仅发现1个克隆性共现基因对和8个克隆性互斥基因对,发现的基因对数量较少,可能受样本量或统计功效限制 开发统计检验方法识别肿瘤内克隆性共现或互斥的基因对,以揭示克隆间相互作用对肿瘤进化的影响 123例急性髓系白血病患者的单细胞测序数据 机器学习 白血病 单细胞测序 NA 基因突变数据 123例急性髓系白血病患者 NA 单细胞DNA测序 NA NA
1671 2026-10-03
Group-2 Innate Lymphoid Cells Promote HCC Progression Through CXCL2-Neutrophil-Induced Immunosuppression
2021-11, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 该研究揭示了肝细胞癌中ILC2细胞通过CXCL2-中性粒细胞轴促进免疫抑制和肿瘤进展的机制 首次发现肝细胞癌中富集的ILC2细胞亚群丧失KLRG1表达,通过分泌CXCL2和CXCL8招募中性粒细胞形成免疫抑制微环境,促进肿瘤进展 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床样本量及人类HCC中ILC2细胞的详细分子机制仍需进一步验证 探究肝细胞癌来源的ILC2细胞在肿瘤进展中的作用及其机制 肝细胞癌患者样本、小鼠HCC模型、ILC2细胞 肿瘤免疫学 肝癌 流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱流式细胞术 NA 单细胞转录组数据、流式细胞数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1672 2026-10-03
Glial cell diversity and methamphetamine-induced neuroinflammation in human cerebral organoids
2021-04, Molecular psychiatry IF:9.6Q1
研究论文 利用人脑类器官和单细胞RNA测序研究甲基苯丙胺暴露对胎儿脑发育的影响,揭示神经炎症机制 首次在人类脑类器官中结合单细胞RNA测序研究产前甲基苯丙胺暴露对胶质细胞多样性和神经炎症的影响 未明确说明,但可能受限于体外类器官模型的局限性 探究甲基苯丙胺诱导神经发育缺陷的分子机制及神经炎症反应 人脑类器官(来自胚胎干细胞),包括未处理和METH处理组 机器学习 神经发育障碍 单细胞RNA测序 NA 文本 20,758个细胞(来自8个未处理和6个METH处理的脑类器官) NA 单细胞RNA测序 NA NA
1673 2026-10-03
Potential therapeutic targets in the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma: reversing the protumor effect of tumor-associated macrophages
2021-Feb-17, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1
综述 本文综述了肝细胞癌肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞(TAM)的促肿瘤作用,并探讨了靶向TAM以重塑肿瘤微环境、改善免疫治疗效果的潜在治疗靶点 聚焦于TAM作为细胞相互作用网络中的枢纽节点,提出通过重编程TAM表型来逆转其促肿瘤效应,从而改善肝细胞癌免疫治疗 作为综述,未提供原始实验数据,且未具体讨论靶向TAM的临床转化挑战和耐药机制 探讨肝细胞癌肿瘤微环境中可靶向的治疗靶点,以重塑肿瘤微环境并重编程肿瘤相关巨噬细胞表型,从而提高免疫治疗疗效 肝细胞癌患者的肿瘤微环境,特别是肿瘤相关巨噬细胞 肿瘤免疫学 肝癌 单细胞测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1674 2026-10-03
SiglecF(HI) Marks Late-Stage Neutrophils of the Infarcted Heart: A Single-Cell Transcriptomic Analysis of Neutrophil Diversification
2021-02-16, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析小鼠心肌梗死后中性粒细胞的多样性,发现SiglecF高表达标记梗死心脏晚期中性粒细胞 首次使用单细胞转录组学揭示心肌梗死后中性粒细胞分为5个主要亚群,并发现SiglecF高表达中性粒细胞亚群在梗死后晚期积累,且表达Myc调控基因,与传统嗜酸性粒细胞标记不同 研究仅在小鼠模型中进行,样本时间点限于梗死后1-4天,未涉及人类样本或长期动态 探究心肌梗死后中性粒细胞的多样化和动态变化 小鼠心脏、外周血和骨髓中的中性粒细胞 单细胞转录组学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 超过28000个中性粒细胞转录组 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1675 2026-10-03
High expression of ACE2 and TMPRSS2 and clinical characteristics of COVID-19 in colorectal cancer patients
2021-Jan-21, NPJ precision oncology IF:6.8Q1
研究论文 该研究通过bulk和单细胞RNA-seq数据发现ACE2和TMPRSS2在结直肠肿瘤及正常上皮组织中高表达,并比较了合并与不合并结直肠癌的COVID-19患者的临床特征。 首次结合bulk和单细胞RNA-seq揭示ACE2和TMPRSS2在结直肠肿瘤及正常上皮组织中的高表达,并发现合并结直肠癌的COVID-19患者更易出现淋巴细胞减少、呼吸频率升高和超敏C反应蛋白水平升高。 需要进一步的机制研究来支持本文的发现。 探究ACE2和TMPRSS2在结直肠癌中的表达模式以及结直肠癌合并COVID-19患者的临床特征。 结直肠癌患者、COVID-19患者以及合并结直肠癌的COVID-19患者。 机器学习 肺癌 RNA-seq,单细胞RNA-seq NA 文本,图像 NA NA bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
1676 2026-10-03
Age-determined expression of priming protease TMPRSS2 and localization of SARS-CoV-2 in lung epithelium
2021-01-04, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 该研究结合小鼠肺发育的单细胞RNA测序与小鼠及人肺组织的时间分辨免疫荧光,发现SARS-CoV-2刺突蛋白 priming 蛋白酶TMPRSS2的表达在纤毛细胞和I型肺泡上皮细胞中最高,并随年龄增长而增加,且尸检组织中的SARS-CoV-2 RNA与TMPRSS2高共定位 揭示了TMPRSS2在肺上皮中的细胞类型特异性表达及其随年龄增长的表达变化,并将病毒RNA定位与TMPRSS2表达共定位,提出TMPRSS2发育性调控可能是婴幼儿和儿童相对不易发生重症呼吸道疾病的原因 摘要未明确说明样本量有限、小鼠与人类物种差异、尸检样本代表性或因果关系验证等局限性 探究SARS-CoV-2在肺上皮中的感染细胞谱及其与TMPRSS2表达和年龄的关系,解释儿童相对受保护的可能机制 发育中小鼠肺、小鼠和人肺组织、致命COVID-19病例尸检组织 单细胞转录组学、数字病理学 COVID-19、呼吸道感染 单细胞RNA测序、免疫荧光、病毒RNA检测 NA 图像、文本 摘要未提供具体样本量,涉及发育中小鼠肺、小鼠和人肺组织以及致命COVID-19病例尸检组织 NA single-cell RNA-seq NA NA
1677 2026-10-01
Reduced Occludin expression in aortic endothelial cells mediates endothelial barrier dysfunction in aortic dissection
2027-Jan, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
研究论文 本研究揭示了紧密连接蛋白Occludin在主动脉夹层发病中的关键作用,通过单细胞测序和动物模型证实其下调介导内皮屏障功能障碍 首次发现内皮细胞Occludin下调是主动脉夹层的起始关键因素,并通过基因敲除和过表达小鼠模型证实了因果关系,提出了靶向Occludin保护内皮屏障的治疗新策略 摘要中未明确提及研究局限性 探究紧密连接蛋白Occludin在主动脉夹层早期内皮屏障功能障碍中的作用机制 人升主动脉组织、人及小鼠主动脉夹层组织、人主动脉内皮细胞(HAECs)、内皮特异性Ocln敲除和过表达小鼠模型 心血管疾病 主动脉夹层 单细胞RNA测序, 基因敲除, 腺相关病毒介导过表达, 超声心动图, 伊文思蓝渗出实验, 组织学染色, FITC-葡聚糖通透性检测 内皮特异性Ocln敲除小鼠, AAV介导Ocln过表达小鼠, BAPN诱导主动脉夹层模型 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1678 2026-10-01
Hepatic methionine-cycle dysregulation is associated with immune-inflammatory and fibrogenic remodeling in biliary atresia
2027-Jan, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
研究论文 本研究通过公共转录组和单细胞RNA测序数据分析,结合临床肝组织和动物模型实验,揭示胆道闭锁中肝脏甲硫氨酸循环失调与免疫炎症及纤维化重塑相关,并探讨S-腺苷甲硫氨酸(SAMe)的潜在治疗作用。 首次系统揭示胆道闭锁中肝脏一碳-甲硫氨酸循环-转硫途径的失调,并将其定位至肝细胞和免疫细胞区室;通过体外和动物模型验证SAMe对甲硫氨酸循环代谢物、氧化应激、免疫炎症浸润和早期纤维化重塑的部分改善作用 研究中SAMe仅在体外和动物模型中部分缓解异常,尚未开展临床试验验证其在胆道闭锁患者中的治疗安全性和有效性 探究胆道闭锁中肝脏甲硫氨酸循环的改变及其与免疫炎症和纤维化重塑的关联,并评估SAMe的潜在治疗效应 胆道闭锁患者肝组织样本、胆道闭锁来源肝单核细胞(LMNCs)、恒河猴轮状病毒诱导的胆道闭锁小鼠模型 数字病理学 胆道闭锁 批量转录组测序,单细胞RNA测序,代谢物定量,多重免疫荧光 恒河猴轮状病毒诱导胆道闭锁小鼠模型 转录组数据,单细胞RNA测序数据,图像,文本 公共批量转录组和单细胞RNA测序数据集、临床肝组织样本、胆道闭锁来源LMNCs及恒河猴轮状病毒诱导的胆道闭锁小鼠模型(具体样本量未在摘要中说明) NA 批量RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
1679 2026-10-01
Prdx2 suppresses the erythroid differentiation by modulating the ROS-JNK1 signaling axis
2027-Jan, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了PRDX2通过调控ROS-JNK1信号轴抑制红细胞分化,从而促进红白血病进展的分子机制 首次发现PRDX2在红白血病中显著上调,并阐明其通过ROS-JNK1信号轴调控红细胞分化的新机制,提出PRDX2作为分化治疗的新靶点 研究主要基于细胞系和小鼠模型,缺乏临床患者样本验证;PRDX2调控JNK1的具体分子机制尚未完全阐明 探究PRDX2在红白血病红细胞分化障碍中的作用及其分子机制 F-MuLV诱导的红白血病小鼠骨髓微环境及人红白血病细胞系K562和HEL 单细胞组学 红白血病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 F-MuLV诱导的红白血病小鼠骨髓样本及K562和HEL细胞系 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1680 2026-10-01
MX1 promotes gastric cancer cell migration via inhibiting ANXA2 ubiquitination and degradation
2027-Jan, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
研究论文 该研究揭示MX1通过抑制ANXA2泛素化降解促进胃癌细胞迁移,并可作为预后及紫杉醇疗效预测标志物 首次发现MX1在胃癌中异常上调并通过直接结合ANXA2、抑制NEDD4L/TRIM65介导的ANXA2泛素化降解来促进细胞迁移,提出MX1-ANXA2轴作为胃癌进展的新机制 摘要中未明确说明研究局限性 探究MX1在胃癌中的临床意义及其调控胃癌细胞迁移的分子机制 胃癌组织及胃癌细胞 机器学习 胃癌 NA NA 文本, 图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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