单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1661	2024-11-27	Integration of the bulk transcriptome and single-cell transcriptome reveals efferocytosis features in lung adenocarcinoma prognosis and immunotherapy by combining deep learning 2024-Nov-23, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03571-3 PMID:39580462	研究论文	本研究整合了大量转录组和单细胞转录组数据，通过深度学习揭示了肺腺癌预后和免疫治疗中的吞噬作用特征	开发了一种新的与吞噬作用相关的基因预后特征，能够准确预测肺腺癌患者的生存预后和治疗效果	NA	研究吞噬作用在肺腺癌预后和免疫治疗中的作用	肺腺癌患者及其相关基因和免疫微环境	数字病理学	肺癌	深度学习	NA	转录组数据	涉及TCGA、GEO和CTRP数据库中的多个样本
1662	2024-11-27	Single-cell RNA sequencing reveals immune microenvironment niche transitions during the invasive and metastatic processes of ground-glass nodules and part-solid nodules in lung adenocarcinoma 2024-Nov-23, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02177-7 PMID:39580469	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了肺腺癌中磨玻璃结节和部分实性结节在侵袭和转移过程中的免疫微环境转变	首次揭示了CXCL9+和TREM2+肿瘤相关巨噬细胞在不同阶段的显著富集变化，并发现GGN-LUAD在侵袭阶段表现出更强的免疫反应	样本量较小，仅包括8例GGN-LUAD和7例PSN-LUAD，可能影响结果的普适性	探索肺腺癌不同放射学表型的异质性及其影响肿瘤演变的关联因素	肺腺癌中的磨玻璃结节和部分实性结节	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	8例GGN-LUAD和7例PSN-LUAD，以及4例邻近正常组织
1663	2024-11-27	Single-cell transcriptomics unveils molecular signatures of neuronal vulnerability in a mouse model of prion disease that overlap with Alzheimer's disease 2024-Nov-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54579-2 PMID:39580485	研究论文	利用单细胞转录组学研究了朊病毒感染小鼠模型中神经元的分子特征，揭示了与阿尔茨海默病重叠的神经元脆弱性	首次通过单细胞转录组学技术识别和表征了朊病毒易感神经元亚群，并发现了与阿尔茨海默病相关的脆弱性相关转录本	研究仅限于朊病毒感染的小鼠模型，未涉及其他神经退行性疾病模型	通过单细胞转录组学技术识别和表征朊病毒易感神经元亚群，揭示神经元脆弱性的分子机制	朊病毒感染的小鼠模型中的活神经元	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	朊病毒感染的雌性小鼠的活神经元
1664	2024-11-27	Regulation of disease-associated microglia in the optic nerve by lipoxin B4 and ocular hypertension 2024-Nov-20, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-024-00775-z PMID:39568070	研究论文	研究了脂氧素B4和眼压对视神经中疾病相关小胶质细胞的调控作用	首次揭示了脂氧素B4在视网膜和视神经中对小胶质细胞的调控作用，并发现其在眼压诱导的神经退行性病变中的神经保护机制	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步验证在人类中的适用性	探讨脂氧素B4在眼压诱导的神经退行性病变中对小胶质细胞的调控作用	视网膜和视神经中的小胶质细胞	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序、RNA测序、qPCR、免疫组化	NA	基因表达数据	小鼠眼模型
1665	2024-11-27	TARGET-seq: Linking single-cell transcriptomics of human dopaminergic neurons with their target specificity 2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2410331121 PMID:39541349	研究论文	本文介绍了一种名为TARGET-seq的新方法，用于将人类多巴胺能神经元的单细胞转录组与其目标特异性联系起来	开发了TARGET-seq技术，通过AAV介导的逆行富集转录组来标记投射，从而将多巴胺能神经元的转录组与其在大脑前部的特定目标结构联系起来	NA	探讨不同多巴胺能神经元的分子表达谱与其特定功能或经典分类（如mesolimbic和nigrostriatal）之间的关系	人类多巴胺能神经元的单细胞转录组及其目标特异性	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1666	2024-11-27	Augmenting antitumor efficacy of Th17-derived Th1 cells through IFN-γ-induced type I interferon response network via IRF7 2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412120121 PMID:39541355	研究论文	研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了Th1细胞在肿瘤中的存在及其在肿瘤免疫治疗中的潜在作用	首次通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了Th1细胞在肿瘤中的存在及其在肿瘤免疫治疗中的潜在作用，并探讨了IFN-γ通过IRF7上调I型干扰素反应网络和ECM1表达的机制	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探讨Th1细胞在肿瘤免疫治疗中的作用及其机制	Th1细胞及其在肿瘤免疫治疗中的作用	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1667	2024-11-27	Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data 2024-Nov-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100905 PMID:39561717	研究论文	本文介绍了一种名为ConDecon的聚类无关方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计批量组织中的细胞丰度	ConDecon方法在表型分辨率和功能上相对于基于回归的方法有所改进，能够推断单细胞数据集中每个细胞在批量组织中的存在可能性，并应用于神经退行性微胶质炎症途径在儿童室管膜瘤间充质转化中的作用研究	NA	开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断批量组织中的细胞组成	单细胞RNA测序数据和批量组织数据	生物信息学	儿童室管膜瘤	单细胞RNA测序	ConDecon方法	RNA测序数据	NA
1668	2024-11-27	Non-coding RNAs in oral cancer: Emerging biomarkers and therapeutic frontier 2024-Nov-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40096 PMID:39583806	研究论文	本文探讨了非编码RNA在口腔癌中的潜在诊断和治疗作用	结合空间转录组学和空间代谢组学与单细胞RNA测序，深入研究肿瘤微环境，提高诊断和治疗的精准度	NA	探讨非编码RNA作为口腔癌诊断和治疗工具的潜力	口腔癌及其相关非编码RNA	数字病理学	口腔癌	空间转录组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1669	2024-11-27	Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher 2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.11.566719 PMID:38014231	研究论文	本文介绍了一种名为Decipher的深度生成模型，用于表征偏离正常状态的细胞状态轨迹	Decipher能够联合建模和可视化正常和扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态，揭示共享和破坏的动力学	NA	开发一种有效的计算工具，用于整合跨条件的单细胞基因组数据并表征从正常到异常细胞状态的转变	正常和扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度生成模型	基因表达数据	NA
1670	2024-11-27	A signal-diffusion-based unsupervised contrastive representation learning for spatial transcriptomics analysis 2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae663 PMID:39546378	研究论文	提出了一种基于信号扩散的无监督对比表示学习方法（SDUCL），用于空间转录组学分析	设计了一种信号扩散微环境发现算法，通过模拟生物信号扩散过程，有效捕捉和整合细胞微环境中的交互信息	未提及具体局限性	学习细胞/位点的低维潜在嵌入，以解析组织异质性和分析生物功能	空间转录组学数据，包括正常和肿瘤组织	生物信息学	肿瘤	信号扩散	无监督对比学习	基因表达数据、空间信息、图像数据	涉及多个物种的空间转录组学数据集
1671	2024-11-27	Single-cell transcriptomics unveils skin cell specific antifungal immune responses and IL-1Ra- IL-1R immune evasion strategies of emerging fungal pathogen Candida auris 2024-Nov, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012699 PMID:39536069	研究论文	研究揭示了新兴真菌病原体白色念珠菌在皮肤组织中的细胞特异性抗真菌免疫反应和IL-1Ra-IL-1R免疫逃避策略	首次通过单细胞转录组学揭示了白色念珠菌在皮肤感染中的细胞特异性免疫反应和免疫逃避机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨白色念珠菌在皮肤组织中的免疫反应和免疫逃避机制	白色念珠菌感染的小鼠皮肤组织中的免疫细胞和非免疫细胞	数字病理学	真菌感染	单细胞转录组学	NA	转录组数据	感染白色念珠菌的小鼠皮肤组织中的多个免疫和非免疫细胞
1672	2024-11-27	Multi-site Ultrasound-guided Fine Needle Aspiration to Study Cells and Soluble Factors From Human Lymph Nodes 2024-Nov, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.70063 PMID:39579041	研究论文	本文介绍了使用超声引导下细针穿刺（FNA）技术从人体淋巴结中采集细胞和可溶性因子的方法	首次详细描述了使用超声引导下细针穿刺技术采集淋巴结样本，并介绍了下游分析方法，如多重流式细胞术、单细胞转录组测序和B细胞培养	NA	研究淋巴结在免疫反应中的作用，特别是B细胞生发中心反应	人体淋巴结中的免疫细胞和可溶性因子	NA	NA	超声引导下细针穿刺（FNA）	NA	细胞和可溶性因子	NA
1673	2024-11-27	Identification and analysis of a cell communication prognostic signature for oral squamous cell carcinoma at bulk and single-cell levels 2024-Nov, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70166 PMID:39580787	研究论文	本文通过单细胞和批量测序数据分析，构建了一个新的免疫相关基因预后模型，用于预测口腔鳞状细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	首次整合单细胞和批量测序数据，构建了一个免疫相关基因预后模型，并验证了FCRL4对口腔鳞状细胞癌细胞的影响	需要进一步的临床试验来验证模型的实际应用效果	开发一个能够有效预测口腔鳞状细胞癌患者预后和免疫治疗反应的预后模型	口腔鳞状细胞癌的免疫微环境分析和预后模型构建	数字病理学	口腔癌	单细胞测序、批量测序、WGCNA分析、XGBoost	XGBoost	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
1674	2024-11-27	GnRH-Gonadotropes Interactions Revealed by Pituitary Single-cell Transcriptomics in Zebrafish 2024-Oct-30, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqae151 PMID:39499852	研究论文	通过单细胞转录组学研究斑马鱼垂体细胞中GnRH与促性腺激素细胞的相互作用	揭示了GnRH3基因在斑马鱼垂体中的直接作用及其对促性腺激素细胞的影响	GnRH3与LH促性腺激素细胞通过Gnrhr2相互作用的最终结果仍未知	阐明GnRH3和其他机制在调节斑马鱼垂体促性腺激素细胞中的作用	野生型和Gnrh3基因敲除的成年雌性斑马鱼的垂体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型和Gnrh3基因敲除的成年雌性斑马鱼
1675	2024-11-27	Regulation of Diseases-Associated Microglia in the Optic Nerve by Lipoxin B4 and Ocular Hypertension 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.18.585452 PMID:38562864	研究论文	研究了脂氧素B4和眼压升高对视神经中疾病相关小胶质细胞的调控作用	首次揭示了脂氧素B4在视网膜和视神经中对小胶质细胞的调控作用，并发现其在眼压升高诱导的神经退行性变中的神经保护机制	研究主要集中在小鼠模型上，结果的临床相关性需要进一步验证	探讨脂氧素B4在眼压升高诱导的视神经退行性变中的作用及其对小胶质细胞的调控机制	视网膜和视神经中的小胶质细胞	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序、RNA测序、qPCR、免疫组化	NA	基因表达数据	小鼠眼内注射硅油诱导持续稳定的眼压升高
1676	2024-11-27	Influence of Vitamin D Receptor Signalling and Vitamin D on Colonic Epithelial Cell Fate Decisions in Ulcerative Colitis 2024-Oct-15, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjae074 PMID:38747639	研究论文	研究维生素D受体信号和维生素D对溃疡性结肠炎中结肠上皮细胞命运决定的影响	首次探讨了维生素D-VDR轴在溃疡性结肠炎中的作用机制，并发现其在维持肠道上皮屏障完整性中的重要性	研究仅限于体外实验和患者样本，缺乏长期临床试验验证	探讨维生素D-VDR轴在溃疡性结肠炎中的作用机制	溃疡性结肠炎患者的结肠上皮细胞和健康个体的结肠上皮细胞	NA	溃疡性结肠炎	免疫组织化学、RNA表达阵列、单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9	NA	RNA	溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本
1677	2024-11-27	Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.06.527318 PMID:36798206	研究论文	本文介绍了一种名为ConDecon的聚类无关方法，用于从单细胞RNA-seq数据中估计批量组织中的细胞丰度	ConDecon方法在表型分辨率和功能上相对于基于回归的方法有所改进，并且能够推断连续细胞过程如细胞分化或免疫细胞激活	NA	开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA-seq数据中推断批量组织中的细胞组成	单细胞RNA-seq数据和批量组织数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1678	2024-11-27	Dissecting the Implications of Calumenin in Malignancy and Heterogeneity of the Microenvironment of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Using Multi-Omics Data 2024-Aug, Phenomics (Cham, Switzerland) DOI:10.1007/s43657-024-00169-7 PMID:39583311	研究论文	研究探讨了Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对微环境异质性的影响	首次综合多组学数据和分子生物学实验，揭示了Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的表达与患者病理分级、预后及化疗敏感性的关系	研究主要基于多组学数据和体外实验，缺乏临床试验验证	探讨Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对患者预后和化疗敏感性的影响	透明细胞肾细胞癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	肾癌	多组学数据分析	NA	基因组数据	NA
1679	2024-11-27	A multidimensional analysis reveals distinct immune phenotypes and the composition of immune aggregates in pediatric acute myeloid leukemia 2024-Jul-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.03.03.23286485 PMID:37961528	研究论文	本文对儿童急性髓系白血病（AML）的肿瘤免疫微环境进行了多维分析，揭示了不同的免疫表型和免疫聚集物的组成	首次在儿童AML中发现近三分之一的病例存在免疫浸润的骨髓，并揭示了T细胞网络和B细胞的共定位情况	研究主要集中在骨髓样本上，未涉及其他组织或器官	了解儿童AML骨髓中T细胞和其他微环境细胞的组成、表型和空间组织，为未来的免疫治疗试验提供信息	儿童急性髓系白血病（AML）的骨髓免疫微环境	数字病理学	血液肿瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	儿童AML病例和非白血病对照组
1680	2024-11-27	Accelerated dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing data with fastglmpca 2024-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.23.586420 PMID:38585920	研究论文	本文介绍了一种名为Alternating Poisson Regression (APR)的算法，用于加速单细胞RNA测序数据的降维处理	APR算法在计算效率和内存使用方面优于现有的GLM-PCA算法，并且适用于多核处理器的并行实现	NA	研究如何加速单细胞RNA测序数据的降维处理	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PCA (主成分分析)	RNA-seq数据	两个已发表的单细胞RNA-seq数据集