单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27901 篇文献，本页显示第 16641 - 16660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16641 | 2024-08-05 |
LMD: Multiscale Marker Identification in Single-cell RNA-seq Data
2023-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.12.566780
PMID:38014159
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研究论文 | 介绍了一种新的工具Localized Marker Detector (LMD)，用于识别单细胞RNA-seq数据中的“局部基因” | LMD能在不依赖于聚类或差异表达分析的情况下识别细胞亚型或功能状态的细粒度标记 | 仅在特定数据集中测试，未体现其一般性或在其他数据集中的有效性 | 旨在提升单细胞RNA-seq数据中细胞标记的准确识别 | 聚焦于定量分析与其细胞相似性相关的基因表达 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用了Tabula Muris骨髓数据集中的已知细胞类型标记 |
| 16642 | 2024-08-05 |
Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression
2023-Nov-13, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.11.13.23298409
PMID:38014221
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研究论文 | 本文探讨了从边缘型卵巢肿瘤到低级别浆液性癌的分子演变及其侵袭进展。 | 本研究创新性地结合了空间蛋白质组学和空间转录组学，阐明了肿瘤发生的过程和机制。 | 本研究的局限性在于对特定基因和靶点的药物抑制验证，可能存在样本和环境的特异性。 | 研究从边缘型卵巢肿瘤向低级别浆液性癌转变的分子机制。 | 研究对象为边缘型浆液性肿瘤及其向低级别浆液性癌转变的肿瘤细胞。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间蛋白质组学和空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 16643 | 2024-08-05 |
Development of a Comprehensive Gene Signature Linking Hypoxia, Glycolysis, Lactylation, and Metabolomic Insights in Gastric Cancer through the Integration of Bulk and Single-Cell RNA-Seq Data
2023-Nov-01, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines11112948
PMID:38001949
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研究论文 | 本文建立了一个综合基因特征模型，连接缺氧、糖酵解、乳酸化和代谢组学在胃癌中的作用 | 创新点在于首次结合缺氧、糖酵解和乳酸化相关基因进行生存预测以及医疗反应的评估 | 未明确提及本研究的局限性 | 研究胃癌中缺氧-糖酵解-乳酸化基因的综合模型 | 重点关注胃癌患者的生存、代谢特征、药物敏感性和免疫反应 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA-seq | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 使用了TCGA和GEO数据库中的数据，具体样本数量未提供 |
| 16644 | 2024-08-07 |
A novel missense variant in CDK5RAP2 associated with non-obstructive azoospermia
2023-Nov, Taiwanese journal of obstetrics & gynecology
IF:2.0Q2
DOI:10.1016/j.tjog.2023.03.015
PMID:38008501
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研究论文 | 本研究通过家系外显子测序和生物信息学分析，发现并验证了一个与非阻塞性无精症相关的CDK5RAP2基因的新错义变异 | 报道了一个CDK5RAP2基因的新错义变异，该变异在近亲家系中与男性不育和非阻塞性无精症共分离 | NA | 鉴定可能导致非阻塞性无精症的新单基因突变 | 一个有三个非阻塞性无精症兄弟和一个生育能力正常的兄弟的近亲家系 | NA | 男性不育 | 外显子测序，生物信息学分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因序列，蛋白质模型 | 一个家系中的四个兄弟 |
| 16645 | 2024-08-07 |
Characterization of Canine Peyer's Patches by Multidimensional Analysis: Insights from Immunofluorescence, Flow Cytometry, and Single-Cell RNA Sequencing
2023-Nov-01, ImmunoHorizons
DOI:10.4049/immunohorizons.2300091
PMID:38015460
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研究论文 | 本文通过免疫荧光、流式细胞术和单细胞RNA测序等多维分析方法，对犬类Peyer's patches的结构和功能进行了全面研究 | 首次在犬类中使用单细胞RNA测序技术研究Peyer's patches中的免疫细胞亚群，并生成了特异性针对犬类M细胞的抗体 | NA | 深入理解犬类Peyer's patches的结构和功能，以增强疫苗接种策略并阐明疾病机制 | 犬类Peyer's patches | 免疫学 | NA | 免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 具体样本数量未提及 |
| 16646 | 2024-08-05 |
Pharmacogenomic Analysis of Combined Therapies against Glioblastoma Based on Cell Markers from Single-Cell Sequencing
2023-Oct-30, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph16111533
PMID:38004399
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研究论文 | 本研究旨在通过单细胞RNA测序发现生物标志物，以开发针对胶质母细胞瘤的个性化预防和治疗策略 | 建立了与 pyroptosis 相关基因的 LASSO Cox 回归模型，以准确预测胶质母细胞瘤患者的生存率 | 个性化或预测医学尚处于初步阶段，治疗选项仍然有限 | 探索胶质母细胞瘤的生物标志物，并结合最新技术开发个性化治疗策略 | 胶质母细胞瘤患者的生物标志物和数种天然化合物 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序，系统药理学，药物多靶点疗法 | LASSO Cox回归模型 | 生物标志物表达数据 | NA |
| 16647 | 2024-08-05 |
Machine Learning Analysis of Alzheimer's Disease Single-Cell RNA-Sequencing Data across Cortex and Hippocampus Regions
2023-Oct-28, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb45110544
PMID:37998721
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研究论文 | 该文章探讨了阿尔茨海默病的单细胞RNA测序数据分析 | 通过机器学习方法整合大规模单细胞RNA测序数据，揭示不同脑区和年龄组的基因表达模式 | 未详细提及实验中可能面临的具体限制 | 研究阿尔茨海默病在大脑皮层和海马区的病理差异 | 健康小鼠和阿尔茨海默病小鼠的单细胞RNA测序样本 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 基因表达数据 | 3个不同案例研究中的多个样本 |
| 16648 | 2024-08-05 |
Role of Pericytes in Cardiomyopathy-Associated Myocardial Infarction Revealed by Multiple Single-Cell Sequencing Analysis
2023-Oct-26, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines11112896
PMID:38001896
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研究论文 | 本研究揭示了周细胞在与心肌病相关的急性心肌梗死中的潜在功能 | 首次系统地整合了心肌病患者和急性心肌梗死个体的单细胞数据，突出了周细胞的作用 | 本研究可能受到样本量和研究对象多样性的限制 | 探索周细胞在心肌病相关急性心肌梗死中的机制 | 心肌病患者和急性心肌梗死个体的单细胞数据 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 16649 | 2024-08-05 |
Organotypic heterogeneity in microvascular endothelial cell responses in sepsis-a molecular treasure trove and pharmacological Gordian knot
2023, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2023.1252021
PMID:38020105
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review | 本文回顾了微血管内皮细胞在脓毒症相关多脏器功能障碍综合症中的异质性以及药物干预的潜在分子靶点 | 探讨了器官特异性微血管内皮细胞的分子异质性及其在脓毒症中的作用 | 未能将所获取的信息转化为有效的治疗方案 | 旨在深入理解脓毒症中内皮细胞的分子机制及其异质性 | 研究了脓毒症患者和动物模型中内皮细胞的响应 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 分子数据 | NA |
| 16650 | 2024-08-05 |
How single-cell transcriptomics provides insight on hepatic responses to TCDD
2023-Dec, Current opinion in toxicology
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.cotox.2023.100441
PMID:37981901
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综述 | 本研究探讨了单细胞转录组学技术在研究TCDD对肝脏反应中的应用 | 文章创新性地运用了单细胞转录组学技术提供了对TCDD诱导的肝脏疾病特异性机制的新认识 | NA | 研究TCDD诱导的肝脏反应及其机制 | 肝细胞及其对TCDD暴露的反应 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单核RNA测序(snRNAseq)、空间转录组学(STx) | NA | NA | NA |
| 16651 | 2024-08-07 |
The Novel Checkpoint Target Lymphocyte-Activation Gene 3 Is Highly Expressed in Cutaneous Squamous Cell Carcinoma
2023-12-01, Dermatologic surgery : official publication for American Society for Dermatologic Surgery [et al.]
IF:2.5Q1
DOI:10.1097/DSS.0000000000004006
PMID:37962130
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研究论文 | 研究淋巴细胞激活基因3（LAG-3）在皮肤鳞状细胞癌（cSCC）中的表达模式 | 首次定义了LAG-3在cSCC中的表达模式，并探讨了其在cSCC预后和治疗中的作用 | NA | 确定LAG-3在cSCC中的表达模式，以理解其在cSCC预后和治疗中的作用 | LAG-3在cSCC中的表达及其在cSCC预后和治疗中的作用 | NA | 皮肤鳞状细胞癌 | 流式细胞术，单细胞RNA测序，NanoString技术 | NA | RNA | 三个SCC肿瘤样本 |
| 16652 | 2024-08-07 |
Tryptophan metabolism regulates inflammatory macrophage polarization as a predictive factor for breast cancer immunotherapy
2023-Dec, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.111196
PMID:37972471
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研究论文 | 本研究探讨了色氨酸代谢在乳腺癌微环境中对巨噬细胞极化的调控作用及其作为乳腺癌免疫治疗预测因子的潜力 | 首次揭示了巨噬细胞色氨酸代谢活性与M1巨噬细胞极化在乳腺癌中的正相关性，并发现色氨酸代谢可作为免疫治疗反应的预测因子 | NA | 研究色氨酸代谢在乳腺癌微环境中对巨噬细胞极化的影响及其作为免疫治疗预测因子的作用 | 乳腺癌中的巨噬细胞色氨酸代谢及其对免疫治疗的影响 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 涉及乳腺癌、黑色素瘤和头颈鳞状细胞癌（HNSC）等多种肿瘤类型 |
| 16653 | 2024-08-07 |
A cell abundance analysis based on efficient PAM clustering for a better understanding of the dynamics of endometrial remodelling
2023-Nov-22, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05569-6
PMID:37990148
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研究论文 | 本文提出了一种基于PAM聚类和负二项回归的差异细胞丰度分析方法，用于研究人类子宫内膜细胞类型在月经周期分泌期的变化 | 开发了一个新的R包scellpam，包含高效的并行C++实现的PAM，提高了计算速度和内存使用效率 | NA | 研究细胞丰度变化在组织再生和重塑过程中的作用 | 人类子宫内膜细胞类型在月经周期分泌期的差异细胞丰度 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | PAM（Partitioning Around Medoids） | 细胞数据 | 细胞数量范围从70,000到300,000 |
| 16654 | 2024-08-05 |
Rapid and signal crowdedness-robust in situ sequencing through hybrid block coding
2023-Nov-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2309227120
PMID:37963245
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研究论文 | 本文介绍了一种结合混合区块编码和分子稀释策略的创新性原位测序方法SPRINTseq | SPRINTseq允许快速且敏感的高分辨率数据获取，克服了现有方法的分辨率、灵敏度或速度的局限性 | 暂无相关信息 | 探讨复杂生物过程和疾病机制 | 小鼠大脑冠状切片中的细胞及其亚细胞mRNA分布 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 下一代测序 | NA | 转录组数据 | 从四个小鼠大脑冠状切片中提取了453,843个细胞数据 |
| 16655 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing unravels the transcriptional network underlying zebrafish retina regeneration
2023-Nov-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.86507
PMID:37988404
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了斑马鱼视网膜再生过程中Müller胶质细胞、前体细胞及其再生后代的转录网络。 | 发现了损伤诱导的Müller胶质细胞分化轨迹，以及从混合细胞群出发的胶质自我更新和神经发生轨迹。 | NA | 研究Müller胶质细胞反应与前体细胞产生及神经元分化之间的分子机制。 | 斑马鱼视网膜中的Müller胶质细胞、前体细胞及再生后代。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未受伤和光照损伤的视网膜中的Müller胶质细胞、前体细胞及再生后代。 |
| 16656 | 2024-08-07 |
How to explore what is hidden? A review of techniques for vascular tissue expression profile analysis
2023-Nov-19, Plant methods
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s13007-023-01109-8
PMID:37981669
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综述 | 本文综述了用于血管组织表达谱分析的技术方法 | 讨论了单细胞RNA测序这一高通量技术在转录组分析中的应用及其对传导组织基因表达研究的影响 | NA | 探讨如何研究血管组织（如木质部和韧皮部）的分子基础及其分化过程 | 植物的血管组织，特别是木质部和韧皮部 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 16657 | 2024-08-07 |
CDC7 inhibition induces replication stress-mediated aneuploid cells with an inflammatory phenotype sensitizing tumors to immune checkpoint blockade
2023-11-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43274-3
PMID:37980406
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研究论文 | 本研究探讨了CDC7抑制剂TAK-931的抗肿瘤效果及其对免疫调节的影响 | TAK-931通过诱导复制压力产生类似衰老的非整倍体细胞，这些细胞高表达炎症细胞因子和趋化因子，从而增强肿瘤对免疫检查点阻断的敏感性 | NA | 研究TAK-931的抗肿瘤特性和免疫调节机制 | TAK-931对肿瘤细胞的影响及其免疫调节作用 | NA | NA | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，免疫数据 | NA |
| 16658 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis reveals distinct fibroblast plasticity during tenocyte regeneration in zebrafish
2023-11-17, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi5771
PMID:37967180
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了斑马鱼中不同类型的纤维母细胞，并探讨了它们在肌腱再生中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序和激光诱导肌腱损伤模型，揭示了斑马鱼中纤维母细胞的多样性和可塑性，并证实了Hedgehog信号通路在纤维母细胞增殖和肌腱再生中的关键作用 | NA | 研究纤维母细胞在肌腱再生中的多样性和可塑性 | 斑马鱼中的纤维母细胞及其在肌腱再生中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 16659 | 2024-08-07 |
CellDialog: A Computational Framework for Ligand-receptor-mediated Cell-cell Communication Analysis III
2023-Nov-17, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2023.3333828
PMID:37976192
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研究论文 | 本文开发了一个名为CellDialog的计算框架，用于重建基于发送和接收细胞中配体和受体组合表达的细胞间连接网络，并通过三点位估计方法测量配体-受体介导的细胞间通信强度 | CellDialog通过配体-受体相互作用特征提取、选择和分类来捕获高置信度的配体-受体相互作用，并结合配体-受体过滤和单细胞RNA测序数据来测量细胞间通信强度 | NA | 开发一种新的计算框架，用于分析配体-受体介导的细胞间通信 | 配体-受体相互作用及其介导的细胞间通信 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 16660 | 2024-08-05 |
A single-cell atlas depicting the cellular and molecular features in human anterior cruciate ligamental degeneration: A single cell combined spatial transcriptomics study
2023-Nov-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85700
PMID:37970848
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研究论文 | 本文系统性识别了人类韧带的细胞类型，并探讨了其在韧带退化过程中的作用 | 本文识别了新的成纤维细胞亚群，揭示了韧带退化过程中的空间分布和动态轨迹 | NA | 研究韧带细胞身份、功能和相互作用如何参与韧带退化过程 | 大约49,356个健康和退化人类前交叉韧带细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和空间RNA测序 | NA | 细胞 | 大约49,356个细胞 |