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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1641 | 2026-01-08 |
Time-Varying Gene Regulatory Networks Inference Using KL Divergence from Single Cell Data
2025-May, Proceedings of the ... International Conference on Bioinformatics and Biomedical Technology
DOI:10.1109/icbbt65815.2025.11276344
PMID:41488127
|
研究论文 | 本文提出了一种基于KL散度的新框架,用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断时变基因调控网络 | 整合KL散度的时间变异测量、自回归模型和正则化方法,以应对高维、稀疏和时序异质性的挑战 | NA | 从时间序列单细胞RNA测序数据中准确重建动态基因调控网络 | 10基因合成数据集和THP-1单核细胞分化数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自回归模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1642 | 2026-01-08 |
Myeloid-driven immunosuppression in head and neck cancer: single-cell ATAC/RNA and spatial transcriptomic perspectives
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1693152
PMID:41487561
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综述 | 本文综述了单细胞ATAC/RNA测序和空间转录组学在揭示头颈癌中髓系细胞驱动的免疫抑制机制方面的进展,并探讨了相关的转化医学机遇与挑战 | 整合单细胞多组学(ATAC/RNA)与空间转录组学技术,系统解析头颈癌中髓系细胞(如SPP1 TAM、cDC1、中性粒细胞)的免疫抑制程序,并提出将髓系生物标志物与现有免疫疗法结合的精准免疫肿瘤学新策略 | 面临HPV状态异质性、检测方法标准化不足、预测性生物标志物稀缺等挑战,限制了临床转化应用 | 阐明头颈鳞状细胞癌中髓系细胞介导的免疫抑制机制,并探索基于髓系细胞信息的精准免疫治疗策略 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)肿瘤微环境中的髓系免疫细胞(如肿瘤相关巨噬细胞、树突状细胞、中性粒细胞) | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,空间转录组学 | NA | 单细胞多组学数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 1643 | 2026-01-08 |
The eNAMPT-Integrin α5β1 Axis Mediates Neutrophil-Endothelial Cell Interactions Driving Inflammation in Ulcerative Colitis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S554975
PMID:41487969
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学与体内实验结合,揭示了eNAMPT-整合素α5β1轴在溃疡性结肠炎中介导中性粒细胞-内皮细胞相互作用并驱动炎症的关键机制 | 首次发现eNAMPT作为信号分子结合内皮整合素α5β1,介导病理性中性粒细胞-内皮细胞通讯,并验证其作为UC治疗新靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步开展 | 揭示溃疡性结肠炎中致病性中性粒细胞活化的关键信号轴 | 溃疡性结肠炎患者样本及小鼠模型中的中性粒细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1644 | 2026-01-08 |
Bullous pemphigoid induced by anti-IL-23 monoclonal antibody in a psoriatic patient: a case report
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1709423
PMID:41488061
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病例报告 | 本研究报道了一例银屑病患者在使用抗IL-23单克隆抗体guselkumab后诱发大疱性类天疱疮的罕见不良反应,并通过单细胞RNA测序揭示了其潜在的免疫失衡和表皮修复缺陷机制 | 首次结合临床病例与单细胞RNA测序技术,系统分析了抗IL-23生物制剂诱导大疱性类天疱疮的细胞和分子机制,揭示了角质形成细胞应激标志物和干扰素相关基因的上调 | 本研究为单病例报告,样本量小,结果需在更大队列中验证,且未深入探讨IL-23与干扰素信号通路的交互作用 | 探讨抗IL-23生物制剂guselkumab治疗银屑病时诱发大疱性类天疱疮的罕见不良反应及其潜在机制 | 一名78岁中重度银屑病女性患者,在使用guselkumab后出现大疱性类天疱疮的皮肤病变 | 数字病理学 | 银屑病与大疱性类天疱疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例患者(银屑病与大疱性类天疱疮病变组织对比) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1645 | 2026-01-08 |
Single-cell dissection of PTM-related networks reveals an immunosuppressed osteosarcoma ecosystem
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1718941
PMID:41488055
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序数据与PTM相关基因集,构建了一个PTM相关框架,用于揭示骨肉瘤的免疫抑制微环境特征 | 首次将PTM相关基因集与单细胞转录组数据结合,构建了骨肉瘤的PTM相关预后评分,并识别出GRN作为免疫抑制和恶性特征的关键介质 | 研究基于公开数据集和体外细胞实验,缺乏体内验证和临床样本的直接验证 | 探索PTM相关转录组程序在骨肉瘤中的作用,并识别与预后和免疫微环境相关的关键基因 | 骨肉瘤细胞系(U2OS和HOS)及公开的单细胞RNA测序数据集(GSE162454、TARGET-OS、GSE21257、GSE16091) | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、ssGSEA、ESTIMATE、TIDE评分、SHAP分析、GRN功能丧失实验 | 预后评分模型、SHAP解释模型 | 单细胞转录组数据、基因表达数据 | 多个公开数据集(包括GSE162454、TARGET-OS、GSE21257、GSE16091)及U2OS和HOS细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1646 | 2026-01-08 |
Serum CHI3L1 levels correlate with disease activity in rheumatoid arthritis and reveal potential molecular mechanisms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1729989
PMID:41488645
|
研究论文 | 本研究探讨了CHI3L1在类风湿关节炎中的分子调控机制及其与疾病活动的关联,并评估了其作为诊断和监测生物标志物的潜力 | 整合了转录组学、单细胞RNA测序和临床血清检测,首次系统揭示了CHI3L1在RA中的成纤维细胞特异性表达及其与免疫失调的关联,并通过药物预测和分子对接提出了潜在治疗候选药物 | 研究为探索性分析,需要进一步的功能实验和前瞻性研究进行验证 | 阐明CHI3L1在类风湿关节炎中的分子调控机制及其与疾病活动的关联,评估其作为诊断、动态监测和精准治疗靶点的潜力 | 类风湿关节炎患者 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 转录组学分析, 单细胞RNA-seq, 化学发光免疫测定, 分子对接 | Wilcoxon检验, ROC曲线, WGCNA, CIBERSORT | 基因表达数据, 单细胞RNA-seq数据, 临床血清数据 | RA患者102例, 对照79例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1647 | 2026-01-08 |
Multi-omics profiling unravel the immune landscape diversity by prognostic signatures of immunotherapy response in triple-negative breast cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1735893
PMID:41488652
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析开发了一个四基因预后特征,用于预测三阴性乳腺癌患者的免疫治疗反应和生存结局 | 整合了多重免疫荧光、bulk RNA测序和单细胞RNA测序,构建了一个反映肿瘤免疫微环境异质性的四基因预后特征 | 研究基于回顾性队列,需要前瞻性验证;样本量有限,可能影响模型的泛化能力 | 开发一个能够预测三阴性乳腺癌患者免疫治疗反应和预后的生物标志物特征 | 三阴性乳腺癌患者及其肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 多重免疫荧光,bulk RNA测序,单细胞RNA测序,CIBERSORT,CellChat分析,基因敲低和过表达功能实验 | 预后特征模型 | 图像,RNA测序数据 | 一个内部队列和三个独立外部队列的TNBC患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1648 | 2026-01-08 |
Single-cell profiling of alveolar rhabdomyosarcoma reveals RAS pathway inhibitors as cell-fate hijackers with therapeutic relevance
2023-02-10, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ade9238
PMID:36753540
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术解析肺泡型横纹肌肉瘤的肿瘤内异质性,揭示了其细胞层级结构,并发现RAF和MEK抑制剂组合可诱导肿瘤细胞向分化状态转变,从而抑制肿瘤生长 | 首次在肺泡型横纹肌肉瘤中系统解析了包含肌肉干细胞样细胞、循环祖细胞和分化细胞的细胞层级结构,并创新性地通过药物筛选发现RAS通路抑制剂可作为“细胞命运劫持者”诱导肿瘤分化 | 研究主要基于患者来源的原代培养细胞,尚未在体内模型或大规模临床样本中全面验证 | 解析肺泡型横纹肌肉瘤的肿瘤内异质性、细胞发育状态与临床结局的关系,并寻找新的治疗策略 | 肺泡型横纹肌肉瘤患者来源的原代培养细胞 | 数字病理学 | 横纹肌肉瘤 | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 高内涵成像 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 图像数据 | 患者来源的原代培养细胞(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1649 | 2026-01-07 |
Single-cell landscape of peripheral and tumor-infiltrating immune cells in HPV-negative HNSCC
2026-Dec-31, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2025.2605741
PMID:41467967
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间蛋白质组学数据,揭示了HPV阴性头颈鳞状细胞癌中肿瘤浸润免疫细胞的景观及其空间分布特征 | 首次在HPV阴性HNSCC中整合单细胞转录组与空间蛋白质组数据,揭示了细胞毒性细胞耗竭的空间特异性模式及其与疾病进展的关联 | 样本量相对有限(29个单细胞样本,9个空间验证样本),且空间验证样本均来自舌侧黏膜,可能限制结论的普适性 | 解析HPV阴性头颈鳞状细胞癌的肿瘤免疫微环境特征,寻找免疫治疗新靶点 | HPV阴性头颈鳞状细胞癌患者的肿瘤浸润免疫细胞和外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光分析 | NA | 单细胞转录组数据,空间蛋白质组数据 | 29个单细胞测序样本(约300,000个细胞),9个空间验证样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 1650 | 2026-01-07 |
Spatial evidence for carcinoma in situ (CIS) as an entity in human papillomavirus (HPV)-associated tonsillar squamous cell carcinoma (TSCC)
2026-Feb-15, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.70207
PMID:41129372
|
研究论文 | 本研究通过系统综述、荟萃分析和空间转录组学技术,探讨了人乳头瘤病毒(HPV)相关扁桃体鳞状细胞癌(TSCC)的起源,并提供了原位癌(CIS)作为其发展实体的空间证据 | 首次结合系统综述与空间转录组学(10x Visium)技术,比较了HPV相关扁桃体癌与宫颈癌的发育进程,并识别出与组织学相关的上皮细胞簇,为扁桃体发育不良病变的存在提供了分子证据 | 研究样本量未明确说明,且结论基于观察性数据,需要进一步的功能性研究验证 | 探究HPV相关扁桃体鳞状细胞癌的肿瘤起源及其发育进程,特别是原位癌(CIS)是否作为一个实体存在 | HPV相关的扁桃体鳞状细胞癌(TSCC)、宫颈癌以及HPV非依赖性口腔癌病例 | 空间转录组学 | 扁桃体鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | NA |
| 1651 | 2026-01-07 |
CD103-Positive Tumor-Infiltrating Lymphocytes Predict a Favorable Prognosis in Colorectal Cancer with Liver Metastasis
2026-Feb, Annals of surgical oncology
IF:3.4Q1
DOI:10.1245/s10434-025-17977-4
PMID:41196535
|
研究论文 | 本研究探讨了CD103+肿瘤浸润淋巴细胞在结直肠癌肝转移中的空间分布及其临床意义 | 首次揭示了CD103+ TILs在结直肠癌原发灶和肝转移灶中的空间分布异质性,并发现肝转移灶中CD103+ TILs的浸润可作为独立的预后生物标志物 | 样本量相对较小(84例患者),且为回顾性研究,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 评估CD103+肿瘤浸润淋巴细胞在结直肠癌肝转移中的空间分布、临床意义及其功能差异 | 结直肠癌肝转移患者的原发结直肠肿瘤和肝转移灶组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组织化学、多重免疫荧光分析、单细胞RNA测序、空间转录组分析 | NA | 组织切片图像、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 84例同时接受原发结直肠肿瘤和肝转移灶手术切除的结直肠癌肝转移患者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1652 | 2026-01-07 |
RETN stratification identifies a highly immunosuppressive subset of HLA-DRlow monocytes in early stage of polytrauma
2026-Feb-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.116027
PMID:41418639
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析,在多发性创伤患者中鉴定出一个具有高度免疫抑制功能的RETNhighHLA-DRlow单核细胞亚群,并评估其对脓毒症的预测能力 | 首次在多发性创伤患者中识别出RETNhighHLA-DRlow单核细胞亚群,该亚群比传统的HLA-DRlow单核细胞更能准确预测脓毒症发生 | 研究主要关注早期创伤阶段,未探讨长期预后;临床队列规模可能有限,需要更大样本验证 | 阐明HLA-DRlow单核细胞的异质性及其在创伤后免疫抑制中的具体作用 | 多发性创伤患者的单核细胞 | 单细胞组学 | 多发性创伤/脓毒症 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术分析 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 临床队列及已发表数据集(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1653 | 2026-01-07 |
GCHFR-gut microbiota axis in gout: an integrative multi-omics and Mendelian randomization study with clinical and molecular validation
2026-Feb-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.116064
PMID:41422660
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研究论文 | 本研究通过整合多组学孟德尔随机化、临床验证、肠道菌群分析和计算机药物评估,探索了痛风相关的候选基因,并验证了GCHFR作为潜在治疗靶点 | 首次整合多组学孟德尔随机化、肠道菌群分析和分子对接模拟,系统性地识别并验证了痛风相关的候选基因及其与肠道菌群的关联 | 样本量相对较小(51名痛风患者和50名健康对照),且部分预测的药物相互作用尚未进行体内实验验证 | 识别痛风相关的候选基因,并探索其作为治疗靶点的潜力 | 痛风患者和健康对照者的外周血样本、公共单细胞RNA测序数据集、肠道菌群数据库 | 生物信息学 | 痛风 | 多组学孟德尔随机化(pQTL/eQTL/mQTL)、单细胞RNA测序、qRT-PCR、分子对接、分子动力学模拟 | 孟德尔随机化模型、分子对接模型 | 基因组数据、转录组数据、甲基化数据、肠道菌群数据、临床样本数据 | 51名痛风患者和50名健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1654 | 2026-01-07 |
SPP1 secreted by nucleus pulposus cells mediates inflammatory infiltration and contributes to intervertebral disc degeneration
2026-Feb-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.116099
PMID:41443102
|
研究论文 | 本研究揭示了SPP1在髓核细胞炎症反应和细胞外基质失衡中的关键作用,并探索了其作为椎间盘退变早期诊断和治疗靶点的潜力 | 首次在单细胞水平上鉴定出高表达SPP1的髓核细胞亚型,并阐明SPP1通过PI3K/AKT/NF-κB信号通路介导炎症反应,同时发现SPP1能增强巨噬细胞炎症因子分泌 | 研究主要基于体外实验和测序数据,缺乏在体动物模型验证SPP1靶向治疗的实际效果 | 探究SPP1在椎间盘退变过程中的作用机制,寻找潜在的治疗靶点 | 退变髓核组织、髓核细胞、巨噬细胞 | 数字病理学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1655 | 2026-01-07 |
Fecal microbiota transplantation promotes type 2 mucosal immune responses with colonic epithelium proliferation in patients with recurrent Clostridioides difficile
2026-Jan-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.195678
PMID:41252206
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研究论文 | 本研究通过临床试验探讨了粪便微生物移植(FMT)在治疗复发性艰难梭菌感染(rCDI)中的作用机制,发现FMT能促进结肠上皮增殖并上调2型免疫反应 | 首次结合空间转录组学与单细胞基因集分析,揭示了FMT在结肠上皮局部促进增殖性细胞类型并抑制分化结肠细胞特征 | 样本量较小(n=16),且仅评估了FMT后2个月的短期效果,长期影响未知 | 阐明FMT治疗rCDI的分子和免疫机制 | 复发性艰难梭菌感染患者(n=16)和健康对照 | 数字病理学 | 艰难梭菌感染 | 高通量测序、流式细胞术、空间转录组学 | NA | 结肠活检、血浆、PBMCs、粪便样本 | 16名rCDI患者及健康对照 | NA | 空间转录组学, 单细胞基因集分析 | NA | NA |
| 1656 | 2026-01-07 |
An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations
2026-Jan-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.191990
PMID:41480746
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组和空间转录组学数据,构建了甲状腺癌进展的图谱,识别了与预后相关的成纤维细胞亚群 | 结合单细胞和空间转录组学分析甲状腺癌进展,特别是在混合WDTC/ATC组织病理学样本中,首次定义了POSTN+肌成纤维细胞癌症相关成纤维细胞(myCAFs)亚群,该亚群与侵袭性肿瘤细胞紧密相关并预测不良预后 | 样本量相对有限(81个单细胞样本和28个空间转录组肿瘤),且主要基于转录组数据,可能未涵盖所有分子机制 | 理解甲状腺癌在儿童和成人中的演变过程,识别与疾病进展和预后相关的细胞亚群 | 甲状腺癌样本,包括分化良好的甲状腺癌(WDTC)、间变性甲状腺癌(ATC)、混合WDTC/ATC肿瘤以及儿童弥漫性硬化性甲状腺癌 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | 转录组数据, 空间数据 | 423,733个细胞来自81个样本,28个肿瘤进行空间转录组分析,5个大型甲状腺癌批量RNA测序队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1657 | 2026-01-07 |
Unveiling the TBX2-driven molecular landscape of large and giant congenital melanocytic naevi: from single-cell sequencing to targeted therapy
2026-Jan-06, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf415
PMID:41126440
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1658 | 2026-01-07 |
Biological and prognostic relevance of A-to-I RNA editing across consensus molecular subtypes of colon cancer
2026-Jan-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-34043-x
PMID:41491064
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研究论文 | 本研究探讨了A-to-I RNA编辑在结肠癌共识分子亚型中的生物学和预后相关性 | 首次在结肠癌CMS亚型中系统分析RNA编辑事件,揭示了亚型特异性编辑特征、ceRNA网络及与生存的独立关联 | 样本量相对有限(100例),且单细胞分析仅基于独立队列的II期患者,可能限制泛化性 | 阐明RNA编辑在结肠癌肿瘤发生、进展和亚型特异性调控中的作用 | 100名不同疾病阶段的结肠癌患者及独立队列的II期患者单细胞数据 | 生物信息学 | 结肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 多变量Cox比例风险模型 | RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据 | 100名结肠癌患者(bulk RNA-seq)及独立队列II期患者(单细胞RNA-seq) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1659 | 2026-01-07 |
Single-cell RNA sequencing elucidates potential mechanisms of endothelial cells in lung region-specific repair and remodeling in combined pulmonary fibrosis and emphysema
2026-Jan-06, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03460-x
PMID:41491179
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1660 | 2026-01-07 |
Integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data for discovery of senescent TAMs prognostic characteristics in neuroblastoma
2026-Jan-06, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-15517-7
PMID:41491450
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据,发现了神经母细胞瘤中衰老肿瘤相关巨噬细胞的预后特征 | 首次在神经母细胞瘤中识别出具有混合M1/M2状态的衰老TAM亚群,并构建了基于7个基因的预后模型 | 研究主要基于公共数据集,缺乏大规模前瞻性临床验证 | 探索衰老肿瘤相关巨噬细胞在神经母细胞瘤进展中的作用及其预后价值 | 神经母细胞瘤样本中的肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Cox/LASSO回归模型 | RNA测序数据 | 来自GEO(GSE147766)、TARGET-NBL和E-MTAB-8248队列的多个神经母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |