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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1581 | 2026-01-08 |
Spatial Transcriptomics of TMJ Reveals a Remodeling Fibroblast-Immune Microenvironment Driving Arthritis Pain
2026-Jan-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202519816
PMID:41498747
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研究论文 | 本研究应用空间转录组学技术解析颞下颌关节关节炎中细胞微环境的动态重塑及其与疼痛的关联 | 首次在成年小鼠颞下颌关节中应用seqFISH空间转录组学技术,揭示了关节炎诱导的成纤维细胞-免疫细胞微环境重塑及其通过Igf1-Il33轴驱动疼痛的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,虽在患者滑膜组织中得到验证,但临床样本的深入分析仍需扩展 | 探究颞下颌关节关节炎疼痛的细胞微环境机制 | 成年小鼠颞下颌关节及患者滑膜组织 | 空间转录组学 | 关节炎 | seqFISH(顺序荧光原位杂交)空间转录组学 | 基因敲除小鼠模型(巨噬细胞特异性Igf1敲除、成纤维细胞特异性Il33敲除) | 空间转录组数据、组织切片 | 未明确说明具体样本数量,涉及成年小鼠模型及患者组织验证 | NA | 空间转录组学 | seqFISH | 顺序荧光原位杂交空间转录组技术 |
| 1582 | 2026-01-08 |
Identification of a lactylation-related model for predicting prognosis, tumor-infiltrating immune cells, and chemotherapy response in colorectal cancer
2026-Jan-07, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04910-5
PMID:41498838
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研究论文 | 本研究通过整合乳酸化相关基因表达谱和单细胞RNA测序,识别了结直肠癌中与预后、免疫浸润和化疗反应相关的乳酸化相关生物标志物 | 首次将乳酸化相关基因与单细胞RNA测序结合,用于结直肠癌的分子亚型分型和预后预测,揭示了乳酸化在肿瘤免疫调节和治疗反应中的新作用 | 研究基于生物信息学分析,缺乏实验验证;样本来源和队列异质性可能影响模型的泛化能力 | 提高结直肠癌的预后评估和治疗分层准确性 | 结直肠癌患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,差异表达分析,无监督聚类 | 预后风险模型 | 基因表达谱数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1583 | 2026-01-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the transcriptomic landscape of and potential targets for large and giant congenital melanocytic naevi
2026-Jan-06, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf360
PMID:40974031
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序技术,揭示了大型和巨型先天性黑色素痣的转录组景观及潜在治疗靶点 | 首次在L/GCMN研究中应用单细胞技术,识别了TBX2作为核心转录因子,并发现了异常激活的信号通路 | 研究样本量有限,且未建立L/GCMN的治疗指南 | 阐明L/GCMN皮肤微环境中细胞的转录组景观,探索黑色素细胞病理变化的关键分子机制及其与其他细胞的相互作用 | L/GCMN患者的病变和非病变皮肤样本,以及健康皮肤样本 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, Western blotting, 定量逆转录聚合酶链反应, 免疫组织化学, 多重免疫荧光 | NA | RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 患者和健康对照的皮肤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1584 | 2026-01-08 |
Unraveling the Molecular Mechanisms of Glioma Recurrence: A Study Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptomics
2026-Jan-06, Annals of clinical and translational neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/acn3.70306
PMID:41492853
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研究论文 | 本研究整合单细胞和空间转录组学,揭示了成纤维细胞在胶质瘤复发中的关键作用,并识别了AEBP1、ZNF708和TSHZ2等关键基因作为复发和化疗耐药的预测因子 | 结合单细胞和空间转录组学分析胶质瘤复发机制,识别了成纤维细胞作为关键复发相关亚群,并发现了新的预后和化疗敏感性相关基因 | 研究基于公共数据库(TCGA和GEO)的回顾性数据,需要进一步实验验证 | 揭示胶质瘤复发的分子机制,识别关键细胞亚群和基因,为治疗提供新靶点 | 胶质瘤患者样本(原发和复发) | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 随机生存森林, MISTY模型 | mRNA数据, 单细胞测序数据, 空间转录组数据 | 来自TCGA和GEO数据库的胶质瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1585 | 2026-01-08 |
Serial Spatial Transcriptomes Reveal Regulatory Transitions in Maize Leaf Development
2026-Jan-06, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70515
PMID:41493197
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研究论文 | 本文通过优化10× Genomics Visium系统的空间转录组学协议,重建了玉米幼苗中SAM和连续发育叶片的基因表达三维图谱,揭示了从SAM未分化干细胞到功能分化叶片结构的动态转变 | 开发了计算流程以重建三维基因表达图谱,并实现了连续发育阶段细胞的位置索引,优于缺乏时空背景的单细胞转录组分析 | 未明确提及具体样本量或实验重复次数,可能限制结果的普适性 | 研究玉米叶片发育过程中的基因表达调控网络和细胞分化机制 | 玉米幼苗的SAM和连续发育的叶片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10× Genomics Visium系统 |
| 1586 | 2026-01-08 |
Integrating plasma protein-centric multi-omics to evaluate the causal effect of glycosylation on the risk of cancer
2026-Jan-06, Glycoconjugate journal
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s10719-025-10207-9
PMID:41493646
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研究论文 | 本研究通过整合血浆蛋白质中心的多组学数据,评估了糖基化对癌症风险的因果效应 | 首次全面分析糖基化对癌症风险的因果效应,并利用多种MR方法和单细胞RNA测序进行验证 | 研究依赖于GWAS和TWAS数据,可能存在未测量的混杂因素,且样本来源和多样性未详细说明 | 评估糖基化对癌症风险的因果效应,并探索潜在的治疗策略 | 糖基化相关基因(GRGs)及其与8种癌症风险的关联 | 生物信息学 | 癌症 | 全基因组关联研究(GWAS)、转录组范围关联研究(TWAS)、单细胞RNA测序、蛋白质定量性状位点(pQTLs)分析 | 孟德尔随机化(MR)、异质性依赖工具检验(HEIDI)、共定位分析、精细映射因果基因集(FOCUS)分析 | 基因组数据、转录组数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1587 | 2026-01-08 |
Targeting MLCK1 uncouples immune checkpoint inhibitor-induced colitis from antitumour immunity
2026-Jan-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-337780
PMID:41494803
|
研究论文 | 本研究通过整合临床样本、体内模型和体外类器官系统,揭示了免疫检查点抑制剂(ICIs)诱发结肠炎的机制,并发现靶向MLCK1可以缓解结肠炎而不影响抗肿瘤免疫 | 首次将MLCK1介导的紧密连接调控确定为ICIs诱发结肠炎的关键机制,并筛选出小分子Epicatechin作为潜在治疗药物,实现了结肠炎缓解与抗肿瘤疗效的解耦 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,Epicatechin在人体中的安全性和有效性仍需进一步临床验证 | 阐明ICIs诱发结肠炎的分子机制,并寻找减轻该毒副作用的治疗策略 | ICIs诱发的结肠炎患者样本、野生型小鼠微生物群(WildR)模型、基因修饰小鼠模型、肿瘤(黑色素瘤和MC38)荷瘤模型、类器官-免疫细胞共培养系统 | 单细胞组学与空间转录组学 | 结肠炎(免疫相关不良事件) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、表面等离子共振、微尺度热泳、全谱流式细胞术、bulk RNA测序、免疫染色、ELISA、肠道通透性检测 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、bulk RNA-seq数据、蛋白质互作数据、细胞表型数据 | ICIs结肠炎患者活检样本、多种小鼠模型(包括WildR模型、基因敲除模型、肿瘤荷瘤模型) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1588 | 2026-01-08 |
Protective role of PCED1B-expressing naive CD4+ T cells in sepsis
2026-Jan-06, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003943
PMID:41494967
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研究论文 | 本研究通过整合多方法分析,揭示了PCED1B在naive CD4+ T细胞中的表达对脓毒症的保护作用及其潜在机制 | 首次通过单细胞RNA测序结合孟德尔随机化分析,鉴定出PCED1B作为脓毒症中naive CD4+ T细胞的关键保护性生物标志物,并阐明了其通过MIF轴调控细胞间通讯和代谢的机制 | 研究主要基于公共数据集和初步实验验证,需要更大规模的临床队列和功能实验进一步确认PCED1B的具体作用机制 | 识别脓毒症的诊断和治疗生物标志物 | 脓毒症患者和小鼠模型中的naive CD4+ T细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 孟德尔随机化分析, 代谢组学评估 | MR-Bayesian模型平均算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1589 | 2026-01-08 |
Integrative single-cell and spatial transcriptomics with explainable AI reveal lethal prognostic axis in prostate cancer
2026-Jan-06, NPJ digital medicine
IF:12.4Q1
DOI:10.1038/s41746-025-02297-4
PMID:41495164
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学与可解释AI,揭示了前列腺癌中的致死性肿瘤轴并建立了可解释的预后模型 | 首次结合单细胞和空间转录组学与可解释机器学习,识别出具有高染色体不稳定性、雄激素受体激活和干细胞潜能的恶性C4上皮亚群,并建立了可解释的预后模型 | 研究样本量相对有限(141,986个高质量单细胞),且模型在独立队列中的验证仍需进一步扩大 | 定义前列腺癌中的致死性肿瘤轴并建立可解释的预后分层框架 | 前列腺癌患者样本,涵盖局部性、激素敏感性和去势抵抗性前列腺癌 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Lasso, PLS-Cox, 可解释AI (SHAP) | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 141,986个高质量单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1590 | 2026-01-08 |
Uncovering the role of integrated stress in Alzheimer's disease through single-cell and transcriptomic analysis
2026-Jan-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-34997-6
PMID:41495191
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序和转录组数据,探索了阿尔茨海默病中整合应激反应的分子机制,并鉴定了相关的关键基因 | 结合LASSO回归和随机森林算法筛选出六个关键基因,并揭示了这些基因与AD核心基因(如APOE)的关联及其临床预测价值,为AD的机制研究和靶向治疗提供了新线索 | 研究依赖于公开数据集(GSE264648和GSE48350),样本量有限,且关键基因的验证仅在血液样本中进行,未在脑组织等更相关的样本中验证 | 探索阿尔茨海默病中整合应激反应的分子机制 | 阿尔茨海默病患者与正常对照的脑细胞(特别是内皮细胞) | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序,转录组分析 | LASSO回归,随机森林 | 基因表达数据 | GSE264648数据集49例,GSE48350数据集253例,共计302例样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1591 | 2026-01-08 |
The interpretable multimodal dimension reduction framework SpaHDmap enhances resolution in spatial transcriptomics
2026-Jan-06, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01838-z
PMID:41495202
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpaHDmap的可解释多模态降维框架,通过整合空间转录组数据和高分辨率组织学图像来增强空间分辨率 | SpaHDmap将非负矩阵分解融入深度学习框架,能够识别高分辨率空间元基因,并支持多样本同时分析和多种组织学图像类型 | NA | 增强空间转录组数据的空间分辨率,以解析细微的空间结构和潜在的生物活动 | 空间转录组数据和高分辨率组织学图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习框架结合非负矩阵分解 | 基因表达数据和图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1592 | 2026-01-08 |
A fibroblast-like endothelial cell state promotes atherosclerosis via C/EBPβ-activated TGF-β signaling
2026-Jan-06, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00684-x
PMID:41495247
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了动脉粥样硬化中内皮细胞向成纤维细胞样状态转变的分子机制,并识别C/EBPβ作为关键转录因子驱动TGF-β信号通路 | 首次在动脉粥样硬化中识别出成纤维细胞样内皮细胞群体,并阐明C/EBPβ通过直接激活TGFBR1启动子驱动内皮-间质转化和疾病进展的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;单细胞测序技术可能无法完全捕获所有细胞状态 | 探究动脉粥样硬化中内皮细胞状态动态变化及其分子调控机制 | 小鼠主动脉内皮细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1593 | 2026-01-08 |
Spatial transcriptomics of the developing mouse brain immune landscape reveals effects of maternal immune activation and microbiome depletion
2026-Jan-06, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02162-3
PMID:41495254
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,绘制了发育中小鼠大脑的神经免疫图谱,并探究了母体免疫激活和微生物群耗竭对胚胎神经免疫景观的影响 | 首次在发育中的小鼠大脑中,利用空间转录组学技术全面绘制了神经免疫图谱,揭示了母体环境对胚胎神经免疫调控的精确影响,并发现了性别特异性表达模式和空间结构 | 研究仅聚焦于小鼠模型,结果向人类转化的适用性有待验证;研究时间点限于妊娠中晚期,未覆盖整个发育过程 | 探究发育中大脑的神经免疫景观,以及母体环境因素(免疫激活和微生物群)对其的影响 | 发育中的小鼠大脑(妊娠中晚期胚胎) | 空间转录组学 | 神经发育障碍 | 多重原位空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1594 | 2026-01-08 |
Unlocking single-cell level and continuous whole-slide insights in spatial transcriptomics with PanoSpace
2026-Jan-06, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00938-y
PMID:41495261
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PanoSpace的计算框架,旨在整合低分辨率空间转录组学数据、高分辨率组织学图像和匹配的单细胞RNA测序数据,以重建整个组织切片上的连续单细胞水平图谱 | PanoSpace通过整合多模态数据,克服了现有空间转录组学平台在分辨率和采样稀疏性方面的限制,实现了连续、单细胞水平的空间基因表达重建 | NA | 开发一种计算框架以提升空间转录组学的分辨率和覆盖范围,实现更全面的组织空间分析 | 肿瘤组织(如乳腺癌和前列腺癌)以及非癌组织(如小鼠大脑) | 数字病理学 | 乳腺癌,前列腺癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组学数据,组织学图像,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1595 | 2026-01-08 |
sc-eQTL unveil immunogenetic architecture of polycystic ovary syndrome
2026-Jan-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-34726-5
PMID:41495349
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研究论文 | 本研究整合GWAS数据和单细胞eQTL分析,揭示了多囊卵巢综合征的免疫遗传学机制 | 首次在单细胞水平上整合GWAS和sc-eQTL数据,识别PCOS的免疫相关风险基因和细胞特异性调控机制 | 未明确说明样本来源和单细胞测序的具体技术细节,可能限制结果的普适性 | 阐明多囊卵巢综合征在细胞水平的遗传和免疫机制 | 多囊卵巢综合征患者及相关免疫细胞 | 生物信息学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序,全基因组关联研究,表达数量性状位点分析 | NA | 基因组数据,单细胞表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1596 | 2026-01-08 |
ASTRO: Automated Spatial-Transcriptome whole RNA Output
2026-Jan-06, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf688
PMID:41495477
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研究论文 | 本文介绍了一个名为ASTRO的自动化流程,用于处理空间转录组学数据,特别针对FFPE样本进行全转录组分析 | ASTRO优化了FFPE样本的空间转录组数据分析,通过专门过滤步骤和空间条形码调用优化,提高了映射率,并支持编码和非编码RNA(如miRNA)的空间定量 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 开发一个自动化流程以处理空间转录组学数据,特别是针对FFPE样本的全转录组分析 | FFPE组织样本的空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1597 | 2026-01-08 |
A Single-cell Transcriptome-wide Association Study Reveals Susceptibility Genes for Age-related Hearing Loss
2026-Jan-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf137
PMID:41495531
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研究论文 | 本研究通过两阶段单细胞转录组范围关联研究,揭示了与年龄相关性听力损失相关的易感基因和细胞类型 | 首次应用单细胞转录组范围关联研究于年龄相关性听力损失,识别出多个新候选基因如TNF、ZC3HAV1和SLC44A4,并提供了药物重用的遗传证据 | 研究样本仅限于欧洲血统个体,可能限制结果在其他人群中的普适性 | 识别年龄相关性听力损失的新易感基因和相关细胞类型 | 96,372例年龄相关性听力损失患者和141,590例对照的欧洲血统个体 | 自然语言处理 | 老年疾病 | 单细胞转录组范围关联研究 | NA | 转录组数据 | 237,962个样本(96,372例病例和141,590例对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1598 | 2026-01-08 |
ERBB2 amplification is a late event in the pathogenesis of high-grade endometrial carcinomas with heterogeneous HER2 expression
2026-Jan-06, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.70014
PMID:41496508
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析,揭示了ERBB2扩增是高级别子宫内膜癌中HER2异质性表达的晚期事件 | 首次通过空间分辨的基因组和转录组分析,揭示了ERBB2扩增在高级别子宫内膜癌中是肿瘤进化过程中的晚期获得性事件,而非驱动肿瘤起始的因素 | 样本量较小(n=9),空间转录组学分析仅为探索性,需要更大规模的研究验证 | 阐明HER2异质性高级别子宫内膜癌的分子发病机制和进化轨迹 | 高级别子宫内膜癌(HG-EC)患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 下一代测序(NGS),空间转录组学 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 9例肿瘤的空间区分样本(全外显子测序7例,靶向panel测序2例) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1599 | 2026-01-08 |
Cell-type- and chromosome-specific chromatin landscapes and DNA replication programs of Drosophila testis tumor stem cell-like cells
2026-Jan-05, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280809.125
PMID:41371963
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研究论文 | 本研究开发了细胞类型特异性基因组技术,分析了果蝇睾丸肿瘤干细胞样细胞的转录组、组蛋白修饰模式和复制时序 | 开发了细胞类型特异性染色质分析技术,整合多组学数据揭示体内干细胞群的基因组调控差异 | NA | 研究体内成人干细胞的转录、染色质和复制时序特征 | 果蝇睾丸中的生殖干细胞样细胞和体细胞囊干细胞样细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,组蛋白修饰分析,复制时序分析 | NA | 转录组数据,染色质数据,复制时序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1600 | 2026-01-08 |
Correlation of G protein-coupled receptor and tumor microenvironment with gastric cancer outcomes and therapies
2026-Jan-05, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003605
PMID:41486495
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和转录组数据,构建了一个基于G蛋白偶联受体和肿瘤微环境的分类器,用于预测胃癌的预后和治疗反应 | 首次开发了一个结合GPCR特征和TME评分的分类器,能够将胃癌患者分为四个预后不同的亚组,并预测免疫检查点阻断治疗的反应 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,临床样本量较小(仅10例),需要更大规模的前瞻性研究进行验证 | 探究G蛋白偶联受体和肿瘤微环境在胃癌预后和治疗中的作用,并开发预测模型 | 胃癌组织样本和公共数据库中的转录组数据 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,bulk转录组测序,qRT-PCR | Cox比例风险回归,LASSO回归,风险模型 | RNA测序数据,基因表达数据 | 公共数据库数据(GSE167297,GSE62254,TCGA-STAD)和10例临床胃癌组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |