单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27986 篇文献，本页显示第 1581 - 1600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1581 | 2025-05-08 |
Single-cell RNA sequencing and AlphaFold 3 insights into cytokine signaling and its role in uveal melanoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1458041
PMID:39916959
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和AlphaFold 3技术，揭示了葡萄膜黑色素瘤（UVM）中的细胞异质性及其与细胞因子信号传导的关系，并鉴定了预后生物标志物 | 首次在UVM中构建了单细胞分辨率的细胞因子反应字典，并利用AlphaFold 3预测关键蛋白的3D结构 | 样本量相对有限，且主要依赖生物信息学分析，需要进一步实验验证 | 阐明UVM的细胞异质性并鉴定预后生物标志物，为靶向治疗提供依据 | 葡萄膜黑色素瘤（UVM）的原发性和转移性肿瘤样本 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9筛选分析、AlphaFold 3 | LASSO回归、ROC曲线分析、Kaplan-Meier生存分析 | RNA-seq数据、蛋白质结构预测数据 | TCGA-UVM和GSE84976队列中的样本 |
| 1582 | 2025-05-08 |
Deciphering the role of metal ion transport-related genes in T2D pathogenesis and immune cell infiltration via scRNA-seq and machine learning
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1479166
PMID:39926598
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和机器学习探索了2型糖尿病（T2D）的发病机制，特别关注免疫细胞浸润 | 结合scRNA-seq和12种机器学习算法，识别了与金属离子转运相关的关键基因，并揭示了它们与免疫细胞的关联 | 研究样本量有限，仅分析了T2D和非糖尿病患者的胰岛细胞数据 | 探索T2D的分子机制，特别是金属离子转运相关基因在疾病中的作用 | T2D和非糖尿病患者的胰岛细胞 | 机器学习 | 2型糖尿病 | scRNA-seq, ssGSEA, PPI网络分析 | Stepglm[backward] plus GBM | RNA测序数据 | T2D和ND患者的胰岛细胞数据 |
| 1583 | 2025-05-08 |
Single-cell sequencing uncovers the mechanistic role of DAPK1 in glioma and its diagnostic and prognostic implications
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1463747
PMID:39926603
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研究论文 | 通过单细胞测序技术研究DAPK1在胶质瘤中的机制作用及其诊断和预后意义 | 利用单细胞RNA测序数据识别与生存相关的基因簇，并开发基于DAPK1的预后模型 | DAPK1在胶质瘤中的具体机制尚未完全阐明 | 开发基于DAPK1的预后标志物以预测胶质瘤患者的预后 | 胶质瘤患者 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA-seq, 微阵列 | LASSO, 逐步回归算法 | RNA-seq数据, 微阵列数据, 单细胞RNA测序数据 | 来自TCGA和GEO的胶质瘤患者数据 |
| 1584 | 2025-05-08 |
Single-cell RNA sequencing revealed PPARG promoted osteosarcoma progression: based on osteoclast proliferation
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1506225
PMID:39936154
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究PPARG在促进骨肉瘤进展中的作用，重点关注破骨细胞增殖 | 首次在单细胞水平上识别出C2MKI67+破骨细胞亚群，并发现PPARG作为关键转录因子在破骨细胞增殖和分化中的重要作用 | 研究主要基于单细胞测序数据的分析，需要进一步的体内外实验验证 | 寻找新的骨肉瘤治疗靶点以阻止肿瘤进展和局部扩散 | 骨肉瘤患者和破骨细胞 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR, CCK-8实验, 伤口愈合实验, Transwell实验 | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 1585 | 2025-05-08 |
Serum and tear autoantibodies from NOD and NOR mice as potential diagnostic indicators of local and systemic inflammation in Sjögren's disease
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1516330
PMID:39936155
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研究论文 | 研究通过分析NOD和NOR小鼠的血清和泪液自身抗体，探讨其在干燥综合征（SjD）相关局部和全身炎症中的潜在诊断价值 | 首次在两种SjD小鼠模型中系统比较了血清和泪液自身抗体的差异，并发现泪液IgA同型自身抗体比IgG更具多样性 | 研究仅使用雄性小鼠模型，可能无法完全反映人类SjD的性别差异特征 | 探索干燥综合征相关自身抗体的诊断标志物 | NOD和NOR小鼠的泪腺组织、血清和泪液样本 | 自身免疫疾病研究 | 干燥综合征 | 免疫荧光、自身抗体微阵列、scRNA-Seq | NOD和NOR小鼠模型 | 蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | 两种SjD小鼠模型（具体数量未明确说明）与健康BALB/c小鼠对照 |
| 1586 | 2025-05-08 |
SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors
2023-12-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43498-3
PMID:38040699
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研究论文 | 研究SMARCB1基因缺失如何激活恶性横纹肌样瘤(MRT)中患者特异性的远端致癌增强子 | 揭示了SMARCB1缺失导致患者特异性远端增强子与MYC癌基因启动子形成环状结构的机制 | 研究主要基于患者来源的类器官模型，可能无法完全反映体内肿瘤的复杂性 | 阐明SMARCB1缺失在MRT肿瘤发生中的表观遗传重编程机制 | 恶性横纹肌样瘤(MRT)患者来源的类器官组织和患者MRT组织 | 癌症表观遗传学 | 恶性横纹肌样瘤 | 多组学分析、染色体构象捕获实验、单细胞RNA-seq和ATAC-seq | NA | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据 | 患者来源的MRT类器官和患者MRT组织样本 |
| 1587 | 2025-05-08 |
PD-1- CD45RA+ effector-memory CD8 T cells and CXCL10+ macrophages are associated with response to atezolizumab plus bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma
2023-11-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43381-1
PMID:38030622
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析了接受atezo/bev治疗的晚期肝细胞癌患者的肿瘤内和周围免疫环境，揭示了与治疗反应相关的免疫细胞特征 | 首次在单细胞水平上揭示了atezo/bev治疗反应的免疫机制，发现了PD-1-CD45RA+效应记忆CD8 T细胞和CXCL10+巨噬细胞与治疗反应的相关性 | 样本量有限，需要更大规模的验证研究 | 探索atezo/bev在晚期肝细胞癌中产生持久治疗反应的免疫机制 | 晚期肝细胞癌患者 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量（晚期肝细胞癌患者） |
| 1588 | 2025-05-08 |
Integrating spatial and single-cell transcriptomics data using deep generative models with SpatialScope
2023-11-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43629-w
PMID:38030617
|
research paper | 提出了一种名为SpatialScope的深度生成模型方法，用于整合空间转录组学和单细胞转录组学数据 | 通过创新的模型和算法设计，SpatialScope能够将基于测序的空间转录组数据提升至单细胞分辨率，并为基于图像的空间转录组数据准确推断全转录组表达水平 | 未明确提及具体局限性 | 解决当前空间转录组技术在细胞分辨率或全转录组分析方面的局限性 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序参考数据 | digital pathology | NA | next-generation sequencing, fluorescence in situ hybridization, scRNA-seq | deep generative models | spatial transcriptomics data, single-cell transcriptomics data | NA |
| 1589 | 2025-05-08 |
Cellular underpinnings of the selective vulnerability to tauopathic insults in Alzheimer's disease
2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.06.548027
PMID:38076913
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研究论文 | 本研究探讨了阿尔茨海默病中tau病理选择性易损性的细胞基础 | 首次在全脑水平上揭示了细胞类型组成与tau病理选择性易损性的关系，并发现其与风险基因的贡献不同 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 揭示阿尔茨海默病中tau病理选择性易损性的细胞机制 | 小鼠大脑中的神经元和非神经元细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | Matrix Inversion and Subset Selection (MISS)分析流程 | 基因表达数据 | 12种不同的PS19转基因小鼠模型中的5项研究数据 |
| 1590 | 2025-05-08 |
Impact of Memory T Cells on SARS-COV-2 Vaccine Response in Hematopoietic Stem Cell Transplant
2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564259
PMID:37961434
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研究论文 | 研究造血干细胞移植（HSCT）受者中记忆T细胞对SARS-COV-2疫苗反应的影响 | 揭示了HSCT受者在接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后记忆T细胞群的缺陷及其与T细胞反应缺失的关联 | 样本量较小（42名HSCT受者和5名健康对照） | 评估HSCT受者对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的体液和适应性免疫反应 | 造血干细胞移植（HSCT）受者和健康对照 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序、TCR和BCR测序 | NA | 血清、外周血单核细胞 | 42名HSCT受者和5名健康对照 |
| 1591 | 2025-05-08 |
Predicting tumor immune microenvironment and checkpoint therapy response of head & neck cancer patients from blood immune single-cell transcriptomics
2023-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.17.524455
PMID:36789425
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研究论文 | 研究通过血液免疫单细胞转录组学预测头颈癌患者的肿瘤免疫微环境和检查点治疗反应 | 首次展示通过外周血单核细胞的单细胞RNA测序推断肿瘤免疫状态，并预测免疫治疗反应的能力 | 需要更大规模的测试验证方法的普适性 | 探索通过血液免疫状态预测肿瘤免疫微环境和免疫治疗反应的可行性 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者 | 数字病理学 | 头颈癌 | scRNA-Seq | NA | 单细胞转录组数据 | 两个HNSCC患者数据集 |
| 1592 | 2025-05-07 |
Dual cytokine-engineered macrophages rejuvenate the tumor microenvironment and enhance anti-PD-1 therapy in renal cell carcinoma
2025-May-27, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114725
PMID:40294469
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研究论文 | 开发了一种双细胞因子工程化的巨噬细胞，用于重编程肾细胞癌的肿瘤微环境并增强抗PD-1治疗的响应 | 使用双细胞因子（IL-12和CXCL-9）工程化的巨噬细胞，能够重塑肿瘤微环境并显著增强抗PD-1治疗的效果 | 研究尚未涉及临床转化后的长期效果和安全性评估 | 克服肾细胞癌对检查点抑制剂的耐药性，提高抗PD-1治疗的疗效 | 肾细胞癌（RCC）的肿瘤微环境（TME）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs） | 肿瘤免疫治疗 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 1593 | 2025-05-07 |
Effects of Bacterial Infections under Heatwaves on Chinese Soft-Shelled Turtles and Their Single-Cell Transcriptomic Landscapes
2025-May-06, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.4c09111
PMID:40274607
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研究论文 | 本研究探讨了细菌感染和热浪双重压力对中华鳖的影响，通过单细胞转录组、行为和生理指标的综合分析 | 首次整合单细胞转录组、行为和生理指标，研究中华鳖在细菌感染和热浪双重压力下的免疫反应 | 研究仅针对中华鳖，结果可能不适用于其他物种 | 探究细菌感染和热浪双重压力对中华鳖的影响及其免疫反应机制 | 中华鳖 | 生态学与免疫学 | 细菌感染 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据、行为数据、生理指标 | 四组中华鳖（基于温度与感染状态分组） |
| 1594 | 2025-05-07 |
Astaxanthin promotes in vitro maturation of mouse oocytes by regulating mitochondrial functions and protein homeostasis
2025-May-05, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf107
PMID:40324205
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研究论文 | 研究虾青素通过调节线粒体功能和蛋白质稳态促进小鼠卵母细胞体外成熟的作用 | 首次报道虾青素在小鼠卵母细胞体外成熟(IVM)中的作用，并揭示其通过增强线粒体活性和调节蛋白质稳态来提高成熟率 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种或临床前研究 | 探究虾青素对小鼠卵母细胞体外成熟和早期胚胎发育的影响 | 小鼠卵母细胞 | 生殖生物学 | NA | 单细胞转录组测序、微蛋白质组学、透明带激光打孔辅助体外受精(IVF) | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | 未明确说明具体数量的小鼠卵母细胞 |
| 1595 | 2025-05-07 |
Quasi-spatial single-cell transcriptome based on physical tissue properties defines early aging associated niche in liver
2025-May-05, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00857-7
PMID:40325195
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研究论文 | 该研究开发了一种名为FiNi-seq的方法，通过利用组织的物理特性富集与衰老相关的纤维化微环境，并进行单细胞RNA测序和单核ATAC测序分析，以探索衰老初期微环境的特征 | 开发了FiNi-seq方法，能够富集稀缺的衰老相关纤维化微环境细胞，并进行准空间分析，发现了具有衰老表型的Wif1和Smoc1产生间充质细胞群 | 研究仅针对雄性小鼠的肝脏，未涉及其他组织或性别，且衰老细胞的稀缺性和技术偏差可能影响分析结果 | 探索衰老初期微环境的特征及其潜在治疗靶点 | 年轻和年老雄性小鼠的肝脏组织 | 单细胞测序 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单核ATAC测序(ATAC-seq), FiNi-seq | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据 | 年轻和年老雄性小鼠的肝脏组织样本 |
| 1596 | 2025-05-07 |
Single-cell RNA Sequencing Identifies Prognostic Biomarkers in Extramedullary Multiple Myeloma
2025-May-05, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术识别了髓外多发性骨髓瘤的预后生物标志物 | 利用LASSO方法开发预后特征，并通过外部MM队列验证其效能，揭示了CD4+ T细胞作为与MM进展相关的主要免疫细胞类型 | 研究依赖于公共数据库的转录组数据，可能受限于数据的质量和样本量 | 研究与髓外进展相关的多发性骨髓瘤克隆进化特征，识别新的预后生物标志物 | 多发性骨髓瘤（MM）患者 | digital pathology | multiple myeloma | scRNA-seq, LASSO | risk score model | transcriptomic profiles, scRNA-seq data | 126 DEGs identified, external MM cohorts for validation |
| 1597 | 2025-05-07 |
Identifying the Pattern Characteristics of Anoikis-Related Genes in Keloid
2025-May, Advances in wound care
IF:5.8Q1
DOI:10.1089/wound.2024.0027
PMID:38775414
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research paper | 该研究首次全面分析了anoikis相关基因(ARGs)在瘢痕疙瘩(KD)中的作用，并鉴定了六个核心ARGs | 首次研究ARGs在KD中的潜在价值，并鉴定了六个核心ARGs及其与KD免疫浸润的关联 | 研究仅基于三个KF RNA-seq数据集，样本量有限 | 探究ARGs在KD中的表达特征及其分子机制 | 瘢痕疙瘩(KD)和anoikis相关基因(ARGs) | 生物信息学 | 瘢痕疙瘩 | RNA-seq, 单细胞测序, LASSO-Cox回归分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 三个KF RNA-seq数据集 |
| 1598 | 2025-05-07 |
Exploring genetic and immune cell dynamics in systemic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection via machine learning
2025-May-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae537
PMID:39361430
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research paper | 本研究通过机器学习方法探索系统性红斑狼疮（SLE）患者与EB病毒感染相关的关键基因和免疫细胞动态 | 首次识别出IFI27作为SLE患者EBV感染的关键基因，并揭示了其对CD4 CTL和B细胞亚型的影响 | 研究样本量有限，且仅基于公开数据集分析 | 阐明SLE患者EBV感染的分子机制并寻找潜在诊断和治疗靶点 | 系统性红斑狼疮患者与EB病毒感染 | machine learning | systemic lupus erythematosus | RNA-seq, single-cell RNA sequencing, CIBERSORTx | machine-learning algorithms | gene expression data | 多个GEO数据集（GSE50772、GSE81622、GSE85599、GSE45918） |
| 1599 | 2025-05-07 |
KanCell: dissecting cellular heterogeneity in biological tissues through integrated single-cell and spatial transcriptomics
2025-May, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2024.11.009
PMID:39577768
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research paper | KanCell是一种基于Kolmogorov-Arnold网络（KAN）的深度学习模型，旨在通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学（ST）数据来增强细胞异质性分析 | KanCell利用KAN有效捕捉非线性关系并优化计算效率，为ST提供了准确高效的工具 | NA | 通过整合单细胞和空间转录组学数据，增强细胞异质性分析，揭示疾病微环境并识别治疗靶点 | 人类淋巴结、心脏、黑色素瘤、乳腺癌、背外侧前额叶皮层和小鼠胚胎大脑 | digital pathology | melanoma, breast cancer | single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics (ST) | Kolmogorov-Arnold networks (KAN) | gene expression data | 模拟和真实数据集，包括STARmap、Slide-seq、Visium和Spatial Transcriptomics技术的数据 |
| 1600 | 2025-05-07 |
Single-cell multiomics reveals a gene regulatory circuit driving leukemia cell differentiation
2025-May, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03309-z
PMID:39984714
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析揭示了ATRA诱导白血病细胞分化的基因调控回路 | 整合单细胞染色质可及性和转录组分析，发现SPI1和CEBPE组成的正反馈基因调控回路驱动白血病细胞分化 | 研究主要基于NB4细胞系，在其他白血病细胞类型中的普适性需要进一步验证 | 探索ATRA诱导急性早幼粒细胞白血病细胞分化的调控机制 | PML/RARα急性早幼粒细胞白血病(APL)细胞系NB4，以及非APL白血病细胞系HL60和K562 | 单细胞多组学 | 急性早幼粒细胞白血病 | 单细胞染色质可及性分析，单细胞转录组分析 | NA | 单细胞多组学数据 | NB4、HL60和K562白血病细胞系 |