单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24273 篇文献，本页显示第 1561 - 1580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1561 | 2024-12-01 |
scEMB: Learning context representation of genes based on large-scale single-cell transcriptomics
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614685
PMID:39386549
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研究论文 | 本文介绍了一种基于大规模单细胞转录组数据的变压器深度学习模型scEMB，用于捕获上下文感知的基因嵌入 | scEMB采用了一种创新的binning策略，能够跨平台整合数据，有效保留基因表达层次和细胞类型特异性 | NA | 开发一种能够从大规模单细胞转录组数据中提取生物学意义洞察的工具 | 基因嵌入和基因关系 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学 | 变压器 | 基因表达数据 | 超过3000万个单细胞转录组 |
| 1562 | 2024-12-01 |
Single Cell Profiling in the Sox10 Dom/+ Hirschsprung Mouse Implicates Hoxa6 in Enteric Neuron Lineage Allocation
2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613729
PMID:39345473
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研究论文 | 研究探讨了Sox10 Dom/+小鼠模型中Hoxa6基因在肠神经系统（ENS）神经元谱系分配中的作用 | 首次报告了Hox基因在肠神经元谱系多样化中的作用 | NA | 研究Sox10缺陷如何影响肠神经元亚型的比例 | Sox10 +/+和Sox10 Dom/+小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠神经胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | Sox10 +/+和Sox10 Dom/+小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠神经胶质细胞 |
| 1563 | 2024-12-01 |
Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612147
PMID:39314271
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人类气道上皮细胞在感染两种不同真菌病原体后的细胞类型特异性反应 | 首次报道了单细胞转录组分析人类气道上皮细胞感染或后的数据，为解析疾病机制和识别可靶向通路提供了重要数据 | NA | 研究人类气道上皮细胞在感染不同真菌病原体后的细胞反应机制 | 人类气道上皮细胞和两种真菌病原体 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1564 | 2024-12-01 |
Empowering Precision Oncology: Advancing Cancer Research by Augmenting Single-cell RNA and Bulk RNA Sequencing for Confronting the Heterogeneity in Ovarian Cancer
2024 Jul-Sep, Journal of mid-life health
IF:1.2Q3
DOI:10.4103/jmh.jmh_93_23
PMID:39610955
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研究论文 | 本研究探讨了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序在卵巢癌分子水平上的应用 | 强调了scRNA-Seq在揭示卵巢肿瘤复杂细胞组成和表型可塑性中的关键作用，并展示了其在新生物标志物发现和治疗靶点识别中的应用 | NA | 通过增强对卵巢癌分子水平的理解，推动精准肿瘤学的发展 | 卵巢癌的分子特征和细胞异质性 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1565 | 2024-12-01 |
Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers
2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.05.592608
PMID:38766132
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研究论文 | 本文开发了一种无监督训练方案和基于transformer的深度学习架构，用于使用空间转录组数据在整个小鼠大脑中检测空间域 | 本文提出了一种新的transformer架构，能够从粗到细粒度地识别小鼠大脑中的空间域，并能发现其他方法无法识别的未分类亚区域 | NA | 开发一种新的方法来定义小鼠大脑的空间组织 | 小鼠大脑的空间域 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | transformer | 空间转录组数据 | 多只小鼠的全脑数据 |
| 1566 | 2024-12-01 |
Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease
2024-06, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00474-4
PMID:39215134
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研究论文 | 本文通过重建基因调控网络，揭示了血管平滑肌细胞增殖的分子决定因素，并识别了新的增殖调控因子 | 通过单细胞转录组学和表观遗传学分析，重建了基因调控网络，识别了新的增殖调控因子RUNX1和TIMP1，并验证了其在血管疾病中的潜在作用 | NA | 揭示血管平滑肌细胞增殖的分子机制，识别新的调控因子 | 血管平滑肌细胞的增殖调控因子 | 基因调控 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、表观遗传学分析 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA |
| 1567 | 2024-12-01 |
Strategies for arterial graft optimization at the single-cell level
2024-05, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00464-6
PMID:39195932
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研究论文 | 通过分析不同动脉移植物的单细胞转录组，提出基于内乳动脉（ITA）的桡动脉（RA）和胃网膜右动脉（RGA）优化策略 | 首次通过单细胞转录组分析不同动脉移植物的细胞特征，并提出优化策略 | 研究仅限于细胞水平，未涉及临床试验验证 | 优化冠状动脉搭桥术中使用的动脉移植物 | 内乳动脉（ITA）、桡动脉（RA）和胃网膜右动脉（RGA） | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | 不同动脉移植物的单细胞样本 |
| 1568 | 2024-12-01 |
A Systematic Overview of Single-Cell Transcriptomics Databases, their Use cases, and Limitations
2024-Apr-15, ArXiv
PMID:38699169
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综述 | 本文系统地概述了单细胞转录组学数据库、其应用案例和局限性 | 本文提出了通过用户友好的基于网络的平台来弥合计算科学家和湿实验室科学家之间的差距，以促进跨学科研究 | 本文讨论了构建大规模单细胞RNA测序数据库的技术和方法学挑战 | 本文旨在探讨单细胞RNA测序数据库的利用和局限性，以促进有效利用这些数据进行稳健的发现和识别新的生物学见解 | 本文研究了大规模单细胞RNA测序数据库，并根据其范围和目的进行了分类 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因组数据 | NA |
| 1569 | 2024-12-01 |
A genome-wide CRISPR screen identifies BRD4 as a regulator of cardiomyocyte differentiation
2024-03, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00431-1
PMID:39196112
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研究论文 | 本研究通过全基因组CRISPR筛选，揭示了BRD4在心肌细胞分化中的调控作用 | 首次揭示了BRD4在心肌细胞命运决定中的新角色，并发现SHF心脏前体细胞对BRD4的需求存在异质性 | NA | 研究BRD4在心肌细胞分化中的作用 | 人诱导多能干细胞（hiPSC）和心肌细胞（CM）的分化 | NA | 心血管疾病 | CRISPR筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 1570 | 2024-12-01 |
Bone morphogenic protein-4 availability in the cardiac microenvironment controls inflammation and fibrosis in autoimmune myocarditis
2024-03, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00432-0
PMID:39196111
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研究论文 | 研究探讨了骨形态发生蛋白4（BMP4）在心脏微环境中的作用，揭示了其在控制自身免疫性心肌炎中的炎症和纤维化过程中的关键作用 | 首次通过单细胞转录组学分析揭示了BMP4在心脏组织稳态中的作用，并证明了通过抗体介导的BMP抑制剂中和可以改善心肌炎症 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本的单细胞转录组学分析，可能需要进一步的临床验证 | 探讨BMP4在自身免疫性心肌炎中的分子机制及其在炎症和纤维化控制中的作用 | BMP4在心脏微环境中的作用及其对心肌炎和纤维化的影响 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类心肌组织样本 |
| 1571 | 2024-12-01 |
Kupffer cells dictate hepatic responses to the atherogenic dyslipidemic insult
2024-03, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00448-6
PMID:39196121
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研究论文 | 研究探讨了Kupffer细胞在应对动脉粥样硬化性血脂异常损伤中的作用 | 首次揭示了Kupffer细胞在肝脏对动脉粥样硬化性血脂异常损伤的早期响应中的关键作用，并展示了Kupffer细胞特异的转录程序 | 研究主要基于诱导模型，可能无法完全代表自然状态下的情况 | 探讨肝脏在动脉粥样硬化性血脂异常损伤中的响应机制 | Kupffer细胞在肝脏中的作用及其对血脂异常的响应 | NA | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1572 | 2024-12-01 |
Massively parallel single-cell sequencing of diverse microbial populations
2024-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02157-7
PMID:38233503
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研究论文 | 本文介绍了一种简单、稳健且可推广的高通量单细胞测序方法，用于多样性微生物群体中的目标基因座测序 | 开发了一种名为DoTA-seq的新方法，利用简单的液滴微流控设备进行高通量单细胞测序，适用于多样性微生物群体 | NA | 研究微生物群体中的单细胞遗传异质性 | 人类和小鼠肠道微生物群中的抗生素抗性基因和质粒 | 基因组学 | NA | 液滴微流控技术 | NA | 基因组数据 | 超过10个抗生素抗性基因和质粒 |
| 1573 | 2024-12-01 |
SEVtras delineates small extracellular vesicles at droplet resolution from single-cell transcriptomes
2024-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02117-1
PMID:38049696
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SEVtras的算法，利用基于液滴的单细胞RNA测序技术，从单细胞转录组中识别小细胞外囊泡（sEVs）并估计其分泌活性 | SEVtras算法能够高效地捕获含有sEVs的液滴，并表征特定细胞类型的分泌活性，为研究sEVs的异质性和细胞行为提供了新的工具 | NA | 开发一种高吞吐量技术来解析sEVs的复杂异质性并揭示其分泌机制 | 小细胞外囊泡（sEVs）及其在肿瘤进展中的作用 | 单细胞测序 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 四个肿瘤scRNA-seq数据集 |
| 1574 | 2024-12-01 |
demuxSNP: supervised demultiplexing single-cell RNA sequencing using cell hashing and SNPs
2024-Jan-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae090
PMID:39607981
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研究论文 | 提出了一种名为demuxSNP的监督算法，利用细胞标记和单核苷酸多态性（SNPs）进行单细胞RNA测序数据的解复用 | demuxSNP结合了细胞标记和SNP数据，解决了仅使用单一数据模态的解复用方法的局限性，提高了低质量标记数据下的解复用性能 | NA | 开发一种新的解复用算法，以提高单细胞RNA测序实验的成本效益和数据质量 | 单细胞RNA测序数据，特别是低质量标记数据和存在类大小不平衡的数据 | 生物信息学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 监督学习 | RNA测序数据 | 模拟和真实数据，包括5-50%的双胞率 |
| 1575 | 2024-12-01 |
Deciphering the impact of senescence in kidney transplant rejection: An integrative machine learning and multi-omics analysis via bulk and single-cell RNA sequencing
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0312272
PMID:39602449
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研究论文 | 本文通过综合机器学习和多组学分析，研究了衰老在肾移植排斥中的影响 | 首次整合衰老相关基因（SRGs）和机器学习算法，开发了急性排斥（AR）诊断模型和长期移植物存活预测模型 | 研究主要基于公开数据集，未涉及临床试验验证 | 探讨衰老与肾移植排斥的关系，开发诊断和预测模型 | 衰老相关基因（SRGs）在肾移植排斥中的作用 | 机器学习 | 肾移植 | RNA测序 | 随机森林（RF）、支持向量机（SVM）、XGBoost、广义线性模型（GLM）和LASSO | 基因表达数据 | 多个公开数据集中的样本 |
| 1576 | 2024-12-01 |
Integrative analysis of single-cell transcriptomic and multilayer signaling networks in glioma reveal tumor progression stage
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1446903
PMID:39606019
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研究论文 | 本文介绍了一种综合框架，利用单细胞RNA测序数据和多层信号网络模型研究胶质瘤进展阶段的分子变化 | 本文创新性地结合单细胞RNA测序数据和多层网络模型，揭示了胶质瘤进展阶段的关键分子关系和信号通路 | NA | 研究胶质瘤进展阶段的分子变化及其对治疗和预后的影响 | 胶质瘤的单细胞RNA测序数据和多层信号网络 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | 多层网络模型 | 基因表达数据 | NA |
| 1577 | 2024-12-01 |
Identification of altered immune cell types and molecular mechanisms in Alzheimer's disease progression by single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2024.1477327
PMID:39610716
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别阿尔茨海默病进展中改变的免疫细胞类型和分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别阿尔茨海默病中特定的免疫细胞类型和差异表达基因，并发现UFC1可能作为潜在的生物标志物 | 研究主要基于已有的数据集，缺乏对新样本的验证 | 揭示阿尔茨海默病进展中的分子机制，寻找潜在的治疗靶点和生物标志物 | 阿尔茨海默病中的免疫细胞类型和差异表达基因 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE181279、GSE63060和GSE63061数据集中的样本 |
| 1578 | 2024-12-01 |
Exploring the feasibility of using mice as a substitute model for investigating microglia in aging and Alzheimer's disease though single cell analysis
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0311374
PMID:39591421
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研究论文 | 研究通过单细胞分析探讨小鼠作为衰老和阿尔茨海默病中微胶质细胞替代模型的可行性 | 首次通过单核RNA测序和单细胞RNA测序比较人类和小鼠在衰老和阿尔茨海默病中微胶质细胞的异同 | 小鼠模型无法完全替代人类样本进行阿尔茨海默病和衰老研究 | 探讨小鼠作为研究衰老和阿尔茨海默病中微胶质细胞的替代模型的可行性 | 人类和小鼠的微胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序 (snRNA-seq) 和单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 人类数据集GSE198323和GSE127892的小鼠数据集 |
| 1579 | 2024-12-01 |
Spatial Transcriptomics Resolve an Emphysema-specific Lymphoid Follicle B Cell Signature in COPD
2023-Dec-08, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202303-0507OC
PMID:38064378
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研究论文 | 研究分析了慢性阻塞性肺疾病（COPD）中与肺气肿相关的淋巴滤泡（LF）的转录组特征 | 揭示了肺气肿患者淋巴滤泡中B细胞活化的独特转录组特征 | 研究样本仅限于40名COPD患者和吸烟者，可能无法代表所有COPD患者的情况 | 探讨COPD患者中肺气肿与淋巴滤泡B细胞免疫成分的关系 | COPD患者和吸烟者的肺组织中的淋巴滤泡 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 40名COPD患者和吸烟者的肺组织样本 |
| 1580 | 2024-12-01 |
A clinically applicable integrative molecular classification of meningiomas
2021-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03850-3
PMID:34433969
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研究论文 | 本文介绍了一种临床适用的脑膜瘤整合分子分类方法 | 通过结合DNA体细胞拷贝数异常、DNA体细胞点突变、DNA甲基化和信使RNA丰度，提出了四种共识分子组，这些分子组比现有分类方案更准确地预测临床结果 | NA | 开发一种能够可靠反映肿瘤行为并指导治疗的脑膜瘤分子分类方法 | 脑膜瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | DNA甲基化测序、RNA测序 | NA | DNA、RNA | NA |