单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 44757 篇文献，本页显示第 1521 - 1540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1521 | 2026-10-03 |
Targeting Oncomucin-Driven Immunosuppression Improves the Efficacy of K-rasG12D Inhibition in Pancreatic Cancer
2026-Oct, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2026.04.041
PMID:42191046
|
研究论文 | 该研究整合单细胞RNA测序、多重/序贯免疫染色和小鼠模型，揭示了胰腺导管腺癌中致癌性去 novo 黏蛋白（oncoMUCs）通过EGFR/UNC5B信号通路促进免疫抑制，并证明靶向oncoMUCs可增强K-rasG12D抑制剂（MRTX1133）的疗效 | 首次系统性地研究了oncoMUCs（MUC4、MUC16和MUC5AC）作为整体在胰腺导管腺癌进展和肿瘤微环境中的集体影响，发现跨膜oncoMUCs通过EGFR/UNC5B信号通路协同上调免疫检查点分子（VISTA、TIM3、PD-L1），促进免疫逃逸；并首次提出靶向oncoMUCs（使用Istradefylline）可增强K-rasG12D抑制剂的疗效 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 评估以患者为中心的oncoMUCs对肿瘤微环境的影响，为胰腺导管腺癌的诊断和治疗策略提供依据 | 胰腺导管腺癌（PDA）患者样本及小鼠模型中的oncoMUCs（MUC4、MUC16和MUC5AC）及其亚群 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、多重/序贯免疫染色、NanoString profiling、基因沉默、小鼠模型 | NA | 图像、文本 | 单细胞RNA测序样本34例，以及多重/序贯免疫染色样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1522 | 2026-10-03 |
Immune-mediated rheumatoid arthritis: from single-cell genomics to new therapies
2026-Oct, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-026-02639-8
PMID:42675115
|
综述 | 本文综述了单细胞基因组学在免疫介导的类风湿关节炎研究中的应用，并探讨了如何利用空间转录组学、离体机制研究、类器官和动物模型来推动对疾病发病机制的理解，从而设计新的治疗策略 | 提出了将空间转录组学、离体机制研究、类器官研究和基于人类疾病数据改进的动物模型相结合，以从描述性数据中获取因果和机制见解的新视角 | 目前单细胞基因组学数据 largely descriptive and correlative，难以直接揭示因果关系和疾病机制 | 探讨如何利用单细胞基因组学及其他技术推进对免疫介导的类风湿关节炎发病机制的理解，并基于此设计新的治疗策略和临床试验 | 免疫介导的关节炎，特别是类风湿关节炎 | 单细胞基因组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞基因组学, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1523 | 2026-10-03 |
Accurate reconstruction of spatial cell-type maps and characterization of domain-specific functions based on a gene-aware heterogeneous network
2026-Oct-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.282246.126
PMID:42642330
|
研究论文 | 本文提出了一种基因感知异构图注意力网络STGnet，用于空间转录组数据的细胞类型解卷积和功能注释 | 提出基因感知异构图注意力网络STGnet，利用混合伪斑点生成策略捕获空间富集的细胞类型模式，统一整合空间邻接、转录相似性和基因-斑点关联，并通过注意力权重突出域特异性基因实现可解释的域注释 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 准确重建空间细胞类型图谱并表征域特异性功能 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 异构图注意力网络 | 基因表达数据, 空间数据 | 模拟和真实数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1524 | 2026-10-03 |
E protein-driven iNKT subset modulation shapes early immune responses during influenza A virus infection
2026-Oct-01, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1093/ajrcmb/aanag054
PMID:42089345
|
研究论文 | 该研究利用具有正常iNKT细胞数量但不同iNKT亚群组成的基因改造小鼠品系（NKTWT和NKTET2），分析了不同iNKT功能亚群对甲型流感病毒感染结局的影响，发现iNKT亚群组成的改变通过改变早期免疫应答特征来影响感染结果 | 首次利用iNKT细胞数量正常但亚群组成不同的基因改造小鼠品系（NKTET2），系统揭示了iNKT功能亚群（iNKT1、iNKT2、iNKT17）的相对比例变化而非细胞总数对IAV感染早期免疫应答和疾病结局的决定性影响，并发现NKTET2小鼠中iNKT应答从I型向17型转变 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证；未明确E蛋白具体如何驱动iNKT亚群分化的分子机制；样本量及具体小鼠数量未在摘要中说明 | 探究不同iNKT功能亚群（iNKT1、iNKT2、iNKT17）在甲型流感病毒感染早期免疫应答中的作用及其对感染结局的影响 | 基因改造小鼠品系（NKTWT和NKTET2）及其iNKT细胞亚群、甲型流感病毒感染模型 | 免疫学 | 流感病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本（基因表达数据） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1525 | 2026-10-03 |
MMP12 induces fibrogenic macrophage differentiation to drive granuloma-associated cardiac fibrosis
2026-Oct-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1093/ajrccm/aamag354
PMID:42523188
|
研究论文 | 该研究通过小鼠模型和单细胞RNA测序揭示了MMP12在心脏结节病中诱导纤维化巨噬细胞分化并驱动肉芽肿相关心脏纤维化的机制 | 首次发现MMP12是巨噬细胞内在的诱导因子和主要效应分子，将纤维化巨噬细胞身份与肉芽肿结构和心脏纤维化联系起来，并提出了不同于上游mTORC1抑制的治疗策略 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究肉芽肿性炎症如何在巨噬细胞效应功能层面转化为纤维化重塑，特别是mTORC1依赖的巨噬细胞激活在心脏结节病中的作用机制 | 小鼠模型（髓系特异性Tsc2缺失）和人类心脏结节病组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1526 | 2026-10-03 |
Integrative Single-Cell Transcriptomics, Multi-Omics Analyses, and Computational Pharmacology Reveal Macrophage Heterogeneity and the Putative THBS1-CD36 Axis in Coronary Atherosclerosis
2026-Oct, Chemical biology & drug design
IF:3.2Q3
DOI:10.1111/cbdd.70399
PMID:42811239
|
研究论文 | 该研究通过整合单细胞转录组学、多组学分析和计算药理学，构建了人类冠状动脉粥样硬化（CA）的单细胞转录组图谱，揭示了巨噬细胞异质性，并预测了THBS1-CD36轴在CA中的潜在作用。 | 首次构建了人类冠状动脉粥样硬化的单细胞转录组图谱，鉴定出六个巨噬细胞亚群，特别是THBS1+巨噬细胞亚群；发现了模块NEW10作为该亚群的特异性分子特征；预测了THBS1-CD36配体-受体相互作用，并通过分子对接和动力学模拟预测了SMS121与CD36的稳定结合；利用NEW10模块基因训练了13种机器学习分类器，其中线性核SVM和朴素贝叶斯在区分ACS与sCAD以及破裂斑块与稳定斑块方面达到了最高准确率（AUC=0.9333）。 | 研究主要基于计算预测，THBS1-CD36相互作用和SMS121与CD36的结合需要进一步的实验验证；样本来源可能有限，且未进行功能实验验证。 | 揭示冠状动脉粥样硬化中巨噬细胞的异质性及其细胞间通讯，预测THBS1-CD36相互作用作为进一步机制和药理学研究的候选靶点，并建立基于巨噬细胞的转录特征用于精确风险分层。 | 人类冠状动脉粥样硬化组织中的巨噬细胞亚群，特别是THBS1+巨噬细胞。 | 数字病理学, 机器学习 | 心血管疾病, 冠状动脉粥样硬化 | 单细胞转录组学, 多组学分析, 计算药理学, 分子对接, 分子动力学模拟 | 支持向量机（SVM）, 朴素贝叶斯, 其他机器学习分类器 | 单细胞转录组数据, 图像（分子对接和动力学模拟结构） | 数据集GSE131778中的单细胞转录组样本，具体样本数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1527 | 2026-10-03 |
Single-Cell Mapping Identifies Aging-Associated Neutrophil Remodeling Across Multiple Organs
2026-Oct, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70735
PMID:42811500
|
研究论文 | 该研究整合了年轻和年老小鼠多个器官的单细胞RNA测序数据集，以表征衰老相关的中性粒细胞重塑 | 提供了跨多个器官的中性粒细胞衰老重塑的单细胞图谱，识别了器官依赖性的中性粒细胞丰度和状态组成变化，发现了富集炎症、氧化应激、补体和IL-6相关转录程序的中性粒细胞亚群，以及骨髓中老年富集的HPC11祖细胞群体，并通过计算机扰动分析提名了FGF相关调控因子 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证；依赖计算预测而非实验验证调控因子 | 表征衰老过程中中性粒细胞在多器官中的重塑及其异质性状态 | 年轻和年老小鼠的多个器官（包括骨髓、血液、肝脏、血管等）中的中性粒细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1528 | 2026-10-03 |
Endothelial-specific ACKR1 overexpression attenuates macrophage infiltration and blood-brain barrier disruption after ischemic stroke
2026-Oct, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism
IF:4.9Q1
DOI:10.1177/0271678X261461872
PMID:42281383
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现脑内皮细胞在缺血性卒中后发生炎症重编程，并发现ACKR1上调，通过内皮特异性过表达ACKR1可减少巨噬细胞浸润、保护血脑屏障并改善神经功能 | 首次揭示脑内皮细胞ACKR1在卒中后神经炎症中的主动调控作用，并证明内皮特异性过表达ACKR1可减轻巨噬细胞浸润和血脑屏障破坏 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证；ACKR1过表达的具体分子机制及长期安全性需进一步研究 | 探究脑内皮细胞在缺血性卒中后炎症中的作用，特别是ACKR1的功能及其作为治疗靶点的潜力 | 小鼠缺血性卒中模型中的脑内皮细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1529 | 2026-10-03 |
FGF18 mediates fibroblast-leukemia cross talk to promote acute myeloid leukemia progression
2026-Oct-01, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2026033125
PMID:42360909
|
研究论文 | 该研究揭示了骨髓微环境中成纤维细胞来源的FGF18通过FGFR3-AKT-mTOR-IL-6信号轴与急性髓系白血病细胞形成正反馈环路，促进白血病进展并抑制CD8+ T细胞抗白血病免疫，并开发了FGF18中和抗体作为潜在治疗策略 | 首次鉴定成纤维细胞来源的FGF18作为重塑白血病-免疫相互作用的基质细胞因子；通过单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9筛选和体内功能实验系统阐明了FGF18-FGFR3-AKT-mTOR-IL-6正反馈环路驱动AML进展和免疫功能障碍的新机制；开发了FGF18中和抗体并证明其与抗PD-1疗法协同恢复抗白血病免疫 | 研究主要基于小鼠模型，FGF18中和抗体在人体中的安全性和有效性尚需临床试验验证；单细胞RNA测序样本量有限；未深入探讨其他基质细胞类型或细胞因子在白血病微环境中的协同作用 | 探究非造血基质细胞在白血病发生和免疫功能障碍中的作用，特别是成纤维细胞来源的FGF18在急性髓系白血病进展中的功能和机制，并开发靶向该通路的治疗策略 | 急性髓系白血病（AML）骨髓微环境中的成纤维细胞、白血病细胞和CD8+ T细胞 | 单细胞组学、肿瘤免疫学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9全基因组筛选、流式细胞术、免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据、基因组筛选数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1530 | 2026-10-03 |
Ultrasound-Responsive Piezo-Fenton-Like Microspheres for Modulating Mitochondrial Membrane Potential to Alleviate Intervertebral Disc Degeneration
2026-Oct, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.74317
PMID:42535354
|
研究论文 | 该研究开发了一种超声响应的压电-类芬顿微球（PF@MS），通过调节线粒体膜电位来缓解椎间盘退变 | 首次利用超声激活的压电驱动类芬顿系统（Fe-BTO）微球，通过消耗局部质子将线粒体膜电位从病理状态上调至生理水平，并具有自限性反应特性，同时开发了基于硼酸酯的递送策略 | 未明确说明 | 开发超声响应的压电-类芬顿微球系统，通过调节线粒体膜电位来治疗椎间盘退变 | 椎间盘退变组织、大鼠模型 | 数字病理学、机器学习 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序 | 未明确说明 | 图像、文本 | 未明确说明 | 未明确说明 | 单细胞RNA测序 | 未明确说明 | 未明确说明 |
| 1531 | 2026-10-03 |
A Metabo-Reprogramming Niche Remodeling System Halts Osteoarthritis by Restoring the FGF21-Arginine Axis
2026-Oct, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.74404
PMID:42554227
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现骨关节炎软骨中高精氨酸代谢软骨细胞亚群耗竭，并基于FGF21-精氨酸代谢轴设计了一种水凝胶递送系统MetaRemod，在小鼠模型中成功延缓骨关节炎进展 | 首次揭示FGF21-精氨酸代谢轴在骨关节炎发病中的核心作用，并开发了基于水凝胶的代谢重编程微环境重塑系统MetaRemod实现FGF21的精准高效递送 | 研究主要基于小鼠骨关节炎模型，人体临床转化效果尚需进一步验证 | 探究骨关节炎的核心代谢发病机制并开发靶向代谢重编程的疾病修饰药物 | 人骨关节炎软骨组织及小鼠骨关节炎模型 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像，文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1532 | 2026-10-03 |
Robust annotation and discovery of novel cell types in single-cell ATAC-seq data through cross-modal reference alignment
2026-Oct-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281981.126
PMID:42665446
|
研究论文 | 该文章提出了CARA，一种跨模态贝叶斯框架，通过从scRNA-seq转移细胞类型知识来实现scATAC-seq数据的细胞类型注释、批次校正和新细胞类型检测 | CARA通过结合scRNA-seq数据预训练和目标scATAC-seq数据半监督学习，配合分布对齐、动态类别加权和新细胞类型检测，实现了不依赖大量scATAC标签的细胞类型注释，并能检测参考中不存在的新细胞类型 | 摘要中未明确提及该方法的局限性 | 解决scATAC-seq数据中细胞类型注释面临的极端稀疏性、高维度、标注参考稀缺和批次效应等挑战 | scATAC-seq数据、scRNA-seq数据及单细胞DNA甲基化数据 | 机器学习 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq, 单细胞DNA甲基化测序 | 贝叶斯框架 | 单细胞测序数据 | NA | NA | single-cell ATAC-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1533 | 2026-10-03 |
Dual-contrastive learning for spatial domain identification in spatial transcriptomics with STAMGC
2026-Oct-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281999.126
PMID:42749488
|
研究论文 | 该文提出了STAMGC，一个基于图卷积网络的双对比学习框架，通过区域级和拓扑级对比学习联合优化模型，用于空间转录组数据的空间域识别 | 引入高斯平滑处理空间转录组数据以缓解基因表达信号的空间不连续性，为区域级对比学习提供基础；构建双对比学习框架（区域级和拓扑级）联合优化图卷积网络，在保留局部细节的同时有效降低噪声 | 摘要中未明确提及 | 准确识别空间转录组数据中的空间域，解决保留局部细节与降低噪声之间的权衡问题 | 空间转录组数据，包括小鼠大脑和人类乳腺癌数据集 | 空间转录组学、机器学习 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 图卷积网络（GCN）、对比学习 | 空间转录组数据（基因表达） | 多个数据集，包括小鼠大脑和人类乳腺癌数据（摘要中未提供具体样本数） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1534 | 2026-10-03 |
Spatiotemporal single-cell profiling reveals T cell clonal dynamics and phenotypic plasticity in human graft-versus-host disease
2026-Oct, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-026-02631-2
PMID:42754741
|
研究论文 | 该研究通过整合纵向TCR分析、单细胞RNA测序/TCR测序和空间转录组学，追踪了人类移植物抗宿主病中T细胞克隆动态，并开发了DecompTCR工具 | 开发了DecompTCR解析时间动态，并改造计算工具绘制组织中克隆表型和生态位；揭示了供体来源CD8克隆在迁移至上皮过程中获得Hobit（ZNF683）组织驻留记忆T细胞程序；通过空间解卷积鉴定了肠道干细胞富集隐窝基底和隐窝缺失区域附近的CD8效应/Hobit T细胞枢纽 | 未明确提及 | 研究人类T细胞克隆如何驱动上皮损伤，以及移植物抗宿主病中T细胞克隆动态和表型可塑性 | 31名异基因造血细胞移植受者 | 单细胞组学、空间转录组学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序、单细胞TCR测序、空间转录组学 | DecompTCR | 单细胞转录组数据、TCR序列数据、空间转录组数据 | 31名移植受者 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞TCR测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1535 | 2026-10-03 |
Childhood-Onset Systemic Lupus Erythematosus: Genetic Mechanisms and Therapeutic Strategies
2026-Oct-01, Immunological investigations
IF:2.9Q3
DOI:10.1080/08820139.2026.2738417
PMID:42820411
|
综述 | 本文系统综述了儿童起病系统性红斑狼疮（cSLE）的遗传机制与靶向治疗进展，涵盖单基因狼疮变异、I型干扰素通路过度激活、B细胞缺陷及肾脏微环境分子改变，以及贝利尤单抗、泰它西普、阿尼鲁单抗、JAK抑制剂、利妥昔单抗和CAR-NK等新兴疗法 | 整合高通量测序、单细胞与空间转录组学的最新证据，提出cSLE从成人数据外推向分子分型与基因型指导的精准治疗转变，并强调CAR-NK等新兴疗法的潜力 | 儿童特异性临床试验稀缺，遗传发现向临床转化延迟，治疗反应异质性大，长期安全性未知 | 综合cSLE遗传学与靶向治疗的最新进展，为精准诊疗提供依据 | 儿童起病系统性红斑狼疮（cSLE）患者及相关文献 | 医学遗传学, 临床免疫学 | 系统性红斑狼疮, 狼疮肾炎 | 高通量测序, 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1536 | 2026-10-03 |
Genomic alterations and treatment define spatiotemporal patterns of glioblastoma recurrence
2026-Oct-01, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-25-2302
PMID:42820945
|
研究论文 | 对40例胶质母细胞瘤患者的手术切缘及复发肿瘤区域进行组织学引导采样和单细胞空间转录组学分析，结合配对原发肿瘤，揭示复发时空模式 | 首次结合组织学引导采样与单细胞空间转录组学，系统描绘胶质母细胞瘤手术切缘的分子特征，识别出与TP53突变状态和治疗暴露相关的不同复发轨迹及“基质”亚型 | 样本量有限（40例患者），功能验证仅基于患者来源的单一模型，未在更大队列中验证复发轨迹的普适性 | 阐明胶质母细胞瘤手术切缘的分子特征及其与复发模式、基因组改变和治疗暴露的关系 | 40例胶质母细胞瘤患者的手术切缘、相邻复发肿瘤区域及配对原发肿瘤组织 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞空间转录组学 | NA | 图像和文本 | 40例患者的组织样本（手术切缘、复发肿瘤及配对原发肿瘤） | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 1537 | 2026-10-03 |
Hypergraph-Attention-Guided Graph Refinement and Feature Decoupling for Single-Cell RNA-seq Clustering
2026-Oct-01, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3738851
PMID:42821712
|
研究论文 | 提出了一种名为scHAG的深度图聚类框架，结合生成式预训练、动态拓扑细化和正交特征解耦，用于单细胞RNA-seq聚类 | 结合掩码自编码器与零膨胀负二项建模缓解丢失事件，引入超图注意力引导的结构细化模块捕获高阶细胞关系和重加权虚假连接，采用Barlow Twins目标强制互相关正交化防止维度崩溃，并使用自适应门控模块平衡全局拓扑先验和局部邻域信息 | 摘要中未明确提及局限性 | 解决scRNA-seq数据固有稀疏性和丢失噪声导致的细胞聚类挑战，提高聚类准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 掩码自编码器、超图注意力网络、Barlow Twins、零膨胀负二项模型 | 文本 | 14个真实数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1538 | 2026-10-03 |
Multidimensional molecular profiling reveals decidual and circulating NK cell dynamics in early and late pregnancy
2026-Oct-01, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2026.106495
PMID:42822323
|
研究论文 | 通过多维分子分析（包括350多种标记物筛选和单细胞RNA测序）揭示早晚期妊娠中蜕膜和外周血NK细胞的动态变化 | 首次在妊娠期对NK细胞进行大规模标记物筛选（>350种）并结合单细胞RNA测序和CITE-seq（130种抗体），发现了妊娠期循环NK细胞的表面蛋白质组改变，鉴定了一个与巨细胞病毒感染史相关的适应性样蜕膜NK细胞亚群，并揭示了妊娠期IFN-γ分泌调控增强 | 样本量相对有限，主要聚焦于NK细胞而其他免疫细胞亚群分析较浅，未进行纵向追踪同一受试者，机制性实验验证不足 | 定义妊娠期的免疫学景观，深入理解妊娠期免疫应答，特别是NK细胞在早晚期妊娠中的动态变化 | 妊娠晚期外周血、脐带血和蜕膜中的NK细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞、γδ T细胞、B细胞和单核细胞，以及早孕期和晚孕期额外的血液和蜕膜样本，非妊娠女性血液作为对照 | 单细胞组学 | 妊娠免疫学 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CITE-seq、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞数据 | >350种标记物筛选多个免疫细胞亚群，scRNA-seq包括130种CITE-seq抗体，样本来自晚孕期外周血、脐带血和蜕膜，并在早孕期和晚孕期额外血液和蜕膜样本中验证，非妊娠女性血液作为对照 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell multi-omics, flow cytometry | NA | NA |
| 1539 | 2026-10-03 |
Multi-omics integration reveals the CTSK-cholesterol metabolic axis and the cholesterol-RORA/LDLR paracrine axis in SPP1+ macrophages as mediators of 6PPD-quinone-induced idiopathic pulmonary fibrosis
2026-Oct-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2026.129254
PMID:42822817
|
研究论文 | 该研究通过多组学整合分析，揭示了6PPD-醌暴露与特发性肺纤维化之间通过SPP1+巨噬细胞中CTSK-胆固醇代谢轴及胆固醇-RORA/LDLR旁分泌轴介导的潜在分子机制 | 首次提出CTSK作为连接6PPD-Q暴露与IPF的候选生物标志物，并揭示了SPP1+巨噬细胞中CTSK相关胆固醇代谢失调及RORA/LDLR旁分泌轴在促纤维化微环境中的潜在作用 | 研究主要基于生物信息学分析和计算模拟，缺乏湿实验验证，所提出的机制假设需进一步实验证实 | 筛选和鉴定连接6PPD-醌暴露与特发性肺纤维化的潜在生物标志物，并生成机制假设以指导未来实验研究和治疗开发 | 6PPD-醌暴露相关的特发性肺纤维化（IPF）及SPP1+巨噬细胞 | 机器学习 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，孟德尔随机化，分子对接，分子动力学模拟 | 机器学习 | 基因表达数据，图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 1540 | 2026-10-03 |
Meso-scale spatial analysis of papilloma formation and clonal expansion in cancerized skin
2026-Oct-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281596.125
PMID:42823193
|
研究论文 | 该研究利用DMBA/TPA小鼠皮肤致癌模型，通过中尺度空间网格采样结合全外显子测序、bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq，揭示组织微环境信号如何调控克隆选择和乳头状瘤形成 | 采用坐标配准的中尺度空间网格（1mm穿刺，跨越数厘米）从同一位置同时获取基因型和转录组信息，实现了克隆选择指标与局部转录程序的直接耦合；引入基于拉普拉斯算子的'崎岖度'评分量化中尺度空间异质性；发现TGFB活性在乳头状瘤处呈现空间'崎岖'分布（局部TGFB信号最低点）；揭示选择压力的背景依赖性转变 | 观察期内Hras突变虽为必需但不足以驱动肿瘤发生，提示存在其他协同因素；样本量有限（乳头状瘤仅6例）；小鼠模型结果向人类皮肤癌的转化需进一步验证 | 理解组织微环境如何调控克隆选择，探究驱动突变在癌化区域中有效 potency 受限的机制 | 小鼠背部皮肤DMBA/TPA两阶段致癌模型中的癌化区域及乳头状瘤 | 空间转录组学 | 皮肤癌 | WES, bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 图像, 文本 | WES n=473, bulk RNA-seq n=690, 乳头状瘤 n=6, 配对单细胞RNA-seq | NA | 全外显子测序, bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |