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当前共找到 44757 篇文献，本页显示第 1461 - 1480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1461 | 2026-10-04 |
NR3C1 promotes group 4 medulloblastoma invasion via activating VCAN
2026-Jul-09, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-026-02374-z
PMID:42426881
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示NR3C1通过激活VCAN促进第4组髓母细胞瘤侵袭的机制 | 首次发现NR3C1-VCAN轴在第4组髓母细胞瘤转移中的关键作用，并利用单细胞核RNA测序和空间转录组学等多组学技术验证其空间共表达和调控关系 | 未提及具体的临床验证队列或体内动物实验验证，且样本量未详细说明 | 阐明转移性与非转移性第4组髓母细胞瘤原发肿瘤之间的基因表达差异及其分子机制 | 第4组髓母细胞瘤患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | RNA测序, 蛋白质组学, 单细胞核RNA测序, 空间转录组学, ChIP-qPCR, 多重免疫荧光 | SCENIC | 图像, 文本 | 未提及 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1462 | 2026-10-04 |
MFAP2 secreted by TGF-β1-induced cancer-associated fibroblast cells promotes gastric cancer peritoneal metastasis through Src-STAT3-PTK7 axis
2026-Jul-08, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-026-03243-3
PMID:42420251
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析胃癌腹膜转移过程中腹膜微环境的变化，揭示了TGF-β1诱导的CAF分泌MFAP2通过Src-STAT3-PTK7轴促进胃癌腹膜转移的机制 | 首次发现MFAP2阳性CAF随肿瘤进展逐渐增多并与不良预后相关，阐明了胃癌细胞分泌TGF-β1刺激间皮细胞转化为CAF的机制，以及MFAP2通过整合素αVβ3激活Src-STAT3-PTK7轴促进胃癌腹膜转移的新通路 | 样本量较小，仅纳入9例患者，需要更大规模的队列验证；机制研究主要在体外和动物模型中进行，临床转化应用仍需进一步验证 | 探究胃癌腹膜转移过程中腹膜微环境的变化及其分子机制，为个性化治疗和预后评估提供新的分子靶点 | 9例早期胃癌、晚期胃癌和胃癌腹膜转移患者的腹膜组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 文本 | 9例胃癌患者的腹膜组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1463 | 2026-10-04 |
Exercise suppresses IP6K3 to modulate BCAA metabolism and ferroptosis in MASLD
2026-Jul-08, Cellular & molecular biology letters
IF:9.2Q1
DOI:10.1186/s11658-026-00981-1
PMID:42420830
|
研究论文 | 该研究揭示了运动通过抑制IP6K3调控支链氨基酸代谢和铁死亡来改善代谢功能障碍相关脂肪性肝病的机制 | 首次发现IP6K3是运动保护MASLD的关键分子，阐明了IP6K3通过与HNRNPK结合调控BCAT2 mRNA稳定性从而影响BCAA分解代谢和铁死亡的新机制 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究运动保护MASLD的潜在分子机制，特别是IP6K3在BCAA代谢和铁死亡调控中的作用 | MASLD患者肝脏样本和MASLD小鼠模型 | 机器学习, 数字病理学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞RNA测序, 液相色谱-串联质谱, 免疫共沉淀, 生物信息学分析 | NA | 基因表达数据, 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1464 | 2026-10-04 |
Single-cell and bulk transcriptomics identify senescence-related EMT transcriptional programs and a prognostic framework in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Jul-08, BMC gastroenterology
IF:2.5Q2
DOI:10.1186/s12876-026-05043-6
PMID:42420840
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研究论文 | 该研究整合单细胞和批量转录组数据，识别胰腺导管腺癌中衰老相关EMT转录程序，并构建预后框架 | 首次在单细胞水平揭示EMT样肿瘤细胞亚群中衰老相关转录活性的异质性分布，鉴定出五种不同的EMT样亚群，并建立与免疫排斥表型相关的衰老相关基因分子分型和5基因预后模型 | 研究为观察性分析，伪时序分析未能建立因果关系；实验验证队列样本量较小；预后模型性能中等；需要前瞻性验证和功能实验才能用于临床 | 探索衰老相关转录程序与EMT在胰腺导管腺癌进展和治疗耐药中的作用，建立分子分型和预后预测框架 | 胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤样本及患者转录组数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、ssGSEA | 无监督聚类、伪时序分析、预后风险评分模型 | 基因表达数据（转录组） | 10例未经治疗的PDAC肿瘤单细胞RNA测序样本、TCGA-PAAD队列及一个独立验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1465 | 2026-10-04 |
CXCL13⁺ CD4⁺ T cells are associated with B-cell recruitment and lesion progression in cerebral cavernous malformations
2026-Jul-08, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03950-9
PMID:42421023
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序发现脑脊髓海绵状血管畸形中CXCL13⁺ CD4⁺ T细胞亚群富集，并揭示其通过CXCL13-CXCR5轴招募B细胞、促进病变进展的机制 | 首次在脑脊髓海绵状血管畸形中鉴定出产生CXCL13的CD4⁺ T细胞亚群，阐明其与CXCR5⁺记忆B细胞的相互作用，并通过体内实验证明CXCL13信号是潜在治疗靶点 | 摘要未提及样本量及具体实验细节，缺乏对CXCL13⁺ CD4⁺ T细胞分化来源及调控机制的深入探讨，临床转化需进一步验证 | 探究脑脊髓海绵状血管畸形中免疫细胞浸润的募集机制，特别是CD4⁺ T细胞亚群与B细胞之间的细胞通讯 | 脑脊髓海绵状血管畸形患者病变组织及动物模型 | 机器学习, 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学染色 | NA | 图像, 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1466 | 2026-10-04 |
Ferroptosis-related TFRC: a potential therapeutic target in sepsis and regulatory effect of γ-Tocotrienol
2026-Jul-08, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-026-01003-z
PMID:42421098
|
研究论文 | 本研究通过外周血RNA测序数据、单细胞测序及体内外实验，鉴定脓毒症中铁死亡相关核心基因TFRC，并探索γ-生育三烯酚的治疗潜力 | 首次通过多组学方法结合孟德尔随机化、蛋白质队列研究和生存/meta分析鉴定TFRC为脓毒症铁死亡关键靶点，并发现γ-生育三烯酚可下调TFRC表达、降低ROS和IL-1β水平、改善脓毒症动物生存 | 摘要未明确提及研究局限性 | 鉴定脓毒症中铁死亡相关核心靶点及治疗药物 | 19例脓毒症患者和10例健康对照的外周血样本，以及脓毒症斑马鱼和小鼠模型 | 机器学习, 数字病理学 | 脓毒症 | RNA-seq, 单细胞测序, 孟德尔随机化, PPI网络分析 | NA | 文本, 图像 | 19例脓毒症患者和10例健康对照的外周血样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1467 | 2026-10-04 |
CXCL13-CXCR5 signaling in CD8+ T cell recruitment and lymphoid immune organization in clear cell renal cell carcinoma
2026-Jul-07, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-026-04489-7
PMID:42412112
|
研究论文 | 该研究探讨了CXCL13-CXCR5信号轴在透明细胞肾细胞癌中调控CD8+ T细胞招募、分化及免疫组织结构的作用 | 揭示了CXCL13-CXCR5轴不仅促进CD8+ T细胞迁移，还参与肿瘤内淋巴样聚集体的组织结构形成，并将CXCL13定位为ccRCC中免疫招募和生态位组织的调控因子及潜在生物标志物和治疗靶点 | 研究主要聚焦于高风险非转移性ccRCC，样本来源和数量未明确说明，且缺乏CXCL13-CXCR5轴作为治疗靶点的临床试验验证 | 探究CXCL13-CXCR5轴在高风险非转移性透明细胞肾细胞癌中对CD8+ T细胞招募、分化和免疫组织结构的调控作用 | 透明细胞肾细胞癌患者肿瘤组织、血浆及配对的癌旁肾组织标本，以及同源小鼠模型 | 数字病理学 | 肾癌 | ELISA、定量PCR、迁移实验、多重免疫荧光、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 图像、文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3'、10x Visium 空间转录组 |
| 1468 | 2026-10-04 |
Single-cell and Spatial Transcriptomic Profiling Reveal that LAPTM5-mediated Ferroptosis in Macrophages Induces Fibroblast Dysfunction and Amplifies Periodontal Inflammation
2026-Jul-07, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-026-02559-7
PMID:42412288
|
研究论文 | 本研究整合多个单细胞和空间转录组数据集，揭示牙周炎中巨噬细胞铁死亡通过LAPTM5介导诱导成纤维细胞功能障碍并放大炎症 | 首次系统鉴定铁死亡是牙周炎中主要的程序性细胞死亡通路，并发现LAPTM5是巨噬细胞铁死亡的关键驱动基因，揭示其通过Galectin和OSM信号通路与成纤维细胞互作 | 主要基于公共数据集的生物信息学分析，实验验证仅限于LAPTM5敲低，缺乏体内动物模型验证和更广泛的临床样本验证 | 阐明牙周炎中主要的程序性细胞死亡通路及其在炎症放大中的作用机制 | 牙周炎受累组织中的巨噬细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 机器学习 | 图像，文本 | 多个公开可用的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 1469 | 2026-10-04 |
Single-cell and spatial transcriptomics map lung-adaptive metastasis programs through Exoc4, Cd36-vasculogenic mimicry, and Cxcr2 signaling in triple-negative breast cancer
2026-Jul-07, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-09049-6
PMID:42414253
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，结合4T1小鼠模型功能实验，系统解析了三阴性乳腺癌肺转移过程中的细胞异质性及分子机制 | 首次整合单细胞RNA测序与空间转录组学对配对的原发乳腺肿瘤和肺转移肿瘤进行分析，揭示了三种转移相关亚型（C12-Cd、Cdh5-like和Wfdc12）；发现了Exoc4作为囊泡运输调控因子与TNBC不良预后相关；阐明了Hif-2α介导的Cd36表达促进血管生成拟态和转移定植的新机制；揭示了Wfdc12簇通过分泌Cxcr2配体（Cxcl1/2）驱动肺转移；发现了Sftpc上调反映器官适应性转录重编程 | 摘要中未明确提及研究的具体局限性 | 解析三阴性乳腺癌肺转移过程中细胞可塑性和重编程的分子机制，构建TNBC肺转移的全面细胞和分子图谱 | MMTV-PyMT小鼠的原发性乳腺肿瘤和肺转移肿瘤配对样本，以及4T1小鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | MMTV-PyMT原发乳腺肿瘤和肺转移肿瘤配对样本，4T1小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1470 | 2026-10-04 |
Prioritization of molecular signatures between BDE-209-relevant targets and ulcerative colitis: a network toxicology and bioinformatics analysis
2026-Jul-06, BMC pharmacology & toxicology
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40360-026-01170-8
PMID:42410645
|
研究论文 | 该研究通过整合溃疡性结肠炎转录组数据集和预测的BDE-209相关靶点，利用网络毒理学和生物信息学方法鉴定两者共有的分子特征 | 首次系统性地评估了BDE-209相关靶点与溃疡性结肠炎相关分子特征之间的重叠，并整合了机器学习、单细胞RNA测序分析和分子对接等多种方法进行候选基因优先级排序 | 研究仅基于公共数据库的预测和生信分析，缺乏实验验证；研究结果为假设生成性质，未进行功能实验证实BDE-209与UC之间的因果关系 | 系统评估BDE-209相关靶点与溃疡性结肠炎相关分子特征之间的重叠，优先筛选与两者相关的候选基因 | 溃疡性结肠炎相关转录组数据集和BDE-209相关预测靶点 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | 转录组测序，单细胞RNA测序，分子对接 | 机器学习算法 | 文本，基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，批量RNA-seq | NA | NA |
| 1471 | 2026-10-04 |
Ethyl caffeate reprograms tumor-associated macrophages to enhance CD8+ T-cell immunity in colorectal cancer
2026-Jul-06, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-026-16469-2
PMID:42402561
|
研究论文 | 本研究探究咖啡酸乙酯（EC）通过重编程肿瘤相关巨噬细胞增强结直肠癌中CD8⁺T细胞免疫的抗肿瘤作用 | 首次揭示咖啡酸乙酯通过调控巨噬细胞极化（促M1样表型）依赖性重塑肿瘤免疫微环境，增强CD8⁺T细胞毒性杀伤功能，从而抑制结直肠癌生长 | 主要依赖MC38同源移植瘤模型和体外细胞实验，缺乏自发性结直肠癌模型及临床患者样本验证；EC的具体分子靶点和信号通路尚未明确 | 探究咖啡酸乙酯的抗肿瘤效果，并确定其是否通过调节结直肠癌中巨噬细胞相关免疫重塑发挥作用 | 结直肠癌肿瘤微环境中的髓系细胞群体，特别是肿瘤相关巨噬细胞及CD8⁺T细胞 | 数字病理学, 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 细胞培养, 动物实验, 脂质体清除实验, 批量RNA测序数据分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 图像, 文本 | 公共结直肠癌单细胞RNA测序数据（具体样本量未在摘要中说明）；体外实验使用RAW264.7细胞和骨髓来源巨噬细胞；体内实验使用C57BL/6小鼠MC38同源移植瘤模型（具体小鼠数量未说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1472 | 2026-10-04 |
Fus-depleted oligodendrocytes reduce neuronal damage and Alzheimer's disease progression in the AppNL-G-F mouse
2026-Jul-06, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awag234
PMID:42403013
|
研究论文 | 该研究通过将AppNL-G-F阿尔茨海默病小鼠与Fus条件性敲除小鼠杂交，发现Fus缺失的少突胶质细胞可减少神经元损伤并延缓AD进展 | 首次构建了AD/cKO小鼠模型，将AppNL-G-F AD模型与FusOLcKO杂交，发现少突胶质细胞中Fus缺失产生的增厚髓鞘可完全保留空间工作记忆，并将神经元和小胶质细胞效应与淀粉样斑块负荷解耦 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究髓鞘和少突胶质细胞如何改善阿尔茨海默病相关的神经元缺陷，以及增强少突胶质细胞功能是否支持AD神经退行性变中的神经元健康 | AppNL-G-F阿尔茨海默病小鼠模型和AD/cKO杂交小鼠模型 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1473 | 2026-10-04 |
DUET: a graph-based workflow for TCR-epitope prioritization and tumor-reactive T-cell identification
2026-Jul-03, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag519
PMID:42768776
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研究论文 | 本文提出了DUET，一种基于图的统一计算工作流，用于TCR-表位相互作用优先级排序和肿瘤反应性T细胞识别 | 将TCR-表位预测和肿瘤反应性T细胞识别统一在单一异构图框架中，结合预训练序列嵌入、边感知图注意力、拉普拉斯位置编码和双向跨域注意力 | 在表位不相交的TCR-表位预测场景下图特异性优势最为明显，其他场景下泛化能力有待进一步验证 | 实现TCR-表位相互作用的准确优先级排序以及肿瘤反应性T细胞的识别，服务于免疫治疗导向的生物信息学工作流 | TCR序列、表位、T细胞 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 图注意力网络 | 序列、文本 | IEDB和VDJdb基准数据集以及单细胞RNA-seq肿瘤反应性基准数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1474 | 2026-10-04 |
Viral load-driven systemic immune exhaustion is an enabler of antibody breadth in HIV infection
2026-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.05.730519
PMID:42327147
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序、单细胞蛋白质组学和血浆中和试验，在肯尼亚未接受治疗的HIV感染女性纵向队列中，揭示了病毒载量驱动的系统性免疫耗竭与抗体广谱性之间的关系 | 首次通过单细胞多组学和纵向队列研究，系统性地揭示了HIV感染中抗体广谱性并非成功的抗病毒反应，而是病毒控制失败的结果，提出了免疫耗竭状态为抗体成熟创造允许性环境的新机制 | 研究队列仅限于肯尼亚未接受治疗的女性HIV感染者，样本种族和性别单一，结论可能不适用于其他人群；未涉及疫苗接种场景的直接验证 | 揭示HIV感染中决定抗体广谱性的系统性免疫相关性因素，为疫苗设计和治愈策略提供依据 | 肯尼亚未接受抗逆转录病毒治疗的HIV感染女性纵向队列 | 免疫学、单细胞组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序、单细胞蛋白质组学、血浆中和试验 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、血浆中和数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、单细胞蛋白质组学 | NA | NA |
| 1475 | 2026-10-04 |
Patient-derived three-dimensional lung tumor models to evaluate response to therapy
2026-Jun-16, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01559-y
PMID:42303760
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研究论文 | 本文开发了一种新型患者来源的三维肺肿瘤模型（3D-LTM），用于评估免疫检查点抑制剂等治疗反应，并通过空间转录组学分析揭示了与反应相关的基因特征和细胞组成。 | 开发了一种新型的离体患者来源三维肺肿瘤模型，能够维持细胞间相互作用和组织结构，并成功再现了非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂的异质性反应 | 摘要未提及模型的验证规模、长期稳定性、与体内真实肿瘤微环境的差异等潜在局限性 | 开发能够更好模拟体内肿瘤微环境的临床前模型，以评估治疗反应并促进生物标志物开发 | 患者来源的肺癌组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1476 | 2026-10-04 |
Assessing Transduction Efficiency And Cell Targeting By Cell-penetrating Peptides In The Mouse Lung
2026-06-16, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/71217
PMID:42406821
|
研究方法学论文 | 该文章建立了一套整合工作流程，通过FACS分选、单细胞RNA测序、流式细胞术和共聚焦成像等多种互补方法，评估Cy5.5标记的环化细胞穿透肽cR11A在小鼠肺泡II型上皮细胞中的转导效率和细胞靶向性 | 提出了一个整合的多方法验证工作流程，结合配对分选FACS联合scRNA-seq、GFP报告小鼠流式验证及共聚焦z-stack成像，在单细胞水平评估CPP的体内细胞类型选择性 | 研究仅在小鼠肺组织中进行验证，CPP类型局限于cR11A一种，时间点仅设15和60分钟，未涉及其他器官或其他CPP的验证 | 建立可重复的框架以评估细胞穿透肽在体内的细胞特异性靶向能力 | 小鼠肺组织中的肺泡上皮II型细胞及肺单细胞悬液 | 单细胞组学 | NA | 流式细胞荧光分选、单细胞RNA测序、流式细胞术、共聚焦成像 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1477 | 2026-10-04 |
Two Blood-based Endotypes Reveal Divergent Clinical Outcomes of Fibrotic Hypersensitivity Pneumonitis
2026-Jun-15, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.06.11.26355382
PMID:42369487
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研究论文 | 通过多组学、多腔室分析，基于血液识别出两种纤维化过敏性肺炎内型，并揭示其临床结局和糖皮质激素反应的差异 | 首次基于血液识别并验证纤维化过敏性肺炎的两种可重复内型，结合全血、外周血单个核细胞、支气管肺泡灌洗液、肺活检转录组和血浆蛋白质组等多组学、多腔室数据，揭示内型与临床结局及糖皮质激素反应的关联，支持精准医学方法 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 识别基于血液的纤维化过敏性肺炎内型，以指导机制、预后和治疗反应 | 纤维化过敏性肺炎患者 | 多组学分析 | 纤维化过敏性肺炎 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 1478 | 2026-10-04 |
Robust semi-supervised scRNA-seq integration from virtual adversarial learning
2026-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.07.730754
PMID:42327300
|
研究论文 | 该文章提出了一种名为scCRAFT+的半监督单细胞RNA测序整合模型，通过虚拟对抗训练融入标记基因信息，以提升整合质量和细胞类型自动注释的准确性 | 创新性地通过虚拟对抗训练（VAT）将标记基因信息融入半监督整合模型，在转录组相似细胞间强制局部预测平滑性，从而在标记注释存在噪声的情况下仍能提升整合质量和细胞类型自动注释性能 | 摘要中未明确提及该研究的局限性 | 解决仅依赖转录组数据的单细胞RNA测序整合方法难以保留密切相关细胞亚型间细微差异的问题，以及标记基因集变异性和复杂性限制其有效应用的问题 | 单细胞RNA测序数据及其对应的标记基因信息 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 半监督整合模型, 虚拟对抗训练（VAT） | 文本（基因表达数据） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1479 | 2026-10-04 |
LongAllele: a joint inference framework for allele-specific analysis on long-read bulk and single-cell RNA sequencing
2026-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.05.722992
PMID:42146353
|
研究论文 | 提出LongAllele统计框架，用EM算法从长读长bulk和单细胞RNA测序数据中联合推断杂合变异、单倍型结构和读段-单倍型分配，并实现跨基因、异构体和局部事件水平的等位基因特异性检验 | 1）采用期望最大化算法联合推断杂合变异、单倍型结构和读段-单倍型分配，避免传统顺序流程的误差传播并充分利用读内SNV连锁信息；2）引入可定相性感知检验，显式处理缺乏杂合SNV的不可定相读段，避免假阳性膨胀；3）支持基因水平ASE、异构体水平ASTU以及局部事件水平HAEU和HAJU的多尺度等位基因检验 | 摘要未明确说明该框架的局限性 | 克服现有等位基因特异性分析方法在单倍型推断和等位基因检验方面的局限，实现长读长bulk和单细胞RNA测序中更准确、全面的等位基因特异性分析 | GTEx多组织bulk长读长RNA-seq、外周血单个核细胞单细胞RNA-seq、人海马单核RNA-seq以及两个阿尔茨海默病病例对照队列的人皮层bulk长读长RNA-seq数据 | 生物信息学、基因组学、单细胞组学 | 阿尔茨海默病 | 长读长RNA测序、单细胞RNA测序、单核RNA测序、等位基因特异性分析 | 期望最大化算法 | 长读长RNA测序数据、单细胞RNA测序数据、单核RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore, PacBio | 长读长bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 1480 | 2026-10-04 |
Novel mouse models for perianal fistulizing Crohn's disease reveal therapeutic value of interferon-γ antagonists
2026-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.04.730162
PMID:42327245
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研究论文 | 该研究建立了三种与克罗恩病相似的肛周瘘管小鼠模型，并评估了干扰素-γ作为治疗靶点的价值 | 首次建立了三种临床相关的肛周瘘管克罗恩病小鼠模型，并发现干扰素-γ信号通路是保守的中心通路，联合阻断干扰素-γ和TNF-α可增强治疗效果 | 摘要中未明确说明研究限制 | 建立能重现人类肛周瘘管克罗恩病的小鼠模型，并评估干扰素-γ作为新治疗靶点的潜力 | 三种小鼠模型：TNBS诱导的野生型小鼠、Il10-/-小鼠和TNF Δ69AU/+小鼠 | 数字病理学, 机器学习 | 克罗恩病 | 转录组分析, 流式细胞术, 单细胞转录组学, 空间转录组学, MRI, 组织病理学, 免疫染色 | NA | 图像, 文本 | 三种小鼠模型，人类肛周瘘管克罗恩病组织样本 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 批量转录组学 | NA | NA |