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当前共找到 44757 篇文献，本页显示第 1441 - 1460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1441 | 2026-10-04 |
Comparative clinical outcomes and single-cell profiling of CD19 CAR-T versus blinatumomab for relapsed/refractory B-ALL
2026-Sep-28, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2026-015196
PMID:42805761
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研究论文 | 该研究比较了CD19 CAR-T与blinatumomab治疗复发/难治性B-ALL的临床疗效，并通过单细胞RNA测序和体外实验探索了其差异机制 | 首次对CD19 CAR-T和blinatumomab进行头对头比较，结合临床结局和单细胞转录组学分析揭示两种免疫疗法在效应功能和耗竭方面的差异 | 回顾性研究设计可能存在选择偏倚，单细胞样本量较小（仅9例），随访时间中位数仅10个月，需要更大队列和更长随访验证 | 比较CD19 CAR-T与blinatumomab治疗复发/难治性B-ALL的临床疗效差异并探索其细胞学机制 | 复发/难治性B细胞急性淋巴细胞白血病患者 | 单细胞组学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据, 单细胞转录组数据 | 106例患者（61例CAR-T和45例blinatumomab），9例输注后患者来源的T细胞样本用于scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1442 | 2026-10-04 |
RKMR: A Rapid Kernel Machine Regression Framework for Optimal Marker Detection in Spatial Omics Data
2026-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.27.740999
PMID:42620080
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研究论文 | 该论文提出了RKMR框架，一种用于空间组学数据中快速、可扩展的标志物发现方法，结合了非线性核建模、spike-and-slab变量选择和空间依赖性 | 整合了非线性核建模、spike-and-slab变量选择与空间依赖性；使用自动相关性确定（ARD）核和稀疏先验捕捉非线性标志物-结果关系和隐式特征交互；产生近似后验包含概率（PIPs）量化基于模型的不确定性；结合低秩核近似与随机变分优化扩展到大规模空间数据集 | 摘要中未明确说明局限性 | 开发快速核机器回归（RKMR）框架，从高维空间组学数据中识别简洁、预测性强且具有生物学可解释性的标志物组合，用于靶向验证和下游转化 | 空间转录组学和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集中的细胞类型、组织域和疾病相关组织类别 | 机器学习, 空间转录组学 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 核机器回归, 自动相关性确定（ARD）核, spike-and-slab变量选择, 随机变分优化 | 空间组学数据, 转录组数据, 图像 | 多个空间转录组学和scRNA-seq数据集（具体数量未说明） | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1443 | 2026-10-04 |
SPP1+ macrophage-induced CD74+ tumor cells promote adrenocortical carcinoma tumor thrombus via the SPP1/CD44/JAK/STAT signaling
2026-Sep-23, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2026-015080
PMID:42778291
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了SPP1+巨噬细胞通过SPP1/CD44轴诱导CD74+肿瘤细胞激活JAK/STAT信号通路，从而促进肾上腺皮质癌静脉癌栓形成的机制 | 首次发现CD74+肿瘤细胞亚群在静脉癌栓头部富集，并揭示了SPP1+巨噬细胞与CD74+肿瘤细胞通过SPP1-CD44轴相互作用促进肾上腺皮质癌进展的新机制轴 | 仅基于一例肾上腺皮质癌患者的配对样本，样本量较小，需要更大规模的队列研究验证 | 探究肾上腺皮质癌静脉癌栓形成的细胞和分子机制 | 肾上腺皮质癌患者的原发肿瘤、静脉癌栓尾部和静脉癌栓头部样本 | 数字病理学 | 肾上腺皮质癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | 1例肾上腺皮质癌患者的配对样本（原发肿瘤、静脉癌栓尾部、静脉癌栓头部） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1444 | 2026-10-04 |
Age-related changes of FCGR3A+ natural killer cells and their association with elderly atopic dermatitis
2026-Sep-22, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2026.106489
PMID:42771994
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序结合流式细胞术和免疫荧光，揭示了FCGR3A+ NK2细胞亚群在老年特应性皮炎中的减少及其与衰老成纤维细胞和M2巨噬细胞的相互作用机制 | 首次鉴定出皮肤中三种NK细胞亚群（NK1a、NK1b、NK2），发现FCGR3A+ NK2亚群在老年AD病变中显著减少，并揭示衰老成纤维细胞通过破坏CXCL14/CXCL12趋化因子信号平衡损害NK2细胞招募，以及NK2细胞抑制M2巨噬细胞极化的新机制 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究NK细胞在老年特应性皮炎发病中的功能作用和机制 | 老年特应性皮炎患者皮肤病变样本及MC903诱导的AD小鼠模型 | 单细胞组学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1445 | 2026-10-04 |
DRAM1 activates microglial pyroptosis and neuroinflammation through TMEM9-mediated lysosomal membrane permeabilization after spinal cord injury
2026-Sep-21, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112907
PMID:42767541
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研究论文 | 该研究揭示了DRAM1通过TMEM9介导的溶酶体膜通透化激活小胶质细胞焦亡和神经炎症，从而促进脊髓损伤的机制 | 首次发现DRAM1在脊髓损伤后小胶质细胞中显著上调，并揭示DRAM1通过TMEM9调控V-ATPase辅助亚基ATP6AP2诱导溶酶体膜通透化和自噬流损伤的新机制；同时发现IGF2BP3作为m6A阅读蛋白以m6A依赖方式稳定DRAM1 mRNA | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究DRAM1在脊髓损伤发病机制中的作用及其调控小胶质细胞焦亡和神经炎症的分子机制 | 脊髓损伤小鼠模型中的小胶质细胞及LPS刺激的BV2小胶质细胞 | 机器学习 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, m6A甲基化修饰 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1446 | 2026-10-04 |
Integrative single-cell and multi-omic analysis resolves granulosa-cell programs during chicken follicle selection
2026-Sep-13, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2026.107771
PMID:42767189
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研究论文 | 该研究整合了鸡卵泡选择过程中颗粒细胞的单细胞转录组、表观基因组和遗传关联数据，构建了跨资源的状态框架并筛选出候选基因 | 首次将颗粒细胞单细胞RNA-seq与bulk转录组、ATAC-seq、Hi-C及ChickenGTEx GWAS/eQTL资源进行整合分析，建立了鸡卵泡选择的跨资源颗粒细胞状态框架 | 个体候选窗口信号未达到全基因组和染色体水平显著性阈值，候选基因仍需群体特异性功能验证 | 解析鸡卵泡选择过程中颗粒细胞的状态程序，并整合多组学数据筛选关键候选基因 | 鸡（蛋鸡）卵泡选择过程中的颗粒细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, ATAC-seq, Hi-C, GWAS, eQTL | Slingshot, 基于规则的多层评分模型 | 单细胞转录组数据, bulk转录组数据, 染色质可及性数据, 三维基因组数据, 遗传关联数据 | 62,997个单细胞和36个独立bulk文库 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq, Hi-C | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞转录组平台 |
| 1447 | 2026-10-04 |
SARS-CoV-2 defective viral genomes from distinct genomic regions drive divergent interferon responses
2026-Sep, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1014099
PMID:42777002
|
研究论文 | 本文研究了SARS-CoV-2缺陷型病毒基因组（DVGs）不同基因组来源对干扰素应答的差异性调控作用 | 首次证实来自不同基因组热点区域（A和B）的SARS-CoV-2 DVGs在刺激先天免疫方面存在差异，其中DVG-B能诱导强烈的干扰素应答，而DVG-A则不能，并揭示了N蛋白在调控dsRNA分布和干扰素应答中的独特作用 | 研究主要基于体外实验和有限的患者样本，DVG在自然感染中的动态变化及其对疾病进程的具体影响仍需进一步在体内模型中验证 | 探究SARS-CoV-2 DVGs在新冠病毒感染过程中对干扰素应答的调控作用及其机制 | SARS-CoV-2缺陷型病毒基因组（DVGs）、新冠病毒WT病毒、人精密切割肺切片 | 机器学习, 数字病理学 | 肺癌, 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 1448 | 2026-10-04 |
Integrating zero-inflation correction and transcriptional kinetics for single-cell transcriptomic analysis
2026-Sep, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014779
PMID:42789681
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研究论文 | 该研究开发了一个零膨胀telegraph模型，整合技术零校正与随机基因状态切换动态，用于单细胞转录组数据分析 | 提出了整合零膨胀校正和转录动力学（经典telegraph模型）的零膨胀telegraph模型，能准确拟合mRNA分布（包括双峰模式），可靠估计有效转录爆发参数并防止过拟合，校正传统模型的调控推断偏差，在检测差异表达基因方面优于传统方法，尤其在小样本中表现突出 | 未明确提及 | 解决单细胞转录组数据中普遍存在的零膨胀问题，以及传统模型忽略零膨胀或无法捕捉转录爆发驱动的双峰性，从而阻碍准确的基因调控研究的问题 | 合成数据、狼疮和乳腺癌患者的人类scRNA-seq数据、小鼠胚胎干细胞scRNA-seq数据 | 机器学习 | 狼疮、乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 零膨胀telegraph模型 | 基因表达计数数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1449 | 2026-10-04 |
spMosaic: multi-sample integration for scalable spatial domain discovery based on spatial transcriptomics
2026-Sep-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag527
PMID:42814607
|
研究论文 | 提出spMosaic，一个可扩展的多样本空间转录组空间域识别计算框架，整合广义可加模型空间平滑与批次感知双编码器自编码器 | 提出广义可加模型空间平滑识别跨样本共享空间可变基因，并设计批次感知双编码器自编码器将样本相关变异与域相关生物变异分离表示，结合深度嵌入聚类细化，实现可扩展的多样本空间域发现 | 未明确说明方法的局限性 | 解决多样本空间转录组中因批次效应、个体异质性、数据集规模增大及空间坐标不可比导致的空间域难以可重复识别的问题 | 多样本空间转录组数据，包括31个小鼠额叶皮层样本共378918个空间点 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 自编码器, 广义可加模型, 深度嵌入聚类 | 图像, 文本 | 31个小鼠额叶皮层样本，378918个空间点，涵盖五种技术的多个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1450 | 2026-10-04 |
Stepwise multi-scale reconstruction of cell spatial organization from single-cell RNA sequencing data with Cell2space
2026-Sep-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag531
PMID:42822864
|
研究论文 | 本文提出了Cell2space，一个深度学习框架，通过逐步方式整合scRNA-seq数据与空间转录组参考，重建多尺度细胞空间组织 | 不同于将空间重建视为坐标回归，Cell2space学习通用的空间亲和力函数，并采用分层推理策略整合域级先验来细化细胞邻域，无需先验注释即可重建分层组织结构 | 摘要中未明确提及该研究的局限性 | 从单细胞RNA测序数据中重建细胞的空间组织，揭示组织结构和细胞微环境 | 小鼠视觉皮层和人类皮肤组织 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 深度学习 | 基因表达数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1451 | 2026-10-04 |
Pleura organoid transplantation facilitates visceral pleural repair through CD133+ progenitor cell-mediated regeneration
2026-Sep, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-026-01825-w
PMID:42693239
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研究论文 | 该研究建立了小鼠和人类胸膜类器官，并证明其可通过CD133+祖细胞介导的再生促进胸膜修复 | 首次建立小鼠和人类胸膜类器官，并发现CD133+细胞是胸膜修复的关键祖细胞亚群，通过类器官移植实现胸膜屏障功能恢复 | 研究主要基于小鼠模型，人类胸膜类器官的体内移植效果尚未验证，CD133+细胞的具体分子机制需进一步阐明 | 探究胸膜类器官移植对胸膜修复的促进作用及其细胞机制 | 小鼠和人类胸膜组织、胸膜类器官、CD133+祖细胞 | 再生医学 | 胸膜破裂 | 单细胞RNA测序、类器官培养、异种移植 | NA | 转录组数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1452 | 2026-10-04 |
Adrenomedullin from spinal cord injury drives heterotopic ossification in skeletal muscle via a neuro-immune-bone axis
2026-Sep, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-026-01836-7
PMID:42706375
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组分析，揭示了脊髓损伤后受损脊髓内皮尖端细胞分泌的肾上腺髓质素（ADM）通过RAMP2作用于肌肉驻留调节性T细胞，促进其扩增及促骨化表型，进而驱动纤维脂肪祖细胞成骨分化，最终导致异位骨化 | 首次提出并验证了“神经-免疫-骨轴”机制，即受损中枢神经系统通过远距离细胞介质（ADM）远程调控外周病理过程，重新定义了神经损伤后跨系统通讯的理解 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究脊髓损伤后中枢神经系统如何调控外周组织异位骨形成的具体机制 | 脊髓损伤后异位骨化小鼠模型中的脊髓组织、肌肉组织及其中各类细胞（内皮尖端细胞、调节性T细胞、纤维脂肪祖细胞） | 数字病理学 | 异位骨化 | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1453 | 2026-10-04 |
FAP+ pericyte-like cells promote monocyte differentiation into tumor-associated macrophages in glioblastoma
2026-Sep, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-026-01827-8
PMID:42722704
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研究论文 | 该研究揭示了胶质母细胞瘤中FAP⁺类周细胞通过招募单核细胞并促进其分化为免疫抑制性肿瘤相关巨噬细胞，从而塑造肿瘤免疫微环境 | 首次鉴定FAP⁺类周细胞作为胶质母细胞瘤中独特的血管周围基质亚群，通过CCL2和CSF1等可溶性介质招募单核细胞并经由CSF1-CSF1R轴促进其向免疫调节性肿瘤相关巨噬细胞分化，揭示了该基质细胞群在塑造肿瘤免疫抑制微环境中的新角色 | 研究主要基于相关性分析和体外功能实验，体内正交移植实验仅提供初步支持，FAP⁺类周细胞与巨噬细胞之间完整的分子调控网络及临床转化潜力仍需进一步验证 | 探究FAP⁺类周细胞在胶质母细胞瘤免疫微环境塑造中的作用及其对单核细胞招募和分化的调控机制 | 胶质母细胞瘤患者样本、患者来源的FAP⁺类周细胞、单核细胞及小鼠原位共移植模型 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫荧光、免疫组化、逆转录定量PCR | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1454 | 2026-10-04 |
KSTITCH links cellular morphology and gene expression in spatial transcriptomics
2026-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.07.730714
PMID:42327255
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研究论文 | 本文提出了一种基于Kendall形状流形上切主成分分析的可解释细胞轮廓形状表示方法，并开发了KSTITCH工具，用于揭示空间转录组数据中细胞形态与基因表达的共变关系 | 提出基于Kendall形状流形上切主成分分析（TPCA）的可解释细胞边界轮廓表示方法，能够捕捉与大小无关的轮廓形状特征；开发了KSTITCH方法，可在原位空间测序数据中揭示细胞形态与基因表达的共变关系 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 建立细胞形态的可解释数学表示，并揭示空间转录组数据中细胞形态与基因表达之间的共变关系 | 空间转录组数据中的细胞，包括角质形成细胞、巨噬细胞、内皮细胞、成纤维细胞和黑色素瘤细胞 | 空间转录组学, 计算生物学 | 黑色素瘤 | 原位空间测序, 空间转录组学 | 切主成分分析（TPCA）, Kendall形状流形, KSTITCH | 图像, 基因表达数据 | Xenium数据集和两个黑色素瘤CosMx数据集（具体样本量未在摘要中说明） | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学 | 10x Xenium, NanoString CosMx | NA |
| 1455 | 2026-10-04 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomics Across Populations With Perianal Fistulizing Crohn's Disease Shows Proinflammatory CD4+ Macrophage Involvement in Disease Progression
2026-Aug-12, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2026.101862
PMID:42586205
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研究论文 | 该研究通过对50例个体的直肠黏膜活检进行单细胞测序和空间转录组学分析，揭示了肛周瘘管型克罗恩病中促炎性CD4+巨噬细胞在疾病进展中的作用及其在非裔美国人和欧洲裔美国人之间的差异 | 首次在跨人群队列中结合单细胞测序和空间转录组学，发现促炎性CD4+CD68+巨噬细胞形成大型聚集体并参与细胞网络信号传导，揭示了其在肛周瘘管型克罗恩病进展中的独特作用和种群差异 | 样本量相对有限（50例），仅涉及非裔美国人和欧洲裔美国人两个群体，未涵盖其他种族；研究为观察性设计，未能完全阐明CD4+巨噬细胞介导疾病进展的因果机制 | 定义伴有和不伴有肛周瘘管的炎症性直肠克罗恩病在不同人群之间的细胞和分子特征差异，以深入理解疾病严重程度或进展的机制 | 50例个体的直肠黏膜活检样本，包括18例伴有瘘管的直肠克罗恩病患者、25例不伴有瘘管及其他肛周并发症的直肠克罗恩病患者、7例无黏膜疾病史的健康对照 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫荧光 | NA | 图像, 文本 | 50例个体（262,000个细胞），包括18例伴瘘管克罗恩病、25例不伴瘘管克罗恩病、7例健康对照；另包含患者来源的直肠类器官 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | NA |
| 1456 | 2026-10-04 |
Constitutive Androstane Receptor Regulates Bile Acid Homeostasis and Metabolism During Liver Regeneration
2026-Aug-12, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2026.101858
PMID:42586206
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研究论文 | 本文研究了组成型雄甾烷受体（CAR）在肝脏再生过程中对胆汁酸稳态和代谢的时间调控作用 | 揭示了CAR在肝脏再生中具有时间调控的代谢作用，CAR缺失会放大肝切除后胆汁酸激增，而胆汁酸作为代偿性促增殖信号维持再生 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类肝脏再生中验证；机制研究主要集中于胆汁酸信号，可能还有其他代谢通路参与 | 探究CAR在标准三分之二肝部分切除术后肝脏再生过程中的时间性作用及其对胆汁酸代谢的调控 | Car敲除小鼠和野生型小鼠 | 机器学习 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1457 | 2026-10-04 |
Airway cell-cell communication in smoking through integration of spatial and single-cell transcriptomics
2026-Aug-04, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-026-03835-8
PMID:42827249
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研究论文 | 该研究整合公开的肺单细胞转录组数据与空间转录组数据，在虚拟单细胞分辨率下推断吸烟者肺部的细胞间通讯变化 | 建立了一个将单细胞转录组数据映射到空间转录组数据斑点的分析流程，在虚拟单细胞分辨率下预测吸烟者肺部改变的细胞间通讯，发现了胶原蛋白通路等信号变化 | 空间转录组样本量极小（仅2例当前吸烟者和2例从不吸烟者），研究结果主要为假设生成性质，需要未来功能实验验证 | 通过整合单细胞和空间转录组数据，预测吸烟者肺部细胞间通讯的改变，为未来功能实验和治疗靶点提供假设 | 从不吸烟者和当前吸烟者的气道样本 | 数字病理学, 机器学习 | 肺癌, 心血管疾病, 老年疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | 104例肺单细胞转录组样本和2例空间转录组样本（2例从不吸烟者和2例当前吸烟者气道样本） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1458 | 2026-10-04 |
Integrative transcriptomic and experimental analyses identifies SDF4 as an astrocyte-expressed regulator of glioma progression through PI3K-AKT signaling
2026-Aug-01, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-026-16635-6
PMID:42823681
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研究论文 | 该研究通过整合转录组学和实验分析，揭示SDF4作为星形胶质细胞表达的调节因子通过PI3K-AKT信号通路促进胶质瘤进展 | 首次综合运用bulk转录组、单细胞转录组和空间转录组分析结合实验验证，发现SDF4特异性表达于星形胶质细胞，并通过PI3K-AKT信号通路调控胶质瘤进展，同时揭示其与IDH1、TERT突变及MGMT甲基化状态的关联 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 全面探究SDF4基因在胶质瘤中的作用，评估其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 胶质瘤患者样本及胶质瘤细胞系 | 数字病理学 | 脑胶质瘤 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组化 | LASSO Cox回归, WGCNA | 转录组数据, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1459 | 2026-10-04 |
Bacterial surface display enables lysis-independent joint host-pathogen single-cell profiling
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.21.739887
PMID:42539225
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研究论文 | 本文提出一种基于细菌表面展示的裂解非依赖性策略，实现宿主与病原体在单细胞水平上的联合分析，可同时测量胞内细菌的存在与状态以及宿主单细胞转录组 | 利用细菌表面展示技术将启动子活性和细菌身份编码为抗体可检测信号，使细菌特征与现有基于抗体的单细胞检测兼容；该方法无需病原体特异性裂解优化或基于病原体信号的预分选，即可通过流式细胞术和液滴单细胞RNA测序进行读取；该方法在启动子、表位标签、展示支架和细菌物种间具有模块化特性 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 开发一种可扩展的宿主-病原体联合单细胞测量方法，扩大高通量单细胞分析可及的病原体种类和状态范围 | 被感染的巨噬细胞及胞内细菌，包括多种细菌物种 | 单细胞组学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、细菌表面展示 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞术数据 | NA | NA | 液滴单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1460 | 2026-10-04 |
Synthesizing Mechanistic Hypotheses from Single-Cell Omics via Discretized Feature Attribution and Empirical Language Model Grounding
2026-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.09.737344
PMID:42465380
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研究论文 | 该论文提出了一种分析流程，将连续神经网络归因离散化为调控阈值，并用这些阈值约束大语言模型，从而从单细胞多组学数据中合成可检验的生物学假设 | 通过决策树将连续神经网络归因离散化为显式调控阈值，并以此结构约束大语言模型，实现文献与经验数据的整合，生成上下文特异性假设，且提供本地可部署的开源权重语言模型与无代码界面 | 摘要未明确说明研究的局限性 | 解决单细胞多模态组学中连续计算归因难以转化为结构化、可检验生物学机制的瓶颈问题 | 单细胞多模态组学数据，包括稀疏数据集、空间转录组学数据等 | 机器学习 | NA | 单细胞多组学，空间转录组学 | 决策树，神经网络，大语言模型 | 单细胞多组学数据，文本 | NA | NA | 单细胞多组学，空间转录组学 | NA | NA |