单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1421	2025-05-08	Regional differences in progenitor metabolism shape brain growth during development 2025-Apr-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.04.003 PMID:40300602	研究论文	研究揭示了哺乳动物前脑发育过程中区域扩张的机制，特别是通过单细胞分辨率的小鼠大脑出生日期图谱和单细胞RNA测序技术	提供了小鼠大脑的单细胞分辨率出生日期图谱，识别了FAM210B作为调控线粒体功能和乳酸产生的关键因子，从而影响前脑神经祖细胞的自我复制分裂	研究主要基于小鼠模型，人类大脑发育的类似机制尚未完全验证	探索哺乳动物大脑区域扩张的发育机制	小鼠大脑的神经祖细胞和神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠大脑的单细胞数据
1422	2025-05-08	Adipose-derived leptin and complement factor D mediate osteoarthritis severity and pain 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt5915 PMID:40279436	research paper	研究肥胖与骨关节炎（OA）严重程度和疼痛之间的关系，特别是脂肪分泌的瘦素和补体因子D的作用	揭示了脂肪分泌的瘦素通过调节补体因子D（adipsin）影响OA的结构和疼痛表型，证实了脂肪与关节之间的系统性交互作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究肥胖相关脂肪因子（特别是瘦素）在OA发病机制中的具体作用	脂肪分泌的瘦素和补体因子D，以及它们对OA严重程度和疼痛的影响	生物医学	骨关节炎	空间转录组学、全局无监督多组学分析	小鼠模型（脂肪营养不良小鼠）	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠实验模型
1423	2025-05-08	Microglial colonization routes and their impacts on cellular diversity 2025-Apr-25, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.04.004 PMID:40288616	review	本文探讨了小胶质细胞在脑发育过程中通过不同定植途径对其多样性的影响	重点关注小胶质细胞通过不同定植途径对细胞多样性的影响，结合单细胞转录组学的最新发现	小胶质细胞多样性形成的具体机制仍不清楚	研究小胶质细胞在脑发育过程中的多样性形成机制	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
1424	2025-05-08	A Spatial Multi-Omic Framework Identifies Gliomas Permissive to TIL Expansion 2025-Apr-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6314842/v1 PMID:40313763	研究论文	该研究通过多模态分析方法识别了允许肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）扩增的胶质瘤的空间和分子特征	整合了多种高通量技术（如单细胞RNA测序、空间蛋白质组学等）进行多模态分析，揭示了TIL扩增的基因组和空间决定因素	研究主要针对高级别胶质瘤，结果在其他免疫排斥性癌症中的普适性需要进一步验证	识别TIL扩增的基因组和空间决定因素，为基于T细胞的免疫治疗提供选择平台	高级别胶质瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq、Xenium转录组学、CODEX空间蛋白质组学	NA	多组学数据（基因组、转录组、蛋白质组）	未明确提及具体样本数量，但涉及高级别胶质瘤的TIL生成与非生成肿瘤对比
1425	2025-05-08	Metabolic reprogramming through histone lactylation in microglia and macrophages recruits CD8+ T lymphocytes and aggravates spinal cord injury 2025-Apr-24, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.04.003 PMID:40328251	研究论文	本文研究了脊髓损伤（SCI）后小胶质细胞和巨噬细胞（IAMs）通过组蛋白乳酸化介导的代谢重编程招募CD8+ T淋巴细胞并加剧神经功能损伤的机制	揭示了糖酵解重编程通过组蛋白乳酸化增强Cxcl16转录的新机制，并提出了针对CXCL16-CXCR6轴的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和患者脑脊液样本，人类脊髓组织的直接证据有限	探究脊髓损伤后先天免疫与适应性免疫的相互作用机制	小胶质细胞、巨噬细胞、CD8+ T淋巴细胞	神经免疫学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	脊髓损伤患者脑脊液样本和损伤小鼠脊髓组织
1426	2025-05-08	Protocol for preparing fresh frozen soybean tissues for spatial transcriptomics 2025-Apr-23, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103790 PMID:40272979	研究论文	本文提出了一种用于空间转录组学的新鲜冷冻大豆组织制备方案	针对植物组织在空间转录组学应用中的挑战，提出了一套完整的大豆组织制备流程	仅适用于大豆组织，未验证在其他植物组织上的适用性	解决植物组织在空间转录组学研究中的制备难题	新鲜冷冻的大豆组织	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
1427	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing of pig lung transplantation reveals macrophage ferroptosis in lung ischemia-reperfusion injury 2025-Apr-20, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.04.011 PMID:40262727	research paper	该研究通过猪肺移植模型的单细胞RNA测序，揭示了巨噬细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的作用	首次在大型动物模型中研究肺缺血再灌注损伤，并发现巨噬细胞铁死亡的关键作用	研究仅关注了早期再灌注损伤，未涉及长期预后	探索肺缺血再灌注损伤的病理机制	猪肺移植模型中的肺组织	digital pathology	lung cancer	single-cell RNA sequencing, transmission electron microscopy	orthotopic pig lung transplant model	RNA-seq data, microscopy images	猪肺移植模型的组织样本
1428	2025-05-08	Integrative analysis of bulk RNA and single-cell sequencing data reveals a liquid-liquid phase separation signature for clear cell renal cell carcinoma 2025-Apr-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149313 PMID:39921047	研究论文	本研究通过整合批量RNA和单细胞测序数据，揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的液-液相分离（LLPS）特征，并构建了一个预后和免疫治疗反应预测的签名	首次基于LLPS相关基因构建了ccRCC的预后和免疫治疗反应预测签名，并通过单细胞测序和体外实验验证了签名基因的表达及其对ccRCC细胞恶性生物学行为的影响	研究主要基于TCGA数据，可能需要更多独立数据集进行验证	建立透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的预后和免疫治疗反应预测签名	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者和细胞	数字病理学	肾癌	RNA测序，单细胞测序	Cox回归，LASSO算法	RNA测序数据，单细胞测序数据	TCGA数据集中的ccRCC样本
1429	2025-05-08	Individualized patient tumor organoids faithfully preserve human brain tumor ecosystems and predict patient response to therapy 2025-Apr-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.01.002 PMID:39938519	研究论文	开发了一种快速、高效且复杂的培养系统（IPTO），能够准确重现人脑肿瘤的细胞和分子病理学	IPTO模型能够培养多种中枢神经系统肿瘤，包括成人、儿童和转移性脑癌，并能预测患者特异性药物反应	未明确提及具体局限性	开发一种能够准确模拟人脑肿瘤并预测治疗反应的临床前模型	人脑肿瘤，包括成人、儿童和转移性脑癌	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	IPTO（个体化患者肿瘤类器官）	基因组、表观基因组和单细胞RNA测序数据	前瞻性患者队列（具体数量未提及）
1430	2025-05-08	Overcoming immunotherapy resistance in hepatocellular carcinoma by targeting myeloid IL-8/CXCR2 signaling 2025-Apr-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.02.002 PMID:39916327	研究论文	本研究探讨了通过靶向髓系IL-8/CXCR2信号通路克服肝细胞癌免疫治疗耐药性的机制	揭示了IL-8/CXCR2通路在免疫检查点阻断(ICB)耐药性中的作用，并提出了AZD5069作为CXCR2拮抗剂的潜在治疗策略	研究样本量有限，且主要基于临床前模型，需要进一步临床试验验证	阐明IL-8/CXCR2通路介导的ICB耐药机制，并探索克服耐药性的治疗策略	肝细胞癌(HCC)患者和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	ICB耐药原位小鼠模型	RNA测序数据	晚期HCC患者的基线及治疗中活检样本
1431	2025-05-08	Identification and validation of immune-related biomarkers and polarization types of macrophages in keloid based on bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis 2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.burns.2025.107413 PMID:39923303	研究论文	通过bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了瘢痕疙瘩中免疫相关生物标志物及巨噬细胞极化类型	首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq技术，识别了BMP1和IL1R1作为瘢痕疙瘩的新型生物标志物，并揭示了巨噬细胞极化失调的状态	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索瘢痕疙瘩的免疫相关生物标志物及巨噬细胞极化类型，为治疗提供新思路	瘢痕疙瘩组织及正常组织	生物信息学	瘢痕疙瘩	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, LASSO, SVM-RFE, RF, WB, IF	LASSO, SVM-RFE, RF	RNA-seq数据	多个GEO数据集（GSE83286, GSE212954, GSE92566, GSE90051）
1432	2025-05-08	Unveiling FKBP7 as an early endoplasmic reticulum sentinel in pancreatic stellate cell activation, collagen remodeling and tumor progression 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217538 PMID:39924075	research paper	该研究揭示了FKBP7作为胰腺星状细胞（PSCs）激活、胶原重塑和肿瘤进展中的早期内质网哨兵的作用	首次将FKBP7鉴定为PSCs的早期激活标志物，并揭示其通过BiP复合物调节特定胶原亚型分泌的机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化潜力尚需进一步验证	探究内质网驻留蛋白在胰腺导管腺癌（PDAC）间质激活中的作用机制	胰腺星状细胞（PSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、功能缺失实验	NA	基因表达数据、组织病理图像	PDAC患者组织样本（数量未明确）
1433	2025-05-08	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing data using machine learning identifies oxidative stress-related genes LUM and PCOLCE2 as potential biomarkers for heart failure 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140793 PMID:39929468	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，利用机器学习识别氧化应激相关基因LUM和PCOLCE2作为心力衰竭的潜在生物标志物	首次结合单细胞和批量RNA测序数据，应用多种机器学习算法识别出与心力衰竭相关的氧化应激基因LUM和PCOLCE2，并验证其在诊断中的潜在价值	需要进一步研究验证其临床实用性	探索氧化应激相关基因在心力衰竭中的作用及其作为生物标志物的潜力	心力衰竭患者和小鼠模型	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习算法（AUCell, UCell, singscore, ssgsea, AddModuleScore等）	多种机器学习模型（XGBoost, 随机森林, 支持向量机等）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，包括心力衰竭患者和小鼠模型
1434	2025-05-08	Comparative single cell analysis of transcriptional bursting reveals the role of genome organization on de novo transcript origination 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591771 PMID:38746255	研究论文	通过比较单细胞转录组分析，研究基因组组织对新生转录起源的影响	提出了一种新的统计程序，识别了一组198个基因，这些基因能高度预测细胞类型身份，同时对跨越2500-3000万年进化的物种特异性差异保持稳健	研究仅限于三个密切相关的物种，可能不适用于更广泛的物种范围	研究基因组组织对精子发生过程中转录爆发和新生基因起源的影响	精子发生过程中的细胞类型和新生基因	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq), RNA荧光原位杂交(FISH)	NA	转录组数据, 图像数据	三个密切相关的物种的精子发生过程中的细胞
1435	2025-05-08	20 years of stemness: From stem cells to hypertranscription and back 2025-Mar-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102406 PMID:39919752	综述	本文回顾了过去20年从干细胞到超转录状态的研究历程，探讨了干细胞转录组学的技术进步及其在生理和疾病背景下的意义	揭示了干细胞/祖细胞普遍处于超转录状态，并发现20年前的干细胞特征基因标记实际上是超转录的稳健标志	主要基于历史研究回顾，缺乏新的实验数据验证	探讨干细胞转录组学的发展历程及其在生理和疾病研究中的意义	胚胎干细胞和成体干细胞	干细胞生物学	NA	微阵列技术、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1436	2025-05-08	Distinct cellular mechanisms underlie chemotherapies and PD-L1 blockade combinations in triple-negative breast cancer 2025-Mar-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.007 PMID:39919737	研究论文	探讨三阴性乳腺癌中化疗与PD-L1阻断联合治疗的细胞机制	通过整合单细胞RNA测序数据，揭示了不同化疗药物与PD-L1抗体联合治疗对肿瘤免疫微环境的影响，特别是Nab-PTX与ATZ联合治疗对T细胞和骨髓细胞的重塑作用	机制尚未完全阐明，需要进一步实验验证	研究三阴性乳腺癌中化疗与免疫检查点阻断联合治疗的机制	三阴性乳腺癌患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	人类TNBC样本和小鼠模型
1437	2025-05-08	Microglial reprogramming enhances antitumor immunity and immunotherapy response in melanoma brain metastases 2025-Mar-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.008 PMID:39919736	研究论文	本研究通过临床前模型和单细胞转录组学，揭示了小胶质细胞中Rela/NF-κB通路的激活促进黑色素瘤脑转移的机制，并提出了增强抗肿瘤免疫和免疫检查点抑制剂反应的新策略	发现了小胶质细胞中Rela/NF-κB通路的激活促进黑色素瘤脑转移的新机制，并证明靶向该通路可增强抗肿瘤免疫和免疫治疗反应	研究主要基于临床前模型，临床应用的可行性和效果需要进一步验证	探索黑色素瘤脑转移的生物学机制及脑免疫微环境在治疗反应中的作用	黑色素瘤脑转移的临床前模型和患者样本	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞转录组学	临床前模型	转录组数据	NA
1438	2025-05-08	Proliferation of renal macrophage via MR/CSF1 pathway induced with aldosterone and inhibited by esaxerenone 2025-Mar-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114208 PMID:39923576	研究论文	研究醛固酮诱导的肾脏巨噬细胞增殖及其调控机制	揭示了醛固酮通过MR/CSF1通路诱导肾脏巨噬细胞增殖的机制，并发现抑制该通路可减少巨噬细胞增殖和肾脏损伤	巨噬细胞的高可塑性和异质性使得增殖细胞的来源和亚型仍不完全清楚	探究醛固酮诱导的肾脏巨噬细胞增殖的起源、亚型及调控机制	肾脏巨噬细胞	病理学	肾脏疾病	免疫荧光、流式细胞术、单细胞测序	NA	细胞数据	NA
1439	2025-05-08	A comprehensive pan-cancer examination of transcription factor MAFF: Oncogenic potential, prognostic relevance, and immune landscape dynamics 2025-Mar-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114105 PMID:39923580	研究论文	通过多组学分析全面研究了转录因子MAFF在泛癌中的表达、预后相关性及其在肿瘤免疫和微环境中的作用	首次在泛癌范围内系统分析了MAFF的表达特征、预后价值及其与肿瘤免疫微环境的关联，并探索了靶向MAFF的抗癌药物	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探索转录因子MAFF在多种癌症中的表达模式、预后价值和免疫调节作用	多种癌症类型中的MAFF表达及其与肿瘤免疫微环境的关联	生物信息学	泛癌研究(包括乳腺癌和子宫内膜癌等)	转录组分析、单细胞测序、空间转录组、分子对接	Cox回归分析、Spearman相关性分析、GSEA/GSVA富集分析	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	来自GDC和UCSC XENA等多个数据库的泛癌样本数据
1440	2025-05-08	Multi-omics profiles reveal immune microenvironment alterations associated with PD-L1 checkpoint in acute pancreatitis in the early phase 2025-03-05, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151451 PMID:39922059	研究论文	通过多组学分析揭示急性胰腺炎早期阶段PD-L1检查点相关的免疫微环境变化	整合单细胞RNA测序、数字空间分析和CyTOF技术，首次在急性胰腺炎早期阶段揭示了PD-1/PD-L1通路在免疫调节中的关键作用	研究主要聚焦于疾病早期阶段，未涉及疾病进展或慢性阶段的免疫变化	探究急性胰腺炎早期阶段免疫调节的分子机制	小鼠模型和人类急性胰腺炎患者的胰腺及血液样本	多组学分析	急性胰腺炎	单细胞RNA测序、数字空间分析、CyTOF、bulk-RNA测序	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、空间转录组数据	CER-AP小鼠模型和AP患者血液样本