单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1421	2024-12-06	CD4-/CD8- double-negative tumor-infiltrating lymphocytes expanded from solid tumor tissue suppress the proliferation of tumor cells in an MHC-independent way 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04823-x PMID:37165118	研究论文	研究从实体肿瘤组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）对肿瘤细胞增殖的抑制作用	首次详细研究了从胃癌组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性和功能，发现其具有广泛的抗癌细胞毒性，且这种毒性是MHC非依赖性的	研究主要集中在体外和异种移植模型中，尚未进行临床试验	探讨从实体肿瘤中提取的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性和功能	从胃癌组织中提取的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）	肿瘤学	胃癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	从胃癌组织中提取的DN-TILs，以及多种癌细胞系（如Panc-1、HGC-27、SKOV-3、A375）
1422	2024-12-06	The HDAC inhibitor domatinostat induces type I interferon α in Merkel cell carcinoma by HES1 repression 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04733-y PMID:37071208	研究论文	研究HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1表达诱导默克尔细胞癌中的I型干扰素α	首次揭示了HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1表达诱导I型干扰素α，从而在默克尔细胞癌中发挥抗肿瘤作用	研究仅限于特定的默克尔细胞癌细胞系和初级成纤维细胞，可能无法完全代表所有默克尔细胞癌的情况	探讨HDAC抑制剂domatinostat在默克尔细胞癌中的抗肿瘤机制	默克尔细胞癌细胞系和初级成纤维细胞	数字病理学	皮肤癌	RT-qPCR	NA	RNA	包括WaGa、MKL-1和UM-MCC 34细胞系以及初级成纤维细胞
1423	2024-12-06	Single-cell RNA-seq methods to interrogate virus-host interactions 2023-01, Seminars in immunopathology IF:7.9Q1 DOI:10.1007/s00281-022-00972-2 PMID:36414692	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在病毒-宿主相互作用研究中的应用	本文总结了scRNA-seq技术及其在抗病毒免疫中的应用，强调了其在理解病毒基因组和宿主反应异质性、感染细胞与旁观细胞的差异反应以及细胞间通信网络方面的重要作用	NA	探讨scRNA-seq技术在病毒-宿主相互作用研究中的应用及其在抗病毒治疗策略开发中的潜力	病毒与宿主细胞的相互作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
1424	2024-12-06	APOE4 impairs myelination via cholesterol dysregulation in oligodendrocytes 2022-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05439-w PMID:36385529	研究论文	研究探讨了APOE4基因对人类大脑的影响，特别是通过胆固醇稳态失调影响少突胶质细胞的髓鞘形成	首次通过单细胞转录组学分析揭示了APOE4对人类大脑所有细胞类型的广泛基因表达变化，并建立了APOE4、胆固醇、髓鞘形成和记忆之间的功能联系	研究主要基于死后人脑样本和诱导多能干细胞衍生的细胞，可能存在样本量和实验条件的限制	深入了解APOE4基因对人类大脑的影响，特别是其对髓鞘形成和记忆的影响，为阿尔茨海默病的治疗提供新的机会	APOE4基因携带者和非携带者的死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，以及靶向替换小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学分析，组织学和脂质组学分析	NA	基因表达数据，组织学和脂质组学数据	死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，靶向替换小鼠
1425	2024-12-06	CRISPRi screens in human iPSC-derived astrocytes elucidate regulators of distinct inflammatory reactive states 2022-11, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01180-9 PMID:36303069	研究论文	本研究通过CRISPR干扰筛选结合单细胞转录组学技术，系统研究了人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞在细胞因子诱导下的炎症反应机制	首次系统性地揭示了IL-6和干扰素信号通路在NF-κB激活下游驱动两种不同的炎症反应特征，并验证了这些特征在不同实验模型中的普遍性	研究主要基于体外模型和转基因小鼠模型，尚未在临床样本中广泛验证	揭示星形胶质细胞在炎症反应中的分子调控机制，为开发针对性治疗策略提供理论基础	人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞及其在炎症反应中的分子调控机制	细胞生物学	神经退行性疾病	CRISPR干扰筛选、单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞和小鼠模型
1426	2024-12-06	3D chromatin maps of the human pancreas reveal lineage-specific regulatory architecture of T2D risk 2022-09-06, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2022.08.014 PMID:36070683	研究论文	研究通过生成人类胰腺腺泡细胞、α细胞和β细胞的单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和高分辨率Hi-C数据，揭示了T2D风险的细胞类型特异性调控架构	首次利用3D染色质组织图谱揭示了胰腺不同细胞类型在T2D风险中的特异性调控机制	研究主要集中在胰腺细胞类型，未涵盖其他可能影响T2D的细胞类型	理解糖尿病风险的细胞类型特异性调控架构	人类胰腺的腺泡细胞、α细胞和β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、高分辨率Hi-C	NA	基因组数据	4,750个潜在的因果变异-目标基因对，涉及194个T2D GWAS信号
1427	2024-12-06	Severe COVID-19 patients display hyper-activated NK cells and NK cell-platelet aggregates 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.861251 PMID:36275702	研究论文	研究分析了COVID-19患者血液中自然杀伤细胞（NK细胞）的表型和活性，发现严重COVID-19患者显示出超激活的NK细胞和NK细胞-血小板聚集体	首次揭示了严重COVID-19患者中NK细胞的超激活状态及其与血小板形成的聚集体，为理解SARS-CoV-2的抗病毒免疫和疾病病理提供了新的视角	研究样本主要集中在住院患者，未涵盖轻症或无症状患者，可能影响结果的普适性	探讨COVID-19患者中NK细胞的表型变化及其在疾病病理中的作用	COVID-19患者的NK细胞及其与血小板的相互作用	免疫学	COVID-19	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞毒性杀伤实验	NA	血液样本	包括住院的COVID-19患者、重症COVID-19患者和出院六周后的COVID-19患者
1428	2024-12-06	Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 reveals multi-process defects in antiviral immunity 2021-05, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-021-00681-2 PMID:33972731	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了重症COVID-19患者血液抗原呈递细胞的免疫缺陷	揭示了重症COVID-19患者抗原呈递细胞中抗病毒免疫防御的多重缺陷机制	研究样本量较小，仅包括15名患者和4名健康对照	探讨重症COVID-19患者抗原呈递细胞的免疫缺陷机制	重症COVID-19患者的血液抗原呈递细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	15名重症COVID-19患者和4名健康对照
1429	2024-12-05	Endothelial Angpt2 Promotes Adipocyte Progenitor Cells Maturation to Increase Visceral Adipose Tissue Accumulation 2025-Jan, Diabetes/metabolism research and reviews DOI:10.1002/dmrr.70012 PMID:39628006	研究论文	研究探讨了内皮细胞Angpt2在促进脂肪前体细胞成熟和内脏脂肪组织积累中的作用	揭示了JAK1/STAT3信号通路激活下内皮细胞分泌的Angpt2通过整合素-α5β1信号促进脂肪前体细胞从MSLN表型向CFD表型转变，从而促进内脏脂肪组织积累的新机制	研究样本量较小，且仅限于肥胖和糖尿病患者，可能影响结果的普适性	探究内脏脂肪组织积累的具体机制	内脏脂肪组织、内皮细胞、脂肪前体细胞	NA	肥胖	单细胞RNA测序(scRNAseq)、PCR、WB、免疫荧光染色、流式细胞术	NA	基因表达数据	13个内脏脂肪组织样本，来自5名肥胖和糖尿病患者、9名肥胖患者和1名正常BMI个体
1430	2024-12-05	Artesunate remarkably alleviates interstitial cystitis/bladder pain syndrome in a murine model: Novel molecular signature deciphered by bulk tissue and single-cell transcriptomic analysis 2024-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401909R PMID:39620925	研究论文	研究了青蒿琥酯在减轻小鼠间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征中的作用，并通过bulk组织和单细胞转录组分析揭示了新的分子特征	首次使用单细胞RNA测序探索间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征小鼠模型的免疫微环境，并研究青蒿琥酯治疗的可能分子机制	需要进一步研究以确认青蒿琥酯在间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者中的效果	探索更有效的间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征治疗方法	小鼠间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征模型	NA	泌尿系统疾病	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	小鼠模型
1431	2024-12-05	Transcriptional reprogramming primes CD8+ T cells toward exhaustion in Myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome 2024-Dec-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2415119121 PMID:39621903	研究论文	研究探讨了肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征（ME）中CD8+ T细胞的转录重编程和耗竭状态	首次通过多组学分析揭示了ME中CD8+ T细胞的耗竭状态，并验证了耗竭标志物的表达	研究仅限于特定T细胞亚群和症状诱发后的分析，未涵盖所有免疫细胞类型	研究ME中T细胞失调的基因调控状态，并探讨T细胞耗竭在疾病中的作用	ME患者的CD8+ T细胞及其亚群	免疫学	肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征	单细胞RNA测序、RNA测序、ATAC测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	多个ME患者的T细胞样本
1432	2024-12-05	Capture of Totipotency in Mouse Embryonic Stem Cells in the Absence of Pdzk1 2024-Dec-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408852 PMID:39630006	研究论文	本文研究了在小鼠胚胎干细胞中通过敲除Pdzk1基因来实现全能性的建立	首次通过敲除单个基因Pdzk1在胚胎干细胞中实现全能性，并展示了其在胚胎发育中的全面潜力	NA	研究如何通过基因编辑技术扩展干细胞的分化潜能	小鼠胚胎干细胞的全能性	发育生物学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	Pdzk1敲除的胚胎干细胞
1433	2024-12-05	Single-cell RNA sequencing reveals a key regulator ZmEREB14 affecting shoot apex development and yield formation in maize 2024-Dec-04, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.14537 PMID:39630144	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了玉米顶端分生组织发育和产量形成的关键调控因子ZmEREB14	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了玉米顶端分生组织发育的细胞异质性，并鉴定了关键调控因子ZmEREB14	研究仅限于5天龄的玉米顶端分生组织，未涵盖更长时间段的发育过程	揭示玉米顶端分生组织发育的分子机制及其对产量形成的影响	玉米顶端分生组织及其发育过程中的细胞类型和调控网络	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约12,700个细胞
1434	2024-12-05	Tumor-Associated Microglia Secrete Extracellular ATP to Support Glioblastoma Progression 2024-Dec-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0018 PMID:39618248	研究论文	研究揭示了肿瘤相关小胶质细胞通过分泌胞外ATP促进胶质母细胞瘤进展的机制	首次发现肿瘤相关小胶质细胞在胶质母细胞瘤微环境中通过增加ATP合成酶表达和氧化磷酸化活性，分泌胞外ATP，激活P2X7受体，促进肿瘤细胞增殖和侵袭	研究主要基于体外和体内模型，缺乏临床试验验证	探讨肿瘤相关小胶质细胞在胶质母细胞瘤进展中的作用机制	胶质母细胞瘤患者样本、体外和体内模型	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序	NA	RNA	胶质母细胞瘤患者样本
1435	2024-12-05	ATP2A3 in Primary Aldosteronism: Machine Learning-Based Discovery and Functional Validation 2024-Dec-02, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.124.23817 PMID:39618394	研究论文	本文利用机器学习方法在原发性醛固酮增多症中发现了ATP2A3基因，并通过功能验证确认其在醛固酮生成中的关键作用	首次利用机器学习方法识别出ATP2A3作为原发性醛固酮增多症的关键特征基因，并通过多种实验验证了其在醛固酮生成中的调控作用	NA	利用机器学习方法发现原发性醛固酮增多症的新型生物标志物，揭示新的病理生理机制	原发性醛固酮增多症中的醛固酮生成腺瘤（APAs）及其相关基因ATP2A3	机器学习	内分泌疾病	RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	APA组织样本、猪肾上腺、人肾上腺皮质细胞系
1436	2024-12-05	Diverse RNA methylation patterns in neutrophils: key drivers in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-02, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03756-2 PMID:39621240	研究论文	研究了中性粒细胞在肝细胞癌中的RNA甲基化模式及其对肿瘤微环境的影响	开发了一种新的中性粒细胞RNA甲基化评分系统（NRM），用于评估肿瘤微环境的异质性和临床特征	NA	探讨中性粒细胞在肝细胞癌中的RNA甲基化模式及其对肿瘤微环境的影响	肝细胞癌患者的中性粒细胞及其RNA甲基化模式	NA	肝细胞癌	单细胞测序	LASSO Cox回归	RNA甲基化数据	NA
1437	2024-12-05	Dysregulated Treg repair responses lead to chronic rejection after heart transplantation 2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173593 PMID:39621314	研究论文	研究了心脏移植后慢性排斥反应中调节性T细胞（Tregs）和纤维母细胞之间的相互作用	首次揭示了IL-33在心脏移植慢性排斥反应中的作用，并发现Treg分泌的Areg促进了纤维母细胞的增殖，从而加剧了慢性排斥反应	研究主要基于小鼠模型，临床样本的验证有限	探讨心脏移植后慢性排斥反应的机制	心脏移植后的慢性排斥反应、Tregs、纤维母细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型和临床样本
1438	2024-12-05	Inferring disease progressive stages in single-cell transcriptomics using a weakly-supervised deep learning approach 2024-Dec-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278812.123 PMID:39622637	研究论文	本文介绍了一种名为scIDST的弱监督深度学习方法，用于推断单细胞转录组学中的疾病进展阶段	提出了一种新的深度学习方法scIDST，能够在弱监督框架下推断单细胞的疾病进展水平，并展示了其在多个独立数据资源中的适用性	NA	旨在解决单细胞转录组学中细胞异质性问题，推断疾病进展阶段	单细胞转录组数据中的疾病进展阶段	机器学习	NA	单细胞/核基因组测序	深度学习	转录组数据	NA
1439	2024-12-05	Fibroblast Activation Protein-α Expression in Cancer-Associated Fibroblasts Shows the Poor Survival of Colorectal Cancer via Immune-Mediated Pathways : Implications of FAP in Cancer-Associated Fibroblasts Link Immune Dysregulation to Adverse Survival in Colorectal Cancer 2024-Dec-02, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-024-16593-y PMID:39623187	研究论文	研究探讨了纤维母细胞激活蛋白-α（FAP）在结直肠癌（CRC）相关成纤维细胞中的表达及其对患者生存和肿瘤免疫微环境的影响	首次揭示了FAP表达与CRC患者生存率降低以及肿瘤浸润淋巴细胞分布减少之间的关联，并发现FAP阳性成纤维细胞中与免疫抑制相关的基因表达上调	研究样本量较小，且仅限于特定医院的数据，可能影响结果的普适性	探讨FAP在CRC相关成纤维细胞中的表达及其对患者生存和肿瘤免疫微环境的影响	结直肠癌患者及其肿瘤相关成纤维细胞和免疫细胞	数字病理学	结直肠癌	免疫组化染色（IHC）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	病理切片和基因表达数据	178名结直肠癌患者和10名未经治疗的CRC患者
1440	2024-12-05	Generation and long-term culture of human cerebellar organoids from pluripotent stem cells 2024-Dec-02, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01093-w PMID:39623220	研究论文	本文描述了一种从人类多能干细胞生成和长期培养人小脑类器官（hCerO）的协议	该协议成功复制了胎儿小脑的细胞多样性和一些独特的细胞结构特征，并能长期培养小脑的主要细胞类型	NA	探索小脑发育和疾病	人小脑类器官（hCerO）	发育神经生物学	NA	细胞培养	NA	细胞	NA