单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1401	2024-12-06	Mixed Effects Deep Learning for the interpretable analysis of single cell RNA sequencing data by quantifying and visualizing batch effects 2024-Nov-13, ArXiv PMID:39606715	研究论文	提出了一种混合效应深度学习（MEDL）自编码器框架，用于解释单细胞RNA测序数据中的批次效应，并通过量化和可视化批次效应来增强解释性	通过分离批次不变（固定效应）和批次特定（随机效应）组件，保留了批次特定的信息，从而提高了分类准确性并增强了可视化效果	NA	开发一种新的深度学习框架，用于解释单细胞RNA测序数据中的批次效应，并提高预测准确性	单细胞RNA测序数据中的批次效应	机器学习	心血管疾病, 自闭症谱系障碍, 急性髓系白血病	单细胞RNA测序	自编码器	基因表达数据	三个数据集，包括健康心脏数据集（147个批次）、自闭症谱系障碍数据集和急性髓系白血病数据集
1402	2024-12-06	A prenatal skin atlas reveals immune regulation of human skin morphogenesis 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08002-x PMID:39415002	研究论文	本文构建了一个全面的产前人类皮肤多组学参考图谱，结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了免疫细胞在皮肤形态发生中的作用	首次系统性地展示了免疫细胞在皮肤形态发生中的关键作用，并通过皮肤器官模型验证了这一发现	皮肤器官模型缺乏免疫细胞，导致内皮细胞异质性和数量显著减少	研究免疫细胞在人类皮肤形态发生中的作用	产前人类皮肤（7-17周）及其相关细胞类型	NA	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	产前人类皮肤样本（7-17周）、皮肤器官模型（源自人类胚胎干细胞和诱导多能干细胞）
1403	2024-12-06	Longitudinal analysis of genetic and epigenetic changes in human pluripotent stem cells in the landscape of culture-induced abnormality 2024-Nov, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01334-8 PMID:39482531	研究论文	研究了人类多能干细胞在体外培养过程中基因和表观遗传变化的长程分析	首次综合分析了基因组、单细胞转录组和单细胞ATAC-seq数据，揭示了20q11.21拷贝数增加和表观遗传变化对表达'培养适应表型'的必要性	研究仅限于一个同基因的人类胚胎干细胞模型，结果的普适性有待进一步验证	探讨人类多能干细胞在体外培养过程中基因和表观遗传变化及其对细胞表型的影响	人类胚胎干细胞及其在体外培养过程中的基因和表观遗传变化	基因组学	NA	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	一个同基因的人类胚胎干细胞模型
1404	2024-12-06	Neoadjuvant nivolumab or nivolumab plus ipilimumab in early-stage triple-negative breast cancer: a phase 2 adaptive trial 2024-Nov, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03249-3 PMID:39284953	研究论文	研究了早期三阴性乳腺癌患者在术前使用尼伏鲁单抗或尼伏鲁单抗联合伊匹单抗的免疫治疗效果	探索了在没有化疗的情况下，使用免疫检查点抑制剂（ICI）联合治疗早期三阴性乳腺癌患者的潜在疗效	研究样本量较小，且观察到的副作用较多，特别是免疫介导的内分泌疾病	评估早期三阴性乳腺癌患者在术前使用免疫治疗的效果，并探讨其潜在的临床应用	早期三阴性乳腺癌患者	NA	乳腺癌	免疫检查点抑制剂（ICI）	NA	单细胞RNA测序	45名患者（每个队列15名）
1405	2024-12-06	Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07571-1 PMID:39567783	研究论文	本文通过整合25个单细胞RNA测序数据集，揭示了炎症性肠道疾病中的化生现象	开发了新的自动化质量控制方法scAutoQC，并构建了包含约110万个细胞的健康参考图谱，揭示了肠道炎症疾病中干细胞来源的化生细胞与免疫细胞的相互作用	NA	研究肠道炎症疾病中的化生现象及其对组织结构和炎症的影响	健康和疾病状态下的胃肠道组织细胞	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	RNA	385个样本，包括189名健康对照和12个疾病数据集
1406	2024-12-06	A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07944-6 PMID:39567784	研究论文	本文通过多模态单细胞图谱、空间转录组学和高分辨率多重成像数据，建立了人类胸腺细胞的空间图谱，并分析了胸腺皮质-髓质轴的微解剖基础	本文首次在胎儿发育的第二孕期开始时，展示了小叶细胞因子网络的建立、胸腺细胞的典型轨迹以及胸腺上皮细胞的分布，并识别了胸腺上皮细胞祖细胞的组织生态位及与哈塞尔小体相关的不同亚型	NA	研究人类胸腺细胞在胎儿和早期新生儿阶段的发育过程及其微解剖基础	胸腺细胞、胸腺上皮细胞及其在胸腺皮质-髓质轴中的分布和发育轨迹	数字病理学	NA	空间转录组学、高分辨率多重成像	NA	单细胞数据、图像数据	NA
1407	2024-12-06	A multi-omic atlas of human embryonic skeletal development 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08189-z PMID:39567793	研究论文	本文通过多组学分析，构建了人类胚胎骨骼发育的多组学图谱	首次应用配对的转录组和表观遗传学分析，结合空间转录组学，揭示了人类胚胎关节和颅骨发育的关键调控网络和细胞轨迹	NA	揭示人类胚胎骨骼发育的细胞状态、表观遗传过程和关键调控因子	人类胚胎骨骼发育中的细胞分化和骨骼形成	数字病理学	NA	转录组学、表观遗传学分析、空间转录组学	NA	转录组数据、表观遗传数据、空间转录组数据	约336,000个细胞核液滴
1408	2024-12-06	An integrative single-cell atlas for exploring the cellular and temporal specificity of genes related to neurological disorders during human brain development 2024-Oct, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01328-6 PMID:39363111	研究论文	本文通过整合多个单细胞RNA测序数据集，构建了一个全面的人类大脑发育单细胞图谱，揭示了与神经系统疾病相关的基因在不同发育阶段的表达模式	本文首次整合了多个单细胞RNA测序数据集，构建了一个全面的人类大脑发育单细胞图谱，揭示了与神经系统疾病相关的基因在不同发育阶段的表达模式	本文主要依赖于单细胞RNA测序数据，可能无法全面反映基因表达的复杂性	揭示与神经系统疾病相关的基因在人类大脑发育过程中的细胞和时间特异性	人类大脑发育过程中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	393,060个单细胞
1409	2024-12-06	Characteristics of blood-brain barrier heterogeneity between brain regions revealed by profiling vascular and perivascular cells 2024-Oct, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01743-y PMID:39210068	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，比较了小鼠中脑室旁器官与皮质的血脑屏障特性，揭示了不同脑区血脑屏障异质性的分子和解剖学基础	首次通过单细胞和空间转录组学技术，系统比较了不同脑区血脑屏障的异质性，并揭示了内皮细胞与周围细胞的分子特异性及其相互作用模式	研究仅限于小鼠中脑室旁器官与皮质，未涵盖其他脑区	探究不同脑区血脑屏障异质性的分子和解剖学基础	小鼠中脑室旁器官与皮质的内皮细胞及周围细胞	NA	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、电子显微镜、水基组织清除法	NA	转录组数据	小鼠中脑室旁器官与皮质样本
1410	2024-12-06	Single-cell transcriptomic analysis reveals dynamic activation of cellular signaling pathways regulating beige adipogenesis 2024-Oct, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01252-9 PMID:39465352	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了调节米色脂肪生成的细胞信号通路的动态激活	首次通过单细胞RNA测序揭示了PDGFRA+细胞在米色脂肪生成过程中的分子异质性，并发现了DPP4+细胞在饮食诱导肥胖中的潜在作用	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小	阐明脂肪干细胞在米色脂肪生成中的分子异质性及其在饮食诱导肥胖中的作用	PDGFRA+细胞及其在米色脂肪生成中的分子机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠的腹股沟白色脂肪组织（iWAT）样本
1411	2024-12-06	Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.03.583179 PMID:38496477	研究论文	提出了一种名为Sunbear的联合建模框架，用于整合多条件和多模态单细胞数据的时间变化	Sunbear框架能够填补单细胞时间变化数据，对齐多数据集和多模态数据，并推断缺失模态的单细胞数据	由于单细胞测量的破坏性，无法完全捕捉特定细胞的完整时间轨迹	研究小鼠胚胎发育过程中多条件和多模态单细胞数据的时间变化	小鼠胚胎发育过程中的单细胞数据	单细胞测序	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	Sunbear	单细胞数据	NA
1412	2024-12-06	Single-cell RNA sequencing facilitates the elucidation of the complete biosynthesis of the antidepressant hyperforin in St. John's wort 2024-09-02, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2024.08.003 PMID:39135343	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了贯叶连翘中抗抑郁药物金丝桃素的完整生物合成途径	首次通过单细胞RNA测序技术识别出“Hyper细胞”，并鉴定出四种跨膜法尼基转移酶（HpPT1-4），完成了金丝桃素生物合成途径的完整重建	NA	揭示贯叶连翘中金丝桃素的完整生物合成途径	贯叶连翘中的金丝桃素生物合成	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	1.54 Gb的四倍体贯叶连翘基因组，组装成32条染色体
1413	2024-12-06	Learning Consistency and Specificity of Cells From Single-Cell Multi-Omic Data 2024-05, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3370868 PMID:38709615	研究论文	提出了一种基于自表示学习的多组学数据整合聚类算法sLMIC，用于整合单细胞表观基因组和转录组数据，提取细胞的一致性和特异性特征	提出了sLMIC算法，通过构建多层网络去除组学数据的异质性，并利用低秩和互斥约束分离细胞的自表示特征，明确表征组学数据的一致性和多样性	未提及	解决单细胞多组学数据整合分析中的异质性、复杂耦合和可解释性问题	单细胞表观基因组和转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞DNA甲基化测序、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	自表示学习模型	多组学数据	13个来自不同生物体和组织的多组学单细胞数据集
1414	2024-12-06	Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions 2024-01-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03159-6 PMID:38217002	研究论文	提出了一种新的统计方法niche-DE，用于分析空间转录组数据中的细胞类型特异性基因表达变化，并开发了niche-LR方法揭示细胞间相互作用的配体-受体信号机制	提出了niche-DE分析方法，能够识别特定空间微环境中特定细胞类型的差异表达基因，并开发了niche-LR方法揭示相关的配体-受体信号机制	NA	研究空间转录组数据中由细胞间相互作用驱动的局部基因表达变化	空间转录组数据中的细胞类型特异性基因表达变化	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
1415	2024-12-06	Machine learning-informed liquid-liquid phase separation for personalized breast cancer treatment assessment 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1485123 PMID:39628476	研究论文	本文开发了一种基于机器学习的液-液相分离（MDLS）模型，用于提高乳腺癌患者的预后准确性和个性化治疗策略	本文创新性地结合了多组学数据和机器学习算法，构建了一个具有高预测能力的MDLS模型，用于乳腺癌的个性化治疗评估	NA	开发一种新的机器学习模型，以提高乳腺癌患者的预后准确性和个性化治疗策略	乳腺癌患者及其分子机制	机器学习	乳腺癌	机器学习算法	MDLS模型	多组学和单细胞数据	9723名乳腺癌患者
1416	2024-12-06	Co-inhibition of PGF and VEGFA enhances the effectiveness of immunotherapy in bladder cancer 2024, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.100957 PMID:39628692	研究论文	研究探讨了在膀胱癌中联合抑制PGF和VEGFA对免疫治疗效果的增强作用	首次发现联合抑制PGF和VEGFA能够显著增强PD-1抑制剂在膀胱癌中的治疗效果	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人体中验证	探索在膀胱癌中抑制血管生成和免疫检查点阻断联合治疗的有效策略	膀胱癌细胞和血管生成相关分子	数字病理学	膀胱癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	使用了膀胱癌细胞系MBT2和人类脐静脉内皮细胞(HUVECs)
1417	2024-12-06	BATF2 inhibits the stem cell-like properties and chemoresistance of gastric cancer cells through PTEN/AKT/β-catenin pathway 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.98389 PMID:39629124	研究论文	研究探讨了BATF2通过PTEN/AKT/β-catenin通路抑制胃癌细胞的干细胞样特性和化疗耐药性	首次揭示了BATF2通过抑制ABCG2药物转运蛋白和促进PTEN稳定性来增强5-Fu敏感性，从而减少胃癌细胞的化疗耐药性和干细胞样特性	研究主要基于细胞培养和体外实验，尚未在临床试验中验证BATF2作为治疗靶点的有效性	探讨BATF2在胃癌中的肿瘤抑制作用及其对化疗耐药性和干细胞样特性的影响	胃癌细胞及其干细胞样特性和化疗耐药性	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	9个胃癌样本
1418	2024-12-06	Deciphering the effects of radiopharmaceutical therapy in the tumor microenvironment of prostate cancer: an in-silico exploration with spatial transcriptomics 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99516 PMID:39629134	研究论文	本文通过空间转录组学和计算建模研究放射性药物疗法在前列腺癌肿瘤微环境中的效果	本文首次将空间转录组学与计算建模结合，评估放射性药物疗法在肿瘤微环境中的剂量和细胞存活概率	研究仅基于两名前列腺癌患者的样本数据，且假设所有配体的药代动力学参数相似	探索放射性药物疗法在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量学和生物学影响	前列腺特异性膜抗原（PSMA）、成纤维细胞活化蛋白（FAP）和胃泌素释放肽受体（GRPR）标记的放射性药物	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	对流-反应-扩散（CRD）模型	基因表达数据	两名前列腺癌患者的初级组织样本
1419	2024-12-06	Heterogeneous murine peribiliary glands orchestrate compartmentalized epithelial renewal 2023-Dec-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.004 PMID:37909044	研究论文	研究了小鼠胆管外分支中的异质性腺体如何调控分隔化的上皮更新	首次揭示了胆管外分支上皮更新的细胞层次结构，并展示了不同位置的胆管细胞在维持腺体和表面上皮中的不同作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探究胆管外分支上皮更新的细胞机制	小鼠胆管外分支的腺体和上皮细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
1420	2024-12-06	Optimized single-cell RNA sequencing protocol to study early genome activation in mammalian preimplantation development 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102357 PMID:37314922	研究论文	本文介绍了一种改进的单细胞RNA测序协议，用于研究哺乳动物植入前发育中的早期基因组激活	提出了针对单细胞或有限RNA输入的基因表达研究的改进方法，包括不同的逆转录酶和cDNA扩增酶、改良的裂解缓冲液以及cDNA扩增前的额外清洁步骤	NA	研究哺乳动物植入前发育中的基因表达	单细胞RNA	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	单个细胞或数十到数百个细胞