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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1401 | 2026-03-06 |
TransST: transfer learning embedded spatial factor modeling of spatial transcriptomics data
2025-Nov-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06099-z
PMID:41199193
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研究论文 | 本文提出了一种名为TransST的新型迁移学习框架,用于从空间转录组学数据中推断细胞水平的异质性 | TransST通过自适应地利用外部来源的细胞标记信息,提高了空间转录组学数据中细胞亚群识别和生物标志物检测的准确性和鲁棒性 | NA | 开发一种迁移学习框架,以克服空间转录组学技术中分辨率和测序深度的限制,从而更可靠地提取生物信号 | 空间转录组学数据,特别是乳腺癌研究中的细胞亚群 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 迁移学习框架 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1402 | 2026-03-06 |
High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer
2025-Oct-16, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx3800
PMID:40705858
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研究论文 | 本文介绍了一种基于prime editing的进化谱系追踪技术PEtracer,用于高分辨率空间映射细胞状态和谱系动态 | 开发了PEtracer技术,结合单细胞测序和多模态成像,能在组织中高分辨率同时分析细胞状态和谱系 | NA | 研究发育和疾病中细胞命运决定的时空动态 | 小鼠肿瘤转移模型中的细胞 | 数字病理学 | 肿瘤转移 | prime editing, MERFISH空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据, 成像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1403 | 2026-03-06 |
Endothelial type I interferon signaling modulates the vascular response to ischemic brain injury
2025-Oct-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.09.675258
PMID:41000728
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研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞I型干扰素信号在调节缺血性脑损伤后血管正常化中的关键作用 | 首次在人和小鼠缺血性卒中组织中鉴定出独特的脑内皮细胞I型干扰素特征,并证明内皮IFN1信号通过调节VEGF信号促进血管正常化 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限,且具体分子机制细节有待进一步阐明 | 探究免疫和发育信号通路如何协调缺血性卒中后的血管正常化过程 | 人类和小鼠的缺血性脑卒中组织、脑内皮细胞 | 数字病理 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、BBB功能测定 | NA | 转录组数据、功能实验数据 | 未明确指定具体样本数量,涉及人类和小鼠缺血性卒中组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1404 | 2026-03-06 |
Spatial Transcriptomics Reveals Injured Cells, Signature Genes, and Communication Patterns in the Cyst Microenvironment of Polycystic Kidney Disease
2025-Oct-10, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000894
PMID:41071604
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了多囊肾病囊肿微环境中受损细胞、特征基因和细胞通讯模式 | 首次应用10x Genomics Visium空间基因表达技术于多囊肾病研究,结合单细胞测序数据进行点解卷积,增强了空间分辨率并识别了囊肿相关的基因特征和细胞通讯 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类多囊肾病;空间转录组学技术本身存在分辨率限制 | 探究多囊肾病囊肿微环境的细胞组成、基因表达模式和细胞间通讯,以理解疾病进展机制 | 野生型和Pkd1缺陷型小鼠肾脏组织 | 数字病理学 | 多囊肾病 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 空间基因表达数据,单细胞测序数据 | 野生型和Pkd1缺陷型小鼠肾脏组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Genomics Visium空间基因表达平台 |
| 1405 | 2026-03-06 |
Hmx2 and Dmrt2 Coordinate the Differentiation of Intercalated Cell Subtypes in Kidney
2025-Oct-06, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000885
PMID:41051882
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研究论文 | 本研究揭示了Hmx2和Dmrt2在肾脏集合管闰细胞亚型分化中的关键作用及其相互排斥的表达模式 | 首次发现Hmx2和Dmrt2作为相互排斥的转录因子协调闰细胞亚型分化,并揭示了Hmx3在缺失情况下的补偿机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据的验证仍需进一步深入;未完全阐明Foxp1与Dmrt2/Hmx2通路的相互作用机制 | 探究肾脏集合管闰细胞亚型分化的转录调控机制 | 小鼠肾脏闰细胞及其前体细胞 | 单细胞转录组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠和人类肾脏单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1406 | 2026-03-06 |
Human airway epithelial B-cell activating factor is reduced in early life but is virally induced via JAK/STAT
2025-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.04.034
PMID:40409377
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研究论文 | 本研究探讨了人类气道B细胞在生命早期的发育动态,以及气道上皮细胞(AECs)产生的B细胞活化因子(BAFF)在病毒感染下的诱导机制 | 首次揭示了人类婴儿气道上皮细胞中BAFF的产生受I型和III型干扰素通过JAK/STAT信号通路诱导,并阐明了该机制在病毒感染时对气道B细胞早期成熟的关键作用 | 研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据分析,体内验证样本可能有限,且未详细探讨不同病毒类型对BAFF诱导的差异性影响 | 探究人类气道B细胞在生命早期的发育动态及其与气道上皮细胞的相互作用,特别是病毒感染如何影响B细胞生存和成熟因子的产生 | 人类气道B细胞和气道上皮细胞(AECs),重点关注婴儿(<12个月)和较大儿童 | 单细胞组学 | 呼吸道病毒感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),PCR,体外病毒刺激实验 | NA | 单细胞转录组数据,体外细胞培养数据,临床样本数据 | 涉及多个儿科年龄组的气道样本,具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1407 | 2026-03-06 |
Single-Cell Transcriptome Patterns of Transposable Elements in Alzheimer's Disease
2025-Oct, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-05140-9
PMID:40537665
|
研究论文 | 本研究通过分析阿尔茨海默病患者前额叶皮质的单核RNA测序数据,揭示了不同脑细胞类型中转座子转录本的特异性表达模式及其与疾病病理的关联 | 首次在单细胞/单核分辨率下系统描述了阿尔茨海默病大脑中不同细胞类型的转座子转录本动态变化,并发现反转录转座子转录本在兴奋性神经元中随病理进展增加最显著 | 研究主要基于前额叶皮质样本,未涵盖其他脑区;单核RNA测序可能无法完全捕获细胞质中的转座子转录本 | 探究阿尔茨海默病大脑中不同细胞类型转座子转录本的特异性表达模式及其与疾病病理的关联 | 阿尔茨海默病患者前额叶皮质的单核RNA测序数据 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序,bulk RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 143,951个细胞 | NA | 单核RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1408 | 2026-03-06 |
The pericardium forms as a distinct structure during heart formation
2025-Sep-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63599-5
PMID:41022776
|
研究论文 | 本研究揭示了心包在心脏形成过程中作为一个独立结构起源于侧板中胚层中的特定间皮祖细胞 | 发现心包起源于侧板中胚层中与经典心区不同的特定间皮祖细胞,并证明其形成过程独立于心脏形成 | NA | 探究心包的发育起源及其在心脏形态发生中的作用 | 斑马鱼、哺乳动物和新生大鼠的心包发育过程 | 发育生物学 | 小儿扩张型心肌病 | 单细胞转录组学、光片成像、机器学习支持的细胞追踪 | 机器学习 | 图像、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1409 | 2026-03-06 |
A Novel Proteoglycan-4 Isoform Drives Skeletal Regeneration
2025-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.15.676417
PMID:41001003
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研究论文 | 本文通过小鼠胫骨骨折模型,揭示了PRG4蛋白在骨骼再生中的新作用,特别是其独特剪接异构体在骨形成中的关键功能 | 发现了PRG4的一个新型剪接异构体(缺失三个编码外显子),并首次证明其在骨骼再生中具有成骨作用,突破了PRG4仅作为关节软骨润滑蛋白的传统认知 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证;局部siRNA递送可能影响其他细胞过程 | 探究PRG4在骨骼再生过程中的功能及其剪接异构体的作用 | 小鼠胫骨骨折模型及骨折骨痂组织 | 数字病理学 | 骨骼疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, siRNA敲低 | NA | RNA序列数据 | 多个骨折后时间点的小鼠样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1410 | 2026-03-06 |
Single-cell transcriptomic profiling of C. elegans Q neuroblast lineage during migration and differentiation
2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.09.675151
PMID:40964368
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术,对秀丽隐杆线虫Q神经母细胞谱系在迁移和分化过程中的基因表达进行了高分辨率分析 | 首次构建了Q神经母细胞谱系的稳健转录组分化图谱,揭示了新的基因表达模式,包括左右不对称的Wnt相关机制以及上皮-间质转化过程 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据,功能验证可能有限,且样本来自特定发育阶段,可能无法完全代表整个发育过程 | 探究神经母细胞迁移和分化的分子机制,特别是在单细胞分辨率下解析Q谱系的发育过程 | 秀丽隐杆线虫的Q神经母细胞谱系细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 不同发育阶段的Q谱系细胞,通过FACS分离 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1411 | 2026-03-06 |
Human-mouse cross-species comparison identifies common and unique aspects of intestinal mesenchyme development
2025-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.03.674033
PMID:40950081
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和组织学方法,比较了小鼠和人类肠道间充质细胞在发育过程中的细胞身份、多样性和组织结构的异同 | 首次在小鼠和人类之间进行跨物种比较,揭示了肠道间充质细胞类型/状态的高度保守性,同时识别了物种间谱系定义基因的差异 | NA | 探究小鼠和人类肠道间充质细胞在发育过程中的保守性和独特性 | 小鼠和人类发育中的肠道间充质(成纤维细胞)群体 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、荧光原位杂交(FISH)、免疫荧光(IF) | NA | 单细胞转录组数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1412 | 2026-03-06 |
Isotope-encoded spatial biology identifies plaque-age-dependent maturation and synaptic loss in an Alzheimer's disease mouse model
2025-Sep-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63328-y
PMID:40890115
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研究论文 | 本研究结合质谱成像与稳定同位素标记技术,在阿尔茨海默病小鼠模型中时间标记Aβ斑块,并整合空间转录组学分析,揭示了斑块年龄依赖性成熟与突触丢失的关系 | 首次将稳定同位素标记与质谱成像结合,实现对Aβ斑块从初始沉积开始的时空老化追踪,并独立于小鼠年龄或疾病阶段关联斑块年龄与基因表达变化 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类阿尔茨海默病;技术整合的复杂性可能限制广泛应用 | 探究Aβ斑块随时间演变如何影响周围组织,特别是斑块成熟与神经毒性之间的关系 | App敲入Aβ小鼠模型中的淀粉样蛋白斑块及其周围脑组织 | 空间生物学 | 阿尔茨海默病 | 质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学 | NA | 质谱成像数据、空间转录组数据、结构特异性染料图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1413 | 2026-03-06 |
Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations
2025-Aug-28, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02405-7
PMID:40877935
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组数据,揭示了细胞间信号在癌症细胞表型可塑性和肿瘤内异质性维持中的关键作用 | 提出了一种多尺度推断方法,结合配体-受体相互作用、转录因子活性和因果信号网络重建,从单细胞RNA测序数据中推断细胞间信号网络,并利用数学模型分析其在群体水平表型动态中的作用 | 方法主要基于计算推断和数学模型,需要实验验证来确认信号相互作用的具体机制 | 探究细胞间通讯在癌症细胞表型可塑性(特别是上皮-间质转化)和肿瘤内异质性中的作用机制 | 小细胞肺癌(SCLC)及其他多种癌症类型的癌细胞 | 计算生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 多尺度推断框架(结合CellChat、decoupleR、CORNETO)和常微分方程数学模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1414 | 2026-03-06 |
Targeting Impaired Type I Interferon-IL-27 Signaling Rescues T Regulatory Cell Suppressive Function in Relapsing-Remitting Multiple Sclerosis
2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.671836
PMID:41783369
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了复发缓解型多发性硬化症患者T调节细胞功能受损与I型干扰素-IL-27信号通路下调相关,并利用cGAMP微粒靶向治疗在实验性自身免疫性脑脊髓炎模型中恢复了Treg的抑制功能 | 首次在单细胞水平揭示RRMS患者Treg功能受损与I型干扰素-IL-27信号通路缺陷的关联,并开发cGAMP微粒靶向激活STING通路的新型治疗策略 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证IL-27预刺激的治疗效果 | 探究复发缓解型多发性硬化症患者T调节细胞功能受损的分子机制并开发恢复其功能的新疗法 | 复发缓解型多发性硬化症患者的T调节细胞、健康对照者的T调节细胞、实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠模型 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | RRMS患者和匹配健康对照者的分选Treg细胞(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1415 | 2026-03-06 |
Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of cerebral small vessel disease
2025-Aug-09, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03523-2
PMID:40783543
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研究论文 | 本研究探讨了在高同型半胱氨酸血症诱导的小鼠脑小血管病模型中,星形胶质细胞信号对微胶质细胞表型的性别特异性影响 | 揭示了星形胶质细胞通过CN/NFAT信号通路对微胶质细胞表型调控的性别二态性,并首次在饮食诱导的脑小血管病模型中结合单细胞RNA测序进行验证 | 样本量较小,需要更多生物学重复和更严格的统计分析来加强结论 | 研究星形胶质细胞信号在脑小血管病背景下对微胶质细胞表型的影响及其性别差异 | 7-8周龄雄性和雌性C57BL/6J小鼠 | 神经科学 | 脑小血管病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,Western印迹分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据 | 未明确具体数量,但文中提到样本量较小 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1416 | 2026-03-06 |
Bacterial ADP-heptose triggers stem cell regeneration in the intestinal epithelium following injury
2025-Aug-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.06.009
PMID:40651470
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研究论文 | 本研究揭示了革兰氏阴性菌代谢物ADP-heptose通过ALPK1-TIFA信号通路触发肠道上皮干细胞再生以应对损伤的机制 | 首次阐明细菌代谢物ADP-heptose通过激活ALPK1-TIFA信号通路,诱导肠道干细胞凋亡并启动潘氏细胞转化为再生干细胞的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人体内ALPK1-TIFA信号通路的具体功能仍需进一步验证 | 探究ALPK1-TIFA信号通路在肠道上皮干细胞再生中的生理功能 | 肠道上皮干细胞、潘氏细胞、ALPK1-TIFA信号通路 | 细胞生物学 | 肠道损伤 | 单细胞转录组测序、谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1417 | 2026-03-06 |
Systematic analysis of cellular cross-talk reveals a role for SEMA6D-TREM2 regulating microglial function in Alzheimer's disease
2025-07-30, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adx0027
PMID:40737431
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和空间转录组分析,揭示了SEMA6D-TREM2介导的神经元-小胶质细胞互作在阿尔茨海默病中的作用机制 | 首次系统重建了AD中的细胞互作网络,发现了SEMA6D-TREM2这一新的神经元-小胶质细胞信号通路,并证实其调控小胶质细胞激活和Aβ清除功能 | 样本量相对有限(67例),主要基于转录组数据推断互作关系,需要更多功能实验验证 | 探究阿尔茨海默病中细胞间互作网络的失调机制及其对疾病进展的影响 | 人脑组织样本(来自Knight ADRC和DIAN队列)、人诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞 | 单细胞组学、空间转录组学、神经退行性疾病研究 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序、空间转录组学、免疫组织化学、基因敲除、细胞功能实验 | 细胞互作网络分析、基因共表达网络分析 | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、免疫染色图像数据 | 67例临床和神经病理特征明确的对照和AD脑组织捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1418 | 2026-03-06 |
LAMP1 as a Target for PET Imaging in Adenocarcinoma Xenograft Models
2025-Jul-27, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18081122
PMID:40872517
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研究论文 | 本研究开发了一种靶向LAMP1的抗体PET示踪剂,并在乳腺癌和结肠腺癌小鼠模型中评估其成像效果 | 首次利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术确定LAMP1在肿瘤微环境中的表达来源,并开发了新型的Zr-89标记抗LAMP1抗体PET示踪剂 | 研究仅在小鼠异种移植模型中进行,尚未在人体临床试验中验证 | 开发并评估靶向LAMP1的PET成像示踪剂在腺癌模型中的应用 | 人类三阴性乳腺癌细胞系MDA-MB-231和结肠癌细胞系Caco-2的裸鼠异种移植模型 | 医学影像学 | 乳腺癌, 结肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术, PET/CT成像 | NA | 基因表达数据, 影像数据 | 使用两种人类癌细胞系建立的裸鼠异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1419 | 2026-03-06 |
Gene-regulatory programs that specify age-related differences during thymocyte development
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115903
PMID:40570375
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研究论文 | 本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育的转录和染色质可及性图谱,揭示了年龄相关的基因调控程序差异 | 首次通过整合转录组和染色质可及性数据,结合CRISPR扰动和单细胞RNA测序,揭示了年龄依赖的T细胞发育基因调控程序,并鉴定出关键转录调节因子Zbtb20 | 研究仅基于小鼠模型,人类T细胞发育的年龄差异可能有所不同;单细胞测序技术可能存在技术偏差 | 探究T细胞发育过程中年龄相关的基因调控程序差异 | 新生和成年小鼠的胸腺细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 染色质可及性分析, CRISPR扰动 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 新生和成年小鼠的胸腺细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1420 | 2026-03-06 |
From injury to recovery: Spatiotemporal dynamics of the visual pathway during spontaneous structural and functional regeneration after optic nerve transection in zebrafish
2025-07-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 本研究系统描述了成年斑马鱼在视神经横断后5周内的再生动态,包括结构恢复与功能行为评估 | 首次在成年斑马鱼中整合单细胞转录组学、超微结构分析和行为学评估,全面揭示视觉通路再生的时空协调机制 | 研究仅基于斑马鱼模型,其再生机制向哺乳动物或人类的直接转化潜力仍需进一步验证 | 阐明成年斑马鱼视觉系统自发再生的时空动态与分子机制 | 成年斑马鱼的视网膜、视神经及脑部视觉通路 | 神经再生生物学 | 视神经损伤 | 苏木精-伊红染色、免疫组织化学、透射电子显微镜、单细胞RNA测序、视动反应行为评估 | NA | 组织切片图像、单细胞转录组数据、行为视频数据 | 成年斑马鱼在损伤后多个时间点(至5周)的系列样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |