单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13501	2024-08-07	A benchmark study of simulation methods for single-cell RNA sequencing data 2021-11-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27130-w PMID:34824223	研究论文	本文开发了一个全面的评估框架SimBench，用于评估12种单细胞RNA测序数据模拟方法	提出了一个包含核密度估计度量的综合评估框架SimBench，用于系统评估单细胞RNA测序数据模拟方法	识别了模拟方法在维持分布异质性等方面的局限性	评估单细胞RNA测序数据模拟方法的可靠性	12种单细胞RNA测序数据模拟方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	35个单细胞RNA测序实验数据集
13502	2024-08-07	Circulating tumor cells: biology and clinical significance 2021-11-22, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-021-00817-8 PMID:34803167	研究论文	本文综述了循环肿瘤细胞（CTCs）的生物学特性及其在临床上的应用	介绍了新兴技术在CTCs检测中的应用，以及单细胞测序技术对CTCs基因组和转录组的揭示	CTCs在血液中的检测仍然具有挑战性，且分子标记在不同癌症类型中存在差异	探讨CTCs的生物学特性及其在癌症治疗和预后评估中的临床应用	循环肿瘤细胞（CTCs）及其在癌症转移中的作用	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	血液	NA
13503	2024-08-07	Pattern of Repetitive Element Transcription Segregate Cell Lineages during the Embryogenesis of Sea Urchin Strongylocentrotus purpuratus 2021-Nov-21, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines9111736 PMID:34829966	研究论文	本研究探讨了海胆胚胎发育过程中重复元件（REs）的转录模式及其在细胞系分化中的作用	首次揭示了REs在海胆胚胎发育中的转录模式，并发现REs表达与基因组中拷贝数无关，且在单细胞水平上对发育域的组织有重要作用	NA	旨在识别海胆胚胎发育不同阶段中REs的表达	海胆胚胎发育过程中的重复元件（REs）	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	REs占基因组DNA的44%，其中未知的REs占78.5%（总基因组的35%）
13504	2024-08-07	Asc-Seurat: analytical single-cell Seurat-based web application 2021-Nov-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04472-2 PMID:34794383	研究论文	本文介绍了一个名为Asc-Seurat的基于Seurat的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析的网络应用工具	Asc-Seurat提供了一个用户友好的、易于安装的网络应用，涵盖了scRNA-seq数据分析的所有关键步骤，包括质量控制、聚类和基因差异表达分析	NA	开发一个全面的、易于使用的工具，以简化scRNA-seq数据分析过程	单细胞RNA测序数据分析	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	外周血单个核细胞数据集
13505	2024-08-07	Longitudinal Dynamics of Human B-Cell Response at the Single-Cell Level in Response to Tdap Vaccination 2021-Nov-18, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines9111352 PMID:34835283	研究论文	本研究通过纵向分析单细胞转录组和B细胞受体（BCR）谱，探讨了Tdap疫苗接种后人体B细胞反应的动态变化	开发了一种生物信息学工作流程，用于描述正在进行的（纵向）免疫反应的关键特征，如PB/PCs的激活、Ig类别转换、体细胞超突变和克隆扩增	NA	更好地表征成功的疫苗接种反应	Tdap疫苗接种后人体B细胞反应的动态变化	免疫学	NA	单细胞转录组分析，流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，BCR谱	一个免疫供体的血浆细胞
13506	2024-08-07	Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals the Acquisition of Cancer Stem Cell Traits and Increase of Cell-Cell Signaling during EMT Progression 2021-Nov-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13225726 PMID:34830900	研究论文	本研究通过分析多个单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，探讨了上皮-间质转化（EMT）过程中癌症干细胞特性及细胞间信号传导的增加	研究发现传统的多能性测量方法与EMT进展及癌症干细胞相关标记的表达不一定相关，而EMT电路能量（量化上皮和间质基因共表达的指标）在不同癌症类型和解剖位置中一致增加	NA	研究EMT过程中癌症干细胞特性和细胞间信号传导的关系	上皮-间质转化（EMT）过程中的中间细胞状态（ICSs）及其癌症干细胞（CSC）特性和细胞间信号传导	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个数据集，具体数量未详述
13507	2024-08-07	On the Origin and Evolution of Drosophila New Genes during Spermatogenesis 2021-11-15, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12111796 PMID:34828402	研究论文	本文分析了成年果蝇睾丸的单细胞转录组数据，揭示了新基因在精子发生过程中的起源和进化机制	发现了新基因在X染色体上的表达不足，并提供了细胞水平的证据支持减数分裂性染色体失活（MSCI）	NA	探讨新基因在精子发生中的起源和进化	果蝇的新基因及其在精子发生中的表达模式	NA	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	成年果蝇睾丸
13508	2024-08-07	Heterogeneity in the Response of Different Subtypes of Drosophila melanogaster Midgut Cells to Viral Infections 2021-11-15, Viruses DOI:10.3390/v13112284 PMID:34835089	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了不同亚型的果蝇中肠细胞对两种类似病毒的响应差异	首次详细比较了Thika病毒和Nora病毒在果蝇中肠细胞中的复制策略和细胞响应，并探讨了细胞亚型和病毒特异性响应的关系	研究仅基于公开的单细胞RNA测序数据集，未涉及实验验证	探究不同亚型的果蝇中肠细胞对病毒感染的响应异质性	果蝇中肠细胞及两种类似病毒Thika病毒和Nora病毒	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
13509	2024-08-07	Single-Cell Sequencing: Biological Insight and Potential Clinical Implications in Pediatric Leukemia 2021-Nov-12, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13225658 PMID:34830811	综述	本文综述了单细胞测序（SCS）在儿童白血病中的应用，探讨了其在基因组、表观基因组和转录组层面提供的高分辨率见解及其潜在的临床意义。	SCS能够提供对肿瘤细胞群体的细胞异质性、亚克隆结构和调控网络的深入理解，并识别出可用于治疗的脆弱点。	目前只有一小部分儿童白血病患者能从基于基因组学的治疗中受益，因为只有15-20%的患者符合靶向药物的适应症标准。	探讨单细胞组学方法如何在未来支持临床决策。	儿童白血病及其细胞群体在疾病发展、进展和治疗抵抗中的作用。	数字病理学	儿童白血病	单细胞测序（SCS）	NA	基因组、表观基因组和转录组数据	未具体说明样本数量
13510	2024-08-07	ATRX regulates glial identity and the tumor microenvironment in IDH-mutant glioma 2021-11-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02535-4 PMID:34763709	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了22例IDH突变型胶质瘤，揭示了ATRX在调控胶质细胞身份和肿瘤微环境中的作用	首次在IDH突变型胶质瘤中探讨了ATRX对胶质细胞身份和肿瘤微环境的调控作用，并通过动物模型验证了其机制	研究主要集中在IDH突变型胶质瘤，未涉及其他类型的胶质瘤	探讨IDH突变型胶质瘤中不同亚型如何维持其独特的表型和肿瘤微环境	IDH突变型胶质瘤及其亚型	数字病理学	胶质瘤	scATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	22例人类IDH突变型胶质瘤样本
13511	2024-08-07	Single-cell analysis reveals dynamic changes of neural cells in developing human spinal cord 2021-11-04, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202152728 PMID:34605607	research paper	本文通过单细胞RNA测序分析了人类脊髓在胚胎和胎儿阶段神经细胞的动态变化	首次提供了涵盖神经发生和胶质发生的系统数据集，并识别了一组表达EGFR的过渡性胶质细胞	NA	揭示人类脊髓发育过程中神经细胞的阶段特异性特征和动态变化	人类脊髓在胚胎和胎儿阶段的神经细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
13512	2024-08-07	Single-cell normalization and association testing unifying CRISPR screen and gene co-expression analyses with Normalisr 2021-11-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26682-1 PMID:34737291	研究论文	本文介绍了一种名为Normalisr的单细胞RNA测序数据标准化和统计关联测试框架，该框架统一了单细胞差异表达、共表达和CRISPR筛选分析	Normalisr通过系统地检测和去除由文库大小引起的非线性混杂因素，实现了高灵敏度、特异性、速度和泛化能力，并能在多种单细胞RNA测序协议和实验条件下进行无偏差的p值估计	NA	开发一种新的单细胞RNA测序数据分析方法，以提高基因调控研究的准确性和效率	单细胞RNA测序数据中的基因表达和调控网络	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	线性模型	基因表达数据	大规模单细胞CRISPRi筛选
13513	2024-08-07	Single-cell transcriptome and genome analysis: A much-needed tool for pituitary neuroendocrine tumor studies 2021-11-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noab205 PMID:34480475	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
13514	2024-08-07	Germinal centre-driven maturation of B cell response to SARS-CoV-2 vaccination 2021-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2021.10.31.466651 PMID:34751268	研究论文	本研究探讨了SARS-CoV-2 mRNA疫苗接种后人类淋巴结中生发中心B细胞的成熟动态及其后代在B细胞群体中的传播	首次详细描述了SARS-CoV-2 mRNA疫苗接种后生发中心B细胞的成熟过程及其后代的发展，特别是发现接种六个月后，B细胞克隆的体细胞超突变频率显著增加	NA	研究SARS-CoV-2 mRNA疫苗接种后生发中心B细胞的成熟动态及其对长期免疫的影响	SARS-CoV-2 mRNA疫苗接种后的生发中心B细胞及其后代	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	15名接种了两剂BNT162b2疫苗的个体，42名参与者中有循环S结合记忆B细胞，11名参与者中有S特异性IgG分泌BMPCs
13515	2024-08-07	Elucidation of Tumor-Stromal Heterogeneity and the Ligand-Receptor Interactome by Single-Cell Transcriptomics in Real-world Pancreatic Cancer Biopsies 2021-11-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-3925 PMID:34426439	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺癌活检样本中的肿瘤-基质异质性和配体-受体相互作用网络	本研究首次在真实世界的胰腺癌活检样本中应用单细胞RNA测序技术，深入分析了肿瘤微环境的异质性，并预测了多种配体-受体相互作用，为免疫治疗提供了潜在靶点	NA	旨在通过精准医学方法改善胰腺导管腺癌（PDAC）的治疗效果	胰腺导管腺癌（PDAC）的分子亚型和免疫逃避模式	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	有限的人类原发性和转移性PDAC活检样本
13516	2024-08-07	IL-1-driven stromal-neutrophil interactions define a subset of patients with inflammatory bowel disease that does not respond to therapies 2021-11, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01520-5 PMID:34675383	研究论文	本研究通过结合大量和单细胞转录组学、定量组织病理学和原位定位分析，在三个炎症性肠病（IBD）患者队列中（总共376名患者），识别出在IBD异质性组织炎症反应中共同表达的基因模块，这些模块映射到特定的组织病理学和细胞特征（病理类型）	本研究首次识别出一种由高中性粒细胞浸润、成纤维细胞活化和血管重塑定义的病理类型，这种类型与对多种治疗无反应的患者相关	NA	旨在识别炎症性肠病中的特定组织病理类型，以帮助精准治疗	炎症性肠病患者的组织炎症反应和治疗反应	NA	炎症性肠病	单细胞转录组学、定量组织病理学	NA	基因表达数据、组织病理学数据	总共719名患者（376名IBD患者和343名无反应患者）
13517	2024-08-07	Enhanced chromatin accessibility contributes to X chromosome dosage compensation in mammals 2021-11-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02518-5 PMID:34724962	研究论文	本文通过全基因组方法，使用等位基因特异性的ATAC-seq和单细胞RNA测序，研究了雌性胚胎成纤维细胞和重编程为多能性过程中的X染色体活性上调现象，发现哺乳动物活性X染色体的染色质可及性增加，并且在重编程过程中这种增加的可及性被消除。	本文揭示了内在的补偿机制，涉及染色质可及性的调节，以抵消由进化或体外X染色体丢失和X染色体失活在哺乳动物细胞中引起的X-常染色体基因剂量不平衡。	NA	研究X染色体剂量在体细胞状态和X染色体重激活过程中的调控机制。	雌性胚胎成纤维细胞和重编程为多能性过程中的X染色体活性上调现象。	NA	NA	ATAC-seq, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据	雌性胚胎成纤维细胞
13518	2024-08-07	Spatially resolved transcriptomics reveals the architecture of the tumor-microenvironment interface 2021-11-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26614-z PMID:34725363	研究论文	本文通过整合空间分辨转录组学、单细胞RNA测序和单核RNA测序技术，研究了肿瘤边界处的肿瘤-微环境相互作用	首次揭示了肿瘤与微环境接触处的特定“界面”细胞状态，并发现该界面细胞上调了一组共同的纤毛基因	NA	揭示肿瘤如何适应新环境	肿瘤-微环境相互作用	数字病理学	黑色素瘤	空间分辨转录组学, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序	NA	转录组数据	使用斑马鱼黑色素瘤模型和人类患者样本
13519	2024-08-07	Approximate distance correlation for selecting highly interrelated genes across datasets 2021-11, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1009548 PMID:34752449	研究论文	本文提出了一种名为近似距离相关（ADC）的方法，用于在不同生物数据集中选择具有高度相互关联的基因	ADC方法通过获取每个目标基因的k个最相关基因作为其近似观测值，并计算目标基因在两个数据集间的距离相关性（DC），从而能够量化同一基因在不同样本的两个生物数据集间的关联强度	NA	旨在解码跨数据集基因的潜在关系	跨数据集的基因相互关联性	生物信息学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), 单细胞ATAC-seq (scATAC-seq)	NA	基因表达数据	包括21个不同组织的癌症RNA-seq数据集，6种不同血细胞类型的单细胞RNA-seq数据集，5种不同技术的胰腺胰岛细胞单细胞RNA-seq数据集，以及外周血单个核细胞的单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq数据
13520	2024-08-07	A cellular census of human peripheral immune cells identifies novel cell states in lung diseases 2021-11, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.579 PMID:34841705	研究论文	本研究通过单细胞分析技术，对健康志愿者和多种肺疾病患者的循环免疫细胞进行了目标蛋白质组和转录组谱的测定，以揭示肺疾病中免疫细胞的分子景观和异质性。	首次在急性肺炎患者中鉴定出双阴性T细胞和耗竭的CD4中心记忆T细胞亚群，并发现这些细胞在急性肺炎和稳定肺炎患者中表达更高水平的Tim3和TIGIT。	NA	进一步定义系统性免疫细胞在各种肺疾病中的分子景观和异质性。	健康志愿者和患有稳定肺炎、稳定哮喘、急性哮喘、慢性阻塞性肺疾病急性加重、慢性阻塞性肺疾病和肺癌的患者。	数字病理学	肺疾病	单细胞分析，流式细胞术	NA	蛋白质组学，转录组学	使用42种抗体对来自健康志愿者和患者的循环免疫细胞进行了目标蛋白质组谱的测定。