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当前共找到 43167 篇文献,本页显示第 1281 - 1300 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1281 2026-08-27
Randomized Spatial PCA (RASP): A computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出了一种名为RASP的随机空间PCA方法,用于高分辨率空间转录组数据的降维,显著提升计算效率。 RASP采用随机两阶段PCA框架和可配置的空间平滑,实现比现有方法快数个数量级的速度,支持超过10万个位置的数据集,并能整合非转录组协变量和重建去噪平滑的基因表达值。 RASP本身不是聚类或域检测方法,需要依赖kNN图和β参数进行聚类,且未提及对极端复杂组织或噪声数据的适应性限制。 开发一种高效的空间转录组数据降维方法,以快速识别组织空间域并支持大规模数据分析。 多种空间转录组数据集,包括10x Visium、Stereo-Seq、MERFISH和10x Xenium,来自人类和小鼠组织。 生物信息学 不适用 空间转录组测序 PCA 基因表达数据 多个数据集,包含超过10万个位置,具体样本数量未详细说明 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium, 10x Xenium 10x Visium和10x Xenium平台,以及Stereo-Seq和MERFISH技术
1282 2026-08-27
MAGNET: Multi-view graph autoencoder with cell-gene attention for cell interaction network reconstruction from spatial transcriptomics
2025-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出了一种名为MAGNET的多视图图自编码器框架,通过细胞-基因注意力模块从空间转录组数据中重建细胞间相互作用网络 创新性地引入了细胞-基因注意力模块,将细胞的外部互作与其内部基因调控整合到统一表示中,避免了简单拼接或加法的局限 未明确提及局限性,但可能依赖基准数据集的质量和代表性 提高从空间转录组数据中推断细胞间相互作用的准确性,并揭示细胞通讯与内部分子状态的关联 空间转录组数据中的细胞及其基因表达,包括基准数据集(seqFISH、MERFISH、STARMAP)和乳腺癌数据集 机器学习 乳腺癌 空间转录组学 图自编码器 图像和转录组数据 包含seqFISH、MERFISH、STARMAP基准数据集和一个乳腺癌数据集(具体样本数量未提供) NA 空间转录组学 NA NA
1283 2026-08-27
ASPEN: Robust detection of allelic dynamics in single cell RNA-seq
2025-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出ASPEN统计方法,用于检测单细胞RNA-seq数据中的等位基因动态变化 结合敏感映射流程、适度beta-binomial模型和自适应收缩,显著提高单细胞等位基因不平衡检测的灵敏度 未明确说明局限性 开发稳健的统计方法以区分单细胞等位基因不平衡和等位基因方差变化 小鼠脑类器官和T细胞 生物信息学 不适用 单细胞RNA测序 适度beta-binomial模型 基因表达数据 多项模拟和实证数据集,包括小鼠脑类器官和T细胞(具体数量未提供) 不适用 单细胞RNA-seq 不适用 不适用
1284 2026-08-27
DAGFormer: A graph-based domain adaptation approach for single-cell cancer drug response prediction
2025-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出DAGFormer,一种基于图的域适应框架,整合bulk和单细胞RNA测序数据以预测单细胞药物反应 利用多样拓扑策略构建细胞邻接图,并采用图域适应桥接bulk和单细胞数据间的分布差异,同时通过双域解码器分离共享和模态特定表示 未在文中明确说明局限性 提高单细胞药物反应预测的准确性和鲁棒性 单细胞药物反应预测 机器学习 癌症 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 图神经网络、图域适应 基因表达数据 十个独立的单细胞RNA测序数据集 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
1285 2026-08-27
CRISPLD2, a novel insulin-sensitizing adipokine that alters adipocyte size
2025-Nov, Obesity (Silver Spring, Md.)
研究论文 本文研究了新型脂肪因子CRISPLD2在脂肪组织中的作用,发现其通过减小脂肪细胞大小和减少纤维化来改善胰岛素敏感性 首次揭示CRISPLD2作为胰岛素增敏脂肪因子,通过调节脂肪细胞大小和纤维化来影响代谢功能 未提供明确的局限性信息 探讨脂肪组织特异性CRISPLD2过表达对组织结构和功能的影响,以及其改善胰岛素敏感性的机制 小鼠模型及3T3-L1脂肪细胞 机器学习 肥胖相关胰岛素抵抗 单细胞RNA测序、质谱分析 NA 基因表达数据、蛋白质结合数据 小鼠(具体数量未提供)及3T3-L1脂肪细胞 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序用于基质血管组分分析
1286 2026-08-27
The cervicovaginal microbiome associates with spatially restricted host transcriptional signatures throughout the human ectocervical epithelium and submucosa
2025-11, PLoS pathogens IF:5.5Q1
研究论文 本研究利用空间转录组学分析了不同宫颈阴道微生物组分组下的外宫颈组织转录景观,发现微生物组与黏膜屏障完整性及HIV易感性相关 首次将空间转录组学应用于宫颈阴道微生物组与宫颈组织转录景观关联研究,揭示微生物组影响不仅限于腔面,还扩展至基底膜两侧的黏膜全层 样本量较小(n=21),且未提供具体样本来源的详细临床信息 探究宫颈阴道微生物组对外宫颈上皮和黏膜下组织转录景观的影响及其与HIV易感性的关联 来自肯尼亚女性性工作者的外宫颈组织样本,按主导微生物组分为乳杆菌 crispatus/acidophilus、乳杆菌 iners、加德纳菌和高度多样组 空间转录组学 HIV易感性 空间转录组学 NA 空间转录组数据 21例外宫颈组织样本 NA 空间转录组学 NA NA
1287 2026-08-27
Comparative genomics, integrated with single-cell sequencing and genetic analyses, reveal roles of transcription factor AP2-M2 in asexual replication of Babesia parasite
2025-11, PLoS pathogens IF:5.5Q1
研究论文 本研究通过比较基因组学、单细胞测序和遗传分析,揭示了转录因子AP2-M2在巴贝斯虫无性复制中的作用 首次生成新型巴贝斯虫物种(新疆巴贝斯虫)的染色体水平参考基因组,并结合单细胞RNA测序揭示无性阶段的转录异质性,发现持续表达的BxAP2-M2调控棒状体蛋白和膜蛋白表达 摘要未提及研究的局限性 阐明巴贝斯虫无性生殖阶段的调控机制,特别是转录因子AP2-M2的作用 新型巴贝斯虫物种新疆巴贝斯虫(Babesia xinjiangensis) 基因组学、单细胞测序、遗传分析 巴贝斯虫病 比较基因组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、遗传分析 NA 基因组序列、单细胞转录组数据 单个巴贝斯虫物种(新疆巴贝斯虫)的基因组和一个单细胞RNA测序数据集 NA 单细胞RNA-seq、基因组测序 NA NA
1288 2026-08-27
Single-cell atlas of cervical organoids uncovers epithelial immune heterogeneity and intercellular cross-talk during Chlamydia infection
2025-10-03, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 整合患者来源的宫颈类器官、单细胞转录组学和天然组织分析,构建了衣原体感染期间上皮细胞多样性和免疫动力学的高分辨率图谱 利用患者来源的三维宫颈类器官与单细胞转录组学结合原生组织分析,揭示了宫颈上皮细胞中区域特异的免疫特化及旁观者细胞在感染中的关键信号网络作用 未明确提及研究的局限性 解析宫颈不同上皮区室在衣原体感染时的免疫应答协调机制,并建立研究宿主-病原体相互作用的生理相关平台 患者来源的三维宫颈类器官、宫颈原生组织及衣原体感染模型 单细胞转录组学 生殖道感染 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 来自患者的宫颈类器官和原生组织样本(具体数量未在摘要中说明) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序(推测,根据单细胞转录组学)
1289 2026-08-27
Single-cell Sequencing Analysis Reveals Cell Subtypes With High Expression of Coagulation Factor 3 and Their Possible Roles in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-09-26, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
研究论文 通过单细胞测序分析揭示胰腺导管腺癌中高表达凝血因子3的细胞亚型及其潜在作用 首次通过单细胞测序技术识别出胰腺导管腺癌中高表达F3的特定细胞亚型,特别是炎症性癌症相关成纤维细胞和导管细胞1,并探索了其在肿瘤高凝状态和进展中的潜在作用 研究仅基于两个癌症医院的患者样本,且验证依赖于公共数据库,可能缺乏多中心大样本的进一步验证 识别胰腺导管腺癌中高表达凝血因子3的细胞亚群,并探讨其在肿瘤微环境中的作用 1837例胰腺导管腺癌患者及新鲜切除的肿瘤组织中的33300个细胞 单细胞测序 胰腺导管腺癌 单细胞测序 NA 单细胞转录组数据、临床指标数据 1837例患者及33300个细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1290 2026-08-27
Neoplastic immune mimicry potentiates breast tumor progression
2025-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了一种称为“免疫拟态”的细胞程序,其中去分化的肿瘤性乳腺上皮细胞表达白细胞表面受体蛋白,从而增强肿瘤进展并增加恶性程度 首次描述并命名了肿瘤细胞的“免疫拟态”程序,并证明其促进肿瘤生长,为乳腺癌治疗和预后分层提供了新靶点 尚需在更多乳腺癌队列中评估免疫拟态的预后价值,并需要进一步研究其与远处转移、无进展生存期、总生存期及治疗反应/耐药性的相关性 探索去分化肿瘤性乳腺上皮细胞表达白细胞表面受体的现象及其对肿瘤进展的影响 人类乳腺癌单细胞RNA-seq数据集、组织病理标本、乳腺癌细胞系,以及小鼠转基因和细胞系来源的乳腺癌模型 肿瘤生物学 乳腺癌 单细胞RNA测序,组织病理学,细胞系实验,小鼠模型 NA 单细胞转录组数据,组织图像,细胞系数据,小鼠模型数据 人类乳腺癌单细胞RNA-seq数据集(数量未指定),组织病理标本(数量未指定),乳腺癌细胞系(数量未指定),小鼠模型(数量未指定) NA 单细胞RNA-seq NA NA
1291 2026-08-27
Single-Cell Transcriptomics Reveals Effects of Long-Term Contact Lens Wearing on the Human Corneal Epithelium
2025-08-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 通过单细胞转录组学揭示长期佩戴隐形眼镜对人角膜上皮的影响,发现角化、炎症、衰老、缺氧代谢障碍及血管和神经相关基因上调等病理变化。 首次利用单细胞RNA测序技术系统解析长期佩戴隐形眼镜引起的角膜上皮细胞类型特异性转录变化,并揭示角化、炎症、衰老和代谢功能障碍等新型病理特征。 摘要未提及研究局限性,可能需要考虑样本量小、单中心数据、缺乏功能验证等潜在限制。 阐明长期佩戴隐形眼镜诱导角膜上皮病理变化的分子机制,为预防和管理隐形眼镜相关角膜并发症提供潜在靶点。 近视患者长期佩戴隐形眼镜者的完整角膜上皮样本及非佩戴对照组。 单细胞转录组学、数字病理学 角膜疾病(与隐形眼镜相关) 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 摘要未提供具体样本数量,涉及佩戴者与对照组 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1292 2026-08-27
A Novel 14-Gene Panel Associated With Efferocytosis for Predicting Pancreatic Cancer Prognosis Through Bulk and Single-Cell Databases
2025-07-30, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
研究论文 本研究通过综合批量转录组和单细胞RNA测序数据,识别出一个与胞葬作用相关的14基因预后特征,简称“14基因面板”,用于预测胰腺导管腺癌的预后。 首次将胞葬作用相关基因整合到14基因预后面板中,并利用深度学习和随机生存森林算法识别关键基因,结合单细胞和实验验证方法,提供了新的预后标志物和潜在治疗靶点。 未提供明确的局限性,但未来研究需探索调控这些相互作用以开发新的治疗机会。 评估胞葬作用对胰腺导管腺癌进展的影响,并基于此构建预后模型。 胰腺导管腺癌中的肿瘤细胞、基质细胞和免疫细胞。 机器学习 胰腺癌 批量RNA-seq和单细胞RNA-seq Cox回归、LASSO回归、随机生存森林 基因表达数据、单细胞数据、图像数据(免疫组化和多重免疫荧光) 样本量未明确,但涉及TCGA和GEO数据库的数据 NA 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
1293 2026-08-27
Multi-omics Analysis Reveals Molecular Subtype of Mitochondrial Oxidative Stress and Prognostic Model Development in Sepsis
2025-06-20, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
研究论文 通过多组学分析揭示脓毒症中线粒体氧化应激相关基因的分子亚型,并构建预后模型 首次识别出三种关键线粒体氧化应激相关基因(RNASE2、CX3CR1和EPHX2)作为脓毒症的潜在诊断标志物,并通过单细胞RNA测序和体外实验验证了RNASE2在调控脓毒症线粒体氧化应激中的核心作用 研究主要基于公共数据库数据,样本来源有限,且缺乏体内实验验证,临床适用性需进一步评估 探究线粒体氧化应激相关基因在脓毒症免疫调节中的作用,并开发预后风险模型 脓毒症患者样本及正常对照样本 机器学习和生物信息学 脓毒症 转录组测序、单细胞RNA测序 加权基因共表达网络分析、LASSO回归、Cox回归 基因表达数据、单细胞转录组数据 来自GEO数据库的多个数据集,具体样本数未在摘要中明确 NA NA NA NA
1294 2026-08-27
BCAT1 Activation Reprograms Branched-Chain Amino Acid Metabolism and Epigenetically Promotes Inflammation in Diabetic Retinopathy
2025-06-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 研究BCAT1激活如何重塑支链氨基酸代谢并通过表观遗传促进糖尿病视网膜病变中的炎症反应 首次揭示BCAT1在Müller细胞中介导BCAA代谢重塑,并通过减少α-酮戊二酸导致组蛋白甲基化增加,从而表观遗传上调炎症基因表达 未提及具体局限性 探讨支链氨基酸代谢重塑及其在糖尿病视网膜病变进展中的作用 糖尿病视网膜病变中的Müller细胞和小鼠模型 数字病理学 糖尿病视网膜病变 单细胞测序、靶向代谢组学、染色质免疫沉淀、RNA测序、激酶筛选 NA 基因表达数据、代谢物数据、组蛋白修饰数据 未提及具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1295 2026-08-27
Spatial proteomic landscape of primary and relapsed hepatocellular carcinoma reveals immune escape characteristics in early relapse
2025-05-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究利用成像质谱流式技术描绘原发性和复发性肝细胞癌的空间蛋白质组学图谱,揭示早期复发中的免疫逃逸特征 首次通过成像质谱流式技术全面描绘原发和复发肝细胞癌的单细胞空间景观,并识别出一种新型树突状细胞亚群(PDL1+CD103+DCs)与早期复发相关 未提及明确的局限性 探索肝细胞癌术后复发的空间分子结构改变及其免疫逃逸机制 原发性与复发性肝细胞癌患者的手术标本 数字病理学 肝细胞癌 成像质谱流式、单细胞RNA测序 NA 蛋白质表达数据、单细胞转录组数据 来自46例患者的92个手术标本,包含358,729个单细胞 Fluidigm, 10x Genomics 成像质谱流式,单细胞RNA测序 Hyperion Imaging System, 10x Chromium 成像质谱流式用于检测33种蛋白质,单细胞RNA测序用于分析细胞相互作用
1296 2026-08-27
Endothelial RUNX3 controls LSEC dysfunction and angiocrine LRG1 signaling to prevent liver fibrosis
2025-04-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究揭示内皮RUNX3通过调控LSEC功能和血管分泌LRG1信号来预防肝纤维化的机制 首次阐明内皮RUNX3在肝纤维化中的关键作用,并发现促纤维化的血管分泌因子LRG1作为潜在治疗靶点 研究主要基于小鼠模型和体外实验,需要更多临床验证 探究RUNX3在肝纤维化中对LSEC功能及血管分泌调控的作用,并寻找新的抗肝纤维化靶点 小鼠内皮Runx3缺陷模型、人永生化LSEC、小鼠原代LSEC、小鼠肝纤维化模型及脂肪肝和肝硬化患者样本 数字病理学 肝纤维化 单细胞RNA测序、定量RT-PCR、体外共培养实验 NA 基因表达数据、细胞和动物模型数据 小鼠模型和患者样本(具体数量未在摘要中提及) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium NA
1297 2026-08-27
Mesenchymal stem cells alleviate mouse liver fibrosis by inhibiting pathogenic function of intrahepatic B cells
2025-04-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 间充质干细胞通过抑制肝内B细胞的促纤维化功能减轻小鼠肝纤维化 首次揭示肝内B细胞亚型(B-II)在肝纤维化中的致病作用,并证明间充质干细胞通过外泌体调控MAPK和NF-κB信号通路抑制B细胞功能,从而减轻肝纤维化 研究主要在动物模型中进行,其结论在人类肝纤维化中的适用性尚需验证 探讨间充质干细胞通过抑制肝内B细胞功能减轻肝纤维化的机制 小鼠肝纤维化模型及肝内B细胞 免疫学 肝纤维化 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 小鼠模型,具体数量未提及 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
1298 2026-08-27
Integrative single-cell and spatial transcriptomic analyses identify a pathogenic cholangiocyte niche and TNFRSF12A as therapeutic target for biliary atresia
2025-04-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析,识别胆道闭锁中致病性胆管细胞微环境,并确定TNFRSF12A为潜在治疗靶点 首次整合单细胞与空间转录组数据构建胆道闭锁的肝脏空间细胞图谱,并发现胆管细胞富集的致病性微环境,揭示TNFSF12-TNFRSF12A信号在疾病中的关键作用 样本量相对较小,且主要基于转录组数据,未涉及蛋白水平或功能验证的全面分析 表征胆道闭锁中胆管细胞的致病机制,并寻找新的治疗靶点 胆道闭锁患者的肝脏组织及小鼠疾病模型和人类胆管类器官 数字病理学 胆道闭锁 单细胞RNA测序、空间转录组测序 NA 基因表达数据 12个肝脏组织(9例胆道闭锁,3例对照)和4个肝脏切片(2例胆道闭锁,2例对照) 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞3'测序和10x Visium空间转录组切片
1299 2026-08-27
Platelet-mediated circulating tumor cell evasion from natural killer cell killing through immune checkpoint CD155-TIGIT
2025-03-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和多免疫荧光技术,揭示了血小板介导的循环肿瘤细胞通过免疫检查点CD155-TIGIT逃避自然杀伤细胞杀伤的机制 首次揭示循环肿瘤细胞通过血小板黏附上调免疫检查点CD155,从而逃避NK细胞杀伤,并阐明了其转录调控机制及CD155-TIGIT作为潜在免疫治疗靶点 未提及具体局限性 探究循环肿瘤细胞在血液传播过程中逃避免疫监视的机制 多种癌症类型的血液样本中的循环肿瘤细胞及其与血小板的黏附 数字病理学 肝细胞癌 单细胞RNA测序、多重免疫荧光 NA 基因表达数据、图像数据 多种癌症类型的血液样本(具体数量未提及) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序
1300 2026-08-27
Ag-driven CD8 + T cell clonal expansion is a prominent feature of MASH in humans and mice
2025-02-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究通过单细胞测序和流式细胞术,分析了人类肝硬化和小鼠MASH模型中肝脏驻留T细胞的表型及T细胞受体多样性,发现MASH进展中T细胞发生抗原依赖性克隆扩增 首次证明T细胞在MASH进展过程中发生抗原依赖性克隆扩增和功能分化 未明确具体抗原靶点及其驱动T细胞活化的机制 明确MASH中肝脏T细胞积累的原因和后果,揭示其在疾病进展中的功能 人类肝硬化患者和小鼠MASH模型的肝脏驻留T细胞 数字病理学 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 5'单细胞测序、流式细胞术 NA 单细胞转录组数据、流式细胞术数据 人类肝硬化样本和小鼠MASH模型样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 5'单细胞测序
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