单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1241	2025-09-12	Single-cell transcriptome sequencing of plant leaf expressing anti-HER2 VHH-FcK cancer therapeutic protein 2023-12-19, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-023-02833-5 PMID:38114492	研究论文	利用单细胞转录组测序分析转基因烟草叶片中抗HER2 VHH-FcK癌症治疗蛋白的表达模式	首次在植物组织中应用scRNA-seq技术解析重组治疗蛋白的细胞类型特异性表达	仅针对烟草叶片进行研究，未涉及其他植物组织或物种	优化植物生物量中重组治疗蛋白的生产策略	转基因烟草（Nicotiana tabacum）叶片细胞	植物生物技术	乳腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	转基因烟草叶片细胞
1242	2025-09-12	Autologous Airway Basal Cell Transplantation Alleviates Airway Epithelium Defect in Recurrent Benign Tracheal Stenosis 2023-12-18, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szad062 PMID:37804518	研究论文	本研究探索自体气道基底细胞移植联合生物凝胶在犬模型中治疗复发性良性气管狭窄的效果	首次将自体气道基底细胞移植与生物凝胶涂层结合，显著提高生存率并促进气道再上皮化	研究仅在犬模型中进行，尚未进行人体临床试验	评估自体基底细胞移植对气道稳态恢复和上皮缺损修复的治疗潜力	犬模型及人类复发性气管狭窄患者的气道黏膜	再生医学	气管狭窄	单细胞RNA测序（scRNA-seq），支气管镜治疗	NA	基因表达数据，病理学观察数据	犬模型分组研究（具体数量未明确），人类患者气道黏膜样本
1243	2025-09-12	Single-Cell RNA-Seq Analysis Identifies Angiotensinogen and Galanin as Unique Molecular Markers of Acinar Cells in Murine Salivary Glands 2023-12, Stem cells and development IF:2.5Q2 DOI:10.1089/scd.2023.0125 PMID:37823745	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，识别出小鼠唾液腺腺泡细胞中血管紧张素原和甘丙肽作为独特分子标志物	首次系统揭示SMG和SLG腺泡细胞的异质性，并发现两种腺体特有的分子标志物	研究仅针对4周龄小鼠，未涵盖其他发育阶段或物种	鉴定小鼠颌下腺和舌下腺腺泡细胞的分子标志物	小鼠颌下腺(SMG)和舌下腺(SLG)的腺泡细胞	单细胞组学	NA	ScRNA-seq (10×平台), RT-qPCR, 免疫组化, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据	4周龄小鼠
1244	2025-09-12	Global decoupling of cell differentiation from cell division in early embryo development 2023-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.29.551123 PMID:37546736	研究论文	本研究通过阻断斑马鱼胚胎细胞周期，证明细胞分裂在早期胚胎发育中并非细胞分化的必要条件	首次在胚胎尺度证明所有组织类型的初始分化可不依赖细胞分裂完成	细胞分裂缺失导致部分细胞类型分化速度减缓并引发应激反应	探究细胞分裂在胚胎细胞分化过程中的作用机制	斑马鱼早期胚胎（原肠胚期至分节期结束）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	斑马鱼胚胎（具体数量未明确说明）
1245	2025-09-11	Construction of a gene-metabolite-microbiome regulatory network reveals novel therapeutic targets in bladder cancer through multi-omics analysis 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2553220 PMID:40908816	研究论文	通过多组学分析构建膀胱癌中基因-代谢物-微生物调控网络，揭示新的治疗靶点	整合转录组、外显子组、代谢组和微生物组数据，首次构建基因-代谢物-微生物调控网络并鉴定关键分子	NA	阐明膀胱癌的潜在机制并识别治疗靶点	膀胱癌患者的肿瘤及癌旁组织	多组学分析	膀胱癌	转录组测序、全外显子组测序、代谢组分析、微生物组分析、单细胞测序	NA	基因组、转录组、代谢组、微生物组数据	膀胱癌患者组织样本（未明确数量）及公共数据集
1246	2025-09-11	KAT6A Promotes Macrophage Inflammation and Periodontitis 2025-Oct, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.14203 PMID:40635126	研究论文	本研究揭示了KAT6A在巨噬细胞炎症和牙周炎进展中的关键作用	首次发现KAT6A在牙周炎患者巨噬细胞中上调表达，并通过基因敲除小鼠模型证实其调控炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究KAT6A在牙周炎发病机制中的作用	巨噬细胞、牙周炎小鼠模型、人类牙周组织样本	表观遗传学	牙周炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、RNA-seq、流式细胞术、Cut&tag技术	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、表观遗传数据	牙周炎患者组织样本和基因敲除小鼠模型
1247	2025-09-11	Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113269 PMID:40894860	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据和HMO浓度测量，揭示人类乳腺上皮细胞中母乳低聚糖生物合成的基因调控程序	首次在单细胞水平鉴定HMO合成基因的表达模式，发现新的候选基因和转录因子，并提出HMO合成可能通过细胞亚型特化实现	研究基于相关性分析，需要进一步功能实验验证候选基因的具体作用	解析人类母乳低聚糖在乳腺中的生物合成途径和调控机制	人类乳腺上皮细胞（泌乳细胞）	单细胞组学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据、浓度测量数据	未明确样本数量（基于单细胞测序数据集）
1248	2025-09-11	Adaptive individualized gene pair signatures distinguishing melanoma and predicting response to immune checkpoint blockade 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113329 PMID:40917881	研究论文	提出一种自适应个体化基因对特征方法（AIGPS），用于区分黑色素瘤亚型并预测免疫检查点阻断治疗反应	采用自适应量化基因对逆转模式，基于相对表达水平而非绝对水平，提升跨数据集的鲁棒性和可迁移性	NA	改进癌症亚型区分和免疫治疗反应预测的精准性	黑色素瘤患者样本	生物信息学	黑色素瘤	RNA-seq（包括bulk和单细胞）	机器学习	基因表达数据	850个样本（24个队列）用于分类，252个样本（7个队列）用于预测
1249	2025-09-11	TREM-1 as a novel immunotherapeutic target to treat pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Sep-18, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2025.201034 PMID:40917508	研究论文	本研究探讨TREM-1激活作为免疫治疗新靶点在胰腺导管腺癌治疗中的潜力	首次揭示TREM-1激活可重编程免疫抑制性肿瘤微环境，将TAMs和TANs转向促炎状态	研究主要基于小鼠模型（Pan02），人类组织数据仅为初步发现	探索TREM-1激活对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的调控作用及治疗潜力	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境和免疫细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	Pan02小鼠模型及人类PDAC组织样本
1250	2025-09-11	Integrative analysis identifies FERMT3 as a key regulator of metabolic reprogramming in keloid scarring and metabolic syndrome 2025-Sep-10, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01705-y PMID:40928556	研究论文	通过整合分析发现FERMT3是瘢痕疙瘩和代谢综合征中代谢重编程的关键调控因子	首次通过多组学整合分析揭示瘢痕疙瘩与代谢综合征的共同转录组特征，并发现FERMT3在代谢和炎症表型中的核心调控作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要进一步体内实验验证	识别瘢痕疙瘩和代谢综合征的共同调控基因并探索其治疗靶点潜力	瘢痕疙瘩和代谢综合征患者组织样本及体外培养的巨噬细胞和成纤维细胞	生物信息学	代谢综合征/皮肤疾病	微阵列数据分析、WGCNA、LASSO回归、机器学习、scRNA-seq、体外细胞实验	机器学习诊断模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	公共微阵列数据集（具体样本数未明确说明）和独立验证数据集
1251	2025-09-11	Bcl6 reactivity is associated with a distinct immune landscape and spatial transcriptome in COVID-19 2025-Sep-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.189134 PMID:40924502	研究论文	本研究通过多重成像和空间转录组学分析COVID-19尸检肺引流淋巴结，揭示Bcl6反应性与免疫景观和空间转录组的关联	首次在COVID-19急性病毒感染期人类淋巴结中发现Bcl6表达水平与滤泡免疫反应性的异质性关联，并鉴定出部位特异的分子靶点和通路	研究基于尸检样本，可能无法完全反映活体动态过程；样本来源受限，未涉及长期随访或治疗干预对比	探究人类淋巴结中滤泡和生发中心免疫反应性的调控机制，特别是在COVID-19急性病毒感染期间的免疫动态	COVID-19尸检患者的肺引流淋巴结和膈下淋巴结	免疫学	COVID-19	多重成像，空间转录组学	NA	图像，转录组数据	COVID-19尸检捐赠者的淋巴结样本（具体数量未明确说明）
1252	2025-09-11	ZEB1 promotes chemo-immune resistance in pancreatic cancer models by downregulating chromatin acetylation of CXCL16 2025-Sep-09, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI195970 PMID:40924501	研究论文	本研究揭示转录因子ZEB1通过下调CXCL16的染色质乙酰化驱动胰腺癌化疗免疫抵抗	首次发现ZEB1通过表观遗传机制调控CXCL16表达，并揭示其通过招募GZMA+CD8+ T细胞和减少SPP1分泌双重机制影响免疫微环境	研究主要基于临床前模型（类器官、异种移植等），人类临床应用效果仍需验证	探究胰腺癌化疗免疫抵抗的表观遗传调控机制	胰腺癌模型（包括患者来源类器官、异种移植模型和原位模型）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞转录组测序、空间转录组学、表观遗传学分析	NA	转录组数据、表观遗传数据	患者来源模型（具体数量未明确说明）
1253	2025-09-11	Tumor microenvironment differences between diagnostic and relapsed classic Hodgkin lymphoma revealed by scRNA-seq 2025-Sep-09, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2025017107 PMID:40924921	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示经典霍奇金淋巴瘤诊断与复发阶段肿瘤微环境的差异，特别是早期复发中幼稚B细胞的作用	首次发现早期复发CHL中富含表达免疫抑制基因LGALS9的幼稚B细胞，并揭示其与Tregs的相互作用在免疫抑制微环境形成中的关键作用	样本量有限，需进一步验证功能性机制	探究经典霍奇金淋巴瘤复发过程中肿瘤微环境的变化机制	配对的诊断和复发经典霍奇金淋巴瘤样本	肿瘤免疫学	经典霍奇金淋巴瘤	scRNA-seq, 成像质谱流式技术, 免疫组织化学	NA	单细胞转录组数据, 空间蛋白表达数据	配对诊断与复发样本（具体数量未明确说明），含独立验证队列
1254	2025-09-11	Type 1 regulatory cells suppress T-cell cytotoxicity to alleviate liver injury during acute hepatitis B virus infection in mice 2025-Sep-09, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf229 PMID:40925590	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示1型调节性细胞（Tr1）在急性HBV感染中通过调节T细胞毒性减轻肝脏免疫病理损伤的作用机制	首次发现Tr1细胞通过IL-10依赖机制抑制T细胞毒性，在清除病毒的同时保护肝脏免受免疫损伤	研究基于小鼠模型，人体适用性需进一步验证	阐明急性HBV感染期间调节T细胞反应以避免免疫病理损伤的机制	HBV感染小鼠模型的肝脏免疫细胞	免疫学	病毒性肝炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、细胞因子中和实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	HBV感染小鼠模型（具体数量未明确说明）
1255	2025-09-11	Cancer-associated fibroblast marker signatures and stromal composition in usual interstitial pneumonia-associated lung adenocarcinoma: an analysis using a proteomic-immunohistochemical approach 2025-Sep-09, Virchows Archiv : an international journal of pathology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s00428-025-04254-8 PMID:40926109	研究论文	本研究通过蛋白质组学和免疫组化方法分析UIP相关肺腺癌的癌症相关成纤维细胞标志物和基质组成	首次在UIP相关肺腺癌中发现ACAN和HAPLN1等新型基质蛋白的表达特征，并结合单细胞RNA测序数据进行验证	样本量较小（仅32例），且为回顾性研究	表征UIP相关肺腺癌的肿瘤微环境特征，重点关注癌症相关成纤维细胞和基质组成	肺腺癌患者组织样本（16例伴UIP，16例不伴UIP）	数字病理学	肺癌	免疫组化、蛋白质组学分析、激光显微切割、单细胞RNA测序	NA	组织图像、蛋白质组数据、RNA测序数据	32例肺腺癌样本（16例伴UIP，16例不伴UIP）
1256	2025-09-11	Long-chain sulfatide enrichment is an actionable metabolic vulnerability in intraductal papillary mucinous neoplasm (IPMN)-associated pancreatic cancers 2025-Sep-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335220 PMID:40268349	研究论文	本研究通过跨物种空间多组学分析，揭示了IPMN相关胰腺癌中长链硫酸酯富集作为可操作的代谢脆弱性	首次发现长链羟基化硫酸酯在IPMN/PDAC肿瘤上皮选择性富集，并证明UGT8抑制可通过神经酰胺介导的线粒体自噬和凋亡通路发挥抗癌作用	样本量较小（n=23），主要依赖小鼠模型验证机制，临床转化潜力需进一步评估	揭示IPMN恶性进展为胰腺导管腺癌（PDAC）的生化与分子驱动机制	人类切除的IPMN/PDAC组织（23例）及Kras;Gnas突变小鼠模型的胰腺组织	肿瘤代谢研究	胰腺癌	MALDI质谱成像、Visium空间转录组学、CRISPR/cas9、siRNA、药理学抑制	NA	空间代谢组数据、空间转录组数据、功能实验数据	23例人类组织样本及小鼠模型组织
1257	2025-09-11	The ferroptosis-associated gene TIMP1 facilitates skin scar formation through the interaction with CST3 in fibroblasts 2025-Sep-08, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115496 PMID:40925202	研究论文	本研究揭示铁死亡相关基因TIMP1通过与CST3相互作用促进皮肤瘢痕形成的分子机制	首次发现TIMP1通过调控铁死亡过程促进成纤维细胞分化，并构建了'成纤维细胞-巨噬细胞'双向调控网络	NA	探究皮肤瘢痕形成的调控机制并寻找潜在治疗靶点	人皮肤成纤维细胞和巨噬细胞	分子生物学	皮肤瘢痕	Bulk-RNA seq, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体外共培养实验	NA	RNA测序数据, 细胞实验数据	NA
1258	2025-09-11	Repurposing zafirlukast confers renal protection in ischemia-reperfusion injury via suppressing macrophage METosis 2025-Sep-08, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115459 PMID:40925201	研究论文	本研究重新利用哮喘药物zafirlukast（ZFK）在小鼠肾脏缺血再灌注损伤模型中显示肾脏保护作用，通过抑制巨噬细胞METosis机制	首次证明ZFK通过靶向抑制巨噬细胞胞外诱捕网形成（METosis）来保护肾脏免受缺血再灌注损伤，并揭示其通过CysLT1R拮抗作用下调PAD4和CitH3表达的新机制	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证；未详细探讨长期用药安全性	开发更安全的移植后急性肾损伤治疗药物，替代具有肾毒性的他克莫司	小鼠肾脏缺血再灌注损伤模型，巨噬细胞	肾脏病学	急性肾损伤	RNA测序，免疫荧光，流式细胞术，单细胞转录组学	NA	基因表达数据，蛋白质表达数据，单细胞转录组数据	小鼠模型（具体数量未明确说明），Tabula Muris和人类数据库单细胞数据
1259	2025-09-11	Piezo1 promotes M1 macrophage polarization and impairs osteogenic differentiation in bone infection 2025-Sep-07, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.168042 PMID:40925468	研究论文	本研究探讨Piezo1在骨感染中通过促进巨噬细胞M1极化并损害成骨分化来调控骨再生的机制	首次揭示Piezo1在骨感染微环境中介导巨噬细胞与骨髓间充质干细胞间串扰的新作用机制	研究主要基于动物模型和体外实验，人类临床验证尚需进一步开展	阐明Piezo1在骨感染过程中对巨噬细胞极化和骨再生障碍的调控作用	大鼠感染性骨缺损模型、人类感染骨组织、小鼠单核巨噬细胞和骨髓间充质干细胞	骨生物学	骨感染	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、间接共培养实验	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	大鼠模型、人类骨组织样本及小鼠细胞系
1260	2025-09-11	Differential phagocytosis induces diverse macrophage activation states in malignant gliomas 2025-Sep-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012211 PMID:40912739	研究论文	本研究探讨放疗和CD47阻断如何协同调节巨噬细胞吞噬活性及其在恶性胶质瘤免疫治疗中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示吞噬胶质瘤细胞的巨噬细胞存在转录异质性，并发现联合治疗可协同诱导促炎性巨噬细胞表型	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床转化潜力需进一步验证	阐明放疗与CD47阻断联合治疗对巨噬细胞吞噬功能和激活状态的调控机制	人源和小鼠胶质瘤细胞系、外周血单核细胞来源及骨髓来源巨噬细胞	肿瘤免疫学	恶性胶质瘤（包括弥漫中线胶质瘤和胶质母细胞瘤）	流式细胞术、ELISA、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位移植和同系小鼠模型	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞功能实验数据	多个人源和小鼠胶质瘤细胞系，以及小鼠模型（具体数量未明确说明）