单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1201	2025-09-12	CRISPR-based genetic tools for the study of host-microbe interactions 2025-Sep-09, Infection and immunity IF:2.9Q2 DOI:10.1128/iai.00510-24 PMID:40757822	综述	本文综述了基于CRISPR的遗传工具在研究宿主-微生物相互作用中的应用及其进展	高效、准确、高通量地探索微生物组，结合单细胞RNA测序等新兴技术揭示宿主与微生物复杂互作	当前工具存在一定局限性，未来需要开发更先进的遗传工具包	研究宿主-微生物相互作用的遗传基础及其在健康与疾病中的作用	宿主细胞、微生物细胞及动物模型	NA	NA	CRISPR筛选、靶向基因组编辑、记录系统、单细胞RNA测序	NA	遗传数据	NA
1202	2025-09-12	Analyzing the toxicological effects of PET-MPs on male infertility: Insights from network toxicology, mendelian randomization, and transcriptomics 2025-Sep-09, Reproductive biology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.repbio.2025.101076 PMID:40929757	研究论文	本研究探讨PET微塑料通过靶向CLK4基因影响Th1细胞浸润和精子发生过程导致男性不育的分子机制	首次整合网络毒理学、孟德尔随机化和转录组学方法，发现CLK4作为PET-MPs诱导男性不育的关键靶点，并揭示其双相表达模式	研究主要基于生物信息学分析和体外模拟，缺乏体内实验验证	探究PET微塑料导致男性不育的潜在分子机制	男性不育相关基因和细胞类型	毒理学与生殖医学	男性不育	网络毒理学、孟德尔随机化(SMR)、RNA-seq、scRNA-seq、分子对接、分子动力学模拟	生物信息学分析模型	基因组数据、转录组数据、表达数量性状位点数据	基于公共数据库的GWAS汇总数据和eQTL数据
1203	2025-09-12	Targeting annexin A2 enhances anti-PD-1 immunotherapy in pancreatic ductal adenocarcinoma by remodeling the tumor immune microenvironment 2025-Sep-09, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115504 PMID:40929955	研究论文	本研究探讨Annexin A2（ANXA2）在胰腺导管腺癌（PDAC）进展中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	首次通过单细胞RNA测序发现ANXA2高表达与PDAC患者预后不良相关，并证明ANXA2抑制可增强抗PD-1免疫疗法效果	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果仍需进一步验证	探索ANXA2作为PDAC免疫治疗新靶点的可行性	胰腺导管腺癌细胞及肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blotting、共培养系统	小鼠PDAC模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	PDAC组织样本（具体数量未明确说明）
1204	2025-09-12	Combinatorial BMP4 and activin direct the choice between alternate routes to endoderm in a stem cell model of human gastrulation 2025-Sep-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.08.009 PMID:40930099	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、活细胞成像和数学模型探索activin和BMP4信号如何协同和拮抗调控人类原肠胚形成阶段的细胞命运决定	发现内胚层通过两条路径产生——直接从多能性状态分化及经由中胚层祖细胞状态的间接路径，并揭示BMP4在诱导中胚层基因同时促进多能性退出的双重作用	NA	解析组合信号（activin和BMP4）如何指导人类原肠胚形成过程中的细胞命运特化	人类干细胞模型中的内胚层和中胚层祖细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组学、活细胞成像、数学建模	NA	转录组数据、成像数据	NA
1205	2025-09-12	Single-cell MultiOmics and spatial transcriptomics demonstrate neuroblastoma developmental plasticity 2025-Sep-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.013 PMID:40347947	研究论文	本研究利用单细胞多组学和空间转录组学技术解析神经母细胞瘤发育可塑性的转录和表观遗传调控机制	识别了高危神经母细胞瘤中的发育中间状态，揭示了具有多向状态转换潜能的广泛表观遗传预编程现象	NA	探究神经母细胞瘤发育可塑性的调控机制	小鼠自发肿瘤模型和人类患者样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞多组学, 空间转录组学	NA	单细胞测序数据, 空间转录组数据	NA
1206	2025-09-12	Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover distinct cellular subtypes involved in neural invasion in pancreatic cancer 2025-Sep-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.020 PMID:40680743	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示胰腺癌神经侵袭中涉及的独特细胞亚型及其微环境特征	首次系统描绘了不同神经侵袭状态下的细胞组成、谱系动态和空间组织结构，并鉴定出新型NRP2成纤维细胞群体和三种施万细胞亚型	样本量相对有限（25例患者62个样本），且主要聚焦于胰腺导管腺癌	探究胰腺癌神经侵袭的细胞微环境机制和关键细胞亚型的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）患者组织样本和其中的神经-肿瘤微环境	单细胞组学与空间转录组学	胰腺癌	sc/snRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	25例患者的62个组织样本
1207	2025-09-12	Gene context drift identifies drug targets to mitigate cancer treatment resistance 2025-Sep-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.005 PMID:40578362	研究论文	提出一种名为RECODR的计算流程，通过分析单细胞RNA测序数据中的基因共表达网络变化来识别癌症治疗耐药机制并发现药物靶点	首次将基因共表达背景（而非单纯表达水平）与图嵌入方法结合，揭示传统计算方法无法检测的耐药机制	NA	识别癌症治疗耐药机制并开发有效联合治疗方案	癌症细胞（脉络丛癌、髓母细胞瘤、三阴性乳腺癌）	计算生物学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、图嵌入	图网络	基因表达数据	临床前和临床试验中的肿瘤样本（具体数量未明确说明）
1208	2025-09-12	S100A4 facilitates radiation-induced tumor repopulation by driving polyploid giant cancer cells budding 2025-Sep-04, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.218017 PMID:40914345	研究论文	本研究揭示了S100A4通过驱动多倍体巨癌细胞出芽促进放疗后肿瘤再生的分子机制	首次发现S100A4-IRF3-ISG15/BST2信号轴调控PGCCs出芽过程，并提出靶向RAGE受体可抑制该过程	研究主要基于结直肠癌模型，在其他癌种中的普适性需进一步验证	探究放疗后多倍体巨癌细胞（PGCCs）出芽的分子调控机制	结直肠癌细胞及PGCCs	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞转录组学、功能基因组学、纵向模型	NA	基因组数据、转录组数据	NA
1209	2025-09-12	Single-cell transcriptomic and genomic changes in the ageing human brain 2025-Sep-03, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09435-8 PMID:40903571	研究论文	本研究使用单细胞测序技术揭示人类前额叶皮层从婴儿期到百岁老人期的基因表达和基因组变化	首次结合单核RNA测序、单细胞全基因组测序和空间转录组学技术，系统揭示人类大脑衰老过程中的转录组和基因组动态变化	研究主要聚焦前额叶皮层，其他脑区变化尚未涉及；样本年龄跨度大但具体样本数量未明确说明	探究人类大脑发育和衰老过程中的关键分子机制	人类前额叶皮层细胞	基因组学	老年疾病	snRNA-seq, scWGS, 空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	从婴儿到百岁老人的年龄跨度样本（具体数量未说明）
1210	2025-09-12	Spatial and functional characterization of IL1RL1+ mast cells reveals immune regulatory roles in renal cancer 2025-Sep-03, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2025.102049 PMID:40912479	研究论文	本研究通过空间和功能分析揭示IL1RL1+肥大细胞在肾透明细胞癌中的免疫调节作用	首次在ccRCC中系统表征IL1RL1+肥大细胞的空间分布和免疫调节功能，并证实其通过MHC-I通路增强CD8+ T细胞活化	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内功能验证和临床干预研究	探究IL1RL1在肾透明细胞癌肿瘤微环境中的表达模式和免疫调节功能	肾透明细胞癌患者组织样本和细胞系	肿瘤免疫学	肾癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫组化, 基因敲除实验	NA	基因表达数据, 空间转录组数据, 免疫组化图像	TCGA和GEO数据库样本，具体数量未明确说明
1211	2025-09-12	Sensitive dissection of a genomic regulatory landscape using bulk and targeted single-cell activation 2025-Sep-03, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100984 PMID:40930101	研究论文	开发TESLA-seq方法结合CRISPR激活筛选与靶向单细胞RNA测序，用于高灵敏度解析基因组调控景观	提出TESLA-seq技术，能够并行读取数百个增强子对基因座内所有基因的影响，揭示传统方法难以发现的调控关系	NA	识别和功能扰动内源性增强子，解析PHOX2B基因座周围的调控网络	神经元细胞命运主调控因子PHOX2B及其相关增强子	基因组学	神经母细胞瘤	CRISPR激活筛选(CRISPRa)，靶向单细胞RNA测序(TESLA-seq)	NA	基因组数据，单细胞转录组数据	NA
1212	2025-09-12	Cellular cartography reveals mouse prostate organization and determinants of castration resistance 2025-Sep-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2427116122 PMID:40854129	研究论文	通过整合单细胞多组学和空间转录组学技术，构建小鼠前列腺细胞图谱，揭示去势抵抗的细胞机制	首次系统描绘小鼠前列腺叶特异性细胞类型及其对去势反应的转录和表观遗传基础，并发现与人类前列腺癌亚型对应的细胞亚群	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	解析前列腺癌去势治疗抵抗的细胞机制和空间组织基础	小鼠前列腺细胞及人类前列腺癌样本	单细胞生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 空间转录组学, meta分析	NA	单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据	小鼠前列腺多叶样本及人类前列腺癌meta分析数据
1213	2025-09-12	Single-cell RNA Sequencing In Pediatric Sepsis: γδ T Cell Exhibits A Differentiation To γδT17 Subtype Along With Significantly Enhanced Cell Communication With Neutrophils 2025-Sep-02, Journal of innate immunity IF:4.7Q2 DOI:10.1159/000547934 PMID:40931501	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析儿科脓毒症中γδ T细胞的免疫特征，揭示其向γδT17亚型分化及与中性粒细胞增强的细胞通讯	首次在儿科脓毒症中发现γδ T细胞向促炎性γδT17亚型分化，并鉴定中性粒细胞来源的抵抗素通过CAP1受体结合驱动该过程	研究局限于外周血单核细胞分析，未涉及组织局部免疫微环境	阐明儿科脓毒症中γδ T细胞的免疫特性及其分化机制	儿科脓毒症患者的外周血单核细胞（PBMCs）	单细胞组学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	伪时序分析（Pseudotime analysis）	单细胞转录组数据	儿科脓毒症患者PBMCs样本（具体数量未明确说明）
1214	2025-09-12	An Organ-on-Chip Platform for Strain-Controlled, Tissue-Specific Compression of Cartilage and Mineralized Osteochondral Interface to Study Mechanical Overloading in Osteoarthritis 2025-Sep, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202501588 PMID:40556597	研究论文	开发一种芯片上的骨软骨单元平台，用于研究机械超负荷在骨关节炎中的作用	首次在芯片上实现应变控制、组织特异性压缩的骨软骨界面模型，能够模拟体内应变梯度	模型仍需进一步验证其与完整人体关节的生物学相关性	研究异常力学与骨关节炎起始/进展之间的分子联系	人源复合透明软骨-矿化软骨下微组织	组织工程与生物力学	骨关节炎	单细胞RNA测序，芯片器官技术	芯片器官模型	基因表达数据，力学响应数据	NA
1215	2025-09-12	Senescent Microglia Mediate Neuroinflammation-Induced Cognitive Dysfunction by Selective Elimination of Excitatory Synapses in the Hippocampal CA1 2025-Sep, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70167 PMID:40624910	研究论文	本研究揭示了衰老小胶质细胞通过选择性清除海马CA1区兴奋性突触介导神经炎症诱导的认知功能障碍的机制	首次发现衰老小胶质细胞通过过度吞噬兴奋性突触导致认知功能障碍，并证明使用senolytic药物ABT-737可逆转这一过程	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类中进行验证；长期治疗效果和安全性需要进一步评估	探究衰老小胶质细胞在神经炎症诱导认知功能障碍中的作用机制	C57BL/6J小鼠的海马CA1区小胶质细胞和锥体神经元	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、高尔基染色、全细胞膜片钳记录、Western blotting、免疫荧光	小鼠神经炎症模型（LPS诱导）	基因表达数据、电生理数据、行为学数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体数量，使用C57BL/6J小鼠进行实验
1216	2025-09-12	Integrating single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics to reveal the Glycolysis-related gene GPRC5A as a potential biomarker for gastric cancer by machine learning 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147059 PMID:40865843	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学，通过机器学习识别糖酵解相关基因GPRC5A作为胃癌潜在生物标志物	开发了基于四分位距(IQR)的新方法评估单细胞水平糖酵解活性，解决了以往评分方法分辨率不足和鲁棒性有限的问题	NA	探索胃癌中糖酵解代谢改变的生物标志物，用于早期诊断和靶向治疗	胃癌细胞和组织	数字病理	胃癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习	NA	基因表达数据	NA
1217	2025-09-12	A Spatially Coordinated Keratinocyte-Fibroblast Circuit Recruits MMP9+ Myeloid Cells to Drive IFN-I-Driven Inflammation in Photosensitive Autoimmunity 2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.19.670635 PMID:40894544	研究论文	本研究揭示了一种由角质形成细胞、成纤维细胞和髓系细胞组成的空间协调炎症回路，驱动IFN-I介导的光敏性自身免疫皮肤病理	首次发现MMP9+ CD14+髓系细胞作为光敏性的关键效应细胞，并阐明角质形成细胞-成纤维细胞-髓系细胞轴的空间调控机制	研究主要基于人类样本和体外模型，体内功能验证仍需进一步深入	阐明紫外线B（UVB）暴露导致皮肤特异性自身免疫的分子和细胞机制	皮肤红斑狼疮（CLE）和皮肌炎（DM）患者皮肤组织及体外细胞模型	免疫学与皮肤病学	自身免疫性皮肤病	单细胞RNA测序、空间转录组学（seqFISH+）、UVB激发试验、体外建模	NA	基因表达数据、空间定位数据、临床样本数据	人类皮肤组织样本（包括病变和非病变组织）及体外细胞模型
1218	2025-09-12	High-Resolution Spatial Transcriptomics Unveils Spatially Resolved Gene Modules and Fatty Acid Metabolism Dysregulation in Human Skin Aging 2025-Aug-23, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.08.011 PMID:40850650	研究论文	利用高分辨率空间转录组技术揭示人类皮肤衰老中空间基因模块和脂肪酸代谢紊乱	首次通过高分辨率空间转录组技术构建人眼睑皮肤图谱，发现18个空间相关基因模块并揭示表皮脂肪酸合成减少等新衰老特征	研究主要聚焦眼睑皮肤，其他皮肤区域可能存在差异；功能验证仅基于体外模型	解析皮肤衰老的分子机制和空间细胞互作	人类眼睑皮肤组织、原代角质形成细胞、全层皮肤模型（T-Skin）	空间转录组学	皮肤衰老	空间增强分辨率组学测序（STeoM-seq）、多重FISH	NA	空间转录组数据、图像数据	人类眼睑皮肤样本（具体数量未明确说明）
1219	2025-09-12	Integrated spatial and functional metabolic profiling identified the thick ascending limb as a mitochondrial vulnerability hub in acute kidney injury 2025-Aug-22, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.07.021 PMID:40850621	研究论文	本研究通过整合空间和功能代谢分析，发现肾小管厚壁升支是急性肾损伤中的线粒体脆弱性枢纽	首次结合空间转录组学、单细胞转录组学和同位素示踪成像技术，系统揭示肾外髓厚壁升支段的代谢特性及其在肾损伤中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类肾移植样本，结果在更广泛人群中的普适性需进一步验证	探究急性肾损伤的代谢机制及其与临床麻醉药物使用的关联	小鼠模型和人类肾移植受者	代谢组学	急性肾损伤	空间转录组学、单细胞转录组学、免疫荧光、同位素示踪成像	NA	空间转录组数据、单细胞数据、成像数据	小鼠缺血再灌注模型及人类肾移植样本（具体数量未明确说明）
1220	2025-09-12	FAHD1-mediated pyruvate metabolism in hepatocellular carcinoma: Multi-omics and causal genetic evidence 2025-Aug-14, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100494 PMID:40814172	研究论文	本研究通过多组学与因果遗传证据揭示FAHD1介导的丙酮酸代谢在肝细胞癌中的作用机制	首次发现丙酮酸高活性上皮亚群(PyHighEpi)，并通过因果推断鉴定FAHD1为关键驱动因子，阐明其通过ITGB2介导的细胞互作机制	NA	探究肝细胞癌中丙酮酸代谢的因果调控因子及其空间互作机制	肝细胞癌肿瘤微环境中的上皮细胞亚群和癌症相关成纤维细胞	肿瘤代谢研究	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间图谱、孟德尔随机化分析、分子对接	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	NA