单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24220 篇文献，本页显示第 1241 - 1260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1241 | 2024-12-08 |
Pharmacological and toxicological characteristics of baicalin in preventing spontaneous abortion and recurrent pregnancy loss: A multi-level critical review
2024-Oct-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38633
PMID:39640688
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综述 | 本文综述了黄芩苷在预防自然流产和反复妊娠丢失中的药理学和毒理学特性 | 提出了基于病理动力学的多模态立体测序研究，结合单细胞RNA测序、空间转录组学和单细胞多模态组学，深入探讨黄芩苷的保胎机制 | 从临床角度阐述了使用黄芩苷的局限性 | 探讨黄芩苷在母胎界面上的代谢、毒理学和药理学效应，以及其在预防自然流产和反复妊娠丢失中的作用机制 | 黄芩苷及其代谢产物黄芩素在母胎界面上的生物效应 | NA | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、单细胞多模态组学 | NA | NA | NA |
| 1242 | 2024-12-08 |
scACT: Accurate Cross-modality Translation via Cycle-consistent Training from Unpaired Single-cell Data
2024-Oct, Proceedings of the ... ACM International Conference on Information & Knowledge Management. ACM International Conference on Information and Knowledge Management
DOI:10.1145/3627673.3679576
PMID:39628660
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scACT的深度生成模型，用于从未配对的单细胞数据中提取跨模态生物学见解 | scACT通过对抗训练对齐未配对的多模态数据，利用循环一致训练实现无先验知识的跨模态翻译，并通过模拟扰动探索可解释的调控相互联系 | NA | 解决现有跨模态翻译方法依赖于稀缺的高质量共测数据的问题 | 单细胞数据中的跨模态翻译 | 机器学习 | NA | 深度生成模型 | 对抗训练和循环一致训练 | 单细胞数据 | 多种单细胞数据集 |
| 1243 | 2024-12-08 |
The pericardium forms as a distinct structure during heart formation
2024-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613484
PMID:39345600
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研究论文 | 本文研究了心脏形成过程中心包膜的发育起源 | 通过活体成像、谱系追踪和单细胞转录组学技术，发现心包膜起源于侧板中胚层的特定前部间皮祖细胞，与经典心脏区域不同 | NA | 探讨心包膜在心脏形成过程中的发育起源及其与心脏形态发生的关系 | 心包膜的发育起源及其在心脏形态发生中的作用 | NA | NA | 活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学 | 机器学习 | 图像 | 斑马鱼胚胎 |
| 1244 | 2024-12-08 |
Leveraging cell type-specificity for gene set analysis of single cell transcriptomics
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.615040
PMID:39386631
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研究论文 | 本文描述了一种利用单细胞转录组数据中的细胞类型特异性信息来定制基因集的方法 | 提出了一种利用人类蛋白质图谱（HPA）单细胞类型图谱中的平均基因表达信息来计算细胞类型特异性基因和基因集权重的方法，以改进基因集测试的效力和可解释性 | NA | 改进单细胞转录组数据的基因集测试效力和可解释性 | 单细胞转录组数据中的基因集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 81种人类细胞类型 |
| 1245 | 2024-12-08 |
The proteomic landscape and temporal dynamics of mammalian gastruloid development
2024-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.05.609098
PMID:39282277
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研究论文 | 研究通过定量蛋白质组学分析人类和小鼠胚胎发育的关键阶段，揭示了蛋白质动力学和调控网络 | 首次将定量蛋白质组学应用于人类和小鼠胚胎发育模型，结合RNA-seq和磷酸化位点数据，揭示了翻译后调控的物种特异性差异 | 研究主要集中在胚胎发育的特定阶段，未涵盖整个发育过程 | 通过蛋白质组学分析，填补早期哺乳动物发育中蛋白质动力学和调控的空白 | 人类和小鼠的胚胎发育模型 | 生物信息学 | NA | 定量蛋白质组学 | NA | 蛋白质组数据 | 人类和小鼠胚胎发育模型的四个关键阶段 |
| 1246 | 2024-12-08 |
Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs
2024-Aug-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51590-5
PMID:39209833
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研究论文 | 本文介绍了空间图傅里叶变换（SpaGFT）并应用于多种空间组学平台，生成可解释的表示 | SpaGFT在空间变异基因识别和基因表达插补方面优于现有工具，并能检测罕见的亚细胞器 | NA | 开发一种新的方法来分析复杂器官的空间组学数据 | 人类和小鼠的空间转录组数据，以及人类淋巴结和扁桃体的空间蛋白质组数据 | 机器学习 | NA | 空间图傅里叶变换（SpaGFT） | 图信号处理 | 空间组学数据 | 人类和小鼠的空间转录组数据，以及人类淋巴结和扁桃体的空间蛋白质组数据 |
| 1247 | 2024-12-08 |
Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles
2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.19.563173
PMID:37905060
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研究论文 | 开发了一种名为Icebear的神经网络框架，用于跨物种单细胞转录组数据的插补和比较 | 首次实现了跨物种单细胞基因表达谱的准确预测，并揭示了哺乳动物X染色体上调的进化和多样性适应 | NA | 理解进化过程中的调控变化，并将从模式生物学到的知识转移到人类 | 跨物种单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 神经网络 | 基因表达数据 | NA |
| 1248 | 2024-12-08 |
The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on SARS-CoV-2 Disease, Viral Dynamics, and Antiviral Immune Response in a Nonhuman Primate Model of Coinfection
2024-Jul-21, Viruses
DOI:10.3390/v16071173
PMID:39066335
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研究论文 | 研究SIV感染导致的免疫缺陷对SARS-CoV-2疾病、病毒动力学和抗病毒免疫反应的影响 | 首次在受控环境中直接研究HIV相关免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持久性的影响 | 样本量较小，仅涉及两只SIV感染的猪尾猕猴 | 探讨HIV相关免疫缺陷对SARS-CoV-2感染的影响 | SIV感染的猪尾猕猴和SIV阴性的猪尾猕猴 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两只SIV感染的猪尾猕猴和两只SIV阴性的猪尾猕猴 |
| 1249 | 2024-12-08 |
Harmonized cross-species cell atlases of trigeminal and dorsal root ganglia
2024-Jun-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj9173
PMID:38905344
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研究论文 | 构建了跨物种的三叉神经节和背根神经节细胞图谱，描述并促进了六种物种和31个数据集中18种神经元和11种非神经元细胞类型的比较 | 通过单细胞RNA测序构建了跨物种的背根神经节和三叉神经节细胞图谱，并发现该图谱有助于稀有神经元亚型的注释 | NA | 研究背根神经节和三叉神经节中感觉神经元的多样性，并促进跨物种和跨研究的细胞类型比较 | 背根神经节和三叉神经节中的感觉神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及六种物种和31个数据集 |
| 1250 | 2024-12-08 |
CAraCAl: CAMML with the integration of chromatin accessibility
2024-Jun-13, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05833-3
PMID:38872103
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CAraCAl的生物信息学方法，用于在scATAC-seq数据上进行细胞类型注释 | CAraCAl通过整合染色质可及性数据，改进了CAMML方法，使其能够更有效地处理scATAC-seq数据 | 当scRNA-seq数据存在时，CAraCAl的性能并未超过CAMML，仅在仅有scATAC-seq数据时表现较好 | 开发一种新的方法来注释scATAC-seq数据中的细胞类型 | scATAC-seq数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq | NA | 基因组数据 | NA |
| 1251 | 2024-12-08 |
Interstitial macrophages are a focus of viral takeover and inflammation in COVID-19 initiation in human lung
2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20232192
PMID:38597954
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研究论文 | 研究定义了SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中的细胞嗜性和转录组效应 | 首次详细描述了SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中对间质巨噬细胞的感染及其引发的炎症和纤维化反应 | 研究仅限于健康人肺组织的体外实验，未涉及临床患者样本 | 揭示COVID-19早期阶段病毒感染和炎症反应的机制 | SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中的感染和转录组变化 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 健康人肺组织样本 |
| 1252 | 2024-12-08 |
scDMAE: A Generative Denoising Model Adopted Mask Strategy for scRNA-Seq Data Recovery
2024-06, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3383921
PMID:38568766
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研究论文 | 本文提出了一种名为scDMAE的生成去噪模型，采用掩码策略用于单细胞RNA测序数据的恢复 | scDMAE模型融合了基因表达特征和拓扑特征，使用带有掩码策略的自编码器来建模丢失事件并分离潜在噪声，结合原始数据恢复真实的生物表达值 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的去噪和恢复准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 多种类型的单细胞RNA测序数据集 |
| 1253 | 2024-12-08 |
Cell-specific housekeeping role of lncRNAs in COVID-19-infected and recovered patients
2024-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae023
PMID:38426128
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研究论文 | 研究了lncRNA在COVID-19感染和康复患者中的时空表达动态及其在调节疾病和康复中的功能 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析了lncRNA在健康、SARS-CoV-2感染和康复个体中的时空表达动态，并发现了调节免疫功能的细胞类型特异性lncRNA | 研究主要集中在lncRNA的表达变化，未深入探讨其具体的调控机制 | 探讨lncRNA在COVID-19感染和康复患者中的时空表达模式及其功能 | lncRNA在健康、SARS-CoV-2感染和康复个体中的表达及其对免疫功能的调节作用 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 健康、SARS-CoV-2感染和康复个体 |
| 1254 | 2024-12-08 |
Comparative analysis of cell-cell communication at single-cell resolution
2024-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01782-z
PMID:37169965
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Scriabin的灵活且可扩展的框架，用于在单细胞分辨率下进行细胞间通信的比较分析 | Scriabin能够在不进行细胞聚合或降采样的情况下，准确恢复预期的细胞间通信边并识别被聚合方法掩盖的通信网络 | NA | 揭示健康和疾病中微环境与表型关系的完整结构 | 细胞间通信的比较分析 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用多个已发表的图谱规模数据集、遗传扰动筛选和直接实验验证 |
| 1255 | 2024-12-08 |
A systematic evaluation of state-of-the-art deconvolution methods in spatial transcriptomics: insights from cardiovascular disease and chronic kidney disease
2024, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2024.1352594
PMID:38601476
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研究论文 | 本文系统评估了三种空间转录组学去卷积方法在心血管疾病和慢性肾病中的表现 | 首次在心血管疾病和慢性肾病样本中进行去卷积方法的基准测试 | 所有方法在去卷积过程中都需要较少的参考数据，但Cell2location在计算上更为密集 | 评估不同去卷积方法在特定疾病样本中的表现 | 心血管疾病和慢性肾病患者的组织样本 | 空间转录组学 | 心血管疾病, 慢性肾病 | 去卷积方法 | NA | 转录组数据 | 来自不同病理状态的心血管疾病和慢性肾病患者样本 |
| 1256 | 2024-12-08 |
A generalizable and easy-to-use COVID-19 stratification model for the next pandemic via immune-phenotyping and machine learning
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1372539
PMID:38601145
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研究论文 | 本文开发并验证了一种可推广且易于使用的COVID-19严重程度分层模型，利用机器学习算法 | 提出了基于cDCs和LDH水平的机器学习模型，用于预测COVID-19的严重程度 | NA | 开发一种可推广且易于使用的COVID-19严重程度分层模型，为未来疫情提供参考 | COVID-19患者的免疫特征和实验室参数 | 机器学习 | COVID-19 | CyTOF、单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 免疫特征数据、实验室参数数据 | 发现队列39例，验证队列840例 |
| 1257 | 2024-12-08 |
Uncovering the dual roles of peripheral immune cells and their connections to brain cells in stroke and post-stroke stages through single-cell sequencing
2024, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2024.1443438
PMID:39633897
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在揭示中风及中风后阶段外周免疫细胞与脑细胞相互作用中的应用 | 利用单细胞RNA测序技术无偏倚地识别中风期间和之后脑和外周血单核细胞的细胞异质性 | NA | 探索中风期间和之后不同角色细胞的表型景观，并揭示外周免疫细胞的双重作用 | 中风期间和之后的外周免疫细胞及其与脑细胞的相互作用 | NA | 中风 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1258 | 2024-12-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals key molecular drivers and immune landscape in uveal melanoma: implications for targeted therapy and prognostic modeling
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1493752
PMID:39635521
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了葡萄膜黑色素瘤的分子驱动因素和免疫景观，并开发了一种新的预后模型，为靶向治疗和预后预测提供了新思路 | 本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了葡萄膜黑色素瘤中C5 PCOLCE+肿瘤细胞的关键作用，并开发了一种新的预后模型PTRS，识别出CITED1作为高风险基因 | 本研究主要基于GSE139829数据集，样本量有限，需要进一步的大规模验证 | 揭示葡萄膜黑色素瘤的分子驱动因素和免疫景观，开发新的预后模型和治疗靶点 | 葡萄膜黑色素瘤的肿瘤细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 8例原发性葡萄膜黑色素瘤患者和3例转移性疾病的患者 |
| 1259 | 2024-12-08 |
Integrated single-cell and bulk RNA sequencing reveals immune-related SPP1+ macrophages as a potential strategy for predicting the prognosis and treatment of liver fibrosis and hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1455383
PMID:39635536
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研究论文 | 本研究整合单细胞和批量RNA测序，识别与肝纤维化和肝细胞癌相关的基因、细胞亚群和信号通路，并建立预测模型和潜在治疗药物 | 首次整合单细胞和批量RNA测序，识别出与肝纤维化和肝细胞癌相关的40个致病基因和15个关键细胞亚群，并发现SPP1+巨噬细胞与免疫浸润和预后发展的正相关性 | NA | 研究肝纤维化和肝细胞癌的致病基因、细胞亚群、调控机制、预后基因及潜在小分子药物 | 肝纤维化和肝细胞癌 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序、批量测序、分子对接技术 | 机器学习 | RNA | NA |
| 1260 | 2024-12-08 |
Exploring the shared pathogenic mechanisms of tuberculosis and COVID-19: emphasizing the role of VNN1 in severe COVID-19
2024, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2024.1453466
PMID:39639868
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研究论文 | 研究探讨了结核病和COVID-19之间的共同发病机制，特别强调了VNN1在严重COVID-19中的作用 | 识别了GMNN、SCD和FUT7作为COVID-19的强诊断标记，并发现VNN1与严重COVID-19的进展密切相关 | NA | 探讨结核病和COVID-19的共同发病机制，并寻找新的诊断和治疗靶点 | COVID-19和结核病的共同发病基因和免疫细胞浸润 | 生物信息学 | 传染病 | 机器学习、单细胞测序、分子对接 | 随机森林分析 | 基因表达数据 | 从GEO数据库中获取的COVID-19和结核病数据 |