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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1221 | 2026-10-09 |
VEGFA-Positive Macrophages Regulate Aqueous Humor Outflow in Aged Mice and Humans
2026-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.08.20.746006
PMID:42818326
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和成像技术揭示了衰老过程中VEGFA阳性巨噬细胞通过VEGFA-VEGFR信号通路维持房水外流稳态的补偿机制 | 首次发现Schlemm管周围巨噬细胞来源的VEGFA作为衰老和血管应激期间维持房水外流稳态的补偿机制,并提出TIE2激活作为保护Schlemm管功能和眼压调节的治疗策略 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究衰老如何影响眼压调节以及房水外流稳态的补偿机制 | 小鼠眼部房角组织、老年小鼠和人类Schlemm管及周围巨噬细胞 | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序、配体-受体分析、基因治疗 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1222 | 2026-10-09 |
A comparative single-cell transcriptomic atlas for diverse populations of vertebrate hair cells
2026-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.09.02.748811
PMID:42818558
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研究论文 | 该研究整合了人类、小鼠、鸡和斑马鱼的单细胞和单核RNA测序数据集,构建了一个跨物种、跨器官、跨发育阶段的脊椎动物毛细胞转录组比较图谱 | 首次构建了涵盖人类、小鼠、鸡和斑马鱼多个物种、多种器官(耳蜗、前庭、侧线)及不同发育阶段的脊椎动物毛细胞跨物种单细胞转录组图谱,定义了约5000个毛细胞富集基因和884个泛毛细胞富集基因,并基于AUC评分框架揭示了不同发育动态的毛细胞基因集 | 研究主要基于已公开的单细胞和单核RNA测序数据集进行整合分析,可能受限于原始数据集的采样偏差和技术差异;跨物种比较可能受到物种间基因注释质量和可比性的限制 | 研究脊椎动物毛细胞的转录组多样性,揭示不同物种、器官和发育阶段毛细胞的基因表达差异及其保守程序 | 人类、小鼠、鸡和斑马鱼的毛细胞(包括耳蜗、前庭和侧线毛细胞类型)及其支持细胞 | 单细胞转录组学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | 文本 | 29个毛细胞群体,涵盖人类、小鼠、鸡和斑马鱼的多个器官和发育阶段 | NA | single-cell RNA-seq, single-nucleus RNA-seq | NA | NA |
| 1223 | 2026-10-09 |
Exosome-Mediated Bidirectional Signaling Regulates Glioma Stem-Cell Homeostasis and Radiation-Induced Plasticity
2026-Sep-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.09.02.748690
PMID:42818566
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研究论文 | 本文研究了外泌体介导的胶质母细胞瘤干细胞与非干细胞群体之间的双向信号传递,揭示其在维持肿瘤细胞稳态及放疗后可塑性中的作用 | 首次揭示外泌体在胶质母细胞瘤中作为双向反馈信号载体,GIC来源外泌体抑制放疗诱导的非干细胞向GIC转化,而非干细胞来源外泌体则促进GIC维持与自我更新 | 外泌体IQGAP3是否参与GIC群体扩增尚未确定,机制仍需进一步验证 | 探究外泌体是否介导GIC与非干细胞群体之间的双向通讯,从而维持稳态及放疗后的平衡 | 患者来源的胶质母细胞瘤细胞系HK-374和HK-390,包括GIC富集的胶质瘤球和分化单层培养 | 数字病理学 | 脑癌 | 液相色谱-串联质谱、单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本 | 两株患者来源的GBM细胞系(HK-374和HK-390),外泌体蛋白组鉴定出1796个蛋白 | NA | 单细胞RNA测序、蛋白质组学 | NA | NA |
| 1224 | 2026-10-09 |
Maladaptive Piezo1 Mechanotransduction Drives Smooth Muscle Aging in the Gut
2026-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.09.02.748183
PMID:42818261
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研究论文 | 该文章揭示了Piezo1机械转导在肠道平滑肌衰老中的关键作用,通过小鼠模型和人类细胞验证了其作为治疗靶点的潜力 | 首次证明Piezo1机械转导是驱动肠道平滑肌衰老的可靶向机制,将机械力感知与年龄相关的肠道运动障碍直接联系起来 | 人类数据仅为趋势性观察,样本量有限,且PIEZO1功能获得携带者的结肠转运延迟未达到统计学显著性 | 探究年龄相关性胃肠道平滑肌功能障碍的分子机制,特别是机械转导在其中的作用 | 小鼠肠道平滑肌细胞和人类肠道平滑肌细胞 | 机器学习 | 老年性疾病 | 单细胞转录组学, RNA速率分析, 刚度控制的细胞和组织培养, 药理学研究 | NA | 转录组数据, 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1225 | 2026-10-09 |
Weighted sliced inverse regression for scalable supervised dimensionality reduction of spatial transcriptomics data
2026-09-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-76871-z
PMID:42834031
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研究论文 | 本文提出了一种加权切片逆回归(wSIR)方法,用于空间转录组数据的可扩展监督降维,旨在保留空间坐标的预测能力 | wSIR是一种充分降维技术,能够保留空间坐标的预测能力,具有高度可扩展性(在标准笔记本电脑上两分钟内处理超过100,000个细胞),特征载荷可解释,且新的非空间数据可投影到低维空间进行下游分析 | 摘要中未明确提及限制 | 开发一种保留空间坐标预测能力的降维方法,用于空间转录组数据的空间感知分析 | 空间转录组数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | NA | NA | 空间转录组数据 | 超过100,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1226 | 2026-10-09 |
Microenvironment-aware transcriptome reconstruction in spatial transcriptomics
2026-09-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-77349-8
PMID:42834030
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研究论文 | 该文章提出了一种名为Emerge的微环境感知框架,通过整合转录身份与局部微环境信息,从靶向空间转录组数据中重建转录组范围的表达谱 | 首次证明局部微环境组织与超越细胞身份的转录变异相关,并利用这一观察为转录组重建提供互补约束,将转录组重建从基因补全扩展到细胞状态的上下文感知恢复 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 解决基于成像的空间转录组学仅限于靶向基因面板、无法观测全转录组和细胞状态变异的问题,实现转录组级别的表达重建 | MERFISH和Xenium空间转录组数据集,涵盖神经和肿瘤生态系统 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | MERFISH, Xenium | NA |
| 1227 | 2026-10-09 |
Tumor-intrinsic IFNγ signaling and niche adaptation drive early colonization in ovarian cancer metastasis
2026-09-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-77222-8
PMID:42834039
|
研究论文 | 本文开发了MetTag单细胞条形码和转录组分析技术,揭示了卵巢癌腹膜转移中早期定植克隆的时空动态及其依赖IFNγ信号的机制 | 开发了MetTag时间戳条形码技术,能够追踪转移过程中的克隆动态;首次揭示了卵巢癌腹膜转移的“先到先得”定植原则,并发现肿瘤内在IFNγ信号是 pioneer 克隆适应微环境的关键驱动因素 | 摘要中未提及 | 解析卵巢癌腹膜转移中播散肿瘤细胞存活和定植的分子机制及时间动态 | 卵巢癌腹膜转移模型中的肿瘤细胞克隆及腹膜微环境 | 单细胞组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9筛选 | NA | 单细胞转录组数据, 条形码测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1228 | 2026-10-09 |
Spatial transcriptomics reveals laminar and cell-type-specific A-to-I RNA editing signatures in the macaque cortex
2026-09-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-77434-y
PMID:42834064
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研究论文 | 该研究开发了SRDRE分析框架,用于在空间转录组数据中识别RNA编辑位点,并揭示了猕猴大脑皮层中A-to-I RNA编辑的层状和细胞类型特异性空间特征 | 开发了SRDRE空间转录组RNA编辑位点识别分析框架,首次在猕猴大脑皮层中系统揭示了A-to-I RNA编辑的层状和细胞类型特异性空间分布特征,发现神经元RNA编辑水平与皮层层级相关,并鉴定出灵长类富集的离子通道基因编辑位点 | 对抑郁症样行为猕猴的RNA编辑变化分析仅为初步探索性分析,需要进一步研究验证 | 探索大脑皮层中A-to-I RNA编辑的空间特征及其与皮层特化、大脑进化和神经精神疾病的潜在关联 | 成年猕猴大脑皮层 | 空间转录组学 | 抑郁症 | 空间转录组学、A-to-I RNA编辑分析 | NA | 空间转录组数据 | 超过4000万个细胞,覆盖142个空间注释的皮层区域 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1229 | 2026-10-09 |
Spatial analysis reveals cellular microenvironments and mechanisms of inflammation and injury in acute interstitial nephritis
2026-08-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-77210-y
PMID:42802277
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研究论文 | 该研究利用高分辨率成像质谱流式和单细胞空间转录组技术分析人类肾脏活检组织,揭示了急性间质性肾炎中炎症和损伤的细胞微环境及机制。 | 首次结合高分辨率成像质谱流式和单细胞空间转录组技术,揭示了急性间质性肾炎中干扰素-γ诱导的CXCL9-CXCR3信号通路、补体成分上调和NAMPT在代谢-炎症微环境中的协调作用。 | 摘要中未提及研究局限性。 | 揭示急性间质性肾炎的发病机制,并确定潜在的治疗靶点。 | 人类肾脏活检组织,包括急性间质性肾炎、急性肾小管损伤和参考组织。 | 数字病理学 | 急性间质性肾炎 | 成像质谱流式, 单细胞空间转录组 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞空间转录组 | NA | NA |
| 1230 | 2026-10-09 |
CD38-activated macrophages drive age-related placental senescence by depleting NAD+ in decidual stromal cells
2026-08-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-77217-5
PMID:42806003
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研究论文 | 该研究整合代谢组学、单细胞RNA测序和空间转录组学,揭示了人类、小鼠和猪衰老胎盘中巨噬细胞CD38表达增加和NAD⁺缺乏的保守特征,并证明巨噬细胞CD38通过消耗蜕膜基质细胞中的NAD⁺促进胎盘衰老 | 首次在人类、小鼠和猪中揭示了衰老胎盘的保守特征,即巨噬细胞CD38表达增加和NAD⁺缺乏,并阐明了IRF5通路驱动CD38表达的机制,以及NAD⁺前体或CD38抑制剂可减轻年龄相关胎盘衰老并改善后代代谢结局 | 未明确提及 | 阐明年龄相关胎盘衰老的机制,并开发有效的治疗策略 | 人类、小鼠和猪的衰老胎盘 | 机器学习 | 年龄相关妊娠并发症 | 代谢组学, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | NA |
| 1231 | 2026-10-09 |
A single-cell atlas and Shiny-based framework for murine lung injury and remodeling
2026, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2026.1886929
PMID:42835183
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研究论文 | 该研究开发了一个基于单细胞RNA测序数据的模块化交互式分析平台,并以小鼠肺损伤模型数据集为例,系统评估了预处理、整合和细胞注释策略 | 开发了模块化交互式分析平台,通过手动注释的36个细胞群体作为基准,系统评估了自动注释和预处理整合方法,发现基于参考的自动注释无法识别参考中缺失的损伤诱导细胞状态 | 基于参考的自动注释方法在识别参考数据集中缺失的细胞状态时存在局限性,尤其是损伤诱导的单核细胞衍生巨噬细胞和嗜酸性粒细胞 | 开发单细胞RNA测序数据分析框架,评估预处理、整合和细胞注释策略对小鼠肺损伤和重塑研究的影响 | 小鼠肺损伤和重塑模型,包含对照组、炎症和重塑组、纤维化组以及臭氧暴露纤维化组 | 机器学习 | 肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包含四个条件(对照、炎症和重塑、纤维化、臭氧暴露纤维化肺)的多个批次样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1232 | 2026-10-08 |
Synergistic effects of mTOR inhibitors with VEGFR3 inhibitors on the interaction between TSC2-mutated cells and lymphatic endothelial cells
2025-06, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2760-4
PMID:39862344
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研究论文 | 本研究探讨了TSC2突变细胞与淋巴内皮细胞之间的相互作用及雷帕霉素对该相互作用的影响,并评估mTOR抑制剂与VEGFR3抑制剂联合治疗LAM的可行性 | 揭示VEGF-D/VEGFR3是TSC2缺失细胞与淋巴内皮细胞相互作用的关键介质,并提出雷帕霉素与VEGFR3抑制剂联合治疗LAM及其他TSC2突变疾病的新策略 | 文中未明确说明研究的具体局限性 | 探索LAM细胞与淋巴内皮细胞的相互作用机制及雷帕霉素的影响,寻找LAM治疗新靶点 | TSC2缺失细胞、淋巴内皮细胞、LAM患者肺组织、异种移植模型 | 数字病理学 | 淋巴管肌瘤病 | 单细胞测序、共培养实验、异种移植模型 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1233 | 2026-10-08 |
Integrating Tissue Microarray to GeoMx® Digital Spatial Profiler : Spatial Transcriptomics Assay with Bioinformatics Analysis
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_9
PMID:39900760
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研究方法章节 | 本章介绍了将组织微阵列与GeoMx数字空间分析仪整合的空间转录组学检测流程及生物信息学分析方法 | 将组织微阵列与GeoMx数字空间分析仪整合,结合生物信息学流程和统计方法,专门针对GeoMx RNA检测进行系统化方案描述 | 文中未涉及原始实验数据验证,主要参考GeoMx DSP指南和数据分析手册,相关文档持续更新需定期查阅最新版本 | 描述GeoMx数字空间分析仪的空间转录组学NGS检测方案及后续生物信息学分析流程 | 组织微阵列样本 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学,NGS | NA | 基因表达数据 | NA | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | GeoMx DSP RNA检测方案,整合组织微阵列,结合生物信息学分析流程和统计方法 |
| 1234 | 2026-10-08 |
Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_13
PMID:39900764
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研究方法 | 介绍使用SciDAP平台对单细胞多组学数据进行自动化分析的操作流程 | 利用基于CWL的可移植且可复现的流程,为不具备编程能力的生物学家提供无需编码的单细胞数据分析方案,解决了手动分析中数据量大、参数配置复杂和计算环境难以复现的问题 | 文中未明确说明该平台所支持的数据规模上限、流程覆盖的完整性以及与其他分析工具的对比性能 | 帮助不具备计算专业知识的生物学家便捷地分析单细胞测序数据 | scRNA-Seq、scATAC-Seq、scMultiome及scVDJ-Seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学测序, 单细胞VDJ测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学, 单细胞VDJ测序 | SciDAP | 基于Common Workflow Language (CWL)编写的可移植可复现流程 |
| 1235 | 2026-10-08 |
Bronchoalveolar lavage single-cell transcriptomics reveals immune dysregulations driving COVID-19 severity
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0309880
PMID:39928675
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研究论文 | 通过单细胞转录组学对COVID-19患者支气管肺泡灌洗液进行二次数据分析,揭示驱动疾病严重程度的免疫失调机制 | 利用单细胞转录组学对不同程度COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液进行系统性二次数据分析,全面揭示了中性粒细胞、巨噬细胞、树突状细胞、NK细胞和T细胞在重症COVID-19中的免疫失调机制,并发现了efferocytosis受损、NETs形成增强等新的潜在治疗靶点 | 本研究为二次数据分析,样本来源可能有限;未进行实验验证所发现的机制;未涉及COVID-19不同变异株的比较 | 揭示驱动COVID-19疾病严重程度的详细免疫机制,识别潜在治疗靶点 | 不同严重程度的COVID-19患者及健康对照者的支气管肺泡灌洗液(BALF) | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1236 | 2026-10-08 |
Single-cell stimulus-response gene expression trajectories reveal the stimulus specificities of dynamic responses by single macrophages
2024-11-07, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2024.09.023
PMID:39413794
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研究论文 | 该研究通过高分辨率时间序列单细胞RNA测序数据,重建了小鼠巨噬细胞响应六种刺激的实时单细胞基因表达轨迹,揭示了动态信息在巨噬细胞刺激响应特异性中的重要作用 | 首次生成高分辨率时间序列scRNA-seq数据并重建了单细胞基因表达轨迹(scGETs),发现动态信息对巨噬细胞刺激响应特异性有实质性贡献,且比单时间点测量更能清晰区分单个巨噬细胞的极化状态 | 研究仅基于小鼠巨噬细胞,未在人类细胞或体内环境中验证;scGETs推断依赖计算模型,可能存在偏差;仅测试了六种刺激,未涵盖所有免疫威胁 | 捕获单细胞诱导型基因表达动态,研究巨噬细胞刺激响应特异性及功能状态 | 小鼠巨噬细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1237 | 2026-10-08 |
Hybrid Oncocytic Tumors (HOTs) in Birt-Hogg-Dubé Syndrome Patients-A Tale of Two Cities: Sequencing Analysis Reveals Dual Lineage Markers Capturing the 2 Cellular Populations of HOT
2024-02-01, The American journal of surgical pathology
DOI:10.1097/PAS.0000000000002152
PMID:37994665
|
研究论文 | 通过对BHD综合征患者肾脏肿瘤及正常肾组织的bulk和单细胞RNA测序数据进行整合分析,发现L1CAM和LINC01187可作为HOT的诊断标志物,并揭示HOT中两种肿瘤上皮细胞群体的谱系特征 | 首次发现L1CAM(主细胞谱系标志物)和LINC01187(闰细胞谱系标志物)在BHD相关HOT中以独特的棋盘格模式互斥表达,这两种谱系标志物共同捕获了HOT中形态学上共存的两种不同肿瘤上皮细胞群体,可作为独立诊断标志物或组合面板用于HOT的诊断 | 摘要中未明确说明研究局限性 | 鉴定BHD相关混合嗜酸性肿瘤(HOT)的候选生物标志物,区分HOT与嫌色细胞肾细胞癌、肾嗜酸性细胞瘤及其他肾细胞癌亚型 | BHD综合征患者的肾脏肿瘤组织(包括HOT和chRCC)及正常肾组织 | 数字病理学 | 肾癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据, 图像 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1238 | 2026-10-07 |
Different regulatory mechanisms of hepatitis B- and C-positive hepatocellular carcinoma by single-cell RNA sequencing
2027-Feb, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2026.102289
PMID:42831089
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1239 | 2026-10-07 |
The role of cellular senescence in immune-metabolic features and prognosis of ovarian cancer: an integrated analysis based on single-cell sequencing and multi-omics data
2026-Dec, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-026-02343-3
PMID:42228240
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研究论文 | 本研究整合TCGA、GEO及单细胞RNA测序数据,系统分析衰老相关基因在卵巢癌异质性、预后及治疗相关特征中的作用。 | 整合单细胞测序与多组学数据,系统揭示衰老相关基因在卵巢癌分子亚型、免疫微环境及铂类耐药中的关联,并构建了八基因衰老相关预后风险模型。 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证和临床前瞻性验证,且各亚型间总生存期无显著差异。 | 阐明衰老相关基因在卵巢癌异质性、预后分层、铂类治疗反应及免疫微环境中的作用。 | 卵巢癌患者样本及正常卵巢组织,包括TCGA和GEO数据库中的卵巢癌队列及单细胞RNA测序数据。 | 机器学习, 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 多组学分析 | 共识聚类, 预后风险模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 临床数据 | TCGA卵巢癌队列及两个GEO卵巢癌队列,具体样本量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1240 | 2026-10-07 |
Combining network toxicology, single-cell RNA sequencing, and in vitro/in vivo experimental models reveals MMP9 as the key mediator of 27-hydroxycholesterol-driven ovarian cancer
2026-Nov-25, Chemico-biological interactions
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.cbi.2026.112317
PMID:42648424
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研究论文 | 该研究整合网络毒理学、多队列转录组验证、单细胞RNA测序及体内外实验,系统探究27-羟基胆固醇在卵巢癌中的作用,并确定MMP9为其关键分子介质 | 首次综合运用网络毒理学、单细胞RNA测序和体内外实验模型,揭示MMP9是27-羟基胆固醇驱动卵巢癌的关键介质,并通过分子对接和动力学模拟证实27-HC与MMP9的直接稳定互作 | 摘要未提及研究的局限性 | 系统研究27-羟基胆固醇在卵巢癌中的潜在作用,并识别关键分子介质 | 卵巢癌细胞及卵巢癌动物模型 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序、网络毒理学、转录组分析、分子对接、分子动力学模拟 | NA | 图像、文本 | 51个重叠靶点 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |