单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期不过滤] [清除筛选条件]
当前共找到 44757 篇文献,本页显示第 1181 - 1200 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1181 2026-10-10
RNA-aware tissue preservation workflows for high-quality spatial transcriptomics
2026-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用MERFISH技术,揭示不同组织保存方法中内源性RNase活性对空间转录组数据质量的影响,并提出一种RNA保护性组织保存新方法RIPIN,能在多种人或小鼠组织中实现高质量空间转录组测量 首次系统证明组织内源性RNase活性差异会决定空间转录组数据质量,并据此提出RNase活性导向的协议优化策略;同时开发出新型组织保存方法RIPIN,可快速稳定样本并兼容临床流程及冰冻或石蜡切片 摘要未明确说明该方法的局限性 改善组织保存流程以保护RNA完整性,从而提升空间转录组测量质量 多种人类和小鼠组织样本 空间转录组学 NA MERFISH NA 图像 NA NA 空间转录组学 NA NA
1182 2026-10-10
Reference-guided pseudotime inference across species and biological contexts
2026-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为Cavebear的机器学习框架,利用参考物种或条件的单细胞RNA测序时间序列数据,在查询物种或条件中进行伪时间推断 Cavebear是首个能够在没有可靠时间标签的物种或生物条件下,通过参考物种或条件的时间序列单细胞RNA测序数据指导伪时间推断的机器学习框架,实现了跨物种和跨生物条件的时间信息转移 摘要中未明确提及该研究的局限性 实现跨物种和生物条件的伪时间推断,以研究人类胚胎发育或疾病进展等过程中的细胞时间动态 单细胞RNA测序时间序列数据、人类胚胎发育细胞、疾病进展细胞、小鼠癌症发展模型 机器学习 癌症 单细胞RNA测序 机器学习框架 单细胞RNA测序时间序列数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1183 2026-10-10
Kintsugi decides, gene by gene, where spatial transcriptomics borrows information
2026-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出Kintsugi方法,通过留出分子数据驱动地决定每个基因在空间转录组学中从空间邻居和同一位置其他基因借用信息的程度。 去除了现有方法中预先固定的借用策略(如平滑尺度、细胞轮廓或因子模型),让留出分子逐个基因地决定借用多少信息。 摘要中未明确提及研究限制 改进亚细胞空间转录组学中基因表达组成的估计,避免固定借用策略对结果的限制。 肺切片(Xenium和Visium HD测量)、45核心肺纤维化队列 空间转录组学 肺纤维化 空间转录组学 NA 空间转录组数据 一个肺切片和45个肺纤维化核心样本 10x Genomics 空间转录组学 Xenium, Visium HD NA
1184 2026-10-10
Transcriptomic Characterization of Terminal Complement Complex-bound Cells in Human Choroid Using Single-Cell RNA Sequencing
2026-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用基于条形码抗体的单细胞RNA测序技术,在四个老年人类供体眼的RPE/脉络膜样本中,以单细胞分辨率测量膜攻击复合物(MAC)及其他表面蛋白的丰度,揭示了衰老人类脉络膜中MAC沉积和补体保护的模式 首次将基于条形码抗体的单细胞RNA测序方法应用于人类供体眼组织,实现同时检测基因表达和表面补体蛋白(MAC、CD55、CD59等),并在单细胞分辨率上揭示MAC在不同细胞类型中的沉积模式,结合免疫组化验证了MAC在脉络膜毛细血管周细胞上的沉积 样本量较小,仅纳入四个老年人类供体眼,可能无法充分代表人群多样性;单细胞RNA测序技术可能丢失部分细胞类型或低丰度转录本;未纳入年轻或早期AMD样本进行对比分析 利用单细胞RNA测序结合条形码抗体技术,在单细胞分辨率上表征人类脉络膜中与终末补体复合物结合的细胞,探究衰老脉络膜中MAC沉积和补体调节因子的表达模式 四个老年人类供体眼的RPE/脉络膜样本 数字病理学 年龄相关性黄斑变性 单细胞RNA测序、条形码抗体标记、免疫组化 NA 图像、文本 4个老年人类供体眼的RPE/脉络膜样本 NA 单细胞RNA测序 NA 基于条形码抗体的单细胞RNA测序方法,使用针对MAC、CD34、CD45、CD55和CD59的抗体
1185 2026-10-10
Reduction of forebrain interneurons alters cellular organization and cortical neurogenesis in a mouse model of X-linked intellectual disability
2026-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过条件性敲除小鼠模型,探究了Arx基因缺失对内侧神经节隆起来源中间神经元及皮层发育的影响 首次结合单细胞测序和空间转录组学,揭示了Arx缺失导致中间神经元减少后,通过细胞自主和非自主机制影响背侧皮层神经发生和细胞间通讯,进而导致皮层畸形 研究仅基于小鼠模型,且未涉及人类样本验证 探究Arx基因突变导致X连锁智力障碍及相关综合征的机制 条件性敲除雄性和杂合雌性小鼠的内侧神经节隆起来源中间神经元 神经科学 X连锁智力障碍 单细胞测序, 空间转录组学 条件性敲除小鼠模型 基因表达数据, 空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
1186 2026-10-10
PhenoMapR: scalable mapping of sample phenotypes to single-cell, spatial, and bulk transcriptomics data
2026-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出PhenoMapR,一种半监督方法,将bulk基因表达表型特征映射到单细胞和空间转录组数据,以关联样本表型与细胞类型或空间位置 整合大规模bulk表达研究的表型严谨性与单细胞和空间转录组的细胞和空间分辨率,能够映射二值、连续和生存表型到转录组数据模态,且计算高效可扩展 未明确提及 解决单细胞和空间转录组研究中样本量不足难以计算稳健统计关联的问题,实现样本表型与细胞类型或空间位置的映射 bulk基因表达研究中的样本表型、单细胞转录组数据、空间转录组数据 机器学习 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 半监督学习 基因表达数据 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
1187 2026-10-10
Spatial Logic and Evolutionary Innovation in Human Placentation
2026-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究生成了不同祖先背景妊娠的基底板和绒毛膜相关蜕膜区域的配对单核RNA测序和染色质可及性图谱,并结合空间转录组学与多重蛋白成像,揭示了母胎界面两个区域的细胞分化层级空间部署差异及现代人类特异调控创新 首次对母胎界面基底板和绒毛膜相关蜕膜区域进行大规模配对单核RNA-seq和染色质可及性分析,结合空间转录组学和多重蛋白成像,发现两个区域共享保守的细胞滋养层分化层级但空间部署不同,并鉴定DSC4蜕膜基质细胞亚型为抗侵袭屏障,发现NID2为祖先相关的EVT侵袭调节因子及其现代人类特异的启动子单倍型 摘要中未提及 探究母胎界面两个区域(基底板和绒毛膜膜相关蜕膜)在解剖和功能上如何分化,以及母胎界面的分子特征是否在不同人类群体中存在差异 不同祖先背景妊娠的母胎界面组织,包括基底板和绒毛膜膜相关蜕膜区域 单细胞组学 妊娠并发症 单核RNA测序,单核ATAC测序,空间转录组学,多重蛋白成像 NA 单细胞核转录组数据,染色质可及性数据,空间转录组数据,图像数据 不同祖先背景妊娠的母胎界面组织样本,具体数量未在摘要中提及 10x Genomics 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,空间转录组学 10x Chromium,10x Visium 10x Chromium单细胞多组学方案(单核RNA-seq和单核ATAC-seq),10x Visium空间转录组学
1188 2026-10-10
Systematic benchmarking of ambient RNA decontamination tools to advance precision in single-cell transcriptomic analysis
2026-09-08, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 该文章系统性地基准测试了七种环境RNA去污染工具,使用模拟和实验数据集评估其准确性、鲁棒性和灵敏度 首次系统性地基准测试多种环境RNA去污染工具,揭示了不同工具的优势和适用场景 未提及具体工具开发或新方法,仅评估现有工具;可能未涵盖所有可用工具 评估和比较环境RNA去污染工具的性能,以指导方法选择和提高单细胞转录组分析的可靠性 模拟和实验数据集,涵盖多种组织和物种 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA NA NA NA
1189 2026-10-10
Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Defines Two Immunologic Subtypes of Sjögren's Disease Distinguished by Anti-SSA Antibodies and Aberrant B Cell Populations
2026-Sep-07, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
研究论文 通过对333名参与者的150万个外周血单核细胞进行单细胞RNA测序和表面蛋白分析,揭示了干燥综合征的两种免疫亚型 首次基于单细胞RNA测序和表面蛋白分析定义干燥综合征的两种免疫内型,并发现过渡性B细胞是关键的生物标志物和治疗靶点 摘要中未提及研究局限性 全面表征与干燥综合征相关的外周免疫细胞状态,并识别能够实现更好患者分层的特征以用于靶向治疗 干燥综合征患者和症状性非干燥综合征对照者的外周血单核细胞 数字病理学 干燥综合征 单细胞RNA测序, 表面蛋白分析 NA 单细胞转录组数据, 蛋白质数据 333名参与者的150万个外周血单核细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1190 2026-10-10
Benchmarking copy number alteration inference methods for spatial transcriptomics
2026-09-05, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文对九种拷贝数变异推断方法在来自六种癌症类型和四种空间转录组学平台的69个空间转录组组织切片上进行了基准测试 首次系统性地对多种拷贝数变异推断方法在多样化的空间转录组学设置中进行基准测试,涵盖六种癌症类型和四种平台,评估了四个关键任务 没有一种方法在所有任务中一致优于其他方法,性能取决于分析目标和数据特征,且直接的空间基因组分析仍然困难 评估和比较从空间转录组学数据中推断拷贝数变异的不同计算方法,为实际应用中选择合适方法提供指导 来自六种癌症类型的69个空间转录组组织切片 数字病理学 肺癌、前列腺癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、胰腺癌 空间转录组学 NA 图像、文本 69个空间转录组组织切片 10x Genomics, NanoString, Illumina 空间转录组学 10x Visium, GeoMx DSP, Xenium NA
1191 2026-10-10
Systematic CRISPRi perturbation of 1,408 autism risk genes maps multilevel transcriptional convergence in human cortical neurons
2026-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究对1,408个自闭症风险基因进行CRISPRi Perturb-seq筛选,在人类胚胎干细胞来源的皮层神经元中通过单细胞RNA测序分析转录组效应,构建了自闭症转录组汇聚的多层次图谱 首次对1,408个自闭症风险基因进行大规模CRISPRi Perturb-seq系统性筛选,鉴定了215个全局转录失调基因,发现CHAMP1是Wnt信号通路的新型调控因子,并揭示了自闭症风险基因对皮层神经元分化速率的调控作用 研究使用的是人类胚胎干细胞来源的未成熟皮层神经元,可能无法完全反映成熟神经元的转录组特征及体内复杂环境下的基因互作 系统性解析自闭症谱系障碍中遗传异质性如何汇聚为共享的分子通路,建立多层次转录组汇聚图谱以指导治疗策略开发 人类胚胎干细胞来源的未成熟皮层神经元,1,408个自闭症谱系障碍风险基因 机器学习 自闭症谱系障碍 CRISPRi Perturb-seq, 单细胞RNA测序 NA 文本 1,408个自闭症风险基因的CRISPRi扰动,通过单细胞RNA测序分析 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
1192 2026-10-10
B-Cell Remodeling and Regulatory Phenotypes During Acute COVID-19 Are Unaffected by Polyclonal Anti-SARS-CoV-2 Antibody XAV-19
2026-Sep, European journal of immunology IF:4.5Q2
研究论文 本研究通过纵向免疫分析揭示了急性COVID-19期间B细胞的动态重塑和调节表型,并证明XAV-19抗体治疗对B细胞稳态无影响 首次系统揭示急性COVID-19期间调节性B细胞的动态变化,包括调节相关标志物PD-L1、CD9、颗粒酶B和IL-10的表达富集,以及干扰素驱动的记忆B细胞特征的出现,并证明糖基化人源化多克隆抗体XAV-19对B细胞稳态无影响 作为POLYCOR试验的免疫学子研究,样本量可能有限,且仅关注B细胞 compartment,未全面评估其他免疫细胞类型的响应 探究急性COVID-19期间调节性B细胞的动态变化及被动抗体治疗XAV-19对B细胞的影响 住院COVID-19患者 免疫学 COVID-19 光谱流式细胞术, 体外功能实验, 单细胞RNA测序 NA 流式细胞数据, 基因表达数据 NA NA single-cell RNA-seq NA NA
1193 2026-10-10
Single-Cell Transcriptomics Reveals the Immune Pathogenesis of Isolated Coronary Arteritis Presenting as Refractory In-Stent Restenosis
2026-Sep, JACC. Basic to translational science
研究论文 通过对再发支架内再狭窄(RISR)患者冠脉病变处血样进行单细胞RNA测序,揭示单核细胞AP-1信号通路在孤立性冠脉炎导致难治性支架内再狭窄中的免疫致病机制 首次在再发支架内再狭窄患者中通过单细胞转录组学揭示单核细胞AP-1转录活性上调是核心特征,并阐明CCL5-CCR1/p38 MAPK轴驱动AP-1激活、促进促炎因子释放及VSMC增殖表型转换的新机制,同时通过单核细胞特异性Fos敲低小鼠模型验证了其因果关系 未明确提及 阐明难治性复发性支架内再狭窄的细胞和分子机制,以促进潜在治疗靶点的发现 RISR患者和非ISR对照者的冠脉罪犯病变血样,以及单核细胞特异性Fos敲低小鼠颈动脉导丝损伤模型 数字病理学, 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 体外功能实验, 单核细胞-VSMC共培养, 小鼠颈动脉导丝损伤模型 NA 文本, 图像 RISR患者和非ISR对照者的冠脉血样(具体数量未提及),独立临床样本,小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1194 2026-10-10
A developmental single-cell atlas of the Drosophila visual system glia reveals cell type diversification and subcellular mRNA compartmentalization
2026-09, PLoS biology IF:7.8Q1
研究论文 该研究通过分析两个大规模单细胞mRNA测序图谱,全面注释了发育中果蝇视觉系统的胶质细胞,揭示了胶质细胞类型的多样化及亚细胞mRNA区室化 发现了神经毡胶质细胞在蛹期分化为鞘胶质细胞和星形胶质样细胞两种类型,并鉴定出调控该分化的遗传标记;意外发现胶质细胞胞体与突起的转录组存在差异,突起中富集特定mRNA并在体内验证;提出了一种新的计算方法来鉴定差异定位于胞体或细胞突起的mRNA种类 摘要中未明确提及研究局限性 全面理解果蝇视觉系统胶质细胞的发育过程和功能,揭示胶质细胞多样性的产生机制及亚细胞mRNA定位特征 发育中的果蝇视觉系统胶质细胞,涵盖幼虫至成虫阶段 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 文本 两个大规模单细胞mRNA测序图谱中的胶质细胞,涵盖幼虫至成虫阶段 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1195 2026-10-10
FZD7 Shapes Mitochondrial Function and Oxidative Stress in Hepatocellular Carcinoma: A Potential Prognostic Biomarker
2026 Sep-Oct, BioFactors (Oxford, England)
研究论文 该研究整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,识别肝细胞癌中氧化应激与线粒体代谢相关基因,构建预后模型并验证关键基因FZD7的功能 首次基于氧化应激与线粒体代谢相关基因构建肝细胞癌预后模型,并通过单细胞测序揭示C1/C2两种亚型的差异特征,同时实验验证FZD7对线粒体功能和氧化应激的调控作用 摘要中未明确说明研究的局限性,可能包括样本量有限、缺乏前瞻性验证以及FZD7具体分子机制的深入探讨不足 识别肝细胞癌中氧化应激与线粒体代谢相关的可靠预后生物标志物,并探索其作为治疗靶点的潜力 肝细胞癌患者的肿瘤样本及肝癌细胞系 机器学习 肝癌 bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq LASSO回归 文本, 图像 NA NA single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
1196 2026-10-10
Single-cell marker gene clustering: A unified deep learning framework for marker gene-based clustering of single-cell RNA-sequencing data
2026-Sep, Quantitative biology (Beijing, China)
研究论文 本文提出了scMGC,一个统一的深度学习框架,将去噪自编码器与多方法标记基因选择相结合,用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 首次提出整合去噪自编码器与多方法标记基因选择的统一框架,通过统一的标记基因评分系统平衡多种方法的贡献,实现了更准确、稳定且可解释的细胞亚群聚类 摘要中未明确提及该研究的局限性 解决单细胞RNA测序数据中高 dropout 率导致的稀疏和噪声表达数据问题,提高细胞聚类分析的准确性、稳定性和可解释性 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群 机器学习 NA 单细胞RNA测序 去噪自编码器、图聚类 基因表达数据 7个单细胞RNA测序数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1197 2026-10-10
Comparison of the biological effects of various radiation therapies for keloids by single-cell RNA sequencing reveals IRF1 as a novel target in keloid therapy
2026-Sep, Fundamental research IF:5.7Q1
研究论文 通过对接受三种放射治疗的原代瘢痕疙瘩成纤维细胞进行单细胞RNA测序,比较不同放射治疗的生物学效应,并揭示IRF1作为瘢痕疙瘩治疗的新靶点 首次在单细胞分辨率下比较不同放射治疗方式对瘢痕疙瘩成纤维细胞的分子改变和驱动转录因子,发现IRF1受SSBP1调控并可作为瘢痕疙瘩治疗的新靶点 仅使用原代瘢痕疙瘩成纤维细胞进行体外实验,缺乏体内动物模型和临床样本验证 比较不同放射治疗方式对瘢痕疙瘩的生物学效应并探索其分子机制 原代瘢痕疙瘩成纤维细胞 单细胞组学 瘢痕疙瘩 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1198 2026-10-10
Characterization of erythroblastic island and tissue macrophages using a novel CD169-tdTomato-Cre mouse model and scRNA-seq
2026-Sep, Blood red cells & iron
研究论文 该研究构建了CD169-tdTomato-Cre小鼠模型,并结合单细胞RNA测序、流式细胞术和细胞离心涂片分析,表征了红系岛巨噬细胞和各组织巨噬细胞的差异 首次构建了双功能CD169-tdTomato-Cre小鼠模型,可直接监测CD169表达并实现巨噬细胞特异性Cre重组,揭示了不同组织巨噬细胞在红细胞吞噬和铁回收方面 previously unknown 的差异 摘要中未明确提及研究局限性 研究巨噬细胞在红细胞生成和铁回收中的作用,以及不同组织巨噬细胞的差异 CD169-tdTomato-Cre小鼠模型、骨髓巨噬细胞、脾脏巨噬细胞、肝脏巨噬细胞、肺巨噬细胞等组织巨噬细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序、流式细胞术、细胞离心涂片分析 NA 基因表达数据、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1199 2026-10-10
From descriptive to generative: foundation-model approaches for spatial transcriptomics
2026-Sep-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
综述 本文提出了一个统一的概念框架“细胞如词,组织如句”,探讨大语言模型及其他基础模型方法如何应用于空间转录组学,以表征组织的空间组织 提出了“细胞如词,组织如句”的统一概念框架,将大语言模型和基础模型的上下文学习与生成能力应用于空间转录组学,并系统整合了Transformer、Mamba/状态空间模型及扩散模型在空间域识别、细胞间相互作用推断和跨模态对齐等任务中的应用 需要对扰动推断和时空推断进行严格验证 探讨基础模型方法(大语言模型等)如何从描述性分析转向生成性建模,以应用于空间转录组学的组织空间组织表征 空间转录组学数据及其相关的组织空间组织分析任务 空间转录组学 NA 空间转录组学 Transformer, Mamba/状态空间模型, 扩散模型 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1200 2026-10-10
HESTIA: scalable multimodal integration of histology and high-resolution spatial Transcriptomics for robust spatial domain identification
2026-Sep-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出HESTIA算法,用于大规模高分辨率空间组学数据中组织学与空间转录组的多模态整合,以识别空间域 通过规避内存密集计算,HESTIA能高效处理现有算法因内存限制而失败的大规模数据集,并在聚类准确性和空间连续性上超越现有方法 摘要未明确提及 实现组织学与高分辨率空间转录组学的可扩展多模态整合,以鲁棒地识别空间域 大规模高分辨率空间组学数据,包括肺癌和结直肠癌病理样本 数字病理学 肺癌, 结直肠癌 空间转录组学 NA 图像, 文本 大规模病理样本(肺癌和结直肠癌) NA NA NA NA
回到顶部