单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1181	2024-12-06	Single-cell RNA sequencing facilitates the elucidation of the complete biosynthesis of the antidepressant hyperforin in St. John's wort 2024-09-02, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2024.08.003 PMID:39135343	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了贯叶连翘中抗抑郁药物金丝桃素的完整生物合成途径	首次通过单细胞RNA测序技术识别出“Hyper细胞”，并鉴定出四种跨膜法尼基转移酶（HpPT1-4），完成了金丝桃素生物合成途径的完整重建	NA	揭示贯叶连翘中金丝桃素的完整生物合成途径	贯叶连翘中的金丝桃素生物合成	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	1.54 Gb的四倍体贯叶连翘基因组，组装成32条染色体
1182	2024-12-06	Learning Consistency and Specificity of Cells From Single-Cell Multi-Omic Data 2024-05, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3370868 PMID:38709615	研究论文	提出了一种基于自表示学习的多组学数据整合聚类算法sLMIC，用于整合单细胞表观基因组和转录组数据，提取细胞的一致性和特异性特征	提出了sLMIC算法，通过构建多层网络去除组学数据的异质性，并利用低秩和互斥约束分离细胞的自表示特征，明确表征组学数据的一致性和多样性	未提及	解决单细胞多组学数据整合分析中的异质性、复杂耦合和可解释性问题	单细胞表观基因组和转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞DNA甲基化测序、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	自表示学习模型	多组学数据	13个来自不同生物体和组织的多组学单细胞数据集
1183	2024-12-06	Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions 2024-01-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03159-6 PMID:38217002	研究论文	提出了一种新的统计方法niche-DE，用于分析空间转录组数据中的细胞类型特异性基因表达变化，并开发了niche-LR方法揭示细胞间相互作用的配体-受体信号机制	提出了niche-DE分析方法，能够识别特定空间微环境中特定细胞类型的差异表达基因，并开发了niche-LR方法揭示相关的配体-受体信号机制	NA	研究空间转录组数据中由细胞间相互作用驱动的局部基因表达变化	空间转录组数据中的细胞类型特异性基因表达变化	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
1184	2024-12-06	Machine learning-informed liquid-liquid phase separation for personalized breast cancer treatment assessment 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1485123 PMID:39628476	研究论文	本文开发了一种基于机器学习的液-液相分离（MDLS）模型，用于提高乳腺癌患者的预后准确性和个性化治疗策略	本文创新性地结合了多组学数据和机器学习算法，构建了一个具有高预测能力的MDLS模型，用于乳腺癌的个性化治疗评估	NA	开发一种新的机器学习模型，以提高乳腺癌患者的预后准确性和个性化治疗策略	乳腺癌患者及其分子机制	机器学习	乳腺癌	机器学习算法	MDLS模型	多组学和单细胞数据	9723名乳腺癌患者
1185	2024-12-06	Co-inhibition of PGF and VEGFA enhances the effectiveness of immunotherapy in bladder cancer 2024, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.100957 PMID:39628692	研究论文	研究探讨了在膀胱癌中联合抑制PGF和VEGFA对免疫治疗效果的增强作用	首次发现联合抑制PGF和VEGFA能够显著增强PD-1抑制剂在膀胱癌中的治疗效果	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人体中验证	探索在膀胱癌中抑制血管生成和免疫检查点阻断联合治疗的有效策略	膀胱癌细胞和血管生成相关分子	数字病理学	膀胱癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	使用了膀胱癌细胞系MBT2和人类脐静脉内皮细胞(HUVECs)
1186	2024-12-06	BATF2 inhibits the stem cell-like properties and chemoresistance of gastric cancer cells through PTEN/AKT/β-catenin pathway 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.98389 PMID:39629124	研究论文	研究探讨了BATF2通过PTEN/AKT/β-catenin通路抑制胃癌细胞的干细胞样特性和化疗耐药性	首次揭示了BATF2通过抑制ABCG2药物转运蛋白和促进PTEN稳定性来增强5-Fu敏感性，从而减少胃癌细胞的化疗耐药性和干细胞样特性	研究主要基于细胞培养和体外实验，尚未在临床试验中验证BATF2作为治疗靶点的有效性	探讨BATF2在胃癌中的肿瘤抑制作用及其对化疗耐药性和干细胞样特性的影响	胃癌细胞及其干细胞样特性和化疗耐药性	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	9个胃癌样本
1187	2024-12-06	Deciphering the effects of radiopharmaceutical therapy in the tumor microenvironment of prostate cancer: an in-silico exploration with spatial transcriptomics 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99516 PMID:39629134	研究论文	本文通过空间转录组学和计算建模研究放射性药物疗法在前列腺癌肿瘤微环境中的效果	本文首次将空间转录组学与计算建模结合，评估放射性药物疗法在肿瘤微环境中的剂量和细胞存活概率	研究仅基于两名前列腺癌患者的样本数据，且假设所有配体的药代动力学参数相似	探索放射性药物疗法在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量学和生物学影响	前列腺特异性膜抗原（PSMA）、成纤维细胞活化蛋白（FAP）和胃泌素释放肽受体（GRPR）标记的放射性药物	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	对流-反应-扩散（CRD）模型	基因表达数据	两名前列腺癌患者的初级组织样本
1188	2024-12-06	Heterogeneous murine peribiliary glands orchestrate compartmentalized epithelial renewal 2023-Dec-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.004 PMID:37909044	研究论文	研究了小鼠胆管外分支中的异质性腺体如何调控分隔化的上皮更新	首次揭示了胆管外分支上皮更新的细胞层次结构，并展示了不同位置的胆管细胞在维持腺体和表面上皮中的不同作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探究胆管外分支上皮更新的细胞机制	小鼠胆管外分支的腺体和上皮细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
1189	2024-12-06	Optimized single-cell RNA sequencing protocol to study early genome activation in mammalian preimplantation development 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102357 PMID:37314922	研究论文	本文介绍了一种改进的单细胞RNA测序协议，用于研究哺乳动物植入前发育中的早期基因组激活	提出了针对单细胞或有限RNA输入的基因表达研究的改进方法，包括不同的逆转录酶和cDNA扩增酶、改良的裂解缓冲液以及cDNA扩增前的额外清洁步骤	NA	研究哺乳动物植入前发育中的基因表达	单细胞RNA	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	单个细胞或数十到数百个细胞
1190	2024-12-06	CD4-/CD8- double-negative tumor-infiltrating lymphocytes expanded from solid tumor tissue suppress the proliferation of tumor cells in an MHC-independent way 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04823-x PMID:37165118	研究论文	研究从实体肿瘤组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）对肿瘤细胞增殖的抑制作用	首次详细研究了从胃癌组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性和功能，发现其具有广泛的抗癌细胞毒性，且这种毒性是MHC非依赖性的	研究主要集中在体外和异种移植模型中，尚未进行临床试验	探讨从实体肿瘤中提取的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性和功能	从胃癌组织中提取的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）	肿瘤学	胃癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	从胃癌组织中提取的DN-TILs，以及多种癌细胞系（如Panc-1、HGC-27、SKOV-3、A375）
1191	2024-12-06	The HDAC inhibitor domatinostat induces type I interferon α in Merkel cell carcinoma by HES1 repression 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04733-y PMID:37071208	研究论文	研究HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1表达诱导默克尔细胞癌中的I型干扰素α	首次揭示了HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1表达诱导I型干扰素α，从而在默克尔细胞癌中发挥抗肿瘤作用	研究仅限于特定的默克尔细胞癌细胞系和初级成纤维细胞，可能无法完全代表所有默克尔细胞癌的情况	探讨HDAC抑制剂domatinostat在默克尔细胞癌中的抗肿瘤机制	默克尔细胞癌细胞系和初级成纤维细胞	数字病理学	皮肤癌	RT-qPCR	NA	RNA	包括WaGa、MKL-1和UM-MCC 34细胞系以及初级成纤维细胞
1192	2024-12-06	Single-cell RNA-seq methods to interrogate virus-host interactions 2023-01, Seminars in immunopathology IF:7.9Q1 DOI:10.1007/s00281-022-00972-2 PMID:36414692	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在病毒-宿主相互作用研究中的应用	本文总结了scRNA-seq技术及其在抗病毒免疫中的应用，强调了其在理解病毒基因组和宿主反应异质性、感染细胞与旁观细胞的差异反应以及细胞间通信网络方面的重要作用	NA	探讨scRNA-seq技术在病毒-宿主相互作用研究中的应用及其在抗病毒治疗策略开发中的潜力	病毒与宿主细胞的相互作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
1193	2024-12-06	APOE4 impairs myelination via cholesterol dysregulation in oligodendrocytes 2022-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05439-w PMID:36385529	研究论文	研究探讨了APOE4基因对人类大脑的影响，特别是通过胆固醇稳态失调影响少突胶质细胞的髓鞘形成	首次通过单细胞转录组学分析揭示了APOE4对人类大脑所有细胞类型的广泛基因表达变化，并建立了APOE4、胆固醇、髓鞘形成和记忆之间的功能联系	研究主要基于死后人脑样本和诱导多能干细胞衍生的细胞，可能存在样本量和实验条件的限制	深入了解APOE4基因对人类大脑的影响，特别是其对髓鞘形成和记忆的影响，为阿尔茨海默病的治疗提供新的机会	APOE4基因携带者和非携带者的死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，以及靶向替换小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学分析，组织学和脂质组学分析	NA	基因表达数据，组织学和脂质组学数据	死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，靶向替换小鼠
1194	2024-12-06	CRISPRi screens in human iPSC-derived astrocytes elucidate regulators of distinct inflammatory reactive states 2022-11, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01180-9 PMID:36303069	研究论文	本研究通过CRISPR干扰筛选结合单细胞转录组学技术，系统研究了人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞在细胞因子诱导下的炎症反应机制	首次系统性地揭示了IL-6和干扰素信号通路在NF-κB激活下游驱动两种不同的炎症反应特征，并验证了这些特征在不同实验模型中的普遍性	研究主要基于体外模型和转基因小鼠模型，尚未在临床样本中广泛验证	揭示星形胶质细胞在炎症反应中的分子调控机制，为开发针对性治疗策略提供理论基础	人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞及其在炎症反应中的分子调控机制	细胞生物学	神经退行性疾病	CRISPR干扰筛选、单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞和小鼠模型
1195	2024-12-06	3D chromatin maps of the human pancreas reveal lineage-specific regulatory architecture of T2D risk 2022-09-06, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2022.08.014 PMID:36070683	研究论文	研究通过生成人类胰腺腺泡细胞、α细胞和β细胞的单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和高分辨率Hi-C数据，揭示了T2D风险的细胞类型特异性调控架构	首次利用3D染色质组织图谱揭示了胰腺不同细胞类型在T2D风险中的特异性调控机制	研究主要集中在胰腺细胞类型，未涵盖其他可能影响T2D的细胞类型	理解糖尿病风险的细胞类型特异性调控架构	人类胰腺的腺泡细胞、α细胞和β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、高分辨率Hi-C	NA	基因组数据	4,750个潜在的因果变异-目标基因对，涉及194个T2D GWAS信号
1196	2024-12-06	Severe COVID-19 patients display hyper-activated NK cells and NK cell-platelet aggregates 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.861251 PMID:36275702	研究论文	研究分析了COVID-19患者血液中自然杀伤细胞（NK细胞）的表型和活性，发现严重COVID-19患者显示出超激活的NK细胞和NK细胞-血小板聚集体	首次揭示了严重COVID-19患者中NK细胞的超激活状态及其与血小板形成的聚集体，为理解SARS-CoV-2的抗病毒免疫和疾病病理提供了新的视角	研究样本主要集中在住院患者，未涵盖轻症或无症状患者，可能影响结果的普适性	探讨COVID-19患者中NK细胞的表型变化及其在疾病病理中的作用	COVID-19患者的NK细胞及其与血小板的相互作用	免疫学	COVID-19	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞毒性杀伤实验	NA	血液样本	包括住院的COVID-19患者、重症COVID-19患者和出院六周后的COVID-19患者
1197	2024-12-06	Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 reveals multi-process defects in antiviral immunity 2021-05, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-021-00681-2 PMID:33972731	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了重症COVID-19患者血液抗原呈递细胞的免疫缺陷	揭示了重症COVID-19患者抗原呈递细胞中抗病毒免疫防御的多重缺陷机制	研究样本量较小，仅包括15名患者和4名健康对照	探讨重症COVID-19患者抗原呈递细胞的免疫缺陷机制	重症COVID-19患者的血液抗原呈递细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	15名重症COVID-19患者和4名健康对照
1198	2024-12-05	Endothelial Angpt2 Promotes Adipocyte Progenitor Cells Maturation to Increase Visceral Adipose Tissue Accumulation 2025-Jan, Diabetes/metabolism research and reviews DOI:10.1002/dmrr.70012 PMID:39628006	研究论文	研究探讨了内皮细胞Angpt2在促进脂肪前体细胞成熟和内脏脂肪组织积累中的作用	揭示了JAK1/STAT3信号通路激活下内皮细胞分泌的Angpt2通过整合素-α5β1信号促进脂肪前体细胞从MSLN表型向CFD表型转变，从而促进内脏脂肪组织积累的新机制	研究样本量较小，且仅限于肥胖和糖尿病患者，可能影响结果的普适性	探究内脏脂肪组织积累的具体机制	内脏脂肪组织、内皮细胞、脂肪前体细胞	NA	肥胖	单细胞RNA测序(scRNAseq)、PCR、WB、免疫荧光染色、流式细胞术	NA	基因表达数据	13个内脏脂肪组织样本，来自5名肥胖和糖尿病患者、9名肥胖患者和1名正常BMI个体
1199	2024-12-05	Artesunate remarkably alleviates interstitial cystitis/bladder pain syndrome in a murine model: Novel molecular signature deciphered by bulk tissue and single-cell transcriptomic analysis 2024-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401909R PMID:39620925	研究论文	研究了青蒿琥酯在减轻小鼠间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征中的作用，并通过bulk组织和单细胞转录组分析揭示了新的分子特征	首次使用单细胞RNA测序探索间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征小鼠模型的免疫微环境，并研究青蒿琥酯治疗的可能分子机制	需要进一步研究以确认青蒿琥酯在间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者中的效果	探索更有效的间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征治疗方法	小鼠间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征模型	NA	泌尿系统疾病	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	小鼠模型
1200	2024-12-05	Transcriptional reprogramming primes CD8+ T cells toward exhaustion in Myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome 2024-Dec-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2415119121 PMID:39621903	研究论文	研究探讨了肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征（ME）中CD8+ T细胞的转录重编程和耗竭状态	首次通过多组学分析揭示了ME中CD8+ T细胞的耗竭状态，并验证了耗竭标志物的表达	研究仅限于特定T细胞亚群和症状诱发后的分析，未涵盖所有免疫细胞类型	研究ME中T细胞失调的基因调控状态，并探讨T细胞耗竭在疾病中的作用	ME患者的CD8+ T细胞及其亚群	免疫学	肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征	单细胞RNA测序、RNA测序、ATAC测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	多个ME患者的T细胞样本