单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-17	Mendelian randomization combined with single-cell sequencing data analysis of chemokines and chemokine receptors and key genes and molecular mechanisms associated with epilepsy 2025-Apr-29, Neuroreport IF:1.6Q4 DOI:10.1097/WNR.0000000000002168 PMID:40298633	研究论文	该研究通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，探讨了趋化因子及其受体相关基因在癫痫中的功能和潜在调控机制	结合孟德尔随机化和单细胞测序技术，识别了与癫痫相关的关键基因和细胞类型，并预测了潜在治疗药物	未提及样本来源的具体限制或潜在的实验验证不足	探索趋化因子及其受体相关基因在癫痫中的功能和调控机制	趋化因子及其受体相关基因、癫痫患者细胞	生物信息学	癫痫	孟德尔随机化、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	涉及6个细胞簇的6395个差异表达基因
102	2025-05-17	Supplementation of Forskolin and Linoleic Acid During IVC Improved the Developmental and Vitrification Efficiency of Bovine Embryos 2025-Apr-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094151 PMID:40362390	研究论文	本研究评估了在体外培养（IVC）中添加福斯高林和亚油酸（FL）对牛胚胎冷冻存活、脂质含量和玻璃化过程中生存能力的影响	首次使用脂质代谢组学和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术揭示了FL通过调节脂质代谢降低胚胎脂滴含量，从而提高冷冻存活率的机制	研究仅针对牛胚胎，结果可能不适用于其他物种	提高体外培养牛胚胎的发育能力和玻璃化效率	牛胚胎	生殖生物学	NA	脂质代谢组学, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	脂质组学数据, 基因表达数据	726种已鉴定脂质（26种差异表达），1079个差异表达基因（DEGs）
103	2025-05-17	Deciphering Anticancer Mechanisms of Calycosin in Lung Adenocarcinoma Through Multi-Omics: Targeting SMAD3-Mediated NOTCH Signaling in the Tumor Microenvironment 2025-Apr-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17091455 PMID:40361382	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了毛蕊花素在肺腺癌中的抗癌机制，特别是通过靶向SMAD3介导的NOTCH信号通路在肿瘤微环境中的作用	首次揭示了毛蕊花素通过靶向SMAD3调控NOTCH信号通路在单核细胞/巨噬细胞中的作用，从而抑制肿瘤生长、侵袭和免疫逃逸	研究主要基于体外和计算分析，缺乏体内实验验证	探究毛蕊花素在肺腺癌中的抗癌机制	肺腺癌（LUAD）及其肿瘤微环境	肿瘤学	肺癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序、网络药理学、分子对接	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
104	2025-05-17	Identification and Exploration of Pyroptosis-Related Genes in Macrophage Cells Reveal Necrotizing Enterocolitis Heterogeneity Through Single-Cell and Bulk-Sequencing 2025-Apr-24, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094036 PMID:40362275	研究论文	本研究通过单细胞和批量测序技术，识别和探索了巨噬细胞中与细胞焦亡相关的基因，揭示了坏死性小肠结肠炎（NEC）的异质性	发现了一个新的巨噬细胞亚群，并阐明了TREM1在NEC进展中促进细胞焦亡的生物学功能和分子机制	研究中提到的五个潜在诊断标记基因未在摘要中具体列出，可能影响结果的验证和应用	识别与NEC和细胞焦亡相关的细胞群和基因，探索潜在的治疗靶点	坏死性小肠结肠炎（NEC）患者和THP-1细胞	数字病理学	坏死性小肠结肠炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、免疫荧光染色、PCR、Western blot	NA	RNA测序数据、图像数据	未明确说明具体样本数量，涉及NEC患者肠道组织和THP-1细胞
105	2025-05-17	New Insights and Implications of Cell-Cell Interactions in Developmental Biology 2025-Apr-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093997 PMID:40362237	综述	本文综述了2008年至2023年间与发育生物学相关的细胞间相互作用(CCIs)研究，系统收集和分类了93种分析工具和39个数据库，并通过案例研究展示了其实际应用	利用高通量技术如单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学(ST)系统解析细胞间调控网络，并构建了全面的数据库和分析框架	当前分析框架在空间定位和单细胞分辨率下跨膜状态验证方面存在解释性限制	推动发育生物学中细胞间相互作用(CCIs)研究的应用和临床转化	细胞间相互作用(CCIs)及其在胚胎发育中的调控网络	发育生物学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST)	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
106	2025-05-17	Exploring the Role of Circadian Rhythm-Related Genes in the Identification of Sepsis Subtypes and the Construction of Diagnostic Models Based on RNA-seq and scRNA-seq 2025-Apr-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093993 PMID:40362233	研究论文	探讨昼夜节律相关基因在脓毒症亚型识别及基于RNA-seq和scRNA-seq的诊断模型构建中的作用	首次基于昼夜节律相关基因识别脓毒症亚型，并利用多种机器学习算法构建诊断模型	研究依赖于公共数据库数据，未进行独立队列验证	识别脓毒症亚型并构建诊断模型	脓毒症患者和对照组的基因表达数据	生物信息学	脓毒症	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR	随机森林, 支持向量机, 广义线性模型, xgboost	基因表达数据	来自GEO数据库的脓毒症和对照组RNA-seq数据集
107	2025-05-17	Dual Disruption of EGFR/PI3K Signaling: IGF2BP2 Targeting Reverses Anti-EGFR Resistance in CAFs-Infiltrated Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-Apr-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093941 PMID:40362183	研究论文	本研究探讨了RNA结合蛋白IGF2BP2在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的致癌作用及其作为治疗靶点的潜力	首次发现IGF2BP2通过m6A依赖机制稳定EGFR和PIK3R1 mRNA，同时靶向EGFR/PI3K信号通路克服抗EGFR耐药性	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未进行临床验证	探索OSCC中RNA结合蛋白的调控机制并开发新的治疗策略	口腔鳞状细胞癌细胞和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq、单细胞RNA-seq、RIP-seq、RIP/MeRIP-qPCR、双荧光素酶报告基因检测	小鼠异种移植模型和基因敲除小鼠模型	RNA测序数据和蛋白质相互作用数据	未明确说明具体样本数量，涉及组织微阵列、体外细胞实验和小鼠模型
108	2025-05-17	Spatial Omics in Clinical Research: A Comprehensive Review of Technologies and Guidelines for Applications 2025-Apr-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093949 PMID:40362187	review	本文全面综述了空间组学技术在临床研究中的应用及其相关指南	整合分子分析与空间组织背景，提供高分辨率的基因表达、蛋白质相互作用和表观遗传修饰分析	数据复杂性和整合方面存在挑战	探讨空间组学技术在疾病机制和治疗反应中的应用	癌症、神经学和免疫学领域	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, proteomics, epigenomics	NA	molecular data, spatial data	NA
109	2025-05-17	Paeonol Relieves Chronic Neuropathic Pain by Reducing Communication Between Schwann Cells and Macrophages in the Dorsal Root Ganglia After Injury 2025-Apr-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093964 PMID:40362205	研究论文	本研究探讨了芍药醇通过减少损伤后背根神经节中雪旺细胞与巨噬细胞之间的通讯来缓解慢性神经性疼痛的机制	揭示了芍药醇通过抑制IL-34-CSF1R相互作用来减轻神经性疼痛的新机制	研究仅在大鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	探究芍药醇治疗神经性疼痛的机制	雪旺细胞、巨噬细胞和SD大鼠	神经科学	神经性疼痛	scRNA-seq、ELISA、PCR、western blot、免疫组织化学、免疫荧光分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、行为数据	32只SD大鼠
110	2025-05-17	CAF-derived exosomal LINC01711 promotes breast cancer progression by activating the miR-4510/NELFE axis and enhancing glycolysis 2025-Apr-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402024RRR PMID:40172996	research paper	该研究揭示了乳腺癌相关成纤维细胞（CAFs）通过外泌体传递长链非编码RNA LINC01711，通过miR-4510/NELFE轴激活TXN，从而增强乳腺癌细胞的糖酵解作用	发现了CAF来源的外泌体中LINC01711通过miR-4510/NELFE轴调控TXN的新机制，并阐明了其对乳腺癌细胞糖酵解和恶性行为的促进作用	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据分析，缺乏体内实验验证	探索CAF来源外泌体在乳腺癌进展中的分子机制	乳腺癌细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞测序、维度降低、聚类分析、细胞注释	NA	单细胞测序数据	NA
111	2025-05-17	Single cell-resolved cellular, transcriptional, and epigenetic changes in mouse T cell populations linked to age-associated immune decline 2025-Apr-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2425992122 PMID:40163732	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、ATAC测序和TCR测序，全面分析了小鼠脾脏T细胞在不同年龄阶段的细胞、转录和表观遗传变化	首次在多时间点对小鼠脾脏T细胞进行了全面的单细胞多组学分析，揭示了年龄相关的T细胞功能衰退的分子机制	研究仅针对小鼠模型，人类T细胞衰老可能存在差异	阐明衰老过程中T细胞生物学特性的变化及其分子机制	小鼠脾脏T细胞	免疫学	老年性疾病	单细胞RNA测序、ATAC测序、TCR测序	NA	单细胞多组学数据	10个不同年龄组的小鼠脾脏T细胞
112	2025-05-17	Dual genetic tracing demonstrates the heterogeneous differentiation and function of neuromesodermal progenitors in vivo 2025-Apr-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2402305122 PMID:40178900	research paper	该研究开发了一种双重组酶介导的遗传系统，用于追踪和消融BrachyurySox2神经中胚层祖细胞（NMPs），并揭示了NMPs在胚胎发育中的异质性和功能	开发了双重组酶介导的遗传系统，首次在体内追踪和功能评估NMPs，揭示了NMPs由三种不同的单能和双能祖细胞群组成	目前缺乏有效的遗传工具用于NMPs的谱系追踪和功能评估	研究神经中胚层祖细胞（NMPs）在胚胎发育中的异质性分化及其功能	神经中胚层祖细胞（NMPs）	发育生物学	NA	双重组酶介导的遗传系统、单细胞RNA测序	NA	遗传数据、RNA测序数据	NA
113	2025-05-17	Single-cell transcriptome integrated with genome-wide association study reveals heterogeneity of carotid and femoral plaques and its association with plaque stability 2025-Apr-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-96434-4 PMID:40189611	研究论文	通过单细胞转录组与全基因组关联研究整合，揭示了颈动脉和股动脉斑块的异质性及其与斑块稳定性的关联	首次结合单细胞转录组和全基因组关联研究分析颈动脉和股动脉斑块的异质性，并识别与斑块栓塞相关的关键基因和细胞类型	研究样本量未明确说明，且仅关注了颈动脉和股动脉斑块，未涵盖其他血管部位的斑块	探究颈动脉和股动脉斑块的基因/细胞表达差异及其与斑块栓塞的关系	颈动脉和股动脉斑块	数字病理学	心血管疾病	sc-RNA-seq, bulk RNA-seq	7种机器学习模型（未具体说明）	单细胞转录组数据、批量RNA数据	NA
114	2025-05-17	A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate 2025-Apr-07, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102819 PMID:40192104	research paper	该研究通过单细胞RNA测序构建了小鼠胚胎颅神经板闭合过程中基因表达的时空图谱	首次系统分析了颅神经管闭合过程中空间调控的细胞命运和行为的转录变化，揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同调控程序	研究仅聚焦于小鼠模型，人类或其他哺乳动物的相关机制可能有所不同	探究哺乳动物大脑形成过程中颅神经板区域化和形态发生的分子机制	小鼠胚胎颅神经板	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本
115	2025-05-17	Single-cell transcriptomics reveals liver developmental trajectory during lineage reprogramming of human induced hepatocyte-like cells 2025-Apr-06, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05677-x PMID:40188417	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术探索了人类诱导肝细胞样细胞在谱系重编程过程中的肝发育轨迹	发现重编程后期阶段模拟了肝脏自然发育轨迹，鉴定了CD24和DLK1作为两种不同肝祖细胞群的表面标志物，并揭示了HNF4A和HHEX转录因子在肝细胞与肠细胞命运决定中的关键作用	NA	研究肝细胞特异性基因调控网络在诱导肝细胞生成过程中的建立机制	人类诱导肝细胞(hiHeps)	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	NA	单细胞转录组数据	NA
116	2025-05-17	Single-cell transcriptional responses of T cells during microsporidia infection 2025-Apr-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07990-4 PMID:40185986	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠脾脏T细胞在小孢子虫感染期间的转录反应	首次全面分析了小孢子虫感染期间T细胞亚群的激活和扩增情况，并识别了特定基因表达模式	仅在小鼠模型中进行研究，未涉及人类或其他动物模型	探究小孢子虫感染期间T细胞的反应机制	小鼠脾脏T细胞	免疫学	小孢子虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量，研究对象为小鼠脾脏T细胞
117	2025-05-17	Machine learning-based in-silico analysis identifies signatures of lysyl oxidases for prognostic and therapeutic response prediction in cancer 2025-Apr-05, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02176-1 PMID:40186284	research paper	该研究通过机器学习方法全面评估了LOX/LOXL家族在癌症中的表达，并开发了基于LOX/LOXL的预后模型	开发了一种新的胶质瘤预后模型，并发现了LOXL2过表达的恶性细胞群在复发性胶质瘤中的作用	研究主要基于公共数据集，可能缺乏实验验证	评估LOX/LOXL家族在癌症中的表达及其在预后和治疗反应预测中的潜在价值	33种癌症类型，特别是胶质瘤	machine learning	cancer	bulk and single-cell RNA sequencing	10 machine-learning algorithms	RNA sequencing data	来自GEO、CGGA和TCGA的六个数据集
118	2025-05-17	PRMT5 deficiency in myeloid cells reprograms macrophages to enhance antitumor immunity and synergizes with anti-PD-L1 therapy 2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011299 PMID:40187753	研究论文	本文研究了PRMT5在骨髓细胞中的缺失如何重编程巨噬细胞以增强抗肿瘤免疫，并与抗PD-L1疗法协同作用	揭示了PRMT5通过STAT6-PPARγ途径调控脂质代谢和巨噬细胞极化的新机制，并提出了PRMT5抑制与抗PD-L1疗法联合治疗的新策略	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索PRMT5在巨噬细胞生物学中的作用及其在癌症免疫治疗中的潜力	骨髓细胞、巨噬细胞和肿瘤微环境	癌症免疫治疗	癌症	单细胞转录组分析、批量转录组学、PRMT5特异性抑制剂	小鼠模型	转录组数据	NA
119	2025-05-17	Conformation-sensitive targeting of CD18 depletes M2-like tumor-associated macrophages resulting in inhibition of solid tumor progression 2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011422 PMID:40187756	研究论文	本文研究了新型肽药物偶联物TB511通过靶向M2样肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的激活CD18蛋白，抑制实体瘤进展的机制	发现激活CD18作为M2-TAMs的新靶点蛋白，并阐明TB511通过结合CD18诱导M2-TAMs凋亡的抗癌机制	未明确TB511在其他类型肿瘤中的适用性及潜在副作用	开发靶向M2-TAMs的癌症免疫治疗新策略	结直肠癌（CRC）、非小细胞肺癌（NSCLC）和胰腺导管腺癌（PDAC）模型中的M2样肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫治疗	结直肠癌、非小细胞肺癌、胰腺癌	LC-MS/MS分析、表面等离子共振、肽-蛋白相互作用3D建模、空间转录组学	小鼠模型和人源化小鼠模型	蛋白质组学数据、转录组学数据	多种实体瘤小鼠模型（具体数量未说明）
120	2025-05-17	scRNA-seq uncovers the transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages 2025-Apr-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57837-z PMID:40188181	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫及其宿主的转录变化	首次使用scRNA-seq技术揭示了E. intestinalis寄生虫在人类巨噬细胞中的生命周期转录动态及其与宿主的相互作用	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境下的复杂相互作用	探究E. intestinalis寄生虫感染人类巨噬细胞时的转录动态及宿主反应	Encephalitozoon intestinalis寄生虫和人类巨噬细胞	微生物学与免疫学	机会性感染疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量（体外培养的人类巨噬细胞与寄生虫）