本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-06-11 |
Clinical and immunological implications of lymphocyte-activation gene 3 expression in metastatic colorectal cancer
2026-Mar-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-026-04344-9
PMID:41774207
|
研究论文 | 研究淋巴细胞激活基因3在转移性结直肠癌中的表达及其临床和免疫学意义 | 首次系统评估LAG3在转移性结直肠癌中的预后作用及其免疫微环境背景,发现Galectin-9-TIM-3信号在LAG3阳性CD8⁺ T细胞中独特存在 | 回顾性研究设计,样本量相对较小,缺乏功能验证实验 | 阐明LAG3表达对转移性结直肠癌的预后影响及其在免疫微环境中的生物学作用 | LAG3表达及其与转移性结直肠癌患者预后及免疫微环境的关系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 图像、转录组数据、单细胞数据 | 144名转移性结直肠癌患者,23例韩国结直肠癌样本的单细胞RNA测序数据 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 基于TCGA COADREAD队列的转录组数据及23例韩国结直肠癌样本的单细胞RNA测序 |
| 82 | 2026-06-11 |
Integrated scRNA-seq and bulk transcriptomics identify an amino acid metabolism-associated prognostic signature and highlight FUS as a potential driver in prostate cancer progression
2026-Mar-02, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-026-01824-0
PMID:41766003
|
研究论文 | 整合单细胞和批量转录组学数据,识别与氨基酸代谢相关的预后标志并揭示FUS在前列腺癌进展中的潜在驱动作用 | 首次通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据,结合机器学习构建了一个9基因的氨基酸代谢风险特征,并发现FUS作为新的致癌调控因子 | 未明确说明 | 探究氨基酸代谢对前列腺癌预后的影响并开发风险分层模型 | 前列腺癌患者样本、细胞系、小鼠模型 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、多组学分析(SCENIC、CellChat、伪时间轨迹) | 机器学习模型(具体类型未明确) | 基因表达数据 | TCGA和独立GEO队列(具体样本数量未明确) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq) | 10x Chromium | 单细胞RNA测序分析 |
| 83 | 2026-06-11 |
IFN signaling at the nexus of the radiotherapy response in malignant peripheral nerve sheath tumors
2026-Mar-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI202266
PMID:41766655
|
研究论文 | 该文章整合功能基因组学、单细胞转录组学和人类肿瘤分析,揭示I型IFN信号在恶性外周神经鞘瘤放射治疗反应中的核心协调作用 | 首次证明I型IFN信号同时调控MPNST的肿瘤内在放射敏感性和T细胞局部募集与激活,确立IFN信号作为放疗反应的中央协调者 | 未提及具体局限性 | 阐明IFN信号在恶性外周神经鞘瘤放射治疗反应中的整合调控作用 | 恶性外周神经鞘瘤(MPNSTs) | 数字病理学 | 恶性外周神经鞘瘤 | 功能基因组学、单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、人类肿瘤数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 84 | 2026-06-11 |
IFN signaling is associated with radiotherapy response in malignant peripheral nerve sheath tumors
2026-Mar-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI195652
PMID:41766654
|
研究论文 | 结合大量和单细胞转录组学、全基因组CRISPR干扰筛选及多平台分子分析,探究恶性周围神经鞘瘤放疗反应中的IFN信号传导机制 | 首次揭示I型IFN信号传导在MPNST放疗反应中起功能性介导作用,并证明宿主T细胞和完整肿瘤IFN受体信号对放疗疗效至关重要 | 未提及具体限制 | 解析恶性周围神经鞘瘤放疗反应异质性的生物学机制 | MPNST细胞、小鼠同种异体移植模型及患者样本 | 数字病理学 | 恶性周围神经鞘瘤 | RNA-seq, CRISPR干扰筛选, 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未提及具体样本量 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2026-06-11 |
Macrophage-rich niches regulate T cell dynamics at the liver invasive margin during gallbladder cancer progression
2026-Mar-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI193672
PMID:41766656
|
研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学分析了胆囊癌进展中肝侵犯区域的巨噬细胞丰富免疫细胞生态位对T细胞动态的调控作用 | 首次揭示了肝侵犯区域CXCL9+巨噬细胞丰富的免疫细胞生态位中两种亚型(CT和CC生态位)通过不同机制分别促进CD8+ T细胞招募和耗竭,并发现CXCL9与LGALS4的表达组合可作为预后和免疫治疗反应的生物标志物 | 该研究主要基于组织样本的转录组分析,缺乏功能性验证实验来直接证实巨噬细胞生态位与T细胞相互作用的因果机制 | 探索胆囊癌肝侵犯过程中肿瘤-肝脏界面微环境的细胞组成和基因表达调控机制 | 胆囊癌患者肿瘤及邻近肝组织的微环境细胞 | 数字病理学 | 胆囊癌 | 单细胞转录组学,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,组织图像 | 未在标题和摘要中明确说明样本量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序,10x Visium用于空间转录组学分析 |
| 86 | 2026-06-11 |
Single-cell transcriptomics reveal heat shock protein dysregulation in severe SARS-CoV-2-associated pediatric encephalopathy
2026-Mar-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-41827-2
PMID:41772029
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示严重SARS-CoV-2相关儿童脑病中热休克蛋白失调 | 首次在单细胞水平上鉴定热休克蛋白HSPA1A和HSPB1在严重SARS-CoV-2相关脑病急性期的选择性上调,并证实其作为生物标志物的潜力 | 样本量有限,仅基于一名严重患者与两名轻度患者的数据,且未进行功能验证实验 | 探究严重SARS-CoV-2相关儿童急性脑病的致病机制 | 外周血单个核细胞 | 数字病理学 | SARS-CoV-2相关儿童脑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1名严重患者、2名轻度患者、1名非SARS-CoV-2发热惊厥患者及公开儿科COVID-19数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 87 | 2026-06-11 |
Epitope-spanning antigenic variation reprograms immunodominance and broadens immunity in sequential influenza vaccination
2026-Mar-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70202-y
PMID:41771913
|
研究论文 | 本研究显示在连续流感疫苗接种中,通过针对血凝素头部多个表位进行靶向变异,可以重新编程表位层级,将回忆反应转向保守的亚显性表位,从而扩大免疫宽度并增强交叉保护 | 首次提出通过表位跨越性抗原变异重塑免疫显性层级,将免疫回忆从显性表位转向保守的亚显性表位,从而克服免疫印记对流感疫苗广谱保护的限制 | 研究基于雪貂模型,需进一步在人类临床试验中验证该策略的有效性和安全性 | 探索通过靶向抗原变异重塑表位层级,以克服免疫印记限制并提高流感疫苗的交叉保护能力 | 雪貂模型,用于模拟人类免疫印记样回忆反应的A(H3N2)流感病毒连续疫苗接种 | 计算机视觉 | NA | 单细胞转录组学、ELISpot检测、表位作图、结构分析 | NA | 转录组数据、ELISpot数据 | 雪貂模型中的多个实验组,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组分析用于扩增的生发中心B细胞和Th1反应检测 |
| 88 | 2026-06-11 |
M[Formula: see text]DGAT: Multi-view multi-scale dynamic graph attention network(GAT) based prediction of Parkinson's disease(PD) progression using whole-blood RNA sequencing data
2026-Mar-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-40636-x
PMID:41771960
|
研究论文 | 提出一种多视图多尺度动态图注意力网络,基于全血RNA测序数据预测帕金森病进展 | 首次结合多视图、多尺度与动态图注意力网络,并通过计数草图双线性融合策略整合时间和空间视图 | 尚未说明在更大人群或不同疾病中的泛化能力 | 预测神经退行性疾病的疾病进展轨迹 | 帕金森病患者的全血RNA测序数据 | 机器学习和数字病理学 | 帕金森病 | RNA测序 | 动态图注意力网络(DGAT) | 转录组数据(RNA测序数据) | 使用PPMI和PDBP两个队列的数据 | NA | 批量RNA测序 | NA | NA |
| 89 | 2026-06-11 |
Microglial CR3-mediated synaptic pruning in the dmPFC promotes the generation and maintenance of chronic muscle pain via glutamatergic dysfunction
2026-Mar, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-026-01666-7
PMID:41765955
|
研究论文 | 该论文通过多种技术手段揭示了慢性肌肉痛大鼠背内侧前额叶皮质中小胶质细胞CR3介导的突触修剪通过谷氨酸能功能障碍促进疼痛的产生和维持 | 首次阐明小胶质细胞CR3依赖的突触修剪抑制谷氨酸能神经元兴奋性和突触可塑性在慢性肌肉痛产生和维持中的关键作用,揭示了小胶质细胞-神经元相互作用新机制 | 研究主要基于大鼠模型,结果向人类转化可能需要进一步验证 | 探究慢性肌肉痛产生和维持的复杂机制 | 慢性肌肉痛大鼠模型 | 神经科学 | 慢性肌肉痛 | 纤维光度法、膜片钳、场电位记录、光遗传化学遗传激活、单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光 | NA | 电生理数据、基因表达数据、荧光成像数据 | 慢性肌肉痛大鼠模型(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 90 | 2026-06-11 |
Integrating feature selection with unsupervised deep embedding for clustering single-cell RNA-seq data
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag082
PMID:41766647
|
研究论文 | 提出了一种联合特征选择与无监督深度嵌入的框架,用于单细胞RNA-seq数据的聚类分析 | 将特征选择与聚类联合优化,整合零膨胀负二项自编码器与群Lasso惩罚和聚类损失,同时学习低维表示和选择区分性基因 | 未提及具体局限性 | 解决scRNA-seq聚类中特征选择与聚类分离导致的次优结果问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | ZINB自编码器 | 基因表达数据 | 模拟和真实scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2026-06-11 |
Decoding the Mechanisms of Hepatocellular Carcinoma Cancer Stem Cells and Identifying Potential Therapeutic Strategies Based on Single-cell Omics
2026 Mar-Apr, Cancer genomics & proteomics
IF:2.6Q3
DOI:10.21873/cgp.20577
PMID:41771574
|
研究论文 | 基于单细胞组学解码肝细胞癌癌症干细胞机制并识别潜在治疗策略 | 首次利用单细胞RNA测序和空间转录组学数据系统表征肝细胞癌中癌症干细胞的细胞和空间异质性,构建预后模型并预测靶向癌症干细胞的候选药物 | 未提及具体局限性 | 系统表征肝细胞癌相关癌症干细胞,识别预后生物标志物和潜在治疗策略 | 肝细胞癌癌症干细胞及其微环境 | 计算机视觉, 自然语言处理, 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | HCCDB v2.0数据库中的肝细胞癌样本,以及GSE76427和GSE14520生存数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 92 | 2026-06-11 |
Early-activated extracellular matrix proteins shape the metabolic and spatial dynamics of the kidney fibrotic microenvironment
2026-Mar, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-026-01458-3
PMID:41776110
|
研究论文 | 揭示早期激活的细胞外基质蛋白ECM1通过整合素α2β1-RhoC-YAP信号轴调控肾脏纤维化微环境的代谢和空间动态 | 首次发现ECM1作为早期肾脏重塑调控因子,通过机械-代谢通路(ECM-线粒体串扰)选择性调控成纤维细胞活化而不影响其氧化磷酸化,为抗纤维化治疗提供新靶点 | 未在人类样本验证ECM1的早期调控作用;AAV9介导的敲低策略在临床转化中可能面临递送效率问题;机制研究主要在动物模型中进行 | 阐明早期激活的细胞外基质蛋白在肾脏纤维化微环境中的代谢和空间动态调控作用 | ECM1基因敲除小鼠、慢性肾病模型、肾脏纤维化组织 | 数字病理学 | 肾脏纤维化 | 空间转录组学、蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 全球ECM1敲除小鼠(数量未明确)及慢性肾病小鼠模型(数量未明确) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台用于肾脏组织空间基因表达分析 |
| 93 | 2026-06-11 |
Machine Learning Reveals the Association Between Gene Expression and Immune Infiltration in Colorectal Cancer: A Comprehensive Study From Single-Cell to Survival Analysis
2026-Mar, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71049
PMID:41772406
|
研究论文 | 利用机器学习分析单细胞RNA测序数据,揭示结直肠癌中基因表达与免疫浸润的关联,并识别新型分子亚型和生物标志物 | 首次将机器学习应用于单细胞RNA测序分析,以解析结直肠癌中基因表达谱与免疫细胞浸润之间的复杂相互作用,并识别出两个具有不同预后效果的新型分子亚型以及CD19、MAP2、CALB2和TGFB2作为关键免疫调节生物标志物 | 未提及 | 探索结直肠癌肿瘤微环境中基因表达与免疫细胞浸润的分子机制,并开发预测性模型以指导临床治疗决策 | 结直肠癌患者的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、CIBERSORT、ESTIMATE、UMAP、t-SNE | 机器学习模型(含无监督聚类、生存分析、基因集富集分析) | 单细胞RNA测序数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 94 | 2026-06-11 |
Immune Microenvironment Dynamics and Therapeutic Targets in GIST Revealed by Multi-Omics and Functional Validation
2026-Mar, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71069
PMID:41772383
|
研究论文 | 通过多组学分析和功能验证,揭示胃肠道间质瘤免疫微环境动态变化及潜在治疗靶点 | 首次结合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和功能实验,系统鉴定出MYBL1和AIF1L作为调节CD8 T细胞功能和PD-1应答的关键介质 | 未提及具体局限性信息 | 阐明胃肠道间质瘤免疫微环境的因果机制及识别治疗靶点 | 胃肠道间质瘤患者肿瘤组织、细胞系(GIST-882)及CD8 T细胞 | 机器学习 | 胃肠道间质瘤 | 孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、批量RNA测序、细胞共培养模型、功能实验(增殖、迁移、侵袭和蛋白摄取追踪) | NA | 基因表达数据、免疫细胞表型数据、血浆代谢物数据 | 731种免疫细胞表型(孟德尔随机化分析)及多个肿瘤样本(scRNA-seq和bulk RNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 95 | 2026-06-11 |
Exploring the phthalates-induced neurotoxicity mechanisms of neurodegenerative diseases via network toxicology, single-cell transcriptomics and molecular dynamic simulation
2026-Mar-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.119954
PMID:41780475
|
研究论文 | 通过网络毒理学、单细胞转录组学和分子动力学模拟,探索邻苯二甲酸酯诱发神经退行性疾病的神经毒性机制 | 首次结合网络毒理学、单细胞转录组学和分子动力学模拟,揭示邻苯二甲酸酯通过BCL2调控星形胶质细胞亚型转化(从神经保护性A2向促炎性A1转化)进而诱发神经退行性疾病的机制 | 研究主要基于公共数据库和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证和更广泛的临床样本支持 | 阐明邻苯二甲酸酯暴露与神经退行性疾病(帕金森病、路易体病、阿尔茨海默病)之间的潜在关联机制 | 邻苯二甲酸酯(特别是DEHP和DiBP)、血脑屏障、神经退行性疾病相关基因和通路、星形胶质细胞 | 机器学习, 数字病理学 | 帕金森病, 路易体病, 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组测序, 分子动力学模拟 | 诊断模型(逻辑回归等) | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 帕金森病患者组织样本(具体数量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 96 | 2026-06-11 |
Ventricular assist device unloading reverses microvascular senescence in single ventricle disease
2026-Mar, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-026-00790-x
PMID:41781666
|
研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学,研究了左心发育不全综合征患者右心室微环境中的微血管衰老及其在心室辅助装置卸载后的逆转 | 首次揭示HLHS心肌细胞内在衰老特性,并发现微血管衰老生态位与成人心肌梗死相似但不同于儿童扩张型心肌病,VAD卸载可改善该衰老生态位 | NA | 阐明HLHS右心室微环境的细胞衰老机制及VAD卸载的逆转作用 | HLHS患者右心室组织及诱导多能干细胞来源的心肌细胞 | 数字病理学 | 左心发育不全综合征 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 出生时(心力衰竭前)、术后伴心力衰竭及VAD卸载后的HLHS患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 97 | 2026-06-11 |
Dendritic Cell-Associated MARCKSL1 Regulates Fibroblast Differentiation During Wound Healing
2026 Mar-Apr, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society
IF:3.8Q1
DOI:10.1111/wrr.70143
PMID:41782175
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠疤痕组织,发现树突状细胞中的MARCKSL1调节成纤维细胞分化,影响伤口愈合中的疤痕形成 | 首次揭示树突状细胞中的MARCKSL1基因在伤口愈合过程中调控成纤维细胞分化及其在疤痕形成中的关键作用 | 主要基于小鼠模型,人类伤口愈合中的机制有待验证;MARCKSL1抑制剂的安全性和长期效果尚未明确 | 阐明树突状细胞相关MARCKSL1在伤口愈合中调控成纤维细胞分化的机制,探索疤痕预防的新治疗途径 | 成年小鼠疤痕组织 和 小鼠胎儿伤口愈合模型中的树突状细胞和成纤维细胞 | 机器学习和数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),shRNA转导 | NA | 单细胞基因表达数据 | 小鼠疤痕组织(具体数目未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 98 | 2026-06-11 |
The Immune Cell Atlas of "Longevity Molecular Tag": Identification of Principal Immune Cell Subsets and Their Underlying Molecular Regulatory Mechanisms
2026-Mar, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70431
PMID:41784043
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序数据,识别与长寿表型相关的免疫细胞亚群,并揭示其分子调控机制 | 整合全生命周期单细胞数据与超长寿人群转录组数据,利用Scissor算法构建“长寿分子标签”免疫细胞图谱,发现NK细胞、CD8 T细胞和γδ T细胞等细胞毒性免疫细胞与长寿正相关,而CD4 T细胞、B细胞和树突状细胞与炎症信号通路相关 | NA | 揭示长寿人群中免疫细胞亚群及其分子调控机制,探索免疫衰老调节策略 | 东亚人群全生命周期的单细胞RNA测序数据和广西百岁老人队列的批量转录组数据 | 机器学习 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | Scissor算法 | 基因表达数据 | 东亚人群全生命周期样本及广西百岁老人队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 99 | 2026-06-11 |
Developing a Metabolic-Associated Prognostic Index for Risk Stratification and Therapeutic Guidance in Stage I Lung Adenocarcinoma via Multiomics Analysis
2026-Mar, JCO precision oncology
IF:5.3Q1
DOI:10.1200/PO-25-00897
PMID:41771017
|
研究论文 | 通过多组学分析开发了一种代谢相关预后指数,用于I期肺腺癌的风险分层和治疗指导 | 首次系统性地探讨代谢重编程在I期肺腺癌中的预后意义,并基于机器学习和多组学数据构建了一个生物学可解释、临床适用的代谢相关预后指数(MAPI),同时通过单细胞RNA测序和体外实验验证了关键基因的功能 | 研究依赖于公共数据库,缺乏前瞻性临床验证;MAPI的临床应用需进一步在更大规模、多中心队列中验证 | 开发一种生物驱动的预后工具,用于I期肺腺癌患者的风险分层和个体化治疗决策 | I期肺腺癌患者的肿瘤样本及临床数据 | 机器学习 | 肺癌(肺腺癌) | 多组学分析、单细胞RNA测序、体外细胞实验 | 加权基因共表达网络分析、机器学习组合模型 | 转录组数据、单细胞转录组数据、临床数据 | 来自TCGA、GEO和EGA数据库的多个I期LUAD队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2026-06-11 |
scSCCNIA: similarity matrix based contrastive clustering with neighbor information aggregation for single-cell RNA sequencing data
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag094
PMID:41785051
|
研究论文 | 提出一种基于相似性矩阵对比聚类与邻居信息聚合的框架scSCCNIA,用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类分析 | 采用拉普拉斯滤波器进行邻居信息聚合,通过特殊非共享参数孪生编码器构建不同图视图进行数据增强,并利用基于相似性矩阵的对比学习学习潜在低维嵌入表示 | 未明确提及局限性 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性,并促进下游分析 | 来自不同平台和不同细胞数量的多个单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 孪生网络 | 基因表达数据 | 多个数据集,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |