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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1161 | 2026-01-14 |
Biologically interpretable deep learning-derived MRI phenotypes reveal lymph node involvement and neoadjuvant therapy response in intrahepatic cholangiocarcinoma
2026-Jan-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001671
PMID:41525512
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研究论文 | 本研究开发了一个名为SwinU-CliRad的模型,用于通过MRI图像和临床放射学特征对肝内胆管癌的淋巴结受累进行风险分层,并评估其在新辅助治疗中的预测价值 | 整合了基于Swin UNEt TRansformers的MRI深度学习输出与临床放射学特征,构建了可解释的模型,并探索了模型输出与肿瘤多组学特征及单细胞RNA测序数据的关联 | 研究依赖于回顾性队列,且外部验证队列样本量相对较小,需要进一步前瞻性验证 | 开发一个非侵入性模型,以改进肝内胆管癌的淋巴结受累分层并为治疗决策提供信息 | 肝内胆管癌患者 | 计算机视觉 | 肝内胆管癌 | 磁共振成像、单细胞RNA测序、多组学分析 | Swin UNEt TRansformers (SwinU) 与临床放射学特征整合的深度学习模型 | MRI图像、临床数据、放射学特征、多组学数据 | 发现队列682例,内部测试队列204例,外部多中心队列88例,新辅助治疗队列145例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1162 | 2026-01-14 |
Repurposing resmetirom suppresses MASH-associated hepatocellular carcinoma, with mechanistic implications of MDK/LRP1-mediated metabolic reprogramming and immunosuppression
2026-Jan-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001675
PMID:41525571
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研究论文 | 本研究探索了重新利用Resmetirom治疗MASH相关肝癌的潜力,并揭示了MDK/LRP1轴在代谢重编程和免疫抑制中的机制 | 首次将临床批准的Thrb激动剂Resmetirom重新用于MASH-HCC治疗,并发现MDK/LRP1轴介导的M2样巨噬细胞极化和T细胞耗竭新机制 | 研究主要基于临床前模型,尚未在人体临床试验中验证,且MASH-HCC的复杂微环境可能涉及更多未探索的相互作用 | 探索MASH相关肝癌的发病机制并开发有效治疗策略 | MASH相关肝癌的临床前模型、肝星状细胞、发育异常肝细胞、巨噬细胞和T细胞 | 单细胞组学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个临床前模型,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1163 | 2026-01-14 |
GraphSTAR: Proximal Operator-Based Graph Neural Network Enhanced by Dynamic Graph Aggregation for Spatial Transcriptomics
2026-Jan-12, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3644379
PMID:41525646
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研究论文 | 本文提出了一种名为GraphSTAR的新方法,用于整合空间转录组学中的空间坐标和基因表达数据,以改进空间域识别和细胞类型注释任务 | GraphSTAR通过将空间和基因表达数据编码为无向图,并利用动态图聚合结合近端算子,有效建模局部邻域关系和长程功能关联,克服了现有方法在探索长程关系方面的不足 | NA | 解决空间转录组学中原始空间坐标与高维基因表达谱在原生特征空间中的整合挑战,以更好地解析基因的空间表达模式 | 空间转录组学数据,包括空间坐标和基因表达谱 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 图神经网络(GNN) | 空间坐标和基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1164 | 2026-01-14 |
Landscape of microRNA and target expression variation and covariation in single mouse embryonic stem cells
2026-Jan-12, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279914.124
PMID:41526192
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研究论文 | 本研究通过基因敲除和单细胞RNA-seq技术,系统分析了小鼠胚胎干细胞中microRNA及其靶基因的表达变异与共变 | 首次在单细胞水平上全局性地描绘microRNA动态,揭示了microRNA形成四个共表达群组,并发现microRNA通常增加靶基因RNA水平的变异和共变 | 研究仅限于小鼠胚胎干细胞,未在其他细胞类型或生物体中验证 | 系统研究microRNA在小鼠胚胎干细胞中的替代功能,包括对靶基因表达变异和共变的影响 | 小鼠胚胎干细胞(mESCs) | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录抑制 | NA | RNA-seq数据 | 单细胞水平的小鼠胚胎干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1165 | 2026-01-14 |
Decoding the tumor microenvironment remodeling orchestrated by CLEC3B+ inflammatory cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma immunotherapy: elucidation from pan-cancer spatially single-cell transcriptomics landscape
2026-Jan-12, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07677-2
PMID:41526921
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1166 | 2026-01-14 |
A technical comparison of spatial transcriptomics platforms across six cancer types
2026-Jan-12, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-03937-y
PMID:41526977
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研究论文 | 本研究系统比较了五种商业空间转录组学平台在六种癌症类型FFPE样本中的技术性能 | 首次在相同FFPE肿瘤样本上同时评估测序型和成像型空间转录组平台,并首次对Xenium多组织和Prime版本进行同样本比较 | 研究仅针对FFPE临床样本,未涵盖新鲜冷冻组织等其他样本类型 | 评估不同空间转录组学平台在临床肿瘤样本中的技术性能差异 | 六种癌症类型的匹配FFPE人类肿瘤切片 | 空间转录组学 | 多种癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据、蛋白质数据 | 六种癌症类型的匹配FFPE肿瘤切片 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学, 空间多组学 | Visium v1, Visium v2/CytAssist, Visium HD, Xenium, CosMx | Visium v1, Visium v2 with CytAssist, Visium HD, Xenium Multi-Tissue (377基因), Xenium Prime (5,000基因), CosMx |
| 1167 | 2026-01-14 |
Intracellular microbial signals in the gastrointestinal tract of dairy cattle
2026-Jan-12, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-025-02319-z
PMID:41526999
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了奶牛胃肠道上皮细胞中存在细胞内微生物信号,并探讨了其与瘤胃发育的潜在关联 | 首次在奶牛胃肠道中应用单细胞宿主-微生物互作分析(SAHMI),发现细胞内微生物信号与特定细胞类型(如潘氏细胞和基底细胞)及DNA修复机制相关 | 研究样本量有限(仅新生和成年奶牛),且微生物信号的功能验证尚不充分 | 探究奶牛胃肠道细胞内微生物的存在及其在瘤胃发育中的作用 | 奶牛(新生和成年)的十种胃肠道组织类型 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细菌荧光原位杂交(FISH) | NA | 单细胞RNA测序数据、微生物基因组数据 | 新生和成年奶牛的十种胃肠道组织类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1168 | 2026-01-14 |
IL-25-ILC2-IL-13 axis improves traumatic brain injury by mediating CXCL-10-dependent regulation of blood brain barrier integrity
2026-Jan-12, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03696-4
PMID:41527095
|
研究论文 | 本研究探讨了IL-25通过激活ILC2分泌IL-13,进而抑制CXCL-10和内皮细胞焦亡,从而改善创伤性脑损伤后血脑屏障完整性和神经功能的保护作用及机制 | 揭示了IL-25-ILC2-IL-13轴在创伤性脑损伤后血脑屏障修复中的新作用机制,并首次提出该轴通过抑制CXCL-10和内皮细胞焦亡来发挥作用 | 研究主要基于小鼠模型,其结论在人类中的适用性尚需进一步验证;机制研究虽深入,但具体信号通路的上下游细节可能仍需更全面的探索 | 探究IL-25在创伤性脑损伤后对血脑屏障完整性和神经功能的保护作用及其分子机制 | 小鼠创伤性脑损伤模型、脑微血管内皮细胞、神经元和脑内驻留的第2组先天淋巴样细胞 | 神经科学 | 创伤性脑损伤 | 酶联免疫吸附试验、免疫荧光染色、流式细胞术、细胞因子阵列、Western印迹、单细胞RNA测序、磁共振成像 | NA | 血清和组织样本的分子数据、影像数据、行为学数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及小鼠模型和体外细胞模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1169 | 2026-01-14 |
The transcription factor HHEX maintains glucocorticoid levels and protects adrenals from androgen-induced lipid depletion
2026-Jan-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-68257-4
PMID:41519914
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了转录因子HHEX在肾上腺皮质糖皮质激素产生细胞中的关键作用,包括维持糖皮质激素水平、保护脂质免受雄激素诱导的脂噬,以及调节细胞亚群身份 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定HHEX为糖皮质激素产生细胞中最富集的转录因子,并揭示其作为雄激素受体靶基因在肾上腺性别二态性和脂质稳态中的多功能调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类肾上腺中的具体机制尚需进一步验证 | 探究维持肾上腺皮质糖皮质激素产生细胞差异响应性的分子机制 | 小鼠肾上腺皮质中的类固醇生成谱系细胞 | 单细胞转录组学 | 肾上腺功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 使用Sf1-Cre; Rosa报告基因小鼠的肾上腺样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1170 | 2026-01-14 |
Transcriptomic signature-guided depletion of intermediate alveolar epithelial cells ameliorates pulmonary fibrosis in mice
2026-Jan-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68354-y
PMID:41519994
|
研究论文 | 本文通过开发一种RNA感应依赖的蛋白质翻译技术,选择性靶向并清除小鼠肺纤维化模型中的Krt8+肺泡分化中间细胞,从而减轻纤维化 | 开发了基于RNA传感器的蛋白质翻译技术,首次实现了对肺纤维化中过渡性上皮细胞(Krt8+ ADIs)的特异性靶向和条件性消融,并验证了其致病驱动作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类细胞验证有限;技术应用和长期安全性需进一步评估 | 探究肺纤维化中过渡性上皮细胞的功能贡献并开发靶向治疗策略 | 小鼠肺纤维化模型中的Krt8+肺泡分化中间细胞(ADIs)及人类KRT5-/KRT17+异常基底样细胞 | 单细胞转录组学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),RNA传感器技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1171 | 2026-01-14 |
Population analysis and immunologic landscape of melanoma in people living with HIV
2026-Jan-08, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-3148
PMID:41504629
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研究论文 | 本研究通过分析大量电子健康记录并结合空间免疫转录组学与多重免疫荧光技术,揭示了HIV感染者黑色素瘤患者独特的临床特征和免疫抑制性肿瘤微环境 | 首次在HIV感染者黑色素瘤患者中系统比较临床特征,并利用空间转录组学揭示其肿瘤微环境的免疫抑制特征及空间分布差异 | 样本量相对有限(空间转录组学n=11,多重免疫荧光n=29),且为回顾性研究 | 解析HIV感染者黑色素瘤患者的临床和免疫学特征,探究其预后较差的原因 | HIV感染者与HIV阴性黑色素瘤患者 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间免疫转录组学,多重免疫荧光 | NA | 电子健康记录,肿瘤组织样本 | 电子健康记录:1,087名HIV感染者与394,437名HIV阴性黑色素瘤患者;空间转录组学:11例肿瘤样本;多重免疫荧光:29例肿瘤样本(15例HIV感染者,14例HIV阴性者) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1172 | 2026-01-14 |
Mapping somatosensory afferent circuitry to bone identifies neurotrophic signals required for fracture healing
2026-Jan-08, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr9608
PMID:41505527
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析,揭示了骨骼感觉神经元的神经解剖学环路及其在骨折愈合中的关键作用 | 首次系统性地绘制了骨骼感觉传入神经元的单细胞转录组图谱,并识别出FGF9作为骨折修复的主要调控因子 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的验证尚需进一步研究 | 探究骨骼感觉神经元的神经解剖学环路及其在骨折愈合中的调控机制 | 小鼠骨骼的背根神经节神经元 | 单细胞转录组学 | 骨折 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及骨折前后的小鼠背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1173 | 2026-01-14 |
VISTA uncovers missing gene expression and spatial-induced information for spatial transcriptomic data analysis
2026-Jan-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09479-6
PMID:41507434
|
研究论文 | 本文提出了一种名为VISTA的模型,通过整合单细胞RNA测序和亚细胞空间转录组学数据,预测SST数据中未测量的基因表达 | VISTA结合了变分推断、几何深度学习和不确定性量化,首次实现了在SST数据中准确预测未测量基因表达,并支持多种下游分析 | 未在摘要中明确提及 | 克服亚细胞空间转录组学数据基因覆盖有限的缺陷,提升空间转录组数据的解释性和实用性 | 亚细胞空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 亚细胞空间转录组学 | 变分推断, 几何深度学习 | 基因表达数据, 空间数据 | 四个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1174 | 2026-01-14 |
A subcellular spatial atlas illuminates the microenvironmental remodeling of perineural invasion in distal cholangiocarcinoma
2026-Jan-08, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01773-4
PMID:41508044
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研究论文 | 本研究利用Xenium亚细胞分辨率空间转录组学平台,构建了远端胆管癌神经周围侵袭的亚细胞空间图谱,揭示了驱动神经侵袭的协调性上皮、基质和免疫重塑 | 首次在亚细胞分辨率下解析了远端胆管癌神经周围侵袭的空间结构和分子驱动因素,鉴定了LAMB3-DAG1轴作为肿瘤细胞与施万细胞相互作用的潜在介质 | 研究基于手术切除的肿瘤组织样本,样本量有限,且为横断面研究,未能动态追踪神经侵袭过程 | 阐明远端胆管癌神经周围侵袭的空间结构和分子机制 | 远端胆管癌患者的肿瘤组织 | 空间转录组学 | 胆管癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 根据PNI状态分层的远端胆管癌患者切除肿瘤组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium亚细胞分辨率空间转录组学平台 |
| 1175 | 2026-01-14 |
A latent activated olfactory stem cell state revealed by single-cell transcriptomic and epigenomic profiling
2026-Jan-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102778
PMID:41512864
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了嗅觉上皮干细胞在损伤诱导再生过程中的转录和表观遗传特征,发现了一个潜伏的激活干细胞状态 | 结合单细胞转录组和可及染色质图谱,首次识别了激活干细胞中的转录异质性,并发现了一组在损伤前就通过表观遗传预编程的静息细胞 | NA | 研究嗅觉上皮干细胞在损伤诱导再生过程中的分子机制 | 嗅觉上皮干细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组和表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1176 | 2026-01-14 |
Olfactomedin-4+ neutrophils exacerbate intestinal epithelial damage in Clostridioides difficile infection
2026-Jan-07, Infection and immunity
IF:2.9Q2
DOI:10.1128/iai.00229-25
PMID:41498562
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研究论文 | 本研究揭示了表达Olfactomedin-4(OLFM4)的中性粒细胞亚群在艰难梭菌感染中加剧肠上皮细胞损伤的作用机制 | 首次发现OLFM4+中性粒细胞亚群在CDI中的致病作用,并证明其通过脱颗粒基因高表达特征加剧肠上皮损伤 | 机制研究主要基于小鼠模型,人体样本验证相对有限 | 探究中性粒细胞在艰难梭菌感染中加剧组织损伤的具体机制 | 艰难梭菌感染(CDI)小鼠模型及患者样本 | 数字病理 | 肠道感染 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据、蛋白质数据 | 感染小鼠及患者样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1177 | 2026-01-14 |
Drug and single-cell gene expression integration identifies sensitive and resistant glioblastoma cell populations
2026-Jan-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67783-5
PMID:41501023
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研究论文 | 本研究开发了scFOCAL平台,通过整合单细胞基因表达数据与药物数据库,识别胶质母细胞瘤中对靶向疗法敏感和耐药的细胞亚群,并预测协同治疗组合 | 开发了scFOCAL(单细胞组学连接与分析框架),首次将单细胞RNA测序数据与LINCS L1000药物数据库的转录反应特征进行整合,量化细胞对药物的敏感性和耐药性景观,并预测药物组合协同作用 | 研究主要基于转录组数据,未全面评估表观遗传、蛋白质组等其他层面的异质性;临床前验证虽涵盖体外、离体和体内模型,但尚未进行临床试验 | 开发一个预测平台,以解决胶质母细胞瘤肿瘤内异质性和可塑性对治疗开发的阻碍,识别对不同治疗敏感或耐药的细胞状态,并发现新的协同治疗组合 | 新诊断和复发性胶质母细胞瘤肿瘤样本中的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1178 | 2026-01-14 |
Chimeric brain models to study human glial-neuronal and macroglial-microglial interactions
2026-Jan-06, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116794
PMID:41499239
|
研究论文 | 本研究通过将人源多能干细胞衍生的神经前体细胞与巨噬细胞前体细胞共同移植到新生小鼠大脑中,构建了包含人类小胶质细胞、大胶质细胞和神经元的嵌合大脑模型,用于研究人类神经胶质细胞在体内的发育、功能及细胞间相互作用 | 首次建立了可同时研究人类神经元-胶质细胞及大胶质细胞-小胶质细胞相互作用的共移植嵌合大脑模型,并利用超分辨率成像和单细胞RNA测序揭示了人类胶质细胞的发育轨迹和细胞通讯机制 | 模型基于小鼠宿主环境,可能无法完全模拟人类大脑的完整微环境;研究主要关注发育早期阶段,成年期相互作用仍需进一步探索 | 研究人类神经胶质细胞的发育、功能及其在神经系统疾病中的作用机制 | 人源多能干细胞衍生的神经前体细胞、巨噬细胞前体细胞及其在小鼠大脑中分化形成的神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序、超分辨率成像、3D重建、细胞通讯分析 | 嵌合大脑模型 | 单细胞转录组数据、显微图像数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及多批次移植实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1179 | 2026-01-14 |
Mapping isoforms and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data with SPLISOSM
2026-Jan-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02965-6
PMID:41491254
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SPLISOSM的方法,用于从空间转录组学数据中检测异构体分辨率模式,并应用于小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤的分析 | SPLISOSM方法首次使用非参数核的多变量测试来处理点水平和异构体水平的依赖性,从而在稀疏数据上实现高统计功效,揭示了空间转录多样性的新调控关系 | 方法可能依赖于数据质量和覆盖度,且分析主要聚焦于大脑组织,在其他组织中的适用性未验证 | 研究旨在理解转录多样性(包括剪接和替代3'端使用)的空间协调机制及其在正常和肿瘤条件下的作用 | 小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤组织 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | SPLISOSM(空间异构体统计建模) | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1180 | 2026-01-14 |
Radial-glia-to-astrocyte trans-differentiation and astrocyte transcriptional convergence are coordinated by CEH-43/DLX in C. elegans
2026-Jan-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.682973
PMID:41279325
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研究论文 | 本研究通过线虫模型揭示了CEH-43/DLX转录因子在调控放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化和转录收敛过程中的关键作用 | 首次在C. elegans中解析了不依赖细胞分裂的放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化的两阶段分子程序,并发现CEH-43/DLX转录因子的保守调控机制 | 研究基于线虫模型,在哺乳动物系统中的直接适用性需进一步验证 | 揭示放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化过程中的分子调控机制 | 线虫CEPsh星形胶质细胞及其前体细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,比较转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |