单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1141	2025-07-23	Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.29.564555 PMID:39677775	研究论文	研究探讨了乳腺浸润性小叶癌(ILC)中DNA损伤检查点中介蛋白1(MDC1)的共调节活性与DNA修复功能障碍及PARP抑制剂敏感性的关联	发现了MDC1在ILC细胞中独特的共调节ER活性，并揭示了其与同源重组(HR)功能障碍的新型关联，这种HR功能障碍不同于经典的'BRCAness'状态	研究主要基于体外实验和异种移植模型，需要更多临床数据验证	阐明ILC中MDC1的双重功能及其治疗潜力	乳腺浸润性小叶癌(ILC)细胞	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组分析、DNA修复活性分析、异种移植模型	NA	转录组数据、功能实验数据	多个ILC异种移植模型
1142	2025-07-23	Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment 2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625771 PMID:39677745	研究论文	本文介绍了一种新的伪对齐方案，用于快速且内存高效地处理单细胞ATAC-seq数据	引入了虚拟颜色的概念，将参考基因组划分为重叠的固定最大范围的bin，作为伪对齐算法中的不同颜色	未提及具体的技术限制或应用场景的限制	开发一种快速、内存高效且准确的单细胞ATAC-seq数据处理方法	单细胞ATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	伪对齐算法	基因组数据	NA
1143	2025-07-23	Radiation-induced cellular plasticity primes glioblastoma for forskolin-mediated differentiation 2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2415557122 PMID:40009641	研究论文	本研究探讨了利用辐射诱导的多能状态和腺苷酸环化酶激活剂forskolin联合治疗胶质母细胞瘤的潜在效果	首次提出利用辐射诱导的细胞可塑性联合forskolin促进胶质母细胞瘤细胞分化，为临床治疗提供新思路	研究主要在体外和小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索胶质母细胞瘤的新型联合治疗方法	胶质母细胞瘤细胞和小鼠模型	肿瘤治疗	胶质母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	小鼠模型(同源和PDOX模型)	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及体外细胞实验和两种小鼠模型
1144	2025-07-23	Spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02080-x PMID:39901013	研究论文	利用基于图像的空间转录组学技术，分析了35个独特肺部的160万个细胞的基因表达，揭示了肺纤维化（PF）中远端肺重塑的分子生态失调	采用创新的细胞不可知分析方法，识别了PF中出现的细胞类型及其空间定位，并定义了控制和PF肺部中分子定义的空间生态位多样性	研究样本量相对有限（35个肺部），且空间转录组学技术本身可能存在分辨率限制	探究肺纤维化中远端肺重塑的分子机制和空间背景	35个独特肺部的160万个细胞	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学	机器学习	空间基因表达数据	35个肺部样本（160万个细胞）
1145	2025-07-23	Batch correcting single-cell spatial transcriptomics count data with Crescendo improves visualization and detection of spatial gene patterns 2025-Feb-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03479-9 PMID:40001084	研究论文	本文提出了一种名为Crescendo的算法，用于校正单细胞空间转录组数据中的批次效应，以提高基因表达模式的可视化和检测	Crescendo算法能够在基因表达水平上校正批次效应，支持跨多个样本的基因表达模式准确可视化，并增强了基因共定位和配体-受体相互作用的检测能力	NA	改进单细胞空间转录组数据的批次效应校正方法，以提升基因表达模式的可视化和检测	单细胞空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序技术	Crescendo算法	基因表达数据	三个数据集，涵盖17万至700万个单细胞
1146	2025-07-23	NKG2D blockade impairs tissue-resident memory T cell accumulation and reduces chronic lung allograft dysfunction 2025-Feb-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.184048 PMID:39989456	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序，发现NKG2D阻断可减少慢性肺移植功能障碍（CLAD）中的组织驻留记忆T细胞积累	首次揭示了NKG2D在CLAD中作为治疗靶点的潜力，并证实了其对CD8+ TRM积累的调控作用	研究主要基于小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	探索CLAD的潜在治疗靶点	肺移植后的慢性肺功能障碍（CLAD）患者和小鼠模型	免疫学	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序, TCR测序	小鼠原位肺移植模型	基因表达数据	来自CLAD肺、肺引流淋巴结以及疾病和非疾病对照的T细胞
1147	2025-07-23	Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model 2025-Feb-19, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387 PMID:39970235	研究论文	通过抑制YAP蛋白调节机械转导，在大型动物模型中实现无疤痕伤口再生	首次在大型动物（红杜洛克猪）模型中验证YAP抑制对伤口再生的效果，并揭示了YAP/IL-33信号轴在再生中的作用	研究虽在猪模型中进行，但人类皮肤疤痕的复杂性可能需要更多验证	探索机械转导抑制在预防皮肤疤痕和促进伤口再生中的潜力	红杜洛克猪伤口模型和人新生儿包皮异种移植模型	再生医学	皮肤创伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间蛋白质组分析	动物模型（猪、小鼠）	基因表达数据、蛋白质数据	红杜洛克猪伤口模型和人新生儿包皮异种移植模型
1148	2025-07-23	Defining the regulatory logic of breast cancer using single-cell epigenetic and transcriptome profiling 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100765 PMID:39914387	研究论文	通过单细胞表观遗传和转录组分析揭示乳腺癌的调控逻辑	结合单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和转录组（scRNA-seq）数据，识别乳腺癌亚型特异性肿瘤的起源细胞，并量化恶性与正常细胞中调控元件与基因表达的关联	研究样本仅包括手术后立即处理的人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织，可能无法涵盖所有乳腺癌亚型或阶段	理解乳腺癌细胞中导致转录失调的顺式调控元件及其在肿瘤生物学中的作用	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织，以及乳腺癌细胞系	表观遗传学	乳腺癌	scATAC-seq, scRNA-seq	线性混合效应模型	单细胞表观遗传和转录组数据	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织样本，以及乳腺癌细胞系
1149	2025-07-23	Gene trajectory inference for single-cell data by optimal transport metrics 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02186-3 PMID:38580861	研究论文	本文提出了一种名为GeneTrajectory的新方法，通过最优传输距离计算基因在细胞间的分布差异，以推断基因轨迹而非细胞轨迹	提出了一种基于最优传输距离的基因轨迹推断方法GeneTrajectory，能够解析细胞群中并行的基因过程，克服了传统细胞轨迹推断方法的局限性	未明确说明方法在复杂生物系统或大规模数据集上的适用性和计算效率	开发一种新的基因轨迹推断方法，以更准确地解析生物过程中的基因动态变化	单细胞RNA测序数据中的基因表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	最优传输模型	基因表达数据	未明确说明具体样本量，但涉及骨髓系成熟和小鼠皮肤毛囊真皮凝聚分化过程
1150	2025-07-23	Acute Communication Between Microglia and Nonparenchymal Immune Cells in the Anti-Aβ Antibody-Injected Cortex 2025-Jan-29, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1456-24.2024 PMID:39741000	研究论文	本研究探讨了抗Aβ抗体在阿尔茨海默病治疗中对大脑免疫反应的急性影响	首次揭示了抗Aβ抗体注射后24小时和3天内大脑中不同细胞类型之间的配体-受体通讯变化，特别是小胶质细胞与非实质免疫细胞之间的TGFβ信号通路通讯	研究仅观察了急性时间点(24小时和3天)的反应，缺乏长期效应数据	理解抗Aβ抗体在大脑中引发的免疫反应机制	14个月大的APP转基因小鼠(雄性和雌性)的大脑皮层	神经免疫学	阿尔茨海默病	单细胞测序	APP转基因小鼠模型	单细胞转录组数据	抗Aβ IgG1(6E10)或对照IgG1注射的小鼠皮层组织
1151	2025-07-23	Prediction of Gene Regulatory Connections with Joint Single-Cell Foundation Models and Graph-Based Learning 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.16.628715 PMID:39975293	研究论文	提出了一种结合单细胞基础模型和图学习的基因调控连接预测框架scRegNet	利用大规模预训练的单细胞基础模型(scFMs)结合图学习进行基因调控连接预测，提高了预测准确性和鲁棒性	监督学习方法需要大量已知的TF-DNA结合数据，这些数据实验获取成本高且数量有限	解决基因调控网络(GRN)推断中的基因调控连接预测问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据和转录因子-DNA结合数据(如ChIP-seq)	生物信息学	NA	scRNA-seq, ChIP-seq	scFMs, 图学习	基因表达数据	七个scRNA-seq基准数据集
1152	2025-07-23	ARTEMIS integrates autoencoders and Schrödinger Bridges to predict continuous dynamics of gene expression, cell population and perturbation from time-series single-cell data 2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.634618 PMID:39896674	研究论文	ARTEMIS是一种生成模型，结合了变分自编码器和不平衡扩散薛定谔桥，用于从时间序列单细胞数据中预测基因表达、细胞群体和扰动的连续动态	整合VAE与uDSB模型，通过解决薛定谔桥问题重建细胞轨迹，揭示基因表达动态并恢复细胞群体变化	依赖于单细胞测序数据的质量和时间点覆盖范围，可能受限于高成本和破坏性测序技术	解决单细胞测序数据在时间序列上的不连续性问题，重建细胞动态过程	胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和癌症细胞的上皮-间质转化（EMT）过程	生物信息学	癌症	scRNA-seq	VAE, uDSB	单细胞RNA测序数据	三个scRNA-seq数据集（胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和EMT）
1153	2025-07-23	Sexual dimorphism in the mouse bone marrow niche regulates hematopoietic engraftment via sex-specific Kdm5c/Cxcl12 signaling 2025-Jan-21, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182125 PMID:39836478	研究论文	本研究揭示了小鼠骨髓微环境中的性别二态性通过性别特异的Kdm5c/Cxcl12信号调控造血移植的机制	首次发现骨髓微环境中的性别二态性及其通过Kdm5c/Cxcl12信号通路调控造血移植的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究骨髓微环境中的性别二态性及其对造血移植的影响	小鼠骨髓中的瘦素受体表达间充质基质细胞(LepR-MSCs)	造血生物学	造血系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 骨髓移植	Kdm5c基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
1154	2025-07-23	Distinct causes of three phenotypic hallmarks of hematopoietic aging 2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.632900 PMID:39868295	研究论文	本文探讨了造血衰老的三个表型特征的独立调控机制	揭示了NFkappaB活性在造血衰老表型中的不同作用，并提出了新的scRNA-seq HSPC标记框架	研究主要基于实验模型，可能不完全反映人类造血衰老的复杂性	解析造血衰老表型的调控机制	造血干细胞（HSC）和骨髓微环境	生物医学	造血系统衰老	scRNA-seq	IkappaBminus实验模型	基因表达数据	小鼠和人类HSC数据集
1155	2025-07-23	Cross-species analyses of thymic mimetic cells reveal evolutionarily ancient origins and both conserved and species-specific elements 2025-Jan-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.025 PMID:39731911	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了人类、小鼠和斑马鱼的胸腺拟态细胞，揭示了其进化上的古老起源及物种特异性和保守性元素	首次在人类儿科供体中进行了胸腺拟态细胞的单细胞RNA测序，揭示了与小鼠相比的神经内分泌亚型多样化和肌肉亚型扩展	研究主要基于儿科供体，可能无法完全代表成人胸腺拟态细胞的特征	探索胸腺拟态细胞的进化起源和功能特性	人类、小鼠和斑马鱼的胸腺拟态细胞	生物医学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	人类儿科供体的胸腺拟态细胞、小鼠和斑马鱼的胸腺拟态细胞
1156	2025-07-23	Combinatorial phenotypic landscape enables bacterial resistance to phage infection 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.13.632860 PMID:39868116	research paper	该研究通过细菌单细胞RNA测序技术，探究了细菌对噬菌体感染的抵抗机制及其在单个细胞中的表达分布	首次在单细胞水平上量化了噬菌体感染的异步进程，并发现了未被感染的细菌亚群及其保护性宿主因子	研究仅针对一种人类病原共生菌进行，可能无法推广到其他细菌种类	探究细菌对噬菌体感染的防御机制及其在单个细胞中的表达分布	人类病原共生菌及其感染的裂解性噬菌体	微生物学	NA	细菌单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	约50,000个细胞
1157	2025-07-23	Inhibition of Glutamine Metabolism Suppresses Tumor Progression through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.10.632174 PMID:39868269	研究论文	本研究探讨了抑制谷氨酰胺代谢如何通过重塑巨噬细胞免疫微环境来抑制肿瘤进展	开发了一种生物激活限制在癌组织中的GLNi前药JHU083，并利用scRNA-seq技术无偏解码肿瘤微环境中单细胞对GLNi治疗的反应	研究仅在免疫健全的妇科癌症小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索谷氨酰胺代谢拮抗剂在肿瘤免疫微环境中的作用机制	免疫健全的妇科癌症小鼠模型和骨髓来源的巨噬细胞	癌症代谢	妇科癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	免疫健全小鼠模型	RNA测序数据	免疫健全小鼠模型和骨髓来源的巨噬细胞
1158	2025-07-23	Blockade of LIF and PD-L1 Enhances Chemotherapy in Preclinical PDAC Models 2025-Jan-09, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17020204 PMID:39857986	研究论文	本研究评估了化疗与LIF和PD-L1双重阻断联合治疗在胰腺导管腺癌（PDAC）模型中的抗肿瘤效果	首次提出化疗与LIF和PD-L1双重阻断的联合治疗方案，显著提高了抗肿瘤效果并增强了抗肿瘤免疫反应	研究仅在临床前模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索提高胰腺导管腺癌治疗效果的新型联合治疗方案	胰腺导管腺癌（PDAC）的临床前模型	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	NA
1159	2025-07-23	Targeting the CD74 signaling axis suppresses inflammation and rescues defective hematopoiesis in RUNX1-familial platelet disorder 2025-Jan-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn9832 PMID:39772771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和功能分析揭示了RUNX1家族性血小板障碍(FPD)中CD74信号轴的异常激活及其在炎症和造血缺陷中的作用，并提出了靶向CD74及其下游信号的治疗策略	首次发现CD74信号轴在FPD中的关键作用，并验证了靶向该通路可逆转造血缺陷和炎症	样本量相对有限(10例单细胞测序，75例功能分析)，且临床前研究结果需进一步临床试验验证	探索FPD发展为白血病的机制并开发早期干预策略	RUNX1-FPD患者的造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	血液病学	家族性血小板障碍/白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据/蛋白质表达数据	10例单细胞测序样本，75例以上功能分析样本
1160	2025-07-23	Multi-Omics Atlas-Assisted Discovery of Transcription Factors for Selective T Cell State Programming 2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.03.522354 PMID:36711632	研究论文	通过多组学图谱辅助发现转录因子，用于选择性T细胞状态编程	构建了九种CD8 T细胞分化状态的转录和表观遗传图谱，预测转录因子活性，并发现了新的调控机制和TEX特异性转录因子	未明确提及具体局限性	精确编程T细胞状态以应对病毒感染和癌症	CD8 T细胞分化状态，特别是终末耗竭T细胞(TEX)和组织驻留记忆T细胞(T)	生物医学	癌症	CRISPR筛选结合单细胞RNA测序(Perturb-seq)	NA	转录和表观遗传数据	九种CD8 T细胞分化状态