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当前共找到 35765 篇文献,本页显示第 1061 - 1080 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1061 2026-01-16
Harnessing plasma transcriptomics for non-invasive cancer biomarker identification: a comprehensive review
2025-Dec-07, Discover oncology IF:2.8Q2
综述 本文全面综述了利用血浆转录组学进行非侵入性癌症生物标志物识别的技术、分析流程、挑战与未来方向 系统性地评估了多种转录组学技术(包括RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学)在血浆样本中的应用潜力,并强调了整合分析(如元分析和AI辅助的多组学整合)这一新兴趋势对生物标志物发现的增强作用 血浆转录组学存在技术局限性,如RNA降解、产量低以及缺乏标准化流程,这限制了其临床转化 旨在为癌症研究人员和临床医生提供关于血浆转录组学的基础知识和实用见解,推动其在精准肿瘤学和非侵入性癌症诊断中的应用 血浆样本中的转录组 自然语言处理 癌症 高通量测序(RNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq NA NA
1062 2026-01-16
A DSSM network for inferring and prioritizing cell-type-specific regulons using single-cell RNA-seq data
2025-Dec-07, BMC bioinformatics IF:2.9Q1
研究论文 本研究提出了一种基于深度结构化语义模型(DSSMReg)的方法,用于从单细胞RNA-seq数据中推断和优先排序细胞类型特异性调控模块 利用深度结构化语义模型将转录因子和靶基因映射到低维语义空间,通过余弦相似度评估调控强度,并结合AUCell算法对调控模块进行重要性排序 未明确提及模型在处理大规模数据或复杂组织样本时的计算效率或泛化能力限制 开发一种从单细胞转录组数据中识别细胞类型特异性调控模块的计算方法 转录因子及其靶基因形成的调控模块(regulons) 机器学习 三阴性乳腺癌 单细胞RNA-seq DSSM(深度结构化语义模型) 单细胞转录组数据、转录因子基序数据 五个细胞系的scRNA-seq数据,以及三阴性乳腺癌和人类骨髓造血干细胞样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1063 2026-01-16
Organoid-derived photoreceptor precursors enriched by CD9⁻CD81mid sorting restore visual function in RCS rats
2025-Dec-07, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1
研究论文 本研究通过分析人视网膜类器官的单细胞RNA测序数据,鉴定出CD9⁻CD81mid表面标记物组合,用于富集光感受器前体细胞,并将其移植至RCS大鼠视网膜下腔,成功改善了视觉功能 首次提出基于CD9⁻CD81mid表面标记物的非遗传性富集策略,避免了基因标记的临床转化限制,为视网膜退行性疾病的细胞治疗提供了更安全的替代方案 研究仅在RCS大鼠模型中进行,尚未在更大型动物或人体中进行验证;长期安全性和免疫排斥反应需进一步评估 开发一种临床可转化的非遗传性策略,用于富集人光感受器前体细胞,以治疗视网膜退行性疾病 人视网膜类器官来源的光感受器前体细胞及RCS大鼠模型 数字病理学 视网膜退行性疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、流式细胞术、荧光激活细胞分选(FACS) NA 单细胞RNA测序数据、图像数据、电生理数据 未明确说明具体样本数量,涉及人视网膜类器官及RCS大鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1064 2026-01-16
Using single-cell and transcriptome data to identify prognostic genes associated with SUMO-ylation and their molecular regulatory mechanisms in breast cancer
2025-Dec-06, BMC cancer IF:3.4Q2
研究论文 本研究基于单细胞RNA测序和转录组数据,识别了与SUMO化相关的乳腺癌预后基因,并开发了一个风险模型 结合单细胞RNA测序和转录组数据,首次系统性地识别了与SUMO化相关的乳腺癌预后基因,并构建了具有良好预测性能的风险模型 研究主要基于生物信息学分析,虽然进行了RT-qPCR验证,但缺乏更深入的体内外功能实验验证 探索SUMO化相关基因在乳腺癌中的预后价值及其分子调控机制 乳腺癌患者组织样本 生物信息学 乳腺癌 单细胞RNA测序, 转录组测序, RT-qPCR 风险模型, 列线图模型 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
1065 2026-01-16
A mitochondria-related gene-based signature predicts pancreatic ductal adenocarcinoma clinical outcome and revealed CAMK2A/THEM4 regulates progression phenotypes and mitophagy in vivo and in vitro
2025-Dec-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究开发了一个基于线粒体相关基因的预后特征,用于预测胰腺导管腺癌的临床结果,并揭示了CAMK2A/THEM4在体内外调节进展表型和线粒体自噬的作用 首次开发了基于线粒体相关基因的胰腺癌预后特征,并深入研究了CAMK2A和THEM4的协同作用机制,提出了CAMK2A-THEM4-AKT轴作为新的治疗靶点 NA 开发稳健的分子特征以改善胰腺导管腺癌的风险分层并识别潜在治疗靶点 胰腺导管腺癌患者 机器学习 胰腺癌 机器学习,单细胞测序,免疫组化微阵列,体内异种移植模型 NA 基因表达数据,单细胞测序数据,免疫组化数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1066 2025-12-08
From bulk RNA sequencing to spatial transcriptomics: a comparative review of differential gene expression analysis methods
2025-Dec-06, Human genomics IF:3.8Q2
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
1067 2026-01-16
Plate-based 10X Genomics-compatible single-cell RNA-sequencing based on Smart-seq3xpress
2025-Dec-06, BMC genomics IF:3.5Q2
研究论文 本文开发了一种基于Smart-seq3xpress原理的板式、10X兼容的单细胞RNA测序策略,旨在解决10X Genomics技术在微流控方法上的限制 PB10X方法首次将板式单细胞RNA测序与10X兼容性结合,支持直接索引排序并生成与标准10X文库构建试剂盒兼容的cDNA,同时解决了Smart-seq3xpress中的链入侵伪影问题 该方法主要针对小规模细胞群体的成本效益分析,可能在大规模应用中存在限制,且目前仅在Jurkat淋巴母细胞上进行了性能验证 开发一种成本效益高、兼容10X Genomics的板式单细胞RNA测序方法,以改进小规模细胞群体的基因表达和T细胞受体谱分析 Jurkat淋巴母细胞 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据和T细胞受体序列数据 未明确指定具体样本数量,但涉及Jurkat淋巴母细胞群体 10X Genomics 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 10X Single Cell 5'文库构建试剂盒, 包括5' V(D)J和5'基因表达试剂盒 基于Smart-seq3xpress原理的板式10X兼容策略,支持384孔板索引排序
1068 2026-01-16
Ferroptosis-induced remodeling of glycosylation the immune microenvironment and improves survival in pancreatic cancer
2025-Dec-05, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1
研究论文 本研究通过诱导铁死亡,系统分析了胰腺导管腺癌中糖基化模式、基因表达和免疫微环境的重塑,揭示了铁死亡与糖基化及肿瘤免疫之间的复杂关系 首次在铁死亡研究中应用O-GlcNAc修饰肽和N-糖基化肽的双通路特异性富集策略,实现了细胞死亡过程中糖基化模式的系统分析;结合高分辨率质谱、转录组和单细胞转录组数据,构建了多组学相互验证的全景分析框架;引入Scissor方法将TCGA铁死亡通路活性映射到单细胞数据,实现了从群体水平到细胞亚群的跨尺度分析 研究主要依赖高通量组学和计算分析,缺乏系统的体外和体内功能验证、联合药物敏感性实验以及真实世界临床队列的支持 探究铁死亡与肿瘤糖基化及免疫微环境重塑之间的相互作用,为胰腺癌治疗提供新的治疗策略 胰腺导管腺癌细胞 数字病理学 胰腺癌 基于质谱的糖蛋白组学、转录组分析、单细胞RNA测序、qPCR、Western blot NA 蛋白质组学数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1069 2026-01-16
Polystyrene nanoplastics disrupt epididymal initial segment by perturbing NK cell differentiation and epithelial homeostasis
2025-Dec-05, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1
研究论文 本研究利用单细胞转录组学、非靶向代谢组学和体内实验,探索了聚苯乙烯纳米塑料暴露对大鼠附睾起始段的细胞重塑影响 首次从多组学角度详细研究了聚苯乙烯纳米塑料对附睾起始段的损伤机制,揭示了其对自然杀伤细胞分化、上皮稳态和血-附睾屏障功能的破坏作用 研究仅在大鼠模型中进行,尚未在人类或其他物种中验证;长期暴露效应和可逆性仍需进一步研究 探究环境污染物聚苯乙烯纳米塑料对雄性生殖系统附睾起始段的毒性作用机制 大鼠附睾起始段组织、精子细胞、自然杀伤细胞、上皮细胞 单细胞组学 生殖系统疾病 单细胞转录组学, 非靶向代谢组学, 体内实验 NA 转录组数据, 代谢组数据, 组织学图像 大鼠分组研究(对照组、低剂量组、中剂量组、高剂量组) NA 单细胞RNA-seq NA NA
1070 2026-01-16
Single-cell transcriptome analysis reveals regulatory programs of prognosis-associated RNA binding proteins during LIHC development
2025-Dec-05, Cancer cell international IF:5.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析,揭示了与肝细胞癌预后相关的RNA结合蛋白在肿瘤发展过程中的调控程序 首次在单细胞水平系统解析了肝细胞癌中RNA结合蛋白的异质性及其调控网络,并鉴定出HDGF作为关键的致癌性RNA结合蛋白,关联了其与选择性剪接事件的关系 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内动物模型验证;单细胞数据样本量有限,且未涵盖所有HCC亚型 探究肝细胞癌中RNA结合蛋白的单细胞水平异质性、调控作用及其治疗潜力 肝细胞癌肿瘤组织、恶性细胞群、髓系来源细胞群 数字病理学 肝癌 单细胞RNA测序,生物信息学分析,体外功能验证 NMF算法,单细胞转录组分析 转录组数据,单细胞RNA测序数据 基于TCGA-LIHC队列数据,具体单细胞样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1071 2026-01-16
Integrated bulk and single-cell transcriptomics to develop an efferocytosis-related prognostic model for lung adenocarcinoma and validate the key gene LDHA
2025-Dec-04, European journal of medical research IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过整合bulk和单细胞转录组学,构建了一个与胞葬作用相关的肺腺癌预后模型,并验证了关键基因LDHA的功能 首次整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,构建了基于胞葬作用相关基因的肺腺癌预后模型,并通过实验验证了LDHA在调控肿瘤相关巨噬细胞极化及促进肿瘤进展中的关键作用 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要更多前瞻性临床队列验证;体外实验未能完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 识别肺腺癌中与胞葬作用相关的预后基因和潜在治疗靶点 肺腺癌患者、肿瘤相关巨噬细胞、LUAD细胞系 生物信息学、肿瘤免疫学 肺腺癌 bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归, 伪时间轨迹分析, 细胞通讯分析, 体外功能实验 预后模型(四基因特征), 机器学习(LASSO回归) 基因表达数据、单细胞转录组数据 来自UCSC Xena和GEO数据库的肺腺癌患者bulk RNA-seq数据,以及scRNA-seq数据 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
1072 2026-01-16
The multifaceted role of SQSTM1/p62 in disc degeneration: A master regulator of cellular stress responses
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3
综述 本文综述了SQSTM1/p62蛋白在椎间盘退变中的多面性作用,包括其调控自噬、氧化应激、炎症和程序性细胞死亡等多种细胞应激反应通路 系统总结了SQSTM1/p62作为细胞应激反应主调控因子在椎间盘退变中的核心作用,并提出了其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 精确调控SQSTM1活性仍面临挑战,且相关研究发现向临床治疗转化存在困难 阐明SQSTM1/p62在椎间盘退变发病机制中的作用,探索其作为治疗靶点的可能性 SQSTM1/p62蛋白及其在椎间盘退变中的功能 NA 椎间盘退变 NA NA NA NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1073 2026-01-16
Single-cell RNA sequencing reveals immune cell alterations in patients with allergic rhinitis treated with Peiyuan Tong-qiao decoction
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了培元通窍汤治疗过敏性鼻炎患者时免疫细胞的变化及其机制 首次利用单细胞RNA测序技术分析培元通窍汤治疗过敏性鼻炎患者前后外周血单个核细胞的免疫细胞变化,并探索细胞间通讯和转录因子调控网络 样本量可能有限,且仅基于外周血单个核细胞分析,未涉及局部组织如鼻黏膜的免疫细胞变化 探索传统中药培元通窍汤治疗过敏性鼻炎的作用机制 过敏性鼻炎患者的外周血单个核细胞 数字病理学 过敏性鼻炎 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1074 2026-01-16
Integration of single-cell and RNA-seq analysis reveals sepsis heterogeneity and prognostic significance of FCGR3A+ Macrophage subtypes
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序和批量转录组数据,揭示了脓毒症免疫微环境的异质性,并识别了FCGR3A+巨噬细胞亚型在预后中的关键作用 通过整合单细胞与批量转录组数据,首次系统分析了脓毒症的免疫微环境异质性,并发现FCGR3A+巨噬细胞亚型在预后中的核心作用 样本量相对有限,且为回顾性分析,需要进一步前瞻性研究验证 分析脓毒症免疫微环境异质性并开发预后标志物 脓毒症患者 数字病理学 脓毒症 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 scVI算法, BayesPrism分析, StepCox + Ridge模型 单细胞RNA测序数据, 批量转录组数据 53个单细胞RNA测序样本和479名脓毒症患者的批量转录组数据 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
1075 2026-01-16
Elucidating cardiac fibroblasts heterogeneity and activation during experimental autoimmune myocarditis using spatial transcriptomics
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3
研究论文 本研究利用空间转录组学技术,探究了实验性自身免疫性心肌炎急性炎症期中心脏成纤维细胞的转录模式变化及其异质性 首次在实验性自身免疫性心肌炎模型中,通过空间转录组学解析了心脏成纤维细胞在急性炎症期的时空异质性及其与免疫细胞浸润的共定位关系 研究基于动物模型,其结果向人类疾病的转化需进一步验证;空间转录组学分辨率可能不足以完全区分所有细胞亚群 阐明实验性自身免疫性心肌炎急性炎症期心脏成纤维细胞的异质性、激活状态及其与免疫微环境的相互作用 实验性自身免疫性心肌炎小鼠模型中的心脏组织 空间转录组学 心肌炎、扩张型心肌病 空间转录组学 NA 空间转录组数据 1545个心脏成纤维细胞富集区域(其中657个以成纤维细胞为主) NA 空间转录组学 NA NA
1076 2026-01-16
ER Stress Ire1-Xbp1s Pathway Maintains Youthful Epidermal Basal Layer Through the Regulation of Cell Proliferation
2025-Dec, Aging cell IF:8.0Q1
研究论文 本研究通过引入Ire1-Xbp1s内质网应激反应通路敏感报告基因到短寿命脊椎动物Nothobranchius furzeri中,揭示了该通路在维持年轻表皮基底层细胞增殖和皮肤老化中的作用 首次在Nothobranchius furzeri模型中利用Ire1-Xbp1s通路敏感报告基因,结合光隔离化学空间转录组学,发现了该通路通过激活细胞周期调节因子Vcp维持年轻表皮细胞增殖的新机制 研究主要基于短寿命脊椎动物模型,结果在人类或其他哺乳动物中的普适性尚需进一步验证 探究内质网应激反应在衰老过程中的时空调控和功能角色 短寿命脊椎动物Nothobranchius furzeri的表皮组织 空间转录组学 皮肤老化 光隔离化学空间转录组学 NA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1077 2026-01-16
Systematic analysis of the expression profiles and prognostic values of the FAM72 family in liver cancer
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3
研究论文 本研究通过生物信息学分析评估了FAM72家族成员在肝癌中的表达水平和预后意义 首次系统分析了FAM72A-D在肝癌中的表达谱和预后价值,并构建了基于FAM72的基因特征来预测肝癌患者预后 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;单细胞RNA测序结果仅提示FAM72A-D主要存在于增殖性T细胞中,具体机制未深入探讨 探究FAM72家族成员在肝癌中的表达模式、预后价值及其与肿瘤发生的关系 肝癌组织和正常组织中的FAM72A-D基因 生物信息学 肝癌 生物信息学分析,单细胞RNA测序 NA 基因表达数据,临床数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1078 2026-01-16
MUSE: A Multi-slice Joint Analysis Method for Spatial Transcriptomics Experiments
2025-Nov, Proceedings of the ... ACM International Conference on Information & Knowledge Management. ACM International Conference on Information and Knowledge Management
研究论文 本文介绍了一种名为MUSE的计算框架,用于处理大规模多切片空间转录组数据的联合嵌入、空间域识别和基因表达插补 开发了首个专门针对多切片空间转录组数据的联合分析框架,采用双模块架构(对齐模块和优化模块)结合最优传输和虚拟邻居生成技术,有效解决了跨切片不一致性和数据质量差异问题 方法性能在模拟和真实数据集上得到验证,但未提及对超大规模切片数量(如数百个切片)的扩展性测试 开发一个能够有效整合多切片空间转录组数据的计算框架,以提高跨切片一致性、空间域识别和基因表达插补的准确性 空间转录组数据,特别是来自同一组织或实验的多个连续或相关切片 空间转录组学 NA 空间转录组学 图模型,最优传输,联合嵌入框架 空间转录组数据(基因表达矩阵与空间坐标) 12个真实数据集和48个模拟数据集 NA 空间转录组学 NA NA
1079 2026-01-16
CD34+CLDN5+ tumor associated senescent endothelial cells through IGF2-IGF2R signaling increased cholangiocellular phenotype in hepatocellular carcinoma
2025-Oct, Journal of advanced research IF:11.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序鉴定出肝细胞癌中与胆管细胞表型形成相关的特定衰老内皮细胞亚群,并揭示了其通过IGF2-IGF2R信号通路招募间充质干细胞促进肿瘤恶性进展的机制 首次在肝细胞癌中鉴定出CD34+CLDN5+衰老内皮细胞亚群,并阐明其通过分泌IGF2招募间充质干细胞、增强癌症干细胞样特性从而促进胆管细胞表型形成的全新机制 研究主要基于小鼠模型和体外实验,在人类患者中的临床验证仍需进一步开展 阐明肝细胞癌中胆管细胞表型形成的细胞机制和分子通路 肝细胞癌肿瘤微环境中的内皮细胞、间充质干细胞和肿瘤细胞 单细胞组学 肝细胞癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1080 2026-01-16
Insulin-like growth factor binding protein 7 identified in aged dental pulp by single-cell RNA sequencing
2025-Oct, Journal of advanced research IF:11.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术探索了年轻与衰老牙髓组织的异质性,并鉴定出衰老牙髓的新标记物IGFBP7,进一步探究了其在缓解细胞衰老中的作用机制 首次在单细胞水平上系统解析了年轻与衰老牙髓组织的细胞组成异质性,并发现IGFBP7作为衰老牙髓的新标记物,能减轻过氧化氢诱导的牙髓成纤维细胞衰老 需要更全面的研究来阐明IGFBP7影响牙髓衰老的确切机制,样本量相对有限 探索年轻与衰老牙髓组织的异质性,寻找衰老牙髓的新标记物并研究其作用机制 年轻与衰老的人牙髓组织样本、过氧化氢诱导的牙髓成纤维细胞衰老模型 单细胞组学 牙髓衰老 单细胞RNA测序、免疫组化染色、RNA测序、SA-β-Gal染色、γ-H2AX染色、F-actin细胞骨架染色 NA 单细胞转录组数据、RNA测序数据、图像数据 8个牙髓样本,共32,012个细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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