单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 38102 篇文献，本页显示第 10681 - 10700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10681 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq data analysis reveals functionally relevant biomarkers of early brain development and their regulatory footprints in human embryonic stem cells (hESCs)
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae230
PMID:38739758
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类胚胎干细胞早期神经元发育过程中的差异表达基因及其调控网络 | 首次在人类胚胎干细胞神经元分化过程中系统识别了539个差异表达基因，并构建了包含转录因子和miRNA的基因调控网络 | 研究仅基于体外培养的干细胞分化模型，未验证在体内环境中的适用性 | 阐明早期人类大脑发育的分子机制和转录调控动态 | 人类胚胎干细胞(hESCs)及其分化至神经元的细胞 | 单细胞组学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人类胚胎干细胞分化第26天和第54天的单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10682 | 2025-10-06 |
Error modelled gene expression analysis (EMOGEA) provides a superior overview of time course RNA-seq measurements and low count gene expression
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae233
PMID:38770716
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研究论文 | 提出一种名为EMOGEA的RNA-seq数据分析框架，专门用于处理时序RNA-seq数据和低计数基因表达分析 | 开发了能够整合测量不确定性的分析框架，特别适用于监测动态现象，并能处理低计数转录本和小倍数变化的基因表达 | NA | 改进时序RNA-seq数据的分析方法，提高对动态基因调控过程的理解 | 时序RNA-seq数据，包括斑马鱼胚胎发育和小鼠植入前胚胎的单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | EMOGEA框架 | RNA-seq数据，单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10683 | 2025-10-06 |
Revealing cell-cell communication pathways with their spatially coupled gene programs
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae202
PMID:38706319
|
研究论文 | 提出一种名为IGAN的新方法，通过空间相邻细胞间的基因关联网络推断细胞间通讯及其上下游通路 | 首次实现估计两个特定空间相邻单细胞间的基因关联网络，并构建全景细胞互作-通路图谱 | NA | 开发能够探索细胞间通讯上下游通路的新计算方法 | 空间相邻的单个细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 基因关联网络 | 空间转录组数据 | 多个公共数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10684 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing data imputation using bi-level feature propagation
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae209
PMID:38706317
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据插值的双层特征传播方法 | 开发了scBFP方法，通过两步图特征传播同时利用基因-基因和细胞-细胞关系，避免影响非零值并减少噪声传播 | 未明确说明方法在极端稀疏数据或特定细胞类型中的性能限制 | 解决单细胞RNA测序数据中的技术噪声、丢失事件和稀疏性问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图特征传播 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 10685 | 2025-10-06 |
Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.18.572214
PMID:38187768
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研究论文 | 开发了Escort框架用于评估单细胞RNA测序数据是否适合轨迹推断并量化分析决策对轨迹特性的影响 | 提出了首个通过数据驱动评估来指导单细胞轨迹分析决策的框架，减少了方法选择和参数优化的不确定性 | 未提及具体的性能验证数据集规模或与其他方法的详细比较结果 | 解决单细胞RNA测序轨迹推断中分析方法选择不确定性的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 轨迹推断方法 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 10686 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomic Analysis Reveals HDAC Inhibition Modulates Microglial Dynamics to Protect Against Ischemic Stroke in Mice
2025-Sep, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70035
PMID:40415727
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示HDAC抑制剂通过调节小胶质细胞动态发挥抗缺血性脑卒中保护作用 | 首次结合空间转录组学和3D形态重建技术，阐明HDAC抑制剂对小胶质细胞表型和空间分布的调控机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探究HDAC抑制剂调控小胶质细胞在缺血性脑卒中中的保护机制 | 小鼠缺血性脑卒中模型中的小胶质细胞 | 空间转录组学 | 缺血性脑卒中 | 空间转录组学，3D形态重建 | NA | 空间转录组数据，形态学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10687 | 2025-10-06 |
Spatial heterogeneity in glioblastoma: Decoding the role of perfusion
2025-Sep, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189383
PMID:40614878
|
综述 | 本文综述了胶质母细胞瘤中灌注驱动的空间异质性及其对免疫调节和治疗抵抗的影响 | 聚焦于灌注作为胶质母细胞瘤空间异质性的关键决定因素，系统阐述了其对肿瘤微环境和治疗抵抗的影响机制 | 作为综述文章，主要基于现有文献分析，缺乏原始实验数据验证 | 探讨灌注驱动的差异如何影响胶质母细胞瘤的瘤内异质性，特别关注免疫调节和治疗抵抗方面 | 胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境，包括癌细胞、免疫细胞和其他基质细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 第三代基因组学、高分辨率代谢组学、单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10688 | 2025-10-06 |
Proteomic profiling of nasal fluids and serum for type 2 nasal polyps diagnosis
2025-Aug, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology
DOI:10.1016/j.anai.2025.04.007
PMID:40280274
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学分析和机器学习框架开发了基于鼻液和血清蛋白质表达的无创诊断模型，用于2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉的诊断 | 首次结合蛋白质组学与机器学习方法，基于鼻液和血清样本开发了2型鼻息肉的无创诊断模型，并识别出关键生物标志物 | 样本量相对有限（82例患者），需要更大规模的研究验证模型的普适性 | 系统评估鼻液和血清中蛋白质表达对2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉的预测价值 | 82例慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者 | 机器学习 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 邻近延伸分析、免疫组织化学、单细胞RNA测序、逆转录定量聚合酶链反应 | 机器学习（LASSO回归） | 蛋白质表达数据、RNA测序数据 | 82例患者 | NA | 单细胞RNA测序、蛋白质组学分析 | NA | NA |
| 10689 | 2025-10-06 |
CCR2+ monocytes promote memory CD8+ T-cell differentiation via membrane-bound TGF-β
2025-Aug, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-025-01299-2
PMID:40461701
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了CCR2+单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8+ T细胞分化的新机制 | 首次发现单核细胞通过细胞间接触和膜结合TGF-β依赖的方式促进记忆CD8 T细胞分化，揭示了CD8 T细胞命运决定的空间机制 | 研究主要聚焦于急性感染模型中的脾脏环境，其他组织或慢性感染中的机制尚不明确 | 探究急性感染期间效应和记忆CD8 T细胞命运决定的空间决定因素 | CD8 T细胞、单核细胞、树突状细胞 | 免疫学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10690 | 2025-10-06 |
From roots to nodules: regulation of organogenesis in nitrogen-fixing symbiosis
2025-Aug, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2025.102755
PMID:40582138
|
综述 | 本文综述了固氮植物根瘤器官发生的分子调控机制及其与侧根发育的进化关系 | 通过比较根瘤与侧根发育的调控网络，揭示器官特异性进化的分子基础，并整合单细胞转录组等新兴技术 | 主要聚焦于豆科植物蝶形花亚科，可能不适用于其他固氮植物类群 | 探索固氮共生中根瘤器官发生的调控机制及其进化起源 | 固氮植物根瘤器官发育过程 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学、先进成像技术、系统基因组学 | NA | 基因表达数据、成像数据、进化数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10691 | 2025-10-06 |
The Critical Role of APOE+ Macrophages in the Immune Microenvironment and Prognosis of Lung Adenocarcinoma
2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70731
PMID:40736341
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了APOE+巨噬细胞在肺腺癌免疫微环境中的关键作用，并开发了相关的风险预测模型 | 首次系统阐明APOE+巨噬细胞通过MIF信号通路塑造免疫抑制微环境的机制，并开发了具有最高预后准确度的风险模型 | NA | 阐明APOE+巨噬细胞在肺腺癌免疫微环境中的免疫调节功能及临床意义 | 肺腺癌肿瘤微环境中的APOE+巨噬细胞 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞转录组测序, 多重免疫荧光分析, 机器学习 | RSF, Ridge | 单细胞转录组数据, 突变谱数据, 免疫组化数据 | 7个公共队列和3个前瞻性免疫治疗队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10692 | 2025-10-06 |
Lymph-node-derived stem-like but not tumor-tissue-resident CD8+ T cells fuel anticancer immunity
2025-Aug, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02219-2
PMID:40730900
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和遗传小鼠模型系统解析了肿瘤和引流淋巴结中CD8+ T细胞的异质性与功能 | 发现淋巴结来源的干细胞样CD8+ T细胞而非肿瘤组织驻留细胞驱动抗肿瘤免疫，并揭示TGFβ在限制干细胞样T细胞丰度中的核心作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类癌症中的发现需要进一步验证 | 阐明不同类型CD8+ T细胞在肿瘤控制和免疫检查点阻断治疗中的相对贡献 | 肿瘤和肿瘤引流淋巴结中的细胞毒性T细胞 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10693 | 2025-08-03 |
Correction: Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA
2025-Aug-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11923-0
PMID:40750841
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10694 | 2025-10-06 |
Dual-expression (primitive enterocyte phenotype and neuroendocrine differentiation) gastric adenocarcinoma: the unique high-aggressive subtype
2025-Aug-01, Virchows Archiv : an international journal of pathology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s00428-025-04191-6
PMID:40751090
|
研究论文 | 本研究识别并表征了胃腺癌中同时表达原始肠上皮细胞表型和神经内分泌分化的独特高侵袭性亚型 | 首次系统描述了胃腺癌中双重表达亚型的临床病理特征，发现其具有独特的侵袭行为和分子特征 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证 | 阐明双重表达胃腺癌亚型的临床病理特征和分子特性 | 胃腺癌患者组织样本和胃癌细胞系 | 数字病理学 | 胃癌 | 免疫组织化学，单细胞RNA测序，体外实验 | NA | 组织样本，细胞系，测序数据 | 186例GAPEP患者（77例DEGA，109例nDEGA） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10695 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals biomarker heterogeneity linked to CDK4/6 Inhibitor resistance in breast cancer cell lines
2025-Jul-31, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-025-00803-1
PMID:40738893
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示乳腺癌细胞系中CDK4/6抑制剂耐药性相关的生物标志物异质性 | 首次在单细胞水平揭示CDK4/6抑制剂耐药标志物存在显著的细胞系内和细胞系间异质性，并在临床试验中验证了这一发现 | 研究基于细胞系模型，需要在更多临床样本中进一步验证 | 探究CDK4/6抑制剂耐药机制及生物标志物异质性 | 七种luminal乳腺癌细胞系及其palbociclib耐药衍生物，FELINE临床试验样本 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 七种乳腺癌细胞系及其耐药衍生物，FELINE临床试验样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10696 | 2025-10-06 |
Isorhapontigenin alleviates pulmonary fibrosis by inhibiting oxidative stress-induced senescence via STAT3/PRDX2 signals in alveolar epithelial cells
2025-Jul-31, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115287
PMID:40749611
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研究论文 | 本研究揭示异丹叶大黄素通过STAT3/PRDX2信号通路抑制氧化应激诱导的肺泡上皮细胞衰老，从而缓解肺纤维化 | 首次发现异丹叶大黄素通过上调PRDX2表达抑制氧化应激诱导的细胞衰老，为肺纤维化治疗提供新靶点 | 研究主要基于动物模型和细胞系，尚未进行临床试验验证 | 探究异丹叶大黄素治疗特发性肺纤维化的分子机制 | 肺泡上皮细胞和肺纤维化组织 | 分子生物学 | 肺纤维化 | 网络药理学,蛋白质组学,分子对接,DARTS检测,LC-MS/MS,单细胞测序 | NA | 蛋白质组数据,单细胞测序数据 | 博来霉素诱导的小鼠模型和TGF-β处理的BEAS-2B细胞 | NA | 单细胞测序,蛋白质组学 | NA | NA |
| 10697 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of cholesterol metabolism-related genes in prostate cancer: integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing
2025-Jul-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03294-5
PMID:40736630
|
研究论文 | 本研究构建并验证了基于胆固醇代谢基因的前列腺癌预后特征模型 | 整合单细胞和bulk RNA测序数据构建胆固醇代谢基因预后特征，并探索其与生物学通路、免疫景观和药物敏感性的关联 | 研究基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证 | 构建胆固醇代谢基因相关的预后特征以预测前列腺癌患者预后 | 前列腺腺癌患者 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | TCGA前列腺癌数据集和三个外部验证队列 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 10698 | 2025-10-06 |
Comprehensive insight on immune landscape in intracerebral hemorrhage patients with single-cell RNA sequencing: from blood to hematoma
2025-Jul-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03518-z
PMID:40739271
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术全面解析脑出血患者血肿和血液样本中的免疫细胞景观 | 首次从脑出血患者血肿样本中获取免疫细胞进行单细胞转录组分析，揭示了Toll样受体4在免疫炎症和代谢中的作用 | 样本量较小（4名患者和3名健康对照），需要更大规模研究验证发现 | 研究脑出血患者免疫细胞的转录特征和动态炎症过程 | 脑出血患者的血肿和血液样本，以及健康志愿者的血液样本 | 单细胞组学 | 脑出血 | 单细胞RNA测序 | 细胞轨迹推断，细胞间通讯分析 | 单细胞转录组数据 | 4名脑出血患者和3名健康志愿者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10699 | 2025-10-06 |
CanCellCap: robust cancer cell capture across tissue types on single-cell RNA-seq data by multi-domain learning
2025-Jul-30, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02337-1
PMID:40739511
|
研究论文 | 提出一种基于多领域学习的CanCellCap框架，用于在单细胞RNA测序数据中跨组织类型识别癌细胞 | 整合领域对抗学习和专家混合模型，能够同时提取不同组织中癌细胞和正常细胞的通用和特异性基因表达模式，并通过掩码重建策略适应不同测序平台 | NA | 开发一个能够在不同组织、癌症类型和测序平台上稳健识别癌细胞的通用框架 | 单细胞RNA测序数据中的癌细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 多领域学习框架，包含领域对抗学习和专家混合模型 | 单细胞RNA测序数据，空间转录组数据 | 在13种组织类型、23种癌症类型和7种测序平台的基准数据集上进行评估 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10700 | 2025-10-06 |
Nitidine chloride may mediate its antitumor effects by targeting kinesin family member 20A in colorectal cancer cells
2025-Jul-24, World journal of clinical oncology
IF:2.6Q3
DOI:10.5306/wjco.v16.i7.108666
PMID:40741189
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研究论文 | 本研究探讨氯化硝基苯胺通过靶向KIF20A抑制结直肠癌细胞的抗肿瘤机制 | 首次揭示氯化硝基苯胺与KIF20A的高亲和力结合及其在结直肠癌治疗中的潜在作用机制 | 需要进一步通过KIF20A敲除实验验证NC的结合特异性和机制作用 | 研究KIF20A在结直肠癌细胞中的表达特征及其作为NC潜在靶基因的作用 | 结直肠癌细胞系（HCT116等）和416例临床组织样本（208例癌组织+208例对照组织） | 癌症研究 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,mRNA表达谱分析,免疫组织化学染色,CRISPR基因编辑,分子对接,RNA测序 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,临床样本数据 | 416例临床组织样本（208对癌与癌旁组织）和多种结直肠癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,RNA测序 | NA | NA |