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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1001 | 2026-09-02 |
Evaluating cell type deconvolution in FFPE breast tissue: application to benign breast disease
2024-09, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae098
PMID:40162103
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研究论文 | 本研究评估了多种细胞类型反卷积方法在福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)乳腺组织中的应用,并针对良性乳腺疾病样本进行了测试。 | 引入了深度学习方法Scaden,证明其在FFPE伪影影响下表现稳健,并开发了R包SCdeconR以简化细胞类型反卷积评估及下游分析。 | 研究基于特定乳腺组织和FFPE样本,可能不适用于其他组织类型或新鲜样本。 | 优化从bulk FFPE样本中定义细胞类型组成的方法,并评估不同反卷积算法在FFPE伪影下的表现。 | 62份良性乳腺疾病FFPE组织样本,以及构建的乳腺组织单细胞RNA-seq参考数据。 | 生物信息学,机器学习 | 良性乳腺疾病 | RNA-seq,单细胞RNA-seq,数字病理学 | 深度学习(Scaden) | 基因表达数据(bulk和单细胞),图像数据(数字病理) | 62份FFPE乳腺组织样本 | NA | bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1002 | 2026-09-02 |
ScRNA-seq revealed the tumor microenvironment heterogeneity related to the occurrence and metastasis in upper urinary tract urothelial carcinoma
2024-08, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-024-00779-3
PMID:38877164
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析上尿路尿路上皮癌(UTUC)的正常组织、原发肿瘤和淋巴转移灶,揭示肿瘤微环境异质性及其在发生和转移中的作用 | 首次利用单细胞转录组测序揭示UTUC肿瘤微环境中不存在免疫抑制现象,并强调基质细胞在肿瘤进展中的关键作用 | 样本量较小,仅包含3例高级别UTUC患者,可能限制结果的普适性 | 探索UTUC发生和转移的分子和细胞机制,寻找诊断和治疗靶点 | 3例高级别UTUC患者的正常组织、原发肿瘤和淋巴转移样本 | 单细胞转录组学 | 上尿路尿路上皮癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 28,315个细胞,来自3例患者的正常和肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1003 | 2026-09-02 |
Comprehensive analysis of macrophage-associated inflammatory genes in AMI based on bulk combined with single-cell sequencing data
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17981
PMID:39308815
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研究论文 | 本研究综合分析了急性心肌梗死中巨噬细胞相关炎症基因,结合批量与单细胞测序数据,鉴定出关键基因并验证其表达上调 | 结合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,首次全面分析AMI中巨噬细胞相关炎症基因,并鉴定出Saa3、Acp5、Fcgr4作为潜在生物标志物 | 本研究依赖生物信息学分析,实验验证仅限于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 探索急性心肌梗死后巨噬细胞相关炎症反应中的关键靶点,提供治疗新视角 | 急性心肌梗死中的巨噬细胞及相关炎症基因 | 生物信息学 | 急性心肌梗死 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、qRT-PCR | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 多个数据集(GSE163465, GSE236374, GSE183272, GSE114695)及小鼠心肌组织 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 1004 | 2026-09-02 |
Spatial Single Cell Analysis of Proteins in 2D Human Gastruloids Using Iterative Immunofluorescence
2023-Oct, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.915
PMID:37882990
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研究论文 | 本文介绍了一种迭代免疫荧光方案和计算流程,用于在2D人类胃泌素样结构中同时分析超过27种蛋白质的空间表达和细胞信号活动 | 通过迭代免疫荧光大大提高了多重检测能力,结合计算流程实现空间共定位分析,并能与单细胞RNA测序技术结合 | 文章未提及具体局限性,但可能涉及实验复杂性或通量限制 | 深入理解发育过程中多种信号通路如何协同指导细胞命运的空间和时间组织 | 2D人类胃泌素样结构 | 计算生物学、发育生物学 | 不适用 | 迭代免疫荧光、单细胞蛋白质表达分析 | 聚类分析 | 图像 | 未明确说明 | NA | 免疫荧光 | NA | 迭代免疫荧光协议,支持生成微图案多孔载玻片 |
| 1005 | 2026-09-02 |
RETROFIT: Reference-free deconvolution of cell-type mixtures in spatial transcriptomics
2023-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.07.544126
PMID:37333291
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研究论文 | 提出一种无需单细胞参考的贝叶斯方法RETROFIT,用于空间转录组数据中细胞类型混合物的解卷积,并在合成和真实数据集上验证其性能。 | RETROFIT是一种参考自由的贝叶斯方法,不依赖单细胞转录组参考,能够产生稀疏且可解释的解卷积结果,优于现有参考依赖和参考自由方法。 | 未明确提及 | 开发一种参考自由的细胞类型解卷积方法,以准确估计空间转录组数据中每个位置的细胞类型组成和基因表达重建。 | 空间转录组数据,包括合成数据集和来自Slide-seq和Visium平台的真实ST数据,以及人类肠道发育ST数据。 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 贝叶斯模型 | 空间基因表达数据 | 包含合成数据集和真实ST数据集(Slide-seq和Visium),以及人类肠道发育ST数据 | 10x Genomics, NA(Slide-seq可能涉及其他平台) | 空间转录组学 | 10x Visium, Slide-seq | Slide-seq和Visium平台 |
| 1006 | 2026-09-02 |
Combined protein and transcript single-cell RNA sequencing in human peripheral blood mononuclear cells
2022-09-01, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-022-01382-4
PMID:36045343
|
研究论文 | 本文开发了结合蛋白质和转录组的单细胞RNA测序方法,用于人外周血单个核细胞(PBMCs)的研究,并展示了其在临床研究中的适用性。 | 首次将40种抗体与转录组单细胞测序结合,在PBMCs中实现更高分辨率的细胞亚群鉴定,优于传统流式细胞术、质谱流式或单独的单细胞RNA测序。 | 仅基于摘要,具体局限性未提及。 | 开发并验证结合蛋白质和转录组的单细胞RNA测序方法,用于PBMCs的临床研究,以评估疾病相关变化。 | 31名女性跨机构HIV研究参与者的外周血单个核细胞(PBMCs)。 | 单细胞测序 | HIV感染及心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)结合蛋白质抗体标记 | Seurat UMAP和Louvain聚类 | 单细胞转录组和蛋白质数据 | 31名参与者,共41,611个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1007 | 2026-09-01 |
Keratin 15 Regulates Cell Proliferation in Outer Enamel Epithelium
2026-05, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345251368346
PMID:41103018
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现Krt15是外釉上皮的特异性标记基因,并揭示其在牙齿发育中调节细胞增殖的作用 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出外釉上皮的特异性标记基因Krt15,并阐明其通过抑制p38 MAPK通路控制牙齿发育中的细胞增殖 | 研究基于小鼠模型和体外细胞系,可能不完全代表人类牙齿发育过程;功能验证仅依赖体外器官培养和细胞系实验 | 揭示牙齿发育过程中外釉上皮的基因表达谱及其功能作用 | 小鼠牙胚中的外釉上皮细胞及牙上皮细胞系CLDE | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 单细胞基因表达数据 | 出生后第7天的小鼠切牙和胚胎第14天的小鼠第一磨牙牙胚(具体数量未说明) | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 1008 | 2026-09-01 |
Unraveling the Transcription Factor Code of Odontoblast Differentiation
2026-02, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345251348148
PMID:40650465
|
研究论文 | 基于单细胞RNA-seq分析,本研究揭示了四个转录因子在成牙本质细胞分化中的作用,并通过在诱导多能干细胞中过表达这些转录因子,成功引导其分化为成牙本质样细胞 | 首次评估了四个特定转录因子在牙齿发育中的作用,并证明通过控制转录因子编码的表达足以引导干细胞分化为成牙本质样细胞,为利用大型组学数据指导细胞分化提供了概念验证 | 未提供具体信息 | 探究控制成牙本质细胞分化的转录因子编码,并验证其作为细胞分化治疗策略的可行性 | 小鼠诱导多能干细胞及成牙本质细胞 | 发育生物学、组织工程 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠牙齿组织样本,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1009 | 2026-09-01 |
A phenotypic brain organoid atlas and biobank for neurodevelopmental disorders
2025-12-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.10.006
PMID:41187745
|
研究论文 | 构建了一个包含352个患者来源的诱导多能干细胞系和6000多个脑类器官的表型图谱,用于研究神经发育障碍的细胞缺陷。 | 首次提供了大规模、基因多样性的神经发育障碍患者来源的iPSC生物库及脑类器官图谱,并揭示了不同疾病类别特异性的细胞表型。 | 摘要中未明确提及局限性。 | 研究神经发育障碍的机制,并填补基因型与表型之间的空白。 | 来自神经发育障碍患者的诱导多能干细胞(iPSC)和脑类器官。 | 神经科学 | 神经发育障碍(包括小头畸形、多小脑回、癫痫和智力障碍) | 单细胞转录组学、组织学 | 类器官模型 | 临床数据、脑影像、基因组数据、单细胞转录组数据 | 352个iPSC系,来自35名患者的超过6000个脑类器官,以及10名神经典型个体的类器官文库 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1010 | 2026-09-01 |
Space-associated stem cell hallmarks of aging and resilience in astronauts
2025-12-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.11.001
PMID:41289992
|
研究论文 | 该文章通过对9名宇航员在国际空间站短期任务前后的造血干祖细胞进行多组学分析,揭示了太空飞行对造血干祖细胞功能的影响及机体的恢复能力 | 首次对宇航员的造血干祖细胞进行功能组织的多组学衰老和恢复力分析,结合全基因组测序、全转录组测序、单细胞RNA测序等多种技术,发现太空飞行与造血干祖细胞存活、自我更新、ADAR1、端粒维持、动员、细胞周期及“战斗或逃跑”基因表达的部分可逆变化相关 | 样本量较小,仅为9名宇航员,且任务时长较短,可能无法全面反映长期太空飞行的影响 | 研究太空飞行对造血干祖细胞和免疫系统的影响,以及机体维持终身造血和免疫的恢复力特性 | 9名宇航员的造血干祖细胞和免疫亚群 | 基因组学、转录组学、单细胞生物学 | 不适用 | 全基因组测序(含端粒长度分析、线粒体和克隆突变分析)、全转录组测序(含RNA编辑和逆转座子分析)、单细胞RNA测序、细胞因子阵列、荧光激活细胞分选 | 不适用 | 基因组数据、转录组数据、单细胞数据、细胞因子数据、流式细胞术数据 | 9名宇航员的血液样本,采集于任务前、中、后 | 不明确 | 单细胞RNA测序、全基因组测序、全转录组测序 | 不明确 | 不明确 |
| 1011 | 2026-09-01 |
Reversing lysosomal dysfunction restores youthful state in aged hematopoietic stem cells
2025-12-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.10.012
PMID:41289991
|
研究论文 | 本文研究了衰老造血干细胞中溶酶体功能异常,发现其过度酸化、耗竭和损伤,并通过抑制v-ATPase恢复溶酶体稳态,显著提升老年造血干细胞的再生能力 | 首次揭示溶酶体过度激活而非仅自噬介导在造血干细胞衰老中的关键驱动作用,并证明通过v-ATPase抑制剂可逆转衰老状态 | 研究主要基于小鼠模型,未在人类造血干细胞中验证,且未探讨长期抑制溶酶体的潜在副作用 | 阐明溶酶体功能障碍在造血干细胞衰老中的作用,并探索通过靶向溶酶体恢复老年造血功能的策略 | 老年和年轻造血干细胞 | 干细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠造血干细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1012 | 2026-09-01 |
Human heart-macrophage assembloids mimic immune-cardiac interactions and enable arrhythmia disease modeling
2025-11-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.09.011
PMID:41151577
|
研究论文 | 构建人类心脏-巨噬细胞组装体模型,模拟免疫-心脏相互作用并用于心律失常疾病建模 | 首次将自体人类多能干细胞来源的胚胎单核细胞整合到心脏类器官中,生成具有生理相关性的心脏组织驻留巨噬细胞,实现长期维持并参与心脏发生 | 尚未提及具体局限性 | 建立人类心脏-巨噬细胞组装体模型,研究免疫-心脏相互作用及炎症驱动的心律失常机制 | 人类多能干细胞来源的心脏类器官和胚胎单核细胞 | 数字病理学 | 心律失常 | 单细胞转录组学、活体成像、蛋白质组学 | 类器官模型 | 图像、文本 | 未提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1013 | 2026-09-01 |
3D-generation of high-purity midbrain dopaminergic progenitors and lineage-guided refinement of grafts supports Parkinson's disease cell therapy
2025-11-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.10.001
PMID:41151578
|
研究论文 | 开发了三维分化方法SphereDiff,生成高纯度中脑多巴胺能祖细胞,移植后有效恢复多巴胺水平并纠正帕金森病模型小鼠的运动缺陷,通过单细胞空间转录组学和谱系追踪优化细胞治疗。 | 创新点在于开发了SphereDiff三维分化方法,显著提高mDA神经元产量;利用跨移植单细胞分裂条形码技术揭示供体细胞克隆谱系命运,并基于这些见解进一步优化分化方法,消除脱靶谱系细胞。 | 研究未明确提及局限性。 | 提高帕金森病细胞治疗中多巴胺能神经元的体内产量和明确供体细胞的谱系命运,以提高治疗的安全性和有效性。 | 人类多能干细胞衍生的中脑多巴胺能祖细胞及其移植后的分化命运。 | 再生医学 | 帕金森病 | 单细胞空间转录组学、跨移植单细胞分裂条形码 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、条形码数据 | 帕金森病模型小鼠 | NA | 单细胞空间转录组学、单细胞分裂条形码 | NA | NA |
| 1014 | 2026-09-01 |
GCNLA: Inferring Cell-Cell Interactions From Spatial Transcriptomics With Long Short-Term Memory and Graph Convolutional Networks
2025-11, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3572383
PMID:40402695
|
研究论文 | 提出一种基于图卷积网络和长短期记忆网络的架构GCNLA,用于从空间转录组数据推断细胞间相互作用 | 结合图卷积网络和长短期记忆注意力模块,不仅学习细胞的空间结构,还捕获远端细胞间的相互作用信息,并通过注意力模块增强相关特征 | 未在摘要中说明具体局限性 | 从空间转录组数据中推断细胞间相互作用,并支持下游分析如单细胞聚类 | 空间转录组数据中的细胞 | 机器学习 | NA | 空间转录组测序 | 图卷积网络、长短期记忆网络、注意力机制 | 空间转录组数据 | seqFISH和MERFISH数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1015 | 2026-09-01 |
Disrupted developmental signaling induces novel transcriptional states
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2418351122
PMID:41118206
|
研究论文 | 本研究提出一种新算法DAISEE,用于整合复杂实验设计下的单细胞数据集,以识别信号扰动引起的转录状态变化,并应用于斑马鱼胚胎中MEK/ERK信号过度激活的研究。 | 提出了设计感知的单细胞实验整合算法DAISEE,能更有效地分离扰动响应与混杂批次效应,优于现有整合非负矩阵分解框架。 | 研究中未明确提及局限性。 | 研究信号通路扰动如何诱导异质性细胞状态产生不同转录反应,并开发计算方法整合复杂实验设计的单细胞数据。 | 5小时大的斑马鱼胚胎单细胞,表达优化的光转换MEK(psMEK)以全局激活ERK信号。 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 单细胞转录组数据 | 多个斑马鱼胚胎样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1016 | 2026-09-01 |
Single-cell sequencing uncovers sensory neuron-mediated CGRP signaling as a driver of sarcoma progression
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2500161122
PMID:41118222
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示感觉神经元介导的CGRP信号驱动骨肉瘤进展的机制,为治疗提供新策略 | 首次将单细胞测序与化学遗传学方法结合,揭示感觉神经元在骨肿瘤进展中的非疼痛功能,并利用FDA已批准的药物靶向神经抑制,展示临床转化潜力 | 主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限,需要进一步临床验证神经靶向治疗的安全性和有效性 | 探索肿瘤相关感觉神经元在骨肉瘤进展中的调控功能,并评估神经抑制疗法对肿瘤生长的影响 | 骨肉瘤小鼠模型及人类骨肉瘤样本,包括肿瘤细胞、肿瘤微环境细胞、感觉神经元 | 单细胞转录组学、肿瘤生物学、神经科学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序、化学遗传学、基因敲入小鼠、多模态多组学分析 | 转基因小鼠模型(TrkA敲入)、肿瘤移植模型 | 单细胞转录组、组织学图像、肿瘤样本多组学数据 | 小鼠模型若干(未提供具体数量),人类骨肉瘤样本若干(未提供具体数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1017 | 2026-09-01 |
An inducible model of human post-implantation development derived from primed and naive stem cells
2025-10-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.08.005
PMID:40885193
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研究论文 | 开发了诱导型干细胞胚胎模型(iSCBEMs),通过结合primed和naive人类多能干细胞模拟人植入后早期发育的关键特征。 | 通过转基因诱导naive hPSCs产生胚外细胞,与primed hPSCs组合,创建了可诱导、可重复的干细胞胚胎模型,能够模拟卡内基阶段5-6的发育特征,并追踪胚外细胞起源。 | 模型尚不完美,未能完全模拟自然胚胎的所有特征,存在一定的局限性。 | 开发一种稳健的干细胞胚胎模型,以研究人植入后早期发育过程,克服自然胚胎获取的限制。 | 人类多能干细胞(primed和naive)及其衍生的胚外细胞。 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 干细胞胚胎模型 | 单细胞RNA测序数据 | 未提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1018 | 2026-09-01 |
Novel biomarkers related to mitochondrial permeability transition driven-necrosis in hypertrophic cardiomyopathy
2025-10, Journal of cardiology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.jjcc.2025.04.008
PMID:40306461
|
研究论文 | 本研究结合转录组学和孟德尔随机化分析,探索线粒体通透性转换驱动坏死相关基因在肥厚型心肌病中的作用 | 首次结合转录组学和孟德尔随机化分析,识别肥厚型心肌病中与线粒体通透性转换驱动坏死相关的新基因 | 未明确说明局限性 | 探讨线粒体通透性转换驱动坏死相关基因与肥厚型心肌病的关联 | 肥厚型心肌病相关基因及细胞类型 | 转录组学、单细胞测序 | 肥厚型心肌病 | RNA-seq, scRNA-seq, 孟德尔随机化 | NA | 转录组数据、单细胞数据 | NA | NA | RNA-seq, scRNA-seq | NA | NA |
| 1019 | 2026-09-01 |
The overexpression of HOXC6 in LUSC and pan-squamous cell carcinomas indicates the coexistence of nuclear division regulatory mechanisms
2025-Oct, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/18758592251390255
PMID:41160411
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等多种方法探讨HOXC6在肺鳞状细胞癌及其他鳞状细胞癌中的过表达及其与核分裂调控机制的关系 | 首次利用单细胞RNA测序在多种鳞状细胞癌中系统分析HOXC6表达,并结合功能实验和免疫微环境分析揭示其潜在作用 | 摘要未提及具体局限性 | 探讨HOXC6在肺鳞状细胞癌中的表达模式及其功能,并评估其在泛鳞状细胞癌中的潜在作用 | 肺鳞状细胞癌、宫颈鳞状细胞癌、食管鳞状细胞癌、喉鳞状细胞癌和口腔鳞状细胞癌样本 | 数字病理学 | 肺癌、宫颈癌、食管癌、喉癌、口腔癌 | 单细胞RNA测序、RNA测序、免疫组织化学、CRISPR敲除、基因集富集分析 | NA | 基因表达数据、图像 | 摘要未提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 1020 | 2026-09-01 |
The kinase ERK plays a conserved dominant role in the heterogeneity of epithelial-mesenchymal transition in pancreatic cancer cells
2025-Aug-12, Science signaling
IF:6.7Q1
DOI:10.1126/scisignal.ads7002
PMID:40794842
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研究论文 | 该研究通过迭代间接免疫荧光成像和互信息分析,揭示了ERK激酶在胰腺癌细胞上皮-间质转化异质性中的主导作用。 | 提出了一种基于蛋白质测量的多变量信号-表型关系研究方法,并发现ERK活性变异是决定胰腺癌细胞EMT异质性的主要因素。 | 研究仅针对胰腺癌细胞和肿瘤,未涵盖其他癌症类型;且依赖间接免疫荧光成像,可能受限于抗体特异性和成像分辨率。 | 从信号蛋白水平理解胰腺癌细胞上皮-间质转化的异质性,并确定相关信号通路以指导药物组合。 | 胰腺癌细胞和肿瘤样本。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 免疫荧光成像 | NA | 图像 | 未明确指明样本数量 | NA | 免疫荧光成像 | NA | 迭代间接免疫荧光成像 |