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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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1001 | 2024-12-07 |
Statistical inference with a manifold-constrained RNA velocity model uncovers cell cycle speed modulations
2024-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.18.576093
PMID:38328127
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研究论文 | 本文开发了一种生成模型和贝叶斯推断方法,用于解决现有RNA速度算法的不稳定性和缺乏统计控制的问题,并在细胞周期研究中验证了其有效性 | 提出了一个生成模型和贝叶斯推断方法,将速度场和流形估计结合在一个统一的框架中,以一致地识别自主动力系统的参数 | NA | 开发一种新的RNA速度推断方法,以解决现有算法的不稳定性和缺乏统计控制的问题 | 细胞周期中的基因调控动力学 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA速度 | 生成模型 | 基因表达数据 | 多个样本和全基因组Perturb-seq数据 |
1002 | 2024-12-07 |
Flow-induced reprogramming of endothelial cells in atherosclerosis
2023-11, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-023-00883-1
PMID:37225873
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综述 | 本文讨论了动脉粥样硬化中血流诱导的内皮细胞重编程现象及其潜在的致动脉粥样硬化机制 | 提出了血流诱导的内皮细胞重编程(FIRE)作为潜在的致动脉粥样硬化机制 | NA | 探讨血流诱导的内皮细胞重编程机制及其在动脉粥样硬化中的作用 | 内皮细胞在动脉粥样硬化中的重编程机制 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序和染色质可及性分析 | NA | NA | 使用小鼠模型进行研究 |
1003 | 2024-12-06 |
Subtype-specific transcription factors affect polyamine metabolism and the tumor microenvironment in breast cancer
2025-Feb, Cancer innovation
DOI:10.1002/cai2.138
PMID:39629335
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研究论文 | 研究了转录因子对乳腺癌亚型中多胺代谢和肿瘤微环境的影响 | 首次确定了三个亚型特异性转录因子,它们调控高风险乳腺癌亚型中的三个多胺代谢基因,并影响肿瘤微环境 | 研究仅限于乳腺癌亚型,未涵盖其他癌症类型 | 探讨转录因子对乳腺癌亚型中多胺代谢基因的调控及其对肿瘤微环境的影响 | 乳腺癌亚型中的多胺代谢基因及其转录因子 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及四种乳腺癌亚型的RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据 |
1004 | 2024-12-06 |
Dietary caloric restriction protects experimental autoimmune uveitis by regulating Teff/Treg balance
2024-Dec-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111279
PMID:39628557
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研究论文 | 研究探讨了饮食热量限制对实验性自身免疫性葡萄膜炎的影响及其机制 | 首次详细研究了饮食热量限制对实验性自身免疫性葡萄膜炎的影响,并揭示了其通过调节Teff/Treg平衡来减轻疾病的机制 | 研究仅在实验小鼠模型中进行,尚未在人类中验证 | 探讨饮食热量限制对实验性自身免疫性葡萄膜炎的治疗潜力 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞数据 | 小鼠颈部引流淋巴结样本 |
1005 | 2024-12-06 |
A transcriptome-based risk model in sepsis enables prognostic prediction and drug repositioning
2024-Dec-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111277
PMID:39628572
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研究论文 | 本研究开发了一种基于转录组特征的脓毒症风险模型,用于早期风险分层和药物再定位 | 该模型在脓毒症诊断和预后方面表现优异,揭示了高风险患者的免疫抑制状态和低风险患者对氢化可的松的反应不佳,并通过单细胞转录组分析进一步阐明了四个基因在免疫细胞类型中的表达模式和效应 | NA | 开发一种基于转录组特征的脓毒症风险模型,用于早期风险分层和药物再定位 | 脓毒症患者的风险分层和药物再定位 | 生物信息学 | 脓毒症 | 转录组分析 | 风险评分模型 | 转录组数据 | NA |
1006 | 2024-12-06 |
Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation
2024-Dec-04, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796
PMID:39630883
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研究论文 | 研究分析了心脏骤停和复苏后循环免疫细胞的变化,发现多样性NKT细胞在改善神经系统结果中起关键作用 | 首次发现多样性NKT细胞在心脏骤停后对神经系统保护的作用,并提出通过增强这些细胞的数量或功能来治疗心脏骤停的策略 | 研究主要基于小鼠模型和临床患者数据,需要进一步的临床试验验证 | 探讨心脏骤停后神经系统损伤的机制及潜在治疗策略 | 心脏骤停患者和小鼠模型 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 免疫细胞 | 大量心脏骤停患者和小鼠样本 |
1007 | 2024-12-06 |
Complete Genomic Landscape Reveals Hidden Evolutionary History and Selection Signature in Asian Water Buffaloes (Bubalus bubalis)
2024-Dec-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407615
PMID:39630943
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研究论文 | 研究揭示了亚洲水牛(Bubalus bubalis)的完整基因组图谱,揭示了其隐藏的进化历史和选择特征 | 首次对470个驯化河流和沼泽水牛及其假定祖先野生水牛的基因组进行了测序和整合,揭示了驯化和生产力的遗传决定因素 | NA | 识别亚洲水牛驯化和生产力的遗传决定因素 | 驯化河流和沼泽水牛及其假定祖先野生水牛的基因组 | NA | NA | 基因组测序 | NA | 基因组数据 | 470个驯化河流和沼泽水牛及其假定祖先野生水牛的基因组 |
1008 | 2024-12-06 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals the dynamic changes in the tumor microenvironment during NMIBC recurrence
2024-Dec-04, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-024-02044-2
PMID:39633115
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了非肌层浸润性膀胱癌(NMIBC)复发过程中肿瘤微环境(TME)的动态变化 | 发现了与NMIBC复发相关的肿瘤相关成纤维细胞亚型和高表达IL-6的巨噬细胞亚型,并揭示了雌激素在复发性尿路上皮癌细胞中的上调 | 样本量较小,仅收集了10个样本,可能影响结果的普适性 | 帮助泌尿科医生和临床研究人员深入了解膀胱癌复发过程中肿瘤微环境的变化 | 非肌层浸润性膀胱癌(NMIBC)的复发过程 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10个非肌层浸润性膀胱癌(NMIBC)的初发和复发样本 |
1009 | 2024-12-06 |
Dual function of PHF16 in reinstating homeostasis of murine intestinal epithelium after crypt regeneration
2024-Dec-02, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.08.009
PMID:39232563
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研究论文 | 研究报告了PHF16在肠道上皮再生后恢复稳态中的双重功能 | 首次揭示了PHF16通过调节HBO1介导的组蛋白H3K14乙酰化和CDC73的泛素化来恢复肠道上皮稳态 | NA | 研究PHF16在肠道上皮再生后的稳态恢复中的作用 | PHF16在小鼠肠道上皮再生中的功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), RNA测序 (RNA-seq), ATAC测序 | NA | RNA, ATAC | Phf16小鼠的肠道器官样本 |
1010 | 2024-12-06 |
Neutrophil-based single-cell sequencing combined with transcriptome sequencing to explore a prognostic model of sepsis
2024-12-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-80791-7
PMID:39622858
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序和转录组测序数据,构建了一个基于中性粒细胞的脓毒症预后模型 | 本研究首次结合单细胞测序和转录组测序数据,构建了一个基于中性粒细胞的脓毒症预后模型,并展示了其强大的预测准确性 | 本研究依赖于公开数据库的数据,可能存在数据质量和样本偏差的问题 | 探索脓毒症的分子机制,并构建一个有效的预后模型 | 脓毒症患者的中性粒细胞及其基因表达 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞测序、转录组测序 | Lasso回归模型 | 单细胞数据、基因表达数据 | 脓毒症患者的单细胞和基因表达数据来自公开数据库,具体样本数量未提及 |
1011 | 2024-12-06 |
Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation
2024-Dec-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07308-w
PMID:39622943
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析左心房组织,揭示了心房颤动患者中巨噬细胞和单核细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用,并识别出功能性生物标志物 | 首次通过单细胞和核RNA测序技术分析左心房组织,揭示了心房颤动患者中巨噬细胞和单核细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用,并发现Amphiregulin作为心房颤动的替代标志物 | 研究样本量较小,且仅限于左心房组织,未来需要更大规模的研究来验证结果 | 识别心房颤动患者中巨噬细胞和单核细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用,并寻找功能性生物标志物 | 心房颤动患者左心房组织中的巨噬细胞和单核细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞和核RNA测序 | NA | 转录组数据 | 心房颤动患者和健康对照组的左心房组织样本 |
1012 | 2024-12-06 |
Multi-omics joint screening of biomarkers related to M2 macrophages in gastric cancer
2024-Dec-02, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01623-8
PMID:39623254
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研究论文 | 本研究通过多组学联合筛选胃癌中与M2巨噬细胞相关的生物标志物,并构建诊断模型 | 本研究首次通过多组学分析筛选出与M2巨噬细胞相关的三个生物标志物,并构建了基于这些标志物的诊断模型 | 本研究主要基于公共数据库的数据进行分析,缺乏体内实验验证 | 探索胃癌中M2巨噬细胞作为生物标志物的潜力,并构建诊断模型 | 胃癌中的M2巨噬细胞及相关生物标志物 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、差异表达基因筛选(DESeq2)、差异表达蛋白筛选(limma) | 诊断模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 4146个差异表达基因和1946个差异表达蛋白 |
1013 | 2024-12-06 |
Cross-species single-cell analysis reveals divergence and conservation of peripheral blood mononuclear cells
2024-Dec-02, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-11030-6
PMID:39623297
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研究论文 | 本文通过跨物种单细胞转录组测序分析,揭示了外周血单核细胞在不同物种间的差异和保守性 | 首次在12个物种中进行外周血单核细胞的单细胞转录组比较分析,揭示了免疫细胞在进化过程中的保守性和特异性 | NA | 研究免疫细胞在不同物种间的进化保守性和差异 | 外周血单核细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 12个物种的外周血单核细胞 |
1014 | 2024-12-06 |
SMART: spatial transcriptomics deconvolution using marker-gene-assisted topic model
2024-Dec-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03441-1
PMID:39623485
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SMART的空间转录组解卷积方法,通过标记基因辅助主题模型同时推断每个点的细胞类型特异性基因表达谱和细胞组成 | SMART方法在现实环境中优于现有方法,并提供两阶段方法以增强对细胞亚型的性能 | NA | 开发一种新的空间转录组解卷积方法,以提高细胞类型特异性基因表达和细胞组成的推断精度 | 空间转录组数据中的细胞类型特异性基因表达和细胞组成 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 主题模型 | 基因表达数据 | 多个数据集 |
1015 | 2024-12-06 |
Hematopoietic stem cell heterogeneity and age-related platelet bias: implications for bone marrow transplantation and blood disorders
2024-Dec-02, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-024-04084-6
PMID:39623507
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研究论文 | 研究了造血干细胞的异质性和与年龄相关的血小板偏向性,及其对骨髓移植和血液疾病的临床意义 | 揭示了造血干细胞中血小板偏向性的进化保守性,并探讨了其在骨髓移植和衰老相关血液疾病中的临床意义 | 讨论了当前方法学的局限性,并提出了未来研究方向以优化基于造血干细胞的治疗 | 探讨造血干细胞的异质性和与年龄相关的血小板偏向性对骨髓移植和血液疾病的影响 | 造血干细胞及其在骨髓移植和血液疾病中的作用 | NA | 血液疾病 | 单细胞RNA测序和分子条码技术 | NA | NA | NA |
1016 | 2024-12-06 |
Prediction of Tumor-Associated Macrophages and Immunotherapy Benefits Using Weakly Supervised Contrastive Learning in Breast Cancer Pathology Images
2024-Dec, Journal of imaging informatics in medicine
DOI:10.1007/s10278-024-01166-y
PMID:38886290
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研究论文 | 本文提出了一种结合对比学习和弱监督学习的方法,用于从乳腺癌病理图像中预测肿瘤相关巨噬细胞和免疫治疗效果 | 本文首次将对比学习和弱监督学习应用于病理图像分析,以量化预测肿瘤浸润免疫细胞,特别是巨噬细胞的浸润水平 | 本文的实验主要基于乳腺癌数据,未来需要验证该方法在其他癌症类型中的适用性 | 研究旨在通过病理图像分析预测肿瘤免疫微环境中的免疫细胞浸润情况,以及评估免疫治疗效果 | 研究对象为乳腺癌病理图像中的肿瘤相关巨噬细胞和免疫治疗效果 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 对比学习 | 对比学习模型 | 图像 | 两个独立的乳腺癌队列和空间转录组数据 |
1017 | 2024-12-06 |
Dynamic single-cell sequencing unveils the tumor microenvironment evolution of gastric cancer abdominal wall metastases during radiotherapy
2024-Dec, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16308
PMID:39327670
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研究论文 | 研究了放射治疗对胃癌腹壁转移瘤微环境的影响,通过单细胞RNA和T细胞受体测序分析了细胞组成和功能的变化 | 揭示了放射治疗期间胃癌腹壁转移瘤微环境中细胞组成和功能的动态变化,特别是免疫检查点基因的上调和T淋巴细胞的减少 | 仅基于一个患者的样本,结果的普适性有限 | 探讨放射治疗如何重塑胃癌腹壁转移瘤的微环境,以促进抗肿瘤免疫 | 胃癌腹壁转移瘤的微环境及其在放射治疗期间的动态变化 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,T细胞受体测序 | NA | 单细胞RNA数据,T细胞受体数据 | 一个患者的四个肿瘤样本,分别在基线和放射治疗期间采集 |
1018 | 2024-12-06 |
A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01764-7
PMID:39406950
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了来自多种神经疾病和中枢神经系统区域的215,680个活体人小胶质细胞,识别出与疾病相关的亚群和工具化合物 | 本文首次通过大规模单细胞RNA测序揭示了小胶质细胞在不同神经疾病中的异质性,并验证了化合物在体外重现特定亚型的能力 | 研究主要集中在体外和模型系统中,尚未在临床环境中验证化合物的效果 | 揭示小胶质细胞在神经疾病中的异质性,并寻找潜在的治疗靶点 | 活体人小胶质细胞及其在不同神经疾病中的亚群 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 215,680个活体人小胶质细胞,来自74个捐赠者 |
1019 | 2024-12-06 |
Single-cell Sequencing of Circulating Human Plasmablasts during Staphylococcus aureus Bacteremia
2024-Dec-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300858
PMID:39451041
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研究论文 | 研究了金黄色葡萄球菌菌血症患者外周血中的浆母细胞反应,并鉴定了四种针对金黄色葡萄球菌表面的功能性单克隆抗体 | 通过单细胞转录组基因表达和重链及轻链Ig基因测序,揭示了浆母细胞的高多样性,并发现了四种新的单克隆抗体,其中三种对表皮葡萄球菌具有交叉反应性 | NA | 研究金黄色葡萄球菌菌血症患者的浆母细胞反应,并鉴定新的治疗性单克隆抗体 | 金黄色葡萄球菌菌血症患者的外周血浆母细胞 | NA | 菌血症 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 17名金黄色葡萄球菌菌血症患者 |
1020 | 2024-12-06 |
Single-cell sequencing insights into the transcriptional landscape of Parkinson's disease
2024-Dec, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2024.102553
PMID:39454761
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综述 | 本文综述了单细胞和单核RNA测序技术在帕金森病研究中的应用,探讨了这些技术在揭示疾病细胞异质性和分子特征方面的最新进展 | 本文介绍了单细胞T细胞受体测序和单细胞B细胞受体测序技术在帕金森病研究中的应用,提供了对免疫组库多样性的新见解 | 本文主要讨论了单细胞测序技术在帕金森病研究中的应用,但未深入探讨这些技术的局限性 | 探讨单细胞测序技术在帕金森病研究中的应用,揭示疾病的细胞异质性和分子机制 | 帕金森病中的退行性神经元、激活的神经胶质细胞和促炎性免疫细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq)、单细胞B细胞受体测序(scBCR-seq) | NA | RNA | NA |