本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
10161 | 2025-10-07 |
Nociceptor-immune interactomes reveal insult-specific immune signatures of pain
2024-Jul, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01857-2
PMID:38806708
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了三种皮肤炎症疼痛模型中与疼痛发展相关的免疫基因特征和神经免疫相互作用 | 首次系统绘制了损伤特异性神经免疫相互作用组,发现免疫细胞上调的血栓反应蛋白-1能抑制伤害感受器敏化 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类疾病中得到验证 | 解析疼痛发展的免疫机制和神经免疫相互作用 | 小鼠皮肤炎症疼痛模型(酵母聚糖注射、皮肤切口和紫外线烧伤) | 单细胞转录组学 | 炎症性疼痛 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 三种小鼠皮肤炎症疼痛模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10162 | 2025-10-07 |
Systematic dissection of tumor-normal single-cell ecosystems across a thousand tumors of 30 cancer types
2024-May-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48310-4
PMID:38744958
|
研究论文 | 通过整合分析490万个单细胞转录组数据,系统解析了30种癌症类型中肿瘤-正常组织的生态系统 | 首次在如此大规模的单细胞水平上系统描绘肿瘤-正常组织生态系统,发现了AKR1C1或WNT5A标记的炎症成纤维细胞特征及干扰素富集的群落状态 | 样本来源和癌症类型可能存在选择偏差,部分发现需要进一步功能验证 | 全面解析肿瘤微环境中肿瘤与正常组织的相互作用和异质性 | 1070个肿瘤样本和493个正常样本,涵盖30种癌症类型 | 单细胞生物学 | 多癌种 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | 去卷积分析, 共现分析 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据 | 490万单细胞(1070肿瘤+493正常样本), 137个空间转录组, 8887个TCGA样本, 1261个免疫治疗样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
10163 | 2025-10-07 |
β-Catenin in Dendritic Cells Negatively Regulates CD8 T Cell Immune Responses through the Immune Checkpoint Molecule Tim-3
2024-Apr-25, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines12050460
PMID:38793711
|
研究论文 | 本研究揭示了树突状细胞中β-连环蛋白通过上调免疫检查点分子Tim-3抑制CD8 T细胞免疫应答的新机制 | 首次发现β-catenin/Tim-3轴在树突状细胞中负调控CD8 T细胞免疫应答,并证明抗Tim-3抗体与DC疫苗联合治疗的协同抗肿瘤效果 | 机制研究仍需深入,临床前模型需进一步验证 | 探究树突状细胞中β-连环蛋白调控CD8 T细胞免疫应答的分子机制 | 树突状细胞、CD8 T细胞、黑色素瘤模型小鼠 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序、免疫组化、动物模型 | NA | 基因表达数据、免疫应答数据 | CD11c-β-catenin基因工程小鼠、B16F10荷瘤小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10164 | 2025-10-07 |
Dissection of Cellular Communication between Human Primary Osteoblasts and Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells in Osteoarthritis at Single-Cell Resolution
2023-Aug-30, International journal of stem cells
IF:2.5Q3
DOI:10.15283/ijsc22101
PMID:37105556
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术解析了人类原发性成骨细胞与骨髓间充质干细胞在骨关节炎中的细胞通讯机制 | 首次在单细胞水平系统揭示了成骨细胞与骨髓间充质干细胞之间的细胞通讯网络,并发现了一个新的前成骨细胞亚型 | 研究主要基于转录组数据分析,需要进一步的实验验证细胞通讯机制 | 探究人类原发性成骨细胞与骨髓间充质干细胞在骨关节炎中的细胞通讯 | 人类原发性成骨细胞和骨髓间充质干细胞 | 单细胞生物学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10165 | 2025-10-07 |
Potential Molecular Mechanisms of Alzheimer's Disease from Genetic Studies
2023-04-15, Biology
DOI:10.3390/biology12040602
PMID:37106802
|
综述 | 通过单细胞测序和空间基因组学研究阿尔茨海默病的潜在分子机制 | 整合单细胞测序和空间基因组学数据,将AD分子机制差异归纳为四大关键类别并识别新的分子失衡原因 | 采用叙述性综述方法,缺乏系统性meta分析 | 识别阿尔茨海默病分子失衡的共同原因及其潜在机制 | 阿尔茨海默病相关分子机制 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 空间基因组学 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
10166 | 2025-10-07 |
Epigenetic and transcriptomic characterization reveals progression markers and essential pathways in clear cell renal cell carcinoma
2023-03-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37211-7
PMID:36973268
|
研究论文 | 通过多组学方法揭示透明细胞肾细胞癌的肿瘤特异性标志物、表观遗传调控和空间异质性 | 首次整合单核RNA测序、单核ATAC测序和空间转录组学数据,鉴定出20个肿瘤特异性标志物并发现铜蓝蛋白在肿瘤-间质相互作用中的新功能 | 样本量相对有限(34例snRNA-seq,28例snATAC-seq),需要在更大队列中验证发现 | 阐明透明细胞肾细胞癌的进展标志物和关键通路 | 人类透明细胞肾细胞癌标本 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | 多组学整合分析 | 基因组, 转录组, 表观基因组, 蛋白质组, 空间转录组 | 34例snRNA-seq样本,28例snATAC-seq样本 | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
10167 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq identified novel genes involved in primordial follicle formation
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1285667
PMID:38149096
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术鉴定参与原始卵泡形成的新基因和配体-受体相互作用 | 首次发现ANXA7和GTF2F1在原始卵泡形成中的功能作用,以及Mdk-Sdc1配体-受体相互作用的关键机制 | 样本量有限,人类胎儿卵巢仅使用25周样本,功能验证主要在小鼠模型中进行 | 探索原始卵泡形成的分子机制及其与早发性卵巢功能不全的关系 | 小鼠和人类卵巢组织,93例POI患者和465例对照 | 单细胞组学 | 早发性卵巢功能不全 | 单细胞RNA测序,全外显子组测序,全基因组测序,免疫荧光,体外卵巢培养 | NA | 单细胞转录组数据,基因组数据 | 93例POI病例和465例对照,25周人类胎儿卵巢 | NA | 单细胞RNA-seq,全外显子组测序,全基因组测序 | NA | NA |
10168 | 2024-08-08 |
Using advanced spatial and single-cell transcriptomics to characterize the human endometrium
2021-12, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00982-0
PMID:34857955
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
10169 | 2025-10-07 |
Integrated bioinformatics analysis identifies neutrophils and villous cytotrophoblasts infiltration characterized by BLC6 upregulation as associated with the co-occurrence of gestational diabetes mellitus and pre-eclampsia
2025-Dec, Hypertension in pregnancy
IF:1.5Q4
DOI:10.1080/10641955.2025.2475814
PMID:40122115
|
研究论文 | 通过生物信息学分析鉴定与妊娠期糖尿病和子痫前期共病相关的中性粒细胞和绒毛细胞滋养细胞浸润特征 | 首次发现BCL6在GDM和PE共病患者的中性粒细胞和绒毛细胞滋养细胞中高表达,并鉴定出三个共同枢纽基因 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 鉴定与妊娠期糖尿病和子痫前期共病相关的枢纽基因和通路 | 妊娠期糖尿病和子痫前期患者 | 生物信息学 | 妊娠期糖尿病和子痫前期 | 生物信息学分析,单细胞测序 | 回归模型,ROC分析 | 基因表达矩阵数据 | 来自GEO数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10170 | 2025-10-07 |
Xin-Fu-Kang oral liquid mitigates chronic heart failure through NR4A1-Dependent regulation of endoplasmic reticulum-mitochondrial crosstalk in Cardiomyocytes
2025-May, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.156467
PMID:40036990
|
研究论文 | 本研究探讨了心复康口服液通过NR4A1依赖的机制调节心肌细胞内质网-线粒体相互作用缓解慢性心力衰竭的作用 | 首次揭示心复康口服液通过NR4A1调控内质网-线粒体交互作用改善慢性心力衰竭的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,需要进一步临床验证 | 阐明心复康口服液治疗慢性心力衰竭的分子机制 | 小鼠模型、大鼠血清、H9C2心肌细胞系 | 心血管疾病研究 | 慢性心力衰竭 | 单细胞RNA测序,UPLC-QE质谱分析,分子对接 | 动物疾病模型,细胞模型 | 基因表达数据,代谢组学数据,功能检测数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,质谱分析 | NA | NA |
10171 | 2025-10-07 |
Lysozyme modulates inflammatory responses to exacerbate the severity of rheumatoid arthritis
2025-Apr-16, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114427
PMID:40056513
|
研究论文 | 本研究探讨溶菌酶(LYZ)通过调节炎症反应加剧类风湿关节炎严重程度的机制 | 首次系统揭示LYZ在早期RA患者血浆和滑膜巨噬细胞中的高表达特征及其通过TNF信号通路调控炎症的作用机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,需要进一步临床验证 | 探索LYZ在类风湿关节炎发病机制中的作用及潜在治疗靶点价值 | 早期RA患者、CAIA小鼠模型、MH7A细胞系、成纤维样滑膜细胞 | 疾病机制研究 | 类风湿关节炎 | 血浆蛋白质组学、单细胞测序、RNA测序 | CAIA小鼠模型 | 蛋白质组数据、单细胞测序数据、RNA测序数据 | 早期RA患者和CAIA小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
10172 | 2025-10-07 |
Constructing a disease-specific ceRNA coregulatory network for keratoconus diagnosis and landscape of the immune environment
2025-Mar-22, International ophthalmology
IF:1.4Q3
DOI:10.1007/s10792-025-03488-4
PMID:40119981
|
研究论文 | 本研究构建了圆锥角膜疾病特异性ceRNA共调控网络,开发了诊断模型并揭示了免疫微环境特征 | 首次系统构建圆锥角膜特异性ceRNA网络,结合多种算法开发诊断模型并全面解析免疫微环境 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 确定圆锥角膜的潜在疾病特异性基因标志物并描绘其免疫环境 | 圆锥角膜患者的转录组数据 | 生物信息学 | 圆锥角膜 | 转录组分析,ceRNA网络构建,免疫细胞反卷积分析,单细胞测序分析 | ElasticNet算法 | 转录组数据,mRNA,microRNA,lncRNA | 来自GEO和ArrayExpress数据库的圆锥角膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
10173 | 2025-10-07 |
AMPK-dependent Parkin activation suppresses macrophage antigen presentation to promote tumor progression
2025-Mar-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn8402
PMID:40117357
|
研究论文 | 本研究揭示了Parkin通过AMPK依赖性激活抑制巨噬细胞抗原呈递从而促进肿瘤进展的新机制 | 首次发现Parkin通过AMPK而非PINK1途径调控巨噬细胞MHC I类分子表达,揭示了其在肿瘤免疫微环境中的新功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究Parkin在肿瘤免疫微环境中的作用机制 | 小鼠巨噬细胞和肿瘤免疫微环境 | 肿瘤免疫学 | 实体瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10174 | 2025-10-07 |
Influence of experimental variables on spheroid attributes
2025-Mar-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-92037-1
PMID:40118968
|
研究论文 | 通过分析32,000个球体图像系统研究实验参数对三维细胞培养模型可靠性的影响 | 首次大规模系统分析氧浓度、培养基成分和血清水平对球体属性的综合影响,并整合单细胞RNA测序与自动图像分析技术 | 研究主要关注球体模型,可能不适用于其他类型的三维培养系统 | 识别影响三维细胞培养模型可靠性的关键参数,建立标准化培养方案 | 三维细胞培养球体 | 生物医学工程 | 肿瘤生物学 | 单细胞RNA测序, 自动图像分析 | 三维细胞培养模型 | 图像, 基因表达数据 | 32,000个球体图像 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10175 | 2025-10-07 |
Runx2 drives Schwann cells repair phenotype switch through chromatin remodeling and Sox2 activation after nerve injury
2025-Mar-21, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-025-01142-4
PMID:40119274
|
研究论文 | 本研究探讨Runx2通过染色质重塑和Sox2激活调控雪旺细胞修复表型转换的机制 | 首次揭示Runx2通过染色质可及性和组蛋白修饰调控Sox2表达,促进雪旺细胞表型转换的表观遗传机制 | 研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验,临床转化价值需进一步验证 | 阐明Runx2在神经损伤后调控雪旺细胞修复表型转换的表观遗传机制 | 雪旺细胞、Sprague-Dawley大鼠坐骨神经损伤模型 | 表观遗传学 | 神经损伤 | qPCR, ATAC-seq, CUT&Tag, 单细胞RNA测序, 双荧光素酶报告基因检测 | NA | 转录组数据, 表观基因组数据, 单细胞RNA测序数据 | 健康成年SD大鼠(100-150g),损伤后4天和7天取样 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, CUT&Tag | NA | NA |
10176 | 2025-10-07 |
Exploring cell-to-cell variability and functional insights through differentially variable gene analysis
2025-Mar-20, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00507-z
PMID:40113778
|
研究论文 | 提出了一种用于单细胞RNA测序数据的差异变异性分析统计框架spline-DV | 开发了首个专注于分析单细胞基因表达变异性的统计方法,而不仅仅是平均表达水平 | 方法主要针对两种实验条件间的比较,未涉及更复杂的实验设计 | 开发能够分析单细胞基因表达变异性的计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达变异性 | 生物信息学 | 肥胖、纤维化、癌症 | 单细胞RNA测序 | spline-DV统计框架 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10177 | 2025-10-07 |
RNA m7G methylation regulators and targets significantly contribute to chronic obstructive pulmonary disease
2025-Mar-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-93901-w
PMID:40113900
|
研究论文 | 本研究首次通过整合生物信息学方法探讨m7G RNA甲基化调控因子在慢性阻塞性肺疾病中的作用 | 首次系统研究m7G甲基化调控因子在COPD中的联合作用,发现METTL1-CAT轴在疾病中的关键作用 | 仅通过细胞早衰模型进行初步验证,需要更多实验验证 | 探讨m7G RNA甲基化调控因子在慢性阻塞性肺疾病发病机制中的作用 | 慢性阻塞性肺疾病患者和细胞早衰模型 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 机器学习算法,单细胞测序,qRT-PCR,GSEA分析 | 机器学习算法,共识聚类 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10178 | 2025-10-07 |
Intratumoral microbiota-aided fusion radiomics model for predicting tumor response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer
2025-Mar-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06369-7
PMID:40114207
|
研究论文 | 开发了一种基于瘤内微生物组辅助的融合影像组学模型,用于预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗的病理完全缓解 | 首次将瘤内微生物组特征与多时间点MRI影像组学特征融合构建预测模型 | 样本量相对有限(124例患者),需要更大规模的外部验证 | 预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗的治疗反应 | 早期三阴性乳腺癌患者 | 数字病理 | 乳腺癌 | 16S rDNA测序, 单细胞RNA测序, 影像组学分析 | 融合影像组学模型 | 影像, 基因组数据 | 124例患者(训练集88例,验证集36例) | NA | 单细胞RNA测序, 16S rDNA测序 | NA | NA |
10179 | 2025-10-07 |
SENSITIVITY BASED MODEL AGNOSTIC SCALABLE EXPLANATIONS OF DEEP LEARNING
2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.21.639516
PMID:40093081
|
研究论文 | 提出了一种模型无关的可解释AI框架SensX,用于解释深度学习模型的预测机制 | 开发了SensX框架,在准确性和计算效率上显著优于现有最先进的可解释AI方法,并能扩展到具有超过15万个特征的视觉Transformer模型 | 未提及具体的数据集规模限制或模型类型的适用性限制 | 解决深度学习模型的黑箱问题,提供可解释的AI解决方案 | 深度神经网络和视觉Transformer模型 | 机器学习 | NA | 可解释AI,单细胞RNA测序 | 深度神经网络,视觉Transformer | 单细胞RNA-seq数据,面部图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10180 | 2025-10-07 |
Analysis of Head and Neck Cancer scRNA-seq Data Identified PRDM6 Promotes Tumor Progression by Modulating Immune Gene Expression
2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.04.641548
PMID:40093183
|
研究论文 | 通过分析头颈癌单细胞RNA测序数据,发现PRDM6通过调控免疫基因表达促进肿瘤进展 | 首次发现PRDM6在头颈癌中通过诱导免疫应答基因表达促进肿瘤细胞增殖的新功能,并揭示HPV病毒癌蛋白与PRDM6表达的关联 | NA | 探索头颈鳞状细胞癌中免疫应答基因的调控机制及其在肿瘤进展中的作用 | 头颈鳞状细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | IRIS3 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |