单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 23993 篇文献，本页显示第 961 - 980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 961 | 2024-12-08 |
Integrated single-cell and bulk RNA sequencing reveals immune-related SPP1+ macrophages as a potential strategy for predicting the prognosis and treatment of liver fibrosis and hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1455383
PMID:39635536
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研究论文 | 本研究整合单细胞和批量RNA测序，识别与肝纤维化和肝细胞癌相关的基因、细胞亚群和信号通路，并建立预测模型和潜在治疗药物 | 首次整合单细胞和批量RNA测序，识别出与肝纤维化和肝细胞癌相关的40个致病基因和15个关键细胞亚群，并发现SPP1+巨噬细胞与免疫浸润和预后发展的正相关性 | NA | 研究肝纤维化和肝细胞癌的致病基因、细胞亚群、调控机制、预后基因及潜在小分子药物 | 肝纤维化和肝细胞癌 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序、批量测序、分子对接技术 | 机器学习 | RNA | NA |
| 962 | 2024-12-08 |
Exploring the shared pathogenic mechanisms of tuberculosis and COVID-19: emphasizing the role of VNN1 in severe COVID-19
2024, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2024.1453466
PMID:39639868
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研究论文 | 研究探讨了结核病和COVID-19之间的共同发病机制，特别强调了VNN1在严重COVID-19中的作用 | 识别了GMNN、SCD和FUT7作为COVID-19的强诊断标记，并发现VNN1与严重COVID-19的进展密切相关 | NA | 探讨结核病和COVID-19的共同发病机制，并寻找新的诊断和治疗靶点 | COVID-19和结核病的共同发病基因和免疫细胞浸润 | 生物信息学 | 传染病 | 机器学习、单细胞测序、分子对接 | 随机森林分析 | 基因表达数据 | 从GEO数据库中获取的COVID-19和结核病数据 |
| 963 | 2024-12-08 |
Identification of key biomarkers related to fibrocartilage chondrocytes for osteoarthritis based on bulk, single-cell transcriptomic data
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1482361
PMID:39640258
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序和微阵列数据，探索了纤维软骨细胞在骨关节炎进展中的作用，并识别了与纤维软骨细胞相关的关键生物标志物 | 本研究首次通过多组学方法识别了六个与纤维软骨细胞相关的骨关节炎生物标志物，并构建了一个探索性的风险模型 | 本研究仅在有限的样本中验证了生物标志物的蛋白质表达水平，未来需要在更大规模的样本中进行验证 | 探索纤维软骨细胞在骨关节炎进展中的作用，并识别相关的关键生物标志物 | 纤维软骨细胞及其在骨关节炎中的生物标志物 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | 风险模型 | 基因表达数据 | 骨关节炎和正常软骨样本 |
| 964 | 2024-12-08 |
Human placental cells are resistant to SARS-CoV-2 infection and replication
2024, Wellcome open research
DOI:10.12688/wellcomeopenres.20514.2
PMID:39640372
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研究论文 | 研究了人类胎盘细胞对SARS-CoV-2感染和复制的抵抗力 | 首次量化了胎盘细胞对SARS-CoV-2感染的易感性，并确定了它们是否支持病毒释放 | 研究主要基于体外实验，可能无法完全反映体内情况 | 探讨SARS-CoV-2在妊娠期间的感染和传播机制 | 人类胎盘细胞及其对SARS-CoV-2的感染和复制能力 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq）和共聚焦显微镜 | NA | RNA | 包括第一孕期和足月胎盘细胞，以及多种胎盘衍生细胞系 |
| 965 | 2024-12-08 |
The role of epigenetic regulation in pancreatic ductal adenocarcinoma progression and drug response: an integrative genomic and pharmacological prognostic prediction model
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1498031
PMID:39640482
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研究论文 | 研究探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）进展和药物反应中的表观遗传调控作用，并构建了一个综合的基因组和药理学预测模型 | 首次在单细胞分辨率下全面描绘了PDAC中的表观遗传调控图谱，并构建了一个基于表观遗传特征的预测模型，该模型在预测1年、3年和5年生存率方面表现优于现有模型 | 研究主要基于公共数据库的数据，可能存在数据偏差和样本量不足的问题 | 探讨表观遗传调控在胰腺导管腺癌进展和药物反应中的作用，并构建一个预测模型 | 胰腺导管腺癌（PDAC）的表观遗传调控、细胞异质性、突变模式、免疫微环境和药物敏感性 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA） | 机器学习模型（Lasso和随机生存森林） | 基因组数据、临床数据 | 多个公共数据库的数据 |
| 966 | 2024-12-08 |
Single-cell RNA-Seq reveals intracellular microbial diversity within immune cells during SARS-CoV-2 infection and recovery
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108357
PMID:38026191
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序技术揭示了SARS-CoV-2感染和恢复期间免疫细胞内的微生物多样性 | 首次利用单细胞RNA测序技术探索了免疫细胞内微生物的分布及其对宿主细胞的影响 | 需要进一步研究以理解这些微生物在不同生理状态下的细胞特异性丰度的功能意义 | 揭示SARS-CoV-2感染和恢复期间免疫细胞内的微生物多样性及其对宿主细胞的影响 | 健康个体、SARS-CoV-2阳性患者和康复者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及健康个体、SARS-CoV-2阳性患者和康复者的外周血单核细胞样本 |
| 967 | 2024-12-08 |
Comprehensive single cell aging atlas of mammary tissues reveals shared epigenomic and transcriptomic signatures of aging and cancer
2023-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.20.563147
PMID:37961129
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研究论文 | 研究了衰老如何重塑小鼠乳腺组织的转录组和表观基因组程序，揭示了衰老和癌症之间的共同表观遗传和转录特征 | 首次在单细胞分辨率下全面分析了小鼠乳腺组织的衰老和癌症相关特征，并发现了衰老细胞在代谢、炎症和癌症相关基因中的表观遗传和转录变化 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未完全验证这些发现是否适用于人类 | 探讨衰老相关的细胞和分子事件如何影响癌症的发生 | 小鼠乳腺组织的单细胞转录组和表观基因组 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠乳腺组织样本 |
| 968 | 2024-12-08 |
Epididymal segment-specific miRNA and mRNA regulatory network at the single cell level
2023-10, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
DOI:10.1080/15384101.2023.2280170
PMID:37982230
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研究论文 | 研究比较了不同附睾段特异性样本之间的miRNA和mRNA表达，并构建了单细胞水平的miRNA和mRNA调控网络 | 首次在单细胞水平上揭示了人类附睾段特异性的miRNA-mRNA调控网络及其上游转录因子和下游通路 | 研究仅基于小鼠样本，且样本量有限 | 揭示人类附睾段特异性的miRNA-mRNA调控网络及其功能 | 附睾不同段的miRNA和mRNA表达及其调控网络 | 基因表达调控 | NA | RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量实时PCR（qRT-PCR） | NA | 基因表达数据 | 6只小鼠的附睾组织 |
| 969 | 2024-12-08 |
Nanoparticle stereochemistry-dependent endocytic processing improves in vivo mRNA delivery
2023-04, Nature chemistry
IF:19.2Q1
DOI:10.1038/s41557-023-01138-9
PMID:36864143
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研究论文 | 研究报告了纳米颗粒立体化学依赖的内吞处理如何提高体内mRNA递送效率 | 首次揭示了纳米颗粒中单一化合物的立体化学对多组分胶体（如脂质纳米颗粒LNP）在体内活性的影响 | 研究仅限于肝脏细胞，未探讨其他细胞类型或组织中的效果 | 探讨纳米颗粒立体化学对体内mRNA递送效率的影响 | 脂质纳米颗粒（LNP）及其所含的20α-羟基胆固醇和20β-羟基胆固醇 | NA | NA | 单细胞RNA测序和成像技术 | NA | RNA序列和图像数据 | 涉及肝脏细胞的体内实验 |
| 970 | 2024-12-08 |
Chrna5 and lynx prototoxins identify acetylcholine super-responder subplate neurons
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.105992
PMID:36798433
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研究论文 | 研究通过复杂转基因小鼠模型探索Chrna5+神经元及其对内源性乙酰胆碱的敏感性，发现Chrna5+神经元中存在乙酰胆碱超反应者亚群，并利用单细胞转录组学揭示了其分子标记 | 首次发现Chrna5+神经元中的乙酰胆碱超反应者亚群，并确定了其独特的GPI锚定lynx原毒素基因表达模式 | NA | 探索Chrna5+神经元及其对内源性乙酰胆碱的敏感性，揭示其在注意力障碍中的潜在作用 | Chrna5+神经元及其对乙酰胆碱的反应 | 神经科学 | 注意力障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 复杂转基因小鼠模型 |
| 971 | 2024-12-08 |
Differential expression of single-cell RNA-seq data using Tweedie models
2022-08-15, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.9430
PMID:35656596
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研究论文 | 本文提出使用Tweedie广义线性模型来建模跨平台单细胞RNA测序数据的技术变异性，并比较了其与现有差异表达方法的性能 | 本文提出了一种新的Tweedie广义线性模型和零膨胀Tweedie模型，用于建模单细胞RNA测序数据中的技术变异性和零膨胀现象 | NA | 研究如何更好地识别单细胞RNA测序数据中的差异表达特征 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达特征 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Tweedie广义线性模型 | 基因表达数据 | 使用了合成数据和已发表的基于板和液滴的单细胞RNA测序数据集 |
| 972 | 2024-12-08 |
A public antibody class recognizes an S2 epitope exposed on open conformations of SARS-CoV-2 spike
2022-08-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-32232-0
PMID:35927266
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研究论文 | 研究了SARS-CoV-2感染和疫苗接种引发的抗体起源和特性，特别是针对S蛋白S2亚基上的非中和表位的抗体 | 发现了一类针对SARS-CoV-2 S蛋白S2亚基上非中和表位的抗体，这些表位在疫苗使用的S蛋白从原生预融合状态转变时暴露 | NA | 理解SARS-CoV-2感染和疫苗接种引发的抗体的益处和潜在不足 | SARS-CoV-2 S蛋白反应性B细胞的特征和起源 | NA | NA | 流式细胞术和单细胞测序 | NA | 细胞 | 未暴露个体的SARS-CoV-2 S蛋白反应性B细胞 |
| 973 | 2024-12-08 |
Internal oligo(dT) priming introduces systematic bias in bulk and single-cell RNA sequencing count data
2022-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqac035
PMID:35651651
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研究论文 | 本文研究了内部oligo(dT)引物在bulk和单细胞RNA测序计数数据中引入的系统性偏差 | 开发了一种计算算法，用于识别和移除由内部oligo(dT)引物引起的测序读段对齐，从而改进基因表达测量 | 仅限于研究内部oligo(dT)引物对基因表达量化的影响，未涵盖其他可能的偏差来源 | 探讨内部oligo(dT)引物对bulk和单细胞RNA测序数据中基因表达量化的影响 | 多个公共数据集中的bulk和单细胞RNA测序平台数据 | 基因组学 | NA | RNA测序 | 计算算法 | RNA测序数据 | 多个公共数据集 |
| 974 | 2024-12-08 |
Single-cell multiomics revealed the dynamics of antigen presentation, immune response and T cell activation in the COVID-19 positive and recovered individuals
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1034159
PMID:36532041
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术研究COVID-19阳性、康复和健康个体中的抗原呈递、免疫反应和T细胞激活的动态变化 | 首次使用单细胞多组学技术研究COVID-19康复个体中的免疫反应动态变化 | 研究样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 深入理解COVID-19感染后的免疫反应动态变化，特别是康复患者的免疫状态 | COVID-19阳性、康复和健康个体的免疫细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞多组学（全转录组分析和抗体测序） | 贝叶斯网络模型 | 单细胞转录组和表面标记数据 | 33个个体（健康=4，COVID-19阳性=16，COVID-19康复=13），共163,197个细胞（数据质控后124,726个细胞） |
| 975 | 2024-12-08 |
Gut-licensed IFNγ+ NK cells drive LAMP1+TRAIL+ anti-inflammatory astrocytes
2021-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-03116-4
PMID:33408417
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研究论文 | 研究通过高通量流式细胞术筛选、单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9介导的细胞特异性体内遗传扰动，鉴定出表达LAMP1和TRAIL的星形胶质细胞亚群，并探讨其在中枢神经系统炎症中的作用 | 首次揭示了LAMP1TRAIL星形胶质细胞通过TRAIL-DR5信号诱导T细胞凋亡来限制中枢神经系统炎症，并发现这种星形胶质细胞亚群由肠道微生物群调节的IFNγ NK细胞维持 | 研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨星形胶质细胞在中枢神经系统炎症中的抗炎作用及其调控机制 | 星形胶质细胞、NK细胞、肠道微生物群 | 神经科学 | NA | 高通量流式细胞术、单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9 | NA | RNA | 小鼠 |
| 976 | 2024-12-08 |
Integrated single-cell analysis of multicellular immune dynamics during hyperacute HIV-1 infection
2020-04, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0799-2
PMID:32251406
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了HIV-1感染期间的免疫细胞动态变化 | 揭示了先前未被重视的个体和细胞类型特异性干扰素刺激基因上调，以及在批量分析中被掩盖的时间相关基因表达反应 | 研究仅限于四个未治疗的个体，样本量较小 | 探讨HIV-1感染期间免疫细胞的动态变化及其分子驱动因素 | HIV-1感染期间的外周血单核细胞 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四个未治疗的个体的外周血单核细胞样本 |
| 977 | 2024-12-07 |
Neonatal inflammation impairs developmentally-associated microglia and promotes a highly reactive microglial subset
2025-Jan, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2024.09.019
PMID:39322088
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研究论文 | 研究新生儿炎症对小鼠神经发育障碍模型中脑髓样细胞亚群的影响 | 通过单细胞RNA测序和流式细胞术，识别出表达补体受体C5ar1的特定微胶质细胞亚群，并发现其在炎症途径中高度激活 | NA | 探讨新生儿炎症对神经发育障碍中微胶质细胞发育轨迹的影响 | 小鼠神经发育障碍模型中的脑髓样细胞亚群 | NA | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 978 | 2024-12-07 |
Stem cell expressed CXCR4 regulates tissue composition in the vomeronasal organ
2024-Dec-06, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.263451
PMID:39639824
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研究论文 | 研究CXCR4在犁鼻器组织组成中的调控作用 | 首次揭示CXCR4在犁鼻器中对干细胞和基底神经元谱系的调控作用 | NA | 探讨CXCR4在犁鼻器组织组成中的作用 | 犁鼻器中的干细胞和神经元谱系 | NA | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 979 | 2024-12-07 |
The quality of SIV-specific fCD8 T cells limits SIV RNA production in Tfh cells during antiretroviral therapy
2024-Dec-06, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00812-24
PMID:39641620
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研究论文 | 研究了在抗逆转录病毒治疗期间，SIV特异性fCD8 T细胞对Tfh细胞中SIV RNA产量的限制作用 | 揭示了在抗逆转录病毒治疗期间，SIV特异性fCD8 T细胞与Tfh细胞中SIV RNA产量之间的负相关关系，并发现治疗组和自然控制组中fCD8 T细胞的基因表达模式不同 | 研究仅限于cynomolgus猕猴模型，可能无法完全代表人类HIV感染的情况 | 探讨在抗逆转录病毒治疗期间，SIV特异性fCD8 T细胞对Tfh细胞中SIV RNA产量的影响 | SIV感染的cynomolgus猕猴、Tfh细胞和fCD8 T细胞 | 免疫学 | HIV/SIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 15只cynomolgus猕猴，其中8只为进展者，7只为自然控制者 |
| 980 | 2024-12-07 |
Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells
2024-Dec-05, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04893-y
PMID:39636551
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了与甲氨蝶呤耐药性相关的分子特征 | 利用单细胞测序技术识别了与甲氨蝶呤耐药性相关的关键基因和信号通路 | 研究仅限于培养的PCNSL细胞，未涉及临床样本 | 探索甲氨蝶呤耐药性的分子机制，寻找新的治疗策略 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤细胞及其对甲氨蝶呤的耐药性 | 数字病理学 | 中枢神经系统淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及HKBML和TK两个数据集的细胞样本 |