单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 9681 - 9700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9681 | 2024-08-11 |
MICROPHERRET: MICRObial PHEnotypic tRait ClassifieR using Machine lEarning Techniques
2024-Aug-08, Environmental microbiome
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40793-024-00600-6
PMID:39113074
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研究论文 | 本文利用一系列监督机器学习算法，从广泛可获得的微生物基因组注释中建立了一系列86种代谢和其他生态功能分类模型 | 开发了一种名为MICROPHERRET的工具，能够对微生物基因组进行功能分类，适用于高质量和低质量的基因组数据 | NA | 开发快速自动化的策略，用于微生物基因组的功能分类 | 微生物基因组的功能分类 | 机器学习 | NA | 机器学习算法 | 监督学习模型 | 基因组注释 | 86种功能分类模型 |
| 9682 | 2024-08-11 |
Dedifferentiation-like reprogramming of degenerative nucleus pulposus cells into notochordal-like cells by defined factors
2024-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.06.018
PMID:38879755
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研究论文 | 本研究聚焦于椎间盘退行性疾病，发现通过特定因子组合（OCT4、FOXA2、TBXT）可以诱导退行性髓核细胞向诱导的脊索样细胞进行去分化样重编程 | 首次证明通过因子基础策略可以将退行性体细胞去分化样重编程为相应的祖细胞，为退行性椎间盘疾病的再生提供了一种有前景的方法 | NA | 探索在椎间盘退行性疾病中，通过特定因子组合诱导退行性髓核细胞向脊索样细胞重编程的可能性 | 退行性髓核细胞及脊索样细胞 | NA | 椎间盘退行性疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | 使用大鼠模型进行研究 |
| 9683 | 2024-08-11 |
PDIA3 orchestrates effector T cell program by serving as a chaperone to facilitate the non-canonical nuclear import of STAT1 and PKM2
2024-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.038
PMID:38822524
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研究论文 | 本文通过分析类风湿性关节炎（RA）患者的批量和单细胞RNA测序数据，验证了蛋白质二硫键异构酶家族A成员3（PDIA3）作为潜在治疗靶点的角色，并揭示了其在调节T细胞效应程序中的机制。 | 首次揭示PDIA3通过作为伴侣蛋白促进STAT1和PKM2的非经典核输入，从而调控T辅助1（Th1）和Th17谱系相关基因的转录。 | NA | 探究PDIA3在类风湿性关节炎中作为治疗靶点的潜力及其作用机制。 | 类风湿性关节炎患者的T细胞和PDIA3蛋白。 | 免疫学 | 类风湿性关节炎 | RNA测序 | NA | RNA | 来自类风湿性关节炎患者的T细胞样本 |
| 9684 | 2024-08-11 |
Exome-wide association study identifies KDELR3 mutations in extreme myopia
2024-Aug-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50580-x
PMID:39112444
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序和单细胞RNA测序，识别了与极端近视相关的KDELR3基因突变，并探讨了其在极端近视发病机制中的作用 | 首次通过全外显子测序和单细胞技术，发现了KDELR3基因在极端近视中的重要作用 | NA | 探索极端近视的遗传风险基因 | 极端近视患者和对照组 | 遗传学 | 眼科疾病 | 全外显子测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因序列, 细胞表达数据 | 449名极端近视患者和9606名对照组 |
| 9685 | 2024-08-11 |
Single-cell transcriptome profiles the heterogeneity of tumor cells and microenvironments for different pathological endometrial cancer and identifies specific sensitive drugs
2024-Aug-07, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06960-8
PMID:39112478
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了不同病理类型子宫内膜癌的肿瘤细胞和肿瘤微环境的异质性，并鉴定了对特定病理类型敏感的药物。 | 首次全面描绘了不同病理类型子宫内膜癌的单细胞转录组图谱，并发现了与特定病理类型相关的潜在有效药物。 | 研究样本量相对较小，且仅限于体外验证，需要进一步的临床试验验证药物的有效性。 | 深入了解子宫内膜癌的病理机制，为不同病理类型的个性化治疗提供依据。 | 不同病理类型的子宫内膜癌肿瘤细胞及其肿瘤微环境。 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 18个子宫内膜癌样本 |
| 9686 | 2024-08-11 |
RankCompV3: a differential expression analysis algorithm based on relative expression orderings and applications in single-cell RNA transcriptomics
2024-Aug-07, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05889-1
PMID:39112940
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RankCompV3的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别差异表达基因（DEGs），该方法基于基因对的相对表达顺序（REOs）进行比较 | RankCompV3通过比较基因对的相对表达顺序，有效地控制了假阳性率（FPR），并在模拟和真实单细胞RNA测序数据中展示了高准确性和对弱生物信号的高敏感性 | NA | 开发一种新的算法用于在单细胞RNA测序数据中准确识别差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 9687 | 2024-08-11 |
COMSE: analysis of single-cell RNA-seq data using community detection-based feature selection
2024-Aug-07, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-01963-5
PMID:39113021
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研究论文 | 本研究提出了一种基于社区检测的无监督特征选择框架COMSE，用于从单细胞RNA测序数据中捕获信息基因 | COMSE通过社区检测方法识别与批次效应相关的基因社区，从而从噪声中解析出反映生物差异的信号，支持批次效应校正和通路分析等应用 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞亚状态识别和细胞聚类的效率 | 单细胞RNA测序数据中的信息基因选择 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 社区检测 | RNA-seq数据 | 涉及真实和模拟的单细胞RNA测序数据集 |
| 9688 | 2024-08-11 |
Multi-omics analysis reveals a feedback loop amplifying immune responses in acute graft-versus-host disease due to imbalanced gut microbiota and bile acid metabolism
2024-Aug-07, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05577-x
PMID:39113144
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了急性移植物抗宿主病中免疫反应增强的反馈循环，该循环由肠道微生物群和胆汁酸代谢失衡引起 | 本研究首次识别了免疫细胞-肠道微生物-胆汁酸代谢物之间的反馈循环，并提出了一种新的非免疫抑制方法来预防急性移植物抗宿主病 | NA | 揭示急性移植物抗宿主病中免疫反应增强的机制，并开发新的预防方法 | 急性移植物抗宿主病患者及其肠道微生物群和胆汁酸代谢 | 数字病理学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序, 16SrRNA测序 | NA | RNA, 微生物群, 胆汁酸代谢物 | 12名接受异基因造血干细胞移植的患者（6名有急性移植物抗宿主病，6名无），82名患者的粪便样本（30名有急性移植物抗宿主病，52名无） |
| 9689 | 2024-08-11 |
Robust analysis of allele-specific copy number alterations from scRNA-seq data with XClone
2024-Aug-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51026-0
PMID:39107346
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研究论文 | 本文介绍了一种名为XClone的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中检测染色体拷贝数变异 | XClone通过在细胞邻域和基因坐标图上进行有效平滑，增强了读取深度和等位基因不平衡信号，从而能够检测到单细胞RNA测序数据中的等位基因特异性拷贝数变异 | NA | 开发一种新的统计方法，用于从单细胞转录组数据中准确检测等位基因特异性的拷贝数变异 | 单细胞RNA测序数据中的等位基因特异性拷贝数变异 | 生物信息学 | 癌症 | scRNA-seq | 统计方法 | 转录组数据 | 多个具有挑战性组成的多个数据集 |
| 9690 | 2024-08-11 |
Large-scale foundation model on single-cell transcriptomics
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02305-7
PMID:38844628
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research paper | 本文开发了一个名为scFoundation的大型预训练模型，用于单细胞转录组学研究 | scFoundation模型具有1亿参数，覆盖约2万个基因，并在超过5000万个单细胞转录组数据上进行预训练，采用非对称transformer架构，能有效捕捉基因间的复杂上下文关系 | NA | 开发基础模型以解析细胞‘语言’并促进生物医学研究 | 单细胞转录组数据 | natural language processing | NA | NA | transformer | text | 超过5000万个单细胞转录组数据 |
| 9691 | 2024-08-11 |
scGPT: toward building a foundation model for single-cell multi-omics using generative AI
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02201-0
PMID:38409223
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研究论文 | 本研究利用生成预训练模型构建了一个针对单细胞多组学的基石模型scGPT | 本研究首次将生成预训练模型应用于单细胞生物学领域，通过大规模多样化的数据集和预训练的transformer模型，推动了细胞生物学和遗传学研究 | NA | 探索并验证基石模型在细胞生物学和遗传学研究中的应用 | 单细胞生物学和遗传学 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 生成预训练transformer模型 | 单细胞测序数据 | 超过3300万个细胞 |
| 9692 | 2024-08-11 |
Biophysical modeling with variational autoencoders for bimodal, single-cell RNA sequencing data
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02365-9
PMID:39054391
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研究论文 | 本文介绍了biVI模型，该模型结合了变分自编码器框架scVI与描述RNA分子转录和剪接动力学的生物物理模型，用于双模态单细胞RNA测序数据分析 | biVI模型不仅保留了变分自编码器在低维空间中捕获细胞类型结构的能力，还能探索影响观察结果的生物物理机制，如系统爆发大小和降解速率 | NA | 开发一种新的模型来分析双模态单细胞RNA测序数据，并探索其生物物理机制 | 单细胞RNA测序数据及其生物物理机制 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | RNA测序数据 | 模拟和实验数据 |
| 9693 | 2024-08-07 |
Studying RNA dynamics from single-cell RNA sequencing snapshots
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02366-8
PMID:39103448
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9694 | 2024-08-11 |
Single-cell transcriptome analysis deciphers the CD74-mediated immune evasion and tumour growth in lung squamous cell carcinoma with chronic obstructive pulmonary disease
2024-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1786
PMID:39113235
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了慢性阻塞性肺疾病（COPD）相关的肺鳞状细胞癌（LSCC）中CD74介导的免疫逃避和肿瘤生长机制 | 研究发现COPD相关的LSCC中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）比例增加和CD8+ T细胞耗竭分子水平升高，以及CD74+肿瘤细胞的关键作用 | NA | 旨在解析COPD相关的LSCC肿瘤微环境特征 | COPD相关的肺鳞状细胞癌肿瘤组织 | 数字病理学 | 肺鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | COPD相关和非COPD相关的LSCC肿瘤组织样本 |
| 9695 | 2024-08-09 |
OrganoidPortal: Web server and single-cell transcriptome database featuring reference atlases of organoids
2024-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1794
PMID:39113237
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9696 | 2024-08-11 |
Integration of miRNA in exosomes and single-cell RNA-seq profiles in endemic osteoarthritis, Kashin-Beck disease
2024 Jul-Aug, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.2033
PMID:38156801
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研究论文 | 研究整合了外泌体中的miRNA和单细胞RNA测序数据，以探索卡欣-贝克病（KBD）中软骨细胞的功能和潜在的诊断与治疗方法 | 首次综合分析了KBD患者血清和软骨细胞来源的外泌体miRNA与单细胞RNA测序数据，揭示了外泌体miRNA可能在通过细胞间通讯调节不同KBD软骨细胞群基因表达中的潜在作用 | NA | 探索卡欣-贝克病中软骨细胞的功能和潜在的诊断与治疗方法 | 卡欣-贝克病（KBD）中的软骨细胞及其外泌体miRNA | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 血清来源的外泌体中鉴定出20个差异表达miRNA，软骨细胞来源的外泌体中鉴定出53个差异表达miRNA，以及16,063和57,316个预测目标基因 |
| 9697 | 2024-08-11 |
A rule-based multiscale model of hepatic stellate cell plasticity: Critical role of the inactivation loop in fibrosis progression
2024-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011858
PMID:39074160
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研究论文 | 本研究开发了一种基于规则的多尺度模型，用于研究肝星状细胞在纤维化进展和逆转过程中的动态变化 | 首次在模型中考虑了肝星状细胞表型的异质性，并使用Kappa图形重写语言来克服时间爆炸问题 | 模型主要基于实验数据和理论假设，需要进一步的实验验证 | 研究肝星状细胞在慢性肝病中纤维化进展和逆转的动态变化 | 肝星状细胞及其在纤维化过程中的作用 | NA | 慢性肝病 | Kappa图形重写语言 | 基于规则的模型 | 单细胞RNA测序数据 | 使用CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型和非酒精性脂肪性肝炎患者的RNA测序数据 |
| 9698 | 2024-08-11 |
Molecular and cellular mechanisms of selective vulnerability in neurodegenerative diseases
2024-May, Nature reviews. Neuroscience
DOI:10.1038/s41583-024-00806-0
PMID:38575768
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综述 | 本文综述了神经退行性疾病中特定神经元亚型选择性脆弱性的分子和细胞机制 | 介绍了单细胞转录组学、基于CRISPR的筛选和人类细胞疾病模型等新方法在理解选择性脆弱性方面的突破 | NA | 旨在阐明决定选择性脆弱性和弹性的分子机制，揭示驱动神经退行性的关键过程 | 神经退行性疾病中的特定脑区和细胞类型 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学, CRISPR, 人类细胞疾病模型 | NA | 细胞 | NA |
| 9699 | 2024-08-11 |
Revealing the characteristics of SETD2-mutated clear cell renal cell carcinoma through tumor heterogeneity analysis
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1447139
PMID:39119581
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了SETD2突变的透明细胞肾细胞癌的肿瘤异质性特征 | 发现了SETD2突变诱导的亚群可以刺激巨噬细胞M2极化，增加了转移倾向，并建立了一个有效的预测透明细胞肾细胞癌患者总体生存的预后模型 | NA | 探究SETD2突变对透明细胞肾细胞癌特征和行为的影响 | 透明细胞肾细胞癌中的SETD2突变 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | PCA, Leiden算法, InferCNV, VIA, cellphoneDB, Deseq2, hdWGCNA, Cox, LASSO | RNA测序数据 | 69和53个独特的细胞集群，进一步分类为12种独特的细胞类型 |
| 9700 | 2024-08-11 |
Age-dependent Microglial Disease Phenotype Results in Functional Decline in Gut Macrophages
2023, Gastro hep advances
DOI:10.1016/j.gastha.2022.09.006
PMID:36908772
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研究论文 | 研究探讨了年龄依赖性的肌肉层巨噬细胞（MMs）的遗传特征变化及其与微胶质细胞的比较 | 首次揭示了肌肉层巨噬细胞随年龄增长而出现的老年状态表型，及其与微胶质细胞疾病相关表型的相似性 | 研究主要集中在小鼠和人类组织上，可能需要更多物种的数据支持 | 识别肌肉层巨噬细胞在年龄依赖性变化中的遗传特征，并比较其与微胶质细胞的基因表达 | 小鼠和人类的肌肉层巨噬细胞及其基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序和定量实时PCR | NA | 基因表达数据 | 年轻（3个月）和老年（16-24个月）的C57BL/6小鼠及人类组织 |