单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9501	2024-08-28	Foam Cells in Atherosclerosis: Novel Insights Into Its Origins, Consequences, and Molecular Mechanisms 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.845942 PMID:35498045	综述	本文综述了泡沫细胞在动脉粥样硬化中的起源、后果及分子机制的新见解	采用谱系追踪和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等新技术，揭示了来自单核细胞和血管平滑肌细胞（VSMC）的泡沫细胞亚型，并发现了核受体、非编码RNA和肠道微生物群等新机制	单核细胞的异质性和非编码RNA的复杂性为靶向泡沫细胞带来了挑战	总结泡沫细胞在动脉粥样硬化斑块中的起源、后果和分子机制的新见解	泡沫细胞及其在动脉粥样硬化中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
9502	2024-08-28	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Inter-Tumor Heterogeneity in Bilateral Papillary Thyroid Carcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.840811 PMID:35515000	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了双侧乳头状甲状腺癌中的肿瘤间异质性	首次通过单细胞RNA测序技术分析了双侧乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境，揭示了其细胞组成和表型特征	研究样本量相对较小，且仅限于特定的甲状腺癌类型	探究双侧乳头状甲状腺癌肿瘤微环境中的细胞组成和表型特征	双侧乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	29,561个细胞来自3对双侧乳头状甲状腺癌和1个非肿瘤甲状腺样本
9503	2024-08-28	Integration of Single-Cell RNA- and CAGE-seq Reveals Tooth-Enriched Genes 2021-Nov-20, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345211049785 PMID:34806461	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和帽分析基因表达测序（CAGE-seq）技术，揭示了牙齿特异性基因的表达情况	本研究首次将scRNA-seq和CAGE-seq技术结合，用于识别牙齿发育中的关键功能基因，并发现了新的牙齿特异性及牙细胞类型特异性标记基因	NA	旨在通过生物信息学分析，识别参与牙齿发育的重要基因	小鼠牙齿胚芽中的基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），帽分析基因表达测序（CAGE-seq）	NA	基因表达数据	12,212个细胞来自出生后1天的小鼠臼齿，以及来自相同时间点的臼齿的CAGE-seq数据集
9504	2024-08-28	Embryo-scale, single-cell spatial transcriptomics 2021-07-02, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abb9536 PMID:34210887	研究论文	本文介绍了sci-Space技术，该技术能够在保留单细胞分辨率的同时，解析更大尺度上的空间异质性	sci-Space技术能够在不平均局部环境的情况下，同时解析大尺度的空间异质性	NA	研究基因表达的空间模式，并利用空间信息注释细胞亚型	发育中的小鼠胚胎	单细胞测序	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	约120,000个细胞核
9505	2024-08-27	Exploring the Influence of T Cell Marker Gene Expression on the Pathobiology and Clinical Prognostic Outcomes in Intestinal-Type Gastric Carcinoma 2024-Sep, Journal of gastrointestinal cancer IF:1.6Q4 DOI:10.1007/s12029-024-01104-9 PMID:39136893	研究论文	本研究探讨了T细胞标记基因表达在肠型胃癌病理生物学和临床预后中的作用	开发了一种基于T细胞标记基因的风险评分，用于胃癌患者的生存预测	NA	阐明免疫系统，特别是T细胞及其亚型在肠型胃癌发病和进展中的作用，并评估基于T细胞标记基因的风险评分对总体生存的预测效用	肠型胃癌患者的T细胞标记基因表达及其对生存预后的影响	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自癌症基因组图谱(TCGA)和GSE15459数据集的数据
9506	2024-08-27	Connectivity Network Feature Sharing in Single-Cell RNA Sequencing Data Identifies Rare Cells 2024-Aug-26, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.4c00796 PMID:39096508	研究论文	本文介绍了一种名为SCLCNF的新方法，通过分析单细胞RNA测序数据中的局部连接网络特征共享来识别稀有细胞	SCLCNF通过创建细胞连接网络并利用稀有性评分来识别稀有细胞，相较于现有技术在检测稀有细胞方面表现更优	NA	开发一种新方法以克服传统方法在检测稀有细胞时的不足	稀有细胞的识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及人类胚胎数据集和脓毒症数据集
9507	2024-08-27	scSwinFormer: A Transformer-Based Cell-Type Annotation Method for scRNA-Seq Data Using Smooth Gene Embedding and Global Features 2024-Aug-26, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.4c00616 PMID:39101690	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的深度学习方法scSwinFormer，用于大规模scRNA-seq数据的细胞类型注释	scSwinFormer通过平滑基因嵌入模块和自注意力模块捕获基因间的潜在依赖关系，并利用Cell Token整合scRNA-seq数据中的全局信息，提高了细胞类型注释的准确性	NA	开发一种新的细胞类型注释方法，以提高scRNA-seq数据分析的准确性	scRNA-seq数据中的细胞类型	自然语言处理	NA	scRNA-seq	Transformer	文本	多个真实数据集
9508	2024-08-27	Single-cell sequencing combined with spatial transcriptomics reveals that the IRF7 gene in M1 macrophages inhibits the occurrence of pancreatic cancer by regulating lipid metabolism-related mechanisms 2024-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1799 PMID:39118300	研究论文	本研究通过单细胞测序结合空间转录组学技术，揭示了M1巨噬细胞中的IRF7基因通过调控脂质代谢相关机制抑制胰腺癌的发生	首次揭示了IRF7在M1巨噬细胞中通过抑制RPS18的转录和转移，进而影响胰腺癌细胞中ILF3的表达，从而抑制脂质代谢和细胞增殖等过程	研究主要基于数据库中的scRNA-seq和ST数据，未涉及临床样本的直接验证	探索IRF7在M1巨噬细胞中调控RPS18转录的分子机制，以及IRF7通过外泌体传递RPS18至胰腺癌细胞并调控ILF3表达的过程	M1巨噬细胞中的IRF7基因、RPS18基因、ILF3表达及胰腺癌细胞的脂质代谢	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、流式细胞术、CRISPR/Cas9编辑技术、代谢组学分析	NA	基因表达数据	使用了来自Gene Expression Omnibus数据库的scRNA-seq和ST数据，具体样本数量未详细说明
9509	2024-08-27	Dual inhibition of glycolysis and glutaminolysis for synergistic therapy of rheumatoid arthritis 2023-09-20, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-023-03161-0 PMID:37730663	研究论文	研究通过双重抑制糖酵解和谷氨酰胺分解途径，探讨其在类风湿性关节炎治疗中的协同作用	提出通过双重抑制糖酵解和谷氨酰胺分解途径作为治疗类风湿性关节炎的新方法	NA	探讨双重抑制糖酵解和谷氨酰胺分解途径在类风湿性关节炎治疗中的潜在协同作用	类风湿性关节炎中的滑膜成纤维细胞	NA	类风湿性关节炎	scRNA-seq, H1-核磁共振波谱	NA	细胞类型, 基因表达	涉及人类滑膜细胞和关节炎小鼠模型
9510	2024-08-27	CTLA-4 tail fusion enhances CAR-T antitumor immunity 2023-09, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01571-5 PMID:37500885	研究论文	本文通过将细胞毒性T淋巴细胞相关抗原-4（CTLA-4）的细胞质尾部融合到嵌合抗原受体（CAR）的C端，重新编程CAR功能，显著增强了CAR-T细胞的体内疗效	通过融合CTLA-4的细胞质尾部到CAR的C端，实现了CAR-T细胞功能的重新编程，从而提高了其抗肿瘤免疫效果	NA	研究如何通过融合CTLA-4的细胞质尾部到CAR的C端来增强CAR-T细胞的抗肿瘤免疫效果	嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）及其在抗肿瘤免疫中的应用	免疫学	白血病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	细胞	NA
9511	2024-08-27	Profiling Transcriptional Heterogeneity with Seq-Well S3: A Low-Cost, Portable, High-Fidelity Platform for Massively Parallel Single-Cell RNA-Seq 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_3 PMID:36495445	研究论文	本文介绍了Seq-Well S3平台，这是一种低成本、便携式、高保真的单细胞RNA测序技术，能够同时分析数千个细胞的转录组	Seq-Well S3通过引入第二链合成步骤，增强了从单个细胞捕获的信息量，提高了通常在原始Seq-Well协议中遗漏的细胞转录本的检测	NA	旨在改进Seq-Well技术，提高单细胞RNA测序的信息捕获能力	单细胞RNA测序技术Seq-Well S3及其应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个细胞
9512	2024-08-27	Spatial transcriptomics and the kidney 2022-05-01, Current opinion in nephrology and hypertension IF:2.2Q2 DOI:10.1097/MNH.0000000000000781 PMID:35125393	综述	本文综述了空间转录组技术在肾脏组织研究中的应用及其在肾脏疾病中的最新进展	空间转录组技术能够定位整个转录组mRNA表达，将mRNA与组织学相关联，测量肾脏中随时间变化的表达变化，甚至定位亚细胞水平的转录本	需要进一步努力将整个转录组和亚细胞表达特征整合到个体化评估人类肾脏疾病中	探讨空间转录组技术在肾脏疾病研究中的应用及其潜力	肾脏组织及其细胞类型和结构	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
9513	2024-08-27	TNF is a potential therapeutic target to suppress prostatic inflammation and hyperplasia in autoimmune disease 2022-04-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29719-1 PMID:35440548	研究论文	本研究通过分析医疗记录数据、患者样本和体内模型，评估了炎症对前列腺组织的影响，并探讨了通过靶向炎症来限制前列腺炎症和增生的可能性	首次揭示了自身免疫疾病患者中良性前列腺增生（BPH）的高发性，并证明了肿瘤坏死因子（TNF）拮抗剂治疗可以显著降低BPH的发生	研究主要基于医疗记录数据和实验室模型，可能需要更多的临床试验来验证结果	探讨自身免疫疾病中前列腺炎症和增生的治疗靶点	自身免疫疾病患者的前列腺组织	NA	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	医疗记录数据、组织样本	112,152份医疗记录，人类和小鼠组织样本
9514	2024-08-27	High-resolution Slide-seqV2 spatial transcriptomics enables discovery of disease-specific cell neighborhoods and pathways 2022-Apr-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104097 PMID:35372810	研究论文	本文利用高分辨率的Slide-seqV2空间转录组技术，在健康和疾病状态下的小鼠和人肾脏组织中进行研究，揭示了疾病特异性的细胞邻域和通路	首次应用Slide-seqV2技术于疾病过程和治疗相关通路的阐明	NA	探索高分辨率空间转录组技术在疾病过程中的应用	小鼠和人的肾脏组织，包括健康和疾病状态	数字病理学	肾脏疾病	Slide-seqV2	NA	转录组数据	九个不同的人类肾脏组织样本和多个小鼠模型
9515	2024-08-27	Dirichlet process mixture models for single-cell RNA-seq clustering 2022-04-15, Biology open IF:1.8Q3 DOI:10.1242/bio.059001 PMID:35237784	研究论文	本文比较了贝叶斯隐狄利克雷分配（LDA）方法与其非参数对应方法——分层狄利克雷过程（HDP）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类中的应用	首次详细比较了LDA和HDP在scRNA-seq数据聚类中的性能	LDA和HDP的性能依赖于数据集，且HDP有时会过度细分聚类	提高单细胞RNA测序数据分析中定义有意义聚类分辨率的过程	比较LDA和HDP在scRNA-seq数据聚类中的性能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	隐狄利克雷分配（LDA），分层狄利克雷过程（HDP）	基因表达数据	四个scRNA-seq数据集（免疫细胞、肾脏、胰腺和绒毛膜/胎盘）
9516	2024-08-27	Explainable multiview framework for dissecting spatial relationships from highly multiplexed data 2022-04-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02663-5 PMID:35422018	研究论文	本文介绍了MISTy框架，一个灵活、可扩展且可解释的机器学习框架，用于从高度多重化的空间组学数据中提取关系	MISTy框架通过构建多个关注不同空间或功能上下文的视图来解析不同效应	NA	开发一种可扩展的方法，利用空间信息从高度多重化的空间技术中提取关系	高度多重化的空间组学数据	机器学习	乳腺癌	NA	机器学习框架	空间组学数据	数十到数千个测量标记
9517	2024-08-27	Identification of germline monoallelic mutations in IKZF2 in patients with immune dysregulation 2022-04-12, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021006367 PMID:34920454	研究论文	本文报道了在免疫失调患者中发现的IKZF2基因的种系单等位基因突变，并探讨了这些突变对人类造血和免疫功能的影响	首次鉴定出IKZF2基因的种系突变，并揭示了这些突变导致T滤泡辅助细胞和NK细胞数量减少以及免疫功能障碍的机制	NA	研究IKZF2基因种系突变对人类造血和免疫功能的影响	患有系统性红斑狼疮、免疫性血小板减少症或EBV相关噬血细胞性淋巴组织细胞增生症的患者	免疫学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序，蛋白质组分析	NA	RNA，蛋白质	6名患者
9518	2024-08-27	Single-cell transcriptomic analysis of the immune cell landscape in the aged mouse brain after ischemic stroke 2022-Apr-07, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-022-02447-5 PMID:35392936	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了老年小鼠脑部缺血性中风后的免疫细胞景观	首次在单细胞分辨率下描绘了老年中风脑部的免疫细胞群体，并发现至少6种微胶质细胞亚型，包括一种潜在的中风特异性亚型	NA	旨在确定中风如何影响老年脑部的免疫细胞群体	老年小鼠脑部缺血性中风后的免疫细胞	数字病理学	中风	单细胞RNA测序	NA	分子数据	NA
9519	2024-08-27	Characterization of the treatment-naive immune microenvironment in melanoma with BRAF mutation 2022-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-004095 PMID:35383113	研究论文	本研究探讨了BRAF突变型黑色素瘤在未经治疗情况下的免疫微环境特征，并分析了其与免疫检查点阻断疗法反应差异的关系。	首次详细描述了BRAF突变型黑色素瘤在未经治疗情况下的免疫微环境特征，并探讨了其与免疫疗法反应差异的潜在机制。	研究主要基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，可能需要更多实验验证和临床数据支持。	探讨BRAF突变型黑色素瘤的免疫微环境特征及其与免疫疗法反应差异的关系。	BRAF突变型和野生型黑色素瘤患者的免疫微环境。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、批量RNA测序、流式细胞术、免疫组化	NA	RNA	涉及BRAF突变型和野生型黑色素瘤患者的多个样本
9520	2024-08-27	Clinical and translational values of spatial transcriptomics 2022-04-01, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-00960-w PMID:35365599	研究论文	本文综述了空间转录组学（ST）的发展及其与单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合在理解分子发病机制和发现疾病特异性生物标志物中的临床和转化价值	结合空间转录组学和单细胞RNA测序，揭示了人类组织病理表型与分子改变之间的联系，定义了细胞间分子通信和时空分子医学知识	讨论了基于测序和基于成像技术的优缺点，并强调了空间转录组学面临的机会和挑战	评估空间转录组学在理解分子发病机制和发现疾病特异性生物标志物中的临床和转化价值	空间转录组学技术及其在神经学、胚胎发育、肿瘤学和炎症等领域的应用	分子医学	NA	空间转录组学（ST），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA