单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9481	2024-08-19	Stem/progenitor cells in normal physiology and disease of the pancreas 2021-12-01, Molecular and cellular endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1016/j.mce.2021.111459 PMID:34543699	综述	本文综述了胚胎期和成年期胰腺干细胞/祖细胞在稳态和疾病中的研究进展	结合最新的测序技术、谱系追踪和类器官技术，探讨了成年胰腺中干细胞/祖细胞的存在及其在稳态和应激反应中的作用	由于实验结果的矛盾性，成年胰腺中干细胞/祖细胞的存在仍存在争议	探讨胰腺干细胞/祖细胞在正常生理和疾病中的作用	胚胎期和成年期的胰腺干细胞/祖细胞	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
9482	2024-08-19	A transposon expression burst accompanies the activation of Y-chromosome fertility genes during Drosophila spermatogenesis 2021-11-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27136-4 PMID:34824217	研究论文	本研究通过重新分析公开的单细胞RNA测序数据，量化了果蝇睾丸中不同细胞类型的转座子表达，并开发了一种方法来识别转座子和宿主基因表达模块	发现了在果蝇精子发生过程中，转座子表达爆发与Y染色体生育基因激活的关联，并揭示了特定细胞群中转座子表达的特异性	NA	研究果蝇睾丸中转座子活动和宿主沉默机制	果蝇睾丸中不同细胞类型的转座子表达	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	公开数据集中的多个样本
9483	2024-08-19	Cell type identification from single-cell transcriptomes in melanoma 2021-11-17, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-021-01118-3 PMID:34784909	研究论文	本文提出了一种基于单细胞基因和长非编码RNA表达水平的计算框架，用于从单细胞转录组中识别黑色素瘤中的细胞类型	该方法充分考虑了细胞脱落特性，通过定义细胞的脱落特征和脱落簇，构建差异共表达网络并识别差异模块，最终基于这些差异模块识别细胞类型	NA	探索黑色素瘤相关的关键细胞类型的分子机制，为黑色素瘤研究提供见解	单细胞转录组数据中的细胞类型	数字病理学	黑色素瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	应用该方法于单细胞黑色素瘤数据，识别出八种细胞类型
9484	2024-08-19	Single-cell RNA sequencing reveals differential cell cycle activity in key cell populations during nephrogenesis 2021-11-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-01790-6 PMID:34789782	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了胚胎期14.5天小鼠肾脏发育过程中的基因表达，揭示了关键细胞群体中细胞周期活动的差异	本研究首次在单细胞水平上揭示了肾脏发育过程中“准备”和“自我更新”的肾单位前体细胞亚群之间的细胞周期活动差异，并发现了不成熟远端小管中细胞周期相关基因的增强表达	NA	深入理解驱动肾脏发育的分子机制，为设计增强肾脏修复和再生的策略提供依据	小鼠胚胎期14.5天的肾脏发育过程	数字病理学	儿童慢性肾脏病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎期14.5天的小鼠肾脏样本
9485	2024-08-19	Single-cell sequencing of rotavirus-infected intestinal epithelium reveals cell-type specific epithelial repair and tuft cell infection 2021-11-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2112814118 PMID:34732579	研究论文	本研究利用已知的肠道病毒（轮状病毒），该病毒损害绒毛顶端的上皮细胞但不直接损害肠道干细胞，探索了肠道上皮在单细胞水平上的再生转录反应	发现特定的细胞亚群表现出增加的细胞周期频率，与上皮隐窝的显著扩张相关，并伴随着未成熟肠细胞数量的增加。意外地发现轮状病毒感染了簇状细胞，并通过干扰素相关途径响应病毒感染	NA	理解上皮修复和再生在损伤后的机制，以开发促进快速愈合和恢复正常肠道功能的疗法	轮状病毒感染的肠道上皮细胞	数字病理学	消化疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
9486	2024-08-19	Mechanisms of vascular smooth muscle cell investment and phenotypic diversification in vascular diseases 2021-11-01, Biochemical Society transactions IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BST20210138 PMID:34495326	综述	本文综述了血管平滑肌细胞在血管疾病中的投入机制及其表型多样化的研究进展	结合克隆系谱追踪和单细胞转录组学技术，揭示了血管病变中血管平滑肌细胞来源细胞的显著多样性	NA	探讨血管平滑肌细胞在病理血管重塑中的调控机制，并讨论开发治疗策略的可能性	血管平滑肌细胞及其在血管疾病中的作用	NA	心血管疾病	克隆系谱追踪、单细胞转录组学	NA	转录组	NA
9487	2024-08-19	Conventional type I dendritic cells maintain a reservoir of proliferative tumor-antigen specific TCF-1+ CD8+ T cells in tumor-draining lymph nodes 2021-10-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.08.026 PMID:34534439	研究论文	研究探讨了在肺腺癌自发性模型中，常规I型树突状细胞如何在肿瘤引流淋巴结中维持肿瘤抗原特异性TCF-1+ CD8+ T细胞的增殖库	发现常规I型树突状细胞在肿瘤引流淋巴结中维持TCF-1 CD8 T细胞库，通过Flt3L+anti-CD40治疗恢复SlamF6 T细胞频率并减轻肿瘤负担	研究仅限于肺腺癌的自发性模型，可能需要进一步验证在其他类型肿瘤中的适用性	探究在肿瘤环境中，TCF-1 CD8 T细胞的维持机制及其对免疫检查点阻断反应的影响	肿瘤抗原特异性TCF-1 CD8 T细胞及其在肿瘤引流淋巴结中的动态变化	免疫学	肺腺癌	单细胞测序	NA	细胞	涉及肿瘤抗原特异性TCF-1 CD8 T细胞的多个样本
9488	2024-08-19	Implications of Intratumor Heterogeneity on Consensus Molecular Subtype (CMS) in Colorectal Cancer 2021-Sep-30, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13194923 PMID:34638407	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术构建算法，用于确定结直肠癌中单细胞共识分子亚型（CMS）的分类，并探讨其在肿瘤和非肿瘤细胞中的分布	开发了一种单细胞CMS分配算法，能够重现所有四种CMS的内在生物学特性	研究样本量较小，仅包括10个单细胞RNA测序数据集和3232个批量RNA测序数据集	探讨肿瘤内异质性对结直肠癌共识分子亚型（CMS）的影响	结直肠癌的共识分子亚型（CMS）及其在单细胞水平上的分布	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNASeq）	算法	RNA测序数据	3232个批量RNA测序数据集和10个单细胞RNA测序数据集
9489	2024-08-19	Skeleton-vasculature chain reaction: a novel insight into the mystery of homeostasis 2021-Mar-22, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-021-00138-0 PMID:33753717	综述	本文综述了骨和血管之间的内分泌调节回路的新颖性和重要性，并总结了与骨血管相关的研究进展、血管相关骨骼疾病、病理条件及针对血管生成的治疗策略	探讨了骨和血管作为内分泌器官的新认识，以及单细胞测序等新技术在揭示这两种组织细胞多样性和可塑性方面的应用	NA	阐述骨和血管之间内分泌调节回路的新颖性和重要性，并探讨未来的研究方向	骨和血管的内分泌调节机制及其在疾病治疗中的应用	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
9490	2024-08-19	The Single-Cell Transcriptomic Analysis of Prefrontal Pyramidal Cells and Interneurons Reveals the Neuronal Expression of Genes Encoding Antimicrobial Peptides and Immune Proteins 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.749433 PMID:34759929	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，揭示了前额叶锥体细胞和中间神经元中编码抗菌肽和免疫蛋白的基因表达	首次报道了皮质神经元中某些抗菌和免疫相关蛋白的转录表达	研究样本量较小，且仅限于小鼠前额叶皮质细胞	探讨神经元与免疫细胞之间直接通讯的分子基础	前额叶锥体细胞和中间神经元的单细胞转录组数据	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	84个细胞
9491	2024-08-19	BPI overexpression suppresses Treg differentiation and induces exosome-mediated inflammation in systemic lupus erythematosus 2021, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.63743 PMID:34815797	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析了系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康对照者的T细胞衍生外泌体中的蛋白质，并利用转基因小鼠模型探讨了细菌通透性增加蛋白（BPI）在SLE中的潜在致病作用。	首次揭示了BPI在SLE中的过度表达抑制Treg分化并诱导外泌体介导的炎症反应，为SLE的病理机制提供了新的见解。	研究主要基于转基因小鼠模型，可能与人类SLE的实际情况存在差异。	探讨BPI在系统性红斑狼疮中的致病作用及其对Treg分化的影响。	SLE患者和健康对照者的T细胞衍生外泌体中的蛋白质。	数字病理学	系统性红斑狼疮	蛋白质组学、免疫组织化学、免疫印迹、单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	蛋白质、RNA	SLE患者和健康对照者的T细胞衍生外泌体，转基因小鼠模型
9492	2024-08-18	Effects of HOX family regulator-mediated modification patterns and immunity characteristics on tumor-associated cell type in endometrial cancer 2024-08-14, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-024-00196-w PMID:39138733	研究论文	本研究分析了HOX基因在子宫内膜癌中对多种细胞类型表达机制及肿瘤微环境细胞浸润发展的潜在作用	开发了一种新的评分系统来量化子宫内膜癌中的个体HOX模式，并揭示了HOX基因在肿瘤发展和免疫反应中的关键作用	NA	探讨HOX基因在子宫内膜癌中的作用及其对肿瘤微环境的影响	子宫内膜癌患者的转录组数据和临床信息	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	529名子宫内膜癌患者
9493	2024-08-18	Mechanism exploration of synergistic photo-immunotherapy strategy based on a novel exosome-like nanosystem for remodeling the immune microenvironment of HCC 2024-Aug-14, Nano convergence IF:13.4Q1 DOI:10.1186/s40580-024-00441-6 PMID:39141072	研究论文	本研究开发了一种基于新型外泌体样纳米系统的协同光免疫疗法策略，用于重塑肝细胞癌（HCC）的免疫微环境	通过载有介孔多巴胺（MPDA）和吲哚菁绿（ICG）的M1巨噬细胞衍生的纳米囊泡（M1NVs），实现对肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的M1极化，从而增强抗肿瘤免疫效果	NA	探索基于新型外泌体样纳米系统的协同光免疫疗法策略对肝细胞癌免疫微环境的影响	肝细胞癌（HCC）的免疫微环境	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	比较了HCC组织在接受MPDA/ICG@M1NVs + NIR治疗前后的细胞组成和基因表达
9494	2024-08-18	Generation of a conditional cellular senescence model using proximal tubule cells and fibroblasts from human kidneys 2024-Aug-14, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-024-02131-y PMID:39143064	研究论文	本研究通过使用人肾近端小管上皮细胞（PTECs）和成纤维细胞，生成了一个条件性永生化的细胞衰老模型	本研究提供了一个新的体外细胞模型，用于研究肾脏衰老，并可作为大规模化合物测试的平台	NA	研究细胞衰老在慢性肾脏疾病（CKD）中的具体机制和相关因素	人肾近端小管上皮细胞（PTECs）和成纤维细胞	NA	慢性肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	76个人类肾脏组织切片
9495	2024-08-18	Spatial multiomics reveals a subpopulation of fibroblasts associated with cancer stemness in human hepatocellular carcinoma 2024-Aug-13, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01367-8 PMID:39138551	研究论文	本研究通过结合多区域蛋白质组学、10X Genomics Visium空间转录组学和多重成像技术，揭示了肝癌微环境中与癌症干细胞特性相关的纤维母细胞亚群F5-CAF的表达异质性、功能多样性、空间分布、共定位和相互作用。	首次鉴定出与肝癌干细胞特性相关的纤维母细胞亚群F5-CAF，并阐明了其在肝癌微环境中的作用机制。	研究样本量相对较小，未来需要更大规模的研究来验证这些发现。	揭示肝癌微环境中纤维母细胞亚群与癌症干细胞特性的关联及其对肝癌发展的影响。	肝癌微环境中的纤维母细胞亚群及其与癌症干细胞的相互作用。	数字病理学	肝癌	多区域蛋白质组学、10X Genomics Visium空间转录组学、多重成像技术	NA	蛋白质组学数据、转录组学数据、成像数据	6名患者的多区域蛋白质组学样本、11名患者的空间转录组学样本、92名患者的多重成像样本
9496	2024-08-18	CXCR6 expression correlates with radiotherapy response and immune context in triple-negative breast cancer-experimental studies 2024-Aug-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001546 PMID:39143706	研究论文	本研究探讨了CXCR6在三阴性乳腺癌中的表达及其与放疗反应和免疫环境的关系	首次揭示了CXCR6在三阴性乳腺癌中的临床意义及其与放疗的关联	NA	阐明CXCR6在三阴性乳腺癌中的预后价值及其在乳腺肿瘤微环境中的作用	CXCR6在三阴性乳腺癌中的mRNA和蛋白质表达及其与生存率的关联	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量转录组测序数据和基于荧光的多重免疫组织化学技术	NA	mRNA、蛋白质	NA
9497	2024-08-18	MD-ALL: an integrative platform for molecular diagnosis of B-acute lymphoblastic leukemia 2024-06-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2023.283706 PMID:37981856	research paper	介绍了一个名为MD-ALL的综合平台，用于基于基因表达谱和RNA测序数据中的关键遗传改变进行B-急性淋巴细胞白血病的敏感和准确分类	MD-ALL平台整合了RNA测序数据中的多种关键遗传改变，包括序列突变、大规模拷贝数变异和基因重排，以进行全面的B-ALL分类	NA	开发一个用户友好的B-ALL分类平台，实现集成、准确和全面的B-ALL亚型分类	B-急性淋巴细胞白血病及其亚型分类	machine learning	血液病	RNA-seq	machine learning algorithms	RNA-seq data	2,955个B-ALL RNA-seq样本
9498	2024-08-18	Single-cell analysis of the CD8+ T-cell compartment in multiple myeloma reveals disease specific changes are chiefly restricted to a CD69- subset suggesting potent cytotoxic effectors exist within the tumor bed 2024-04-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2023.283062 PMID:37794800	研究论文	本研究分析了多发性骨髓瘤患者骨髓和外周血中的CD8+ T细胞，发现疾病特异性变化主要限于CD69-子集，表明肿瘤床内存在强大的细胞毒性效应细胞	首次详细分析了多发性骨髓瘤肿瘤微环境中CD8+ T细胞的特定变化，并揭示了CD69表达在区分不同CD8+ T细胞子集中的关键作用	研究仅限于未治疗的多发性骨髓瘤患者和非骨髓瘤对照组，未涉及治疗后的患者	探讨多发性骨髓瘤中CD8+ T细胞的特定变化及其在疾病控制中的作用	多发性骨髓瘤患者的骨髓和外周血中的CD8+ T细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	流式细胞术、质谱细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞	涉及多发性骨髓瘤患者和非骨髓瘤对照组的骨髓和外周血样本
9499	2024-08-18	Heterogeneity and tumoral origin of medulloblastoma in the single-cell era 2024-03, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-02967-9 PMID:38355808	综述	本文综述了髓母细胞瘤的细胞异质性和肿瘤起源在单细胞技术时代的最新进展	利用单细胞RNA测序技术揭示了髓母细胞瘤各亚型的肿瘤内异质性和肿瘤起源，这是传统技术未能揭示的	NA	理解髓母细胞瘤的肿瘤发生和复发的机制	髓母细胞瘤的细胞异质性、细胞起源及肿瘤微环境内的相互作用网络	数字病理学	儿童脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
9500	2024-08-18	Single-Cell Transcriptomics Reveals Pre-existing COVID-19 Vulnerability Factors in Lung Cancer Patients 2024-03-01, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-23-0692 PMID:38063850	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据，分析了COVID-19和肺癌患者的细胞变化，揭示了肺癌患者对COVID-19易感性的分子机制	首次通过单细胞转录组学揭示了肺癌患者中COVID-19易感性的预存因素，包括上调的TMPRSS2表达、增强的巨噬细胞炎症反应、增加的T细胞反应抑制和升高的纤维化风险	研究仅限于特定的肺癌类型和COVID-19患者，可能需要进一步研究以验证这些发现在更广泛人群中的适用性	探讨肺癌患者对COVID-19易感性的分子机制	COVID-19、肺腺癌、小细胞肺癌患者及正常肺组织的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及COVID-19、肺腺癌、小细胞肺癌患者及正常肺组织的单细胞RNA测序数据