单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 9441 - 9460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9441 | 2024-08-21 |
ScRNA-seq revealed the tumor microenvironment heterogeneity related to the occurrence and metastasis in upper urinary tract urothelial carcinoma
2024-Aug, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-024-00779-3
PMID:38877164
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，研究了上尿路上皮癌（UTUC）的肿瘤微环境异质性及其与发生和转移的关系 | 首次揭示了UTUC肿瘤细胞的起源及其与转移性肿瘤细胞的同源性，并发现UTUC肿瘤微环境中不存在免疫抑制现象 | 研究样本仅来自3名高级别UTUC患者，可能存在样本量较小的问题 | 探索UTUC发生和转移的可能机制，并寻找潜在的诊断和治疗靶点 | 上尿路上皮癌的正常组织、原发肿瘤病变和淋巴转移 | 数字病理学 | 泌尿系统疾病 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 28,315个细胞来自3名高级别UTUC患者 |
| 9442 | 2024-08-21 |
Mining alternative splicing patterns in scRNA-seq data using scASfind
2024-Jul-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03323-6
PMID:39075577
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scASfind的新型计算方法，用于使用全长scRNA-seq数据进行细胞类型特异性剪接事件的定量分析 | scASfind利用高效的数据结构存储每个剪接事件的剪接入百分比值，使得能够全面搜索所有差异剪接事件中的模式 | NA | 开发一种新的计算方法，用于在scRNA-seq数据中定量分析细胞类型特异性的剪接事件 | scRNA-seq数据中的替代剪接模式 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA序列数据 | NA |
| 9443 | 2024-08-21 |
Spatial multimodal analysis of transcriptomes and metabolomes in tissues
2024-Jul, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01937-y
PMID:37667091
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研究论文 | 本文介绍了一种结合组织学、质谱成像和空间转录组学的空间多组学方法，用于在组织区域中精确测量mRNA转录物和小分子代谢物 | 该方法兼容市售的Visium玻璃载玻片，并展示了在多巴胺和帕金森病背景下对小鼠和人类脑样本的应用潜力 | NA | 开发一种新的空间多组学方法，以提高对组织中转录物和代谢物的测量精度 | 小鼠和人类脑样本，特别是在多巴胺和帕金森病的背景下 | 数字病理学 | 帕金森病 | 质谱成像 | NA | 图像 | 小鼠和人类脑样本 |
| 9444 | 2024-08-21 |
An increment of diversity method for cell state trajectory inference of time-series scRNA-seq data
2024-Jul, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2024.01.020
PMID:39156571
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research paper | 本文提出了一种基于多样性增量法的细胞状态轨迹推断方法IDTI，用于时间序列单细胞RNA测序数据 | IDTI方法结合了时间序列信息和最小多样性增量法，能够准确构建细胞状态轨迹，无需起始细胞 | NA | 推断时间序列单细胞RNA测序数据的发育轨迹 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | 时间序列数据 | 模拟数据和三种真实多样组织发育数据 |
| 9445 | 2024-08-21 |
Deletion of Fbxw7 in oocytes causes follicle loss and premature ovarian insufficiency in mice
2024-Jun, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18487
PMID:39031722
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研究论文 | 研究FBXW7基因在卵母细胞中的缺失如何导致小鼠卵泡丢失和卵巢功能早衰 | 首次证明了FBXW7在卵巢中的功能，揭示了其在卵泡发生和卵巢功能中的重要作用 | NA | 探讨FBXW7基因在卵巢功能早衰中的作用 | 小鼠卵母细胞中的FBXW7基因 | NA | 女性不孕症 | 单细胞RNA测序和原位杂交 | NA | RNA | NA |
| 9446 | 2024-08-21 |
A hybrid demultiplexing strategy that improves performance and robustness of cell hashing
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae254
PMID:38828640
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研究论文 | 本文介绍了一种混合解复用策略，提高了细胞哈希技术在多样本单细胞测序中的准确性和细胞回收率 | 引入了一种结合细胞哈希和遗传变异聚类的混合解复用策略，以及开发了HTOreader工具，提高了在多标签或样本大小不平衡实验中的准确性和细胞回收率 | 未提及具体限制 | 提高细胞哈希技术在多样本单细胞测序中的性能和鲁棒性 | 细胞哈希技术及其在单细胞测序中的应用 | 单细胞测序 | NA | 细胞哈希 | NA | 单细胞测序数据 | 未提及具体样本数量 |
| 9447 | 2024-08-21 |
An integrated multi-omics analysis reveals osteokines involved in global regulation
2024-May-07, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2024.03.006
PMID:38574738
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研究论文 | 本研究通过综合多组学分析方法，探讨了骨分泌蛋白（osteokines）在骨代谢和全身稳态中的作用及其调控机制 | 本研究首次识别了375种候选osteokines及其在衰老和机械加载/卸载条件下的变化，并揭示了它们在骨和其他器官间的通信机制 | NA | 揭示osteokines的真实身份、细胞来源及其调控机制 | 骨和非骨骼组织、成骨细胞条件培养基、骨髓上清液和血清中的osteokines | 数字病理学 | NA | RNA测序、单细胞RNA测序、蛋白质组学 | NA | RNA、蛋白质 | NA |
| 9448 | 2024-08-21 |
Enhancing radiotherapy response via intratumoral injection of the TLR9 agonist CpG to stimulate CD8 T cells in an autochthonous mouse model of sarcoma
2024-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.03.573968
PMID:38260522
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研究论文 | 本研究通过使用CRISPR/Cas9和化学致癌物3-甲基胆蒽（MCA）生成具有高肿瘤突变负荷的自体软组织肉瘤模型，探讨了TLR9激动剂CpG与放射治疗（RT）联合使用对肿瘤反应的增强作用及其机制。 | 首次在自体软组织肉瘤模型中验证了TLR9激动剂CpG与放射治疗联合使用对肿瘤反应的增强作用，并揭示了CD8 T细胞在其中的关键作用。 | 研究主要在动物模型中进行，需要进一步的临床试验来验证这些发现。 | 探讨TLR9激动剂CpG与放射治疗联合使用对软组织肉瘤的治疗效果及其机制。 | 自体软组织肉瘤模型中的肿瘤反应及免疫细胞变化。 | 数字病理学 | 软组织肉瘤 | CRISPR/Cas9, RNA测序, 质谱细胞术 | NA | RNA | 多个自体软组织肉瘤模型样本 |
| 9449 | 2024-08-21 |
The Downregulation of ITGAX Exacerbates Amyloid-β Plaque Deposition in Alzheimer's Disease by Increasing Polarization of M1 Microglia
2024, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.3233/JAD-240118
PMID:38905043
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研究论文 | 本研究探讨了ITGAX下调通过增加M1型小胶质细胞极化加剧阿尔茨海默病中淀粉样β斑块沉积的分子机制 | 通过单细胞RNA测序和APP/PS1小鼠模型，揭示了ITGAX表达上调与阿尔茨海默病病理过程中的关系 | NA | 识别阿尔茨海默病中小胶质细胞参与的更精确分子靶点，并探索其潜在机制 | ITGAX在阿尔茨海默病中的作用及其对小胶质细胞极化和淀粉样β斑块沉积的影响 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | APP/PS1小鼠模型 | RNA | 使用了来自Gene Expression Omnibus (GEO)数据库的单细胞RNA测序数据 |
| 9450 | 2024-08-21 |
Role of glycosylation-related gene MGAT1 in pancreatic ductal adenocarcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1438935
PMID:39156890
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研究论文 | 本文探讨了糖基化相关基因MGAT1在胰腺导管腺癌（PDAC）中的作用 | 首次揭示了MGAT1通过调节巨噬细胞中的糖基化水平，影响PDAC的进展和预后 | 需要进一步的研究来开发针对MGAT1的靶向治疗策略 | 研究MGAT1在PDAC中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 胰腺导管腺癌（PDAC）细胞和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 来自GSE197177和GSE224411的数据, 以及UCSC Xena和TCGA的RNA-seq数据和生存信息 |
| 9451 | 2024-08-21 |
Advancing precision medicine in gliomas through single-cell sequencing: unveiling the complex tumor microenvironment
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1396836
PMID:39156969
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术深入研究胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤微环境，揭示了肿瘤细胞与周围正常细胞的复杂相互作用 | 利用单细胞转录组学和空间转录组学技术，精确分类肿瘤微环境中的细胞类型，并探讨了多组学条件下细胞间的相互作用及其对GBM生长的影响 | NA | 通过深入理解肿瘤微环境中的细胞相互作用，开发新的治疗策略以提高GBM患者的治疗效果 | 胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤微环境中的细胞类型和相互作用 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 9452 | 2024-08-21 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals a Unique Fibroblastic Subset and Immune Disorder in Lichen Sclerosus Urethral Stricture
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S466317
PMID:39157587
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了硬化性苔藓尿道狭窄中独特的成纤维细胞亚群及免疫紊乱 | 发现了一种独特的成纤维细胞亚群Fib7，该亚群仅存在于硬化性苔藓尿道狭窄中，并表现出SAA1和SAA2的高表达水平 | NA | 旨在深入理解硬化性苔藓尿道狭窄的组织微环境，以助于阐明其发病机制 | 硬化性苔藓尿道狭窄疾病中的细胞亚群及其转录组特征 | 数字病理学 | 尿道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三名硬化性苔藓尿道狭窄患者和三名非硬化性苔藓尿道狭窄患者 |
| 9453 | 2024-08-21 |
Human Pancreatic α-Cell Heterogeneity and Trajectory Inference Analysis Using Integrated Single Cell- and Single Nucleus-RNA Sequencing Platforms
2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.19.567715
PMID:38014078
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）技术，分析了来自非糖尿病捐赠者的人体胰岛和胰岛移植物中的α细胞和β细胞的异质性和命运转换 | 首次揭示了人体胰岛中α细胞和β细胞的亚型及其在α-β细胞转换中的具体作用，并发现了多个新的α细胞亚群及其转录组特征 | 研究主要集中在非糖尿病捐赠者的胰岛和胰岛移植物，未涵盖更多样化的样本，如其他疾病状态下的胰岛 | 探究人体胰岛中α细胞和β细胞的异质性及其在α-β细胞转换中的具体作用 | 人体胰岛中的α细胞和β细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自非糖尿病捐赠者的人体胰岛和胰岛移植物 |
| 9454 | 2024-08-21 |
Gene Expression Nebulas (GEN): a comprehensive data portal integrating transcriptomic profiles across multiple species at both bulk and single-cell levels
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab878
PMID:34591957
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research paper | 本文介绍了一个名为Gene Expression Nebulas（GEN）的综合数据门户，该门户整合了多个物种在批量和单细胞层面的转录组数据 | GEN通过使用标准化的数据处理流程和结构化的管理模型，收集了高质量的批量和单细胞RNA测序数据集 | NA | 旨在提供一个全面的转录组数据集，以更好地理解从组织到细胞的遗传调控结构和功能机制 | 多个物种的转录组数据 | NA | NA | RNA sequencing | NA | transcriptomic profiles | 50,500个样本和15,540,169个细胞，涵盖30个物种 |
| 9455 | 2024-08-21 |
MAB21L1 modulates gene expression and DNA metabolic processes in the lens placode
2021-12-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.049251
PMID:34779479
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研究论文 | 本研究通过电子显微镜和单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了Mab21l1基因敲除小鼠的晶状体外胚层早期单细胞水平表型 | 首次揭示了MAB21L1在晶状体基板形成过程中调节晶状体特异性基因表达和DNA/核苷酸代谢过程的作用 | NA | 探究MAB21L1在晶状体基板形成中的作用及其对基因表达和DNA代谢过程的调控 | Mab21l1基因敲除小鼠的晶状体外胚层 | NA | 先天性小脑、眼部、颅面和生殖系统（COFG）综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 131个基因下调，148个基因上调 |
| 9456 | 2024-08-21 |
Leukotriene B4 Is a Major Determinant of Leukocyte Recruitment During Otitis Media
2021, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2021.768815
PMID:35004347
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研究论文 | 本研究探讨了白三烯B4（LTB4）在急性中耳炎（OM）中的作用，通过基因表达分析和LTB4受体抑制剂的使用，观察了LTB4在炎症细胞招募中的关键作用。 | 首次详细研究了LTB4在急性中耳炎中的作用，并证明了LTB4受体拮抗剂在治疗OM中的潜在价值。 | 研究主要集中在LTB4的作用上，未全面探讨其他趋化因子在中耳炎中的作用。 | 研究LTB4在急性中耳炎中的作用及其对炎症反应的影响。 | 中耳感染非类型化流感嗜血杆菌（NTHi）的LTB4相关基因表达和中耳炎症反应。 | NA | 中耳炎 | 基因阵列分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 中耳感染NTHi的样本 |
| 9457 | 2024-08-21 |
Transcriptomic and Single-Cell Analysis of the Murine Parotid Gland
2019-12, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/0022034519882355
PMID:31623513
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序分析了小鼠腮腺在不同成熟阶段的转录组特征 | 首次全面揭示了腮腺在不同成熟阶段的全球基因表达谱，并发现了腮腺特异性的基因特征和细胞异质性 | NA | 阐明腮腺的分子特性 | 小鼠腮腺的转录组和单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同成熟阶段的小鼠腮腺样本 |
| 9458 | 2024-08-20 |
Integrated metabolomics and proteomics analyses to reveal anticancer mechanism of hemp oil extract in colorectal cancer
2024-Oct-15, Journal of pharmaceutical and biomedical analysis
IF:3.1Q2
DOI:10.1016/j.jpba.2024.116379
PMID:39059180
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研究论文 | 本研究通过代谢组学和蛋白质组学分析，探讨了大麻油提取物（HOE）在结直肠癌（CRC）治疗中的抗癌机制 | 首次详细揭示了大麻油提取物通过影响嘌呤代谢途径和下调c-MYC等细胞周期相关蛋白的表达，导致细胞周期在G1期停滞，从而抑制结直肠癌细胞增殖的机制 | NA | 阐明大麻油提取物在结直肠癌治疗中的具体抗癌机制 | 大麻油提取物对结直肠癌细胞的影响 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 质谱法 | NA | 代谢组学数据和蛋白质组学数据 | NA |
| 9459 | 2024-08-20 |
IL-17A/F double producing T cells, unstable Tregs and quiescent TRMs in clinically healed lesions are potential cellular candidates for recurrence of psoriasis
2024-Sep, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2024.110328
PMID:39067676
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和多重免疫组化染色技术，分析了自体愈合性病变、现场复发性银屑病变和相邻正常皮肤中的T细胞亚群，以揭示银屑病复发的细胞机制 | 首次在临床愈合的银屑病变中识别出IL-17A/F双产T细胞、不稳定Tregs和静息TRMs作为复发的潜在细胞候选者 | 研究结果需要进一步的深入工作以加深理解 | 阐明银屑病复发的免疫学机制 | 银屑病愈合病变中的T细胞亚群 | NA | 银屑病 | 单细胞测序，多重免疫组化染色 | NA | 细胞 | 自体愈合性病变、现场复发性银屑病变和相邻正常皮肤样本 |
| 9460 | 2024-08-20 |
RBMS1 reflects a distinct microenvironment and promotes tumor progression in ocular melanoma
2024-Sep, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2024.109990
PMID:38969283
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研究论文 | 本研究通过多种机器学习算法分析了UM患者的DNA甲基化、转录组数据及临床信息，发现甲基化驱动的基因RBMS1与UM患者的临床预后不良相关，并揭示了RBMS1在肿瘤微环境中的作用及其对肿瘤进展的影响。 | 首次揭示RBMS1基因在眼部黑色素瘤中的作用，及其与肿瘤微环境和预后的关联。 | 研究主要基于UM患者的数据，未来研究需验证RBMS1在其他类型眼部黑色素瘤中的作用。 | 探讨RBMS1基因在眼部黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境和预后的影响。 | 眼部黑色素瘤，包括葡萄膜黑色素瘤（UM）和结膜黑色素瘤（CM）。 | 数字病理学 | 眼部黑色素瘤 | DNA甲基化分析、RNA测序、单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | DNA甲基化数据、转录组数据、临床信息 | 具体样本数量未在摘要中明确提及 |