单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 9401 - 9420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9401 | 2024-08-23 |
Joint Clustering of Single-Cell Sequencing and Fluorescence In Situ Hybridization Data for Reconstructing Clonal Heterogeneity in Cancers
2021-11, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2021.0255
PMID:34612714
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研究论文 | 本文开发了一种联合聚类方法，结合单细胞测序和荧光原位杂交数据，以更好地解析肿瘤进化中的染色体倍性变化 | 提出了一种概率框架，通过马尔可夫链蒙特卡洛采样和线性回归优化，以最大化给定预聚类数据集的潜在变量的概率 | 现有的方法在通过倍性变化解析肿瘤进化方面能力有限 | 旨在通过结合单细胞测序和荧光原位杂交数据，更好地解析肿瘤进化中的染色体倍性变化 | 单细胞测序和荧光原位杂交数据 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞DNA测序（scSeq）和多重间期荧光原位杂交（miFISH） | 马尔可夫链蒙特卡洛采样和线性回归 | 单细胞测序和荧光原位杂交数据 | 使用模拟数据和一个胶质母细胞瘤（GBM）病例进行验证，并在两个GBM病例中应用该方法 |
| 9402 | 2024-08-23 |
Scaling up reproducible research for single-cell transcriptomics using MetaNeighbor
2021-08, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-021-00575-5
PMID:34234317
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研究论文 | 本文介绍了使用MetaNeighbor方法进行单细胞转录组数据的可重复性研究 | 提出了一种高效且稳健的细胞类型可重复性量化方法MetaNeighbor，该方法保持数据集独立性并具有高度可扩展性 | NA | 研究单细胞RNA测序数据中细胞类型的可重复性和通用性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数百万个细胞 |
| 9403 | 2024-08-23 |
Opposing immune and genetic mechanisms shape oncogenic programs in synovial sarcoma
2021-02, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-01212-6
PMID:33495604
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研究论文 | 本研究通过综合运用单细胞RNA测序、空间分析以及遗传和药理学扰动，探讨了滑膜肉瘤中的癌症-免疫相互作用 | 揭示了滑膜肉瘤中由SS18-SSX融合驱动的恶性细胞状态，并发现这种状态可被HDAC和CDK4/CDK6抑制剂联合治疗增强其免疫原性 | NA | 研究滑膜肉瘤中的癌症-免疫相互作用及其治疗策略 | 滑膜肉瘤中的恶性细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 滑膜肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 16,872个细胞来自12个人类滑膜肉瘤肿瘤 |
| 9404 | 2024-08-23 |
Long-Term Storage Does Not Affect the Expression Profiles of mRNA and Long Non-Coding RNA in Vitrified-Warmed Human Embryos
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.751467
PMID:35178066
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研究论文 | 本研究探讨了长期存储对人类胚胎中mRNA和长非编码RNA表达谱的影响 | 首次揭示了长期存储后的人类胚胎中mRNA和长非编码RNA表达谱的稳定性 | 研究样本量较小，且仅限于特定年龄段的女性 | 探究长期存储对人类胚胎中mRNA和长非编码RNA表达的影响 | 人类胚胎中的mRNA和长非编码RNA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 11名女性，包括3个新鲜八细胞胚胎和8个存活下来的冷冻解冻八细胞胚胎 |
| 9405 | 2024-08-23 |
Building vs. Rebuilding Epidermis: Comparison Embryonic Development and Adult Wound Repair
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.796080
PMID:35145968
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综述 | 本文比较了胚胎发育与成人伤口修复过程中表皮重建的相似性与差异性 | 利用单细胞转录组学、谱系追踪和活体成像技术揭示了以往无法检测到的亚群、长期细胞命运和动态细胞行为 | NA | 探讨成人伤口修复与胚胎组织发育在表皮方面的异同 | 表皮组织 | NA | NA | 单细胞转录组学、谱系追踪、活体成像 | NA | NA | NA |
| 9406 | 2024-08-23 |
Analysis and Visualization of Spatial Transcriptomic Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.785290
PMID:35154244
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综述 | 本文综述了空间转录组技术的核心概念及其分析和可视化方法 | 空间转录组技术能够在保留空间信息的同时测量转录组信息，扩展了分析和可视化的可能性 | NA | 总结空间基因组技术的核心概念并全面回顾当前的空间转录组分析和可视化方法 | 人类和动物组织的异质细胞类型及其空间结构 | 基因组学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 9407 | 2024-08-22 |
Blood Lipoproteins Shape the Phenotype and Lipid Content of Early Atherosclerotic Lesion Macrophages: A Dual-Structured Mathematical Model
2024-Aug-02, Bulletin of mathematical biology
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s11538-024-01342-9
PMID:39093509
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研究论文 | 本文开发了一种双结构数学模型，用于研究早期动脉粥样硬化病变中巨噬细胞的表型和脂质含量 | 提出了一个数学模型，通过分析低密度脂蛋白（LDL）和高密度脂蛋白（HDL）的血液密度，来理解巨噬细胞表型和脂质含量的关系 | 需要通过单细胞RNA测序数据来验证模型 | 探讨早期动脉粥样硬化病变中巨噬细胞的表型分布及其与脂质含量的关系 | 早期动脉粥样硬化病变中的巨噬细胞 | NA | 心血管疾病 | NA | 数学模型 | NA | NA |
| 9408 | 2024-08-22 |
SLC44A2 regulates vascular smooth muscle cell phenotypic switching and aortic aneurysm
2024-Jun-25, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI173690
PMID:38916960
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研究论文 | 本文研究了SLC44A2在血管平滑肌细胞表型转换和主动脉瘤中的作用 | 首次揭示了SLC44A2通过与NRP1和ITGB3相互作用激活TGF-β/SMAD信号通路，从而调控血管平滑肌细胞的表型转换 | NA | 探讨SLC44A2在主动脉瘤中的作用及其机制 | SLC44A2在血管平滑肌细胞中的表达及其对主动脉瘤的影响 | 心血管疾病 | 主动脉瘤 | 微阵列和单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括腹主动脉瘤患者和Ang II诱导的Apoe-/-小鼠的主动脉组织 |
| 9409 | 2024-08-22 |
Inhibition of the eukaryotic initiation factor-2α kinase PERK decreases risk of autoimmune diabetes in mice
2024-Jun-18, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI176136
PMID:38889047
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研究论文 | 本研究通过抑制eIF2α激酶PERK，减少小鼠自身免疫性糖尿病的风险 | 发现抑制PERK可以逆转应激人胰岛中的mRNA翻译阻断，延缓糖尿病发作，减少胰岛炎症，并保护β细胞数量 | NA | 预防自身免疫性1型糖尿病（T1D）的发作 | 小鼠的胰岛和β细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序，空间蛋白质组学 | NA | RNA，蛋白质 | T1D易感小鼠的胰岛 |
| 9410 | 2024-08-22 |
Examining the Effects of Nutrient Supplementation on Metabolic Pathways via Mitochondrial Ferredoxin in Aging Ovaries
2024-05-13, Nutrients
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/nu16101470
PMID:38794708
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研究论文 | 研究通过营养补充剂对衰老卵巢中线粒体铁氧还原蛋白在代谢途径中的作用进行探讨 | 采用多组学分析方法，结合空间转录组学、单细胞RNA测序、人类卵巢病理学和临床活检数据，探讨FDX1作为卵巢衰老标志物的潜力 | 研究仅涉及70名患者，且仅进行了两个月的临床试验，可能需要更大规模和更长时间的研究来验证结果 | 探讨营养补充剂对衰老卵巢中代谢途径的影响，特别是通过线粒体铁氧还原蛋白FDX1的作用 | 衰老卵巢中的卵母细胞 | NA | NA | 多组学分析 | NA | 转录组数据 | 70名患有衰老卵巢的患者 |
| 9411 | 2024-08-22 |
ScRNA-seq of gastric cancer tissues reveals differences in the immune microenvironment of primary tumors and metastases
2024-May, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03012-5
PMID:38555278
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了胃癌原发肿瘤和转移瘤组织的转录组，揭示了两者在免疫微环境上的差异 | 首次详细比较了胃癌原发肿瘤和转移瘤在免疫微环境中的差异，特别是CD8 T细胞和表达ApoE的巨噬细胞的差异 | 研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 探究胃癌原发肿瘤和转移瘤在免疫微环境中的差异及其潜在机制 | 胃癌的原发肿瘤和转移瘤组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(ScRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 46份胃癌原发肿瘤、邻近非肿瘤组织和转移瘤组织 |
| 9412 | 2024-08-22 |
Fibroblasts under pressure: cardiac fibroblast responses to hypertension and antihypertensive therapies
2024-01-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00401.2023
PMID:37999643
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综述 | 本文综述了高血压和抗高血压治疗对心脏成纤维细胞的影响，以及单细胞RNA测序技术在高血压和压力超负荷模型中对成纤维细胞异质性的发现 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了高血压和压力超负荷模型中左心室成纤维细胞的异质性 | NA | 探讨高血压和压力超负荷对心脏成纤维细胞的特定变化，以及抗高血压治疗的效果 | 心脏成纤维细胞在高血压和压力超负荷下的反应及其在抗高血压治疗中的作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 9413 | 2024-08-22 |
Identification and validation of tryptophan-related gene signatures to predict prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma reveals a critical role for PTTG1
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1386427
PMID:39144144
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研究论文 | 本研究通过分析色氨酸代谢相关基因，构建了预测肺腺癌预后和免疫治疗反应的模型，并探讨了PTTG1在其中的关键作用 | 首次揭示了色氨酸代谢在肺腺癌中的模式和分子特征，并建立了色氨酸代谢相关的肺腺癌预后模型 | NA | 研究色氨酸代谢在肺腺癌中的作用及其对预后和免疫治疗反应的影响 | 肺腺癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自TCGA和GEO数据库的多个数据集，具体样本数量未详细说明 |
| 9414 | 2024-08-22 |
Development of a Novel CD8+ T Cell-Associated Signature for Prognostic Assessment in Hepatocellular Carcinoma
2024 Jan-Dec, Cancer control : journal of the Moffitt Cancer Center
IF:2.5Q3
DOI:10.1177/10732748241270583
PMID:39152700
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研究论文 | 本研究旨在分析CD8+ T细胞相关调控基因在肝细胞癌（HCC）中的临床意义和预后价值 | 构建了一个新的8基因CD8+ T细胞相关签名，用于肝细胞癌的预后评估 | NA | 分析CD8+ T细胞相关调控基因在肝细胞癌中的临床意义和预后价值 | CD8+ T细胞相关调控基因在肝细胞癌中的作用 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | qRT-PCR, 免疫组织化学, 组织微阵列, CIBERSORT算法 | Lasso-Cox回归分析 | RNA测序数据 | 使用了TCGA-LIHC和单细胞RNA测序数据 |
| 9415 | 2024-08-22 |
G0 arrest gene patterns to predict the prognosis and drug sensitivity of patients with lung adenocarcinoma
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0309076
PMID:39159158
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研究论文 | 本研究旨在开发基于G0停滞（G0A）相关基因的肺腺癌（LUAD）患者基因特征，并探讨其与预后、肿瘤免疫微环境和治疗反应的关系 | 成功建立了一个包含六个基因（CHCHD4, DUT, LARP1, PTTG1IP, RBM14, 和 WBP11）的特征，该特征对LUAD患者的总体生存具有显著的预测能力，并显示出独立的预后价值 | NA | 开发肺腺癌患者的基因特征，并研究其与预后、肿瘤免疫微环境和治疗反应的关系 | 肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺腺癌 | qRT-PCR | Cox和lasso回归模型 | 转录组数据 | 使用TCGA-LUAD数据库作为发现队列，验证模型使用了多个转录组数据集（GSE50081, GSE72094, GSE127465, GSE131907 和 EMTAB6149） |
| 9416 | 2024-08-22 |
The single-cell atlas of the epididymis in mice reveals the changes in epididymis function before and after sexual maturity
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1440914
PMID:39161591
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术分析了5周龄和10周龄C57 BL/6J雄性小鼠的附睾头和尾部细胞，揭示了附睾功能在性成熟前后的变化 | 首次构建了小鼠附睾的单细胞图谱，并分析了主要细胞类型在性成熟前后的功能变化 | NA | 探究附睾在性成熟前后的功能变化及其对精子成熟和免疫反应的影响 | 5周龄和10周龄C57 BL/6J雄性小鼠的附睾头和尾部细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 5周龄和10周龄C57 BL/6J雄性小鼠的附睾头和尾部细胞 |
| 9417 | 2024-08-22 |
Combining Bulk and Single Cell RNA-Sequencing Data to Identify Hub Genes of Fibroblasts in Dilated Cardiomyopathy
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S470860
PMID:39161677
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研究论文 | 本研究结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别扩张型心肌病中成纤维细胞的关键基因 | 本研究首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，通过细胞间通信网络和活性分析，筛选出与扩张型心肌病相关的重要细胞和基因 | 本研究主要基于公开数据集，未来需进一步在更大规模和多样性的样本中验证结果 | 揭示扩张型心肌病的病理生理机制 | 扩张型心肌病中的成纤维细胞和单核细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了公开的批量RNA测序和单细胞RNA测序数据集 |
| 9418 | 2024-08-22 |
Integrated hepatic single-cell RNA sequencing and untargeted metabolomics reveals the immune and metabolic modulation of Qing-Fei-Pai-Du decoction in mice with coronavirus-induced pneumonia
2022-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2021.153922
PMID:35032732
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研究论文 | 本研究通过整合肝单细胞RNA测序和非靶向代谢组学，探讨了清肺排毒汤对冠状病毒诱导的小鼠肺炎的免疫和代谢调节机制。 | 首次将肝单细胞RNA测序和非靶向代谢组学整合应用于中药配方中，揭示了清肺排毒汤对免疫功能和肝脏损伤的改善作用。 | NA | 研究清肺排毒汤在治疗冠状病毒诱导的小鼠肺炎中的作用机制。 | 清肺排毒汤对冠状病毒诱导的小鼠肺炎的免疫和代谢调节机制。 | 数字病理学 | 冠状病毒感染 | 单细胞RNA测序, 非靶向代谢组学 | NA | RNA序列, 代谢数据 | BALB/c小鼠模型 |
| 9419 | 2024-08-22 |
A matter of space and time: Emerging roles of disease-associated proteins in neural development
2022-01-19, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2021.10.035
PMID:34847355
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研究论文 | 本文探讨了神经发育障碍中与疾病相关的蛋白质在神经发育中的新兴角色 | 新证据表明，这些蛋白质在未成熟细胞中具有新颖的、不同的作用，特别是在神经系统在产前发育中的组装过程中 | NA | 探讨神经发育障碍中与疾病相关的蛋白质在神经发育中的作用 | 神经发育障碍中的突触蛋白和离子通道 | NA | 神经发育障碍 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 9420 | 2024-08-22 |
Challenges and Opportunities for the Translation of Single-Cell RNA Sequencing Technologies to Dermatology
2022-Jan-04, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life12010067
PMID:35054460
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术在皮肤生物学领域的最新进展，特别关注皮肤病理学及其向临床的转化 | 本文总结了单细胞分析的优势和局限性，有助于将这些新技术的新见解转化为临床应用 | 目前这些新技术的临床转化尚不足 | 总结单细胞RNA测序技术在皮肤生物学中的应用现状，并探讨其向临床转化的挑战与机遇 | 人类皮肤细胞类型及其在稳态和多种皮肤病中的相互作用 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 大量 |