单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9341	2024-08-24	Dysregulated T-cell homeostasis and decreased CD30+ Treg proliferating in aplastic anemia 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35775 PMID:39170389	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了再生障碍性贫血（AA）患者中T细胞稳态的潜在破坏，并识别了CD4 T常规细胞和Treg细胞的变化	首次揭示了AA患者中CD30 Treg细胞亚群的减少及其高增殖和显著的免疫抑制表型，并提出异常的TNFSF8/TNFRSF8信号通路可能通过增加CD30 Treg细胞的破坏导致T细胞免疫功能障碍	NA	阐明再生障碍性贫血中自身反应性T细胞在疾病发展中的精确作用，以促进治疗和诊断策略的进步	再生障碍性贫血患者的CD8 T细胞、常规CD4 T细胞和Treg细胞	免疫学	再生障碍性贫血	单细胞转录组分析，流式细胞术，RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
9342	2024-08-24	Galectin-3 induces pathogenic immunosuppressive macrophages through interaction with TREM2 in lung cancer 2024-Aug-13, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03124-6 PMID:39135069	研究论文	本研究探讨了半乳糖凝集素-3通过与TREM2相互作用诱导肺肿瘤相关巨噬细胞的免疫抑制作用	揭示了半乳糖凝集素-3与TREM2在肺肿瘤相关巨噬细胞中的未知关联，并提出同时抑制半乳糖凝集素3和TREM2作为肺肿瘤治疗的新策略	NA	研究TREM2表达的肿瘤相关巨噬细胞的招募机制及其介导免疫抑制的配体	肺肿瘤相关巨噬细胞及其免疫抑制作用	数字病理学	肺肿瘤	流式细胞术，单细胞RNA测序，质谱分析，免疫沉淀	NA	细胞	使用TREM2f/f-Lyz2-cre小鼠模型进行验证
9343	2024-08-24	A Cell Cycle-Aware Network for Data Integration and Label Transferring of Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401815 PMID:38887194	研究论文	本文开发了一种细胞周期感知网络（CCAN），用于去除单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应，同时保留细胞类型特异性变异	这是首个研究单细胞多组学数据集成中细胞周期效应的计算模型	NA	研究单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应	单细胞RNA测序和ATAC测序数据的集成	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	网络模型	多组学数据	多个基准数据集
9344	2024-08-24	Heterogeneity of Wnt1-Cre-marked and Pax2-Cre-marked first branchial arch cranial neural crest cells in mice 2024-Aug-01, Hua xi kou qiang yi xue za zhi = Huaxi kouqiang yixue zazhi = West China journal of stomatology DOI:10.7518/hxkq.2024.2023374 PMID:39049630	研究论文	本研究旨在探讨Wnt1-Cre标记和Pax2-Cre标记的小鼠第一鳃弓颅神经嵴细胞的异质性和基因本体	本研究通过单细胞RNA测序和实时荧光定量PCR技术，揭示了Wnt1-Cre和Pax2-Cre标记的神经嵴细胞在不同组织中的表达差异及其在细胞分化和骨化中的作用	NA	探索Wnt1-Cre和Pax2-Cre标记的小鼠第一鳃弓颅神经嵴细胞的异质性和基因本体	Wnt1-Cre和Pax2-Cre标记的小鼠第一鳃弓颅神经嵴细胞	NA	NA	单细胞RNA测序, 实时荧光定量PCR	NA	RNA	Wnt1-Cre;R26RmTmG和Pax2-Cre;R26RmTmG小鼠的胚胎
9345	2024-08-24	Patient-Derived Tumor Organoids Combined with Function-Associated ScRNA-Seq for Dissecting the Local Immune Response of Lung Cancer 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400185 PMID:38896792	研究论文	本研究通过生成患者来源的肺肿瘤类器官（pLCOs）并结合功能关联的单细胞RNA测序（FascRNA-seq）平台，分析了肺肿瘤局部免疫微环境（TIME）对免疫治疗的动态响应	开发了一种结合表型评估和单细胞RNA测序的FascRNA-seq平台，能够在单个类器官水平上解析TIME	NA	研究肺肿瘤局部免疫微环境对免疫治疗的动态响应	患者来源的肺肿瘤类器官及其免疫微环境	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	171个个体肺肿瘤类器官，来自7名患者
9346	2024-08-24	scRNMF: An imputation method for single-cell RNA-seq data by robust and non-negative matrix factorization 2024-Aug, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012339 PMID:39116191	研究论文	本文提出了一种基于鲁棒和非负矩阵分解的单细胞RNA测序数据插补方法scRNMF	scRNMF方法结合了L2损失和C损失函数，C损失函数对大误差的惩罚较小，使得在处理异常值时更加鲁棒	NA	开发有效的插补方法以克服单细胞RNA测序数据中的高缺失率问题	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	非负矩阵分解	NA	RNA测序数据	使用了不同大小和零率的各种数据集
9347	2024-08-24	Neutrophil extracellular trap related risk score exhibits crucial prognostic value in skin cutaneous melanoma, associating with distinct immune characteristics 2024-Aug, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3 DOI:10.1111/srt.70008 PMID:39167030	研究论文	本文构建了与中性粒细胞外陷阱（NETs）相关的基因特征，并探讨了其在皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）中的预后价值及免疫特征	首次构建了基于五个NET基因的预后模型，并探讨了其在SKCM中的预后能力和免疫特征	NA	研究NETs在皮肤皮肤黑色素瘤中的预后价值及免疫特征	皮肤皮肤黑色素瘤患者	数字病理学	皮肤黑色素瘤	LASSO Cox回归分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用TCGA-SKCM队列和GSE115978数据集
9348	2024-08-24	Summary data-based Mendelian randomization and single-cell RNA sequencing analyses identify immune associations with low-level LGALS9 in sepsis 2024-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18559 PMID:39044269	研究论文	本研究通过基于汇总数据的孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序，揭示了低水平LGALS9与脓毒症免疫关联的分子机制	首次结合基于汇总数据的孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术，深入探讨了脓毒症中免疫细胞的表型变化及其分子机制	NA	深入理解脓毒症的发病机制及其免疫细胞的表型变化	脓毒症患者的免疫细胞及其分子机制	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	孟德尔随机化分析	基因表达数据	NA
9349	2024-08-24	Integrated Analysis Construct a Tumor-Associated Macrophage Novel Signature with Promising Implications in Predicting the Prognosis and Immunotherapeutic Response of Gastric Cancer Patients 2024-Jun, Digestive diseases and sciences IF:2.5Q2 DOI:10.1007/s10620-024-08365-1 PMID:38573378	研究论文	本研究通过综合分析构建了一个与肿瘤相关巨噬细胞（TAM）相关的新型风险特征，用于预测胃癌患者的预后和免疫治疗反应	开发了一个基于TAM的九基因风险特征，能够准确预测胃癌的预后，并为临床诊断、预测和免疫治疗提供新的视角	NA	研究TAM在胃癌中的特征，并开发基于TAM的风险特征以预测胃癌患者的预后	胃癌患者的肿瘤相关巨噬细胞（TAM）及其相关基因	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
9350	2024-08-24	Angiogenesis-related immune response may be the prelude to the syndesmophyte formation in Ankylosing spondylitis 2024-May-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112040 PMID:38631220	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序方法，分析了强直性脊柱炎模型中疾病进展过程中的外周血单个核细胞比例变化，并探讨了局部炎症与骨形成之间的关系。	首次揭示了CD4+CXCR5+ T滤泡辅助细胞在强直性脊柱炎骨病变中的定位及其作为促血管生成级联反应上游启动者的作用。	NA	探讨强直性脊柱炎中局部炎症与骨形成之间的关系，并阐明其发病机制。	强直性脊柱炎模型中的外周血单个核细胞及骨病变。	免疫学	强直性脊柱炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及强直性脊柱炎的猕猴模型
9351	2024-08-24	Integrative multiomics enhancer activity profiling identifies therapeutic vulnerabilities in cholangiocarcinoma of different etiologies 2024-05-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-330483 PMID:38050079	研究论文	本研究通过综合多组学增强子活性分析，识别不同病因胆管癌的治疗脆弱性	首次在胆管癌中探讨增强子活性的失调及其对致癌过程的影响，并利用这些信息识别新的治疗靶点	研究主要基于细胞系和异种移植模型，可能与临床实际情况存在差异	旨在通过增强子活性分析，识别不同胆管癌亚型的潜在治疗靶点	胆管癌（CCA）的不同亚型	NA	胆管癌	NanoString、多重免疫组织化学染色和单细胞空间转录组学	NA	细胞系、患者来源的异种移植模型	使用了多种胆管癌细胞系、患者来源和细胞系来源的异种移植模型
9352	2024-08-24	Integrated multi-omics analyses identify anti-viral host factors and pathways controlling SARS-CoV-2 infection 2024-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44175-1 PMID:38168026	研究论文	本研究通过全基因组CRISPR剔除筛选和多组学数据的综合分析，揭示了控制SARS-CoV-2感染的宿主抗病毒因子及其途径	本研究发现了许多目前被低估的宿主因子，如V-ATP酶、ESCRT和N-糖基化途径的组成部分，以及作为抗病毒途径的凝聚素复合物	NA	揭示控制SARS-CoV-2感染的宿主抗病毒因子及其途径	SARS-CoV-2感染的宿主抗病毒因子及其途径	基因组学	COVID-19	CRISPR, 全基因组关联研究, 单细胞RNA-Seq, 宿主-病毒蛋白质或蛋白质/RNA相互作用组	NA	多组学数据	NA
9353	2024-08-24	Comprehensive multi-omics analysis of pyroptosis for optimizing neoadjuvant immunotherapy in patients with gastric cancer 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93124 PMID:38773976	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了焦亡在胃癌中的免疫调节作用及其对新辅助免疫治疗的影响	构建了焦亡风险评分（PRS），并验证了其在胃癌新辅助免疫治疗中的预测价值	NA	探讨焦亡在胃癌肿瘤微环境重塑和免疫治疗中的作用	胃癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	胃癌	单细胞测序和多重免疫荧光	NA	基因表达数据	共涉及1903个样本，包括公共数据库和独立中国医学队列的胃癌样本，以及接受新辅助免疫治疗和化疗的胃癌患者
9354	2024-08-24	scX: a user-friendly tool for scRNAseq exploration 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae062 PMID:38779177	research paper	本文介绍了一个名为scX的R包，该包基于Shiny框架，旨在简化单细胞RNA测序（scRNAseq）数据的分析、探索和可视化	scX提供了一个交互式图形界面，简化了scRNAseq分析的复杂性，并能与常用的单细胞数据对象Seurat和SingleCellExperiment无缝集成	NA	开发一个用户友好的工具，用于简化单细胞RNA测序数据的探索和分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNAseq	NA	基因表达数据	NA
9355	2024-08-24	Constructing immune and prognostic features associated with ADCP in hepatocellular carcinoma and pan-cancer based on scRNA-seq and bulk RNA-seq 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1397541 PMID:38774870	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，筛选与肝细胞癌（LIHC）中抗体依赖性细胞吞噬作用（ADCP）相关的免疫调节因子和预后基因，构建基于ADCP的LIHC风险评分模型。	本研究首次在肝细胞癌中识别出与ADCP相关的关键基因GYPA、CLDN18和IRX5，并验证了这些基因与免疫浸润细胞和免疫治疗效果的相关性。	研究主要基于scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，未涉及临床试验验证，未来需进一步的临床研究来验证这些发现。	开发基于ADCP的肝细胞癌风险分层系统和筛选相关靶点。	肝细胞癌（LIHC）及其相关免疫治疗靶点。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO Cox回归分析	RNA测序数据	涉及肝细胞癌组织和细胞样本，具体数量未详细说明。
9356	2024-08-24	Hub genes identification and validation of ferroptosis in SARS-CoV-2 induced ARDS: perspective from transcriptome analysis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1407924 PMID:39170609	研究论文	本研究通过生物信息学方法分析了SARS-CoV-2诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中铁死亡相关枢纽基因的鉴定与验证	本研究首次鉴定了与SARS-CoV-2诱导的ARDS中铁死亡相关的枢纽基因MTF1、SAT1和TXN，并提供了免疫治疗和靶向治疗的潜在目标	需要进一步的实验验证来巩固这些发现并探索针对COVID-19背景下ARDS的治疗干预措施	理解COVID-19患者中ARDS的潜在机制，为临床治疗提供有效策略	SARS-CoV-2诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）患者	生物信息学	急性呼吸窘迫综合征	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、差异基因表达分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	916个差异表达基因，15个枢纽基因，BEAS-2B细胞体外模型
9357	2024-08-24	EMT-related gene classifications predict the prognosis, immune infiltration, and therapeutic response of osteosarcoma 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1419040 PMID:39170698	研究论文	本研究通过整合上皮-间质转化相关基因（EMT-RGs）来预测骨肉瘤（OS）患者的预后、免疫浸润和治疗反应	开发了一种新的上皮-间质转化相关风险特征，可作为骨肉瘤的独立预测因子	NA	旨在通过整合上皮-间质转化相关基因来预测骨肉瘤患者的预后、免疫浸润和治疗反应	骨肉瘤患者	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	53个与预后相关的上皮-间质转化相关基因
9358	2024-08-24	Integrated multi-omics analyses identify key anti-viral host factors and pathways controlling SARS-CoV-2 infection 2022-Aug-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-1910932/v1 PMID:36032971	研究论文	本研究通过全基因组CRISPR敲除筛选和多组学数据的综合分析，揭示了控制SARS-CoV-2感染的关键抗病毒宿主因子和途径	本研究发现了先前研究中遗漏的多个宿主因子，包括V-ATP酶、ESCRT和N-糖基化途径的成分，以及作为新型抗病毒途径的凝聚体复合物	NA	揭示控制SARS-CoV-2感染的关键抗病毒宿主因子和途径	SARS-CoV-2感染的抗病毒宿主因子和途径	基因组学	COVID-19	CRISPR, 全基因组关联研究, 单细胞RNA测序, 宿主-病毒蛋白质或蛋白质/RNA相互作用组	NA	多组学数据	NA
9359	2024-08-24	Organizing your space: The potential for integrating spatial transcriptomics and 3D imaging data in plants 2022-02-04, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiab508 PMID:34726737	综述	本文综述了空间转录组学和三维成像技术在植物学中的集成应用	探讨了将空间转录组学与三维成像技术结合，以提供高分辨率、空间有序的植物组织转录图谱的可能性	NA	旨在探讨如何通过集成空间转录组学和三维成像技术，全面理解植物基因在组织和器官层面的调控	植物细胞间的信息交流及其对发育和外部压力响应的调控机制	数字病理学	NA	空间转录组学, 三维成像技术	NA	基因表达数据, 细胞形态数据	NA
9360	2024-08-24	Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development 2021-06, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1 DOI:10.1038/s41594-021-00590-w PMID:34045724	研究论文	本研究利用2细胞样细胞（2CLCs）进行小分子筛选，以识别调控2细胞阶段程序的新途径，并发现视黄酸（RA）信号传导途径在胚胎中全能细胞调控电路中的关键作用	首次识别视黄酸作为2CLCs的强效诱导剂，并揭示了其在调控胚胎全能细胞中的关键作用	NA	开发模拟全能细胞特征的细胞模型，并探索调控早期胚胎发育的途径	2细胞样细胞（2CLCs）和视黄酸信号传导途径	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA