单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
921	2024-12-08	Single-cell RNA sequencing analysis reveals potential key prognostic markers in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-04, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01646-1 PMID:39633216	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了肝细胞癌中的潜在关键预后标志物	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，识别出与肝细胞癌预后相关的566个基因，并筛选出11个关键基因用于预测患者的生存率	本研究的样本量较小，且仅基于GEO数据库的数据进行分析，可能存在一定的局限性	通过单细胞RNA测序分析，识别肝细胞癌患者的潜在预后标志物	肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据	2208个上调基因和1447个下调基因
922	2024-12-08	Investigating the role of KARS in lung adenocarcinoma via single-cell RNA sequencing 2024-Dec-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01633-6 PMID:39625565	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了KARS在肺腺癌中的表达和功能	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了KARS在肺腺癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系	研究主要基于已发表的数据集，缺乏体内实验验证	探讨KARS在肺腺癌中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	KARS在肺腺癌中的表达及其与临床病理特征和患者预后的关系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自TCGA、GTEx和GEO的数据集
923	2024-12-08	The characteristics and functional significance of disulfidptosis-related genes in head and neck squamous cell carcinoma 2024-Dec-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01629-2 PMID:39625660	研究论文	研究了二硫化物凋亡相关基因在头颈部鳞状细胞癌中的特征和功能意义	首次通过计算机辅助生物信息学分析，揭示了二硫化物凋亡相关基因在头颈部鳞状细胞癌中的表达特征和功能意义	研究主要基于TCGA数据和单细胞测序数据，可能存在样本偏差和数据局限性	探讨二硫化物凋亡相关基因在头颈部鳞状细胞癌中的作用及其临床意义	头颈部鳞状细胞癌患者及其肿瘤微环境中的细胞	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RNA测序	非负矩阵分解 (NMF)	RNA测序数据	TCGA数据库中的头颈部鳞状细胞癌患者数据和单细胞测序数据
924	2024-12-08	Detecting global and local hierarchical structures in cell-cell communication using CrossChat 2024-Dec-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54821-x PMID:39627184	研究论文	本文开发了一种名为CrossChat的新型计算框架，用于推断和分析细胞间通信中的层次结构	CrossChat通过多分辨率聚类方法和树检测方法，分别推断全局和局部的细胞间通信层次结构，填补了现有方法在处理层次结构方面的不足	NA	研究细胞间通信中的层次结构，以理解其对复杂组织功能的影响	细胞间通信的层次结构	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	COVID-19患者和鼠胚胎皮肤的非空间scRNA-seq数据集，以及鼠胚胎和鼠受伤皮肤的立体空间转录组数据集
925	2024-12-08	Endothelial Pim3 kinase protects the vascular barrier during lung metastasis 2024-Dec-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54445-1 PMID:39627185	研究论文	研究了内皮细胞在肺转移微环境中对血管屏障的分子调控机制	首次揭示了Pim3激酶在肺转移过程中对内皮细胞屏障的保护作用	研究主要基于小鼠模型和人类肺部数据集，可能存在种属差异	探讨内皮细胞在肺转移中的分子调控机制及其对血管屏障的影响	内皮细胞、肺转移微环境、Pim3激酶	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	小鼠肺部内皮细胞样本，人类肺部数据集
926	2024-12-08	An adult myogenic cell line of the Japanese fire-bellied newt Cynops pyrrhogaster 2024-12-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81899-6 PMID:39627485	研究论文	本文从日本红腹蝾螈的成年骨骼肌中建立了一种新的肌源性细胞系CpM01	首次在除东美螈以外的蝾螈物种中建立了肌源性细胞系	NA	研究肌肉发育、修复和再生	日本红腹蝾螈的肌源性细胞	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	从一只成年日本红腹蝾螈的前臂骨骼肌中提取
927	2024-12-08	Cross-species single-cell RNA-seq analysis reveals disparate and conserved cardiac and extracardiac inflammatory responses upon heart injury 2024-Dec-03, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07315-x PMID:39627536	研究论文	研究通过跨物种单细胞RNA测序分析，揭示了心脏损伤后心脏和心脏外炎症反应的差异和保守性	首次在斑马鱼和小鼠中进行跨物种单细胞RNA测序，比较了心脏损伤后的炎症反应，并发现了不同物种间单核细胞/巨噬细胞的转录簇差异	研究仅限于斑马鱼和小鼠，未涉及人类样本，可能影响结果的普适性	研究心脏损伤后不同物种间的炎症反应差异，探讨其对再生和纤维化过程的影响	斑马鱼和小鼠的心脏损伤模型	心血管研究	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	斑马鱼和小鼠的多个样本
928	2024-12-08	Single-cell view and a novel protective macrophage subset in perivascular adipose tissue in T2DM 2024-Dec-03, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-024-00668-5 PMID:39627688	研究论文	研究探讨了2型糖尿病（T2DM）中血管周围脂肪组织（PVAT）的单细胞景观及其在血管病变中的作用	首次揭示了T2DM中PVAT中单细胞水平的显著变化，并发现了一种新的具有保护作用的Pdpn+巨噬细胞亚群	研究主要基于大鼠模型，未来需要进一步在人类样本中验证	探讨T2DM中PVAT的细胞组成和功能变化及其在血管病变中的机制	血管周围脂肪组织（PVAT）中的细胞组成和功能	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	正常和T2DM大鼠的PVAT中的基质血管部分（SVF）
929	2024-12-08	Ketogenic diet modulates immune cell transcriptional landscape and ameliorates experimental autoimmune uveitis in mice 2024-Dec-03, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03308-z PMID:39627787	研究论文	研究探讨了生酮饮食对小鼠免疫细胞转录组景观的影响及其在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的缓解作用	首次系统研究了生酮饮食对免疫微环境的影响，特别是在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的作用	研究仅限于小鼠模型，结果的临床转化尚需进一步验证	探讨生酮饮食对免疫细胞功能和葡萄膜炎的影响	小鼠的淋巴结和视网膜免疫细胞	免疫学	葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	RNA	小鼠的淋巴结和视网膜样本
930	2024-12-08	Spatially Informed Graph Structure Learning Extracts Insights from Spatial Transcriptomics 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403572 PMID:39382177	研究论文	本文介绍了一种名为STAGUE的创新框架，用于从空间转录组数据中同时学习细胞图结构和低维嵌入	STAGUE通过图结构学习参数化和优化细胞图邻接矩阵，生成可学习的图视图用于有效的对比学习，从而提高了空间聚类准确性和发现新的细胞间相互作用	NA	探索空间转录组数据中的细胞图结构和低维嵌入	空间转录组数据中的细胞图结构和细胞间相互作用	生物信息学	乳腺癌	图结构学习	对比学习	空间转录组数据	86个真实和模拟的空间转录组数据集
931	2024-12-08	Single-Cell Analysis of Bone Marrow CD8+ T Cells in Myeloid Neoplasms Reveals Pathways Associated with Disease Progression and Response to Treatment with Azacitidine 2024-Dec-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0310 PMID:39485042	研究论文	本文研究了骨髓中单细胞水平的CD8+ T细胞在骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者中的免疫表型，并探讨了与阿扎胞苷治疗反应相关的信号通路	通过单细胞RNA测序分析，揭示了干扰素信号通路与治疗反应的关联，以及转化生长因子β信号通路与治疗失败的关联	NA	探讨骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者中CD8+ T细胞的免疫表型与阿扎胞苷治疗反应的关系	骨髓中的CD8+ T细胞	数字病理学	血液系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
932	2024-12-08	Leveraging deep single-soma RNA sequencing to explore the neural basis of human somatosensation 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01794-1 PMID:39496796	研究论文	本研究利用深度单细胞RNA测序技术探索人类体感神经的分子基础	首次对单个人类背根神经节（hDRG）神经元进行深度RNA测序，识别出16种神经元类型，并结合空间转录组学和RNAscope原位杂交技术进行验证	NA	揭示人类体感神经的分子基础和功能	单个人类背根神经节（hDRG）神经元的转录组	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	超过9,000个独特基因的单个hDRG神经元
933	2024-12-08	Cell type mapping reveals tissue niches and interactions in subcortical multiple sclerosis lesions 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01796-z PMID:39501036	研究论文	研究使用单核和空间转录组学技术，分析了多发性硬化症（MS）亚皮质病灶中的细胞类型及其相互作用	首次详细描述了MS病灶中特定组织微环境的细胞类型组成及其在慢性活动性和非活动性阶段的相互作用	NA	揭示多发性硬化症病灶中细胞类型的组成及其相互作用	多发性硬化症亚皮质病灶及其对照组织	数字病理学	多发性硬化症	单核和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
934	2024-12-08	Immune responses in checkpoint myocarditis across heart, blood and tumour 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08105-5 PMID:39506125	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜和蛋白质组学分析，探讨了免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者心脏、肿瘤和血液中的免疫反应	首次通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，系统分析了免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者心脏、肿瘤和血液中的免疫细胞分布和功能变化	样本量相对较小，且仅限于免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者，研究结果的普适性有待进一步验证	探讨免疫检查点抑制剂相关心肌炎的发病机制及其与抗肿瘤免疫的关系	免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者的心脏、肿瘤和血液样本	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜、蛋白质组学	NA	细胞	28名免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者和41名未受影响个体的样本
935	2024-12-08	A dataset examining technical factors on fixed white blood cell single-cell RNA-seq 2024-Dec, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2024.111096 PMID:39633974	研究论文	本文评估了两种商业平台在去红细胞全血细胞上的固定单细胞RNA测序性能	引入了固定单细胞RNA测序方法来解决脆弱细胞在测序中的挑战	需要进一步校正存储时间和固定细胞数量引入的批次和技术效应	评估固定单细胞RNA测序技术在脆弱细胞中的应用效果	去红细胞全血细胞，特别是中性粒细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
936	2024-12-08	Airway-derived emphysema-specific alveolar type II cells exhibit impaired regenerative potential in COPD 2024-Dec, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.02071-2023 PMID:39147413	研究论文	研究探讨了COPD患者中特定亚群的肺泡II型细胞在肺组织再生中的受损潜力	发现了COPD患者中一种特定的肺泡II型细胞亚群，并揭示了其在肺组织再生中的功能障碍	研究主要基于单细胞RNA测序和细胞定位，缺乏体内实验验证	探讨COPD患者肺组织再生受损的潜在驱动因素	COPD患者中的肺泡II型细胞和气道杯状细胞	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类和鼠类COPD模型中的肺泡II型细胞亚群
937	2024-12-08	Integrating Bulk RNA and Single-Cell RNA Sequencing Identifies and Validates Lactylation-Related Signatures for Intervertebral Disc Degeneration 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70262 PMID:39636180	研究论文	研究揭示了乳酸化水平升高与椎间盘退变（IVDD）发展之间的复杂关联，并通过多种bulk RNA测序数据分析了相关基因的表达水平，建立了与IVDD相关的基因特征	首次系统分析了乳酸化相关基因（LRGs）在椎间盘退变中的作用，并确定了CBX3作为关键基因，以及atosiban acetate作为潜在的治疗候选药物	NA	探讨乳酸化在椎间盘退变中的作用及其相关基因特征	乳酸化相关基因（LRGs）及其在椎间盘退变中的表达和功能	数字病理学	椎间盘退变	RNA测序	NA	RNA	多种bulk RNA测序数据
938	2024-12-08	Single-cell transcriptomic analysis of glioblastoma reveals pericytes contributing to the blood-brain-tumor barrier and tumor progression 2024-Dec, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70014 PMID:39640361	研究论文	本文通过单细胞转录组分析研究了胶质母细胞瘤中的周细胞，揭示了周细胞在血脑肿瘤屏障中的作用及其与肿瘤进展的关系	本文首次鉴定了与血脑肿瘤屏障功能相关的周细胞标记物PTH1R，并揭示了其在胶质母细胞瘤中的表达与预后的关联	本文主要基于单细胞RNA测序数据和细胞系实验，缺乏体内实验的直接证据	旨在识别与血脑肿瘤屏障相关的周细胞，并研究其在胶质母细胞瘤中的作用	胶质母细胞瘤中的周细胞及其在血脑肿瘤屏障中的作用	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个胶质母细胞瘤样本和正常脑组织样本
939	2024-12-08	Comprehensive gene set enrichment and variation analyses identify SUV39H1 as a potential prognostic biomarker for glioblastoma immunorelevance 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.11.016 PMID:39640533	研究论文	本研究通过基因集富集分析和变异分析，识别出SUV39H1作为胶质母细胞瘤免疫相关性的潜在预后生物标志物	首次揭示了SUV39H1在胶质母细胞瘤中的高表达与不良预后和免疫细胞浸润的相关性，并验证了其作为预后预测和免疫治疗靶点的潜力	研究主要基于TCGA数据库的数据，体外实验验证样本量有限	探讨SUV39H1在胶质母细胞瘤中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	胶质母细胞瘤患者样本及其免疫相关性	数字病理学	脑癌	基因集富集分析（GSEA）和基因集变异分析（GSVA）	NA	转录组数据	使用TCGA数据库中的胶质母细胞瘤转录组和临床数据，体外实验涉及U87和U251胶质母细胞瘤细胞系以及CSC1589和TS576胶质母细胞瘤干细胞系
940	2024-12-08	Identification of PANoptosis-based signature for predicting the prognosis and immunotherapy response in AML 2024-Nov-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40267 PMID:39634422	研究论文	本研究通过筛选PANoptosis相关基因，建立了PANoptosis风险特征，用于预测急性髓系白血病（AML）的预后和免疫治疗反应	首次探索了基于PANoptosis特征在AML中的作用，并验证了其作为独立预后因子的有效性	NA	建立和验证基于PANoptosis的风险特征，以预测AML患者的生存和免疫治疗反应	急性髓系白血病（AML）患者的预后和免疫治疗反应	数字病理学	白血病	LASSO回归分析、Cox回归分析、分子对接、分子动力学模拟	NA	RNA测序数据	使用了TCGA、bulk RNA测序和单细胞测序的数据