单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 37260 篇文献，本页显示第 9361 - 9380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9361 | 2025-10-06 |
ScaleSC: a superfast and scalable single-cell RNA-seq data analysis pipeline powered by GPU
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf167
PMID:40761324
|
研究论文 | 开发了一个基于GPU加速的超快速可扩展单细胞RNA-seq数据分析流程ScaleSC | 通过GPU计算实现超过20倍加速，能够处理1000多个批次的1000-2000万细胞数据集，解决了单张A100卡上的内存瓶颈，远超现有工具的处理能力 | NA | 解决大规模单细胞RNA-seq数据处理速度慢的问题 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1000-2000万细胞，超过1000个批次 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9362 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing Integrated with Bulk-RNA Sequencing Analysis Reveals Prognostic Signatures Based on PANoptosis in Hepatocellular Carcinoma
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S533777
PMID:40761429
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研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序结合机器学习识别肝细胞癌中PANoptosis相关的预后特征和治疗靶点 | 首次将PANoptosis机制与肝细胞癌进展联系起来，发现YIF1B作为双重预后生物标志物和肿瘤驱动因子 | 需要进一步实验验证YIF1B的临床转化价值 | 研究肝细胞癌中PANoptosis相关机制，识别可操作的治疗靶点并优化患者特异性治疗结果 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学,机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,机器学习,生物信息学分析 | 机器学习模型 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 9363 | 2025-10-06 |
Chevreul: an R bioconductor package for exploratory analysis of full-length single cell sequencing
2025, GigaByte (Hong Kong, China)
DOI:10.46471/gigabyte.158
PMID:40761736
|
研究论文 | 介绍了一个用于单细胞RNA测序数据探索性分析的R Bioconductor软件包Chevreul | 专注于全长度RNA测序数据分析，支持外显子覆盖度和转录本异构体推断，提供批处理校正功能，且为非编程研究人员设计 | NA | 开发用于单细胞RNA测序数据处理的软件工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9364 | 2025-10-06 |
Unraveling NK cell heterogeneity through single-cell sequencing: insights from physiological and tumor contexts for clinical applications
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1612352
PMID:40761786
|
综述 | 通过单细胞测序技术解析NK细胞的异质性，探讨其在生理和肿瘤环境中的特征及临床应用前景 | 系统阐述单细胞测序技术在揭示NK细胞异质性方面的应用，分析肿瘤微环境中NK细胞的动态变化及治疗响应机制 | NA | 探讨NK细胞异质性机制及其在肿瘤免疫治疗中的临床应用价值 | 自然杀伤细胞（NK细胞） | 单细胞生物学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9365 | 2025-10-06 |
Integrated multi-omics analysis and machine learning identify G protein-coupled receptor-related signatures for diagnosis and clinical benefits in soft tissue sarcoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1561227
PMID:40761790
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和机器学习方法，构建了软组织肉瘤中G蛋白偶联受体相关特征的诊断和预后预测模型 | 首次在单细胞和bulk RNA-seq水平结合12种机器学习算法及其127种组合，构建了GPR相关特征的诊断和预后预测模型 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 开发软组织肉瘤的诊断和预后预测工具 | 软组织肉瘤患者 | 机器学习 | 软组织肉瘤 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 多组学分析 | Stepglm+Enet, 机器学习集成框架 | 基因表达数据 | 基于TCGA和GEO数据库的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9366 | 2025-10-06 |
Analysis of immune characteristics and inflammatory mechanisms in COPD patients: a multi-layered study combining bulk and single-cell transcriptome analysis and machine learning
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1592802
PMID:40761855
|
研究论文 | 通过整合bulk和单细胞转录组分析与机器学习方法，研究COPD患者的免疫特征和炎症机制 | 首次结合bulk和单细胞转录组数据，利用机器学习算法筛选COPD炎症相关特征基因，并发现肉桂醛可能靶向CXCL8蛋白发挥抗炎作用 | 研究基于公共数据库数据，缺乏实验验证；样本来源有限 | 探讨炎症基因在COPD中的潜在作用和机制 | COPD患者和正常个体的气道上皮组织 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 转录组测序，单细胞RNA-seq，分子对接，分子动力学模拟 | Lasso回归，随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9367 | 2025-10-06 |
WEST is an ensemble method for spatial transcriptomics analysis
2024-Nov-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100886
PMID:39515332
|
研究论文 | 提出一种名为WEST的集成方法，用于提升空间转录组学数据分析的性能和鲁棒性 | 利用集成技术整合多种分析方法，在空间域检测方面提供更高的准确性和灵活性 | 未在文章中明确说明 | 开发能够有效整合基因表达和空间信息的空间转录组学数据分析方法 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 集成方法 | 空间转录组数据 | 合成数据集和真实数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9368 | 2025-10-06 |
Sensitive Multiplexed MicroRNA Spatial Profiling and Data Classification Framework Applied to Murine Breast Tumors
2024-08-06, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c01773
PMID:39044395
|
研究论文 | 开发了一种高灵敏度的多重microRNA空间分析方法和数据分类框架，并应用于小鼠乳腺肿瘤 | 结合滚环扩增技术和双扫描方法，在纳升孔阵列中实现7种miRNA的同时定量和空间检测，检测限达0.17 zeptomoles | NA | 开发高灵敏度的空间转录组学方法用于miRNA检测 | 小鼠乳腺肿瘤组织 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 滚环扩增, 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 纳升孔阵列与嵌入式水凝胶柱 |
| 9369 | 2025-10-06 |
Evaluation of nanoscale versus hybrid micro/nano surface topographies for endosseous implants
2024-01-01, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2023.10.030
PMID:37918471
|
研究论文 | 评估纳米级与混合微/纳米级表面形貌对骨整合过程中细胞行为的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术鉴定体内植入物表面早期细胞群，并比较纯纳米级与混合微/纳米级表面形貌的差异 | 研究主要关注短期效应（21天内），长期效果需要进一步验证 | 研究不同表面形貌对骨整合过程中细胞功能的影响 | 间充质干细胞和骨髓来源巨噬细胞 | 生物材料 | 骨科植入 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，组织学数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9370 | 2025-10-06 |
Adult skin fibroblast state change in murine wound healing
2023-01-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-27152-4
PMID:36650180
|
研究论文 | 通过分析小鼠皮肤伤口愈合的单细胞RNA测序数据，鉴定出一个在伤口愈合过程中显著增加的成纤维细胞亚群，并发现其与上皮间质转化和血管生成相关 | 首次在伤口愈合过程中识别出具有特定基因特征的成纤维细胞亚群，并通过药物数据库筛选出可能促进或延缓伤口愈合的候选药物 | 研究仅基于小鼠模型数据，尚未进行实验验证 | 探究皮肤伤口愈合过程中成纤维细胞的异质性变化 | 小鼠正常和受伤皮肤组织 | 单细胞转录组学 | 皮肤伤口愈合 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个小鼠皮肤伤口愈合时间点的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9371 | 2025-10-06 |
Integrated single-cell transcriptomics and epigenomics reveals strong germinal center-associated etiology of autoimmune risk loci
2021-Oct-15, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abh3768
PMID:34623901
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和表观基因组学分析人类扁桃体免疫细胞，揭示自身免疫风险位点与生发中心的强相关性 | 首次构建人类扁桃体单细胞转录组和表观基因组图谱，揭示自身免疫遗传变异在生发中心相关细胞群体中具有最强调控潜力 | 研究仅基于扁桃体组织，未验证其他淋巴组织或自身免疫疾病患者样本 | 解析生发中心反应的基因调控原理及其在自身免疫疾病中的作用机制 | 人类扁桃体中的免疫细胞亚群 | 单细胞组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞表观基因组学 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 人类扁桃体组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞表观基因组学 | NA | NA |
| 9372 | 2025-10-06 |
Current concepts in the pathogenesis and clinical management of lymphangioleiomyomatosis
2025-Sep-01, Current opinion in pulmonary medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/MCP.0000000000001185
PMID:40501369
|
综述 | 本文综述了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）的发病机制和临床管理最新进展 | 整合了激素通路、免疫系统相互作用、mTOR信号抑制和肿瘤微环境的最新研究，提出了具有治愈潜力的联合治疗策略 | NA | 总结LAM疾病在发病机制理解和治疗策略方面的最新进展 | 淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者及疾病机制 | 医学研究 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、人工智能 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 9373 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic analyses reveal cellular and molecular patterns of rose petal responses to gray mold infection
2025-Sep, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhaf152
PMID:40756631
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了玫瑰花瓣对灰霉病感染的细胞和分子响应模式 | 首次在单细胞水平上解析玫瑰花瓣对灰霉病感染的细胞类型特异性响应机制 | 初步研究，样本量有限，仅针对'Jumilia'品种 | 阐明玫瑰对灰霉病抗性的分子机制 | 玫瑰花瓣细胞 | 植物病理学 | 灰霉病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9374 | 2025-10-06 |
Cellular senescence in renal ischemia-reperfusion injury
2025-Aug-05, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003698
PMID:40625295
|
综述 | 本文综述了细胞衰老在肾脏缺血再灌注损伤中的作用机制及靶向治疗策略 | 系统阐述细胞衰老在IRI-AKI向慢性肾损伤转变中的关键作用，并探讨新兴的衰老靶向治疗策略 | 作为综述文章，未提供原始实验数据验证相关机制 | 探讨细胞衰老在肾脏缺血再灌注损伤中的病理机制及治疗靶点 | 肾脏缺血再灌注损伤模型及相关的细胞衰老过程 | 病理生理学 | 肾脏疾病 | 单细胞测序、人工智能药物筛选 | NA | 文献资料 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 9375 | 2025-10-06 |
Decoding the immune microenvironment of secondary chronic myelomonocytic leukemia due to diffuse large B-cell lymphoma with CD19 CAR-T failure by single-cell RNA-sequencing
2025-Aug-05, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003690
PMID:40625291
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析CD19 CAR-T治疗失败后继发慢性粒单核细胞白血病的免疫微环境特征 | 首次报道CAR-T治疗后继发CMML这一新型继发肿瘤类型，并揭示其免疫微环境特征 | 仅基于单个病例研究，样本量有限 | 阐明CAR-T治疗后继发肿瘤的免疫微环境特征及其发病机制 | 弥漫大B细胞淋巴瘤患者CAR-T治疗后继发的慢性粒单核细胞白血病 | 单细胞测序分析 | 慢性粒单核细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | Cell Ranger, CellChat | 单细胞RNA测序数据 | 1例患者（治疗前后骨髓样本） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 9376 | 2025-10-06 |
Macrophage activation determines muscle wasting in pancreatic cancer
2025-Aug, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03434-9
PMID:40442475
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现巨噬细胞通过CHI3L1-HDAC3信号通路介导胰腺癌肌肉萎缩 | 首次通过单细胞RNA测序确定巨噬细胞是胰腺癌早期肌肉萎缩的关键介质，并揭示CHI3L1-HDAC3信号通路机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究肿瘤微环境中非癌细胞在癌症恶病质发生发展中的作用机制 | KPC转基因小鼠模型、PBMC细胞、小鼠源性同种移植肿瘤、C2C12成肌细胞 | 单细胞测序分析 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | KPC GEMM小鼠模型 | 单细胞基因表达数据 | PBMC 29,615个细胞，MDST 23,151个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9377 | 2025-10-06 |
Developing risk stratification strategies and biomarkers for recurrent hepatocellular carcinoma
2025-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70410
PMID:40741894
|
综述 | 本文探讨肝细胞癌术后复发风险分层策略和生物标志物的最新进展 | 整合基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、液体活检和人工智能驱动的组织学与影像组学分析等多组学方法 | 传统临床和病理学预测指标在准确识别高风险患者方面存在不足 | 开发肝细胞癌复发风险分层策略和生物标志物 | 肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、液体活检、AI驱动的组织学和影像组学分析 | 人工智能 | 基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、组织学图像、医学影像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 9378 | 2025-10-06 |
Dynamical systems theory as an organizing principle for single-cell biology
2025-Aug-01, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00565-3
PMID:40750599
|
观点论文 | 提出将动力系统理论作为单细胞生物学的组织原则，为理解单细胞基因表达数据提供理论框架 | 首次将动力系统理论系统性地应用于单细胞生物学领域，为单细胞数据提供可解释、因果性和定量化的分析视角 | NA | 建立单细胞生物学领域的统一理论框架 | 单细胞基因表达数据 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学 | 动力系统理论 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9379 | 2025-10-06 |
Single-cell spatial atlas of smoking-induced changes in human gingival tissues
2025-Aug-01, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-025-00385-5
PMID:40750693
|
研究论文 | 利用单细胞空间转录组技术构建吸烟引起的人类牙龈组织变化的空间图谱 | 首次在单细胞分辨率下揭示吸烟通过破坏上皮屏障完整性、改变成纤维细胞功能及调控内皮细胞-巨噬细胞相互作用加剧牙周炎的机制 | 样本量相对有限（12名个体），需要更大规模研究验证发现 | 探究吸烟导致牙周炎的具体分子机制 | 人类牙龈组织 | 空间转录组学 | 牙周炎 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 12名个体（包括牙周炎患者、吸烟相关牙周炎患者和健康对照） | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD单细胞空间转录组 |
| 9380 | 2025-10-06 |
Aberrant pace of cortical neuron development in brain organoids from patients with 22q11.2 deletion syndrome-associated schizophrenia
2025-Aug-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62187-x
PMID:40750773
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研究论文 | 本研究通过22q11.2缺失综合征相关精神分裂症患者的脑类器官，揭示了皮质神经元发育异常的细胞类型特异性机制 | 首次在22q11.2DS患者来源的脑类器官中发现皮质神经元成熟延迟的细胞特异性发育异常，并揭示DGCR8单倍体不足通过调控成熟速度基因导致这一表型 | 研究基于体外脑类器官模型，可能无法完全模拟体内大脑发育的复杂性 | 探究22q11.2缺失如何改变早期人类大脑发育过程 | 22q11.2缺失综合征伴精神分裂症患者来源的脑皮质类器官 | 神经发育生物学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序, microRNA分析, 蛋白质相互作用网络分析, 钙成像 | 脑类器官模型 | 单细胞转录组数据, microRNA表达数据, 蛋白质相互作用数据, 功能实验数据 | 22q11.2DS患者来源的脑类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |