单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9281	2024-08-25	Global transcription regulation revealed from dynamical correlations in time-resolved single-cell RNA sequencing 2024-Aug-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.07.002 PMID:39121860	研究论文	本研究通过时间分辨的单细胞RNA测序数据，利用代谢标记协议和细胞周期报告系统，开发了一种随机基因表达模型，以揭示细胞生长和分裂过程中细胞大小和细胞周期依赖的转录动力学机制	本研究开发了一种高度可扩展的近似贝叶斯计算方法，能够校正技术变异并准确量化细胞周期中绝对爆发频率、爆发大小和降解率，以及转录速率与细胞大小的关系	NA	揭示单细胞中全局转录调控的动态机制	单细胞转录组动态	基因组学	NA	单细胞RNA测序	随机模型	RNA测序数据	NA
9282	2024-08-25	Denoiseit: denoising gene expression data using rank based isolation trees 2024-Aug-21, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05899-z PMID:39169300	研究论文	本文提出了一种名为DenoiseIt的方法，用于从基因表达数据中去除潜在的异常基因，以构建一个更稳健的基因集，从而提高下游基因表达分析的质量。	DenoiseIt采用了一种反向搜索方法，结合非负矩阵分解和隔离森林来识别和去除异常基因，与传统的正向基因搜索方法不同。	NA	开发一种新的方法来提高基因表达数据分析的质量，通过去除异常基因来增强生物标志物的识别。	基因表达数据中的异常基因	生物信息学	NA	非负矩阵分解，隔离森林	NA	基因表达数据	应用了来自TCGA和COVID-19队列的bulk和单细胞RNA-seq数据
9283	2024-08-25	Integrated bioinformatics analysis and experimental validation reveal the relationship between ALOX5AP and the prognosis and immune microenvironment in glioma 2024-Aug-21, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-024-01991-8 PMID:39169376	研究论文	本文通过综合生物信息学分析和实验验证，揭示了ALOX5AP与胶质瘤预后及免疫微环境之间的关系	首次详细探讨了ALOX5AP在胶质瘤中的表达及其与免疫微环境和预后的关联	NA	研究ALOX5AP在胶质瘤中的作用及其作为预后和免疫治疗反应预测标志物的潜力	ALOX5AP在胶质瘤中的表达及其与免疫微环境和预后的关系	数字病理学	脑瘤	多重免疫荧光染色	NA	RNA测序数据	使用了胶质瘤组织微阵列进行验证
9284	2024-08-25	Identification of novel compound heterozygous ZFP36L2 variants implicated in oocyte maturation defects and female infertility 2024-Aug, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-024-03154-1 PMID:38829516	研究论文	本研究通过全外显子测序和Sanger测序鉴定了与卵母细胞成熟缺陷和女性不孕相关的ZFP36L2基因的新型复合杂合变异	首次报道了ZFP36L2变异与人类卵母细胞转录组改变的关联	NA	探索卵母细胞成熟缺陷的病理机制	ZFP36L2基因变异及其对卵母细胞成熟和女性不孕的影响	NA	女性不孕	全外显子测序, Sanger测序, 实时RT-PCR, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据	涉及一名患者及其家系成员, HeLa细胞和鼠/人卵母细胞
9285	2024-08-25	Single-cell transcriptome analysis revealed heterogeneity in glycolysis and identified IGF2 as a therapeutic target for ovarian cancer subtypes 2024-Jul-31, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12688-7 PMID:39085784	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了卵巢癌中糖酵解的异质性，并确定IGF2为治疗卵巢癌亚型的潜在靶点	开发了基于糖酵解评分的新型卵巢癌亚型，并建立了稳定的预后模型	NA	探索卵巢癌的分子机制和个性化治疗途径	卵巢癌及其亚型	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	85种机器学习组合
9286	2024-08-25	Immunosuppressive CD29+ Treg accumulation in the liver in mice on checkpoint inhibitor therapy 2024-02-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-330024 PMID:37770128	研究论文	本研究使用流式细胞术和单细胞RNA测序技术，探讨了免疫检查点抑制剂治疗前后小鼠肝脏中调节性T细胞（Tregs）的特征和变化	发现肝脏中的CD29+ Tregs在免疫检查点抑制剂治疗后数量翻倍，且这种扩张并非由PD-1表达的Tregs主导，而是CD29+ Tregs的特异性反应	NA	探讨免疫检查点抑制剂治疗对肝脏中调节性T细胞的影响及其在肿瘤免疫抵抗中的作用	小鼠肝脏中的调节性T细胞（Tregs）及其亚群CD29+ Tregs	免疫学	肿瘤	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	小鼠肝脏和脾脏中的Tregs
9287	2024-08-25	Dictionary learning for integrative, multimodal and scalable single-cell analysis 2024-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01767-y PMID:37231261	研究论文	本文介绍了一种名为'桥接整合'的方法，用于跨模态整合单细胞数据集，使用多组学数据集作为分子桥接。	引入了'桥接整合'方法，通过多组学数据集的细胞元素构建字典，实现不同模态数据的整合和共享空间转换。	NA	开发一种新的方法来整合和比较不同分子模态的单细胞数据集。	单细胞测序数据集，包括转录组数据、染色质可及性、组蛋白修饰、DNA甲基化和蛋白质水平。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	字典学习	多组学数据	860万个人类免疫细胞
9288	2024-08-25	Prediction Model for Therapeutic Responses in Ovarian Cancer Patients using Paclitaxel-resistant Immune-related lncRNAs 2024, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673281438231217151129 PMID:38357948	研究论文	本研究开发了一种基于紫杉醇耐药免疫相关长链非编码RNAs（lncRNAs）的卵巢癌患者治疗反应预测模型	首次构建了包含9个紫杉醇耐药免疫相关lncRNAs的预测模型，用于预测卵巢癌患者的免疫治疗和化疗反应及预后	NA	开发一种预测卵巢癌患者治疗反应的模型	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq	LASSO Cox回归分析	RNA序列数据	186个差异表达的紫杉醇耐药lncRNAs和225个免疫相关lncRNAs
9289	2024-08-25	Multi-transcriptomics analysis of microvascular invasion-related malignant cells and development of a machine learning-based prognostic model in hepatocellular carcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1436131 PMID:39176099	研究论文	本研究通过多组学分析探索肝细胞癌中与微血管侵犯相关的恶性细胞，并开发了一种基于机器学习的预后模型	本研究首次通过综合多组学分析揭示了与微血管侵犯相关的恶性细胞的生物学功能，并开发了一种新的预后模型	NA	探索肝细胞癌中微血管侵犯的机制并开发预后模型	肝细胞癌中的微血管侵犯相关恶性细胞	机器学习	肝细胞癌	RNA-seq	机器学习算法	RNA-seq数据	使用TCGA和HCCDB的bulk RNA-seq数据，GEO数据库的单细胞RNA-seq数据，以及CNCB数据库的空间转录组数据
9290	2024-08-25	Revealing the regulation of allergic asthma airway epithelial cell inflammation by STEAP4 targeting MIF through machine learning algorithms and single-cell sequencing analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1427352 PMID:39176391	研究论文	本研究通过机器学习算法和单细胞测序分析，揭示了STEAP4通过调控MIF在过敏性哮喘气道上皮细胞炎症中的作用。	首次发现STEAP4在过敏性哮喘中的作用，并通过机器学习和单细胞测序技术验证了其调控MIF的机制。	研究主要基于数据库中的微阵列数据和动物模型，尚未在人体中进行直接验证。	探索过敏性哮喘气道上皮细胞炎症的调控机制。	过敏性哮喘患者的气道上皮细胞。	机器学习	过敏性哮喘	单细胞RNA测序	机器学习算法	微阵列数据	包括哮喘患者和健康个体的气道上皮样本，以及哮喘小鼠模型。
9291	2024-08-25	Behind the Indolent Facade: Uncovering the Molecular Features and Malignancy Potential in Lung Minimally Invasive Adenocarcinoma by Single-Cell Transcriptomics 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202303753 PMID:37991139	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了肺微小侵袭性腺癌（MIA）的分子特征及其恶性潜能	首次通过单细胞转录组学分析，揭示了MIA与侵袭性腺癌（IA）之间的联系和异质性，并发现了可能导致MIA恶性进展的机制	研究样本仅来自三位患者，可能影响结果的普遍性	揭示肺微小侵袭性腺癌的分子特征及其恶性潜能	肺微小侵袭性腺癌（MIA）及其免疫微环境	数字病理学	肺腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组	156,447个细胞，来自三位同步多发性肺腺癌患者的MIA和IA肿瘤样本、外周血单个核细胞及邻近正常组织样本
9292	2024-08-25	Single-Cell Analysis Reveals Malignant Cells Reshape the Cellular Landscape and Foster an Immunosuppressive Microenvironment of Extranodal NK/T-Cell Lymphoma 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202303913 PMID:37949673	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了外周NK/T细胞淋巴瘤的肿瘤微环境，揭示了恶性NK细胞在重塑细胞景观和促进免疫抑制微环境中的关键作用	首次在单细胞分辨率下解析了外周NK/T细胞淋巴瘤肿瘤微环境的异质组成，强调了携带EBV编码LMP1的恶性NK细胞在重塑细胞景观和促进免疫抑制微环境中的重要作用	NA	更好地理解外周NK/T细胞淋巴瘤的异质性起源	外周NK/T细胞淋巴瘤的肿瘤微环境	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个患者队列
9293	2024-08-25	Single-Cell RNA-Sequencing Provides Insight into Skeletal Muscle Evolution during the Selection of Muscle Characteristics 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202305080 PMID:37870215	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术（scRNA-seq）探讨了人工选择对猪骨骼肌细胞特征的影响	本研究首次提供了全景式的肌肉常驻细胞特征，并识别了新的和品种特异性的细胞类型，以及它们在伪时间轨迹上的分布	NA	探究人工选择对骨骼肌细胞特征的影响及其机制	猪的骨骼肌细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及不同品种的猪的骨骼肌细胞
9294	2024-08-25	Identification and Characterization of CD8+ CD27+ CXCR3- T Cell Dysregulation and Progression-Associated Biomarkers in Systemic Lupus Erythematosus 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202300123 PMID:37875396	研究论文	本研究通过质谱流式细胞术、流式细胞术和单细胞RNA测序，全面分析了263例临床外周血样本中系统性红斑狼疮（SLE）患者的免疫细胞失调情况，并探讨了CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在SLE病理和疾病进展中的作用。	本研究首次详细描述了CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在SLE中的失调情况及其与疾病活动性的关联，并构建了动态网络生物标志物（DNB）模型，用于预测SLE的疾病进展。	NA	探讨CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在系统性红斑狼疮（SLE）中的失调情况及其作为疾病进展相关生物标志物的潜力。	CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在系统性红斑狼疮（SLE）中的作用及其作为生物标志物的可能性。	免疫学	系统性红斑狼疮	质谱流式细胞术、流式细胞术、单细胞RNA测序	动态网络生物标志物（DNB）模型	外周血样本	263例临床外周血样本，包括活动性SLE（aSLE）、缓解期SLE（rSLE）和健康对照（HCs）
9295	2024-08-25	Loss of ATOH1 in Pit Cell Drives Stemness and Progression of Gastric Adenocarcinoma by Activating AKT/mTOR Signaling through GAS1 2023-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202301977 PMID:37824217	研究论文	研究探讨了ATOH1在胃癌干细胞维持中的作用及其通过GAS1激活AKT/mTOR信号通路促进胃腺癌进展的机制	首次揭示了ATOH1通过调控GAS1和RET/AKT/mTOR信号通路影响胃癌干细胞的维持和化疗耐药性	研究主要基于小鼠模型和组织样本，需要进一步的人体临床试验验证	阐明ATOH1在胃癌干细胞维持中的作用及其分子机制	胃癌干细胞及胃腺癌样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	包括小鼠模型和胃腺癌组织样本
9296	2024-08-25	A single-cell transcriptomic landscape of innate and adaptive intratumoral immunity in triple negative breast cancer during chemo- and immunotherapies 2022-Mar-08, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-022-00893-x PMID:35260564	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术评估了两种三阴性乳腺癌小鼠模型在未治疗及化疗或免疫治疗（单独或联合使用）后的肿瘤微环境中的免疫景观	首次提供了化疗和免疫治疗在三阴性乳腺癌中主要免疫细胞群体的清晰概览	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果	探讨化疗和免疫治疗在三阴性乳腺癌中的免疫反应	三阴性乳腺癌小鼠模型的肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	两种三阴性乳腺癌小鼠模型
9297	2024-08-25	Single-cell Iso-Sequencing enables rapid genome annotation for scRNAseq analysis 2022-03-03, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyac017 PMID:35143654	研究论文	本文展示了单细胞等位序列测序（Iso-Sequencing）与单细胞RNA测序结合使用，能快速提升3'-UTR注释的效率	首次证明单细胞等位序列测序能显著提高3'-UTR注释的完整性，从而改善单细胞RNA测序数据的解读	研究仅基于刺鱼（Gasterosteus aculeatus）的数据，其普适性有待进一步验证	探索单细胞等位序列测序在提升单细胞RNA测序基因注释准确性方面的应用	刺鱼（Gasterosteus aculeatus）的单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	使用刺鱼的胚胎单细胞等位序列测序数据和已发表的成体批量Iso-Seq数据
9298	2024-08-25	Make war not love: The neural substrate underlying a state-dependent switch in female social behavior 2022-03-02, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2021.12.002 PMID:34982958	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了雌性小鼠腹侧内侧下丘脑（VMHvl）中两种不同的雌激素受体-1阳性神经元亚型，这些亚型分别控制着雌性小鼠的性接受性和攻击性行为	首次阐明了雌性小鼠在不同生殖状态下对同种刺激产生不同行为反应的神经机制	NA	探究雌性小鼠在不同生殖状态下社会行为的神经基础	雌性小鼠的神经元亚型及其在不同生殖状态下的行为控制	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	神经元活动数据	NA
9299	2024-08-25	Single-cell gene fusion detection by scFusion 2022-02-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28661-6 PMID:35228538	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基因融合检测计算工具scFusion，并通过模拟和真实数据集评估了其性能	scFusion能够高效且敏感地检测基因融合，具有较低的假发现率，并能在单细胞水平上检测到其他方法无法发现的融合事件	NA	开发和评估一种新的计算工具，用于在单细胞水平上检测基因融合	基因融合在肿瘤发生和进展中的作用	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	五个真实单细胞RNA测序数据集
9300	2024-08-25	Klf4 methylated by Prmt1 restrains the commitment of primitive endoderm 2022-02-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac054 PMID:35137179	研究论文	研究报告了Prmt1在原始内胚层（PrE）形成中的重要作用，以及Prmt1介导的Klf4甲基化在细胞命运决定中的机制	首次揭示了Prmt1通过甲基化Klf4来调控原始内胚层形成的分子机制	NA	探索哺乳动物胚胎发育早期原始内胚层形成的分子机制	Prmt1在原始内胚层形成中的作用及Klf4甲基化的影响	发育生物学	NA	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	RNA	小鼠胚胎干细胞（mESCs）