单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 44757 篇文献，本页显示第 901 - 920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 901 | 2026-10-19 |
Meningioma cell reprogramming and microenvironment interactions underlie brain invasion
2026-Apr-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf292
PMID:41476144
|
研究论文 | 该研究整合了批量RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组测序数据，揭示了脑侵袭性脑膜瘤的分子重编程和肿瘤微环境相互作用机制 | 首次在批量、单细胞和空间转录组三个层面系统鉴定脑肿瘤界面保守富集的基因（TGM2、S100A11、ZYX、PDGFRA），并通过共培养实验证明脑膜瘤细胞与神经元之间的功能性交流促进肿瘤增殖 | 摘要中未明确说明研究的局限性 | 识别脑侵袭性脑膜瘤的分子和细胞特征，阐明脑侵袭的分子机制 | 脑膜瘤患者肿瘤样本，包括33例脑侵袭性肿瘤 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组测序、多重免疫荧光、共聚焦显微镜、多电极阵列记录、活细胞钙成像 | NA | RNA测序数据、图像、电生理信号 | 199例脑膜瘤批量RNA测序样本（含33例脑侵袭性肿瘤），以及空间定位的脑膜瘤核心和脑肿瘤界面单细胞RNA测序样本 | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 902 | 2026-10-19 |
Human hippocampal neurogenesis in adulthood, ageing and Alzheimer's disease
2026-Apr, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-10169-4
PMID:41741649
|
研究论文 | 该研究通过多组学单细胞测序分析人类海马体，揭示成年、衰老和阿尔茨海默病中的神经发生特征 | 首次结合单核RNA测序和单核ATAC测序等多组学技术，系统分析人类海马神经发生，发现SuperAgers的神经发生独特征象及AD早期染色质可及性改变 | 样本来自死后海马组织，无法进行动态追踪；样本量来自多个队列但未明确具体人数；机制研究仍需功能验证 | 探究人类海马神经发生在成年、衰老和阿尔茨海默病中的存在及其分子调控网络 | 人类死后海马组织，包括记忆完整的年轻成人、无认知损害的老年人、记忆超常的老年人、临床前中间病理成人以及阿尔茨海默病患者 | 神经科学、单细胞多组学、表观遗传学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序、单核ATAC测序、多组学单细胞测序 | NA | 单细胞多组学数据（基因表达和染色质可及性） | 355,997个细胞核，来自多个队列的海马样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组和单细胞ATAC测序 |
| 903 | 2026-10-19 |
Integrative machine learning analysis suggests novel molecular targets for liver cancer diagnosis and therapy
2026-Mar-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04889-2
PMID:41866435
|
研究论文 | 该研究通过整合微阵列数据、单细胞测序和多种机器学习算法，识别了肝细胞癌的关键分子靶点，并构建了8基因诊断模型 | 构建了基于8个基因（ECM1、HAMP、MT1H、MT1F、CYP1A2、ASPM、CXCL14、FCN3）的诊断特征，在训练队列中AUC达到1.000，优于现有模型，并在外部数据集中得到稳健验证 | 摘要未明确提及研究的局限性 | 通过识别关键分子靶点和通路，提升肝细胞癌的及时有效诊断与治疗 | 肝细胞癌患者与对照组的基因表达数据 | 机器学习 | 肝癌 | 微阵列分析，单细胞测序，WGCNA，ssGSEA | 多种机器学习算法 | 基因表达数据，单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，bulk微阵列 | NA | NA |
| 904 | 2026-10-19 |
Neuronal and glial networks interact with traumatic brain injury to modulate cognition in ABCD study
2026-Mar-13, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-026-00681-8
PMID:41826372
|
研究论文 | 本研究整合ABCD队列中神经认知的基因-mTBI交互全基因组关联研究与单细胞RNA测序基因调控网络，揭示mTBI后神经认知结局的细胞类型特异性关键调控因子和分子机制 | 首次将基因-轻度创伤性脑损伤交互GWAS与单细胞RNA测序基因调控网络相结合，从脑区和细胞类型特异性角度阐明mTBI病理的复杂调控网络景观 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 阐明驱动轻度创伤性脑损伤后症状变异性和严重程度的生物学机制，特别是学习记忆表现的细胞类型特异性关键调控因子和分子机制 | 青少年脑认知发展（ABCD）队列中的儿童和青少年 | 机器学习 | 创伤性脑损伤 | 基因-环境交互全基因组关联研究，单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据，转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，全基因组关联研究 | NA | NA |
| 905 | 2026-10-19 |
CellOntologyMapper: Consensus mapping of cell type annotation
2026-Mar, iMetaOmics
DOI:10.1002/imo2.70064
PMID:42890798
|
研究论文 | 本文介绍了一个自动化单细胞RNA-seq细胞类型注释标准化的工具CellOntologyMapper，通过将用户定义名称映射到Cell Ontology和Cell Taxonomy来实现标准化 | 构建了包含19,381个 curated 细胞类型的综合嵌入数据库，结合句子变换器、大语言模型和同义词扩展，通过嵌入相似度排序和LLM放大处理模糊或上下文相关的标签，实现了高准确率的标准化本体术语输出 | 未明确提及 | 自动化标准化单细胞RNA-seq中的细胞类型注释，实现跨研究、组织、物种和疾病状态的可重复大规模单细胞荟萃分析 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 句子变换器, 大语言模型 | 文本 | 19,381个 curated 细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 906 | 2026-10-19 |
Patient-aware single-cell analysis of fibrovascular remodeling in a predominantly colorectal cancer immunotherapy cohort
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1961075
PMID:42889067
|
研究论文 | 该文以患者为推断单位，重新分析了一个以结直肠癌为主的单细胞RNA测序队列，研究肿瘤相关成纤维细胞和血管壁细胞介导的纤维血管重塑，并区分可重复信号与供体集中或情境依赖的发现 | 以患者为推断单位进行单细胞分析，采用DecontX和scDblFinder评估环境RNA污染和双细胞，在六种应答盲法分辨率下重新聚类CAFs，并通过排除主导供体的患者区组伪批量分析检验稳定性，结合多个独立单细胞、空间、跨癌种免疫治疗队列和TCGA进行外部验证 | 未能证实SPP1高表达应答生物标志物、机械刚度表型或CAF到血管壁细胞的因果信号；空间和跨癌种分析结果混杂或为零；COL1A1在五细胞敏感性分析中处于临界水平；最高评分无监督聚类为供体集中且与应答无患者水平关联 | 研究结直肠癌中癌症相关成纤维细胞和血管壁细胞驱动的纤维血管重塑，并在患者水平区分可重复信号与供体集中或情境依赖的发现 | 22例患者的单细胞RNA测序队列，包括20例结直肠癌和2例十二指肠癌；主要血管壁细胞分析纳入14对治疗前匹配的正常-肿瘤组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量转录组数据 | 22例患者；主要血管壁细胞分析14对治疗前匹配正常-肿瘤组织；响应盲法稳定性分析鉴定出22例患者中均存在的2983个ECM重塑CAF细胞；排除P02后患者区组伪批量分析纳入15例患者；外部测试使用GSE205506、独立CRC单细胞和空间数据集、跨癌种免疫治疗队列及TCGA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 907 | 2026-10-19 |
Identification of a novel inflammatory mast cell subpopulation in triple-negative breast cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1975768
PMID:42889080
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析三阴性乳腺癌中肥大细胞的异质性，鉴定出一个促进肿瘤进展的炎症相关肥大细胞亚群C4 | 首次在三阴性乳腺癌中鉴定出四个转录上不同的肥大细胞亚群，并发现C4炎症亚群通过NF-κB通路和免疫抑制信号促进肿瘤进展 | 研究主要基于生物信息学分析和初步体内验证，C4亚群的具体分子机制和临床转化价值仍需进一步研究 | 探究三阴性乳腺癌肿瘤微环境中肥大细胞的异质性及其功能角色 | 三阴性乳腺癌患者的单细胞RNA测序数据及BALB/c小鼠4T1皮下肿瘤模型 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 908 | 2026-10-19 |
Continuous spatially informed microenvironment programs show cross-cohort concordance and context-dependent spatial organization in diffuse large B-cell lymphoma
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1919412
PMID:42889089
|
研究论文 | 该研究在批量、单细胞和空间转录组数据中评估六种文献衍生的复合空间微环境程序，揭示弥漫性大B细胞淋巴瘤中连续的空间信息微环境程序具有跨队列一致性及情境依赖的空间组织 | 不假设离散生态系统分类法，采用连续程序层面的解读框架；构建六种文献知情的复合程序（132个成员关系、121个独特基因、11个共享成员关系）；在批量、单细胞和空间多种数据层面进行跨队列验证；引入匹配随机基因集支持和深度校正残差终点评估 | 大多数临床注释队列仍为批量转录组数据；Visium V2区域中抗原呈递程序仅13/22基因可测量且9个HLA基因均不可用，只能作为AP残差处理；匹配随机基因集支持广泛但非普遍；候选离散分类法未达到稳定性标准；存在来源、稳定性、检测方法、方法和采样方面的局限性 | 评估文献衍生的复合空间微环境程序在弥漫性大B细胞淋巴瘤批量、单细胞和空间转录组数据中是否具有跨队列一致性和情境依赖的空间组织 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的肿瘤样本（包括批量转录组队列、单细胞样本和空间转录组切片） | 空间转录组学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | 基因表达数据、图像 | GSE31312队列498例肿瘤，GSE10846和GSE181063队列验证，4例患者8个样本共14368个DLBCL单细胞，30个DLBCL Visium V2区域 | 10x Genomics | spatial transcriptomics, single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | 10x Visium V2 | 10x Visium V2空间转录组区域，结合批量转录组数据集（GSE31312、GSE10846、GSE181063）和单细胞RNA-seq数据 |
| 909 | 2026-10-19 |
Single-cell profiling of peripheral immune remodeling in BK polyomavirus-associated nephropathy after kidney transplantation
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1939071
PMID:42889286
|
研究论文 | 该研究通过对肾移植受者外周血单个核细胞进行单细胞RNA测序，揭示了BK多瘤病毒感染不同临床状态下的外周免疫重塑特征 | 发现了仅在BKPyVAN中占0.60%但贡献12.15%聚类标记的罕见转录 distinct 群体——活化效应细胞（AECs），并揭示了跨谱系的RNA加工和细胞内运输通路的趋同激活 | 样本量较小（稳定组n=1，BKPyV DNA血症组n=2，活检证实的BKPyVAN组n=3），发现的候选转录读数需在更大队列中验证 | 定义与BK多瘤病毒感染不同临床状态相关的外周免疫特征，探索基于血液的无创监测和风险分层策略 | 肾移植受者的外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞转录组学、免疫学 | BK多瘤病毒相关肾病、肾移植并发症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例肾移植受者（稳定组1例、BKPyV DNA血症组2例、活检证实的BKPyVAN组3例），共分析17,238个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 910 | 2026-10-19 |
CAR-T cell-induced cytokine release syndrome is rapidly alleviated by Tripterygium glycosides: a case series and laboratory examination study
2026, Immunotherapy advances
IF:4.1Q2
DOI:10.1093/immadv/ltag021
PMID:42889518
|
研究论文 | 本文通过两例病例报告及实验室研究，发现雷公藤多苷可快速缓解CAR-T细胞诱导的细胞因子释放综合征 | 首次报道口服雷公藤多苷可在72小时内快速缓解CAR-T诱导的CRS，并通过单细胞RNA测序揭示其选择性清除CD14+CD16+单核细胞的机制 | 仅为两例病例的病例系列研究，样本量小，缺乏对照，需更大规模临床试验验证 | 探索雷公藤多苷治疗CAR-T细胞诱导细胞因子释放综合征的疗效及机制 | 接受CAR-T治疗后发生CRS的复发难治性血液恶性肿瘤患者 | 免疫治疗 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据，文本，单细胞转录组数据 | 2例患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 911 | 2026-10-19 |
Integrated multi-omics and experimental analyses identify JUNB as a candidate biomarker associated with immune-related processes in psoriasis
2026, Postepy dermatologii i alergologii
IF:1.4Q3
DOI:10.5114/ada.2026.164263
PMID:42889679
|
研究论文 | 该文通过整合多组学分析与体外实验，鉴定并验证了银屑病中与免疫相关过程相关的候选生物标志物JUNB | 综合bulk转录组、机器学习、免疫浸润分析、单细胞RNA-seq与siRNA敲低实验，系统验证JUNB作为银屑病免疫相关生物标志物，并揭示其与IL-17、NF-κB、TNF信号通路及免疫细胞浸润的关联 | 研究主要基于公共数据集与HaCaT细胞体外实验，缺乏大规模独立临床队列验证及体内动物模型证据 | 识别并验证与银屑病发病机制相关的核心免疫相关生物标志物，重点关注转录因子JUNB | 银屑病患者bulk转录组数据集、单细胞RNA-seq数据及IL-17A刺激的HaCaT细胞 | 多组学分析、生物信息学、皮肤免疫学 | 银屑病 | bulk转录组测序、单细胞RNA-seq、qRT-PCR、siRNA敲低 | LASSO、随机森林、XGBoost、CIBERSORT、GSEA、ROC分析 | 转录组数据、单细胞转录组数据、实验表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq、single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 912 | 2026-10-19 |
Exploiting RAG1-deficient chickens to construct a single-cell transcriptional atlas of chicken heterophils during inflammation
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1930258
PMID:42889999
|
研究论文 | 该研究利用RAG1缺陷鸡模型，通过单细胞RNA测序构建了炎症期间鸡异嗜性粒细胞的单细胞转录图谱，揭示了其成熟轨迹和八个转录亚群 | 首次在自然缺乏髓过氧化物酶的鸡模型中构建异嗜性粒细胞单细胞转录图谱，发现其成熟不依赖经典颗粒基因序列表达而是以MMP9上调为标志，并揭示了从ISG主导状态向效应功能的转变轨迹 | 摘要中未提及研究的具体局限性 | 探究鸡异嗜性粒细胞在紧急粒细胞生成过程中的成熟与激活分子程序，填补MPO非依赖先天免疫策略的进化研究空白 | RAG1缺陷鸡模型中的异嗜性粒细胞 | 单细胞转录组学 | 炎症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 913 | 2026-10-19 |
Prognostic value of APOC1 in patients with acute-on-chronic liver failure
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1881095
PMID:42890121
|
研究论文 | 本研究通过蛋白质组学、ELISA验证、单细胞RNA测序和分子对接，识别并验证APOC1作为慢加急性肝衰竭患者的预后生物标志物 | 首次将APOC1鉴定为ACLF的预后生物标志物，揭示其主要由肝脏巨噬细胞表达，并通过分子对接筛选出柴胡皂苷D和白藜芦醇作为靶向APOC1的潜在治疗药物 | 样本量较小（74例患者，其中40例进行蛋白质组学分析），为单中心回顾性研究，需要更大规模的多中心前瞻性研究验证 | 识别和验证能够预测慢加急性肝衰竭患者临床结局的潜在预后生物标志物 | 2021年1月至2022年4月在西南医科大学附属医院住院的74例慢加急性肝衰竭患者 | 蛋白质组学 | 慢加急性肝衰竭 | 数据非依赖性采集质谱（DIA-MS）、酶联免疫吸附试验（ELISA）、单细胞RNA测序、分子对接 | NA | 蛋白质组数据、临床数据、基因表达数据 | 74例ACLF患者（其中40例进行蛋白质组学分析，存活组20例，非存活组20例） | NA | 单细胞RNA测序、蛋白质组学 | NA | NA |
| 914 | 2026-10-19 |
Immune-cell imbalance and immunometabolic reprogramming in chronic prostatitis/chronic pelvic pain syndrome
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1926409
PMID:42890513
|
综述 | 该综述以免疫细胞为组织轴，综合单细胞测序、孟德尔随机化和多组学证据，探讨慢性前列腺炎/慢性盆腔疼痛综合征中的免疫细胞失衡和免疫代谢重编程 | 以免疫细胞为组织轴整合单细胞测序、孟德尔随机化和多组学证据；提出M1/M2二分法可能无法完全反映前列腺组织巨噬细胞异质性；提出NLRP3炎症小体激活和IL-1β释放可能是先天免疫与Th17反应之间的候选联系；讨论糖酵解和氧化应激相关重编程如何塑造免疫细胞状态；考虑CCL5/CCR5和CXCL10/CXCR3等趋化因子网络在免疫细胞募集中的作用；探讨肥大细胞和神经源性炎症在神经免疫对话中的参与 | 这些概念需要在临床定义的CP/CPPS亚组中进行前瞻性验证，才能支持机制指导的治疗 | 综合近期证据，探讨慢性前列腺炎/慢性盆腔疼痛综合征中免疫稳态破坏的机制，以免疫细胞为组织轴分析免疫细胞失衡和免疫代谢重编程 | 慢性前列腺炎/慢性盆腔疼痛综合征（CP/CPPS） | 免疫学 | 前列腺癌 | 单细胞测序、孟德尔随机化、多组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、多组学 | NA | NA |
| 915 | 2026-10-19 |
Case Report: Melanocyte-associated mTORC1-related molecular features in an atypical large congenital melanocytic naevus
2026, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2026.1962371
PMID:42890568
|
病例报告 | 报告一例非典型大型先天性黑色素细胞痣的9岁男孩，通过全外显子组测序、多重免疫荧光和单细胞RNA测序揭示病变中黑色素细胞相关的mTORC1分子特征 | 在缺乏典型NRAS或BRAF热点突变的非典型大型先天性黑色素细胞痣中，发现母源遗传的TSC2 c.1307C>T变异（意义未明），并首次通过单细胞RNA测序揭示病变内细胞类型特异性的mTORC1评分差异 | 单患者研究，仅提供描述性证据，无法确定疾病特异性mTORC1过度激活或该变异与疾病的因果关系 | 探究非典型大型先天性黑色素细胞痣的分子特征，特别是mTORC1通路相关改变 | 一名9岁男孩，患涉及面部、头皮、上眼睑和球结膜的大型颅面先天性黑色素细胞痣，伴深层延伸、机械性上睑下垂和继发性弱视 | 数字病理学, 基因组学, 单细胞转录组学 | 先天性黑色素细胞痣, 黑色素瘤, 皮肤病 | 全外显子组测序, 多重免疫荧光, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本（测序数据） | 1名患者（病变组织和边缘正常皮肤） | Illumina, 10x Genomics | 全外显子组测序, 单细胞RNA测序 | Illumina测序平台, 10x Chromium | 高深度全外显子组测序；10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 916 | 2026-10-19 |
Integrated transcriptome and single-cell RNA sequencing identifies transient receptor potential channel-related biomarkers in ulcerative colitis
2026, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2026.1902447
PMID:42890566
|
研究论文 | 该研究整合转录组数据和单细胞RNA测序，系统识别溃疡性结肠炎中瞬时受体电位通道相关生物标志物并构建诊断模型 | 首次系统性地将转录组学与单细胞RNA测序相结合，识别出五个TRP通道相关特征基因（IL-1β、PIK3R3、ADCY3、ADCY7和TRPV1），构建了高性能诊断列线图（AUC=0.993），并揭示了B细胞和浆细胞在UC发病中的关键作用及IL-1β和PIK3R3作为早期激活基因的角色 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据和动物模型验证，缺乏大规模独立临床队列验证；机制研究仍以关联性分析为主，TRP通道相关基因的具体功能机制尚未深入阐明 | 系统识别溃疡性结肠炎中TRP通道相关生物标志物，开发新的诊断和治疗靶点 | 溃疡性结肠炎患者转录组样本及DSS诱导的小鼠结肠炎模型 | 机器学习, 单细胞分析, 转录组学 | 溃疡性结肠炎 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 机器学习, 流式细胞术, 多重免疫组化, 蛋白质印迹, 实时定量PCR | 机器学习算法, 列线图模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 图像 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 917 | 2026-10-19 |
Transcription factor-driven metabolic stratification reveals glycolytic and lipogenic subtypes with distinct prognostic and functional features in pancreatic cancer
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1900370
PMID:42890651
|
研究论文 | 该研究基于转录因子驱动的代谢分层，在胰腺导管腺癌中鉴定了糖酵解型和脂肪生成型代谢亚型，并揭示其预后与功能差异 | 首次基于转录因子调控程序对PDAC进行糖酵解与脂肪生成代谢亚型分层，并结合单细胞转录组与深度神经网络代谢通量建模验证，鉴定TP63为糖酵解-脂肪生成代谢重编程的潜在调控因子 | 摘要未明确说明研究样本量及实验验证的深度，TP63的调控机制仍需进一步体内功能验证 | 探究基于转录因子的分类能否识别具有预后意义的糖酵解型和脂肪生成型PDAC亚型 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者及多队列转录组与单细胞数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | bulk转录组测序, 单细胞RNA测序, ssGSEA, AddModuleScore, 深度神经网络代谢通量建模, RNA干扰, RT-qPCR, 脂滴染色, 乳酸检测, transwell实验 | 深度神经网络 | 文本, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 918 | 2026-10-19 |
Mechanism of luteolin in treating chronic heart failure by regulating HIF-1 signaling pathway-mediated mitochondrial damage to inhibit cardiomyocyte apoptosis
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1977166
PMID:42890839
|
研究论文 | 该文结合生物信息学分析、分子对接以及体内外实验，探究木犀草素通过调控HIF-1信号通路介导的线粒体损伤、抑制心肌细胞凋亡来改善慢性心力衰竭的机制 | 整合网络药理学、机器学习、单细胞转录组与体内外实验，首次系统揭示木犀草素经HIF-1信号通路下调L-M-C基因集（HIF1A、NOS2、BNIP3、BNIP3L、PDK1、BBC3）以减轻线粒体损伤和心肌细胞凋亡的作用机制 | 摘要中未明确说明研究局限性 | 阐明木犀草素改善慢性心力衰竭的分子机制，特别是其对HIF-1信号通路及线粒体损伤的调控作用 | 慢性心力衰竭相关的靶点基因、心肌细胞亚群以及慢性心力衰竭大鼠模型 | 生物信息学、心血管疾病研究 | 慢性心力衰竭、心血管疾病 | 网络药理学、分子对接、单细胞转录组测序（scRNA-seq）、GO与KEGG富集分析、机器学习 | 机器学习组合模型、临床预测模型、蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络 | 基因表达数据、单细胞转录组数据、图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 919 | 2026-10-19 |
Single-Cell Multiomics Integration Reveals Cell Trajectories and Regulatory Networks in Breast Cancer Progression
2026, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/9324717
PMID:42891116
|
研究论文 | 该文整合单细胞多组学与肠道微生物组分析，揭示乳腺癌进展中的细胞轨迹、染色质调控网络及细胞间通讯 | 首次将scRNA-seq、scATAC-seq、细胞通讯推断与肠道微生物16S rRNA分析整合，构建乳腺癌进展的多层次图谱，并发现SNAI1-ZEB1-FOXM1核心调控网络及肠道菌群失调作为系统性维度 | 摘要中未明确说明研究局限性 | 解析乳腺癌从luminal向间质状态进展的单细胞转录轨迹、染色质调控景观及细胞间通讯网络，并同步刻画肠道微生物组的系统性变化 | 乳腺癌患者肿瘤及癌旁正常组织样本，以及599对乳腺癌-健康对照匹配的肠道微生物组样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq, scATAC-seq, 16S rRNA扩增子测序, 定量RT-PCR | Seurat, Scanpy, Monocle3, scVelo, Slingshot, SCENIC, CellChat, 随机森林 | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 微生物组测序数据, 文本 | 42037个高质量单细胞，599对乳腺癌-健康对照肠道微生物组样本（266个属，4个BioProject） | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, 16S rRNA扩增子测序 | NA | NA |
| 920 | 2026-10-19 |
Mouse cortical cellular diversification through lineage progression of radial glia
2025-11-03, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.352826.125
PMID:40774817
|
研究论文 | 本研究通过时间序列scRNA-seq和snATAC-seq分析小鼠皮层放射状胶质细胞（RGs）在胚胎和出生后阶段的谱系进展，揭示其细胞内在程序如何驱动皮层细胞多样化 | 揭示了RGs从早期到晚期的转变，依次产生中间神经元祖细胞（INPs）和中间胶质祖细胞（IGPs），并发现染色质可及性通过限制广泛表达的转录因子到特定阶段和细胞类型来驱动皮层细胞多样化 | 研究仅基于小鼠模型，未验证人类皮层发育的保守性；未进行功能实验验证染色质可及性变化的因果作用 | 探究皮层细胞多样化的细胞内在程序，特别是RGs谱系进展的分子机制 | 小鼠皮层放射状胶质细胞（RGs）及其分化的中间祖细胞和成熟细胞 | 单细胞组学 | NA | scRNA-seq, snATAC-seq | NA | 单细胞转录组和染色质可及性数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-nucleus ATAC-seq | NA | NA |