单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 23993 篇文献，本页显示第 901 - 920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 901 | 2024-12-09 |
Methionine restriction reduced growth performance and exacerbated lipid deposition in hybrid grouper (Epinephelus fuscoguttatus ♀ × E. lanceolatus ♂) under high-lipid diets by suppressing the lipid degradation pathways with the single-cell RNA-seq analysis
2024-Nov, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110960
PMID:39536957
|
研究论文 | 研究了在高脂饮食下，甲硫氨酸限制对杂交石斑鱼（Epinephelus fuscoguttatus ♀ × ♂ E. lanceolatus）肝脏中脂质沉积的影响 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了甲硫氨酸限制抑制脂质降解途径，导致脂质沉积增加 | NA | 探讨甲硫氨酸限制对杂交石斑鱼在高脂饮食下生长性能和脂质沉积的影响 | 杂交石斑鱼（Epinephelus fuscoguttatus ♀ × ♂ E. lanceolatus）的肝脏 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及九种细胞类型 |
| 902 | 2024-12-09 |
Single-Cell Profiling Reveals Immune Aberrations in Progressive Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-Aug-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202306-0979OC
PMID:38717443
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了进行性特发性肺纤维化中的免疫异常 | 首次在单细胞分辨率下详细描述了特发性肺纤维化患者外周血细胞群体的变化，并提供了稳定的和进行性IPF的外周免疫系统变化图谱 | 研究样本量较小，且未涵盖所有可能的免疫细胞类型 | 探讨特发性肺纤维化患者外周免疫系统的变化及其与疾病进展的关系 | 特发性肺纤维化患者和对照组的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 10×铬5'单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 25名特发性肺纤维化患者和13名对照组的外周血单个核细胞样本，共149,564个细胞 |
| 903 | 2024-12-09 |
Shaoxia: a web-based interactive analysis platform for single cell RNA sequencing data
2024-Apr-24, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10322-1
PMID:38658838
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研究论文 | 本文介绍了一个名为Shaoxia的基于网络的单细胞RNA测序数据交互分析平台 | Shaoxia平台通过高性能计算能力和用户友好的界面，使不具备编程专业知识的实验室研究人员也能进行单细胞RNA测序数据分析 | NA | 开发一个易于使用的软件，涵盖单细胞RNA测序数据分析的所有方面 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 904 | 2024-12-09 |
Library size confounds biology in spatial transcriptomics data
2024-04-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03241-7
PMID:38637899
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研究论文 | 本文探讨了空间转录组学数据中库大小对生物学解释的影响 | 首次揭示了库大小与组织结构之间的关联，并指出使用单细胞RNA测序的归一化方法会对空间域识别产生负面影响 | 仅限于空间转录组学数据，未涵盖其他类型的分子数据 | 研究空间转录组学数据中的库大小效应及其对分析的影响 | 空间转录组学数据及其分析方法 | 单细胞测序 | NA | RNA-seq | NA | 空间转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 905 | 2024-12-09 |
The impact of package selection and versioning on single-cell RNA-seq analysis
2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.04.588111
PMID:38617255
|
研究论文 | 本文详细研究了Seurat和Scanpy在单细胞RNA测序分析中的算法和方法差异 | 发现了Seurat和Scanpy在输出结果上存在显著差异，这种差异相当于在基准测试中减少5%的读取量或分析20%的细胞群体 | 本文未提及具体的解决方案或改进措施 | 探讨不同软件包和版本对单细胞RNA测序分析结果的影响 | Seurat和Scanpy软件包及其不同版本 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 906 | 2024-12-09 |
Seq-Scope Protocol: Repurposing Illumina Sequencing Flow Cells for High-Resolution Spatial Transcriptomics
2024-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.29.587285
PMID:38617262
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Seq-Scope的新技术，利用Illumina测序平台进行高分辨率空间转录组分析 | Seq-Scope技术重新利用Illumina测序流式细胞仪，实现了高分辨率和高内容的空间转录组分析，克服了传统方法的局限性 | NA | 开发一种新的技术，用于高分辨率空间转录组分析，以克服现有技术的局限性 | 利用Illumina NovaSeq 6000测序流式细胞仪进行空间转录组分析 | 分子生物学 | NA | 空间转录组分析 | NA | 转录组数据 | 多个组织切片，面积为7 mm × 7 mm或更大 |
| 907 | 2024-12-09 |
Distribution-Agnostic Deep Learning Enables Accurate Single-Cell Data Recovery and Transcriptional Regulation Interpretation
2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202307280
PMID:38380499
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Bis的分布无关深度学习模型，用于准确恢复单细胞基因表达数据并解释转录调控 | Bis模型采用最优传输自动编码器，能够捕捉单细胞RNA测序数据的复杂分布，并通过正则化细胞嵌入空间来处理数据稀疏性问题 | NA | 开发一种能够准确恢复单细胞基因表达数据并解释转录调控的深度学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自动编码器 | 基因表达数据 | NA |
| 908 | 2024-12-09 |
Fibroblast heterogeneity and functions: insights from single-cell sequencing in wound healing, breast cancer, ovarian cancer and melanoma
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1304853
PMID:38525245
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术探讨了成纤维细胞在伤口愈合、乳腺癌、卵巢癌和黑色素瘤中的异质性和功能 | 利用单细胞RNA测序技术提供了更高的分辨率，揭示了成纤维细胞在不同疾病中的基因表达差异、表观遗传修饰、成纤维细胞谱系、新的临床相关基因和蛋白质以及与其他细胞类型的空间信号相互作用 | NA | 探讨成纤维细胞在不同疾病中的异质性和功能 | 成纤维细胞在伤口愈合、乳腺癌、卵巢癌和黑色素瘤中的作用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 909 | 2024-12-09 |
CATD: a reproducible pipeline for selecting cell-type deconvolution methods across tissues
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae048
PMID:38638280
|
研究论文 | 本文介绍了一种可重复的细胞类型反卷积方法选择管道CATD，用于跨组织评估多种方法 | 提出了CATD管道，集成了生成参考数据和伪批量数据以及运行现有反卷积方法的功能，简化了大量样本的同时反卷积 | NA | 评估和选择适用于不同组织的细胞类型反卷积方法 | 31种细胞类型反卷积方法在人类和小鼠多种组织中的表现 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 回归模型 | 转录组数据 | 涉及人类和小鼠的多种组织样本 |
| 910 | 2024-12-09 |
Exploration of the Development and Cell Communication of Aneuploid Osteoblasts and Osteoclasts in Giant Cell Tumour of Bone Using Single-Cell RNA Sequencing
2024, Folia biologica
IF:1.1Q4
DOI:10.14712/fb2024070030166
PMID:39644111
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研究论文 | 研究了巨细胞瘤骨中非整倍体成骨细胞和破骨细胞的发育及细胞通讯 | 首次使用单细胞RNA测序技术探索巨细胞瘤骨中非整倍体成骨细胞和破骨细胞的发育及细胞通讯 | 研究仅限于巨细胞瘤骨样本，结果可能不适用于其他类型的肿瘤 | 探索巨细胞瘤骨中非整倍体成骨细胞和破骨细胞的发育及细胞通讯 | 巨细胞瘤骨中的非整倍体成骨细胞和破骨细胞 | 数字病理学 | 骨肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 9117个细胞，包括八种细胞类型 |
| 911 | 2024-12-09 |
Identification of human exTreg cells as CD16+CD56+ cytotoxic CD4+ T cells
2023-Oct, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01589-9
PMID:37563308
|
研究论文 | 本文通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，鉴定了人类exTreg细胞为CD16+CD56+细胞毒性CD4+T细胞 | 首次鉴定了人类exTreg细胞为CD16+CD56+细胞毒性CD4+T细胞，并验证了其细胞毒性功能 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本，可能存在种属差异 | 鉴定人类exTreg细胞的表型和功能 | 人类和小鼠的T细胞和exT细胞 | 免疫学 | 动脉粥样硬化 | RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | RNA | 小鼠和人类样本 |
| 912 | 2024-12-09 |
T cell-Mediated Development of Stromal Fibroblasts with an Immune-Enhancing Chemokine Profile
2023-Jun-07, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0593
PMID:37285176
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研究论文 | 研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAF）在不同免疫微环境中的适应性变化及其对T细胞浸润的影响 | 首次揭示了CAF在T细胞介导下可以转变为促进免疫的表型，通过调节CXCL12和CXCL9的表达来影响T细胞的浸润 | 研究主要在体外和小鼠模型中进行，需要进一步的临床验证 | 探讨CAF在不同免疫微环境中的适应性及其对免疫反应的影响 | 癌症相关成纤维细胞（CAF）和T细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠胰腺腺癌中的CAF样本 |
| 913 | 2024-12-08 |
The role of the tricellular junction protein ILDR2 in glomerulopathies: Expression patterns and functional insights
2024-Dec-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111329
PMID:39640577
|
研究论文 | 研究ILDR2蛋白在肾小球疾病中的表达模式和功能 | 首次探讨了ILDR2在足细胞中的作用及其在肾小球疾病中的保护作用 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本 | 探讨ILDR2在肾小球疾病中的作用及其对血滤的影响 | ILDR2蛋白及其在足细胞中的表达和功能 | NA | 肾小球疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)、超分辨率显微镜、液相色谱-串联质谱 (LC-MS/MS) | NA | 蛋白质 | 小鼠模型 |
| 914 | 2024-12-08 |
Molecular and functional profiling of primary normal ovarian cells defines insights into cancer development and drug responses
2024-Dec-19, Molecular therapy. Oncology
DOI:10.1016/j.omton.2024.200903
PMID:39634630
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研究论文 | 研究通过分子和功能分析正常卵巢细胞，揭示了癌症发展和药物反应的见解 | 首次对正常卵巢细胞进行单细胞转录组学、高内涵图像细胞绘制和高通量药物测试的综合分析 | 研究仅限于两种正常卵巢细胞系和代表性的卵巢癌细胞系，可能无法完全代表所有卵巢癌的异质性 | 探讨正常卵巢细胞与卵巢癌细胞的分子特征差异，以及这些差异如何影响癌症发展和药物反应 | 正常卵巢细胞（HOSE1C和HOSE2C）和代表性的高级别浆液性卵巢癌细胞（HGSOC） | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组学、高内涵图像细胞绘制、高通量药物测试 | NA | 转录组数据、图像数据 | 两种正常卵巢细胞系（HOSE1C和HOSE2C）和代表性的卵巢癌细胞系 |
| 915 | 2024-12-08 |
MAIT cell plasticity enables functional adaptation that drives antibacterial immune protection
2024-Dec-06, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adp9841
PMID:39642244
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研究论文 | 研究了黏膜相关恒定T细胞（MAIT细胞）的适应性功能及其在抗菌免疫保护中的作用 | 定义了干扰素-γ（IFN-γ）产生型MAIT1细胞和白细胞介素-17A（IL-17A）产生型MAIT17细胞在体内的可塑性，并发现MAIT17细胞在特定条件下可以转化为MAIT1细胞，从而在黏膜组织中发挥抗菌作用 | NA | 探讨MAIT细胞在抗感染中的作用及其在疫苗开发中的潜在应用 | MAIT1和MAIT17细胞亚群的功能和可塑性 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 916 | 2024-12-08 |
Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis
2024-Dec-06, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC
PMID:39642371
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研究论文 | 研究揭示了表观遗传调控因子CBX5在促进成纤维细胞代谢重编程和抑制肺纤维化中的关键作用 | 首次阐明CBX5在肺纤维化过程中通过调节成纤维细胞代谢重编程促进纤维化的机制 | 研究主要集中在体外和离体实验，缺乏体内实验验证 | 探讨表观遗传调控因子CBX5在肺纤维化中的作用及其机制 | 特发性肺纤维化中的成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | scRNA-seq, 免疫组化, RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 包括体外培养的IPF成纤维细胞和离体的IPF肺组织 |
| 917 | 2024-12-08 |
CDK9 recruits HUWE1 to degrade RARα and offers therapeutic opportunities for cutaneous T-cell lymphoma
2024-Dec-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54354-3
PMID:39632829
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研究论文 | 本文研究了CDK9在皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）中的作用，发现CDK9通过招募E3连接酶HUWE1降解RARα，并提出了一种潜在的治疗策略 | 首次揭示了CDK9在CTCL中的驱动作用，并发现CDK9通过招募HUWE1降解RARα，为CTCL的治疗提供了新的靶点 | NA | 探讨CDK9在皮肤T细胞淋巴瘤中的作用及其治疗潜力 | 皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）细胞和CDK9蛋白 | NA | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序、PROTAC介导的降解 | NA | RNA | 体外和体内模型 |
| 918 | 2024-12-08 |
The CCL5/CCR5/SHP2 axis sustains Stat1 phosphorylation and activates NF-κB signaling promoting M1 macrophage polarization and exacerbating chronic prostatic inflammation
2024-Dec-05, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-024-01943-w
PMID:39633456
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研究论文 | 本研究旨在识别慢性前列腺炎（CP）中关键的细胞因子，并探讨其在驱动炎症反应中的作用 | 首次揭示了CCL5/CCR5/SHP2轴在维持Stat1磷酸化和激活NF-κB信号通路中的作用，促进M1巨噬细胞极化和加剧慢性前列腺炎炎症 | NA | 识别慢性前列腺炎中的关键细胞因子并探讨其驱动炎症反应的机制 | 慢性前列腺炎患者和实验性自身免疫性前列腺炎（EAP）模型小鼠 | NA | 前列腺疾病 | 细胞因子检测、实验性自身免疫性前列腺炎模型、药理学抑制、单细胞转录组学 | NA | 细胞因子、基因表达 | 48种细胞因子的检测面板，实验性自身免疫性前列腺炎模型小鼠，药理学抑制剂的使用 |
| 919 | 2024-12-08 |
Decoding the molecular, cellular, and functional heterogeneity of zebrafish intracardiac nervous system
2024-Dec-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54830-w
PMID:39632839
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、解剖学研究和电生理技术，对斑马鱼心脏内神经系统（IcNS）进行了全面的分类和功能分析 | 揭示了IcNS中多种神经元类型，包括类似于中枢神经系统中中央模式发生器网络的节律性神经元 | NA | 研究心脏内神经系统的组织和功能 | 斑马鱼心脏内神经系统中的神经元类型及其功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序、解剖学研究、电生理技术 | NA | RNA序列 | NA |
| 920 | 2024-12-08 |
Single-cell immune profiling and validation of PBMCs in the onset of and recovery from herpes zoster
2024-Dec-04, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07289-w
PMID:39633072
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和ATAC测序分析了带状疱疹发病和恢复期间外周血单核细胞的免疫细胞谱 | 首次详细描述了带状疱疹发病和恢复期间免疫细胞亚群的比例变化，并通过流式细胞术和血液常规数据进行了验证 | 研究样本主要来自男性患者，可能存在性别偏倚 | 深入了解带状疱疹的发病机制 | 带状疱疹发病和恢复期间的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 带状疱疹 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和ATAC测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | 主要来自男性患者的外周血单核细胞 |