单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2024-12-09	Parallel measurement of transcriptomes and proteomes from same single cells using nanodroplet splitting 2024-Dec-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54099-z PMID:39638780	研究论文	介绍了一种名为nanoSPLITS的平台，通过纳米液滴分裂技术同时测量单细胞的转录组和蛋白质组	首次实现了通过纳米液滴分裂技术同时测量单细胞的转录组和蛋白质组，提供了全面的基因调控网络、细胞多样性和时间动态的见解	NA	开发一种能够同时测量单细胞转录组和蛋白质组的新技术，以深入理解基因调控网络和细胞多样性	单细胞的转录组和蛋白质组	生物信息学	NA	RNA测序和基于质谱的蛋白质组学	NA	转录组和蛋白质组数据	涉及从人胰腺胰岛分离的初级细胞
882	2024-12-09	Synaptic connectome of the Drosophila circadian clock 2024-Dec-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54694-0 PMID:39638801	研究论文	本文通过Drosophila FlyWire脑连接组生成果蝇昼夜节律钟的全面连接图	发现了额外的背侧时钟神经元，揭示了新的间接光输入途径和时钟神经元与下游高级脑中心及神经分泌细胞的稀疏单突触连接	NA	研究果蝇昼夜节律网络的连接和功能	果蝇的昼夜节律神经网络	神经科学	NA	单细胞转录组学和受体映射	NA	连接组数据	约240个神经元
883	2024-12-09	NiCo identifies extrinsic drivers of cell state modulation by niche covariation analysis 2024-Dec-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54973-w PMID:39639035	研究论文	本文介绍了一种名为NiCo的计算框架，用于整合单细胞分辨率的空间转录组学数据与匹配的单细胞RNA测序参考数据，以推断空间微环境对细胞状态的影响	NiCo能够预测新的微环境相互作用，这些相互作用调控细胞状态变化，从而影响组织发育和稳态	NA	理解细胞状态的调节机制，特别是在组织发育、稳态和疾病中的作用	细胞状态的内在和外在驱动因素，特别是微环境对细胞状态的影响	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及小鼠胚胎发育、成年小肠和肝脏的数据
884	2024-12-09	Engineering regional diversity: A morphogen screen for patterned brain organoids 2024-Dec-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.11.007 PMID:39642861	研究论文	本文介绍了一种结合形态发生素调节剂筛选和单细胞测序的平台，用于增强脑类器官的区域化	本文首次系统性地利用形态发生素信号在干细胞分化中实现神经系统发育的细胞多样性	NA	探索形态发生素在神经系统发育中的作用，并开发一种系统性方法来利用这些信号	脑类器官	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
885	2024-12-09	Oxygen-dependent alternative mRNA splicing and a cone-specific motor protein revealed by single-cell RNA sequencing in hypoxic retinas 2024-Dec-03, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110190 PMID:39638278	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了低氧条件下视网膜细胞的转录组变化，特别是光感受器细胞中的特定响应	首次在低氧视网膜中鉴定并确认了一种特异性诱导的驱动蛋白（Kif4），并发现了RNA结合蛋白在低氧条件下的异构体切换	研究仅限于小鼠模型，且未探讨这些变化在人类视网膜疾病中的潜在应用	探究低氧条件下特定视网膜细胞类型的响应机制	低氧条件下的小鼠视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠视网膜样本
886	2024-12-09	Hypoxia regulates small extracellular vesicle biogenesis and cargo sorting through HIF-1α/HRS signaling pathway in head and neck squamous cell carcinoma 2024-Dec-02, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111546 PMID:39631619	研究论文	研究探讨了缺氧条件下头颈鳞状细胞癌中HIF-1α/HRS信号通路对小细胞外囊泡生成和货物分选的调控机制	首次揭示了缺氧通过HIF-1α/HRS信号通路调控小细胞外囊泡生成和货物分选的具体机制	研究主要集中在细胞和分子水平，缺乏体内实验验证	探讨缺氧如何影响头颈鳞状细胞癌中小细胞外囊泡的生成和货物分选	头颈鳞状细胞癌细胞和小细胞外囊泡	数字病理学	头颈癌	空间转录组学和免疫组化	NA	蛋白质	NA
887	2024-12-09	Single-cell RNA sequencing combined with proteomics of infected macrophages reveals prothymosin-α as a target for treatment of apical periodontitis 2024-Dec, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.01.018 PMID:38237771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序结合蛋白质组学分析感染的巨噬细胞，揭示了prothymosin-α作为根尖周炎治疗靶点的潜力	本研究首次通过单细胞RNA测序和蛋白质组学结合的方法，揭示了prothymosin-α在根尖周炎中的上调表达及其对炎症反应和破骨细胞分化的调节作用	本研究主要集中在体外和动物模型中的验证，尚未进行临床试验验证其治疗效果	探索根尖周炎组织中单核细胞群体的异质性，寻找缓解根尖周炎的新靶点，并通过蛋白质组学和体内外评估进一步验证	根尖周炎组织中的单核细胞群体和健康对照组织中的单核细胞群体	数字病理学	口腔疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	根尖周炎组织和健康对照组织的单核细胞群体，以及THP-1衍生的感染巨噬细胞
888	2024-12-09	Early concentrate starter introduction induces rumen epithelial parakeratosis by blocking keratinocyte differentiation with excessive ruminal butyrate accumulation 2024-Dec, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2023.12.016 PMID:38128723	研究论文	研究早期浓缩饲料引入对新生羔羊瘤胃上皮角化不全的影响及其机制	首次通过单细胞RNA测序和代谢组学分析揭示了早期浓缩饲料引入导致瘤胃上皮角化不全的机制，并建立了瘤胃上皮类器官模型	研究仅限于新生羔羊模型，未来需在其他年龄段和物种中验证	阐明早期浓缩饲料引入导致瘤胃上皮角化不全的机制	新生羔羊的瘤胃上皮细胞及其代谢物	NA	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光、定量实时PCR、代谢组学分析	NA	RNA、代谢物	24只14天大的羔羊
889	2024-12-09	Skin microdialysis detects distinct immunologic patterns in chronic inflammatory skin diseases 2024-Dec, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.06.024 PMID:39142443	研究论文	本文通过皮肤微透析技术检测慢性炎症性皮肤病中的不同免疫模式	首次使用皮肤微透析技术分析慢性炎症性皮肤病的蛋白质组和细胞因子谱，并结合单细胞RNA测序揭示细胞来源	样本量较小，可能影响结果的普遍性	研究慢性炎症性皮肤病的病理生理机制，特别是蛋白质组水平	特应性皮炎、寻常型银屑病和结节性痒疹患者的皮损和非皮损皮肤	NA	皮肤病	皮肤微透析、蛋白质组分析、多重细胞因子分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质、细胞因子、RNA	特应性皮炎6例，寻常型银屑病7例，结节性痒疹6例，健康对照7例
890	2024-12-09	Single-cell sequencing analysis and bulk-seq identify IGFBP6 and TNFAIP6 as novel differential diagnosis markers for postburn pathological scarring 2024-Dec, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.burns.2024.08.021 PMID:39317554	研究论文	本研究通过单细胞测序和批量测序分析，鉴定了IGFBP6和TNFAIP6作为烧伤后病理性瘢痕的新型鉴别诊断标志物	本研究首次通过单细胞测序技术在细胞水平上揭示了病理性瘢痕的遗传特征，并鉴定了IGFBP6和TNFAIP6作为区分烧伤后瘢痕疙瘩和肥厚性瘢痕的关键基因	本研究仅限于烧伤后瘢痕疙瘩和肥厚性瘢痕的鉴别诊断，未涉及其他类型的病理性瘢痕	旨在通过分子水平上的鉴别诊断标志物，区分烧伤后瘢痕疙瘩和肥厚性瘢痕	烧伤后瘢痕疙瘩和肥厚性瘢痕的分子鉴别诊断标志物	NA	烧伤后病理性瘢痕	单细胞测序	NA	基因表达数据	烧伤后临床样本
891	2024-12-09	Different gene expression patterns between mouse and human brain pericytes revealed by single-cell/nucleus RNA sequencing 2024-Dec, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2024.107434 PMID:39423955	研究论文	研究比较了小鼠和人类大脑周细胞的基因表达模式	首次系统比较了小鼠和人类大脑周细胞的基因表达差异	仅限于成年小鼠和人类大脑周细胞的比较	探讨小鼠和人类大脑周细胞基因表达的相似性和差异性	小鼠和人类大脑周细胞	数字病理学	NA	单细胞/核RNA测序	NA	基因表达数据	四个小鼠和人类成年大脑周细胞单细胞/核RNA测序数据集
892	2024-12-09	Fhl1, a new spatially specific protein, regulates vein graft neointimal hyperplasia 2024-Dec, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70115 PMID:39639552	研究论文	研究探讨了Fhl1蛋白在静脉移植后新生内膜增生中的作用	首次使用空间转录组学技术分析新生内膜，并生成了特定的新生内膜转录组图谱	NA	研究Fhl1蛋白在静脉移植后新生内膜增生中的作用及其潜在的治疗价值	静脉移植后新生内膜增生	心血管疾病	心血管疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	使用Sprague-Dawley (SD) 大鼠和人类隐静脉样本进行研究
893	2024-12-09	NLRP3 inflammasome mediates pyroptosis of alveolar macrophages to induce radiation lung injury 2024-Dec-01, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136740 PMID:39642726	研究论文	研究探讨了NLRP3炎症小体在辐射诱导的肺损伤中通过介导肺泡巨噬细胞的焦亡作用	首次揭示了NLRP3炎症小体在辐射诱导的肺损伤中通过介导肺泡巨噬细胞的焦亡作用，并提出了潜在的治疗策略	NA	探讨辐射诱导的肺损伤中肺泡巨噬细胞焦亡和炎症小体激活的机制	肺泡巨噬细胞、T细胞、B细胞和上皮细胞	NA	辐射诱导的肺损伤	多色流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、共免疫沉淀和Duolink技术	NA	细胞和组织微环境数据	NA
894	2024-12-09	Single-cell transcriptomic analysis reveals regulative mechanisms of follicular selection and atresia in chicken granulosa cells 2024-Dec, Food research international (Ottawa, Ont.) DOI:10.1016/j.foodres.2024.115368 PMID:39643375	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析鸡卵泡颗粒细胞的转录组，揭示卵泡选择和闭锁的调节机制	首次发现未选择的卵泡中存在具有类固醇生成能力的颗粒细胞Ⅲ型，并首次注释了退化的颗粒细胞，发现其与脂质代谢紊乱显著相关	NA	探讨鸡卵泡选择和闭锁的调节机制	鸡卵泡颗粒细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	五个卵泡阶段的颗粒细胞层
895	2024-12-09	Central and peripheral kynurenine pathway metabolites in COVID-19: Implications for neurological and immunological responses 2024-Nov-29, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.11.031 PMID:39615604	研究论文	研究了COVID-19患者中枢和外周色氨酸代谢途径代谢物及其对神经和免疫反应的影响	首次发现COVID-19患者中枢神经系统中色氨酸代谢物水平升高，并提出阻断外周至中枢色氨酸转运可能是一种保护策略	样本量较小，仅限于瑞典的COVID-19患者和非炎症性神经系统疾病对照组	探讨COVID-19患者中枢和外周色氨酸代谢途径代谢物与神经和免疫反应的关系	COVID-19患者和非炎症性神经系统疾病对照组的中枢和外周色氨酸代谢途径代谢物	NA	COVID-19	超高效液相色谱-串联质谱系统（UPLC-MS/MS）	NA	代谢物水平	53名COVID-19患者和12名非炎症性神经系统疾病对照组
896	2024-12-09	IFN-γ-induced Th1-Treg polarization in inflamed brains limits exacerbation of experimental autoimmune encephalomyelitis 2024-Nov-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401692121 PMID:39560646	研究论文	研究探讨了IFN-γ在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中诱导Th1-Treg极化的作用	首次揭示了IFN-γ在EAE中诱导Tregs向Th1-Tregs极化的关键作用	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类疾病	探讨IFN-γ在EAE中的作用及其对Tregs极化的影响	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的Tregs和IFN-γ	NA	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
897	2024-12-09	Single-Cell Analysis Reveals Novel Immune Perturbations in Fibrotic Hypersensitivity Pneumonitis 2024-Nov-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202401-0078OC PMID:38924775	研究论文	通过单细胞RNA测序分析纤维化过敏性肺炎中的免疫异常	揭示了纤维化过敏性肺炎中未被描述的GZM细胞毒性CD4和CD8 T细胞的增加，以及S100A和CCL3/CCL4经典单核细胞的增加	NA	阐明纤维化过敏性肺炎中的免疫异常	纤维化过敏性肺炎、特发性肺纤维化、非纤维化过敏性肺炎和健康对照组的外周血单核细胞和BAL细胞	数字病理学	肺病	单细胞5' RNA测序	NA	RNA	110名患者和对照组的外周血单核细胞，19名患者的BAL细胞
898	2024-12-09	Upregulation of multiple key molecules is correlated with poor prognosis and immune infiltrates in hepatocellular carcinoma by bulk and single-cell RNA-seq 2024-Nov-12, Aging DOI:10.18632/aging.206151 PMID:39537209	研究论文	本研究通过bulk和单细胞RNA测序分析了肝细胞癌中多个关键分子的上调与不良预后及免疫浸润的关系	首次通过单细胞测序详细分析了不同细胞类型中关键基因的表达，并建立了基于关键基因的肝癌预后模型	研究仅基于TCGA数据集，可能存在样本偏倚	构建一个基于多个关键基因的肝细胞癌预后预测模型	肝细胞癌患者的关键基因表达及预后	数字病理学	肝癌	RNA测序	LASSO回归模型	RNA表达数据	TCGA提供的RNA表达和临床数据
899	2024-12-09	Establishment of a conditionally reprogrammed primary eccrine sweat gland culture for evaluation of tissue-specific CFTR function 2024-Nov, Journal of cystic fibrosis : official journal of the European Cystic Fibrosis Society IF:5.4Q1 DOI:10.1016/j.jcf.2024.06.013 PMID:38969603	研究论文	本文建立了一种条件重编程的汗腺原代培养技术，用于评估组织特异性CFTR功能	首次报道了条件重编程和单细胞RNA测序在微解剖汗腺中的应用	NA	研究汗腺中的离子转运功能，评估CFTR调节剂的疗效并探索基因型-表型异质性	汗腺和鼻上皮细胞	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自非囊性纤维化皮肤捐赠者的汗腺，以及来自两名囊性纤维化患者的鼻上皮细胞和汗腺
900	2024-12-09	Definition of regulatory elements and transcription factors controlling porcine immune cell gene expression at single cell resolution using single nucleus ATAC-seq 2024-Nov, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110944 PMID:39326643	研究论文	研究使用单核ATAC测序技术定义了猪免疫细胞基因表达调控元件和转录因子	首次在单细胞分辨率下研究猪外周血单核细胞的染色质开放景观，并识别了调控元件和转录因子	研究仅限于猪的外周血单核细胞，未涵盖其他细胞类型或物种	揭示猪免疫细胞基因表达的顺式调控机制	猪外周血单核细胞的染色质开放景观和转录因子	基因组学	NA	单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因组数据	猪外周血单核细胞