单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
881	2026-01-19	Molecular Landscape and Predictive Significance of Programmed Cell Death-Related Genes in Sepsis 2026, Human mutation IF:3.3Q2 DOI:10.1155/humu/5280021 PMID:41542228	研究论文	本研究通过转录组数据分析，揭示了程序性细胞死亡相关基因在脓毒症中的分子景观和预测意义，并构建了诊断模型	结合WGCNA和机器学习算法识别脓毒症相关的枢纽基因和预后相关特征基因，并在单细胞RNA-seq水平验证了特征基因，强调了S100A9和KLHL3等基因在中性粒细胞中的关联	研究基于公共数据库的转录组数据，可能受样本异质性和数据质量限制，且未进行实验验证	阐明脓毒症的转录组变化，特别是程序性细胞死亡的作用，并识别潜在的诊断生物标志物	脓毒症患者和对照样本的转录组数据	生物信息学	脓毒症	转录组测序，单细胞RNA-seq	机器学习算法（八种）	转录组数据	从GEO网站提取的脓毒症和对照样本数据，具体数量未明确	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
882	2026-01-19	Integrated Single Cell Spatial Analysis Reveals Dysregulated Basal Progenitor Cells in Ulcerative Colitis Pathogenesis: A Multi Omics Study 2026-Jan, Health science reports IF:2.1Q3 DOI:10.1002/hsr2.71659 PMID:41542331	研究论文	本研究通过整合单细胞空间分析，揭示了溃疡性结肠炎发病机制中基底祖细胞的空间失调及其在疾病进展中的作用	首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和机器学习，系统解析了UC中基底祖细胞的空间动态和功能基因矩阵，特别是FABP1主导的调控网络	研究样本量有限，且主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证和更深入的机制研究	探究溃疡性结肠炎中基底祖细胞的空间动态、功能角色及其在疾病进展中的作用	溃疡性结肠炎患者和健康对照的肠道组织样本	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习	机器学习模型	单细胞转录组数据, 空间表达数据	UC和健康样本的单细胞RNA测序数据	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
883	2026-01-19	Protocol to evaluate mouse brain spatial cell type-resolved transcriptomic discoveries using 10× Visium spatial transcriptomics and FLEX scRNA-seq 2025-Dec-27, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.104277 PMID:41456279	研究论文	本文介绍了一种结合10× Visium空间转录组学和FLEX单细胞RNA测序技术，用于研究小鼠大脑组织中空间细胞类型特异性转录组变化的实验方案	整合了空间转录组学和单细胞RNA测序技术，以空间分辨率解析小鼠大脑组织中的细胞类型特异性基因表达和细胞间信号变化	NA	开发一种实验方案，以研究疾病组织中空间区域间的基因表达变化和细胞间信号传导机制	小鼠大脑组织	数字病理学	NA	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA	10x Genomics	空间转录组学, 单细胞RNA-seq	10x Visium, 10x FLEX	10× Genomics Visium空间转录组学和10× Genomics FLEX单细胞RNA测序
884	2026-01-19	Novel Acinar Metaplastic States Uncovered in Exocrine Pancreas Disease 2025-Dec-25, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101717 PMID:41453639	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了外分泌胰腺疾病中腺泡细胞向导管化生（ADM）的保守程序，并识别了新的化生状态，包括与胰腺癌亚型早期形成相关的状态	首次在多种胰腺疾病模型中系统定义了腺泡细胞的化生反应，发现了先前未识别的“门户”ADM群体，并揭示了胰腺癌亚型在早期PanIN病变中的出现	研究主要基于小鼠模型，人类组织验证样本可能有限，且FixNCut方法的应用可能引入技术偏差	全面定义临床相关外分泌胰腺疾病中的化生反应，以理解癌症风险增加的机制	小鼠模型中的胰腺腺泡细胞及其微环境，以及人类胰腺组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	单细胞转录组数据，空间转录组数据	超过300,000个单细胞	NA	单细胞RNA-seq，空间转录组学	NA	NA
885	2026-01-19	Single-Cell Transcriptomic Profiling of GL261 Glioblastoma Cells Reveals Gene Expression Signatures Underlying Tumorigenicity 2025-Dec-16, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2 DOI:10.1007/s10571-025-01635-0 PMID:41400763	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对GL261胶质母细胞瘤细胞进行转录组分析，揭示了与肿瘤发生相关的基因表达特征	首次在GL261胶质母细胞瘤模型中应用单细胞RNA测序技术，全面解析了贴壁和神经球培养条件下细胞的转录组差异，并识别了与肿瘤发生相关的关键基因表达模式	研究仅基于GL261细胞系，未涉及患者样本或体内模型，可能无法完全反映临床胶质母细胞瘤的异质性	探究GL261胶质母细胞瘤细胞的转录组特征，以理解肿瘤生物学和潜在治疗靶点	GL261胶质母细胞瘤细胞系，包括贴壁培养和神经球培养的细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	PCA, UMAP	单细胞转录组数据	10715个细胞（5764个贴壁细胞和4951个神经球细胞）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
886	2026-01-19	Decreased scleral Wnt5ahi fibroblasts exacerbate myopia progression by disrupting extracellular matrix homeostasis in mice 2025-Dec-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-67246-x PMID:41402314	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了小鼠巩膜中Wnt5a高表达成纤维细胞在近视进展中的作用机制	首次在近视模型中识别出Wnt5a高表达巩膜成纤维细胞亚群，并揭示其通过调控细胞外基质稳态影响近视进展	研究仅基于雄性小鼠模型，未涉及雌性动物或人类样本，且机制研究主要依赖基因敲低技术	探究巩膜成纤维细胞表型异质性与形觉剥夺性近视之间的关联及其分子机制	雄性小鼠的巩膜组织	数字病理学	近视	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	雄性小鼠巩膜样本	NA	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	NA
887	2026-01-19	Establishment of a novel brainstem ischemic dysphagia model: single-cell sequencing reveals the molecular mechanisms underlying mPES intervention 2025-Dec-16, Journal of neuroengineering and rehabilitation IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12984-025-01841-3 PMID:41402839	研究论文	本研究通过建立一种新型的脑干缺血性吞咽困难大鼠模型，并利用改良咽部电刺激（mPES）干预，结合单细胞转录组学揭示了其治疗机制	首次通过脑干缺血诱导建立稳定的吞咽困难动物模型，并应用单细胞测序技术探索mPES干预的分子机制	研究仅基于大鼠模型，未涉及人类样本，且单细胞测序结果需要进一步功能验证	建立新型脑干缺血性吞咽困难模型并探索mPES干预的治疗机制	大鼠脑干缺血模型	数字病理学	脑卒中后吞咽困难	单细胞转录组测序，光化学栓塞，磁共振成像，视频荧光吞咽研究	NA	转录组数据，影像数据，行为数据	未明确说明具体样本数量的大鼠模型	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
888	2026-01-19	Persistent pneumococcal colonisation in antiretroviral-treated HIV infection is associated with nasal inflammation 2025-Dec-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-67258-7 PMID:41398159	研究论文	本研究揭示了长期接受抗逆转录病毒治疗的HIV感染者鼻腔黏膜免疫持续失调，并与肺炎球菌定植相关	首次在长期ART治疗的HIV感染者中，通过单细胞转录组学等技术系统揭示了鼻腔特异性免疫失调特征，并发现上皮细胞驱动的中性粒细胞炎症与病原体定植密度间的正反馈循环	研究为观察性研究，未进行干预性实验验证治疗靶点；样本量相对有限；未评估其他呼吸道病原体的影响	探究长期ART治疗的HIV感染者鼻腔黏膜免疫失调机制及其与肺炎球菌定植的关联	接受抗逆转录病毒治疗超过1年的HIV感染者	数字病理学	HIV感染	流式细胞术, 单细胞转录组学, 中性粒细胞功能检测	NA	单细胞转录组数据, 流式细胞数据, 功能实验数据	接受ART治疗超过1年的HIV感染者队列	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
889	2026-01-19	PD-1/ PD-L1 bispecific antibody IBI318 combined with lenvatinib in advanced non-small cell lung cancer with acquired resistance to immune checkpoint inhibitors: a phase II trial 2025-Dec-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-67262-x PMID:41398162	研究论文	本研究是一项II期临床试验，评估了双特异性抗体IBI318联合乐伐替尼在晚期非小细胞肺癌中对免疫检查点抑制剂获得性耐药患者的疗效和安全性	首次在获得性耐药患者中评估PD-1/PD-L1双特异性抗体联合酪氨酸激酶抑制剂的疗效，并利用单细胞RNA测序数据开发了预测模型以识别潜在生物标志物	单臂、开放标签的II期试验设计，样本量较小（40例患者），且为事后探索性分析	评估IBI318联合乐伐替尼在晚期非小细胞肺癌中对免疫检查点抑制剂获得性耐药患者的疗效和安全性，并探索预测性生物标志物	晚期非小细胞肺癌患者，且对一线免疫检查点抑制剂产生获得性耐药	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	XGBoost	单细胞RNA测序数据	40例患者	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
890	2026-01-19	Hic-5 drives epithelial mechanotransduction promoting a feed-forward cycle of bronchoconstriction 2025-Dec-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-67210-9 PMID:41387449	研究论文	本研究揭示了Hic-5作为上皮细胞机械转导的关键调节因子，在哮喘中通过促进支气管收缩的正反馈循环驱动疾病进展	首次发现Hic-5在气道上皮细胞机械转导中的核心作用，并阐明其通过分泌内皮素-1促进支气管收缩正反馈循环的机制	研究主要基于体外细胞模型和单细胞RNA-seq数据重分析，缺乏体内实验直接验证	探究哮喘中支气管收缩引起的机械力如何通过上皮细胞机械转导驱动疾病进展	人气道上皮细胞（体外模型）和哮喘患者单细胞RNA-seq数据	生物医学研究	哮喘	单细胞RNA-seq，基因敲低，机械压缩模拟	体外细胞培养模型	基因表达数据，单细胞测序数据	未明确样本数量，但包括体外细胞实验和哮喘患者单细胞RNA-seq数据重分析	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
891	2026-01-19	Functional KCC2 expression marks an evolutionarily conserved population of early-maturing interneurons in the perinatal cortex 2025-Dec-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-67270-x PMID:41365903	研究论文	本研究在小鼠和人类中识别并表征了一类在胚胎期表达KCC2、出生时即具有超极化GABA反应的早期成熟皮层中间神经元	首次揭示了皮层中间神经元亚群中GABA能功能成熟的异质性，确立了KCC2作为早期成熟中间神经元的标志物，并证明了其在进化上的保守性	NA	探究皮层中间神经元GABA能反应成熟的时间模式及其分子标志	小鼠和人类皮层中的中间神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、差异基因表达分析	NA	基因表达数据、转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
892	2026-01-19	A phenotype-driven data and drug repurposing strategy used to identify potential treatments targeting chondrocyte hypertrophy in osteoarthritis 2025-Dec, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118773 PMID:41223767	研究论文	本研究通过结合单细胞转录组学数据和药物重定位策略，识别出能够逆转骨关节炎中软骨细胞肥大表型的潜在药物	采用表型驱动的方法，结合单细胞转录组学数据和签名逆转原理，首次应用于骨关节炎软骨细胞肥大表型的药物筛选	研究主要基于体外和离体实验，尚未进行体内验证，且样本量有限	加速骨关节炎有效药物治疗的发现，通过靶向软骨细胞肥大表型	骨关节炎患者的软骨细胞和软骨组织	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组学数据	患者骨关节炎软骨样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
893	2026-01-19	Development and validation of a glycosyltransferase-associated prognostic model for melanoma and characterization of the tumor immune microenvironment using single-cell sequencing data 2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102237 PMID:41542167	研究论文	本研究开发并验证了一个基于糖基转移酶相关基因的预后模型，用于预测皮肤黑色素瘤患者的生存时间，并利用单细胞测序数据表征肿瘤免疫微环境	首次构建了基于糖基转移酶相关基因的个体化预测模型，并整合单细胞分析揭示了关键基因MGAT4A与CD8 T细胞和单核/巨噬细胞浸润的关联	模型主要基于回顾性转录组数据，需要前瞻性临床研究进一步验证	开发预测皮肤黑色素瘤患者生存的预后模型并探索糖基转移酶影响预后的机制	皮肤黑色素瘤患者	生物信息学	皮肤黑色素瘤	单细胞测序, RNA-seq, qPCR, Western Blot, 免疫组化	Cox回归模型, LASSO回归, 列线图	转录组数据, 单细胞测序数据	TCGA和GEO数据库中的皮肤黑色素瘤样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
894	2026-01-19	Acute Phase Response-driven Hepatic Niche Remodeling Promotes Fibrosis Resolution After Alcohol Cessation 2025-Nov-29, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101689 PMID:41320154	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索酒精戒断后酒精相关肝病（ALD）的纤维化消退机制，发现急性期反应驱动的肝内细胞间通讯变化促进纤维化消退	首次通过空间转录组学识别了酒精戒断后肝脏中独特的纤维溶解性微环境，并揭示了血清淀粉样蛋白A（SAA）通过HDL介导的机制促进纤维化消退的新作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且机制细节如KDM5B和C/EBPβ的具体调控途径需进一步探索	探究酒精戒断后酒精相关肝病纤维化消退的分子机制	小鼠肝脏组织及人类肝脏样本	空间转录组学	酒精相关肝病	空间转录组学	NA	空间转录组数据	小鼠模型（具体数量未明确）及人类肝脏样本	Nanostrings	空间转录组学	CosMx	1000-plex CosMx空间转录组学检测
895	2026-01-19	Deciphering the combinatorial expression pattern and genetic regulatory mechanisms of Beats and Sides in the olfactory circuits of Drosophila 2025-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.31.657193 PMID:40502011	研究论文	本文通过分析果蝇嗅觉电路中Beat和Side基因家族的表达模式，探索其在嗅觉神经元组合识别和电路组装中的作用	利用公开单细胞RNA-seq数据集和新生成的基因陷阱转基因驱动线，首次系统揭示了Beat和Side基因在嗅觉受体神经元及其突触目标投射神经元中的类别特异性组合表达模式，并发现这种模式在昆虫进化中具有保守性	虽然研究了Beat-IIa-Side-IV相互作用的扰动，但未观察到显著的靶向错误，表明可能需要更广泛的基因组合扰动来验证其功能	探究果蝇嗅觉电路中Beat和Side基因家族的组合表达模式及其遗传调控机制，以理解它们如何贡献于嗅觉电路的组装	果蝇的嗅觉受体神经元和投射神经元	神经科学	NA	单细胞RNA-seq，基因陷阱转基因驱动线	NA	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
896	2026-01-19	p53 mutation biases squamocolumnar junction progenitor cells towards dysplasia rather than metaplasia in Barrett's oesophagus 2025-Jan-17, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332095 PMID:39353725	研究论文	本研究探讨了p53突变在Barrett食管（BE）向食管腺癌（EAC）进展过程中，对贲门祖细胞命运和功能的影响，特别是在慢性损伤条件下	揭示了p53突变在慢性损伤环境中作为开关，促进祖细胞扩增并抑制其向化生分化，直接导致不典型增生，而非通过化生阶段进展	研究基于小鼠模型（L2-IL1β），可能无法完全模拟人类BE进展的复杂性；且聚焦于特定Trp53突变（R172H），其他p53突变的影响可能不同	探究p53突变在BE向EAC进展中对贲门祖细胞行为的影响	小鼠BE模型（L2-IL1β）中的Cck2r+贲门祖细胞	数字病理学	食管癌	谱系追踪、病理分析、类器官培养、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、计算分析、原位移植	小鼠模型	单细胞RNA测序数据、病理图像、类器官培养数据	未明确指定样本数量，但涉及小鼠模型、类器官培养和单细胞测序分析	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
897	2026-01-18	CD44-mediated copper accumulation drives Ly6Chi macrophages activation in ulcerative colitis 2026-Mar, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112315 PMID:41389969	研究论文	本研究揭示了在溃疡性结肠炎中，CD44介导的铜积累驱动Ly6Chi巨噬细胞活化的关键机制	首次阐明了CD44通过调控铜稳态（抑制铜输出蛋白ATP7A）导致铜积累，进而驱动Ly6Chi巨噬细胞活化的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类患者组织中进行充分验证；具体的CD44-ATP7A调控分子通路细节有待进一步阐明	阐明溃疡性结肠炎炎症进展中Ly6Chi巨噬细胞活化的驱动机制	Ly6Chi巨噬细胞、溃疡性结肠炎小鼠模型、骨髓来源巨噬细胞	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	NA	单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据	使用了公共单细胞RNA-seq数据集GSE264408，并涉及溃疡性结肠炎小鼠模型	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
898	2026-01-18	Aspartame promotes ovarian cancer progression: A multi-omics study integrating mendelian randomization, network toxicology, and in vitro validation 2026-Mar, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association IF:3.9Q1 DOI:10.1016/j.fct.2025.115901 PMID:41391619	研究论文	本研究采用多组学方法探究了人工甜味剂阿斯巴甜与卵巢癌之间的因果关系及其潜在机制	首次整合孟德尔随机化、网络毒理学、机器学习算法（LASSO、SVM、随机森林）以及体外实验验证，系统揭示了阿斯巴甜通过上调AURKA、CCND1和RAD51等关键基因表达促进卵巢癌进展的潜在机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内动物模型或大规模人群队列的直接验证，因果关系的确立仍需进一步研究	探究人工甜味剂阿斯巴甜与卵巢癌发生发展的因果关系及分子机制	卵巢癌（OC）、阿斯巴甜、核心靶基因（AURKA、CCND1、RAD51）	生物信息学与计算生物学	卵巢癌	孟德尔随机化分析、网络毒理学、机器学习算法（LASSO、SVM、随机森林）、分子对接模拟、体外细胞实验	LASSO、SVM、随机森林	基因组数据、转录组数据（bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq）	NA	NA	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
899	2026-01-18	JOSD2 alleviates hypertensive renal disease through deubiquitinating AKT in renal tubular epithelial cells 2026-Mar, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112330 PMID:41412561	研究论文	本研究揭示了去泛素化酶JOSD2通过去泛素化AKT并促进其自噬降解，从而减轻高血压肾病中的肾小管上皮细胞损伤和纤维化	首次发现JOSD2是AKT的去泛素化酶，并阐明了JOSD2-AKT轴在高血压肾病中的保护作用机制	研究主要在动物模型中进行，尚未在人体样本或临床试验中验证	探索高血压肾病的新型治疗靶点	小鼠模型、肾小管上皮细胞	NA	高血压肾病	单细胞RNA测序、质谱分析、免疫共沉淀	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	野生型和Josd2敲除小鼠	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
900	2026-01-18	Plasticizer mixture exposure-induced preeclampsia pathogenesis: Integrated single-cell and bulk transcriptomics, network toxicology, and molecular docking insights 2026-Mar, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association IF:3.9Q1 DOI:10.1016/j.fct.2025.115912 PMID:41443393	研究论文	本研究通过整合单细胞与批量转录组学、网络毒理学和分子对接技术，揭示了增塑剂混合物暴露诱导子痫前期发病的机制	首次系统研究了ATBC、DEP、DMP和DOP四种增塑剂混合暴露对子痫前期的影响，并综合运用多种组学与计算生物学方法识别关键生物标志物和细胞亚群	研究主要基于生物信息学分析和体外验证，缺乏大规模人群流行病学证据和体内实验验证	阐明增塑剂混合物暴露导致子痫前期的生物学靶点和致病机制	子痫前期患者胎盘组织、绒毛细胞滋养层细胞	数字病理学	子痫前期	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, RT-qPCR, 免疫组化, 分子对接, 分子动力学模拟	机器学习	基因表达数据, 单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及PE患者和对照组胎盘组织	NA	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	NA